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7 results on '"architecture moléculaire"'

1. The Dark Side of the Wall: Atomic Force Microscopy Revelations on Drug Resistance and Adhesion

Author

Martin-Yken, Hélène, Schiavone, M, Dague, E, Formosa-Dague, Cécile, Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Équipe Ingénierie pour les sciences du vivant (LAAS-ELIA), Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Pr, Mritxell Riquelme, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)

Subjects
[SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, GeneralLiterature_INTRODUCTORYANDSURVEY, [SDV]Life Sciences [q-bio], Drug Resistance, Biotechnologies, architecture moléculaire, InformationSystems_MODELSANDPRINCIPLES, ComputingMilieux_COMPUTERSANDEDUCATION, antifungal agent, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, Atomic Foirce Microscopy, Génie des procédés, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, réaction au stress, Human fungal pathogens, Yeast, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Process Engineering, élasticité, Adhesion, cell wall, antifongique, elasticity, candida albicans, ComputingMethodologies_GENERAL, paroi cellulaire
Abstract

International audience; The cell wall of yeast and fungi plays a crucial role in the way these cells sense, respond and adapt to environmental perturbations. Using recent Atomic Force Microscopy technological developments, the biophysical consequences of different stresses on the major human fungal pathogen, Candida albicans, were imaged and measured. Morphological changes were characterized at the nanoscale, including surface roughness, elasticity and adhesive properties. Exposure to the antifungal Caspofungin was shown to cause a deep cell wall remodeling with major modifications of chitin and beta-glucan content. Remarkably, a low dose of Caspofungin (i.e., 0.5 × MIC) provoked a strong expression of adhesive proteins on the cell surface of C. albicans, a side effect highly relevant considering its wide spread medical use. Moreover, Single Molecule Force Spectroscopy (SMFS) experiments by AFM allowed us to visualize the organization of these adhesins, to map them on the cell surface and to quantify the adhesion forces, including on cells undergoing mophogenetic differentiation. Combined with molecular biology tools, this approach enabled us to unravel the particular contribution of previously uncharacterized proteins (PGA22 and PGA59) to C. albicans adhesion mechanism. In addition, functionalizing the AFM tip with antibodies allows following the appearance of specific proteins, while precisely mapping them at the cell surface and even measuring the time scale of their progression through the cell wall. The example of Hwp1 appearance on geminating hyphal tubes will be illustrated.

Published
2017
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2. Mining plant genomic and genetic data using the GnpIS information system

Author

D. Charruaud, Thomas Letellier, Erik Kimmel, Joelle Amselem, Véronique Jamilloux, Françoise Alfama, Anne-Françoise Adam-Blondon, Nicolas Lapalu, Cyril Pommier, Célia Michotey, Michael Alaux, Sophie Durand, Mikaël Loaec, Nathalie Choisne, Raphaël-Gauthier Flores, Hadi Quesneville, Nacer Mohellibi, Claire Guerche, G. Merceron, Delphine Steinbach, Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paris-Saclay, Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Espace Recherche Innovation, Association pour le Développement de la Recherche et de l’Innovation dans le NORD PAS DE CALAIS (ADRINORD ), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR GnpAsso, ANR PHENOME, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Aalt D.J van Dijk, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0301 basic medicine, GnpIS, Candidate gene, association genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], markers, Genome-wide association study, interoperability, Computational biology, Biology, Bioinformatics, Genome, polymorphism, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, 03 medical and health sciences, architecture moléculaire, genotypes, Genotype, Information system, GWAS, Allele, bioinformatique, database, base de données, fungi, phenotypes, bioinformatics, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Genetic architecture, genetic resources, phénotype, 030104 developmental biology, ComputingMethodologies_PATTERNRECOGNITION, système d'information, GMOD genome browser, architecture génétique, DECIPHER, interoperabilité, interMine, génotype, genomes
Abstract

GnpIS is an information system designed to help scientists working on plants and fungi to decipher the molecular and genetic architecture of trait variations by facilitating the navigation through genetic, genomic, and phenotypic information. The purpose of the present chapter is to illustrate how users can (1) explore datasets from phenotyping experiments in order to build new datasets for studying genotype × environment interactions in traits, (2) browse into the results of other genetic analysis data such as GWAS to generate or check working hypothesis about candidate genes or to identify important alleles and germplasms for breeding programs, and (3) explore the polymorphism in specific area of the genome using InterMine, JBrowse tools embedded in the GnpIS information system.

Published
2017
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3. Stress, Drug Resistance, Adhesion: the dark side of the wall

Author

Yken, Helene, Formosa-Dague, Cécile, Schiavone, Marion, Dague, Etienne, Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Équipe Ingénierie pour les sciences du vivant (LAAS-ELIA), Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), and Université de Toulouse (UT)

Subjects
réaction au stress, drug resistance, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, yeasts, drogue, brewer s, yeast, adhesion, stress, architecture moléculaire, narcotics, élasticité, cell wall, saccharomyces cerevisiae, elasticity, candida albicans, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, paroi cellulaire, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016

4. Developing a Macroscopic Mechanistic Model for Low Molecular Weight Diffusion through Polymers in the Rubbery State

Author

P. Huguet, Stéphane Peyron, Brais Martinez-Lopez, Nathalie Gontard, Ingénierie des Agro-polymères et Technologies Émergentes (UMR IATE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), National Food Institute, Technical University of Denmark [Lyngby] (DTU), Institut Européen des membranes (IEM), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR (Research Project SafeFoodPack Design), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)

Subjects
Flexibility (anatomy), état caoutchoutique, General Chemical Engineering, Diffusion, 02 engineering and technology, 010402 general chemistry, Thermal diffusivity, modèle mécanistique, 01 natural sciences, Industrial and Manufacturing Engineering, chemistry.chemical_compound, architecture moléculaire, polymère, Polymer chemistry, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, medicine, Newtonian fluid, Molecule, chemistry.chemical_classification, General Chemistry, Polymer, microspectroscopie, 021001 nanoscience & nanotechnology, Fick's laws of diffusion, 0104 chemical sciences, medicine.anatomical_structure, chemistry, Chemical physics, Polystyrene, 0210 nano-technology
Abstract

Raman microspectroscopy was used to determine the Fickian diffusivity of two families of low molecular weight molecules through amorphous polystyrene in the rubbery state. Different effects of the temperature on diffusivity for each of the families suggested that molecular mobility is controlled by both the volume and flexibility of the diffusing substance when the movement of polymer chains can generate stress induced deformation of molecules. The diffusing molecules were represented as Newtonian spring-bead systems, which allowed us to quantify their flexibility, in function of the vibration frequency of their bonds by reconstructing their theoretical spectra. Results showed that the use of molecular descriptors that take into account flexibility rather than the most stable conformation of the diffusing molecules may improve the description of the diffusion behavior caused by variations in shape and size of the free volumes of the polymeric matrix in the rubbery state.

Published
2016
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5. Stabilité des écoulements stratifiés en coextrusion : étude multi-échelle du rôle de l'architecture du copolymère aux interfaces

Author

Bondon, Arnaud, Lamnawar, Khalid, Maazouz, Abderrahim, Association Française de Mécanique, Service irevues, irevues, Lamcos, Mse, Matériaux et Procédés pour des Produits Performants - Amélioration de liantS par ajout de Propriétés stabilisantes En CoexTrusion - - ASPECT2011 - ANR-11-RMNP-0002 - MATETPRO - VALID, Ingénierie des Matériaux Polymères - Laboratoire des Matériaux Macromoléculaires (IMP-LMM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Mécanique des Contacts et des Structures [Villeurbanne] (LaMCoS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR: ASPECT ,Advanced Stabilizing Properties Enhancement for Coextrusion Tie-Layers

Subjects
morphologie aux interfaces, [PHYS.MECA.GEME] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanical engineering [physics.class-ph], [PHYS.MECA.GEME]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanical engineering [physics.class-ph], [PHYS.MECA.MSMECA] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Materials and structures in mechanics [physics.class-ph], réaction in situ, Procédé de la coextrusion, coextrusion, [PHYS.MECA]Physics [physics]/Mechanics [physics], [PHYS.MECA.MSMECA]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Materials and structures in mechanics [physics.class-ph], [SPI.MAT] Engineering Sciences [physics]/Materials, interphase, Etude multi-échelle, [SPI.MAT]Engineering Sciences [physics]/Materials, [PHYS.PHYS.PHYS-CHEM-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Chemical Physics [physics.chem-ph], architecture moléculaire, rhéologie, [PHYS.PHYS.PHYS-CHEM-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Chemical Physics [physics.chem-ph], [PHYS.MECA] Physics [physics]/Mechanics [physics], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Structures multicouches
Abstract

Colloque avec actes et comité de lecture. Internationale.; International audience; Le procédé de coextrusion permet de combiner à l'état fondu plusieurs couches de polymères dans une même structure. La compatibilisation des différentes couches est généralement réalisée à l'aide de liants qui réagissent in-situ. Bien que la compatibilisation puisse permettre de réduire ou même supprimer les instabilités macroscopiques d'écoulement, un nouveau défaut dit « granité » peut apparaitre. Très peu de travaux de la littérature ont été dédiés aux mécanismes qui gouvernent ce défaut. Les phénomènes mis en jeu sont particulièrement complexes puisqu'ils impliquent de façon couplée des phénomènes hydrodynamiques via l'écoulement et la rhéologie des différentes couches et physico-chimiques via la diffusion et la réaction chimique des polymères aux interfaces. La stabilité de ces écoulements stratifiés résulte d'un couplage de phénomènes qui se produisent à différentes échelles : nano (réaction de copolymérisation), micro (interphase) et macro (écoulement). L'étude a été réalisée sur des systèmes non-réactifs et réactifs constitué d'une couche barrière, polyamide 6 (PA6) ou poly(éthylène-co-alcool vinylique) (EVOH), avec un polypropylène (PP) ou un polypropylène greffé anhydride maléique (PP-g-AM). Le défaut « granité » a été mis en évidence en coextrusion. Les paramètres procédés et matériaux influençant son apparition ont été identifiés. Le comportement rhéologique en cisaillement et élongation se révélait très sensible à l'effet de l'architecture moléculaire du copolymère généré aux interfaces. Le phénomène de compatiiblisation a également été étudié via les caractérisations morphologiques (MET, MEB, AFM) et physico-chimiques (XPS, FTIR) aux interfaces. Cette étude a permis de déterminer les propriétés intrinsèques de l'interphase en fonction du copolymère formé à l'interface entre le liant et le PA6 ou l'EVOH et de les corréler aux défauts macroscopiques observés dans les films multicouches coextrudés.

Published
2015

6. Structure-function relationships in nuclear receptors: the facts Response

Author

Rastinejad, Fraydoon, Ollendorff, Vincent, Polikarpov, Igor, Medical Research Institute, Metabolic Disease Program, Sanford-Burnham, Dynamique Musculaire et Métabolisme (DMEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM), Instituto de Física de São Carlos (IFSC-USP), Universidade de São Paulo (USP), and Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
structure moléculaire, architecture moléculaire, [SDV]Life Sciences [q-bio], nuclear receptor, molecular structure, récepteur nucléaire
Abstract

We recently reviewed full-length nuclear receptor (NR) structures in an Opinion article wherein we carefully evaluated a large body of literature. As heads of three separate laboratories working on NR architectures, we expressed our shared insights and critical comments. One group (Moras et al.) has declined to accept our strong concerns about several of their published reports. We comment on their letter.

Published
2015
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7. Identification, caracterization and structural studies of non-coding RNAs

Author

Masquida, Benoît, Architecture et réactivité de l'ARN (ARN), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Louis Pasteur - Strasbourg I, None, and Martin, Isabelle

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], architecture moléculaire, [SDV]Life Sciences [q-bio], Molecular architecture, modélisation moléculaire, ARN non-codant, ribozymes, cristallographie, Non-coding RNA, crystallography, molecular modelling
Abstract

in english not available, Résumé non disponible

Published
2007

Catalog

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