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O objetivo deste estudo foi um monitoramento de esterqueiras e lagoas com águas residuárias em desuso, localizadas em duas regiões subtropicais de altitudes distintas do estado de Santa Catarina, com crescimento de macrófitas atuando na depuração. A desativação de esterqueiras e lagoas é uma alternativa encontrada pelos produtores, visando adequação à lei por meio dos Termos de Ajuste de Conduta (TAC) e mudando a produção nas propriedades. Essas esterqueiras são transformadas em reservatórios de adubos, água de chuva, dessedentação de animais e irrigação. As macrófitas no processo de depuração instalam-se, iniciando um processo de biorremediação e de produção de biomassa. O monitoramento desses ambientes mostrou um decaimento P-PO4 e de Ntotal nas quatro unidades monitoradas no inverno e um aumento de concentração nos meses de verão. A esterqueira 2 apresenta um manejo semanal possuindo uma homogeneidade de variação e níveis mais baixos de concentrações de nutrientes. As macrófitas encontradas são da espécie Lemna minuta Kunth, e o trabalho apresenta o grau de cobertura/abundância das macrófitas. Concluiu-se que um monitoramento é fundamental para se conhecer o processo de biorremediação, entretanto não tem caráter comparativo entre as unidades. Palavras-chave: Monitoramento. Ortofosfato. Nitrogênio total. Macrófitas.