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Se obtuvo el genoma bipartito completo (ARN1 y ARN2) de un nuevo nepovirus que infecta a la papa, utilizando la secuenciación y ensamblaje de ARN pequeños, a lo que se le complementó con la secuenciación de Sanger. El ensamblaje de las secuencias para el ARN1 dio 7154 nts y para el ARN2 4527 nts, excluyendo la cola poli A. Cada ARN codifica para una sola poliproteína, flanqueada por regiones 5 'y 3' no traducidas (UTR), esta última seguida por una cola poli A. Las poliproteínas codificadas por el ARN1 y el ARN2 tienen conjuntos de motivos que son característicos de virus en el género Nepovirus. Se encontró que la poliproteína del ARN1 tiene los dominios para una helicasa, una proteína de unión al genoma viral, una proteinasa y una ARN polimerasa dependiente de ARN Por otro lado, la poliproteína del ARN2 tiene los dominios para la proteína de movimiento y para la cubierta proteica. Las comparaciones de secuencias usando la región Pro-Pol y la proteína de la cubierta, incluido el análisis filogenético de estas regiones, mostraron relaciones más cercanas con los nepovirus (71% y 34% de identidad en aminoácidos, respectivamente). Los datos obtenidos apoyan el estado taxonómico de este nuevo virus (llamado tentativamente Potato virus B, PVB) como miembro del género Nepovirus, subgrupo B.

Los virus del grupo C (GRCV) son un complejo que pertenecen al género Orthobunyavirus, de la familia Peribunyaviridae (anteriormente denominado Bunyaviridae). Estos virus están asociados con enfermedades febriles en humanos que generalmente habitan en áreas tropicales y subtropicales de América del Sur y América Central. A pesar de que muchos GRCV han sido aislados de mosquitos, animales y seres humanos, los análisis genéticos de estos virus aún son limitados. En el Perú, el centro de investigaciones de enfermedades tropicales de la marina de los Estados Unidos (NAMRU-6) viene conduciendo desde los años noventa una vigilancia pasiva de las enfermedades febriles. Durante este tiempo, se lograron recuperar e identificar mediante la prueba de inmunofluorescencia 65 aislamientos de GRCV de pacientes febriles habitantes del norte y sur de la Amazonía peruana. Para caracterizar estos aislamientos, se secuenciaron una región de 500 pb del segmento S y una región de 750 pb de los segmentos M y L. El análisis de la secuencia de los aislamientos clínicos mostró identidades de nucleótidos que oscilaban entre el 68% y el 100% y las identidades de secuencia de aminoácidos deducidas que oscilaban entre 72% y 100%. Las secuencias se compararon con las siguientes cepas referenciales: virus Caraparu (CARV), virus Murutucu (MURV), virus Oriboca (ORIV), virus Marituba (MTBV), virus Apeu (APEUV) y virus Madrid (MADV). La comparación de secuencias de los segmentos L y S de las cepas clínicas con cepas referenciales mostró dos clados; clado I formado por aislamientos con alta correlación con CARV-MADV y clado II conformado por aislamientos con alta correlación con MURV, ORIV, APEUV y MTBV. Las secuencias del segmento M contiene algunos aislamientos de GRCV diferentes filogeneticamente a los de segmento L y S y su distribución filogenética está altamente relacionada con la microneutralización serológica. Estos resultados demuestran las relaciones genéticas y serológicas de los GRCV que circula en la Amazonía peruana y la divergencia genética de los GRCV en el norte de la Amazonía. Tesis

Describe el aislamiento y caracterización molecular de un nuevo flavivirus únicamente de mosquito, aislado de Culex (Melanoconion) occossa colectados en 2009 de un área urbana de Iquitos, Perú, ubicada en la cuenca del Amazonas, en la región noreste del Perú. La evidencia del Flavivirus es detectada mediante ensayo de inmunofluorescencia indirecta (IFI) en sobrenadante de cultivo celular de las células infectadas C6/36 usando anticuerpos policlonales grupo de Flavivirus y confirmada por RT-PCR. En comparación por pares de las secuencias de la región ENV, la más alta de nucleótidos (47,4%) y de aminoácidos (39,8%) la identidad se observa en el virus Nounané (NOUV). En comparación por pares de la región NS5, la identidad de nucleótidos más alta se observa en el virus Spondweni (65,9%), el virus de Iguape (IGUV; 65,7%) y el virus de Kedougou (65,6%); sin embargo, en el nivel de aminoácidos, la más alta identidad en pares de bases se observa en IGUV (69,8%), virus Naranjal (69,6%) y el virus Bussuquara (69,3%). El análisis filogenético utilizando ENV parcial y secuencias de aminoácidos NS5 revela que este Flavivirus forma un clado con NOUV. Para investigar la gama de huéspedes del nuevo Flavivirus, se inoculan una variedad de células de mamíferos (Vero 76, Vero E6, BHK, LLCMK y MDCK) con el tercer pasaje del aislamiento C6/36 y monitorea el efecto citopático (EC). No se detecta EC, y todas las líneas de células de mamífero son negativas para el antígeno Flavivirus por IFI y ARN Flavivirus por RT-PCR luego de catorce días de incubación. Propone que este Flavivirus genéticamente diferente sea llamado Nanay Virus (NANV), debido a la zona de Iquitos, Perú, donde fue detectado por primera vez. Tesis