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Governmental funding agencies and international non-governmental organizations promote collaborative research programs. One of their main arguments is the benefits for increasing scientific productivity. According to specialized literature, when scientific collaborations support the multi-disciplinary dimensions, they promote the development of techno-scientific production in different fields of action. In this way, the growing interest in productivity indicators of scientific collaborations was unfolded and the indicators based on citation analysis are the best known ones. Nevertheless, how much of the measures based on this kind of analysis can reveal the effects of scientific collaboration on the production and content of scientific knowledge? So, the aim of this paper is to discuss the limits of citation analysis to evaluate initiatives of collaborative scientific research based on the propositions of specialized literature. Agências de fomento governamentais e organismos internacionais estimulam programas de pesquisas científicas colaborativas. E um dos principais argumentos são os seus benefícios para o aumento da produtividade científica. Segundo a literatura especializada, as colaborações científicas, ao fortalecerem as dimensões multi e interdisciplinar, potencializam o incremento da produção de inovações técnico-científicas em diferentes setores. Assim se deu o crescimento do interesse nos indicadores de produtividade das colaborações, sendo os mais difundidos apoiados na análise da citação. Todavia até que ponto as medições baseadas nessa análise nos permitem dimensionar os efeitos das colaborações científicas na produção e no conteúdo de conhecimentos científicos? O objetivo deste trabalho é discutir os limites da análise da citação para a avaliação de iniciativas de pesquisa científica colaborativa, a partir da revisão de proposições da literatura especializada.