The aim of the present study was to determine the differences between executive functions (EFs) and educational stage, as well as the existing differences according to gender in Physical Education students. For this purpose, a written questionnaire was used to measure different EFs, specifically, cognitive flexibility, verbal fluency, planning and creativity. The sample consisted of 119 students (M = 12.71, SD = 1.50), 45 from 5th and 6th year of Elementary Education (23 boys and 22 girls) and 74 from 1st to 4th year of Secondary Education (38 boys and 36 girls), belonging to 2 schools in the Region of Murcia (Spain). The questionnaire was administered by the principal investigators in Physical Education classes before the start of the class. The results indicate that Elementary and Secondary students had very similar values in all EFs, except for creativity, which was higher in Secondary (p = 0.000). On the other hand, taking gender into account, girls showed higher values in verbal fluency (p = 0.000) and a favourable trend with a moderate effect size in creativity (p = 0.059, d = 0.369), with no differences in planning or cognitive flexibility. It is concluded that regardless of the educational stage, EFs are maintained between 5th-6th year of Elementary and 1st-3rd year of Secondary, with girls having higher executive functions, probably due to earlier physiological development than boys., El objetivo del presente estudio fue conocer las diferencias existentes entre las funciones ejecutivas (FEs) y la etapa educativa, así como las diferencias existentes según el género en alumnos de Educación Física. Para ello, se utilizó un cuestionario escrito para medir diferentes FEs, concretamente, la flexibilidad cognitiva, la fluidez verbal, la planificación y la creatividad. La muestra, estuvo compuesta por 119 estudiantes (M = 12.71, SD = 1.50), siendo 45 de 5º y 6º curso de Educación Primaria (23 chicos y 22 chicas) y 74 de 1º a 4º de Educación Secundaria (38 chicos y 36 chicas), pertenecientes a 2 centros de la Región de Murcia (España). El cuestionario fue administrado por los investigadores principales en las clases de Educación Física antes de su inicio. Los resultados indican que los estudiantes de Primaria y Secundaria tuvieron valores muy similares en todas las funciones ejecutivas, excepto en la creatividad que fue superior en Secundaria (p = 0.000). Por otro lado, atendiendo al sexo, las chicas mostraron valores superiores en fluidez verbal (p = 0.000) y una tendencia favorable con un tamaño del efecto moderado en la creatividad (p = 0.059, d = 0.369), sin diferencias en planificación o flexibilidad cognitiva. Se concluye que independientemente de la etapa educativa, las funciones ejecutivas se mantienen entre 5º-6º curso de Primaria y 1º-3º curso de Secundaria, siendo las chicas las que tienen unas mayores funciones ejecutivas, probablemente, debido al desarrollo fisiológico más temprano que los chicos.