Submitted by Vitor de Andrade Kamimura (vitorkami@msn.com) on 2020-11-17T21:35:09Z No. of bitstreams: 1 Tese - Vitor Kamimura 2020.pdf: 5285422 bytes, checksum: 56c69a2b0ffad3112e8fd79714ad9c49 (MD5) Rejected by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: - Página de rosto: falta o nome do orientador e a cidade "Rio Claro-SP". Não consta no modelo da página do programa de pós-graduação, mas é importante colocar essas duas informações na página de rosto, conforme a norma ABNT. - Agradecimento CNPq: no capítulo “Agradecimentos” é necessário colocar o nome completo da agência de fomento e a sigla: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq. - Agradecimento CAPES: a CAPES publicou uma portaria na qual determina como deve ser colocado o agradecimento. A frase deve estar no capítulo "Agradecimentos" e deve ser exatamente esta: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001”. - Acesso aberto?: sua dissertação possui capítulos separados, conforme você explica. Você pretende publicar esses capítulos em periódicos que aceitam que já esteja disponibilizado o texto completo? Existe a opção de acesso aberto ou acesso restrito no Repositório Institucional e o acesso restrito existe 4 opções de prazo para disponibilizar o texto completo. PORTARIA Nº 206, DE 4 DE SETEMBRO DE 2018 Dispõe sobre obrigatoriedade de citação da CAPES O PRESIDENTE DA COORDENAÇÃO DE APERFEIÇOAMENTO DE PESSOAL DE NÍVEL SUPERIOR, no uso das atribuições que lhe foram conferidas pelo art. 26 do (a) Estatuto, aprovado (a) pelo Decreto nº 8977, de 30/01/2017, e CONSIDERANDO o indicado nos Editais da CAPES, nos Termos de Compromisso de Bolsista, nos regulamentos de bolsas no exterior e de bolsas no país, no Manual de AUXPE, e no termo de adesão ao Portal de Periódicos; CONSIDERANDO o constante dos autos do processo nº 23038.013648/2018-51, resolve: Art. 1º Os trabalhos produzidos ou publicados, em qualquer mídia, que decorram de atividades financiadas, integral ou parcialmente, pela CAPES, deverão, obrigatoriamente, fazer referência ao apoio recebido. Art. 2º Para fins de identificação da fonte de financiamento fica autorizada a utilização do código 001 para todos os financiamentos recebidos. Art. 3º Deverão ser usadas as seguintes expressões, no idioma do trabalho: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001 "This study was financed in part by the Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Finance Code 001" Art. 4º Fica o pró-reitor de pós-graduação ou congênere, responsável pela divulgação e aplicação da regra dentro das Instituições de Ensino Superior que recebem apoio da CAPES. Art. 5º A falha em obedecer esta norma implicará em mudanças eventuais nos apoios da CAPES para as instituições e pesquisadores envolvidos, a partir de 2020. Art. 6º Esta Portaria entra em vigor na data de sua publicação. ABILIO A. BAETA NEVES Fonte: CAPES Agradecemos a compreensão. on 2020-11-24T18:12:30Z (GMT) Submitted by Vitor de Andrade Kamimura (vitorkami@msn.com) on 2020-11-25T13:35:17Z No. of bitstreams: 1 Tese de doutorado - Vitor Kamimura 2020.pdf: 5288856 bytes, checksum: c5375d4cb0c831b81c5769976c2efe29 (MD5) Rejected by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: - Agradecimento CAPES: a CAPES publicou uma portaria na qual determina como deve ser colocado o agradecimento. A frase deve estar no capítulo "Agradecimentos" e deve ser exatamente esta: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001”. Você colocou o número do processo da CAPES, mas nos agradecimentos ela pede para considerar todos os processo com o código de finanacimento 001. "Art. 2º Para fins de identificação da fonte de financiamento fica autorizada a utilização do código 001 para todos os financiamentos recebidos". Veja a portaria completa abaixo. - Prazo de embargo de 6 meses: o prazo de embargo é contado da data da defesa, sendo assim, a tese estará disponível on-line a partir de 09/04/2021. Verifique se esse prazo é suficiente, pois há 4 opções de prazo de embargo: 6 meses, 12 meses, 18 meses e 24 meses. PORTARIA Nº 206, DE 4 DE SETEMBRO DE 2018 Dispõe sobre obrigatoriedade de citação da CAPES O PRESIDENTE DA COORDENAÇÃO DE APERFEIÇOAMENTO DE PESSOAL DE NÍVEL SUPERIOR, no uso das atribuições que lhe foram conferidas pelo art. 26 do (a) Estatuto, aprovado (a) pelo Decreto nº 8977, de 30/01/2017, e CONSIDERANDO o indicado nos Editais da CAPES, nos Termos de Compromisso de Bolsista, nos regulamentos de bolsas no exterior e de bolsas no país, no Manual de AUXPE, e no termo de adesão ao Portal de Periódicos; CONSIDERANDO o constante dos autos do processo nº 23038.013648/2018-51, resolve: Art. 1º Os trabalhos produzidos ou publicados, em qualquer mídia, que decorram de atividades financiadas, integral ou parcialmente, pela CAPES, deverão, obrigatoriamente, fazer referência ao apoio recebido. Art. 2º Para fins de identificação da fonte de financiamento fica autorizada a utilização do código 001 para todos os financiamentos recebidos. Art. 3º Deverão ser usadas as seguintes expressões, no idioma do trabalho: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001 "This study was financed in part by the Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Finance Code 001" Art. 4º Fica o pró-reitor de pós-graduação ou congênere, responsável pela divulgação e aplicação da regra dentro das Instituições de Ensino Superior que recebem apoio da CAPES. Art. 5º A falha em obedecer esta norma implicará em mudanças eventuais nos apoios da CAPES para as instituições e pesquisadores envolvidos, a partir de 2020. Art. 6º Esta Portaria entra em vigor na data de sua publicação. ABILIO A. BAETA NEVES Fonte: CAPES Agradecemos a compreensão. on 2020-11-27T12:30:11Z (GMT) Submitted by Vitor de Andrade Kamimura (vitorkami@msn.com) on 2020-11-27T13:08:33Z No. of bitstreams: 1 Tese - Vitor Kamimura 2020.pdf: 5288977 bytes, checksum: 76f6822a88c7482598ccb38363230661 (MD5) Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2020-11-30T20:21:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 kamimura_va_dr_rcla_par.pdf: 862349 bytes, checksum: e3a7f5f84464360b481b65387f6d87ac (MD5) Made available in DSpace on 2020-11-30T20:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 kamimura_va_dr_rcla_par.pdf: 862349 bytes, checksum: e3a7f5f84464360b481b65387f6d87ac (MD5) Previous issue date: 2020-10-09 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) A ecologia busca elucidar os processos e mecanismos responsáveis pelos padrões de diversidade, estrutura, montagem e funcionamento das comunidades. Neste trabalho, investigamos três questões fundamentais na ecologia de comunidades, utilizando um grande conjunto de dados da composição, demografia e atributos funcionais de comunidades arbóreas amostrados ao longo de um gradiente de elevação na Floresta Atlântica. No primeiro capítulo, utilizamos abordagens integrativas por meio de métricas da diversidade de espécies e filogenética sob diferentes arranjos de espécies (p.e. comunidade vs. famílias) para avaliar os processos ecológicos que conduzem as relações entre diversidade e elevação em florestas com mega diversidade. Encontramos um padrão de variação unimodal da diversidade da comunidade arbórea, emergindo da combinação dos diferentes padrões de diversidade de suas famílias com maior abundância. A diversidade filogenética local foi negativamente relacionada com a elevação e a diversidade regional (turnover) de espécies foi maior quanto maior a distância entre as comunidades. Estes resultados indicam a competição e a filtragem ambiental como principais processos nos mecanismos de montagem de comunidades ao longo de gradiente de elevação, e que a união das abordagens ecológica e evolutiva, sob diferentes arranjos de espécies, é fundamental para entender os processos que conduzem as relações entre diversidade e os gradientes ambientais. No segundo capítulo, além dos efeitos da variação de altitude, estudamos os efeitos da extração seletiva de madeira no padrão de diversidade e na estrutura filogenética de comunidades arbóreas, e avaliamos como a escala espacial pode alterar os resultados dessas análises. O corte seletivo e o filtro de altitude aumentaram a diversidade filogenética, apesar de conduzirem ao agrupamento filogenético. Os efeitos da altitude e da exploração madeireira foram mais fortes em larga escala, e os resultados foram alterados de acordo com os clados usados na análise. Dessa maneira, o filtro ambiental pode ofuscar o efeito da extração seletiva de madeira e, quando o filtro de elevação é excluído, os nichos abertos provavelmente por perturbações da exploração madeireira, levam a maior co-ocorrência de espécies filogeneticamente distantes. No terceiro capítulo, estudamos as relações entre os atributos funcionais e as taxas demográficas das espécies arbóreas considerando a importância de incluir interações entre os atributos, assim como o tipo florestal e o intervalo de tempo entre os censos (incluindo ou não um evento de seca), usando técnicas estatísticas inovadoras para melhorar o teste de premissas da análise funcional com um grande conjunto de dados. Aplicando o ‘aprendizado de máquina’ por meio de modelos de árvore de regressão impulsionados, descobrimos que a inclusão das interações entre atributos aumentou significativamente o poder dos modelos para prever as relações entre atributos e taxas demográficas, dependentes do tipo de vegetação e do intervalo de tempo. Assim, para avaliar a funcionalidade das comunidades vegetais, é importante considerar que pode haver múltiplos fenótipos com respostas demográficas semelhantes, resultados de interações entre atributos em diferentes habitats e intervalos de tempo. Concluindo, demonstramos que o uso de diferentes abordagens na ecologia de comunidades é fundamental para que possamos avaliar os processos ecológicos e mecanismos que conduzem a mega-diversidade de florestas tropicais e o funcionamento de suas comunidades. A central point in ecology is to elucidate the processes and mechanisms responsible for the patterns of diversity, structure, assembly, and functioning of communities. Here, by using a large set of data on the composition, demography, and functional attributes of tree communities sampled along an elevation gradient in the Atlantic Forest, we investigated three fundamental questions across three chapters in the ecology of communities. In the first chapter, we used an integrated approach of species diversity and phylogenetic diversity under different species arrangements (e.g. community vs. families) to assess the ecological processes that drive the relationships between diversity and elevation in mega-diversity forests. We found a unimodal pattern of diversity variation for the tree community, emerging from the combination of different patterns of diversity of its most abundant families. The local phylogenetic diversity was negatively related to the elevation and the regional diversity (turnover) of species was greater as greater the elevation difference between communities. These results showed species competition and environmental filtering as the most important processes in the community's assembly mechanisms along an elevation gradient and that the union of ecological and evolutionary approaches, under different species arrangements, are fundamental to evaluate the processes that drive relationships between diversity and environmental gradients at each scale. In the second chapter, along with the effects of altitude variation, we studied the effects of selective logging on the diversity and phylogenetic structure of tree communities and evaluated how spatial scale change these results. Selective logging tends to increase phylogenetic diversity but leads to phylogenetic clustering. The effects of elevation and logging were stronger on large scale, and the results were changed according to the clades used in the analysis. Therefore, the environmental filter can overshadow the effects of selective logging, when the elevation-filter was excluded, it revealed open niche-spaces probably created by disturbance of logging, leading to the co-occurrences of distantly related species. In the third chapter, we studied the trait-demography rates relationships of tree species taking into account 16 trait-interactions, forest type, time-interval between censuses (including or not a drought event) under robust statistical techniques to improve testing functional ecology assumptions by means of large datasets. Using machine learning through boosted regression tree models, we found that the inclusion of the trait-interactions significantly increased the power of the models to predict the trait-demography rates relationships and that trait-interactions were dependent on vegetation type and on time interval. Thus, to assess the functionality of the attributes, it is necessary to incorporate the concept of multiple phenotypes with similar demographic responses, resulting from various trait-interactions in different habitats and time intervals. To sum up, we demonstrate that the use of different approaches over community ecology is crucial for assessing the ecological processes and mechanisms that lead to a mega-diversity of tropical forests and the functioning of their communities. CNPq: 141781/2016-5 CAPES: 001