Aquatic hyphomycetes are imperfect fungi that develop particularly in pristine lotic systems, degrading allochthonous or indigenous matter in it, thus facilitating the cycling of nutrients in the aquatic ecosystem. However, their presence varies depending on natural environmental conditions and/or anthropogenic. Research on these fungal microorganisms is scarce in Venezuela, despite being ecologically important, as possible bioindicators environmental quality. Weekly for a year, the species richness and conidia concentration of aquatic hyphomycetes, coliforms (total and fecal), nutrients (NO2-, NO3-, PO4-3 and SO4-2) and physico-chemical parameters (temperature, pH, electrical conductivity and O2), were assessed in the headwaters and the deltas of two rivers (Borburata and Patanemo) from the north slope to the Caribbean Sea, with similar morfometrically and in vegetation cover. 63 species were identified, 55 in the Borburata river (25 exclusive) and 37 in the Patanemo river (eight exclusive), including 17 new reports for Venezuela: 14 in Borburata (Acarocybe formosa, Acrodictys bambusicola, Arachnospora insolita, Arachnospora longa, Blodgettia sp., Brachysporiella setosa, Clavariana aquatica, Clavatospora bulbosa, Curvularia lunata, Dendrosporium sp., Diplocladiella taurina, Septonema seccedens, Tumularia aquatica and Xenosporium berkeleyi) and three in Patanemo (Cordana musae, Retiarius bovicornutus and Trinacrium gracile), being 12 demateaceous and five ingoldians, and reported for the first time in South America to A. insolita and A. longa. The richness and concentration of spores in the headwaters of rivers are significantly higher (Mann-Whitney U). Aquatic hyphomycetes were significantly decreased (ACP) at the delta with high levels of conductivity, sulfate and coliforms. Through the percentage of increase or decrease of the spores of the common species in the headwaters and deltas, eight sensitive species were found (Triscelophorus monosporus, Camposporium ant, Los hifomicetos acuáticos son hongos imperfectos que se desarrollan particularmente en sistemas lóticos prístinos, degradando material alóctono o autóctono, facilitando así el ciclaje de nutrientes en el ecosistema acuático. Sin embargo, su presencia varía en función de las condiciones ambientales naturales y/o antropogénicas. Las investigaciones de estos microorganismos fúngicos son escasas en Venezuela, a pesar de ser ecológicamente importantes, como posibles bioindicadores de calidad ambiental. Durante un año, semanalmente se determinó la riqueza de especies y la concentración de conidios de los hifomicetos acuáticos, coliformes (totales y fecales), nutrientes (NO2-, NO3-, PO4-3 y SO4-2) y parámetros físico-químicos (temperatura, pH, conductividad eléctrica, O2), en la cabecera y la desembocadura de dos ríos (Borburata y Patanemo) de la vertiente norte hacia el mar Caribe, con similitudes morfométricas y en cobertura vegetal. Se identificaron 63 especies, 55 en el río Borburata (25 exclusivas) y 37 en el río Patanemo (ocho exclusivas), incluyendo 17 nuevos reportes para Venezuela: 14 en Borburata (Acarocybe formosa, Acrodictys bambusicola, Arachnospora insolita, Arachnospora longa, Blodgettia sp., Brachysporiella setosa, Clavariana aquatica, Clavatospora bulbosa, Curvularia lunata, Dendrosporium sp., Diplocladiella taurina, Septonema seccedens, Tumularia aquatica y Xenosporium berkeleyi) y tres en Patanemo (Cordana musae, Retiarius bovicornutus y Trinacrium gracile), siendo 12 dematiáceos y cinco ingoldianos, y por primera vez en Sudamérica a A. insolita y A. longa. Se encontró significativamente mayor la riqueza y la concentración de esporas en las cabeceras de los ríos (U de Mann-Whitney). Disminuyó significativamente (ACP) los hifomicetos acuáticos en la desembocadura por altos niveles de conductividad, sulfato y coliformes. A través del porcentaje de incremento o disminución de las esporas de las especies comunes en cabecera y desembocadura, se hallaron ocho