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Introduction: esophageal atresia (EA) involves the interruption of the esophageal lumen with or without communication with the airway, occurring in approximately 1 in every 4000 live births. Currently, the modified Vogt Classification by Ladd is used, identifying type III EA as the most frequent. Diagnosis can be made prenatally or postnatally, and definitive treatment can be through thoracoscopy or open thoracotomy, both of which are currently under study to establish which presents greater advantages. Materials and Methods: this is an observational study, retrospective cohort, on patients operated for esophageal atresia in two hospitals from January 2019 to June 2023. The aim was to evaluate and compare the morbidity and mortality associated with two surgical techniques, thoracoscopy (TR) and open thoracotomy (OT). Results: A total of 53 records were analyzed, which were divided into two groups: OT (15 patients) and TR (38 patients). Obtaining similar results between both procedures. Discussion: the results align with the literature regarding gestational age, weight, days on mechanical ventilation, resumption of feeding, opioid use, complications, all according to the type of procedure undergone by the patients. Conclusion: our study reported data similar to previous literature, observing that there are no significant differences between one technique and another; however, thoracoscopy has proven to be a safe therapeutic alternative that should be implemented in more hospital centers for the treatment of EA., Introducción: la atresia esofágica (AE) consiste en la interrupción de la luz esofágica con o sin comunicación con la vía aérea, ocurre aproximadamente en 1 de cada 4000 nacidos vivos, en la actualidad se utiliza la Clasificación de Vogt modificada por Ladd, identificando la AE tipo III como la más frecuente. El diagnóstico se puede realizar en la etapa prenatal o posnatal y el tratamiento definitivo puede ser mediante toracoscopia o toracotomía abierta, las cuáles hoy en día se encuentran en estudio para establecer la que presenta mayores ventajas. Materiales y Métodos: estudio observacional, de cohorte retrospectiva, en pacientes operados por atresia esofágica en dos unidades hospitalarias en el período de enero de 2019 a junio de 2023. Con el objetivo de evaluar y comparar la morbimortalidad asociada a dos técnicas quirúrgicas, la toracoscopia (TR) y la toracotomía abierta (TA). Resultados: se analizaron un total de 53 expedientes, en el que se dividieron en dos grupos: TA (15 pacientes) y TR (38 pacientes). Obteniendo resultados similares entre ambos procedimientos. Discusión: los resultados concuerdan con la literatura respecto a la edad gestacional, peso, días con ventilación mecánica, reinicio de la alimentación, uso de opioides, complicaciones, todo esto de acuerdo con el tipo de procedimiento al que se sometieron los pacientes. Conclusión: los resultados obtenidos en nuestro estudio son similares a los reportados en la literatura previa, no existen diferencias significativas entre la implementación de toracoscopia y toracotomía abierta, sin embargo, los resultados sugieren que la toracoscopia (TR) podría ofrecer ventajas en el manejo del dolor postoperatorio en comparación con la toracotomía abierta (TA), además de reducir el riesgo de recidiva de fístula posterior a la intervención quirúrgica.