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International audience; "Les avancées en termes de traitement des cancers pédiatriques permettent aujourd’hui de guérir plus de 80 % des enfants atteints, leur ouvrant la perspective d’un retour à une « vie normale » après une période plus ou moins longue marquée par les traitements curatifs et des hospitalisations à répétition. L’idée de « vie normale », cependant, prend un sens particulier chez les personnes qui ont vécu le cancer dans l’enfance et qui sont à risque de développer des séquelles en lien avec les traitements qu’elles ont reçus. Bien loin de toujours consister dans la fermeture d’une parenthèse, celle de l’épisode du cancer, et le retour à une forme de stabilité, la reprise d’une « vie normale » doit composer avec de nombreuses incertitudes et repose sur un équilibre que l’incitation à reprendre un suivi médical « de surveillance » à long terme vient parfois perturber."

Les cancers pédiatriques sont responsables du plus haut taux de mortalité lié aux maladies à l’échelle mondiale. Parmi eux, la leucémie lymphoblastique aiguë reste le plus répandu et le plus meurtrier. Malgré un taux de survie avoisinant les 90 %, beaucoup d’enfants connaissent des rechutes et de lourds effets secondaires. L’hétérogénéité en sous types de cette maladie complique les avancées. Les outils de nouvelle génération semblent être un moyen plus rapide pour améliorer cette caractérisation de sous-types à des fins thérapeutiques. Des outils de déconvolution sont alors utilisés pour estimer et vérifier la pureté tumorale des patients. Cette dernière, corrélée avec la croissance tumorale ou encore le pronostic, est un paramètre important à considérer. Le projet s’est aussi penché sur l’implication des cellules immunitaires dans le microenvironnement tumoral de tumeurs solides. L’hypothèse étant que certaines cellules non cancéreuses influenceraient la progression tumorale. L’utilisation d’outils permettrait de distinguer les composants de cet environnement pour en déduire leur rôle spécifique. Parmi les résultats obtenus, le choix d’outils adaptés aux données est un paramètre important. L’utilisation combinée de plusieurs outils favorise une meilleure interprétation des cancers. Ces derniers mettent en avant certains composants influençant le devenir de la tumeur ou encore le pronostic, et permettront ainsi de mieux classifier et prendre en charge le patient. L’objectif final étant d’intégrer des approches plus personnalisées en fonction de la stratification effectuée, moins invasives, et qui mèneront à l’augmentation du taux de survie., Pediatric cancers are responsible for the highest disease-related mortality rate worldwide. Among them, acute lymphoblastic leukemia remains the most common and the deadliest one. Despite a survival rate of 90 %, many children experience relapses and severe side effects. The heterogeneity in subtypes of this leukemia slow down progress. Next generation tools appear to be a faster way to improve this subtypes’ characterization for therapeutic ends. Deconvolution tools are used to estimate and verify tumor purity in patients. The latter, known to be correlated with tumor growth and prognosis, seems to be an important parameter to analyze. This study also focused on the involvement of immune cells in the tumor microenvironment of solid tumors. The hypothesis being that some non-cancerous cells influence tumor progression. The use of tools can help to distinguish the components of this environment and deduce their specific role. Among the results, the choice of tools suitable for our data is an important parameter to consider. The combined use of several tools promotes a better interpretation of cancers. By highlighting specific components influencing the tumors’ future or the prognosis, they will allow a better classification and facilitate the patients’ care. The ultimate goal is to integrate more personalized therapies depending on the stratification performed, which will be less invasive, and which will hopefully lead to an increased survival rate.

Pediatric cancers, particularly high-risk and refractory, need new targeted therapies. Adoptive cell therapy using chimeric antigen receptor (CAR) T cells has shown astounding clinical results in B cell malignancies. However, this success has not been recapitulated in solid tumors, where CAR-T cells faced additional barriers such as tumor antigen heterogeneity, the requirement to traffic to the tumor site, the immunosuppressive tumor microenvironment, and a failure to engraft and expand. Hence, for CAR-T cells to be effective in solid tumors, strategies to enhance their proliferative capacity and long-term persistence, must be combined with approaches to overcome tumor-induced immunosuppression. It is now appreciated that the presence of a pool of memory CAR-T cells, stemcell memory T cells and central memory T cells, is correlated with sustained antitumor control due to greater expansion and long-term persistence. However, antigen-specific stem-like memory T cells can display distinct fate commitments, either committed to a functional lineage (TSTEM) or a dysfunctional and exhausted lineage, T progenitor exhausted (TPEX). Hence, a new generation of CAR-T cells should display features of early memory T cells and lack exhaustion markers to remain fully functional. Herein, we first assessed the effects of a conventional manufacturing protocol on the T cell memory pool in the good manufacture production (GMP) CAR-T cells, and CAR-T cell engraftment. We showed that CAR-T cells produced for the clinical trial targeting Lewis Y (LeY) in solid tumors (NCT03851146) had transient engraftment in patients, and this was correlated with a lack of memory T cell subsets and an exhaustion profile of LeYCAR-T cells. To address this, we investigated whether an alternative CAR-T production protocol that includes enrichment of naïve T cells (TN), and brief expansion in IL-7/IL-15 would preserve early-memory components. We demonstrated that CAR-T cells, termed ‘early-CAR-T cells’, generated in this manner exhibited a fully functional TSTEM phenotype and a gene expression profile of memory T cells. Early-CAR-T cells showed greater expansion and anti-tumor activity than "conventional CAR-T cells" upon tumor challenge. To date, most studies focused on producing less differentiated purified CD8+ CAR-T cells, with little data on CD4+ T cells, despite increasing evidence to show maintaining a 1:1 CD4:CD8 ratio in the GMP CAR-T product is crucial to sustaining long-term antitumor responses. Here, we showed that CD4+ T cells are critical for preserving the CD8+ CAR-T cell proliferative capacity. Persistent tumor antigen stimulation in progressive malignancies promotes T cell exhaustion characterized by impaired proliferation and upregulation of immune checkpoint molecules. Herein, we showed that PD-1/PD-L1 blockade significantly improved the potency of early-CAR-T cells, an approach that resulted in prolonged persistence of circulating memory CAR-T cells and complete tumor regression. We then investigated whether LeY was expressed in pediatric cancers. LeY is a small glycolipid that falls into the category of oncofetal antigens. LeY is expressed in many adult human adenocarcinomas and at low levels in about 20% of adult acute myeloid leukemia (AML) cases. This is the first study to explore LeY expression in childhood cancers. Our analysis revealed an increased LeY expression in pediatric AML. We showed LeY-CAR-T cells had potent antitumor efficacy against LeY+ primary AML blasts, demonstrating that LeY could be a potential target for CAR-T cell therapy in pediatric AML. In summary, the data presented herein demonstrate the promising potential of early-CAR-T cells against pediatric solid tumors and AML. This strategy is feasible in children as TN cells are the highest T cell population, and can be readily isolated to generate sufficient early-CAR-T cells for a therapeutic dose., Les cancers pédiatriques, en particulier ceux à haut risque et réfractaires, nécessitent la mise au point de nouvelles thérapies, en particulier des thérapies ciblées. La thérapie cellulaire par transfert adoptif de lymphocytes T porteurs d’un récepteur d'antigène chimérique ou CAR-T cells représente une avancée thérapeutique majeure dans la prise en charge des pathologies malignes à cellules B. Toutefois, ce succès n'a pas encore été démontré dans les tumeurs solides, où les CAR-T cells se heurtent à des obstacles supplémentaires tels que l'hétérogénéité antigénique, l’accessibilité au lit tumoral, un microenvironnement tumoral immunosuppresseur et une expansion limitée. Par conséquent, des stratégies pour promouvoir leur prolifération et leur persistance, associées à des approches pour contrecarrer les mécanismes immunosuppresseurs engendrés par la tumeur, sont nécessaires pour améliorer leur efficacité dans les tumeurs solides. Il a été démontré que la présence d'un pool de CAR T-cells mémoires est corrélée à un contrôle tumoral prolongé via une meilleure expansion et persistance. Cependant, les cellules T mémoires de type stem-like peuvent s’engager dans deux voies distinctes, soit vers une lignée fonctionnelle (TSTEM), soit devenir dysfonctionnelles et épuisées (TPEX). En conséquent, la future génération de CAR-T cells doit non seulement avoir les caractéristiques de cellules T mémoires précoces, mais aussi ne pas exprimer de marqueurs d'épuisement pour rester pleinement fonctionnelles. Nous avons tout d’abord évalué la prise de greffe, l’expansion et la persistance de CAR-T cells produites selon un protocole de type GMP (Good Manufacturing 2 Practices). Dans le cadre d’un essai clinique ciblant l’antigène tumoral Lewis Y (LeY) dans les tumeurs solides, nous avons montré que les CAR-T cells produites (NCT03851146) avaient une expansion transitoire chez les patients, et que cela était corrélé à une quasi absence de CAR-T cells mémoires et un profil d'épuisement de ces dernières. Nous avons alors optimisé un protocole de production de CAR-T cells incluant l'enrichissement en cellules T naïves (TN) associé à une brève expansion dans un milieu contenant de l’IL-7 et de l’IL-15. Les CAR-T cells, appelées early-CART cells, produites selon ce protocole présentaient un phénotype TSTEM pleinement fonctionnel et une signature transcriptionnelle de cellules T mémoires. Les early-CART cells proliféraient significativement plus en réponse aux cellules cancéreuses et contrôlaient mieux la tumeur que les CAR-T cells conventionnelles. A ce jour, la majorité de études se sont concentrées sur la production de early-CAR CD8+ T cells, malgré des preuves grandissantes montrant que le maintien d'un rapport CD4 CD8 de 1:1 dans le produit final est crucial pour l’obtention d’une réponse anti-tumorale prolongée. Nous avons montré que les cellules T CD4+ étaient essentielles pour préserver la capacité de prolifération des CD8+ CAR-T cells. Une stimulation antigénique persistante dans les cancers en progression favorise l’épuisement des lymphocytes T caractérisé par une baisse de prolifération et une surexpression de molécules inhibitrices. Nous avons ainsi montré que le blocage de l’axe PD-1/PD-L1 améliorait de manière significative l’efficacité des early-CAR-T cells, une approche qui se traduisait par une persistance prolongée des CAR-T cells mémoires dans la circulation. Enfin, nous avons évalué l’expression de LeY dans les cancers pédiatriques. LeY entre dans la catégorie des antigènes oncofoetaux. Il est exprimé dans de nombreux adénocarcinomes humains adultes et à de faibles niveaux dans environ 20% des cas de leucémie aiguë myéloïde (LAM) adulte. Notre analyse a révélé une augmentation de l'expression de LeY dans les LAM pédiatriques. Nous avons montré l’efficacité anti-tumorale des LeY-CAR-T cells contre les blastes myéloïdes, suggérant le potentiel de LeY comme cible dans les LAM pédiatriques. En conclusion, nos résultats montrent (…)

Cet article part du constat d’un engagement associatif important dans le domaine de l’oncologie pédiatrique, qui se différencie de l’oncologie adulte, où il est réputé moindre. À partir d’une comparaison de l’engagement associatif dans le domaine de l’oncologie pédiatrique et dans celui de l’oncologie adulte, l’article montre la spécificité des associations de parents. Bien que l’expérience de la maladie constitue un moteur commun de l’engagement, l’analyse met en évidence deux formes particulières d’associations de parents, peu visibles chez les patients adultes. Il s’agit d’une part des associations rattachées à un service hospitalier, et de l’autre des associations « personnalisées ». Au-delà des différences en termes d’organisation ou d’action entre ces deux types d’associations, c’est surtout l’incidence de l’expérience de la maladie sur l’identité parentale, et son issue (décès de l’enfant ou rémission) qui donnent du sens à l’engagement des parents. En documentant l’engagement associatif dans le domaine des cancers pédiatriques, cet article invite ainsi à s’intéresser davantage aux conséquences des recompositions des identités parentales dans les dynamiques associatives en lien avec la maladie. This article starts from the observation of a higher involvement of associations in the field of pediatric oncology, which differs from adult oncology. Building on two surveys, concerning respectively adult and pediatric cancers, we connect this difference to the specificity of parents’ associations. More precisely, we identify two particular forms of associations led by parents, less common among adult patients: on the one hand, associations attached to a hospital department, and on the other hand, associations “personalized” around the history of a family. It appears that if the experience of the disease constitutes a common motor for commitment among adult patients and parents of sick children, it is its influence on parental identity that accounts for the existence of these two forms of associations. By documenting associative commitment in the field of pediatric cancers, this article invites us to take a closer look at the consequences of the recomposition of parental identities in the associative dynamics related to the disease.

Part 1: Although pediatric cancer patients have high survival rates, 20% cannot be cured with standard therapeutic regimens, predominantly those with metastatic sarcomas, neuroblastomas, malignant brain tumors and rare tumor types. To provide a new rationale for treatment definition by identifying new molecular targets that can be pharmacologically addressed, the Molecular Screening for Cancer Treatment Optimization (MOSCATO-01/NCT01566019) and the MAPPYACTS (NCT02613962) trials are running at Gustave Roussy since 2011 and 2016, respectively. Patients with relapsed or refractory malignancies are undergoing biopsy or surgical intervention at treatment failure for molecular characterization that allows the suggestion of a targeted treatment. In 75 pediatric patients with solid malignancies including brain tumors included in MOSCATO-01, we developed further the initial CGHarray and targeted gene sequencing panel, to whole-exome and RNA sequencing which is currently employed in the international follow-up trial MAPPYACTS. Actionable genomic alterations were identified in 60%, representing a copy number change in 42%, a mutation in 33% and a fusion transcript in 2%. Pathway allocation showed that these targets mainly affected prominent oncogenic signaling pathways including receptor tyrosine kinases and associated downstream signaling. Germline alterations were identified in 10% of patients. Fourteen patients received 17 targeted treatment approaches; objective response or prolonged stable disease was seen in five patients. Our results showed that this approach is safe and feasible in minors and that actionable alterations are present. Significant challenges were encountered in pipeline workflows, target definition, interpretation and selection, and clinical implementation.Part 2: Epithelioid sarcoma is an exceedingly rare soft tissue sarcoma occuring in all age groups, including adolescents and displays both epithelial and mesenchymal features. As rhabdoid tumors, a deleterious entity affecting very young children, epithelioid sarcoma is characterized by alterations affecting core SWI/SNF chromatin remodeling complex member SMARCB1. The aggressive phenotype and frequent involvement of receptor tyrosine kinases in both epithelioid sarcoma and rhabdoid tumor as well as their (epi-)genetic parallels led us to take deeper insight into the relation between tyrosine kinase regulation, signaling and effects of epigenetic modulation. Cell lines of both tumor types were studied in order to determine response to pharmacological inhibition by receptor tyrosine kinase and HDAC inhibitors as well as by agents inhibiting mTOR and EZH2. Both tumor types displayed highest in-vitro sensitivity towards pan-HDAC inhibitor panobinostat. Panobinostat sufficiently induced cell death and partially reversed epithelial-to-mesenchymal transition which could be related to differential regulation of receptor tyrosine kinases EGFR and FGFR2. As often observed in treatment of solid tumors with single agent HDAC inhibitors, panobinostat led to slight tumor growth inhibition in an in-vivo epithelioid sarcoma model. The combination of HDAC and EGFR inhibition increased sensitivity towards the latter in both epithelioid sarcoma and rhabdoid tumor and might be a promising strategy to sufficiently translate HDAC inhibitors into clinics for solid tumors.; 1ère partie: Bien que les patients pédiatriques présentent généralement des taux de survie élevés, environ 20% d’entre eux ne peuvent être guéris avec des approches thérapeutiques standards, principalement ceux souffrant de sarcomes métastatiques, neuroblastomes, tumeurs cérébrales et tumeurs rares. Afin d’établir de nouvelles modalités thérapeutiques en identifiant des facteurs moléculaires qui puissent être ciblés par des approches pharmacologiques, les essais cliniques MOSCATO-01 (Molecular Screening for Cancer Treatment Optimization, NCT01566019) et MAPPYACTS (NCT02613962) ont été respectivement initiés en 2011 et en 2016. Une caractérisation moléculaire systématique des biopsies tumorales de patients avec des tumeurs réfractaires ou en rechute a été réalisée afin de pouvoir proposer des traitements ciblés. Chez 75 patients pédiatriques inclus dans MOSCATO-01 avec des cancers solides comprenant des tumeurs cérébrales, nous avons mis en oeuvre des approches d’hybridation génomique comparée (CGH), de séquençage d’un panel de mutations présélectionnées et de séquençage des exomes et transcrits. Des altérations génomiques pouvant être ciblées ont été identifiées dans 60% des cas, incluant des variations du nombre de copies (42%), des mutations (33%), et des transcrits de fusion (2%). Ces altérations affectent des voies de signalisation oncogéniques majeures, incluant des récepteurs tyrosine kinases et leurs cibles. Des mutations germinales ont été identifiées chez 10% des patients. Quatorze patients ont reçu 17 traitements ciblés; une réponse objective ou une maladie sans progression a été observée chez 5 patients. Nos résultats montrent qu’une approche de médecine de précision peut être envisagée et que des altérations ciblables sont présentes dans les cancers pédiatriques. Les obstacles à franchir concernent l’identification et la sélection des cibles, et la mise en pratique clinique des approches thérapeutiques.2ème partie: Les sarcomes épithélioïdes, des tumeurs très rares, affectent tous les groupes d’âge, dont les adolescents, et présentent à la fois des caractères épithéliaux et mésenchymateux. Comme les tumeurs rhabdoïdes affectant les jeunes enfants, les sarcomes épithélioïdes sont caractérisés par des altérations de SMARCB1, un membre central du complexe de remodelage de la chromatine SWI/SNF. Le phénotype agressif et l’implication fréquente des RTKs dans ces deux tumeurs ainsi que leur similarité (épi-)génétique nous ont conduit à approfondir les relations fonctionnelles entre la régulation des RTKs, la signalisation cellulaire, et les effets de la modulation épigénétique. Des lignées cellulaires de chacun des types de tumeurs ont été étudiées pour déterminer la réponse à l’inhibition pharmacologique des RTKs et des HDAC, ainsi que mTOR et EZH2. La sensibilité la plus grande in vitro a été observée avec le Panobinostat, un inhibiteur de HDAC. Le Panobinostat induit la mort cellulaire et inverse partiellement la transition épithéliale-mésenchymateuse, qui pourrait être corrélée à une régulation différentielle des RTKs EGFR et FGFR2. Comme souvent observé dans le traitement des tumeurs solides par les seuls inhibiteurs de HDAC, le Panobinostat est associé à une inhibition modérée de la croissance tumorale in vivo dans un modèle de sarcome épithélioïde. La combinaison de l’inhibition des HDAC et de l’EGFR augmente la sensibilité vis-à-vis de cette dernière à la fois dans les sarcomes épithélioïdes et les tumeurs rhabdoïdes et représente une stratégie prometteuse pour le traitement des tumeurs solides.

Part 1: Although pediatric cancer patients have high survival rates, 20% cannot be cured with standard therapeutic regimens, predominantly those with metastatic sarcomas, neuroblastomas, malignant brain tumors and rare tumor types. To provide a new rationale for treatment definition by identifying new molecular targets that can be pharmacologically addressed, the Molecular Screening for Cancer Treatment Optimization (MOSCATO-01/NCT01566019) and the MAPPYACTS (NCT02613962) trials are running at Gustave Roussy since 2011 and 2016, respectively. Patients with relapsed or refractory malignancies are undergoing biopsy or surgical intervention at treatment failure for molecular characterization that allows the suggestion of a targeted treatment. In 75 pediatric patients with solid malignancies including brain tumors included in MOSCATO-01, we developed further the initial CGHarray and targeted gene sequencing panel, to whole-exome and RNA sequencing which is currently employed in the international follow-up trial MAPPYACTS. Actionable genomic alterations were identified in 60%, representing a copy number change in 42%, a mutation in 33% and a fusion transcript in 2%. Pathway allocation showed that these targets mainly affected prominent oncogenic signaling pathways including receptor tyrosine kinases and associated downstream signaling. Germline alterations were identified in 10% of patients. Fourteen patients received 17 targeted treatment approaches; objective response or prolonged stable disease was seen in five patients. Our results showed that this approach is safe and feasible in minors and that actionable alterations are present. Significant challenges were encountered in pipeline workflows, target definition, interpretation and selection, and clinical implementation.Part 2: Epithelioid sarcoma is an exceedingly rare soft tissue sarcoma occuring in all age groups, including adolescents and displays both epithelial and mesenchymal features. As rhabdoid tumors, a deleterious entity affecting very young children, epithelioid sarcoma is characterized by alterations affecting core SWI/SNF chromatin remodeling complex member SMARCB1. The aggressive phenotype and frequent involvement of receptor tyrosine kinases in both epithelioid sarcoma and rhabdoid tumor as well as their (epi-)genetic parallels led us to take deeper insight into the relation between tyrosine kinase regulation, signaling and effects of epigenetic modulation. Cell lines of both tumor types were studied in order to determine response to pharmacological inhibition by receptor tyrosine kinase and HDAC inhibitors as well as by agents inhibiting mTOR and EZH2. Both tumor types displayed highest in-vitro sensitivity towards pan-HDAC inhibitor panobinostat. Panobinostat sufficiently induced cell death and partially reversed epithelial-to-mesenchymal transition which could be related to differential regulation of receptor tyrosine kinases EGFR and FGFR2. As often observed in treatment of solid tumors with single agent HDAC inhibitors, panobinostat led to slight tumor growth inhibition in an in-vivo epithelioid sarcoma model. The combination of HDAC and EGFR inhibition increased sensitivity towards the latter in both epithelioid sarcoma and rhabdoid tumor and might be a promising strategy to sufficiently translate HDAC inhibitors into clinics for solid tumors.; 1ère partie: Bien que les patients pédiatriques présentent généralement des taux de survie élevés, environ 20% d’entre eux ne peuvent être guéris avec des approches thérapeutiques standards, principalement ceux souffrant de sarcomes métastatiques, neuroblastomes, tumeurs cérébrales et tumeurs rares. Afin d’établir de nouvelles modalités thérapeutiques en identifiant des facteurs moléculaires qui puissent être ciblés par des approches pharmacologiques, les essais cliniques MOSCATO-01 (Molecular Screening for Cancer Treatment Optimization, NCT01566019) et MAPPYACTS (NCT02613962) ont été respectivement initiés en 2011 et en 2016. Une caractérisation moléculaire systématique des biopsies tumorales de patients avec des tumeurs réfractaires ou en rechute a été réalisée afin de pouvoir proposer des traitements ciblés. Chez 75 patients pédiatriques inclus dans MOSCATO-01 avec des cancers solides comprenant des tumeurs cérébrales, nous avons mis en oeuvre des approches d’hybridation génomique comparée (CGH), de séquençage d’un panel de mutations présélectionnées et de séquençage des exomes et transcrits. Des altérations génomiques pouvant être ciblées ont été identifiées dans 60% des cas, incluant des variations du nombre de copies (42%), des mutations (33%), et des transcrits de fusion (2%). Ces altérations affectent des voies de signalisation oncogéniques majeures, incluant des récepteurs tyrosine kinases et leurs cibles. Des mutations germinales ont été identifiées chez 10% des patients. Quatorze patients ont reçu 17 traitements ciblés; une réponse objective ou une maladie sans progression a été observée chez 5 patients. Nos résultats montrent qu’une approche de médecine de précision peut être envisagée et que des altérations ciblables sont présentes dans les cancers pédiatriques. Les obstacles à franchir concernent l’identification et la sélection des cibles, et la mise en pratique clinique des approches thérapeutiques.2ème partie: Les sarcomes épithélioïdes, des tumeurs très rares, affectent tous les groupes d’âge, dont les adolescents, et présentent à la fois des caractères épithéliaux et mésenchymateux. Comme les tumeurs rhabdoïdes affectant les jeunes enfants, les sarcomes épithélioïdes sont caractérisés par des altérations de SMARCB1, un membre central du complexe de remodelage de la chromatine SWI/SNF. Le phénotype agressif et l’implication fréquente des RTKs dans ces deux tumeurs ainsi que leur similarité (épi-)génétique nous ont conduit à approfondir les relations fonctionnelles entre la régulation des RTKs, la signalisation cellulaire, et les effets de la modulation épigénétique. Des lignées cellulaires de chacun des types de tumeurs ont été étudiées pour déterminer la réponse à l’inhibition pharmacologique des RTKs et des HDAC, ainsi que mTOR et EZH2. La sensibilité la plus grande in vitro a été observée avec le Panobinostat, un inhibiteur de HDAC. Le Panobinostat induit la mort cellulaire et inverse partiellement la transition épithéliale-mésenchymateuse, qui pourrait être corrélée à une régulation différentielle des RTKs EGFR et FGFR2. Comme souvent observé dans le traitement des tumeurs solides par les seuls inhibiteurs de HDAC, le Panobinostat est associé à une inhibition modérée de la croissance tumorale in vivo dans un modèle de sarcome épithélioïde. La combinaison de l’inhibition des HDAC et de l’EGFR augmente la sensibilité vis-à-vis de cette dernière à la fois dans les sarcomes épithélioïdes et les tumeurs rhabdoïdes et représente une stratégie prometteuse pour le traitement des tumeurs solides.

Les positions des évènements de recombinaison s’agrègent ensemble, formant des hotspots déterminés en partie par la protéine à évolution rapide PRDM9. En particulier, ces positions de hotspots sont déterminées par le domaine de doigts de zinc (ZnF) de PRDM9 qui reconnait certains motifs d’ADN. Les allèles de PRDM9 contenant le ZnF de type k ont été préalablement associés avec une cohorte de patients affectés par la leucémie aigüe lymphoblastique. Les allèles de PRDM9 sont difficiles à identifier à partir de données de séquençage de nouvelle génération (NGS), en raison de leur nature répétitive. Dans ce projet, nous proposons une méthode permettant la caractérisation d’allèles de PRDM9 à partir de données de NGS, qui identifie le nombre d’allèles contenant un type spécifique de ZnF. Cette méthode est basée sur la corrélation entre les profils représentant le nombre de séquences nucléotidiques uniques à chaque ZnF retrouvés chez les lectures de NGS simulées sans erreur d’une paire d’allèles et chez les lectures d’un échantillon. La validité des prédictions obtenues par notre méthode est confirmée grâce à analyse basée sur les simulations. Nous confirmons également que la méthode peut correctement identifier le génotype d’allèles de PRDM9 qui n’ont pas encore été identifiés. Nous conduisons une analyse préliminaire identifiant le génotype des allèles de PRDM9 contenant un certain type de ZnF dans une cohorte de patients atteints de glioblastomes multiforme pédiatrique, un cancer du cerveau caractérisé par les mutations récurrentes dans le gène codant pour l’histone H3, la cible de l’activité épigénétique de PRDM9. Cette méthode ouvre la possibilité d’identifier des associations entre certains allèles de PRDM9 et d’autres types de cancers pédiatriques, via l’utilisation de bases de données de NGS de cellules tumorales., The positions of recombination events cluster tightly together in recombination hotspots, which are determined in part by the rapidly evolving protein PRDM9 via its tri- methyltransferase activity. The locations of hotspots are determined by the repetitive ZnF array of PRDM9, which binds to DNA. Alleles of PRDM9 containing the k-ZnF have previously been associated with patients affected with childhood acute lymphoblastic leukaemia. PRDM9 alleles are notoriously difficult to type due to the repetitive nature of the ZnF arrays. Here, we propose a method to characterize the alleles of PRDM9 from next- generation sequencing samples, by identifying the number of alleles containing a specific ZnF type. Our method is based on the correlation between profiles from the sample, representing the counts of nucleotide sequences unique to each ZnF, and from ideal sets of short reads representing an allele pair. We conduct a simulation analysis to examine the validity of the predictions obtained by our method with all pairs of known alleles. We confirm that the method can accurately genotype previously unobserved PRDM9 alleles. We also conducted a preliminary analysis to identify the PRDM9 k-ZnF genotype in a cohort of paediatric glioblastoma (pGBM), a childhood cancer characterized by the recurrent mutations in the coding sequence of the histone H3, the target of the enzymatic activity of PRDM9. Although no associations of k-ZnF containing PRDM9 alleles is found in our pGBM cohort, this method opens the possibility of identifying associations between certain PRDM9 alleles with other types of early onset childhood cancers, through a data-mining effort in public cancer databases.

In France, the 5 years current survival rate for paediatric cancers is 82%, hence there is an increasing number of childhood cancer suvivors. During their life, these patients will be exposed to a higt risk of morbidity and mortality justifying the set-up of a medical long-term follow-up by primary care physicians, in collaboration with reference paediatric oncologists. In 2014, after two years of PPAC’s assessement in the Aquitaine region in a cohort of 128 children and adolescents initialy treated in the paediatric oncology department of the University Hospital of Bordeaux between 2005 and 2006, we evaluated its feasability by conducing a descriptive questionnaire survey with family physicians and paediatricians involved, in order to obtain their overall opinion on this type of follow-up. Among the 122 physicians, 84 (68,9%) adopted the PPAC. This corresponded to 89 patients (69,5%) who had a first long term consultation. Wit! h a 80.3% response rate (98/122), our survey confirmed the strong motivation (95.7%) of general practitioners of being involved in a shared-care follow-up with the hospital ; they were satisfied with this approach, responding clearly to an expectation, and 90% of them estimated that the PPAC was feasible in the long term. Overall, we showed physicians and patients’ interest for a shared follow-up, and that this type of monitoring is feasable. Thus the insertion of general practitioners in long term follow-up of survivors of childhood cancer improves the quality of supervision and potentially its duration on the long term. Generalizing this approach at the national level seems possible and desirable, the PPAC can therefore enroll in the continuity of major national cohort of paediatric cancers., En France, le taux actuel de survie à 5 ans des cancers pédiatriques étant de 82%, le nombre de patients guéris augmente de façon constante. Toute sa vie, cette population sera exposée à un risque accru de morbi-mortalité justifiant la mise en place d’un suivi médical à long terme organisé autour du médecin traitant en collaboration avec un oncologue pédiatre de référence. En 2014, après deux ans d’expérimentation du PPAC en région Aquitaine sur une cohorte de 128 enfants et adolescents traités initialement dans le service d’oncopédiatrie du CHU de Bordeaux entre 2005 et 2006, nous avons évalué sa faisabilité en menant une enquête descriptive par questionnaire auprès des médecins traitants impliqués, afin de recueillir leur avis global sur ce type de suivi. Parmi les 122 médecins impliqués, 84 (68,9%) ont adhéré au PPAC correspondant à 89 patients (69,5%) ayant eu une première consultation! long terme. Avec un taux de réponse de 80,3% (98/122), notre enquête a confirmé la forte motivation (95,7%) des médecins traitants à être impliqués dans un suivi médical conjoint avec l’hôpital ; ils étaient satisfaits de cette démarche, répondant visiblement à une attente et 90% d’entre eux estimaient que le PPAC était réalisable sur le long terme. Au total, en montrant l’intérêt des médecins traitants et des patients pour un suivi coordonné ainsi que la faisabilité d’un tel suivi, l’insertion des médecins traitants dans une surveillance à long terme des patients guéris de cancers pédiatriques améliore la qualité de cette surveillance et potentiellement sa durée sur le long terme. La généralisation d’une telle approche à l’échelle nationale paraît possible et souhaitable, le PPAC pouvant alors s’inscrire dans la continuité des grandes cohortes nationales des cancers pédiatriques.