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International audience

International audience; Dans le cadre du projet InvaProtect soutenu par le programme INTERREG V Rhin supérieur, de nombreux spécialistes français, allemands et suisses, travaillant pour 30 organismes de recherche et du conseil dans l’espace du Rhin supérieur, sont réunis pour étudier plus précisément les nouvelles espèces invasives et pour développer des mesures de maîtrise efficaces.

The ampeloviruses causing grapevine leafroll disease are transmitted by mealybug and soft scale insect vectors. Vector transmission of virus species in this complex occurs in a semi-persistent manner, with no current evidence of a strict vector-virus species specificity. However, only a limited number of studies have addressed questions such as virus-vector transmission efficiency, and there are no published studies on virus-vector molecular interactions. Here we present a summary of what is known about the vector transmission of grapevine-associated ampeloviruses. Because the management of grapevine leafroll diseases depends on a robust understanding of how these viruses are disseminated in vineyards, we also highlight research needs and knowledge gaps.

In this thesis we study the geometry of the Gaussian free field (GFF). After a gentle general introduction, we describe what we call the Hodge decomposition of the white noise – a way to represent the white noise vector field as a sum of a gradient and a rotation of independent GFFs. This decomposition gives rise to the Donsker invariance principle for the GFF.Next, we revisit from a slightly different angle the theory of so-called local sets of the GFF, introduced by Schramm and Sheffield. These random sets allow one to study the geometry of the GFF in a Markovian way. We also go a step further in describing the behaviour of the field near the boundary of possibly several local sets. The first chapter ends with a study of boundary oscillations of the GFF.The GFF is only a generalized function, yet it comes out that one can still make sense of it as a „random landscape“. In particular, Schramm and Sheffield gave meaning to the level lines of the GFF in terms of a coupling with SLE_4 process. In chapter 2 we study this coupling and describe the existent proofs and a non-proof of measurability of the SLE_4 process in this coupling. The rest of this chapter contains one of the most technical parts of the thesis – we obtain fine estimates on the winding of the SLE curves, conditioned to pass closely by a fixed point.This technical work is put in use in chapter 3, where we study the so called KPZ relation. In this context, the KPZ formula relates fractal dimensions of sets under the Euclidean geometry and under the „quantum geometry“ given by the exponential of the GFF. So far the KPZ formula was derived for planar sets independent of the quantum geometry. Here, we determine the KPZ formulas for sets that are naturally coupled with the quantum geometry – for the flow and level lines of the GFF. The family of KPZ formulas obtained resemble but still differ from the KPZ formula for independent sets., Cette thèse porte sur la géométrie du champ libre Gaussien. Le champ libre Gaussien est un objet central en théorie quantique des champs et représente entre autre les fluctuations naturelles d'un potentiel électrique ou d’un modèle de dimères. La thèse commence dans le discret avec la démonstration d'un principe de Donsker en dimension plus grande que 1. Ce résultat est établi grâce à une nouvelle façon de représenter le champ libre en exprimant son gradient comme la partie gradient d'un champ de bruits blancs. Ensuite, les processus d'exploration du champ libre - ou ensembles locaux - introduits par Schramm-Sheffield sont étudiés en détail. Ces ensembles locaux généralisent de façon naturelle le concept de temps d'arrêt. On formalise cette théorie d'une nouvelle manière en procédant par analogie au cas 1D. Pour mieux comprendre le comportement du champs libre près des points d'intersection des ensembles locaux, un étude fine des oscillations du champ libre 2D près du bord s'avère utile. Enfin, la partie principale de cette thèse étudie des processus d'explorations particuliers – les processus SLE qui sont couplés naturellement avec le champ libre. On peut donner par exemple un sens aux lignes de niveau en utilisant le processus SLE_4 (Schramm-Sheffield). Nous avons utilisé ce couplage pour mieux comprendre la relation dite de KPZ qui intervient dans la théorie de la gravité quantique de Liouville. A l ‘aide de résultats fins sur l’enroulement des SLEs, nous avons montré comment adapter la relation de KPZ à la famille ci-dessus de processus d’explorations du champ libre. On peut interpréter ces résultats aussi comme une description de la géométrie du champ libre près des ces lignes d’exploration.

Curling deformation of thin elastic surfaces appears in numerous natural and man-made structures where a spontaneous curvature is present. In this thesis, we couple theoretical approaches and macroscopic experiments on elastic ribbons to understand the dynamics of curling of opened bio-membranes, motivated by the need to better understand recent microscopic observations during egress of Malaria infected red blood cells (MIRBC) and bursting of artificial polymersomes.In a first part, we study theoretically pore stability and curling propagation of an initially opened spherical bio-membrane. We model geometrically curling deformation as the revolution of a decentered Archimedean spiral, leading to a prescribed toroidal wrapping of the membrane. In this configuration, we show how the stability of a pore to curling depends strongly on both line-tension and shear elasticity and we discuss these results in relation to the curling of MIRBCs membranes. Moreover, taking into account viscous dissipations, the consequent dynamics we calculate agrees quantitatively well with experimental data obtained during opening of MIRBCs. Our approach shows in particular how the membrane dissipation resulting from the surface redistribution dominates curling dynamics over outer viscous dissipation.However, the complexity of the spherical geometry and the lack of detailed images in microscopic observations hamper the development of more accurate models where the coupling between flow and deformation is fully understood. Subsequently, we study in a second part the curling deformation of macroscopic naturally curved elastic ribbons in different viscous media and elastic conditions. At high Reynolds numbers, due to the tendency of ribbons to localize bending deformations when a curling front travels down the material, we show that curling reaches rapidly a constant propagating velocity. In this regime, the ribbon wraps itself into a compact roll whose size is predicted through the solitary wave solution of the associated Elastica. At low Reynolds numbers, however, closer to the hydrodynamic conditions of curling in microscopic membranes, we show that the strong lubrication forces induce a non-compact curling. The overall size of the spiraling ribbon increases in time leading to a temporal decrease of the released elastic power and therefore a consequent decrease in velocity. We discuss how such discovery sheds a new light on the modeling of curling in MIRBCs and polymersomes.; La déformation de matériaux élastique dont l'une au moins des dimensions est petite apparaît dans un grand nombre de structures naturelles ou artificielles pour lesquelles une courbure spontanée est présente. Dans ces travaux de thèse, nous couplons plusieurs approches théoriques à des expériences macroscopiques sur des rubans élastiques afin de comprendre la dynamique d'enroulement de biomembranes ouvertes d'un trou. La motivation est issue d'observations récentes d'enroulements obtenues au cours de la sortie de parasites de la Malaria de globules rouges infectés, et de l'explosion de vésicules polymère. Dans une première partie, nous étudions théoriquement la stabilité d'un pore et la propagation de l'enroulement sur une biomembrane sphérique ouverte. Nous modélisons de façon géométrique l'enroulement toroïdal de la membrane par une spirale d'Archimède de révolution et décentrée. Avec cette hypothèse, nous montrons que la stabilité du pore vis-à-vis de l'enroulement dépend fortement de la tension de ligne et du cisaillement et nous discutons ces résultats dans le cadre de l'enroulement de membranes MIRBCs. De plus, en prenant en compte les différentes sources de dissipation, nous obtenons un très bon accord entre les données expérimentales obtenues pour les MIRBCs et la dynamique d'enroulement obtenue par le calcul. Notre approche montre en particulier que la dissipation dans la membrane due à la redistribution de la matière durant l'enroulement domine sur la dissipation visqueuse dans le milieu.Cependant, la complexité de la géométrie sphérique, ainsi que le nombre limité d'observations microscopiques à l'échelle de la membrane sont une entrave au développement de modèles plus détaillés qui permettraient de décrire complètement le couplage entre écoulement et déformation. Nous avons donc étudié dans une seconde partie la déformation d'enroulement dans le cas de rubans élastiques ayant une courbure spontanée dans différents milieux visqueux et pour différentes conditions élastiques. A grands nombres de Reynolds, en raison de la localisation de la courbure pour les rubans au cours de la propagation du front d'enroulement le long du matériau, nous montrons que l'enroulement atteint rapidement une vitesse de propagation constante. Dans ce régime, le ruban s'enroule sur lui-même de façon compacte, sur un cylindre dont la taille est prévue à partir de la solution de l'onde stationnaire pour l'Elastica. A faible nombre de Reynolds, cependant, se rapprochant des conditions d'enroulement d'une membrane microscopique, nous mettons en évidence l'influence des forces de lubrification sur la nature non-compacte de l'enroulement. La taille globale de la spirale de ruban augmente dans le temps conduisant à une diminution de la puissance élastique libérée et donc à une diminution de la vitesse. Nous discutons dans quelle mesure ces résultats peuvent faire avancer la modélisation de l'enroulement dans les MIRBCs et les vésicules polymère.

The Grapevine Red Blotch Disease was recently identified in the Napa Valley in California and attributed to a circular DNA virus. The sequencing of the virus, called Grapevine Red Blotch-associated Virus (GRBaV), has provided tools for its detection, including PCR. A survey showed that the GRBaV is present in other growing areas of the North American continent. This virus was also found in the state of New York and called Grapevine Cabernet franc-associated Virus (GCFaV). Although the presence of this virus is consistently associated with the disease, the causal links remain unproven. The symptoms of this disease are similar to those of another virus disease, i.e. the Grapevine Leafroll-associated Virus (GLRaV), while having some differences. The authors review the symptoms associated with this new disease and possible confusions with other symptoms caused by other diseases or accidents in the grapevine., Le Grapevine Red Blotch Disease est une maladie récemment identifiée dans la Napa Valley en Californie en présence d’un nouveau virus à ADN circulaire. Le séquençage du virus, appelé Grapevine Red Blotch-associated Virus (GRBaV), a fourni des outils pour son dépistage, notamment par test PCR. D’après ces tests le GRBaV est présent dans d’autres zones viticoles du continent Nord-américain. Ce virus a également été identifié dans l’état de New York, où il a été appelé : Grapevine Cabernet franc-associated Virus (GCFaV). Bien que la présence de ce virus soit systématiquement associée à la maladie, son rôle exact dans l’étiologie de la maladie reste àdémontrer. Les symptômes caractéristiques de cette maladie se rapprochent de ceux de l’enroulement de la vigne (GLRaV) tout en présentant quelques différences. Les auteurs font le point sur la symptomatologie associée à cette nouvelle maladie de la vigne et les confusions possibles avec d’autres symptômes dus à d’autres maladies ou accidents.

This thesis simultaneously deals with elastic and viscous rods. Their dynamics is ruled by the same set of equations (Kirchhoff equations) despite a difference in their constitutive laws. Using a Lagrangian framework for describing viscous rods lead us to the Discrete Viscous Rods simulator. It was validated against the classic results for the viscous coiling of a filament falling down towards a surface similar to what happens when pouring honey onto a toast. We then studied the fluid mechanical sewing machine. A thin viscous thread falls onto a moving conveyer belt and lays down in a wealth of complex "stitch" patterns depending on the belt speed and the fall height. A numerical phase diagram for the patterns was produced and reproduced the major features of the one found in literature. Fourier analysis of the motion of the thread's contact point with the belt suggests a new classification of the observed patterns, and reveals that the system behaves as a nonlinear oscillator coupling the pendulum modes of the thread. Next we investigate the curling of an initially flat but naturally curved Elastica on surface. Combining experiments, simulations and theory, we find novel behaviour, including a constant front velocity and a self-similar shape of the curl at long times after the release of one end of the Elastica that converge towards a roll of nearly constant curvature located near the free end. Finally we investigate the dynamics of the lasso and explain the flat loop trick with a minimalist model that includes all the major features of what really a lasso is., Ce manuscrit porte conjointement sur la dynamique des filaments élastiques et visqueux. Leur dynamique est décrite par les équations de Kirchhoff qui sont très largement discutées dans le manuscrit. La description Lagrandienne des filaments visqueux a conduit au code numérique pour leur simulation : Discrete Viscous Rods . Il est validé par l'exemple des enroulements de filaments visqueux similaires à ce qu'on voit en faisant chuter du miel sur une tartine. Nous en étudions ensuite une variante : la machine à coudre fluide. Le filament s'écoule alors sur un tapis roulant dont la vitesse est contrôlée et forme une myriade de motifs complexes ressemblant à ceux d'une véritable machine à coudre. Nous en produisons un diagramme de phase numérique et les décrivons dans un formalisme cinématique unifié. La cinématique de leur contact avec le tapis est d'ailleurs à l'origine de leur formation. Le filament compose avec des fractions exactes de sa fréquence propre pour s'adapter à la vitesse prescrite par le tapis roulant. Les motifs sont une trace de cette adaptation. Ensuite, nous étudions un exemple élastique de dynamique filamentaire : le repliement d'un ressort à courbure constante initialement déposé à plat sur une surface, maintenu par une extrémité, l'autre étant libérée à t = 0. L'énergie élastique de flexion est convertie à mesure que le ressort décolle du support. Son enroulement est inertiel et est formé d'une zone de rayon deux fois supérieur à celui du ressort repos. L'enroulement a une forme autosimilaire, et avance à vitesse constante. On finit par l'étude de la dynamique du lasso dont la dynamique est étudiée avec un modèle minimal de chaîne et d'un noeud coulant.

Etude de la dispersion du Grapevine Leafroll-associated virus 1 (GLRaV-1, Ampelovirus, Closteroviridae) par la cochenille Phenacoccus aceris (Pseudococcidae). 7e Congrès de la Société Française de Phytopathologie

Not available, Ce travail est consacré à l'étude des convertisseurs électromécaniques linéaires à induction que l'on peut rencontrer dans la traction ou dans le pompage électromagnétique des métaux liquides. L’adéquation de l'alimentation électrique des convertisseurs linéaires à un effet recherche (pompage, traction ou freinage) est essentielle. Un modèle suffisamment rapide pour se prêter à l'optimisation vis-à-vis de différents critères est développé. La difficulté principale de la modélisation par la méthode des éléments finis réside dans le mouvement de l'induit. Cette difficulté est contournée en introduisant une condition aux limites particulières sur la surface de l'induit (convolution entre le potentiel vecteur et sa dérivée normale), ce qui permet de restreindre les parties numériques de la résolution au domaine fixe. Le modèle est utilisé pour la recherche des alimentations qui optimisent le rendement, la poussée ou bien la force de freinage. On a pu ainsi concevoir des enroulements spécifiques, pour différents modes de fonctionnement et à différentes vitesses, qui autorise un gain appréciable sur le rendement ou sur la poussée ramenée aux pertes joule dans l'inducteur. On a aussi analysé les différents champs de force dans l'induit avant et après optimisation

Des particules virales de type clostérovirus ont été purifiées de vignes atteintes d’enroulement. Ces particules sont extraites par une précipitation fractionnée au polyéthylèneglycol (PEG 6000) permettant de réduire la proportion de contaminants végétaux. Elles sont finalement purifiées par centrifugation dans un gradient de saccharose. Les nucléoprotéines virales sont injectées à un lapin afin de produire les immunoglobulines nécessaires à leur détection en ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay). Parallèlement, les mêmes particules virales ont servi à l’immunisation d’une poule et à l’extraction d’immunoglobulines à partir des oeufs recueillis. L’utilisation simultanée d’immunoglobulines de poule (IgGC) et de gammaglobulines de lapin (IgGR) préalablement absorbées par des extraits foliaires de vigne saine, permet la détection de vignes atteintes d’enroulement au moyen d’un protocole ELISA indirect. La comparaison d’extraits végétaux provenant de différents organes de vigne malade montre que les feuilles constituent l’organe de choix pour la détection sérologique des particules de type clostérovirus. Afin de vérifier la corrélation entre la présence de particules virales filamenteuses et l’observation des symptômes d’enroulement, nous avons éprouvé 61 vignes de différents cultivars par le procédé ELISA indirect. Des réactifs immunochimiques spécifiques de particules de type clostérovirus isolées de vignes atteintes d’enroulement nous ont été fournies par le Dr GUGERLI (GLRV1) et le Dr GONSALVES (NY-1). Leur utilisation en ELISA a permis une analyse complémentaire des 61 vignes mentionnées ci-dessus. Parmi les 50 vignes montrant des symptômes d’enroulement, 44 réagissent dans au moins un des 3 systèmes ELISA employés. Aucune vigne saine ne réagit en ELISA. Deux virus différents liés à l’enroulement ont été distingués sur la base des réactions sérologiques obtenues. Des travaux d’immunomicroscopie (ISEM) complètent les études sérologiques en ELISA., Closterovirus-like particles were purified from leafroll-diseased grapevines. These particles were extracted from leaves by a fractionated PEG precipitation and purified by centrifugation through a sucrose gradient. The purified nucleoproteins were injected into a rabbit to produce immunoglobulins (IgGR) useful for the development of an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). The same closterovirus particles were used to immunize a hen in order to extract immunoglobulins from egg yolk IgGC. The simultaneous use of yolk IgGC and IgGR absorbed with healthy leaf extracts allowed the detection of leafroll-diseased grapevines by ELISA. Comparison of extracts from different grapevine organs showed that leaves were the best source of material for routine diagnosis. In order to check the correlation between leafroll symptoms and the presence of closterovirus-like particles, we analysed 61 grapevines from different sources. Immunochemical reagents specific to closterovirus particles isolated from leafroll-affected grapevines obtained by GONSALVES (NY-1) and Dr GUGERLI (GLRV1) were also used in these serological analyses. Among the 50 diseased grapevines, 44 showed reactions in at least one of the ELISA procedures. None of the healthy grapevines reacted in the ELISA mentioned previously. Two different viruses could be distinguished on the basis of these serological reactions. Using immunosorbent electron microscopy (ISEM), we checked the reactions observed in ELISA.

The study of the quantitative variations among Foraminiferal assemblages during the Toarcian of Beni Snassens area (North Western Morocco) shows some correlation patterns with the sedimentation environment's evolution. The Aïn Reggada (Lower Toarcian) and Ouartas (Middle Toarcian) sections have provided a rich and well-preserved microfauna. For Lower Toarcian, it is possible to recognizethe following environmental sucession : a carbonate platform with Lenticulina s.l. predominance ; a marly basin presenting some confinement traces ; as a result, there is a great abundance of Eoguttulina in the finest fraction, and Lenticulina obonensis mg. Planularia in the coarsest one. Afterwards, a period of greastest confinement occurs with no benthic Foraminiferal fauna. At the end of Polymorphum zone, the basin begins to be filled up. This process will be continued during the middle Toarcian (Bifrons zone). Lenticulina s.l. predominates again in the composition of assemblages (percentage higher than 90% in the coarsest fraction, 70 % in the finest one) exept for some levels where porcelaneous Fora-minifera (genus Ophthalmidium) or agglutinated one (genus Ammobaculites, Amm odiscus) are abundant., L'étude des variations quantitatives des assemblages de foramifères benthiques au cours du Toarcien dans la région des Beni Snassen (Maroc Nord-Oriental) permet de suivre l'évolution des milieux de sédimentation pendant cette période. Les coupes d'Aïn Reggada (Toarcien inférieur) et de Ouartas (Toarcien moyen) ont fourni une microfaune abondante et bien conservée qui a permis des comptages. Au Toarcien inférieur, on passe d'un milieu de plate-forme carbonatée, avec dominance du genre Lenticulina s.l., à un milieu de bassin à dominante marneuse et présentant des indices de confinement. Ceci se traduit par un grand développement des Eoguttulines dans la fraction fine et de l'espèce Lenticulina obonensis mg. Planularia dans la fraction grossière. Après un maximum de confinement où aucun foraminifère n'est présent, s'opère un début de comblement du bassin à la fin de la zone à Polymorphum . Le comblement se poursuit au Toarcien moyen (zone à Bifrons). La composition des assemblages est à nouveau marquée par une prédominance de Lenticulina s.l. (pourcentage supérieur à 90% dans la fraction grossière, supérieur à 70% dans la fraction fine) sauf dans quelques niveaux où se développent des foraminifères à test porcelané (genre Ophthalmidium) ou à test agglutinant (Ammobaculites, Ammodiscus)., Boudchiche Lahbib, Nicollin Jean-Pierre, Ruget Christiane. Évolution des assemblages de foraminifères pendant le Toarcien dans le massif des Beni Snassen (Maroc Nord-oriental). In: Géologie Méditerranéenne. Tome 14, numéro 2, 1987. Xe colloque africain de micropaléontologie. B – Le Mesozoique. Rabat – Université Mohamed V – Maroc. 29 septembre-1er octobre 1987. pp. 161-166.

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