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À partir du 6 juin 2015, une vague médiatique fait suite aux déclarations d’un adolescent de 16 ans, fils d’éleveurs de bovins à Seyne-les-Alpes (04), affirmant s’être fait attaquer par des loups, de nuit et sur un pré jouxtant leur habitation. La mise en doute de ces déclarations, quasi générale, est parfois allée jusqu’à traiter l’adolescent d’affabulateur et suspecter sa famille d’une manœuvre d’alerte au sujet des loups. Pour les auteurs, spécialistes des activités d’élevage confrontées aux loups, en France et ailleurs, ces déclarations indiscutablement originales n’étaient peut-être pas vraiment surprenantes. En effet, les prédateurs (ours, loups, tigres…) peuvent manifester une habituation, ou familiarisation, envers les humains, encouragée notamment par un statut de protection stricte. C’est le motif de l’enquête menée à Seyne-les- Alpes, dès juillet et août. Les deux questions majeures ont porté sur les signes de changement de comportement des loups envers les humains et sur les risques nouveaux ou croissants de la prédation des loups sur les élevages bovins. L’enquête s’est adressée à toute personne habituée des lieux — éleveur, chasseur, randonneur ou intervenant du secteur — pouvant apporter un témoignage personnel de rencontres avec des loups. Vingt-deux entretiens approfondis ont été réalisés, enregistrés puis retranscrits. Le bassin de Seyne est inséré dans des montagnes boisées et dépeuplées, mais dont les parties hautes constituent des alpages dégagés où montent l’été essentiellement des troupeaux ovins. C’est une vallée bocagère d’altitude, densément peuplée et occupée par l’élevage, principalement de bovins allaitants. Ce paysage de prairies verdoyantes en contrebas de forêts est particulier pour les Alpes du Sud, beaucoup moins à l’échelle européenne. L’enquête a été focalisée sur la lisière entre le bocage et le versant forestier de la montagne de La Blanche. À ce jour, dans un paysage qui offre des habitats favorables aux ongulés sauvages : chamois, chevreuils, mouflons et quelques cerfs, Seyne-les-Alpes n’est pas répertoriée comme une zone de présence permanente de loups (ZPP), ni « à surveiller » selon les services spécialisés de l’État. Pourtant, autour de la lisière étudiée, 14 témoins adultes, dont un lieutenant de louvèterie et un technicien de la Fédération départementale des chasseurs, nous ont décrit en détail leurs observations de loups. Pour neuf d’entre eux, il s’agissait de groupes d’au moins trois loups adultes. Se sont ajoutés des signes tangibles de reproduction sur zone : louveteaux, tanière ou abri sous roche avec litière. Sur ces bases, et compte tenu de la distance aux ZPP déjà répertoriées, l’enquête propose l’hypothèse d’une meute non encore identifiée et dont le territoire couvrirait la zone étudiée. Cette hypothèse concorde avec l’avis des chasseurs enquêtés. Leurs constats, argumentés, sont unanimes : depuis 3 à 4 ans, chamois et chevreuils ont nettement changé de comportement et se sont raréfiés ; c’est plus brutal encore pour les mouflons. Leur mise en cause du loup, mal reçue officiellement, peut étayer des soucis pour l’attractivité de la chasse, notamment auprès desjeunes. Le comportement devenu très méfiant des ongulés sauvages ainsi que leur apparente raréfaction pourraient expliquer un report de prédation sur les bovins. Il ne s’agit plus seulement de jeunes veaux qui manquent à l’appel, mais aussi d’attaques sur des animaux plus âgés, en alpage comme sur les prés en vallée. De plus, les éleveurs constatent un changement de comportement nouveau et très préoccupant chez leurs bovins. Les chiens ne sont pas en cause : les bovins, très habitués à les voir, leur sont indifférents. Si nécessaire, les vaches suitées les éloignent. Mais depuis quelques années, suite aux attaques avérées ou suspectées de loups, vaches, génisses ou taureaux se montrent très inquiets, voire paniqués. Certains groupes ont fui à plusieurs kilomètres après avoir brisé clôtures et barrières. Certains animaux devenus dangereux pour leur éleveur, ou tout au moins ingérables, ont dû être réformés. De tels comportements excèdent évidemment les capacités de vigilance et d’intervention des éleveurs. Autre phénomène nouveau sur Seyne : les rencontres inopinées des humains avec des groupes de loups, et parfois de près. Pour les chasseurs, c’est en montagne, mais parfois aussi en lisière des prés et à proximité d’habitations. Un chasseur à l’arc s’est fait aborder par deux canidés subadultes. La présence d’un adulte, massif, peu craintif et de couleur uniformément noire, est également signalée par plusieurs témoignages, dont deux promeneurs qui l’ont vu de près. Pour le maire de Seyne, l’afflux de témoignages devient banal et manifeste l’émergence d’un risque, serait-il accidentel, avec les loups en circulation sur sa commune. Cette émergence d’un risque est corroborée par « l’affaire des fils Ferrand ». Leurs témoignages, au terme de l’analyse réalisée, apparaissent à la fois sincères, crédibles et cohérents. L’enquête approfondie auprès de l’adolescent de 16 ans ayant déclaré s’être fait attaquer par des loups, a entendu son frère de 20 ans également protagoniste de l’évènement, ainsi que leur père. Une description cartographique et minutée de l’événement, ainsi que la chronique des faits antérieurssurvenus sur le même lieu, permettent de comprendre les réactions des deux frères. Cette nuit là,il s’agissait de la 9ème rencontre en un mois avec ces loups : après 3 attaques diurnes visant des veaux que l’éleveur et ses fils avaient interrompues, après la prédation d’un veau authentifiée par l’ONCFS et suivie de l’autorisation préfectorale de tirs de défense, l’administration avait organisé 4 jours consécutifs d’affût sur ce pré, période durant laquelle les loups ne se sont pas montré ; or c’est dans la nuit du 5e au 6e jour que l’adolescent, monté dans le pré avec son frère en raison des beuglements de leurs vaches, s’est trouvé menacé.L’ensemble des résultats d’enquête fait sens à partir du moment où l’on ne considère pas « l’affaire des fils Ferrand » comme un fait isolé de son contexte. Il y a eu un processus assez long et interactif de modification des comportements de plusieurs catégories d’êtres interagissant de part et d’autre de la lisière, loups, ongulés, bétail, humains, jusqu’à une approche menaçante d’un humain vulnérable par des loups de nuit. Ces évolutions ont des conséquences sur le territoire : une baisse d’attractivité cynégétique et récréative, si ce n’est déjà un risque en matière de sécurité civile ; une atteinte à la viabilité des élevages de bovins conduits à l’herbe, dont il est attendu aussi qu’ils contribuent à la gestion des paysages et de leurs aménités.

A usual explanation to low levels of contribution to public goods is the fear of getting the sucker’s payoff (cooperation by the participant and defection by the other players). In order to disentangle the effect of this fear from other motives, we design a public good game where people have an assurance against getting the sucker’s payoff. We show that contributions to the public good under this ‘protective’ design are significantly higher and interact with expectations on other individuals’ contribution to the public good. Some research extensions are suggested., Une des raisons à la faible contribution volontaire aux biens publics est l’aversion au sucker’s payoff (coopération individuelle quand les autres font défection). Afin de distinguer l’effet de cette aversion d’autres causes, nous réalisons une expérience de contribution à un bien public dans laquelle les joueurs ont une assurance contre le risque de sucker’s payoff. Les résultats montrent que l’assurance augmente les contributions de manière directe mais également de manière indirecte à travers les anticipations des individus sur les contributions des autres.

Nucleoplasmin 2(npm2) is an essential maternal-effect gene that mediates early embryonic events through its function as a histone chaperone that remodels chromatin. Here we report the existence of twonpm2(npm2aandnpm2b) genes in zebrafish. We examined the evolution ofnpm2aandnpm2bin a variety of vertebrates, their potential phylogenetic relationships, and their biological functions using knockout models via the CRISPR/cas9 system. We demonstrated that the twonpm2duplicates exist in a wide range of vertebrates, including sharks, ray-finned fish, amphibians, and sauropsids, whilenpm2awas lost in Coelacanth and mammals, as well as some specific teleost lineages. Using phylogeny and synteny analyses, we traced their origins to the early stages of vertebrate evolution. Our findings suggested thatnpm2aandnpm2bresulted from an ancient local gene duplication, and their functions diverged although key protein domains were conserved. We then investigated their functions by examining their tissue distribution in a wide variety of species and found that they shared ovarian-specific expression, a key feature of maternal-effect genes. We also showed that bothnpm2aandnpm2bare maternally-inherited transcripts in vertebrates. Moreover, we used zebrafish knockouts to demonstrate thatnpm2aandnpm2bplay essential, but distinct, roles in early embryogenesis.npm2afunctions very early during embryogenesis, at or immediately after fertilization, whilenpm2bis involved in processes leading up to or during zygotic genome activation. These novel findings will broaden our knowledge on the evolutionary diversity of maternal-effect genes and underlying mechanisms that contribute to vertebrate reproductive success.Author SummaryThe protein and transcript of thenpm2gene have been previously demonstrated as maternal contributions to embryos of several vertebrates. Recently, twonpm2genes, denoted here asnpm2aandnpm2b, were discovered in zebrafish. This study was conducted to explore the evolutionary origin and changes that occurred that culminated in their current functions. We found that an ancient local duplication of the ancestralnpm2gene created the current two forms, and while most vertebrates retained both genes, notably, mammals and certain species of fish lostnpm2aand, albeit rarely, bothnpm2aandnpm2b. Our functional analyses showed thatnpm2aandnpm2bhave diverse but essential functions during embryogenesis, asnpm2amutants failed to undergo development at the earliest stage whilenpm2bmutants developed, although abnormally, until the zygotic genome activation stage after which their development was arrested followed subsequently by death. Our study is the first to clearly demonstrate the evolution, diversification, and functional analyses of thenpm2genes, which are essential maternal factors that are required for proper embryonic development and survival.

Localisation : Centre de documentation P. Bartoli, UMR LAMETA, Montpellier (S WPL 2011-08) 2017-06 Localisation : Centre de documentation P. Bartoli, UMR LAMETA, Montpellier (S WPL 2011-08) 2017-06; We investigate how variations in soil fertility affect civil conflicts. We first present a model with heterogeneous land in which variations in input prices (fertilizers) affect appropriable rents and the opportunity costs of fighting. The theory predicts that spikes in input prices increase the likelihood of conflicts through their effect on income and inequality, and that this effect is magnified when soil fertility is naturally more heterogenous. We test these predictions using data on conflict events covering all Sub-Saharan African countries at a spatial resolution of 0.5 x 0.5 degree latitude and longitude over the 1997-2013 period. We combine information on soil characteristics and worldwide variations in fertilizer prices to identify local exogenous changes in input costs. As predicted, variations in soil productivity triggered by variations in fertilizer prices are positively associated with conflicts, especially in cells where land endowments are more heterogeneous. In addition, we find that the distribution of land fertility both within and across ethnic groups affects violence, and that the effect of between-group heterogeneity in soil quality is magnified in densely populated areas. Overall, our findings imply that inequality in access to fertile areas - an issue largely neglected in the literature dealing with the roots of Sub-Saharan African civil wars - constitutes a serious threat to peace at the local-level..

Members’ commitment lessens when agricultural cooperatives grow larger. Their organization becomes more complex and their membership more heterogeneous, which threatens their sustainability and leads them to implement specific mechanisms for collective decisions. We explore how the alignment of objectives between a multi-purpose cooperative and its members influences member commitment. We estimate a multinomial probit model on a cross-section sample of 3,205 members from a large agricultural cooperative in France. We assess the determinants of member commitment through four factors: the offer of new agricultural practices, the availability of outlets and supplies to members, the farm distance to the cooperative headquarters and the farm governance. We show that the adoption of new agricultural practices has a small but significant effect. The availability of outlets and supplies has the strongest effect on the economic involvement of the farmers. Other determinants, such as farm governance or geographical distance to the cooperative headquarters, also reinforce member commitment., L'engagement des adhérents diminue lorsque la taille des coopératives agricoles augmente. En effet, à mesure que la taille des coopératives augmente, leur organisation devient plus complexe, leur sociétariat plus hétérogène, ce qui menace leur durabilité et les conduit à mettre en oeuvre de nouveaux mécanismes de décisions collectives. Nous explorons comment l'alignement des objectifs entre une coopérative polyvalente et ses adhérents influence leur engagement. Nous estimons un modèle probit multinomial sur un échantillon transversal de 3 205 adhérents d'une grande coopérative agricole française. Nous évaluons les déterminants de l'engagement des adhérents à partir de quatre critères: l'offre de nouvelles pratiques agricoles, la disponibilité des débouchés pour l’adhérent au sein de la coopérative, la distance entre le siège social de l’exploitation et celui de la coopérative et la gouvernance de l’exploitation. Nous montrons que l'adoption de nouvelles pratiques agricoles a un effet faible mais significatif sur l’engagement. La disponibilité des débouchés est le facteur qui a le plus d’impact sur l’engagement des adhérents. D'autres déterminants, tels que la gouvernance de l’exploitation ou la distance au siège social de la coopérative renforcent également l'engagement des adhérents.

Ce document présente la révision méthodologique du suivi statistique des emplois dans les professions dites « vertes », initiées début 2019 dans le cadre des travaux de l’Observatoire national des emplois et métiers de l’économie verte (Onemev). La mise en place de cette nouvelle méthodologie s’intègre dans le cadre des travaux de refonte de la nomenclature des professions et catégories socioprofessionnelles (PCS) de l’Insee, qui ont débuté en septembre 2018.

Pour citer ce document:Barzman M. (Coord.), Gerphagnon M. (Coord.), Mora O. (Coord.),Aubin-Houzelstein G., Bénard A., Martin C., Baron G.L, Bouchet F., Dibie-Barthélémy J., Gibrat J.F., Hodson S., Lhoste E., Moulier-Boutang Y., Perrot S., Phung F., Pichot C., Siné M., Venin T. 2019. Transition numérique et pratiques de recherche et d’enseignement supérieur en agronomie, environnement, alimentation et sciences vétérinaires à l’horizon 2040.INRA, France, 161 pages; Transition numérique et pratiques de recherche et d’enseignement supérieur en agronomie, environnement, alimentation et sciences vétérinaires à l’horizon 2040.

Many application domains such as ecology or genomics have to deal with multivariate non Gaussian observations. A typical example is the joint observation of the respective abundances of a set of species in a series of sites, aiming to understand the co-variations between these species. The Gaussian setting provides a canonical way to model such dependencies, but does not apply in general. We consider here the multivariate exponential family framework for which we introduce a generic model with multivariate Gaussian latent variables. We show that approximate maximum likelihood inference can be achieved via a variational algorithm for which gradient descent easily applies. We show that this setting enables us to account for covariates and offsets. We then focus on the case of the Poisson-lognormal model in the context of community ecology. We demonstrate the efficiency of our algorithm on microbial ecology datasets. We illustrate the importance of accounting for the effects of covariates to better understand interactions between species., 27 pages

To study the evolution of several quantitative traits, the classical phylogenetic comparative framework consists of a multivariate random process running along the branches of a phylogenetic tree. The Ornstein-Uhlenbeck (OU) process is sometimes preferred to the simple Brownian Motion (BM) as it models stabilizing selection toward an optimum. The optimum for each trait is likely to be changing over the long periods of time spanned by large modern phylogenies. Our goal is to automatically detect the position of these shifts on a phylogenetic tree, while accounting for correlations between traits, which might exist because of structural or evolutionary constraints. We show that, in the presence shifts, phylogenetic Principal Component Analysis (pPCA) fails to decorrelate traits efficiently, so that any method aiming at finding shift needs to deal with correlation simultaneously. We introduce here a simplification of the full multivariate OU model, named scalar OU (scOU), which allows for noncausal correlations and is still computationally tractable. We extend the equivalence between the OU and a BM on a re-scaled tree to our multivariate framework. We describe an Expectation Maximization algorithm that allows for a maximum likelihood estimation of the shift positions, associated with a new model selection criterion, accounting for the identifiability issues for the shift localization on the tree. The method, freely available as an R-package (PhylogeneticEM) is fast, and can deal with missing values. We demonstrate its efficiency and accuracy compared to another state-of-the-art method (ℓ1ou) on a wide range of simulated scenarios, and use this new framework to re-analyze recently gathered datasets on New World Monkeys and Anolis lizards.

This paper examines competition among NGOs that act as standard-setting organizations. We consider a double duopoly model wherein NGOs compete to offer firms labels for sustainability quality and firms compete to sell consumers differentiated products. We assume that NGO preferences for standard levels differ, with some being mission-driven organizations and others being market-driven organizations. We find that these two NGO types must have very different preferences to be present in the label market. Moreover, competition between these two types NGOs leads to a decrease in standard provided by mission-driven NGOs and an increase in overall weighted sustainability quality

Paru aussi dans la série Working Paper MOISA n° 2016-4; We survey Brazilian coffee farmers’ preferences for attributes of voluntary sustainabilitystandards using a choice experiment. We collected original data from 250 coffee farmers wholive in the state of Minas Gerais who were asked to choose from several hypothetical buyingcontracts for eco-certified coffee. Our results suggest that both cash and non-cash paymentsmay motivate farmers to participate in sustainability standard certification schemes that re-quire improved agricultural practices. Preferences for non-cash rewards such as long-termformal contracts or technical assistance, however, appear highly heterogeneous. Results more-over show that the minimum willingness-to-accept for the adoption of composting is twiceas high as the average price premium for certified coffee in the current context, which maypartly explain why most coffee farmers continue to be reluctant to enter the most stringenteco-certification schemes such as the organic standard.

Localisation : Centre de documentation P. Bartoli (S WPL 2014-01), UMR LAMETA, Montpellier 2014-01; The explicit assumption underlying Payments for Ecosystem Services (PES) is that offering payments that are at least equal to individual’s opportunity cost will establish individuals’ participation. At the same time, that payment should act as a substitution within landowners’ global income, making environmental conservation compatible with economic development goals, and suitable for win-win policy. This partially acts under the more general hypothesis of money fungibility built-in neoclassical economic premise. Meanwhile, behavioural economics demonstrate that individuals track their financial activities using a set of cognitive labels depending to the context in which it was obtained, each of which being associated with a different marginal propensity to consume. Based on a ‘Humans’ vs. ‘Econs’ approach, we test the effect of income’s origin (‘Low effort’ based money vs. ‘High effort’ based money) on spending decisions (Necessity vs. Superior goods) and pro social preferences (Contribution to a public good) within Madagascar rural areas that are potential beneficiaries of PES programs, using a natural field experiment. Our findings support that human’s behavioural responses matter and could, under some circumstances, alter environmental conservation policies.

Note de synthèse de l'enquête "Cartographie des Sols" : Perspectives d'évolution de la cartographie des sols

Note de contexte sur la Cartographie Numérique des Sols

WP1Experimental evidences showed the effect of ageing on the capability of elderly in dealing with food, including package opening/handling, sensory discrimination (e.g. differences between autonomous and dependant elderly), biting force etc. Eating capability assessment can be used to choose the food of just-right texture and desired oral processing properties. A set of guidance about food packaging design for elderly and baseline environmental impacts for Optifel systems was established.WP2WP2 produced a software tool for calculating the necessary nutrient composition for the concepts of model products for the given target group (dependent elderlies needing fortified food) upon eating in specified cook-and-serve systems. WP2 also collected the specific needs of the elderlies for nutritional and sensory properties and produced guidelines for the industry. The guidelines give recommendations for nutrients to be fortified and instructions for sensory properties.WP3Food prototypes, based on fruit and vegetables, which met safety and nutritional requirements, food preferences (taste and texture) and constraints for elderly people were prepared using conventional and new technologies. They included soft-solid and liquid concepts enriched with proteins, minerals and vitamins. Industrial scenarios were simulated for production and distribution of the prototypes. A full approach of a week meal was developed under the OPTIFEL TOOL KIT concept.WP4Optifel prototype foods enriched with proteins, vitamins and minerals were characterized for sensory properties, nutritional values, safety, environmental and cost performance. Usage conditions (delivery system, storage, reheating and serving) that maintain protein digestibility, vitamin stability, reduce microbial risk and optimize environmental and cost performance, were identified. New scientific knowledge was obtained on these issues and published.WP5The enriched recipes produced in Optifel project were assessed by autonomous elderly to select the most appreciated one in each product category. Those selected recipes were then tested as part of a full meal (in comparison with non-enriched versions) by elderly living in nursing homes or benefiting from food services. The products were well appreciated and allowed to increase the proportion of elderly reaching a recommended protein intake at lunch.WP6The knowledge produced within the OPTIFEL project was disseminated through an active website (www.optifel.eu), synthetized in guidelines addressing the food and care industries (http://www.optifel.eu/food-for-elderly/guidelines/), and in seminars dedicated to food for seniors, one of them including a culinary demonstration. Further the results were presented in 137 trade fairs, scientific congresses, media (newsletters, interviews, press) and in 27 scientific publications.

When the aim is to model market-shares as a function of explanatory variables, the marketing literature proposes some regression models which can be qualified as attraction models. They are generally derived from an aggregated version of the multinomial logit model widely used in econometrics for discrete choice modeling. But aggregated multinomial logit models (MNL) and the so-called market-share models or generalized multiplicative competitive interaction models (GMCI) present some limitations: in their simpler version they do not specify brand-specific and cross-effect parameters. Introducing all possible cross effects is not possible in the MNL and would imply a very large number of parameters in the case of the GMCI. In this paper, we consider alternative models which are the Dirichlet covariate model (DIR) and the compositional model (CODA). DIR allows to introduce brand-specific parameters and CODA allows additionally to consider cross-effect parameters. We show that these last two models can be written in a similar fashion, called attraction form, as the MNL and the GMCI models. As market-share models are usually interpreted in terms of elasticities, we also use this notion to interpret the DIR and CODA models. We compare the main properties of the models in order to explain why CODA and DIR models can outperform traditional market-share models. The benefits of highlighting these relationships is on one hand to propose new models to the marketing literature and on the other hand to improve the interpretation of the CODA and DIR models using the elasticities of the econometrics literature. Finally, an application to the automobile market is presented where we model brands market-shares as a function of media investments, controlling for the brands average price and a scrapping incentive dummy variable. We compare the goodness-of-fit of the various models in terms of quality measures adapted to shares.; Lorsque l'objectif est de modéliser des parts de marché, la littérature marketing propose des modèles de régression qui peuvent être qualifié de modèles d'attraction. Ils sont généralement dérivés d'une version agrégée du modèle multinomial logit. Mais le logit multinomial agrégé et le modèle d'attraction appelé generalized multiplicative competitive interaction models (GMCI) présentent quelques limitations : dans leur version simple, ils ne spécifient pas de paramètres propres aux marques ni d'effets croisés. Dans ce papier, nous considérons des modèles alternatifs : le modèle de Dirichlet (DIR) et le modèle de composition (CODA). DIR permet d'introduire des paramètres propres aux marques et CODA permet en plus de considérer des effets croisés. Nous montrons que ces deux modèles peuvent être exprimés sous une forme similaire, appelée formulation en attraction, comme les modèles MNL et GMCI. Les modèles de parts de marché étant habituellement interprétés en termes d’élasticités, nous utilisons également cette notion pour interpréter les modèles DIR et CODA. Nous comparons les propriétés des modèles de manière à expliquer pourquoi les modèles CODA et DIR peuvent être plus performants que les modèles de parts de marché traditionnels. Une application au marché automobile est présentée où nous modélisons les parts de marché des marques en fonction des investissements médias, en contrôlant pour le prix des marques et l’existence ou non de prime à la casse. Nous comparons la qualité des modèles en utilisant des mesures adaptées aux données de parts.

We are interested in modeling the impact of media investments on automobile manufacturer’s market shares. Regression models have been developed for the case where the dependent variable is a vector of shares. Some of them, from the marketing literature, are easy to interpret but quite simple (Model A). Other models, from the compositional data analysis literature, allow a large complexity but their interpretation is not straightforward (ModelB).This paper combines both literatures in order to obtain a performing market share model and develop relevant interpretations for practical use. We prove that Model A is a particular case of Model B, and that anintermediate specification is possible (Model AB). A model selection procedure is proposed. Several impactmeasures are presented and we show that elasticities are particularly useful: they can be computed from thetransformed or from the original model, and they are linked to the simplicial derivatives.

Projet ESPOL. Synthèse des travaux menés par l'URSOLS

This article investigates the impact of agricultural policies on structural change in farming. Since not all farmers may behave alike, a non-stationary mixed-Markov chain modeling (M-MCM) approach is applied to capture unobserved heterogeneity in the transition process of farms. A multinomial logit specification is used for transition probabilities and the parameters are estimated by the maximum likelihood method and the Expectation-Maximization (EM) algorithm. An empirical application to an unbalanced panel dataset from 2000 to 2013 shows that French farming mainly consists of a mixture of two farm types characterized by specific transition processes. The main finding is that the impact of farm subsidies from both pillars of the Common Agricultural Policy (CAP) highly depends on the farm type. A comparison between the non-stationary M-MCM and a homogeneous non-stationary MCM shows that the latter model leads to either overestimation or underestimation of the impact of agricultural policy on change in farm size. This suggests that more attention should be paid to both observed and unobserved farm heterogeneity in assessing the impact of agricultural policy on structural change in farming.; Cet article analyse l'impact des politiques agricoles sur le changement structurel en agriculture. Etant donné que les agriculteurs ne se comportent pas tous de la même façon, une approche de mélange de modèles de chaînes de Markov (M-MCM) nonstationnaire est appliquée pour capturer l'hétérogénéité inobservée dans le processus de transition des exploitations agricoles. Un logit multinomial est utilisé pour spécifier les probabilités de transition et les paramètres sont estimés par du maximum de vraisemblance et l'algorithme d'Espérance-Maximisation (EM). Une application empirique sur un panel non cylindré de 2000 à 2013 montre que le secteur agricole en France est constitué principalement d'un mélange de deux types d'exploitations caractérisés par des processus de transition différents. Le principal résultat est que l'impact des subventions provenant des deux piliers de la Politique Agricole Commune (PAC) dépend fortement du type auquel appartiennent les exploitations. Une comparaison de ces résultats avec ceux obtenus avec un MCM homogène nonstationnaire montre que ce dernier conduit soit à surestimer, soit à sous-estimer l'impact de certaines subventions de la PAC sur l'évolution de la taille des exploitations. Cela suggère qu'il faudrait prêter plus d’attention à l'hétérogénéité, à la fois observée et inobservée, des exploitations agricoles dans l'évaluation de l'impact des politiques agricoles sur le changement structurel en agriculture.

Nucleoplasmin 2 (npm2) is an essential maternal-effect gene that mediates early embryonic events through its function as a histone chaperone that remodels chromatin. Here we report the existence of two npm2 (npm2a and npm2b) genes in zebrafish. We examined the evolution of npm2a and npm2b in a variety of vertebrates, their potential phylogenetic relationships, and their biological functions using knockout models via the CRISPR/cas9 system. We demonstrated that the two npm2 duplicates exist in a wide range of vertebrates, including sharks, ray-finned fish, amphibians, and sauropsids, while npm2a was lost in Coelacanth and mammals, as well as some specific teleost lineages. Using phylogeny and synteny analyses, we traced their origins to the early stages of vertebrate evolution. Our findings suggested that npm2a and npm2b resulted from an ancient local gene duplication, and their functions diverged although key protein domains were conserved. We then investigated their functions by examining their tissue distribution in a wide variety of species and found that they shared ovarian-specific expression, a key feature of maternal-effect genes. We also showed that both npm2a and npm2b are maternally-inherited transcripts in vertebrates. Moreover, we used zebrafish knockouts to demonstrate that npm2a and npm2b play essential, but distinct, roles in early embryogenesis. npm2a functions very early during embryogenesis, at or immediately after fertilization, while npm2b is involved in processes leading up to or during zygotic genome activation. These novel findings will broaden our knowledge on the evolutionary diversity of maternal-effect genes and underlying mechanisms that contribute to vertebrate reproductive success.

Workshop on marker-trait analyses and marker-assisted selection strategies

Bilan synthétique des Labex « Agro », « Numev », « Cemeb », « Entreprendre » en vue du dépôt de dossiers d’écoles universitaires de recherches EUR

Previous studies on the productive value of biodiversity emphasized that crop diversity increases crop yields. Here, we focus on the productivity of crop diversity and permanent grasslands for crops and milk. Using a GMM approach, we estimate detailed production functions using a sample of 3960 mixed farms from the FADN between 2002 and 2013. We highlight that permanent grasslands enhance crop production. We confirm that crop diversity increases crop and milk yields. Permanent grasslands and crop diversity are however substitute inputs. We also find that both of these biodiversity productive capacities influence variable input productivities. These results suggest the potential adaptations of farmers’ choices to environmental measures., La littérature sur la valeur productive de la biodiversité a souligné que la diversité des cultures augmentait les rendements des cultures. Nous examinons ici la productivité de la diversité des cultures et des prairies permanentes pour les céréales et le lait. A partir de la méthode des moments généralisés, nous estimons un système de fonctions de production détaillées sur un échantillon de 3960 fermes du RICA spécialisées en polyculture-élevage entre 2002 et 2013. Nous trouvons que les prairies permanentes augmentent les rendements des cultures. Nous confirmons que la diversité des cultures augmente les rendements des cultures mais aussi les rendements laitiers. Cependant, nous trouvons que la diversité des cultures et les prairies permanentes sont substituables. Elles interagissent par ailleurs avec les intrants variables. Ces résultats mettent en avant un potentiel d’adaptations de la production des agriculteurs à des mesures environnementales.

La qualité des composts en Guadeloupe

This paper investigates whether Burkinabe maize farmers’ fertilizer-use decisionsare correlated with their risk and time preferences. We conducted a survey and a se-ries of hypothetical experiments on a sample of 1,500 farmers. We find that morepatient farmers do use more fertilizer, but it is only because they plant more maize (afertilizer-intensive crop) rather than because they use more fertilizer per hectare ofmaize planted. Conversely, we find no statistically significant link between risk aver-sion and fertilizer use. We use a simple two-period model, which suggests that riskaversion may indeed have an ambiguous effect on fertilizer use.

Des indicateurs pour analyser l'interdisciplinarité des recherches des institutions

arXiv. Physics. Biological Physics; The aim of this work is to propose a first coarse-grained model of Bacillus subtilis cell wall, handling explicitly the existence of multiple layers of peptidoglycans. In this first work, we aim at the validation of the recently proposed "three under two" principle.

Large retailers competing with smaller stores that carry a narrower range canexercise market power by pricing below cost for some of their products. Below-costpricing arises as an exploitative device rather than a predatory device (e.g., Chenand Rey, 2012). Unlike standard textbook models, we show that positive consumervalue is not required in these frameworks. Large retailers can sell products o¤eringconsumers a negative value. We use this insight to revisit some classic issues invertical relations.

Cette étude sectorielle a pour objectif de comparer les paramètres d’étiquetage et la composition nutritionnelle des échantillons de produits traiteurs frais, collectés en 2009 et en 2015 par l’Oqali. Cette étude se base sur 1168 références collectées sur le marché en 2009 (couvrant 42% du marché en volume) et 2293 références collectées sur le marché en 2015 (couvrant 58% du marché en volume). Il s’agit de références vendues dans les grandes et moyennes surfaces de France et dans les distributeurs spécialisés bio. La présence d’un étiquetage nutritionnel a significativement augmenté à l’échelle du secteur (85% de produits étiquetés en 2009 vs. 96% en 2015), de même que l’affichage de repères nutritionnels (34% vs. 41%). En revanche, on observe une diminution significative des indications de portions (étiquetées sur 67% des produits en 2009 vs. 60% en 2015) et des allégations de santé (1% vs. 0,3%).Concernant la composition nutritionnelle, une évolution significative a été mise en évidence pour 22 familles de produits : Au sein de la catégorie des Pizzas, des diminutions significatives de teneurs moyennes en sel sont observées pour 3 familles : les Pizzas fraîches charcuterie (1,57 vs. 1,38 g/100g), les Pizzas fraîches fromage (1,53 vs. 1,32 g/100g) et les Pizzas fraîches jambon fromage (1,62 vs. 1,35 g/100g). En outre, les Pizzas fraîches charcuterie voient leurs teneurs moyennes en lipides et AGS baisser significativement (respectivement 10,9 vs. 9,1 g/100g et 5,2 vs. 4,3 g/100g).Au sein de la catégorie des Salades de féculents, les teneurs moyennes en lipides des Salades de pâtes (10,8 vs. 8,1 g/100g) et des Salades de pommes de terre (10,7 vs. 8,4 g/100g) diminuent significativement. Pour cette dernière famille, la teneur moyenne en AGS diminue également de manière significative (1,5 vs. 1,0 g/100g). Ceci peut s’expliquer par une diversification des recettes et par un travail sur les assaisonnements. A noter également, une diminution significative de la teneur moyenne en sel des Salades de pâtes (1,05 vs. 0,85 g/100g), une augmentation significative de la teneur moyenne en sucres des Autres salades de féculents (1,0 vs. 2,2 g/100g), pouvant être reliée à l’apparition sur le marché de salades contenant des fruits secs, et une diminution significative de la teneur moyenne en protéines des taboulés (5,2 vs. 4,9 g/100g), pouvant être expliquée par une plus forte proportion de taboulés végétariens en 2015.Au sein de la catégorie des Salades de crudités, des diminutions significatives sont observées concernant : la teneur moyenne en protéines des Salades coleslaw (1,1 vs. 0,9 g/100g), les teneurs moyennes en AGS (1,1 vs. 0,9 g/100g) et en sucres (2,5 vs. 2,0 g/100g) des Salades de céleri et la teneur moyenne en sucres des Autres Salades de cuidités (2,3 vs. 1,8 g/100g).Dans la catégorie des Sandwiches, on observe une diminution significative des teneurs moyennes en lipides pour les familles suivantes : les Sandwiches jambon (12,0 vs. 10,2 g/100g), les Sandwiches jambon crudités (11,2 vs. 9,2 g/100g), les Sandwiches jambon fromage (14,1 vs. 12,0 g/100g), les Sandwiches poisson crudités (10,0 vs. 7,5 g/100g) et les Sandwiches poulet crudités (9,5 vs. 7,9 g/100g). Cela s’accompagne d’une baisse significative des teneurs moyennes en AGS pour les Sandwiches jambon crudités (3,2 vs. 2,4 g/100g), les Sandwiches poisson crudités (1,3 vs. 1,2 g/100g) et les Sandwiches poulet crudités (1,8 vs. 1,3 g/100g). Ces évolutions peuvent être reliées à un travail réalisé sur les sauces/assaisonnements (mise en œuvre plus fréquente de sauces allégées). A noter également des diminutions significatives de teneurs moyennes en protéines pour les Sandwiches jambon crudités (10,1 vs. 9,5 g/100g), les Sandwiches jambon fromage (13,0 vs. 11,4 g/100g) et des augmentations pour les Sandwiches poulet (10,1 vs. 11,2 g/100g) et les Sandwiches poulet crudités ((9,6 vs. 10,0 g/100g). Pour finir, on observe une augmentation significative de la teneur moyenne en sucres des Sandwiches poisson crudités (2,5 vs. 3,4 g/100g), qui peut être reliée à la mise en œuvre de pains plus sucrés (pains viennois, bagels…), et une diminution significative de la teneur moyenne en sel des Sandwiches poulet crudités (1,29 vs. 1,21 g/100g).La famille des Croques présente une diminution significative des teneurs moyennes en lipides (12,8 vs. 11,4 g/100g) et en AGS (6,5 vs. 5,5 g/100g) ainsi qu’une augmentation significative de la teneur moyenne en sucres (2,1 vs. 2,8 g/100g).La famille des Surimi nature présente une diminution significative de la teneur moyenne en protéines (8,2 vs. 7,5 g/100g) ainsi qu’une augmentation significative de la teneur moyenne en sucres (2,5 vs. 2,9 g/100g). Ces évolutions sont néanmoins à considérer avec précaution car la collecte de ces produits a été partielle en 2009.Au sein de la catégorie des tartes salées, les Flammekueches présentent une augmentation significative de la teneur moyenne en lipides (10,5 vs. 12,1 g/100g) et les Autres tartes salées voient leur teneur moyenne en AGS significativement augmenter (6,6 vs. 7,9 g/100g). Ceci peut être relié à la mise en œuvre plus fréquente de fromage.La famille des Quiches lorraine voit ses teneurs en sucres (2,7 vs. 2,0 g/100g), protéines (9,0 vs. 8,4 g/100g) et en sel (1,28 vs. 1,01 g/100g) diminuer significativement.Enfin, la famille des Feuilletés ou brioches voit ses teneurs moyennes en lipides (17,6 vs. 16,6 g/100g), en AGS (10,5 vs. 9,2 g/100g) et en protéines (8,1 vs. 7,5 g/100g) baisser significativement.

Dans le contexte de la réduction des émissions de gaz à effet de serre encadrée par les accords internationaux comme le protocole de Kyoto et l’accord de Paris, la gestion des forêts apparaît comme un possible levier pour l’atténuation du changement climatique, mais de grandes incertitudes persistent sur la stratégie à adopter. Laisser pousser les forêts pour bénéficier du puits qu’elles représentent et ainsi augmenter la séquestration du carbone dans la biosphère terrestre ou augmenter les récoltes de bois pour substituer aux produits consommateurs de carburant fossile leurs alternatives issues de la forêt?Le projet BiCaFF (Bilan Carbone de la forêt française) a pour objectif d’évaluer plusieurs stratégies de gestion forestière et d’utilisation des produits de la filière bois pour la forêt française pour comparer les bénéfices de chaque stratégie sur la séquestration de carbone dans l’ensemble de la filière, de la forêt aux produits bois en prenant en compte les effets de substitution matériaux et énergie. Pour cela, la croissance de la forêt et la production de bois sont modélisées par deux approches empiriques complémentaires à deux échelles différentes.Ce document rapporte l’approche mise en place ainsi que les résultats du projet BiCaFF dont la partie scientifique a débuté en Juillet 2013.D’une part un modèle ‘empirique national’, modèle de projection de la ressource forestière adapté aux spécificités de la gestion de la forêt du territoire européen de la France, a été développé spécifiquement pour le projet BiCaFF. Des scénarios de gestion forestière ont été élaborés et validés par le comité de pilotage puis mis en oeuvre dans le modèle empirique sous forme d’analyse de sensibilité du bilan carbone à l’intensité de la mobilisation de bois dans différentes catégories de forêts. Un modèle de filière bois a également été développé pour estimer les flux de biomasse et les volumes de bois d’oeuvre, d’industrie, énergie résultant de chaque stratégie de mobilisation. Cette approche fournit un niveau de détails découlant des variables de l’inventaire forestier national mais n’est applicable qu’à une courte échelle de temps en raison de la non intégration des variations environnementales.D’autre part, un modèle ‘empirique grande échelle’ a été développé à partir des données de littérature à l’échelle de l’Europe et représente une forêt-type représentative de la forêt européenne. Cette approche fournit des simulations à long terme (150 ans) en prenant en compte l’incertitude sur la réponse des forêts au changement climatique et en intégrant le compartiment sol, mais présente un niveau de détails inférieur.Pour les deux parties de l’étude, à l’échelle de la France et pour une forêt européenne type, ce document décrit les hypothèses et méthodes de modélisation, les scénarios de mobilisation de la ressource forestière, et les résultats des simulations en termes de production de produits bois et de séquestration de carbone.

International audience; We here investigate the extent to which labour-market changes explain the decline in the time spent home cooking by married women in France between 1985 and 2010. Using time use data and Oaxaca-Blinder decompositions, we find that rising women’s employment and observed wages together account for about 60% of the fall in the time married women spent cooking. We then use a semi-parametric matching technique to construct an implicit wage rate, which better reflects the change in labour-market incentives that individuals face. The rise in women’s implicit wages explains no more than 20% of the decline in their cooking time, while the wage of their partner has no effect. Changing labour-market incentives are thus far from being the main driver of the decline in home-cooking. We also find evidence that home cooking continues to be structured by the gendered social norm of the “proper family meal”.

Contribution au projet de « Territoire d’innovation de grande ambition » en Occitanie : Fiches descriptives relatives à la « Gestion de l’eau » et aux « Systèmes alimentaires urbains durables »

The increase in beef consumption in several Asian countries is helping to strengthen competitive games between the world's leading beef exporters, including Australia, India, Brazil and the United States. The main importers of beef and veal, including the United States, China (with Hong-Kong), Japan and Russia, have some differentiated trajectories according to changes in domestic demand for beef and veal, sanitary conditions in supplier countries and sometimes geopolitical issues. The European Union, which is experiencing both a decline in its production and consumption of beef, is not a major player in international trade in this sector. Domestic demand is largely satisfied by European products and significant flows of live cattle and beef take place between Member States. Using the available customs databases both on a global scale (Comtrade and Baci) and the European Union (Comext), this article proposes an analysis on the evolution of the productive and commercial situation of the main players in the beef cattle sector for the period 2000 to 2015.; L’augmentation de la consommation de viande bovine dans plusieurs pays asiatiques contribue à renforcer les jeux concurrentiels entre les principaux exportateurs mondiaux de viande bovine, dont l’Australie, l’Inde, le Brésil ou les Etats-Unis. Les principaux importateurs de viande bovine, dont les Etats-Unis, la Chine (avec Hong-Kong), le Japon et la Russie, connaissent des trajectoires différenciées en fonction de l’évolution de la demande intérieure en viande bovine, des conditions sanitaires propres aux pays fournisseurs et, parfois, de questions géopolitiques. L’Union Européenne, qui connait à la fois une baisse de sa production et de sa consommation de viande bovine, n’est pas un acteur majeur du commerce international dans ce secteur. La demande intérieure est satisfaite essentiellement par des produits européens et des flux importants de bovins vivants et de viande bovine ont lieu entre les Etats membres. En utilisant les bases de données des douanes disponibles, tant à l’échelle mondiale (Comtrade et Baci) que de l’Union Européenne (Comext), cet article propose une analyse sur l’évolution de la situation productive et commerciale des principaux acteurs du secteur bovin mondial pour la période 2000 à 2015.

To study the evolution of several quantitative traits, the classical phylogenetic comparative framework consists of a multivariate random process running along the branches of a phylogenetic tree. The Ornstein-Uhlenbeck (OU) process is sometimes preferred to the simple Brownian Motion (BM) as it models stabilizing selection toward an optimum. The optimum for each trait is likely to be changing over the long periods of time spanned by large modern phylogenies. Our goal is to automatically detect the position of these shifts on a phylogenetic tree, while accounting for correlations between traits, which might exist because of structural or evolutionary constraints. We show that, in the presence shifts, phylogenetic Principal Component Analysis (pPCA) fails to decorrelate traits efficiently, so that any method aiming at finding shift needs to deal with correlation simultaneously. We introduce here a simplification of the full multivariate OU model, named scalar OU (scOU), which allows for noncausal correlations and is still computationally tractable. We extend the equivalence between the OU and a BM on a re-scaled tree to our multivariate framework. We describe an Expectation Maximization algorithm that allows for a maximum likelihood estimation of the shift positions, associated with a new model selection criterion, accounting for the identifiability issues for the shift localization on the tree. The method, freely available as an R-package (PhylogeneticEM) is fast, and can deal with missing values. We demonstrate its efficiency and accuracy compared to another state-of-the-art method (l1ou) on a wide range of simulated scenarios, and use this new framework to re-analyze recently gathered datasets on New World Monkeys and Anolis lizards.

Parmi les polluants organiques persistants, les PCB (polychlorobiphényles) bien qu’interdits depuisplusieurs décennies, et les PBDE (polybromodiphényléthers) dʹusage plus récent et considérés commedes polluants émergents, sont présents de façon ubiquiste dans lʹenvironnement sous forme demélanges de différents congénères dont les proportions relatives dépendent de leurs sources et de leurdevenir, incluant leur dégradation. FishʹnʹPOPs avait deux objectifs : 1) Mesurer les effets à long termechez les poissons dʹune exposition par voie alimentaire à ces polluants en mélanges (PCB et/ou PBDE)pertinents sur le plan environnemental en étudiant i) les fonctions impactant le recrutement(reproduction et survie de la descendance) ; ii) le devenir de ces polluants, leurs interactions avec leslipides et les mécanismes gouvernant la distribution des polluants dans lʹorganisme; iii) le transfertvers les oeufs et les effets sur plusieurs générations en utilisant la modélisation énergétique, dedynamique des populations et de l’évolution des traits biologiques. 2) Comprendre les mécanismesd’action moléculaires sous‐jacents et développer de nouveaux biomarqueurs d’effets.

Localisation : Centre de documentation P. Bartoli (S WPL 2017-05), UMR LAMETA, Montpellier; Biodiversity offsetting (BO) is increasingly used in environmental policies as a way to halt biodiversity losses caused by the development of infrastructure and urbanization. Ecological gains for offsets have so far mainly been obtained through restoration activities conducted on agricultural land specifically acquired for this purpose by developers. This approach however meetsgrowing technical difficulties due to land availability and social conflicts with farmers. The purpose of this paper is to analysethe opportunity of implementing a new approach to conduct biodiversity offsets through the use of agri-environmental schemes that we call agri-environmental biodiversity offset schemes (ABOS). This paper reviews the interests, limits and challenges oftheuseof ABOS in offsetting policies byexaminingtwo major issues: (1) the acceptability of offsetting contracts by farmers, and (2) the effectiveness of ABOS design and implementation. Based on the case-study of a major BO programme following the construction of a big railway bypass in the South of France, the article empiricallyassesses these issues through asurvey carried out with 145 farmers. The results revealthat the main determinants of acceptability are: i) the usual economic factors -farmers with lowest compliance levels and opportunity costs, as well as farms facing economic difficulty,are more likely to adopt-, and ii) social factors –the importance given to other farmers’ decisionand the feeling that this decision is accepted by farmers’ representatives. In terms of effectiveness, ABOS is shown to be effective in meeting legal requirementsof the developer,but concernsare raised about realecological benefits due to issues of additionality, permanence of land use change, and non-compliance with contract requirements. We particularly highlight problems with contract enforcement –especially due to weak sanctions and monitoring –and farmers’ selection that do not allow minimizing moral hazard and adverse selection, which are inherently attached to agri-environmental schemes. These resultsraise questions about the relevance ofdeveloping ABOS in offsetting policies, and lead us to suggest policy improvements.

At the international level, the dairy sector is favored by a growing demand, mainly from Asian countries, where dairy consumption per capita remains much lower than that observed in the European Union (EU) and North America. Over the last fifteen years (2000-2015), New Zealand, the country that has most benefited from the growth of international trade in dairy products, especially under the influence of whole milk powdered Chinese imports was far ahead of the USA and the EU. Despite an increase in imports, especially of cheese and butter, France has regularly improved its trade balance which reached €3.75 billion in 2015. This performance was due mainly to the dynamics of trade with the United Kingdom and China. Since 2010, the trade balance of France with non-European countries has been improving while the internal competition with the EU is becoming more difficult. For the European dairy producers, the slight decline in demand for dairy products in the EU and the rapid increase in milk production in several Member States since the abolition of milk quotas in 2015 is a real threat. This should be an additional incentive to, firstly, increase exports abroad and, secondly, better sell the wide variety of dairy products on the domestic market.; A l’échelle internationale, le secteur laitier bénéficie d’une dynamique soutenue de la demande, en provenance principalement des pays asiatiques où la consommation de produits laitiers par habitant demeure largement inférieure à celle observée dans l’Union européenne (UE) et en Amérique du Nord. Au cours des quinze dernières années (2000-2015), la Nouvelle-Zélande est, loin devant les Etats-Unis et l’UE, le pays qui a le plus bénéficié de la croissance des échanges internationaux de produits laitiers, sous l’influence surtout des importations de la Chine en poudres de laitier entier. En dépit d’une hausse de ses importations, surtout de fromages et de beurre, la France améliore régulièrement sa balance commerciale qui atteint 3,75 milliards d’euros en 2015. Cette performance tient pour une part importante à la dynamique favorable des échanges avec le Royaume-Uni et la Chine. Depuis 2009, le solde commercial de la France avec les pays tiers s’améliore alors que les jeux concurrentiels internes à l’UE deviennent plus difficiles. Pour les producteurs de lait européens, la saturation progressive de la demande européenne de produits laitiers et l’augmentation rapide de la production laitière dans plusieurs Etats membres depuis l’abandon des quotas laitiers en 2015 constitue une réelle menace. Cela doit être une incitation à, d’une part, développer les exportations à l’international et, d’autre part, mieux valoriser la très grande diversité des produits laitiers sur le marché intérieur.

Altered spinogenesis in iPSC-derived cortical neurons from patients with autism carrying de novo SHANK3 mutations

Policies aimed at reducing starvation and redressing nutritional deficiencies remain among the most widely accepted policies in the world. These policies can take many different forms, from subsidized prices of basic foodstuffs to cash transfers, and their effectiveness depends on the existence of a sensitivity of food demand to income variation and its magnitude. This paper revisits the issue of estimating the relationship between calorie intake and income. We present and compare estimates of this relationship for Vietnam which has undergone profound economic changes over the last 30 years. After estimating semiparametric generalized additive models are estimated, we compare their performances are compared to the performance of the classical double log model using the recently proposed revealed performance test. This methodology is implemented using successive waves of the Vietnam Household Living Standard Survey. The application delivers some new and interesting insights on nutritional transition in Vietnam between 2004 and today. The analysis focuses not only on the comparison of the general shape of the estimated curves but also on the decomposition of the evolution of average calorie intake in terms of changes in the structure of the surveyed sample (greater urbanization, for example) and changes in preferences as reflected by changes in the estimated curves over time.

Marker-assisted selection of lucerne for stress tolerance, moisture-favourable conditions, forage quality, and mixed cropping

We consider a set-up with vertical contracting between a supplier and a retail industry where a large retailer competes with smaller retailers that carry a narrower range of products. Consumers are heterogeneous in their shopping costs; they will either be multistop shoppers or one-stop shoppers. The countervailing power of the large retailer is modeled as a threat of demand-side substitution. We show that retail prices are higher, and industry surplus and social welfare fall, when the large retailer possesses countervailing power. Increasing marginal wholesale prices discourages multistop shopping behavior of consumers, making demand substitution less attractive for the large retailer.

Mixed effects models are widely used to describe heterogeneity in a population, in particular inter and intra individual variabilities. A crucial issue when adjusting such a model to data consists in identifying the fixed and random effects of the model, also called population and individual parameters, respectively. The firstt ones can be considered constant in the population, whereas the second ones vary among individuals.From a statistical point of view, it can be expressed like a test on the nullity of the variances of a given subset of random effects. This issue of variance components testing has been addressed by several authors. In the context of linear mixed effects models, likelihood ratio test procedures have been proposed and results identifying the limiting distribution as well as the finite sample size distribution of the test statistic have been established. Another approach based on the score test is also available. In nonlinear mixed effects models, some authors have also proposed to use the likelihood ratio test. They have established its asymptotic distribution in the particular case of testing thenullity of the variance in a mixed effects model with one single random effect. Indeed, this issue is strongly related to the one of testing parameter values under constraints. In this case, it amounts to testing that the random effect variance parameters are on the boundary of the parameter space. In this paper, we study the likelihood ratio test properties for testing that the variances of a subset of the random effects are equal to zero in a nonlinear mixed effects model, extending the existing results.We prove that the asymptotic distribution of the test statistics is a chi-bar-square distribution, i.e. a mixture of chi-square distributions, and identify the corresponding weights. We highlight in particular that the limiting distribution depends on the presence of correlations between the random effects. We illustrate the finite sample size properties of the test procedure through simulation studies.; Les modèles à effets mixtes sont très souvent utilisés pour décrire l’hétérogénéité dans une population, et en particulier pour distinguer la variabilité intra et inter-individuelle. L’une des questions principales qui se posent lorsqu’on ajuste un tel modèle à des données est celle de l’identification des effets fixes et aléatoires du modèle, aussi appelés respectivement paramètres de population et paramètres individuels. Les premiers peuvent être considérés comme constants dans la population, alors que les seconds varient d’un individu à l’autre. D’un point de vue statistique, ce problème peut se reformuler sous la forme d’un test d’hypothèses portant sur la nullité des variances d’un sous-ensemble d’effets aléatoires. Cette question des tests sur des composantes de la variance a été traitée par plusieurs auteurs. Dans le cas des modèles linéaires mixtes, des procédures basées sur le test du rapport de vraisemblance ont été proposées. Les distributions asymptotique et à distance finie de la statistique de test ont été établies. Une autre approche basée sur le test du score a aussi été développée. Dans le cas des modèles non linéaires mixtes, des auteurs ont également proposé d’utiliser un test du rapport de vraisemblance et ont établi la loi asymptotique de la statistique de test dans le cas particulier où l’on teste la nullité de la variance dans un modèle contenant un seul effet aléatoire. Cette question est fortement liée à celle des tests sous contraintes. En effet, tester que des variances d’effets aléatoires sont nulles revient à tester des valeurs sur la frontière de l’espace des paramètres. Dans ce papier, nous étendons les résultats existants et étudions les propriétés du test du rapport de vraisemblance portant sur la nullité des variances d’un sous-ensemble quelconque d’effets aléatoiresdans un modèle non linéaire mixte. Nous prouvons que la loi asymptotique de la statistique de test est une loi du chi-bar-square, c’est-à-dire un mélange de lois du chi-deux, et identifions les poids correspondants. Nous montrons en particulier que cette loi limite dépend de la présence de corrélations entre les effets aléatoires. Enfin, nous illustrons les propriétés du test à distance finie à l’aide de simulations.

The objective of the article is to assess productivity change in French agriculture during 2002-2014, namely total factor productivity (TFP) change and its components technological change and technical efficiency change. For this, we use the economically-ideal Färe-Primont index which verifies the multiplicatively completeness property and is also transitive, allowing for multi-temporal/lateral comparisons. To compare the technology gap change between the six types of farming considered, we extend the Färe-Primont to the meta-frontier framework. Results indicate that during 2002-2014, all farms experienced a TFP progress. Pig and/or poultry farms had the lowest TFP increase, while beef farms had the highest (19.1%). The latter farms had the strongest increase in technical efficiency, while technological progress was the highest for mixed farms. The meta-frontier analysis shows that field crop farms’ technology is the most productive of all types of farming., L’objectif de cet article est d’évaluer le changement dans la productivité totale des facteurs de production de l’agriculture française pendant la période 2002-2014. Le changement de productivité est décomposé en changement technologique et en changement dans le niveau d’efficacité technique. A cet effet, nous utilisons l’indice de Färe-Primont qui est un indice multiplicativement complet et transitif. Cette dernière propriété permet d’utiliser cet indice pour des comparaisons multi-temporelles et multilatérales. A des fins de comparaison entre six secteurs de productions, nous élargissons l’indice de Färe-Primont au cadre de la méta-frontière. Les résultats indiquent un gain de productivité pour toutes les exploitations sur la période (2002-2014). Toutefois, les exploitations de granivores ont enregistré la plus faible progression de ladite productivité et les exploitations de bovins allaitants la plus forte (19.1%). De plus, pour ces derniers les gains d’efficacité technique sont les plus élevés. Quant au progrès technologique, il est le plus élevé pour les exploitations mixtes. L’analyse par la méta-frontière montre par ailleurs que les exploitations de grandes cultures ont la technologie la plus productive parmi tous les secteurs de production.

This paper attempts to estimate the impact of pollution abatement investments on the production technology of firms by pursuing two new directions. First, we take advantage of recent econometric developments in productivity and efficiency analysis and compare the results obtained with two complementary approaches: parametric stochastic frontier analysis and conditional nonparametric frontier analysis. Second, we focus not only on the average effect but also on its heterogeneity across ?rms and over time and search for potential nonlinearities. We provide new results suggesting that such an effect is heterogeneous both within ?rms and over time and indicating that the effect of pollution abatement investments on the production process is not monotonic. These results have relevant implications both for modeling and for the purposes of advice on environmentally friendly policy., Cet article estime l’impact des investissements anti-pollution sur la technologie en suivant deux nouvelles directions. Premièrement, il s’inspire de travaux économétriques récents en analyse de la productivité et de l’efficacité et compare les résultats obtenus en utilisant deux approches complémentaires : l’approche paramétrique des frontières stochastiques de production et celle non paramétrique de frontières de production. Deuxièmement, l’analyse ne se concentre plus sur le seul comportement moyen mais s’intéresse à l’hétérogénéité des effets des investissements anti-pollution entre les firmes dans le temps. Une attention particulière est ainsi donnée à la détection de non linéarités. Les résultats empiriques apportent un éclairage nouveau sur ces effets en montrant qu’ils sont hétérogènes à la fois entre les firmes et dans le temps et qu’ils ne sont pas monotones. De tels résultats ont une implication en termes non seulement de modélisation des effets des investissements anti-pollution sur la technologie mais aussi de recommandations pour la politique environnementale de réduction des émissions polluantes des firmes.

with contributions from: Marajo-Petitzon E. (Inra, SMART, Rennes), Dumas P. (Cirad, CIRED, Nogent/Marne), Manceron S. (Inra, DEPE, Paris), Forslund A. (Inra, SAE2, Rennes), Mora O. (Inra, DEPE, Paris); (...) The objective of this technical report is to present the main simulation results of each scenario. In thefollowing, we report the simulation results of each scenario and its variants, starting with land-usechange impacts, then describing some crucial production impacts and ending with trade impacts.(...)

Recent studies have shown that there exists a significant relationship between land fragmentation (LF) and farm performance. However, it has been difficult so far to precisely assess this relationship on a large scale because there does not exist to date a single database which would allow to measure, at the same time and for the same farm, both performance and fragmentation indicators at the individual level. LF has yet to be taken into account since differences in LF may indeed be a source of difference in productivity or efficiency among farms which may appear as equivalent on other grounds. Not taking LF into account would lead to spuriously attribute its impact either to the farmers’ ability or to other variables of interest such as public support. It was one objective of the FLINT project to fill this gap and to provide consistent both LF and technical, economic and environmental performance data in an operational and tractable way for a sample of more than one thousand farms across nine countries of the European Union. The proposed analysis shows that the small set of LF-related variables surveyed in the FLINT project allows deriving sound LF indicators and thus effectively investigating the benefits of taking LF into account in the study of farm performance drivers. It especially reveals that LF seems to be only loosely related to working conditions and quality of life indicators for the studied sample, and that most of the impact of total subsidies, and more specifically of decoupled payments, seems to come from the interaction with the average distance of farm plots.

There is a growing need for data on the sustainability of agriculture, not only with industry but especiallyalso with researchers and policy makers who have to monitor and evaluate the Common AgriculturalPolicy (CAP), including its cross‐compliance, greening and rural development measures. The FLINT project(‘Farm Level Indicators for New Topics in policy evaluation’) has investigated options to collect such data.In nine member states of the European Union (EU), with different systems of data collection at farm level,it has collected and analysed sustainability data from 1,099 farms in the Farm Accountancy Data Network(FADN). The additional farm‐level data was collected in nine countries ‐ The Netherlands, Hungary,Finland, Poland, Spain, Ireland, Greece, France and Germany – and for eight types of farming (TF).Appendix A shows the distribution of farms within the FLINT sample. Within the FLINT project, theobjective of Workpackage (WP) 5 is to analyse the added value of the newly collected farm level indicatorsfor policy evaluation.The data available in the FLINT project includes accountancy data from FADN, the ‘FADN data’, as well asadditional data on economic, environmental and social sustainability of farms, ‘FLINT data’, andsustainability indicators computed with this data.Several WP5 analyses have been performed on specific topics, leading to 15 case study deliverables 5.2.The present deliverable, the last one of WP5, uses all this to draw lessons on the usefulness of theinformation collected during the FLINT project and in particular whether the farm level indicatorsdeveloped in FLINT can help improve policy evaluation.

arXiv. Quantitative Biology. Populations and Evolution arXiv. Quantitative Biology. Populations and Evolution; The aim of this note is to propose a modeling approach for assessing the effectiveness of pest biocontrol by natural enemies in diversified agricultural landscapes including several pesticide-based management strategies. Our approach combines a stochastic landscape model with a spatially-explicit model of population dynamics. It enables us to analyze the effect of the landscape composition (proportion of semi-natural habitat, non-treated crops, slightly treated crops and conventionally treated crops) on the effectiveness of pest biocontrol. Effectiveness is measured through environmental and agronomical descriptors, measuring respectively the impact of the pesticides on the environment and the average agronomic productivity of the whole landscape taking into account losses caused by pests.The effectiveness of the pesticide, the intensity of the treatment and the pest intrinsic growth rate are found to be the main drivers of landscape productivity. The loss in productivity due to a reduced use of pesticide can be partly compensated by biocontrol. However, the model suggests that it is not possible to maintain a constant level of productivity while reducing the use of pesticides, even with highly efficient natural enemies. Fragmentation of the semi-natural habitats and increased crop rotation tend to slightly enhance the effectiveness of biocontrol but have a marginal effect compared to the predation rate by natural enemies.

Livrable 2.1-Rapport sur la purification de 7 protéines et peptides de l’œuf

For at least the last sixty years, the number of French farms has been decreasing and their sizeincreasing. Using the non-salaried contributing farmers’ database (COTNS) of the ‘MutualitéSociale Agricole’, the French authority for farmers’ healthcare and social security, the processesunderlying these trends are studied over the 2003-2014 period, enabling to project the population ofFrench farms at the 2025 horizon. To do so, the method used to consolidate the COTNS database atthe farm level and the “mover-stayer” model used to estimate entry, exit and size change transitionprobabilities are first presented. Projections show that, if the observed trends hold for the nextdecade, the number of French farms could drop to 328,000 in 2025, meaning a 22% decrease withrespect to 2014 figures.; Depuis une soixantaine d’années au moins, la France connaît une diminution nette du nombre desexploitations agricoles et, parallèlement, un accroissement important de leur taille. Grâce àl’utilisation de la base des cotisants non-salariés (COTNS) de la Mutualité Sociale Agricole, cetarticle propose une étude des processus sous-jacents à ces tendances sur la période 2003-2014, quipermet ensuite de réaliser des projections de la population des exploitations agricoles françaises àl’horizon 2025. Pour ce faire sont présentés, d’une part, la méthode utilisée pour consolider la baseCOTNS à l’échelle des exploitations et, d’autre part, le modèle « mobile-stable » permettantd’estimer les probabilités de transition caractéristiques des processus d’entrée, de sortie et dechangement de taille des exploitations. Les projections réalisées montrent alors que, si les tendancesse maintiennent, on pourrait s’attendre à un effectif de 328 000 exploitations en 2025 en France, soitune baisse d’environ 22% par rapport à 2014.