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El concepte de síndromes mieloproliferatives cròniques (SMPC) engloba un conjunt d'entitats hematològiques amb característiques clíniques i evolutives molt similars i d'etiopatogènia probablement comú. Es tracta de processos caracteritzats per l'expansió clonal d'una cèl·lula mare (stem cell) pluripotent, que dóna com a resultat una hipercel·lularitat medul·lar amb predomini d'una o més línies que arriben a diferenciar-se en elements madurs. Totes les SMPC es troben subjectes a evolució clonal però en un grau força variable: un 90% d'evolució a leucèmia aguda en la leucèmia mieloide crònica front un 1-2% a la trombocitèmia essencial. Les SMPC clàssiques comprenen quatre entitats: la leucèmia mieloide crònica (LMC), la mielofibrosi idiopàtica (MI), la policitèmia vera (PV) i la trombocitèmia essencial (TE). Aquesta tesi pretén caracteritzar biologicament millor la PV i la TE.La PV és el resultat de la proliferació anormal d'una cèl·lula mare pluripotent, que dóna lloc a una hemopoesi clonal d'hematies, granulòcits i plaquetes, amb predomini d'hiperplàsia eritroide sobre la resta de línies hemopoètiques. La TE és una SMPC caracteritzada per un increment persistent de la xifra de plaquetes i per una hiperplàsia megacariocítica en la medul·la òssia.Un dels criteris diagnòstics majors de la PV i majoria dels criteris diagnòstics de la TE són criteris d'exclusió. Aquest fet fa que constantment s'estiguin buscant nous biomarcadors que ajudin al diagnòstics d'aquestes patologies. Les tècniques que s'han utilitzat en aquestes tesi amb aquest propòsit han sigut:1. Citogenètica convencional: - PV: Al moment del diagnòstic entre el 13-18% dels pacients presenten un cariotip alterat mitjançant tècniques de citogenètica convencional. Les alteracions més freqüents són: del(20q) (25%), trisomia 8 (16%), trisomia 9 (16%) (tampoc era rar trobar les dues trisomies 8 i 9 juntes en el mateix pacient), duplicacions de bandes inespecífiques d'1q o trisomies d'1q (10%), seguit per del(13q), del(11q), del(7q), del(5q) i trisomia 21.- TE: Al moment del diagnòstic entre el 5% i 10% dels casos presenten alteracions cromosòmiques. Entre les alteracions citogenètiques més descrites en la TE trobem les delecions dels braços llargs dels cromosomes 20 (del(20q)) i 13 (del(13q)) i les trisomies 8 i 9. 2. Hibridació in situ fluorescent:- PV: El percentatge de pacients amb alteracions cromosòmiques que es detecten mitjançant la tècnica de FISH varia entre 14.3% i 71.5% en funció de cada sèrie.- TE: El percentatge de pacients amb alteracions cromosòmiques que es detecten mitjançant la tècnica de FISH varia entre 15% i 55% en funció de cada sèrie.3. Estudi de clonalitat mitjançant el gen HUMARA:- PV: El percentatge de clonalitat entre les pacients afectes de PV oscil·la entre el 41% i el 73%.- TE: El percentatge de clonalitat entre les pacients afectes de TE oscil·la entre el 18.7% i el 68%.La tècnica més útil com a nou biomarcador ha estat l'estudi de clonalitat mitjançant el gen HUMARA. Ara bé, la recerca constant de possibles biomarcadors (ex. PRV-1, JAK2...) poden superar la eficacia d'aquesta tècnica., Essential thrombocythemia (ET) and polycythemia vera (PV) are chronic myeloproliferative disorders (MPD) arising from the clonal expansion of a pluripotential stem cell. Specific genetic lesions have not been recognized for both disorders, so, diagnostic criteria still are based on the presence or absence of particular clinical and laboratory features In recent years, there have been attempts to find new positive criteria that could help in the diagnosis of ET and PV, such as spontaneous in vitro colony formation of erythroid and megakaryocytic progenitors, conventional cytogenetics, fluorescence in situ hybridization techniques and analysis of X-chromosome inactivation patterns (XCIPs). This thesis wants to better characterize PV and ET. For this propose it has been used the following methodologies:1. Conventional Cytogenetics:- PV: At diagnosis between 13-18% of patients has an abnormal karyotype with conventional cytogenetics methodologies. The most frequent abnormalities are del(20q) (25%), trisomy 8 (16%), trisomy 9 (16%) (we can also find both alterations together in the same patient), duplications of unspecific bands from 1q or trisomy 1q (10%), del(13q), del(11q), del(7q), del(5q) and trisomy 21.- TE: At diagnosis between 5-10% of patients has an abnormal karyotype with conventional cytogenetics methodology. The most frequent abnormalities are del(20q)), del(13q) and trisomy 8 and 9. 2. Fluorescent in situ hybridization:- PV: The percentage of patients with abnormalities detected by FISH goes from 14.3% to 71.5% depending on the series.- TE: The percentage of patients with abnormalities detected by FISH goes from 15% to 55% depending on the series. 3. Clonality study with HUMARA gene:- PV: The percentage of clonality between patients goes from 41% to 73%.- TE: The percentage of clonality between patients goes from 18.7% to 68%.The most useful technique as a biomarker has been the clonality study with the HUMARA gene. But the constant investigation of new possible biomarkers (ex. PRV-1, JAK2...) could be even more useful than this one.

La supervivència global dels pacients amb leucèmia mieloide crònica (LMC) ha millorat substancialment gràcies a l’aparició d’imatinib i, posteriorment, dels inhibidors de la tirosina cinasa de 2ª generació (ITCs-2G). Imatinib continua sent el tractament estàndard en 1ª línia per a la majoria de pacients amb LMC, però al voltant del 30% presentarà resistència a aquest tractament (com ara, absència de resposta molecular major, RMM) i, dels que sí responen, només un 35%-40% aconseguirà la resposta molecular profunda (RMP). Amb els ITCs-2G s’han descrit majors taxes de RMM i RMP. Finalment, només aquells pacients que aconsegueixen la RMP mantinguda durant anys seran candidats a suspendre el tractament, observant-se recaigudes moleculars en un 50% dels pacients, segons els resultats dels assajos clínics. Fins a l’actualitat, s’han descrit molts pocs predictors biològics que identifiquin, en el moment del diagnòstic, els pacients amb menor probabilitat d’assolir la RMM i/o la RMP amb imatinib. Altrament, els mecanismes relacionats amb la recaiguda post-suspensió del ITC són desconeguts. La hipòtesi global d’aquesta tesi és que determinats biomarcadors presents al diagnòstic de la LMC s’associen amb l’obtenció de la RMM i la RMP en pacients tractats amb imatinib en 1ª línia i que això podria ajudar a la presa de decisions terapèutiques des del diagnòstic. A més, l’anàlisi de variables clínico-biològiques en pacients que suspenen l’ITC pot ajudar a entendre millor els mecanismes que donen lloc a la pèrdua de la RMM en alguns pacients i el manteniment de la remissió lliure de tractament (RLT) en altres. Aquesta tesi inclou tres treballs. El Treball 1 es focalitza en analitzar múltiples polimorfismes (SNPs) en gens relacionats amb el metabolisme i transport dels fàrmacs per tal determinar la seva associació amb l’obtenció de la RMM amb imatinib. De la mateixa manera, el Treball 2 se centra en l’anàlisi del paper de la longitud dels telòmers (LT) al diagnòstic de la LMC com a predictor d’assoliment de la RMP amb imatinib. El Treball 3 se centra en la identificació de variables clíniques i biològiques (trànscrits BCR-ABL1 analitzats per PCR digital (dPCR), quantificació i caracterització de les cèl·lules mare de la Side Population (SPop) i anàlisi de l’immunofenotip de les cèl·lules natural killer (NK)) possiblement implicades en la recaiguda post-suspensió del ITC. Al Treball 1 s’ha identificat una associació entre sis SNPs (rs1135840, rs7003319, rs492338, rs4934027, rs496550 i rs497692) en cinc gens diferents i l’obtenció de la RMM amb imatinib en 1ª línia. El Treball 2 mostra que l’anàlisi de la LT al diagnòstic és capaç d’identificar un subgrup de pacients amb major probabilitat d’assolir tant la RMM com la RMP amb imatinib en 1ª línia. Al Treball 3, la nostra sèrie va presentar una taxa superior de RLT (82%) comparat amb els resultats dels assajos clínics. En aquest context, una resposta òptima durant el primer any i/o assolir una RMP (RM4.5) abans dels 3 anys van mostrar una associació amb una menor probabilitat de recaiguda. A nivell biològic, la dPCR no va ser capaç d’identificar amb precisió els pacients amb major probabilitat de recaiguda. L’estudi exploratori de la SPop va mostrar expressió de CD26, marcador prèviament descrit com a específic de la cèl·lula mare leucèmica de la LMC. La SPop podria estar relacionada amb la patogènia de la LMC i la recaiguda post-suspensió del ITC. Finalment, es va observar un augment de cèl·lules NK totals així com de les fraccions més madures i citotòxiques (NK CD56dim i NK CD57+) en els pacients que van mantenir la RLT. La supervivencia global de los pacientes con leucemia mieloide crónica (LMC) ha mejorado sustancialmente gracias a la aparición de imatinib y, posteriormente, de los inhibidores de la tirosina quinasa de 2ª generación (ITQs-2G). Imatinib sigue siendo el tratamiento estándar en 1ª línea para la mayoría de pacientes con LMC, pero alrededor del 30% de ellos presentará resistencia a este tratamiento (entre ellos, ausencia de respuesta molecular mayor, RMM) y, de los que responden, solo el 35%-40% conseguirá una respuesta molecular profunda (RMP). Con los ITQs-2G se han descrito mayores tasas de RMM y RMP. Finalmente, sólo aquellos pacientes que consigan una RMP mantenida durante años podrán ser candidatos a suspender el tratamiento, observándose recaídas moleculares en un 50% de los pacientes, según los resultados de los ensayos clínicos. Hasta la fecha, se han descrito muy pocos predictores biológicos que identifique, en el momento del diagnóstico, a los pacientes con menor probabilidad de alcanzar RMM y/o RMP con imatinib. Además, los mecanismos relacionados con la recaída tras la suspensión del ITQ siguen siendo desconocidos. La hipótesis global de esta tesis es que determinados biomarcadores presentes al diagnóstico de la LMC se asocian con la obtención de la RMM y la RMP en pacientes tratados con imatinib en 1ª línea y esto ayudaría en la toma de decisiones terapéuticas desde el diagnóstico. Además, el análisis de variables clínico-biológicas en pacientes que suspenden el ITQ puede ayudar a entender mejor los mecanismos que subyacen a la pérdida de la RMM en algunos pacientes y al mantenimiento de la remisión libre de tratamiento (RLT) en otros. Esta tesis incluye tres trabajos. El Trabajo 1 se focaliza en analizar múltiples polimorfismos (SNPs) en genes relacionados con el metabolismo y transporte de fármacos y determinar su asociación con la obtención de la RMM con imatinib. De la misma manera, el Trabajo 2 se focaliza en el análisis del papel de la longitud de los telómeros (LT) al diagnóstico de la LMC como predictor de obtención de RMP con imatinib. El Trabajo 3 se ha centrado en la identificación de variables clínicas y biológicas (transcritos BCR-ABL1 analizados por PCR digital (dPCR), cuantificación y caracterización de las células madre de la Side Population (SPop) y análisis del inmunofenotipo de las células natural killer (NK)) posiblemente implicadas en la recaída tras la suspensión del ITQ. En el Trabajo 1 se ha identificado una asociación entre seis SNPs (rs1135840, rs7003319, rs492338, rs4934027, rs496550 y rs497692) en cinco genes diferentes y la obtención de la RMM con imatinib en 1ª línea. El Trabajo 2 muestra que el análisis de la LT al diagnóstico es capaz de identificar un subgrupo de pacientes con mayor probabilidad de alcanzar tanto la RMM como la RMP con imatinib en 1ª línea. En el Trabajo 3, nuestra serie mostró una mayor tasa de RLT (82%) comparado con los resultados de los ensayos clínicos. En este contexto, una respuesta óptima durante el primer año y/o alcanzar una RMP (RM4.5) antes de los 3 años mostraron una asociación con una menor probabilidad de recaída. A nivel biológico, la dPCR no fue capaz de identificar con mayor precisión los pacientes con mayor probabilidad de recaída. El estudio exploratorio de la SPop mostró expresión de CD26, marcador previamente descrito como específico de la célula madre leucémica de la LMC. La SPop podría estar relacionada con la patogenia de la LMC y la recaída tras la suspensión del ITQ. Finalmente, se observó un aumento de células NK totales así como de las fracciones más maduras y citotóxicas (NK CD56dim y NK CD57+) en los pacientes que mantuvieron la RLT. Overall survival of chronic myeloid leukemia (CML) patients has improved significantly since the introduction of imatinib and, later, second generation tyrosine kinase inhibitors (2G-TKI). Imatinib is indicated as first line treatment in most of the CML patients, but around 30% of them will be resistant to this drug (lack of major molecular response, MMR, among others) and, between those who respond to treatment, only 35%-40% will achieve deep molecular response (DMR). Higher rates of MMR and DMR have been described with 2G-TKI. Finally, only those patients with sustained DMR for many years will be candidates for TKI discontinuation; in this situation, clinical trials results have demonstrated that 50% of patients relapse (loss of MMR) after discontinuation. To date, very few biological markers have been described to identify, from CML diagnosis, those patients with low probabilities to achieve MMR and/or DMR. Moreover, the biological mechanisms underlying relapse after discontinuation are still unknown. The main hypothesis of this thesis is that certain biomarkers available at CML diagnosis are associated with MMR and DMR achievement in patients treated with first line imatinib, and their identification would help in therapeutic decision making. In addition, the analysis of clinico-biological markers in patients that discontinue TKI would help to better understand the mechanisms underlying relapse in some patients and treatment free remission (TFR) in others. This thesis includes three studies. Study 1 focuses on the genotyping of multiple single nucleotide polymorphisms (SNPs) in drug-metabolizing enzymes and drug transporter genes and the analysis of their association with MMR achievement in patients treated first-line imatinib. In the same way, Study 2 focuses on the analysis of the role of telomere length (TL) assessment at CML diagnosis as a predictor of DMR achievement with first-line imatinib. Study 3 focuses on the identification of clinical and biological parameters (BCR-ABL1 transcript assessment by digital PCR (dPCR), quantification and characterization of the stem cell population Side Population (SPop) and immunophenotypic analysis of natural killer cells (NK)) probably involved in the relapse after TKI discontinuation. Study 1 shows an association between six SNPs (rs1135840, rs7003319, rs492338, rs4934027, rs496550 y rs497692) in five differents genes and MMR achievement to first-line imatinib treatment. Study 2 shows that the analysis of TL at diagnosis identifies a subgroup of patients with high probabilities to achieve both MMR and DMR with first-line imatinib treatment. Study 3 shows a better TFR rate (82%) in our cohort compared with those reported in clinical trials. In this context, optimal response during the first year of treatment and/or achievement of DMR during the first three years of treatment was associated with lower number of relapses. At a biological level, dPCR was not able to precisely identify those patients with a higher probability of relapse. The exploratory study of SPop showed that these cells express CD26, a surface marker previously described as CML specific. SPop cells could be related with CML pathogeny and the relapse after TKI discontinuation. Finally, we observed an increase in total NK cells as well as the more mature and cytotoxic fraction (NK CD56dim and NK CD57+) in those patients that maintained the TFR status. Universitat Autònoma de Barcelona. Programa de Doctorat en Bioquímica, Biologia Molecular i Biomedicina

El 75% de los pacientes con leucemia aguda linfoblástica (LAL) tiene alteraciones cromosómicas recurrentes (numéricas o estructurales). Dichas anomalías (alteraciones primarias) tienen valor pronóstico independiente de otras variables y ello se tiene en cuenta para administrar un tratamiento adaptado al riesgo de cada leucemia. Sin embargo, el impacto pronóstico que pueden tener las alteraciones secundarias (p.ej. mutaciones puntuales o alteraciones en el número de copias) no está tan claro. Es probable que éstas jueguen un papel importante en la respuesta al tratamiento, ya que no todos los pacientes con el mismo cariotipo responden igual a la terapia. Con el fin de identificar nuevos marcadores pronósticos en la LAL de línea B, se ha analizado la frecuencia y significado pronóstico de las alteraciones en el número de copias (CNA) en muestras de pacientes de LAL B madura y LAL de precursores B. En el primer trabajo de esta Tesis Doctoral se identificaron las deleciones de los genes EBF1, IKZF1 y CDKN2A/B como factores pronósticos independientes en una serie de 142 pacientes adolescentes y adultos de LAL de precursores B analizados en el momento del diagnóstico. Concretamente, las deleciones de EBF1 se asociaron con una menor probabilidad de alcanzar la remisión completa, las deleciones de IKZF1 se relacionaron con una mayor probabilidad de sufrir una recaída de la enfermedad, mientras que las deleciones de CDKN2A/B estaban presentes en pacientes con menor probabilidad de supervivencia global. Por tanto, la detección de estas alteraciones genéticas identifica un subgrupo de pacientes con LAL de alto riesgo, los cuales podrían beneficiarse de tratamientos más intensivos, a la espera de tratamientos más específicos contra dichas alteraciones. En el segundo trabajo se evidenció que las LAL de precursores B y las LAL B maduras tienen un perfil genético diferente. En este sentido, la frecuencia de alteraciones de mal pronóstico identificadas en el primer trabajo fue mucho menor en los pacientes con LAL B madura que en los pacientes con LAL de precursores B. Este hecho podría explicar, en parte, el mejor pronóstico que muestran las LAL B maduras en comparación con las de precursores B. Sin embargo, pese a que se detectaron deleciones potencialmente relacionadas con la agresividad y diseminación de las LAL B maduras (CDKN2A/B, RB1 y región 14q32.33), no se consiguió identificar ninguna CNA con valor pronóstico en estos pacientes. Finalmente, en el tercer trabajo se analizaron muestras en recaída de pacientes con LAL de precursores B. Mediante la comparación de muestras pareadas de diagnóstico y recaída de cada paciente se observó un aumento significativo del número de CNA durante la progresión de la leucemia. Además, se evidenció una gran diversidad de rutas metabólicas afectadas por CNA, sin que se detectara una firma genética recurrente en recaída, a excepción de la adquisición de deleciones homocigotas en el gen CDKN2A/B (frecuencia del ~50%). Las rutas metabólicas más afectadas en recaída fueron las que afectan a la diferenciación de los linfocitos B, al control del ciclo celular y a la apoptosis, entre otras. Las alteraciones en genes involucrados en la proliferación celular, la homeostasis de las células madre hematopoyéticas y la resistencia a fármacos fueron las más comunes entre las CNA adquiridas de novo en recaída. A excepción de una paciente, todos los pacientes mostraron cambios genéticos respecto al diagnóstico y la mayoría de recaídas provenían de un clon ancestral al detectado en el momento del diagnóstico. La identificación de CNA específicas de recaída puede contribuir a diseñar nuevos tratamientos que aumenten la probabilidad de supervivencia de los pacientes en esta situación, que actualmente es de tan sólo el 10%., Approximately, 75% of acute lymphoblastic leukemia (ALL) patients show recurrent chromosomal abnormalities (numerical and structural). These are primary alterations that have been extensively related to patients’ prognosis. The predictive value of these chromosomal aberrations is taken into account for treatment assignment. However, the prognostic value of secondary alterations (i.e., point mutations or copy number alterations) is less clear. These alterations may play an important role in the response to the therapy, as not all patients with the same karyotype show the same response to treatment. With the aim to identify new prognostic markers in patients with B lineage ALL, the frequency and prognostic significance of copy number alterations (CNA) in patients with mature and precursor B ALL have been analyzed. In the first study of this Doctoral Thesis EBF1, IKZF1 and CDKN2A/B deletions at diagnosis were identified as markers with independent prognostic value in a series of 142 adolescent and adult patients with precursor B ALL. Specifically, EBF1 deletions were associated with a lower probability of achieving complete remission, IKZF1 deletions were related to a greater relapse probability while CDKN2A/B deletions were present in patients with lower survival probability. Therefore, the detection of these genetic alterations identifies a subset of high risk patients who may benefit from a more intensive treatment, while new and more specific treatments are developed against these alterations. In the second study, a clear difference in the genetic profiles of mature B and precursor B ALL was observed. In this sense, the frequency of the alterations associated with poor prognosis detected in the first study was much lower in mature B ALL compared to precursor B ALL patients. This fact may explain, in part, the better prognosis of mature B compared to that of precursor B ALL. However, although some deletions potentially related to the aggressiveness and dissemination of mature B ALL (CDKN2A / B, RB1 and 14q32.33 region) were detected, no CNAs with prognostic value could be identified in these patients. Finally, relapse samples of patients with precursor B ALL were analyzed in the third study. Comparison of paired diagnostic and relapse samples from each patient showed a significant increase in the number of CNAs during the progression of leukemia. In addition, a great diversity of metabolic pathways affected by CNA without a recurrent genetic signature at relapse was evidenced, except for the acquisition of homozygous deletions in the CDKN2A/B gene (~50% frequency). The most frequently involved metabolic pathways at relapse were those related with differentiation of B lymphocytes, cell cycle control and apoptosis, among others. Alterations in genes involved in cell proliferation, hematopoietic stem cell homeostasis, and drug resistance were the most common among the newly acquired CNAs at relapse. With the exception of one patient, all patients showed at relapse genetic changes compared to the diagnosis and most relapses came from an ancestral clone to that detected at the time of diagnosis. The identification of relapse-specific CNAs may contribute to the design of new treatments that could increase the probability of survival of relapsed patients, which currently stands at 10%.

La leucemia mielomonocítica crónica (LMMC) es una entidad que presenta una gran heterogeneidad a nivel clínico, morfológico y genético. El 70-75% de los pacientes con LMMC presenta un cariotipo normal al diagnóstico y hasta el 80% de los pacientes se clasifica en el grupo citogenético de bajo riesgo (cariotipo normal o pérdida aislada del cromosoma Y). Sin embargo, este grupo es muy heterogéneo a nivel clínico y un subgrupo de estos pacientes presenta una enfermedad más agresiva con un curso clínico desfavorable. La hipótesis global de esta tesis es que los pacientes con LMMC de bajo riesgo citogenético presentan diferencias a nivel genético y que las alteraciones detectadas mediante técnicas de alta resolución y/o sensibilidad, poco usadas en el ámbito asistencial, podrían contribuir a definir mejor el pronóstico de este subgrupo de pacientes. Esta tesis se presenta por compendio de publicaciones e incluye tres trabajos. Los Trabajos I y II se focalizan en caracterizar una serie de pacientes con LMMC de bajo riesgo citogenético, mediante la aplicación de microarrays de SNP (SNP-A) (Trabajo I) y mediante la secuenciación masiva dirigida de un panel de 83 genes (Trabajo II). El Trabajo I muestra que un 67% de los pacientes con LMMC y citogenética de bajo riesgo presenta alteraciones no detectables por citogenética convencional, como alteraciones submicroscópicas en el número de copias (ganancias y pérdidas de material genético) y la presencia de regiones con pérdida de heterocigosidad (LOHs). El perfil de estas alteraciones es muy heterogéneo, siendo las LOHs intersticiales de los cromosomas 4q, 7q y 11q las anomalías más recurrentes. Los pacientes con LOHs intersticiales, así como aquellos con un tamaño de genoma afectado ≥11 Mb, presentan una supervivencia global y una supervivencia libre de progresión inferiores al resto de los pacientes. El Trabajo II muestra que el 98% de los pacientes con LMMC de bajo riesgo citogenético presenta al menos una mutación somática en el conjunto de genes estudiados. Cabe destacar que más del 90% de los pacientes presenta al menos una mutación en uno de estos tres genes: ASXL1, TET2 o SRSF2, lo cual puede ser de gran utilidad a nivel diagnóstico. Este estudio también muestra que tanto la presencia como el número de mutaciones en determinados genes (ASXL1, EZH2, NRAS y SRSF2) confieren un pronóstico desfavorable. En cambio, las mutaciones de TET2 son indicativas de un buen pronóstico en ausencia de mutaciones de riesgo adverso. Por tanto, la aplicación de SNP-A y el estudio de determinados genes en los pacientes con LMMC de bajo riesgo citogenético, permite identificar un subgrupo de pacientes con peor pronóstico que podría beneficiarse de una monitorización más continuada y de tratamientos más intensivos. Más del 60% de las mutaciones detectadas en estos pacientes afecta a reguladores epigenéticos. El Trabajo III se focaliza en analizar las alteraciones en la metilación del ADN en una serie de pacientes con LMMC, mediante el uso de microarrays de metilación. En este trabajo se identifican vías de señalización, así como genes concretos, cuya metilación se encuentra alterada en estos pacientes y que podrían jugar un papel en la enfermedad. Este trabajo también muestra que el perfil de metilación del ADN se asocia con las características clínico-biológicas de los pacientes y con su supervivencia. El estudio de los mecanismos epigenéticos subyacentes a un proceso neoplásico, como la metilación del ADN, puede contribuir al conocimiento de la patogénesis de la enfermedad., Chronic myelomonocytic leukemia (CMML) is a clonal hematopoietic disease very heterogeneous at the clinical, morphological and genetic level. Around 70-75% of patients with CMML present with a normal karyotype at diagnosis, and up to 80% of cases present with low risk cytogenetic features (normal karyotype and isolated loss of Y chromosome). However, this group is clinically heterogeneous and a subset of these patients has a more aggressive disease characterized by a poor outcome. The hypothesis of this thesis is that patients with CMML and low risk cytogenetic features have different genetic abnormalities and that the alterations detected by high resolution and/or sensitivity techniques, not commonly used in the clinical routine, could contribute to better define the prognosis of these patients. This thesis includes three studies. Studies I and II focus on the characterization of a series of patients with CMML and low risk cytogenetic features, using SNP microarrays (SNP-A) (Study I) and targeted deep sequencing of an 83 myeloid-related panel (Study II). Study I shows that 67% of patients with CMML and low risk cytogenetic features have alterations not detectable by conventional cytogenetics, such as the presence of submicroscopical copy number alterations (gains and losses) and regions with loss of heterozygosity (LOHs). The profile of these alterations is very heterogeneous, with LOHs in chromosomes 4q, 7q y 11q being the most recurrent abnormalities. Patients with interstitial LOHs, as well as those with an affected genome size ≥11 Mb, have an inferior overall survival and progression free survival. Study II shows that 98% of patients with CMML and low risk cytogenetic features have at least one somatic mutation in the studied genes. Of note, >90% of patients have at least a mutation in one of the following genes: ASXL1, TET2 or SRSF2, which can be used for diagnostic purposes. This study also shows that both the presence and the number of mutations in specific genes (ASXL1, EZH2, NRAS y SRSF2) confer and adverse outcome and associate with lower overall survival and progression free survival. On the other hand, TET2 mutations correlate with favorable outcomes in the absence of adverse risk gene mutations. Therefore, both the application of SNP-A and the study of a specific group of genes in patients with CMML and low risk cytogenetic features, allow to identify a subgroup of patients with a poor outcome that could beneficiate of closing monitoring and more intensive treatments. More than 60% of the detected mutations affect genes involved in epigenetic regulation. Study III focuses on analyzing the DNA methylation alterations in a series of CMML patients, by using DNA methylation microarrays. In this study, different signaling pathways, as well as specific genes, that could play a role in the disease, are identified by differential methylation analysis with a group of healthy controls. This study also shows that the DNA methylation profile of CMML patients correlates with specific clinical, biological and genetic features as well as with the prognosis of the patients. Therefore, altered patterns of DNA methylation may be an important determinant of the different clinical behavior of CMML patients.