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Additional file 2 Table S2. Observed mutations in APC,TP53 and KRAS genes.

Additional file 4 Figure S2. Apoptosis assay. The HT29 and SW480 cell lines did not show any changes in the apoptosis’ rates (A) and cell viability (B).

Additional file 5 Table S3. Enrichment of signaling pathways analysis.

Additional file 3 Figure S1. Relative expression of the ETV4 gene after its silencing in HT29 and SW480 CRC cell lines. The silencing was efficient with p

Submitted by Flávia Ferreira (flaviaccf@yahoo.com.br) on 2019-11-29T14:26:14Z No. of bitstreams: 1 Dissert_ICS_Tainã Souza do Lago.pdf: 3398028 bytes, checksum: 23ffa1a28799d93b5e7a6ba68c340cda (MD5) Made available in DSpace on 2019-11-29T14:26:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissert_ICS_Tainã Souza do Lago.pdf: 3398028 bytes, checksum: 23ffa1a28799d93b5e7a6ba68c340cda (MD5) A Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) é uma doença infecciosa parasitária causada por protozoários do gênero Leishmania e está entre as endemias com maior impacto em saúde pública, devido à sua distribuição globalizada e limitações referentes ao diagnóstico, tratamento e controle em áreas endêmicas. Nos últimos anos, estudos tem mostrado a capacidade de Leishmania spp alterar o transcriptoma de células e tecidos infectados, modulando a expressão de RNAs codificantes e não codificantes do hospedeiro. OBJETIVO: Avaliar em pele e plasma a expressão de miRNAs reguladores de genes super expressos em biópsias de pacientes com leishmaniose cutânea (LC) causada por Leishmania braziliensis. MÉTODOS: Foram obtidas duas biópsias de pele de vinte e cinco pacientes com LC infectados por L. braziliensis (pele lesionada e pele sadia) e doze amostras de plasmas de indivíduos com LC e controles sadios. Para extração do RNA de pele e plasma utilizamos os métodos do TRIzol e o kit comercial MagMAX™ mirVana™ (Thermo Fisher), respectivamente. Para obtenção de DNA complementar (cDNA) utilizamos o kit comercialmente disponível TaqMan® Advanced miRNA cDNA Synthesis Kit (Thermo Fisher). Os níveis de expressão de miRNAs em biópsias cutâneas e plasma foram detectados por qRT-PCR usando ensaios TaqMan pré-desenhados (Thermo Fisher). Os dados foram analisados utilizando o teste não paramétrico de Mann-Whitney para comparação dos dados de pele com LC e normal, além de correlação de Spearman, analise de sobrevida pelo método de Kaplan-Meier e curva ROC utilizando o software GraphPad Prism 5 para avaliação entre o perfil de expressão dos miRNAs e os parâmetros clínicos avaliados. RESULTADOS: Não observamos expressão dos miRNAs selecionados no plasma. Em relação às biópsias, dos quatorze miRNAs testados, quatro mostraram expressão nos tecidos: miR-361-3p, -103a-2-5p, -140-3p e -205-3p. Os miRNAs miR-361-3p e -140-3p foram significativamente mais expressos nas lesões de LC quando comparados a amostras de pele normal, (p= 0,0001 e p< 0,0001, respectivamente). Em adição, observamos uma associação entre a expressão do miR-361-3p e falha terapêutica (p= 0,0071) e correlação direta entre a expressão do miR-361-3p e com um maior tempo de cura das lesões nos pacientes avaliados (r= 0,5 e p= 0,007). Adicionalmente, análises complementares mostraram que o miR-361-3p é capaz de identificar com boa sensibilidade (81,2%) e especificidade (100%) pacientes que tendem a falhar ao tratamento inicial com Sbv (área sob a curva ROC 0,95; p= 0,006). Finalmente, a curva de sobrevivência levando o tempo de cura como desfecho mostrou que quanto maior a expressão do miR-361-3p, maior o tempo de cicatrização das úlceras de LC. CONCLUSÕES: O miR-361-3p e miR-140-3p possuem um perfil de expressão diferenciado nas lesões de LC em relação à pele normal de pacientes infectados por L. braziliensis, mostrando que a regulação de miRNAs é importante na patogênese da LC; O miR-361-3p foi correlacionado com falha terapêutica e com maior tempo de cura da doença, evidenciando o seu potencial como biomarcador de prognóstico na LC causada por L. braziliensis.

Submitted by Flávia Ferreira (flaviaccf@yahoo.com.br) on 2019-12-02T13:59:45Z No. of bitstreams: 1 Tese_ICS_Jamile Leão Rêgo.pdf: 3419394 bytes, checksum: 8f43618c69b85c8f0ebfdce06dfa44d7 (MD5) Made available in DSpace on 2019-12-02T13:59:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_ICS_Jamile Leão Rêgo.pdf: 3419394 bytes, checksum: 8f43618c69b85c8f0ebfdce06dfa44d7 (MD5) A hanseníase é uma doença infecciosa crônica causada pelo Mycobacterium leprae, sendo influenciada por fatores genéticos e ambientais. Essa infecção possui um vasto espectro clínico e imunológico podendo causar aos pacientes grandes morbidades, o que tem um alto impacto na saúde pública. OBJETIVOS: avaliar se marcadores nos genes IL-6, NOD2, CCL2 e LTA4H estão associados ao desenvolvimento de reações hansênicas; Avaliar os padrões de expressão de genes relacionados à resposta imune e sua associação com o desenvolvimento de episódios reacionais; Identificar possíveis biomarcadores sorológicos para reações hansênicas comparando a produção de citocinas e quimiocinas no soro de pacientes com e sem reações. MÉTODOS: Para a genotipagem de SNPs foram utilizados ensaios Taqman® pré-desenhados para os genes CCL2 (rs2857656, rs1024611, rs4795893), IL6(rs2069845), NOD2(rs751271) e LTA4H(rs1752549) em 432 pacientes sendo 163 pacientes sem reação (SR), 134 com reação reversa (RR), e 127 com eritema nodoso leproso (ENL) e 8 com RR e ENL; a genotipagem dos marcadores foi realizada pelo ViiA™ 7 Real-Time PCR System. Para o estudo da expressão gênica foi realizado o PCR em tempo real no sistema BioMark® (Fluidigm, EUA), utilizando um painel de 94 genes para análise simultânea de cDNA de 151 amostras de pacientes divididas em três grupos: 57 sem reação (SR), 50 RR e 44 ENL. O sistema permitiu identificar genes diferencialmente expressos obtidos a partir de leucócitos totais. A dosagem de proteínas séricas foi feita pela técnica ELISA sanduíche em 69 pacientes com hanseníase sendo 24 indivíduos SR; 23 RR e 22 ENL. Os dados foram analisados pelos testes de MannWhitney, utilizando o programa GraphPadPrism, e o Ambiente R. RESULTADOS: Dados da genotipagem mostraram associações entre os marcadores genéticos do gene CCL2 (rs2857656, rs1024611) quando comparados grupos RR versus SR (p

Submitted by Simone Fortunato (simone.fortunato@conveniado.bahia.fiocruz.br) on 2017-10-04T13:49:03Z No. of bitstreams: 1 2017 Rifkath_19 de setembro colorido.pdf: 1577388 bytes, checksum: db9deae3ad793c3fb4c568df25016401 (MD5) Approved for entry into archive by Uillis de Assis Santos (uillis.assis@ufba.br) on 2017-10-04T14:02:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017 Rifkath_19 de setembro colorido.pdf: 1577388 bytes, checksum: db9deae3ad793c3fb4c568df25016401 (MD5) Made available in DSpace on 2017-10-04T14:02:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017 Rifkath_19 de setembro colorido.pdf: 1577388 bytes, checksum: db9deae3ad793c3fb4c568df25016401 (MD5) RESUMO INTRODUÇÃO: Os níveis séricos de bilirrubina encontram-se frequentemente aumentados em pacientes com anemia falciforme, já acometidos por hemólise exacerbada, favorecendo a agravação do quadro clinico e a ocorrência de litíases biliares. OBJETIVO: O objetivo foi analisar a influência do polimorfismo A(TA)nTAA no promotor do gene UGT1A1 (rs8175347) e de dois polimorfismos no gene BCL11A (rs1427407 e rs7606173), sobre alguns parâmetros laboratoriais e sobre a resposta à hidroxiureia em pacientes pediátricos com anemia falciforme. MATERIAL E MÉTODOS: Amostras de sangue total e soro foram utilizadas para a realização das análises hematológicas e bioquímicas. O DNA foi extraído a partir de amostras de sangue periférico, e os fragmentos contendo os polimorfismos foram amplificados por PCR seguida de sequenciamento com primers específicos. RESULTADOS: Foram estudados 97 pacientes, com idade variando entre dois e 17 anos (7,433±4,075). Para o polimorfismo em UGT1A1, foram encontrados de cinco até oito repetições (TA) e as frequências do alelo selvagem (TA)6 e do alelo mutante (TA)7 foram respectivamente de 0,60 e 0,34. Quarenta pacientes (41,24%) eram homozigotos para o alelo (TA)6, 33 heterozigotos (TA)6/7, e 13 homozigotos (TA)7/7. Os níveis de bilirrubina total e indireta foram significativamente maiores nos pacientes com sete ou mais repetições (TA), p=0,0038 e p=0,0022, respectivamente, em comparação aos homozigotos (TA)6/6 ou heterozigotos (TA)5/6 ou (TA)5/7. Foi encontrada uma correlação negativa significativa entre os níveis de hemoglobina fetal e os níveis de bilirrubina total (r=-0,3782, p=0,0001) e de bilirrubina indireta (r=-0,3761, p=0,0015), sendo que para os indivíduos (TA)7/7 e (TA)7/8, essa correlação deixou de ser válida (p>0,05), tanto para a bilirrubina total quanto para a bilirrubina indireta. Ademais, os níveis maiores de bilirrubina nos indivíduos (TA)7/7 e (TA)7/8 não estavam associados com o aumento dos níveis de marcadores de hemólise. A frequência do alelo mutante T do rs1427407 foi de 0,22 e a do alelo selvagem G do rs7606173 foi 0,57. Nenhum indivíduo com o genótipo mutante TT para o rs1427407 estava sob tratamento com hidroxiureia. Em indivíduos sem uso de hidroxiureia, o maior nível de hemoglobina fetal foi associado com o genótipo mutante TT. Já para o genótipo selvagem GG do rs7606173 ocorreu aumento de hemoglobina fetal, mas não foi significativo. Quanto aos níveis de bilirrubina, os homozigotos TT para o rs1427407 e GG para o rs7606173 apresentaram níveis menores. Além disso, o efeito dos polimorfismos em BCL11A sobre a bilirrubina pareceu superar o efeito do rs8175347 no grupo (TA)7/7 e (TA)7/8. Não foi encontrada associação TT/CC, e também não foi encontrado nenhum mutante TT entre os portadores do haplótipo CAR/CAR. Conclusões: Este estudo confirmou a associação do alelo (TA)7 a níveis elevados de bilirrubina, independentemente do grau de hemólise. O alelo mutante T do rs1427407 e o alelo ancestral G do rs7606173 são associados à níveis maiores de hemoglobina fetal e menores níveis de bilirrubina, sendo o efeito maior associado ao alelo T. ABSTRACT INTRODUCTION: Serum bilirubin levels are frequently increased in patients with sickle cell anemia, who already are affected by exacerbated hemolysis, which worsens symptoms and especially favors the occurrence of pigment gallstones. AIM: The aim of the present study was to analyze the influence of the polymorphism A(TA)nTAA in the UGT1A1 gene promoter (rs8175347) and two polymorphisms in the BCL11A gene (rs1427407 and rs7606173), on some laboratory parameters and on the response to hydroxyurea in pediatric patients with sickle cell anemia. MATERIAL AND METHODS: Whole blood and serum samples were used to perform hematological and biochemical analysis. DNA was extracted from peripheral blood samples, and fragments containing the polymorphisms were amplified by Polymerase Chain Reaction followed by sequencing with specific primers. RESULTS: We studied 97 patients, ranging in age from 2 to 17 years (7.433±4.075). For the UGT1A1 polymorphism, five to eight (TA) repeats were found and the wild-type (TA)6 and mutant allele (TA)7 frequencies were respectively 0.60 and 0.34. Forty patients (41.24%) were homozygous (TA)6/6, 33 heterozygotes (TA)6/7, and 13 homozygous (TA)7/7. Total and unconjugated bilirubin levels were significantly higher in patients with seven or more (TA) repeats, p=0.0038 and p=0.0022, respectively, compared to homozygotes (TA)6/6 or heterozygotes (TA)5/6 or (TA)5/7. A significant negative correlation was found between fetal hemoglobin levels and total bilirubin levels (r =-0.3782, p=0.0001) and unconjugated bilirubin levels (r =-0.3761, p=0.0015). This correlation was no longer valid (p> 0.05) for individuals (TA)7/7 and (TA)7/8. In addition, the higher levels of bilirubin in (TA)7/7 and (TA)7/8 individuals were not associated with increased markers of markers of hemolysis. The frequency of the mutant allele G of rs1427407 was 0.22, and for the wild-type allele G of rs7606173, the frequency was 0.57. In individuals that were not using hydroxyurea, a significant higher fetal hemoglobin level was associated with the TT mutant genotype, while a non-significant increase occurred for the wild-type genotype GG of rs7606173. Subsequently, patients homozygous for the TT genotype of rs1427407 had significant lower levels of total and unconjugated bilirubin (p=0.0102 and p=0.0108, respectively). Furthermore, the effect of the BCL11A polymorphisms on bilirubin levels appeared to outweigh the effect of rs8175347 in the group (TA)7/7 and (TA)7/8. No patient simultaneously carrying the homozygous mutant genotypes TT/CC was found; and no mutant homozygotes TT was found in patients with the CAR/CAR haplotype. CONCLUSION: This study confirmed that allele (TA)7 is associated with elevated levels of bilirubin, regardless of the rate of hemolysis. The mutant allele T of rs1427407 and the ancestral allele G of rs7606173 are associated with higher levels of fetal hemoglobin and lower levels of bilirubin, the strongest effect being associated with the T allele.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2017-03-06T13:14:08Z No. of bitstreams: 1 Tese_Med_ Lucas Frederico de Almeida.pdf: 7866748 bytes, checksum: c6c7f11d9447181d9a6b3340df160336 (MD5) Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2017-03-23T12:36:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Med_ Lucas Frederico de Almeida.pdf: 7866748 bytes, checksum: c6c7f11d9447181d9a6b3340df160336 (MD5) Made available in DSpace on 2017-03-23T12:36:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Med_ Lucas Frederico de Almeida.pdf: 7866748 bytes, checksum: c6c7f11d9447181d9a6b3340df160336 (MD5) NIH;FAPESB Estudos prévios têm demonstrado um papel para os genes de cura de lesão na resolução das lesões cutâneas causadas por espécies de Leishmania em camundongos e humanos, incluindo o gene FLI1 (Friend leukemia vírus integration 1). O alto grau de metilação de ilhas CpG na região promotora do gene FLI1 é conhecido por tornar o gene transcricionalmente inativo. Redução da expressão de FLI1 resulta na regulação positiva dos genes COL1A1 (collagen type I alpha 1) e COL1A2 (collagen type I alpha 2), e, inversamente, na regulação negativa do gene MMP1 (matrix metallopeptidase 1). Ambos, colágeno do tipo 1 e metaloproteinase de matriz 1, desempenham um importante papel nas condições fisiológicas normais e patológicas de muitas doenças, e estão envolvidos no reparo de lesões. Adicionalmente, em estudo prévio, foi mostrada uma associação entre leishmaniose e um polimorfismo regulatório no gene IL6 (interleukin 6), e dados na literatura sugerem uma interação funcional entre IL6 e FLI1. Para entender melhor o papel desta via na leishmaniose, nós avaliamos o polimorfismo dos genes COL1A1, COL1A2 e MMP1 e sua possível associação com a leishmaniose tegumentar americana na população de Corte de Pedra, Bahia, assim como também avaliamos a expressão gênica de COL1A1, COL1A2, MMP1, FLI1, e o grau de metilação em ilhas CpG da região promotora deste último gene em biópsias de pele e em culturas de macrófagos infectados por Leishmania braziliensis. No estudo de associação genética, FBAT (Family-based association tests) mostrou uma forte associação entre os marcadores COL1A1_rs1061237 (P = 0,002) e COL1A1_rs2586488 (P = 0,027) e o fenótipo leishmaniose cutânea. O estudo com biópsias de pele revelou que a porcentagem de DNA metilado na região promotora de FLI1 foi mais baixa (P = 0,001) em biópsias de lesão de leishmaniose cutânea comparadas com biópsias de pele normal. A expressão gênica de FLI1 e de COL1A1 não diferiu entre as biópsias de lesão e as biópsias de pele normal, enquanto a expressão de COL1A2 foi menor (P = 0,033) e a expressão de MMP1 foi maior (P = 0,0002) nas biópsias de lesão de leishmaniose cutânea. Por fim, a análise da expressão gênica em macrófagos infectados mostrou que a expressão de FLI1 induzida pela infecção por Leishmania braziliensis teve um pico com 24 horas de infecção (P < 0,0001), e foi maior (P = 0,005) e teve um pico mais tardio (48 horas) na presença de IL-6. A expressão de genes de colágeno do tipo 1, COL1A1 e COL1A2, foi baixa em macrófagos infectados, e não foi detectável em macrófagos tratados com IL-6. A expressão de MMP1 foi fortemente induzida (P = 0,007) após infecção de macrófagos, mas não foi facilmente detectável em macrófagos tratados com IL-6 até 72 horas de infecção, quando o efeito da IL-6 na expressão de FLI1 diminuiu. MMP1 quebra o colágeno do tipo 1 intersticial, que é essencial para a migração de queratinócitos e o processo de re-epitelização. Porém, em lesões ativas de leishmaniose cutânea, baixos níveis de colágeno do tipo 1 junto com a exagerada expressão de MMP1 indica que o MMP1 está contribuindo para o dano tecidual em vez de levar ao reparo. Similarmente, foi observado que níveis exagerados de MMP1 contribuem para a destruição do tecido e progressão para a doença na tuberculose, levando outros autores a destacar o MMP1 como potencial alvo terapêutico. Nossos dados sugerem que a modulação desta via pode também ser relevante no tratamento da leishmaniose cutânea.