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La polimerización con microondas es una nueva forma de llevar a cabo la confección de prótesis oculares individuales, sin embargo son aún insuficientes los estudios que exploren la eficiencia de este método. Se realizó una investigación para determinar el efecto de la polimerización con microondas en la eficiencia de la rehabilitación por prótesis oculares individuales. Se llevó a cabo un estudio de evaluación económica del tipo minimización de costos. Se comparó la polimerización tradicional simplificada con la polimerización por el método de microondas. Se consideraron para la efectividad el monómero residual, la deflexión transversal, la contracción lineal, la porosidad, la estabilidad del color, la resistencia al impacto, la dureza, la absorción de agua y la resistencia transversal. Se calcularon los costos médicos directos sobre la base de un modelo teórico para un paciente que requirió una prótesis ocular individual en el año 2006. Se documentó la igualdad de efectividad entre ambos métodos de polimerización. El costo teórico para un paciente que requirió una prótesis ocular individual fue de $ 79,85 USD y $ 70,07 USD por los métodos tradicionales y por microondas respectivamente. El método de polimerización con microondas ahorró en consumo de energía eléctrica y favoreció una mayor productividad de los recursos humanos, a la vez que incrementó la eficiencia.