1. RET and GDNF mutations are rare in fetuses with renal agenesis or other severe kidney development defects
- Author
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Cécile, Jeanpierre, Guillaume, Macé, Mélanie, Parisot, Vincent, Morinière, Audrey, Pawtowsky, Marion, Benabou, Jelena, Martinovic, Jeanne, Amiel, Tania, Attié-Bitach, Anne-Lise, Delezoide, Philippe, Loget, Patricia, Blanchet, Dominique, Gaillard, Marie, Gonzales, Wassila, Carpentier, Patrick, Nitschke, Frédéric, Tores, Laurence, Heidet, Corinne, Antignac, Rémi, Salomon, J, Tantau, Néphropathies héréditaires et rein en développement (UMR_S 983), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Génétique Médicale [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Référence des Maladies Rénales Héréditaires de l'Enfant et de l'Adulte [CHU-Necker] (MARHEA), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Laboratoire Histologie Embryologie Cytogénétique [CHU Necker], Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement (Inserm U781), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de biologie du développement[Debré], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service d'anatomie et cytologie pathologiques [Rennes] = Anatomy and Cytopathology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Service de génétique et de foetopathologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Arnaud de Villeneuve, Service de génétique [Reims], Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Dynamique cellulaire et moléculaire de la muqueuse respiratoire, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-IFR53-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S), UMS omique (OMIQUE), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Plateforme de bioinformatique, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service de néphrologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Référence des Maladies Rénales Héréditaires de l'Enfant et de l'Adulte (MARHEA), Service de génétique et embryologie médicales [CHU Trousseau], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Néphropathies héréditaires et rein en développement ( UMR_S 983 ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Centre de Référence des Maladies Rénales Héréditaires de l'Enfant et de l'Adulte ( MARHEA ), Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement ( Inserm U781 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Service d'anatomie et cytologie pathologiques [Rennes], Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ) -Hôpital Arnaud de Villeneuve, Centre Hospitalier Universitaire de Reims ( CHU Reims ), Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -IFR53-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière ( P3S ), UMS omique ( OMIQUE ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Peer, Hal, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université
- Subjects
medicine.medical_specialty ,endocrine system ,congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities ,DNA Copy Number Variations ,endocrine system diseases ,030232 urology & nephrology ,Multicystic dysplastic kidney ,Kidney development ,medicine.disease_cause ,Kidney ,Polymorphism, Single Nucleotide ,Congenital Abnormalities ,03 medical and health sciences ,Open Reading Frames ,0302 clinical medicine ,Fetus ,renal agenesis ,evolutionary conserved non-coding regions ,Internal medicine ,Genetics ,medicine ,Glial cell line-derived neurotrophic factor ,Humans ,Glial Cell Line-Derived Neurotrophic Factor ,Multiple endocrine neoplasia ,Renal agenesis ,Genetics (clinical) ,Alleles ,030304 developmental biology ,CNVs ,0303 health sciences ,Mutation ,variants ,biology ,Proto-Oncogene Proteins c-ret ,Gene Expression Regulation, Developmental ,medicine.disease ,3. Good health ,Endocrinology ,medicine.anatomical_structure ,biology.protein ,renal hypodysplasia ,Kidney Diseases ,Kidney disease ,Signal Transduction - Abstract
International audience; Background The RET/GDNF signalling pathway plays a crucial role during development of kidneys and enteric nervous system. In humans, RET activating mutations cause multiple endocrine neoplasia, whereas inactivating mutations are responsible for Hirschsprung disease. RET mutations have also been reported in fetuses with renal agenesis, based on analysis of a small series of samples. Objective and Methods To better characterize the involvement of RET and GDNF in kidney development defects, we studied a series of 105 fetuses with bilateral defects including renal agenesis, severe hypodysplasia or multicystic dysplastic kidney. RET and GDNF coding sequences, evolutionary conserved non-coding regions (ECRs) in promoters, 3'UTRs and RET intron 1 were analysed. Copy number variations (CNVs) at these loci were also investigated. Results We identified: (i) a low frequency (< 7%) of potential mutations in the RET coding sequence, with inheritance from the healthy father for four of them; (ii) no GDNF mutation; (iii) similar allele frequencies in patients and controls for most SNP variants, except for RET intron 1 variant rs2506012 that was significantly more frequent in affected fetuses than in controls (6% vs. 2%, P=0.01); (iv) distribution of the few rare RET variants unidentified in controls into the various 5'-ECRs; (v) absence of CNVs. Conclusion These results suggest that genomic alteration of RET or GDNF is not a major mechanism leading to renal agenesis and other severe kidney development defects. Analysis of a larger series of patients will be necessary to validate the association of the RET intron 1 variant rs2506012 with renal development defects.
- Published
- 2011