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A podridão carpelar tem-se tornado uma importante doença no Brasil, deixando de ser considerada uma doença secundária dentro do grupo das doenças de verão. O desenvolvimento e o formato dos frutos podem ser influenciados por eventos climáticos que ocorrem durante o período de polinização e frutificação da macieira. Além de outros fatores como nutrição das plantas, manejo da condução, tipo de porta-enxerto e cultivar copa. As alterações no formato dos frutos advindas destes fatores podem influenciar no aumento da intensidade da doença. O objetivo deste trabalho foi relacionar características morfológicas de frutos com a incidência de podridão carpelar, em clones de macieira, utilizando diferentes porta-enxertos, durante os ciclos de produção de 2009/2010 e 2010/2011, no município de Vacaria, no Estado do Rio Grande do Sul. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, em arranjo fatorial 9 x 2, com nove clones das cultivares Gala e Fuji e dois porta-enxertos EM-9 e Marubakaido com interenxerto de EM-9. As características morfológicas dos frutos avaliados foram: relação entre comprimento e diâmetro de frutos (C/D), distância entre lóbulos, abertura calicinar, comprimento do tubo calicinar, número de sementes e classe de sintomas da doença nos carpelos. A doença não foi identificada nos clones da cultivar Gala, em ambos os ciclos de produção. Houve interação entre os fatores clones e porta-enxertos para as características morfológicas avaliadas, em ambos os ciclos de produção. A maior incidência da doença nos clones de 'Fuji' apresentou uma relação positiva com as características morfológicas dos frutos com maior abertura calicinar, menor relação C/D e maior distância entre lóbulos dos frutos, quando comparados aos clones de 'Gala'. O clone 'Fuji Suprema', enxertado sobre porta-enxerto EM-9, apresentou 19,33 % de incidência de podridão carpelar, sendo significativamente superior quando comparado aos 6,67% de incidência do porta-enxerto Marubakaido com interenxerto de EM-9. Dentre os gêneros de fungos isolados de carpelos de maçãs, Alternaria é o gênero que apresentou maior frequência na proporção de 14 e 20% nos ciclos de 2009/2010 e 2010/2011, respectivamente. The moldy core has become an important disease in Brazil, no longer considered a secondary disease within the group of summer diseases. The development and fruit shape can be influenced by weather events that occur during the period of pollination and fruit set of apple trees. In addition to other factors such as plant nutrition, management of drives, type of rootstock and scion. The changes in fruits shape these factors can influence the increased intensity of disease. The objective of this study was to relate fruit morphological characteristics with the incidence of moldy core disease in different clones of apple Gala and Fuji cultivars on different rootstocks during the crop season of 2009/10 and 2010/11 in the municipality of Vacaria in the state of Rio Grande do Sul. The experimental design was completely randomized in a factorial 9 x 2 with nine clones of Gala and Fuji and two EM-9 rootstocks and interstock Marubakaido with EM-9. The fruit morphological characteristics evaluated were: relation between fruit length and diameter (L/D), distance between lobes, opening calicinar, calicinar tube length, seed number and class of disease symptoms in carpels. The disease was not identified in any clones of 'Gala' cultivars in both crop season. There was interaction between clones and rootstocks for all fruit morphological characteristics in both crop season 2009/10 and 2010/11. The highest incidence of disease in clones of 'Fuji' showed a positive relationship with the morphological characteristics of fruits with bigger calicinar openness, lower relationship between L/D and greater distance between lobes of the fruit, when compared with clones of 'Gala'. The clone 'Fuji Suprema' grafted on rootstock EM-9 presented 19,33% of moldy core incidence that was significantly higher than 6,67% incidence for rootstock Marubakaido interstock with EM-9. Among the genera of fungi isolated from carpels of apples, Alternaria was the genus with the highest frequency in the proportion of 14 and 20% in 2009/10 and 2010/11 crop season, respectively.