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Malgré les progrès dans la lutte contre le paludisme au Burkina Faso, il reste la plus importante maladie à transmission vectorielle dans le pays. P. falciparum est le plus répandu et le plus mortel au Burkina Faso. Les facteurs liés à ce fardeau élevé sont l’inaccessibilité (financière et géographique) aux soins de santé, l’insuffisance dans le diagnostic et la prise en charge adéquate et précoce des cas de paludisme. La réalisation de l'Objectif du Développement Durable 3 au Burkina Faso repose sur une mise en œuvre réussie d'un ensemble d'interventions de prévention, de gestion des cas et de surveillance épidémiologique du paludisme. L'objectif de réduire le taux de létalité lié au paludisme à 1 % en 2020 n'a pas été atteint, il est donc nécessaire de réaliser une évaluation de l’efficacité des programmes de lutte antipaludique (utilisation des MILDA, utilisation des CTA, la politique de gratuité des soins de santé) surtout au niveau infranational, utile pour orienter la prise de décision à des échelles géographiques plus petites. Les données cliniques sur le paludisme collectées en routine peuvent fournir des informations indispensables pour l’évaluation de la variation inter et intra mensuelle/annuelle de l’effet des interventions de lutte antipaludique et du risque de paludisme à l'échelle nationale et infranationale chez les enfants de moins de cinq ans. Au Burkina Faso, une quantité importante de données a été régulièrement collectée par le biais du système de transmission des données en ligne via le « District Health Information System 2 (DHIS2) ». Toutefois, leur utilisation pour évaluer l’effet des interventions de lutte sur la dynamique spatio-temporelle du risque de paludisme à l’échelle locale (district) reste limitée au Burkina Faso. Dans cette recherche, nous avons développé des modèles spatiaux et spatio-temporels implémentés dans un cadre hiérarchique bayésien pour (I) évaluer l’effet des interventions de lutte sur la dynamique spatio-temporelle de la morbidité et de la létalité dues au paludisme sur la période 2013-2018 chez les enfants de moins de 5 ans au Burkina Faso et (II) détecter les districts sanitaires (spatio-temporelle) qui ne parviennent pas à atteindre les objectifs du PNLP en termes de morbidité/létalité. Ces modèles utilisent l’Approximation Intégrée de la Laplace (INLA), un algorithme déterministe qui est une méthode appropriée pour analyser les données de routine du paludisme corrélées à la fois dans l’espace et dans le temps. Nous avons observé que la mise en œuvre de la politique de gratuité des soins de santé était significativement associée à une augmentation du nombre de cas rapportés de paludisme testés et confirmés par rapport à la période précédant sa mise en œuvre. Cet effet était cependant hétérogène dans les districts de santé. De plus, nous avons constaté que le taux mensuel de létalité du paludisme était en baisse au cours de la période 2013-2018. Cette réduction était significativement associée à la disponibilité des tests de diagnostic rapide du paludisme et du traitement. Aussi, nous avons observé que le risque de décéder du paludisme chez les enfants de moins de 5 ans était plus faible au cours de la période suivant la mise en œuvre de cette politique par rapport à la période précédente. Nous avons également identifié des districts sanitaires avec un taux de létalité du paludisme élevé dans les parties nord, nord-ouest et sud-ouest du pays. Nos résultats appellent à un effort soutenu et renforcé pour tester tous les cas suspects afin que, parallèlement à l’amélioration de la prise en charge précoce des cas, le fardeau du paludisme chez les enfants de moins de cinq ans soit connu avec précision (voir l'hippopotame presque entièrement). De plus, ils ont mis en évidence les districts sanitaires qui ont le plus besoin d'interventions ciblées et la nécessité de maintenir et de renforcer les programmes de santé en cours pour réduire davantage les décès dus au paludisme au Burkina Faso., Despite progress in the fight against malaria in Burkina Faso, malaria remains the most important vector-borne disease in the country, and P. falciparum is the most widespread and deadly pathogen in the area. The factors linked to this high burden are the inaccessibility (financial and geographical) to health care, insufficient diagnoses, and inadequate/late management of malaria cases. The achievement of Sustainable Development Goal 3 in Burkina Faso is based on the successful implementation of a set of interventions for the prevention, case management, and epidemiological surveillance of malaria. The objective of reducing the case fatality rate linked to malaria to 1% by 2020 has not been reached. It is, therefore, necessary to carry out an evaluation of the effectiveness of malaria control programs (the use of long-lasting insecticidal nets, the use of Artemisinin-based combination therapy, and free health care policies), especially at the sub-national level, which will be useful for guiding decision-making at smaller geographic scales. Routinely collected clinical data on malaria can provide essential information for the assessment of inter- and intra-monthly/annual variation in the effects of malaria control interventions and the risk of malaria at the national and subnational levels among children under five. In Burkina Faso, a significant amount of data is regularly collected through the online data transmission system via the “District Health Information System 2 (DHIS2)”. However, the use of these data to assess the effects of control interventions on the spatio-temporal dynamics of malaria risk at the local (district) level remains limited in Burkina Faso. In this research, we developed spatial and spatio-temporal models implemented in a Bayesian hierarchical framework to (i) assess the effects of control interventions on the spatio-temporal dynamics of morbidity and lethality due to malaria in the period of 2013–2018 in children under 5 in Burkina Faso and (ii) detect health districts (spatio-temporal) that fail to achieve the PNLP objectives in terms of morbidity/lethality. These models use Laplace Integrated Approximation (INLA), a deterministic algorithm that provides an appropriate method for analyzing routine malaria data correlated in both space and time. We observed that the implementation of the free health care policy was significantly associated with an increase in the number of reported cases of malaria tested and confirmed compared to the period before its implementation. This effect was, however, heterogeneous in the health districts. In addition, we found that the monthly malaria case fatality rate declined during the period of 2013–2018. This reduction was significantly associated with the availability of rapid diagnostic tests for malaria and treatments. We also observed that the risk of dying from malaria in children under 5 years old was lower during the period following the implementation of this policy compared to the previous period and identified health districts with a high case fatality rate from malaria in the northern, northwestern, and southwestern parts of the country. Our results call for a sustained and strengthened effort to test all suspected cases so that, along with improving early case management, the burden of malaria in children under five can be known with precision. In addition, our results highlight the health districts in greatest need of targeted interventions, as well as the need to maintain and strengthen ongoing health programs to further reduce malaria deaths in Burkina Faso., Doctorat en Sciences de la santé Publique, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Background: The control of malaria in pregnancy remains a large challenge in Burkina Faso, despite the adoption of control measures known to be effective. Known effective programs include individual measures, such as intermittent preventive treatment during pregnancy, and the use of long lasting insecticide nets and daily supplementation of ferrous sulphate (200 mg) along with folic acid. Besides these measures, health programs that aim at enhancing the well-being of the population and improve maternal and child health have emerged, including results-based financing (in 2014), a project promoting health in 130 communities (implemented in 2015), and free health care (implemented in 2016). This thesis attempts to assess the effects of health programs on the space–time patterns of malaria (morbidity and mortality) through routinely collected data in pregnancy and explore the various prediction approaches to address challenges in routine health data reporting. Methods: We utilized a substantial range of data and applied advanced quantitative approaches while considering the specific distribution of the data. Our thesis is based on the valorization (analyses) of malaria surveillance data (aggregated by space and time units) recorded in the health information system of Burkina Faso between 2011 and 2019. These analyses also integrate environmental remote sensing data, data from periodic surveys, and data from other sources. These data were coupled into a database. After performing appropriate descriptive analyses considering the complexity of the data design, we performed spatio-temporal Bayesian modeling to determine areas with high risk and assess the effect of health programs on the space–time patterns of malaria incidence among pregnant women at the community-level; to explore an approach to estimate health facility readiness from survey data designed to be regionally representative (and then quantify the effect of this readiness on severe-malaria cases and case fatality); and to explore the prediction approaches used to address challenges in routine health data reporting, thereby supporting a malaria early warning system. Results: Our results show spatial and temporal heterogeneity and indicate that the annual incidence of malaria increased between 2013 and 2018, while the mortality rate decreased significantly. Some communities with a high malaria burden experienced a reduction in their risk through the deployment of the health programs mentioned above. The risk of a pregnant woman dying from severe malaria was 2.5 times higher in districts with low operational capacity. Finally, our thesis proposed an approach to respond to crisis situations that would affect data collection and could be used to set the target or provide early warnings for epidemics or other notifications. Conclusion: Our thesis provides useful tools for disease surveillance in developing countries to help optimize the scarce resources in malaria high burden areas. The results of our thesis could be used by the Ministry of Health to strengthen the capacity of existing surveillance tools and to develop rational strategies and/or new tools for monitoring malaria cases and associated deaths in communities., Contexte :La lutte contre le paludisme pendant la grossesse reste un grand défi au Burkina Faso, malgré l'adoption de mesures de contrôle dont l'efficacité est reconnue. Les programmes dont l'efficacité est reconnue comprennent des mesures individuelles, telles que le traitement préventif intermittent pendant la grossesse, l'utilisation de moustiquaires imprégnées d'insecticide de longue durée et la supplémentation quotidienne en sulfate ferreux (200 mg) ainsi qu'en acide folique. Outre ces mesures, des programmes de santé visant à accroître le bien-être de la population et à améliorer la santé maternelle et infantile ont vu le jour, notamment le financement basé sur les résultats (en 2014), le projet de promotion de la santé dans 130 communes (mis en œuvre en 2015) et la gratuité des soins de santé (mise en œuvre en 2016). Cette thèse tente d'évaluer les effets des programmes de santé sur les caractéristiques spatio-temporelles du paludisme (morbidité et mortalité) par le biais de données de routine collectées pendant la grossesse et d'explorer les différentes approches de prévision pour relever les défis de la rapportage systématique des données de santé. Méthodes :Nous avons utilisé un large éventail de données et appliqué des approches quantitatives avancées tout en tenant compte de la distribution spécifique des données. Notre thèse est basée sur la valorisation (analyses) des données de surveillance du paludisme (agrégées par unités spatiales et temporelles) enregistrées dans le système d'information sanitaire du Burkina Faso entre 2011 et 2019. Ces analyses intègrent également des données de télédétection environnementale, des données issues d'enquêtes périodiques et des données provenant d'autres sources. Ces données ont été couplées pour constituer une base de données. Après avoir effectué des analyses descriptives appropriées en tenant compte de la complexité de la conception des données, nous avons procédé à une modélisation bayésienne spatio-temporelle pour déterminer les zones à haut risque et évaluer l'effet des programmes de santé sur les tendances spatio-temporelles de l'incidence du paludisme chez les femmes enceintes au niveau communautaire ;pour explorer une approche permettant d'estimer la capacité opérationnelle des établissements de santé à partir de données d'enquête conçues pour être représentatives au niveau régional (et ensuite quantifier l'effet de cette capacité opérationnelle sur les cas de paludisme grave et la mortalité) ;et pour explorer les approches de prévision utilisées pour relever les défis relatifs au rapportaga systématique des données de santé, pouvant aussi servir à un système d'alerte précoce du paludisme. Résultats :Nos résultats montrent une hétérogénéité spatiale et temporelle et indiquent que l'incidence annuelle du paludisme a augmenté entre 2013 et 2018, tandis que le taux de mortalité a diminué de manière significative. Certaines communes où la charge du paludisme est élevée ont connu une réduction de leur risque grâce au déploiement des programmes de santé mentionnés ci-dessus. Le risque qu'une femme enceinte meure d'un paludisme grave était 2,5 fois plus élevé dans les districts ayant une faible capacité opérationnelle. Enfin, notre thèse a proposé une approche pour répondre aux situations de crise qui affecterait la collecte de données et pourrait être utilisée pour fixer l'objectif ou fournir des alertes précoces pour les épidémies ou autres notifications. Conclusion :Notre thèse fournit des outils utiles pour la surveillance des maladies dans les pays en développement afin de contribuer à optimiser les ressources limitées dans les zones à forte incidence de paludisme. Les résultats de notre thèse pourraient être utilisés par le ministère de la santé pour renforcer la capacité des outils de surveillance existants et pour développer des stratégies rationnelles et/ou de nouveaux outils de surveillance des cas de paludisme et des décès associés dans les communautés., Doctorat en Sciences de la santé Publique, info:eu-repo/semantics/nonPublished