Search

Psoriasis (Pso) is a chronic inflammatory skin disease, and up to 30% of Pso patients develop psoriatic arthritis (PsA), which can lead to irreversible joint damage. Early detection of PsA in Pso patients is crucial for timely treatment but difficult for dermatologists to implement. We, therefore, aimed to find disease-specific immune profiles, discriminating Pso from PsA patients, possibly facilitating the correct identification of Pso patients in need of referral to a rheumatology clinic. The phenotypes of peripheral blood immune cells of consecutive Pso and PsA patients were analyzed, and disease-specific immune profiles were identified via a machine learning approach. This approach resulted in a random forest classification model capable of distinguishing PsA from Pso (mean AUC = 0.95). Key PsA-classifying cell subsets selected included increased proportions of differentiated CD4+CD196+CD183-CD194+ and CD4+CD196-CD183-CD194+ T-cells and reduced proportions of CD196+ and CD197+ monocytes, memory CD4+ and CD8+ T-cell subsets and CD4+ regulatory T-cells. Within PsA, joint scores showed an association with memory CD8+CD45RA-CD197- effector T-cells and CD197+ monocytes. To conclude, through the integration of in-depth flow cytometry and machine learning, we identified an immune cell profile discriminating PsA from Pso. This immune profile may aid in timely diagnosing PsA in Pso.

De havens die Groningen Seaports (GSP) faciliteert, zijn relatief kleine havens waar het tij bepaalt welke schepen kunnen aanmeren. GSP wil de concurrentie met grotere havens aangaan door voorop te lopen met innovatie en zet hier bewust stappen in. Denk aan het faciliteren van zelf varende schepen en het maximaliseren van gebruik van de kade. Groningen Seaports (GSP) kent in het kader van kademanagement een aantal uitdagingen. Essentieel voor kademanagement is dat de havenautoriteit inzicht heeft in welke schepen zich in de haven bevinden en welke schepen gebruik maken of willen maken van de kade. Dit inzicht draagt bij aan verscheidene doelen: Borgen van veiligheid in de haven Sturen op efficiënt gebruik van de haven en de kade Doorbelasting van gebruik van de kade Bottleneck vormt de uitgestrektheid van de haven, waardoor GSP geen actueel inzicht heeft in het gebruik van de kade. Het is daarbij o.a. aangewezen op het vertrouwen van de schippers in het correct doorgeven van het gebruik van de kade (duur en positie). De praktijk wijst uit dat het dat het kadegebruik niet altijd correct gefactureerd wordt. Dit zorgt voor een aanzienlijke jaarlijkse schadepost. Deze uitdagingen lijken overigens generiek voor alle havens (groot en klein) en gelden niet alleen voor GSP. Voor dit project zijn de volgende uitdagingen gedefinieerd: Registreren van afgemeerde schepen Het komt voor dat schepen niet of niet juist gefactureerd worden voor het gebruik van de kade. Door het detecteren van afgemeerde schepen aan de kade, o.a. in combinatie met de schipregistratie AIS, moet het gebruik van de kade correct geregistreerd worden. Daarnaast kan een goed beheer van de kade ondersteunen in het inzicht krijgen in de vrije plaatsen en het optimaliseren van het kadegebruik (zodat bijvoorbeeld bij een aankomende storm de kadecapaciteit optimaal benut kan worden). Het doel van het project was de detectie van schepen aan de kade onder diverse (weers)omstandigheden. De omgeving wordt gekenmerkt door uitgestrektheid, waarbij er geen vaste stroomvoorziening is. Daarnaast heeft GSP een eigen Low Power Long Range netwerk tot zijn beschikking in dit gebied, te weten een LoRa netwerk van TheThingsNetwork. Een aanvullend technisch doel van de pilot is te bepalen welke (combinatie van) sensoren geschikt zijn om schepen met voldoende zekerheid te detecteren. De sensor is uitgerust met een ultrasoon sensor, een magnetometer en een doppler radar sensor.

De havens die Groningen Seaports (GSP) faciliteert, zijn relatief kleine havens waar het tij bepaalt welke schepen kunnen aanmeren. GSP wil de concurrentie met grotere havens aangaan door voorop te lopen met innovatie en zet hier bewust stappen in. Denk aan het faciliteren van zelf varende schepen en het maximaliseren van gebruik van de kade. Groningen Seaports (GSP) kent in het kader van kademanagement een aantal uitdagingen. Essentieel voor kademanagement is dat de havenautoriteit inzicht heeft in welke schepen zich in de haven bevinden en welke schepen gebruik maken of willen maken van de kade. Dit inzicht draagt bij aan verscheidene doelen: Borgen van veiligheid in de haven Sturen op efficiënt gebruik van de haven en de kade Doorbelasting van gebruik van de kade Bottleneck vormt de uitgestrektheid van de haven, waardoor GSP geen actueel inzicht heeft in het gebruik van de kade. Het is daarbij o.a. aangewezen op het vertrouwen van de schippers in het correct doorgeven van het gebruik van de kade (duur en positie). De praktijk wijst uit dat het dat het kadegebruik niet altijd correct gefactureerd wordt. Dit zorgt voor een aanzienlijke jaarlijkse schadepost. Deze uitdagingen lijken overigens generiek voor alle havens (groot en klein) en gelden niet alleen voor GSP. Voor dit project zijn de volgende uitdagingen gedefinieerd: Registreren van afgemeerde schepen Het komt voor dat schepen niet of niet juist gefactureerd worden voor het gebruik van de kade. Door het detecteren van afgemeerde schepen aan de kade, o.a. in combinatie met de schipregistratie AIS, moet het gebruik van de kade correct geregistreerd worden. Daarnaast kan een goed beheer van de kade ondersteunen in het inzicht krijgen in de vrije plaatsen en het optimaliseren van het kadegebruik (zodat bijvoorbeeld bij een aankomende storm de kadecapaciteit optimaal benut kan worden). Het doel van het project was de detectie van schepen aan de kade onder diverse (weers)omstandigheden. De omgeving wordt gekenmerkt door uitgestrektheid, waarbij er geen vaste stroomvoorziening is. Daarnaast heeft GSP een eigen Low Power Long Range netwerk tot zijn beschikking in dit gebied, te weten een LoRa netwerk van TheThingsNetwork. Een aanvullend technisch doel van de pilot is te bepalen welke (combinatie van) sensoren geschikt zijn om schepen met voldoende zekerheid te detecteren. De sensor is uitgerust met een ultrasoon sensor, een magnetometer en een doppler radar sensor.

The present chapter is about coastal border control for threats entering the coastal waters under the water surface. This threat consists mainly of covertly operating submarines. Acoustic sensors are commonly used for the detection of these submarines, as illustrated by the recent (renewed) deployment of networks of acoustic sensors by several Asian nations. However, acoustic conditions in shallow (littoral) water are relatively poor and this increases the importance of other sensors to detect the entering submarine. We review technology for detecting submarines by exploiting their magnetic field signature. Detection of submarines by their magnetic field signature is not new. For example during World War I the first inductive loops were installed on the seafloor in front of English harbours to detect German submarines. A line of mines laid near or in these loops could be triggered after detection of an enemy submarine. In World War II induction loops were used by the Allies to protect about 50 of their harbours worldwide, but all loops were dismantled after the war. Magnetic Anomaly Detection (MAD) from maritime patrol aircraft was introduced in World War II, it was commonly used during the Cold War, and remains an important sensor in modern anti-submarine warfare. Nowadays portable underwater magnetic barriers and swarms of long-endurance UAVs equipped with MAD are a realistic scenario. Is it not time to reconsider induction loops in the control of the underwater coast line, and in particular the entrance to harbours? What is the order of magnitude for the detection thresholds of these systems? Does an optimal geometry exist for the induction loop for harbour control? Which sources on board the submarine are related to the magnetic signature, and which level of variation of the recorded signature can be expected? These questions will be addressed in the present chapter by using open sources and some basic calculations."

The present chapter is about coastal border control for threats entering the coastal waters under the water surface. This threat consists mainly of covertly operating submarines. Acoustic sensors are commonly used for the detection of these submarines, as illustrated by the recent (renewed) deployment of networks of acoustic sensors by several Asian nations. However, acoustic conditions in shallow (littoral) water are relatively poor and this increases the importance of other sensors to detect the entering submarine. We review technology for detecting submarines by exploiting their magnetic field signature. Detection of submarines by their magnetic field signature is not new. For example during World War I the first inductive loops were installed on the seafloor in front of English harbours to detect German submarines. A line of mines laid near or in these loops could be triggered after detection of an enemy submarine. In World War II induction loops were used by the Allies to protect about 50 of their harbours worldwide, but all loops were dismantled after the war. Magnetic Anomaly Detection (MAD) from maritime patrol aircraft was introduced in World War II, it was commonly used during the Cold War, and remains an important sensor in modern anti-submarine warfare. Nowadays portable underwater magnetic barriers and swarms of long-endurance UAVs equipped with MAD are a realistic scenario. Is it not time to reconsider induction loops in the control of the underwater coast line, and in particular the entrance to harbours? What is the order of magnitude for the detection thresholds of these systems? Does an optimal geometry exist for the induction loop for harbour control? Which sources on board the submarine are related to the magnetic signature, and which level of variation of the recorded signature can be expected? These questions will be addressed in the present chapter by using open sources and some basic calculations."

Selecteren van pootaardappelen kost de teler veel tijd en vergt een hoge mate van vakmanschap. Wellicht kan een machine dat sneller en beter. Daarom start dit jaar het vierjarige project Smart Ziekzoeken Pootaardappelen om te testen of het automatisch opsporen van zieke aardappelplanten haalbaar is. Het project wordt uitgevoerd door Praktijkonderzoek Plant en Omgeving (PPO) en specialisten van Plant Research International (beide onderdeel van Wageningen UR)

Q fever, caused by the bacterium Coxiella burnetii, has become an emerging public health problem in the Netherlands since 2007. Diagnosis of Q fever, both in humans and animals, is mainly based on serology. Serological techniques are less suitable for direct transmission and source-finding studies for C. burnetii infection due to the delayed detection window for serological tests. The last two decades, several PCR based diagnostic assays (conventional PCR or qPCR) have been developed for the detection of C. burnetii DNA. These assays have been applied for the detection of C. burnetii DNA in clinical samples, veterinary samples, and environmental samples. These PCR-based diagnostic tests are often "in-house" developed assays. A number of commercial PCR diagnostic tests, however, have also become available. A drawback of these commercial kits is that information on some of the components is patented. This makes a thorough assessment of assay performance in relation to other "inhouse" developed assays difficult. In the current study, we describe a comparison of various (q)PCR assays used by laboratories both nationally and internationally for the detection of C. burnetii DNA. We compare the results obtained from three ring trials, set up specifically for the detection of C. burnetii DNA in human, veterinary, or environmental matrices. In addition, we compare specific parameters, such as sensitivity, specificity, and reproducibility for each of the (q)PCR assays. In conclusion, most (q)PCR assays developed for C. burnetii include detection of the multicopy insertion element IS1111, in combination with detection of other single copy genes such as icd, com1, sod, or plasmid genes. PCR based detection assays (conventional PCR or qPCR) for C. burnetii DNA preferably target short and multiple target sequences, including an internal process control in multiplex format. Other performance characteristics have not yet been published for these qPCR assays for the detection of C. burnetii, although this would be recommended.

Het RIVM heeft een overzicht gemaakt van bestaande en nieuwe methoden om legionella in water aan te tonen. Dit is gemaakt in opdracht van de VROM Inspectie, die inzicht wil hebben in de kenmerken en toepassingsmogelijkheden van bestaande en nieuwe methoden. Legionella komt overal in het milieu voor, maar mensen raken vooral geinfecteerd als zij bacterien inademen die zijn uitgegroeid in watersystemen die door de mens zijn gemaakt. Voorbeelden daarvan zijn bubbelbaden, koeltorens en leidingwatersystemen. Legionellapreventie is erop gericht de groei van legionella in dergelijke watersystemen te voorkomen. Bepaalde collectieve leidingwaterinstallaties, zoals in ziekenhuizen, moeten volgens het Waterleidingbesluit periodiek gecontroleerd worden op de aanwezigheid van legionella. Dit dient te gebeuren conform de NEN 6265, een kweekmethode op agarplaten. De NEN 6265 heeft een aantal beperkingen. Zo kunnen legionellabacterien gemist worden doordat ze niet groeien op agarplaten of doordat ze overgroeid worden door andere bacterien. Nieuwe methoden, zoals Polymerase Chain Reaction, de legionella-chip of amoebe-kweek, kunnen voordelen bieden ten opzichte van de wettelijk vereiste kweekmethode. Ze kunnen bijvoorbeeld wel de legionellabacterien detecteren die niet zijn te kweken op agarplaten. Nieuwe methoden hebben echter ook beperkingen. Een aantal van deze methoden tonen bijvoorbeeld ook dode bacterien aan, waardoor na een reinigingsmaatregel niet kan worden vastgesteld of het legionella-probleem in een installatie verholpen is. Nader onderzoek dient te worden uitgevoerd om vast te stellen of nieuwe methoden of een combinatie van methoden in staat zijn een beter beeld te geven van legionellagroei in een leidingwaterinstallatie dan de NEN 6265.

Het onderzoek dat hier wordt gepresenteerd werd gestart om de mogelijkheden van moleculaire methoden voor detectie en epidemiologisch onderzoek van HIV en HTLV infecties te onderzoeken. We presenteren de resultaten van een literatuurstudie en beschrijven de ontwikkeling en gedeeltelijke evaluatie van een PCR methode voor de amplificatie van RNA en DNA sequenties van HIV-1 pol, env en gag, HIV-2 ltr en HTLV-I/II tax/rex genen. Voor de amplificatie van viraal RNA werden de monsters behandeld met guanidine thiocyanaat en natrium-lauryl-sarcosinaat om het virus kapot te maken en om RNAses te inactiveren. Paramagnetische bolletjes werden gebruikt om het RNA te extraheren gevolgd door solid-phase reverse-transcriptie voor cDNA synthese. Een twee-staps PCR protocol werd gebruikt voor de amplificatie van DNA of cDNA, waarbij het produkt van de eerste PCR verder wordt geamplificeerd in een tweede PCR met nested primers gecombineerd met een touch-down temperatuur protocol, om de gevoeligheid en specificiteit te verhogen. Een pilotstudie laat zien dat in alle perifere bloed mononucleaire cellen (PBMC) monsters van zeven HIV-1 geinfecteerde individuen uit CDC klasse II, proviraal HIV-1 detecteerbaar was gebruik makend van drie primersets. HIV-1 RNA was detecteerbaar in plasma van 10 van vijftien HIV-1 geinfecteerde individuen uit CDC klasse II. Samen met gegevens uit de literatuur geven onze resultaten een indicatie dat PCR methoden bruikbaar zijn voor detectie van HIV infecties als toegevoegde methode aan de conventionele methoden zoals de enzym-immunoassays en de westernblot. Ze zijn speciaal geschikt als met de conventionele methoden geen duidelijke diagnose gesteld kan worden, zoals bijvoorbeeld bij borelingen van HIV geInfecteerde moeders, bij het volgen van de hoeveelheid aanwezig virus en bij patienten met een idiopatische CD4+ T-lymfocytopenie. Met dezelfde methode zijn HIV-2 en HTLV-I RNA en DNA sequenties geamplificeerd. Echter, deze methoden moeten nog klinisch geevalueerd worden. Deze nieuw ontwikkelde methode is mogelijk bruikbaar voor moleculair epidemiologische studies omdat het produkt van de HIV-1 env np-PCR, het V3 variabele gebied van glycoproteine gp120 gen, direct te sequencen was. Echter, moleculaire epidemiologie moet uitgevoerd worden op het nivo van moleculaire kloons van het virus in meer dan een gebied van het virale genoom. Voor moleculair epidemiologische studies van HIV-1 zijn, bijvoorbeeld, de variabele gebieden V3, V4 en V5 van het gp120 gen geschikte kandidaten. Veelbelovende methoden om materialen voor PCR en serologie bij epidemiologische veldstudies te verkrijgen zijn het gebruik van vingerprik-bloed op filter papier en van speeksel afname. Verdere studies zijn nodig om de waarde van deze methoden in moleculair epidemiologisch onderzoek vast te stellen.

Specifieke soorten legionellabacterien kunnen schadelijk zijn voor de volksgezondheid. Het RIVM heeft een nieuwe methode ontwikkeld waarmee legionellabacterien die in water zitten, kunnen worden aangetoond. Eerst worden legionellabacterien gekweekt op amoeben, eencelligen waarin de bacterien kunnen groeien. De vermeerderde bacterien worden vervolgens aangetoond met polymerase chain reaction (PCR) of met kweek op mediumplaten. Jaarlijks worden veel gevallen van longontsteking als gevolg van een legionellabacterie gemeld bij het RIVM. Het lukt echter zelden om in de omgeving van deze patienten de bron van de besmetting te vinden. Dit komt waarschijnlijk doordat bestaande methoden niet in staat zijn om alle legionellabacterien in watermonsters op te sporen. De amoebe-kweek PCR-methode kan dit naar verwachting wel, maar dit moet nog worden gevalideerd.

De Europese Commissie heeft laten onderzoeken of snellere methoden om een Salmonella besmetting bij slachtvarkens op te sporen, geschikt zijn. Dit blijkt niet het geval. Normaal gesproken worden de Salmonella bacterieen met een voorgeschreven kweekmethode uit de lymfeklieren van varkens geisoleerd. De alternatieve methoden analyseren de aanwezigheid van antilichamen tegen Salmonella in het vocht van ontdooid vlees (vleesdrip) of het bloed (serum) van varkens. Het Communautair Referentie Laboratorium voor Salmonella (CRL-Salmonella), gevestigd op het RIVM, heeft in samenwerking met de Gezondheidsdienst voor Dieren (GD, Deventer) de kwaliteit van deze methoden getest. De studie vond plaats tussen oktober 2006 en oktober 2007 in opdracht van de Europese Unie. Het onderzoek bestond uit twee onderdelen. Bij het eerste onderdeel stuurden tien lidstaten zestig vleesdripmonsters naar het CRL. De lidstaten hadden deze monsters met hun eigen methode onderzocht. Voor het CRL onderzocht de GD al deze vleesdripmonsters met een methode. Negen van de tien lidstaten vonden andere resultaten dat de GD. De methoden van de lidstaten zijn daardoor niet vergelijkbaar om vleesdrip te testen. Bij het tweede onderdeel kregen de lidstaten serummonsters van varkens met en zonder Salmonella-infectie toegestuurd. Deze monsters werden getest op de aanwezigheid van antilichamen tegen Salmonella. Alle lidstaten hebben goede resultaten behaald. In theorie zou deze methode dus gebruikt kunnen worden, maar voor het afnemen van bloed bij varkens tijdens de slachtfase en het opwerken van het bloed is specifieke kennis nodig die niet in alle slachthuizen aanwezig is.

H2020-project SafeShore - Project Presentatie tijdens de INNOS Drone demo dag voor veiligheidsdiensten in Zedelgem (België) op 23 November 2016 - Detectie van bedreigingen in maritieme omgevingen

Nowadays, sensors are designed to consume less power with decreased size, making them suitable for application in low-power wireless sensor networks (WSN) systems. The challenge is not to compromise on the sensor’s sensitivity and selectivity towards the target. This thesis studies various options to improve the limits of detection. Usually, sensors are limited in detection range and resolution; they are also restricted by cross sensitivity towards other target agents and other parameters. This cross sensitivity, towards humidity and temperature, for instance, reduces the sensor’s detection limit and, therefore, its usability. This work discusses three examples where the limit of detection has been investigated, localised and improved with nanotech-based sensors. The first example is a nanowire-based hydrogen sensor. The second example was based on a potentiometric-sensor principle, capable of sensing CO2. The third example is an Inter-Digitated Electrode (IDE) sensor, capable of selective sensing through the coating of an active layer.

Vascular wilts caused by xylem-colonizing pathogens are among the most devastating plant diseases that affect a wide range of plant species worldwide. Information on the distribution of V. dahliae in infected trees helps to design an appropriate and efficient sampling method for reliable detection of the pathogen in diseased trees. In Chapter 3 , the distribution of V. dahliae in young twigs and leaves of infected olive trees is studied by real-time quantification of V. dahliae DNA. Analysis of twig and leaf samples collected from different sides of the crown of infected olive trees showed a non-uniform distribution of the fungus within infected parts of diseased olive trees. It was demonstrated that testing of combined samples comprising subsamples from at least 5 twigs from different sides of the tree, or 5-10 random leaves, can reliably detect the pathogen. V. dahliae isolates that infect olive trees can be classified as defoliating (D) isolates that are highly virulent, or non-defoliating (ND) isolates that are generally less aggressive. Discrimination of these pathotypes is important in order to predict the severity of disease, and decide on appropriate disease management strategies. This is particularly important due to the alarming spread of highly virulent isolates of the D pathotype worldwide. In Chapter 4 , a novel method is designed for accurate discrimination and sensitive detection of D and ND isolates of V. dahliae. Through comparative genomics of multiple D and ND isolates of V. dahliae a region was identified that is present in all sequenced ND isolates, while absent from all D isolates. Based on this presence-absence polymorphism, a set of primers was designed spanning this region that was able to generate differentially sized amplicons for isolates that belong to the different pathotypes. Additionally, a nested-PCR assay was designed to increase the sensitivity and improve detection of D and ND isolates in planta. In Chapter 5 , the relation of the dynamics in pathogen distribution in infected plants to the differences in extent and severity of disease caused by D and ND isolates in resistant and susceptible olive genotypes is studied. To this end, the distribution of a D (V117) and a ND (V4) isolate of V. dahliae in root-inoculated young plants of a susceptible (Picual) and a partially resistant cultivar (Frantoio) of olive and its relationship to the disease progression was investigated using real-time PCR. The amount of pathogen DNA detected in the two cultivars correlated with their susceptibility to Verticillium wilt, with lower quantities of V4 and V117 DNA detected in ‘Frantoio’ than in ‘Picual’. Also quantities of pathogen DNA in V117-inoculated plants were higher than quantities of pathogen DNA in V4-inoculated plants. The distribution patterns of D and ND isolates in the lower, middle and top parts of tested olive cultivars showed that differences in symptom severity were related to amounts of the pathogen in lower and middle parts of the trees, since colonization of the pathogen in top parts of the stem of inoculated plants was minor and was not significantly different between treatments. Moreover, microscopic analysis of infection and colonization processes of V. dahliae in olive plants inoculated with GFP-labelled isolates revealed that colonization of the above ground tissues of infected olive plants is by means of conidia transported upward with the xylem sap stream. In Chapter 6 we investigated the spatial and temporal distribution of V. dahliae in relation to disease progression and recovery in stem-inoculated maple and ash trees. These species differ strongly in vascular anatomy with maple having a diffuse porous xylem anatomy whereas ash has a ring porous xylem anatomy. Results showed that that differences in the xylem anatomy of ash and maple did not significantly affect the speed and extent of the upward spread of the pathogen in stem-inoculated trees. Nevertheless, the xylem of ash trees is much less supportive for growth and survival of V. dahliae than that of maple trees, as in the year after inoculation disease incidence and also quantities of V. dahliae detected in maple trees were significantly higher than in ash trees. Moreover, V. dahliae could not be reisolated at all from ash trees that had recovered from disease. However, it could be detected by PCR in some cases in the xylem formed in the year of inoculation, never in the xylem formed in the year after inoculation. Nevertheless, V. dahliae easily could be detected in the wood of diseased ash and maple trees in the year after inoculation. Notably, despite the presence of a layer of terminal parenchyma cells between growth rings, in ash trees showing disease symptoms in the year after inoculation V. dahliae was present in the xylem of the new growth ring. It was also observed that in stem-inoculated trees V. dahliae can move downward from the point of inoculation into the root collar, which may provide an avenue for infection of new growth rings in ash trees.

Aquatische exoten laten kleine hoeveelheden DNA achter in hun leefmilieu, zogenaamd environmental DNA of eDNA. Daarmee kan de aanwezigheid van bepaalde exoten op een eenvoudige manier (analyse van watermonsters) worden aangetoond. Environmental DNA-detectiemethoden zijn echter nog volop in ontwikkeling. Aan de hand van exotische rivierkreeften laten we zien wat er komt kijken bij de ontwikkeling en validatie van een nieuwe eDNA-detectiemethode en bij het daadwerkelijk gebruiken van dergelijke methoden.

Listeria monocytogenes reprezintă un pericol important pentru sănătatea omului, producând listerioza, o toxiinfecţie alimentară atipică, cu o rată de mortalitate ridicată. Scopul acestui studiu a fost detecţia şi serotipizarea tulpinilor de Listeria monocytogenes izolate din unele produse alimentare (de origine animală şi vegetală), în perioada 2011. Detecţia tulpinilor de Listeria monocytogenes s-a realizat prin metoda orizontală ISO 11290- 1-A1/2004, iar confirmarea s-a realizat prin tehnica PCR real-time. Pentru caracterizarea serotipurilor de Listeria monocytogenes, s-au dezvoltat numeroase tehnici de subtipizare. Serotipizarea prin metoda tradiţională nu permite caracterizarea subtipurilor, însă este metoda universală ce oferă informaţii privind prevalenţa serotipurilor. Confirmarea tulpinilor de Listeria monocytogenes s-a realizat prin tehnica TaqMan real-time PCR, utilizându-se kit-ul TaqMan Pathogen Detection Kits (Applied Biosystems). Această metodă foloseşte primeri specifici şi o sondă nucleotidică pentru Listeria monocytogenes. În urma studiului, din 260 de probe, 25 (9,61%) au fost pozitive pentru Listeria monocytogenes prin metoda clasică şi doar 22 (8,46%) au fost confirmate prin PCR real-time. Rezultatele obţinute indică o eficienţă mai mare a metodei PCR real-time, într-un timp mult mai scurt, comparativ cu metoda clasică, care poate furniza rezultate fals pozitive. Patru serotipuri diferite de Listeria monocytogenes au fost identificate în nouă tipuri de produse alimentare: 1/2a, 1/2b, 1/2c şi 4b

In Nederland is het bij wet verplicht dat grondroerders voorafgaand een project zich binnen hun projectgebied vergewissen van de ligging van kabels en leidingen. Proefsleuven is een optie. Inmiddels worden daarnaast meer technologieën en diensten aangeboden voor detectie en inventarisatie van ondergrondse kleine infrastructuur. Opdrachtgevers huren deze diensten in. Uit praktijkervaring blijkt dat er regelmatig onenigheid ontstaat over de opdracht, de inzet, en het niveau van uitkomsten. Deze onenigheden hinderen de adoptie van de technologie. De vraag is hoe we de inzet van deze technologieën en diensten beter kunnen standaardiseren zodat opdrachtgevers en aanbieders vooraf weten waar zij wederzijds aan toe zijn, en achteraf niet onaangenaam verrast worden? Deze paper introduceert een afsprakensysteem zoals dat in Engeland is ontwikkeld (de UK PAS:128), welke een antwoord biedt op deze vraag. In de paper wordt toegelicht hoe deze UK PAS:128 is ontwikkeld tot een aanzet voor een Neder-landse standaard; de PAS:128-NL.

Foodborne diseases are a major source of morbidity and mortality worldwide. In most cases, these diseases are caused by contaminated food products, but transmission can also subsequently occur via person to person contact. The ability to detect the pathogens is an important aspect in the verification of food safety. A major proportion of foodborne disease is caused by Gram-negative bacteria. In this thesis, the detection of Gram-negative foodborne pathogens is addressed by looking at the successive steps from enrichment to detection with Salmonella, Shiga toxin-producing E. coli and Cronobacter spp. as example pathogens. The detection of foodborne pathogens using microbiological culture media aiming at the resuscitation and growth of bacteria is still regarded as the gold standard and included in many reference methods. However, cultural methods are time and labour-intensive. Since an immediate response is required in case of contamination and during outbreaks there is a strong interest in methods that deliver information on the microbiological status of the product as quickly and reliable as possible. Rapid cultural methods and commercially available real-time PCR systems for the detection of Salmonella and STEC were compared with regards to their sensitivity and specificity. It was shown that most of the marketed systems are as reliable as the standard methods. However, false-positive results were obtained with real-time PCR systems for the detection of Salmonella. Rapid cultural methods that were based on procedures without the pre-enrichment step, reduced the time to detection but did show some ambiguous results with difficult matrices such as tea. Of the seven rapid tests for the detection of STEC, one did not detect relevant Stx subtypes. In order to be detected, pathogens need to multiply to reach a minimum threshold level. However, because they are often sublethally injured due to hostile processing and storage conditions, they first need to be resuscitated. For most pathogens, (Salmonella, STEC and Cronobacter spp.) the first step in the detection is an enrichment including resuscitation in a non-selective medium such as BPW. Modifications to BPW were compared with respect to their ability to promote growth of unstressed and stressed Gram-negative pathogens. The aim was to develop a medium that could be used for the enrichment of pathogens in horizontal methods using only one enrichment step. The resuscitation of stressed Cronobacter cells was improved in BPW supplemented with an additional iron source and sodium pyruvate along with low levels of compounds for the inhibition of Gram-positive bacteria. However, it was observed that BPW containing these supplements allowed for less resuscitation of STEC when compared to regular BPW. Based on these results it was concluded that the application of a one-broth enrichment in food products with a high number of competing bacteria is not recommended due to the overgrowth of the target bacteria. Limitations of the current method for the detection of STEC from sprouted seeds were noticed. Therefore, the growth of stressed STEC cells from different serotypes was assessed in media used for the enrichment of Enterobacteriaceae. In addition, the growth of STEC was examined in the enrichment of sprouts using different media and incubation temperatures. It was shown that the high level of competitors was inhibiting the detection of the target pathogen and that the similarity of target and competing bacteria prevents the design of a selective enrichment procedure. In order to get a better insight in the enrichment ecology, the microbiome of mungo bean sprouts was analysed using Illumina HiSeq sequencing prior to and during the enrichment in BPW and EE-broth at different temperatures. The majority of the sprout flora was composed of bacteria belonging to the phylum Proteobacteria. Enrichment in BPW increased the proportion of Firmicutes whereas the incubation in EE-broth enriched Proteobacteria. The results point out that with the application of a selective medium like EE-broth, growth of the competitive microflora that complicates the detection of STEC is promoted. It was shown that EE-broth also resulted in good growth of STEC however, the problematic situation of low maximum population densities of the target strain in the matrix is still present. The probability of detection is not only influenced by the natural flora of a food product, but also by the physiological state of the pathogen. The influence of stress on the lag time of single cells and the resulting probability of detection were determined for Cronobacter spp. in powdered infant formula. Lag time was calculated from optical density measurement data and different scenarios were modelled. Lag time was longest after acid stress and lag time increase coincided with increased lag time variability. The probability of detection, however, depended both on the sampling plan and on the duration of the lag phase. This thesis provides a critical evaluation of rapid methods and valuable new insights on enrichment procedures, the role of competitors in bacterial enrichment procedures and the limitations of selective agents. This information will be of great help to further improve microbiological methods and thereby contribute to more effective management of food safety.

In Nederland is het bij wet verplicht dat grondroerders voorafgaand een project zich binnen hun projectgebied vergewissen van de ligging van kabels en leidingen. Proefsleuven is een optie. Inmiddels worden daarnaast meer technologieën en diensten aangeboden voor detectie en inventarisatie van ondergrondse kleine infrastructuur. Opdrachtgevers huren deze diensten in. Uit praktijkervaring blijkt dat er regelmatig onenigheid ontstaat over de opdracht, de inzet, en het niveau van uitkomsten. Deze onenigheden hinderen de adoptie van de technologie. De vraag is hoe we de inzet van deze technologieën en diensten beter kunnen standaardiseren zodat opdrachtgevers en aanbieders vooraf weten waar zij wederzijds aan toe zijn, en achteraf niet onaangenaam verrast worden? Deze paper introduceert een afsprakensysteem zoals dat in Engeland is ontwikkeld (de UK PAS:128), welke een antwoord biedt op deze vraag. In de paper wordt toegelicht hoe deze UK PAS:128 is ontwikkeld tot een aanzet voor een Neder-landse standaard; de PAS:128-NL.

Aan het begin van het FES-project ‘Versterking infrastructuur plantgezondheid' zijn de belangrijkste knelpunten op plantenvirologisch gebied in Nederland geïnventariseerd. Criteria hierbij waren vooral fytosanitaire status, economisch belang en de behoefte aan betrouwbare detectie- en identificatiemethoden. Op basis hiervan is een prioriteitenlijst opgesteld van de (gereguleerde) virussen uit de volgende virusgroepen: Potyvirussen, Nepovirussen, Tospovirussen en Potexvirussen. Daarnaast werd zo’n lijst opgesteld voor viroïden en fytoplasma’s. Aan de prioriteitenlijst werden toegevoegd: Pospiviroïden en Fytoplasma’s. De verkregen gegevens werden opgenomen in de Q-bank.

Een systeem om vroegtijdig ziekten en plagen te detecteren en vervolgens aan te pakken. "De tuinbouwondernemer heeft behoefte", meent projectcoördinator Carolien Zijlstra, "aan een systeem waar hij werkelijk iets aan heeft. Een teler kan niets met een uitspraak als: 'Je hebt waarschijnlijk een beetje Phytophthora'. Pleidooi voor project Gezonde Kas

Een camera kan een plant herkennen en de software verbindt daar conclusies aan: het onkruid wordt weggeslagen en de suikerbiet blijft staan. Dat is de theorie. In de praktijk staan de herkenning en de vertaling nog in de kinderschoenen, maar de ontwikkelingen gaan snel. Elektronisch schoffelen ligt onder handbereik. Voor dit herkenningsonderzoek werkt het PPO in Lelystad met de Franse Sarl Radis als basis. Deze machine werd in 2003 naar Nederland gehaald. Hij bestrijdt het onkruid in de rij en werkt daarvoor met twee schoffels.

In bloembolgewassen kan de schimmel Botrytis veel schade veroorzaken. Botrytis kan snel toeslaan. Snelle en gevoelige toetsen kunnen dan bijdragen tot het op tijd nemen van maatregelen om ‘vuur’ te beheersen. Er komen verschillende Botrytis-soorten voor, die moleculair- genetisch gedetecteerd en geïdentificeerd kunnen worden. Serologische toetsen bleken niet te werken. PCR-methodieken, gebaseerd op enkele kleine verschillen in DNA-sequenties wel. Mogelijk kunnen via monitoring van luchtmonsters waarschuwingssystemen voor vuur verder worden verbeterd.

Enige tijd geleden heeft de KNMVD actief medewerking verleend aan onderzoek naar belemmeringen en stimuli om een klinisch verdachte situatie op veehouderijen te melden bij het centrale meldpunt van de VWA. Recent zijn resultaten van dit onderzoek gepubliceerd in het wetenschappelijke tijdschrift Veterinary Microbiology en geaccepteerd in Rev. sci. tech. OIE. Omdat deze problematiek relevant is voor veel dierenartsen, is hierbij van de artikelen een uitgebreide samenvatting gemaakt.