Cryptosporidium e Giardia são protozoários que causam gastroenterite em seus hospedeiros, e as espécies mais frequentes no mundo são as de potencial zoonótico. A água é majoritariamente contaminada por esgoto doméstico e escoamentos agropecuários, sendo a via de transmissão de maior preocupação à saúde da população. Dentre as fontes de contaminação para a água, ambos os protozoários são frequentemente encontrados no esgoto, todavia, poucos estudos relacionam dados sobre viabilidade. Para detecção de viabilidade, o método de coloração com Propídio-monoazida (PMA) associada a PCR é avaliada como alternativa a técnica de imunofluorescência associada ao corante 4?,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI). O conhecimento da viabilidade desses agentes em esgoto é necessário para avaliar os riscos de contaminação da água e consequentemente, a situação de saúde da população. Os objetivos do estudo foram verificar a viabilidade de Cryptosporidium spp. e Giardia spp. e quantificar oocistos viáveis em afluente e efluente de Estação de Tratamento de Esgoto (ETE) no interior do Paraná. De setembro a novembro de 2020 foram realizadas 10 coletas do afluente e efluente da ETE com periodicidade semanal, desse modo foi possível acompanhar sete processos de tratamento desde a da chegada até a saída do esgoto, conforme o tempo de detenção hidráulica. As amostras do afluente e efluente foram concentradas por centrifugação associada a filtração e purificadas por flutuação em solução saturada de sacarose, para aprimorar a sensibilidade de detecção. A viabilidade foi verificada por marcação do DNA das células inviáveis com corante PMA, após fotoativação, associada a detecção de Cryptosporidium e Giardia por nPCR e quantificação de oocistos por qPCR. Todas as amostras de afluente da ETE foram positivas para os protozoários com a presença de formas viáveis, com média de 8.769 oocistos de Cryptosporidium viáveis/L. Em efluente, todas foram positivas para Cryptosporidium com concentração média de 1.855 oocistos viáveis/L e para Giardia, 70% foram positivas, com formas viáveis em 30% delas. O acompanhamento do tratamento, de acordo com tempo de detenção, demonstrou persistência média de 31,17% dos oocistos viáveis após tratamento. Os resultados apresentam uma provável situação endêmica dos protozoários na população que abastece a ETE com alta concentração de oocistos de Cryptosporidium spp. O tratamento do esgoto reduziu a frequência de cistos de Giardia e concentração de oocistos de Cryptosporidium, porém não foi capaz de inviabilizar todos os (oo)cistos. Dessa forma, o corpo hídrico recebe cargas frequentes de formas viáveis desses protozoários, que podem causar prejuízo a saúde. A variação na eficácia da redução de oocistos viáveis, demonstrada ao longo dos acompanhamentos de tratamento, evidencia a necessidade de monitoramento da viabilidade desses patógenos no efluente de esgoto para predizer e prevenir riscos de infecção da população. Cryptosporidium and Giardia are protozoa which cause gastroenteritis in their hosts. The zoonotic species are the most frequent in the world. The major sources of contamination to water are runoffs from livestock and domestic wastewater and water is the source of transmission of most worry for health risks. The protozoa are frequently found in wastewater, although, few studies include viability data of (oo)cysts. The Propidium monoazide (PMA) stain method associated to PCR is assessed as an alternative to immunofluorescence and 4?,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) stain for viability detection of (oo)cysts. The knowledge of viability in sewage is necessary to assess the status of population health and water risk of contamination. The aims of the study were to verify the viability of Cryptosporidium and Giardia and quantify viable oocysts in influent and effluent of a Wastewater Treatment Plant (WWTP) in interior of Paraná state of Brazil. Ten collects were executed from September to November 2020 weekly. Respecting the hydraulic detention time, seven monitoring of the wastewater treatment since the sewage arrived until its left of the station were possible. The samples concentration was done by centrifugation associated with filtration and purification for improvement in sensibility. The viability was verified by PMA stain in inviable cells and photoactivation. It was associated to nPCR for the detection of Cryptosporidium and Giardia and to qPCR for the quantification of viable oocysts. All the WWTP influent samples were positive for both protozoa including the presence of viable oocyst. The mean concentration of Cryptosporidium oocysts was 8,769 oocysts/L. In the WWTP effluent, all the samples were positive to Cryptosporidium with a mean concentration of 1,855 viable oocysts/L and 70% of samples were positive for Giardia in which 30% had viable cysts. The monitoring of wastewater treatment demonstrated a mean persistence of 31,17% of viable oocysts after treatment. The results indicated a probable endemic presence of these protozoa in the population which supplies the WWTP and Cryptosporidium presents high concentration of viable forms. The wastewater treatment reduced the frequency of cysts and the concentration of oocysts, although it was not capable to make all (oo)cysts unviable. The receptor river receives frequent charges of viable (oo)cysts which may cause risks for health. The variation in the reduction efficacy of viable oocysts evidences the necessity of monitoring (oo)cysts viability in sewage effluent to predict and prevent infection risks to the population.