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Tese de mestrado, Ciências do Mar, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2020-12-14T15:35:12Z No. of bitstreams: 1 ulfc126009_tm_Mara_Gomes.pdf: 20184514 bytes, checksum: fbee7b3efd6c661e990d2fec71f9aab6 (MD5) Made available in DSpace on 2020-12-14T15:35:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc126009_tm_Mara_Gomes.pdf: 20184514 bytes, checksum: fbee7b3efd6c661e990d2fec71f9aab6 (MD5) Previous issue date: 2020

A central question in the ecology of fishing resources is understanding the mechanisms behind recruitment variability. This thesis aimed to analyse the factors responsible for recruitment variability of two economically relevant species, in Portugal, white seabream (Diplodus sargus) and two-banded seabream (Diplodus vulgaris). The temporal variability in sea surface temperature (SST) was studied over specific regions of the Portuguese coast, along the last decades. The effects of changes in environmental variables and fishing pressure on these resources were evaluated, using a multi-model approach. Swimming capabilities of fish larvae and their behavioural responses to environmental cues, potentially relevant for the selection of nursery areas and recruitment, were determined using Ria Formosa coastal lagoon and white seabream as a case study. The analysis of SST during the period 1980-2010 showed a generalized warming along the Portuguese coast, with region- and season-variable tendencies. The effects of environmental and fishing variability on the landings were species-specific, and also varied depending on region and season. The swimming ability of white seabream larvae, as well as their exploratory activity, increased during ontogeny. However, this species did not select any of the environmental stimuli tested. The exploratory behaviour of white seabream larvae presented consistent individual differences throughout ontogeny, indicating that the personality traits emerge early in their life cycle.The integration of these results into an individual-based model showed that both the location of spawning sites and directional swimming capabilities are important determinants of the ingress success of white seabream into a nursery area, as the Ria Formosa lagoon. Thus, the integration of region- and season-specific oceanographic and fishing processes, as well as fish larvae behaviour and dispersion modelling, and supported climate change scenarios, are required for improving the estimates of fish recruitment. Uma questão central na ecologia dos recursos pesqueiros é compreender os mecanismos que causam variabilidade no recrutamento. Esta tese teve como objetivo analisar os fatores responsáveis pela variabilidade do recrutamento de espécies economicamente relevantes em Portugal, o sargo-legítimo (Diplodus sargus) e a safia (Diplodus vulgaris). A variabilidade na temperatura da superfície do mar (SST) foi estudada em regiões específicas da costa portuguesa nas últimas décadas. Os efeitos das alterações nas variáveis ambientais e da pescada nestes recursos foram avaliados, usando uma abordagem multimodelo. As capacidades natatórias das larvas de peixe e as suas respostas comportamentais às pistas ambientais, potencialmente relevantes para a seleção de zonas nursery e recrutamento, foram determinadas utilizando a Ria Formosa e o sargo-legítimo como estudo de caso. A análise da SST durante o período 1980-2010 mostrou um aquecimento generalizado ao longo da costa portuguesa, com tendências regionais e sazonais variáveis. Os efeitos da variabilidade ambiental e da pesca nos desembarques foram específicos para cada espécie, e também variaram dependendo da região e estação do ano. A capacidade natatória das larvas de sargo-legítimo, bem como a sua atividade exploratória, aumentou durante a ontogenia. No entanto, esta espécie não selecionou nenhum dos estímulos testados. O comportamento exploratório das larvas de sargo-legítimo apresentou diferenças individuais consistentes ao longo da ontogenia, indicando que os traços de personalidade aparecem cedo no seu ciclo de vida. A integração destes resultados num modelo individual mostrou que a localização dos locais de postura e a natação direcional são determinantes do sucesso do ingresso das larvas de sargo-legítimo numa zona de nursery, como a Ria Formosa. Assim, a integração dos processos oceanográficos e da pesca específicos para cada região e estação, bem como o comportamento das larvas de peixe e a modelação da dispersão, suportados pelos senários de alterações climáticas, são necessários para melhorar as estimativas de recrutamento de peixes. Vânia Catarina Vieira Baptista was funded by a PhD grant (Reference: SFRH/BD/104209/2014) from the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT – Fundação para a Ciência e Tecnologia).

Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2016/2017 [Resumen] Se ha estudiado la dinámica del microzooplancton y su relación con las variables ambientales, en una zona de afloramiento costero de A Coruña. La investigación comprende un total de 9 muestras tomadas con frecuencia mensual durante el año 2015, en la costa de A Coruña. Se ha encontrado que el grupo dominante en la comunidad son los nauplios de copépodos, constituyendo en torno al 83% de la abundancia total, lo que concuerda con previos estudios en la región. La abundancia total presentó un máximo principal en mayo y otro secundario a finales de septiembre. Sin embargo, un análisis de escalamiento multidimensional reveló la existencia de cambios muy bruscos en la composición de la comunidad a lo largo del año sin una clara señal estacional. Las variables ambientales más relacionadas con la variabilidad en la comunidad del microzooplancton fueron la intensidad del afloramiento, las concentraciones de materia orgánica particulada y las de nutrientes disueltos. Estos resultados sugieren que la comunidad de microzooplancton responde principalmente a la disponibilidad de recursos tróficos. [Resumo] Estudouse a dinámica do microzooplancton e a súa relación coas variables ambientais, nunha zona de afloramento costeiro de A Coruña. A investigación comprende un total de 9 mostras tomadas cunha frecuencia mensual durante o ano 2015, na costa de A Coruña. Atopouse que o grupo dominante na comunidade son os nauplios de copépodos, constituíndo en torno ao 83% da abundancia total, o que concorda coa topado en estudios previos na rexión. A abundancia total presentou un máximo principal en maio e outro secundario a finais de setembro. Sen embargo, unha análise de escalamento multidimensional revelou a existencia de cambios moi bruscos na composición da comunidade ao longo do ano, sen unha clara sinal estacional. As variables ambientais máis relacionadas coa variabilidade na comunidade do microzooplancton foron a intensidade dos afloramentos, as concentracións da materia orgánica particulada e dos nutrintes disoltos. Estes resultados suxiren que a comunidade do microzooplancton responde principalmente á dispoñibilidade dos recursos tróficos. [Abstract] This work focuses on the study of the microzooplankton’s dynamics and their link with environmental variables. This study was conducted in a coastal upwelling system in A Coruña, and the 9 monthly-taken samples used were collected during 2005. It has been found that, the same as in previous studies carried out the same region, the dominant group is the one formed by the copepod nauplii, which constitute 83% of the total abundance. The total abundance reached its main maximum in May, and a secondary one at the end of September. However, a multidimensional scaling analysis showed abrupt changes in the community’s composition throughout the year, without a clear seasonal signal. The upwelling intensity, the concentration of particulate organic matter and the concentration of dissolved nutrients were those environmental variables most related to the variability of the community of microzooplankton. These results suggest that the microzooplankton community mainly responds to the availability of trophic resources.

The elucidation and understanding of biological invasion processes are fundamental due to the recurrent cases of invasive species in aquatic ecosystems and their potential effects on the structure and dynamics of aquatic communities. Studies on biological invasions include several steps, such as dispersion, biotic and abiotic factors. However, long term studies on this subject are lacking, especially with zooplankton organisms. The present study assessed the influence of biotic and abiotic factors on the biological invasion of a rotifer species (Kellicottia bostoniensis) in the Upper Paraná River floodplain, along a long time scale. As a first approach, we investigated the biotic resistance (species richness and abundance of zooplankton organism) on the occurrence of K. bostoniensis and examined the temporal pattern of its occurrence compared with rotifer species phylogenetically related and most abundant. The biotic resistance showed no effect on the occurrence of K. bostoniensis in the environments of the floodplain. Also, this species exhibited the same trend of occurrence over time of other rotifer species, and a different pattern in relation to other species, suggesting processes of coexistence and competition, respectively. In the second approach, we analyzed the occurrence and abundance of K. bostoniensis according to abiotic factors and temporal variability of these factors. Food availability, given by environmental variables, and smaller variations in environmental conditions have favored the occurrence and abundance of the invasive rotifer species over the time series. The invasion of K. bostoniensis was mainly determined by the amplitude of the flood pulse in this floodplain ecosystem, likewise the zooplankton community, and despite the low occurrence of K. bostoniensis during the study period, high abundances found indicate its invasive potential in environments of the Upper Paraná River floodplain. A elucidação e a compreensão dos processos envolvidos na invasão biológica são essenciais face ao aumento recorrente de casos de espécies invasoras nos ecossistemas aquáticos e seus potenciais efeitos sobre a estrutura e dinâmica das comunidades aquáticas. Os estudos sobre as invasões biológicas compreendem as várias etapas inerentes a esses processos tais como, a dispersão, fatores bióticos e abióticos. No entanto, ainda é notória a escassez desses estudos em amplas escalas temporais, principalmente em relação aos organismos zooplanctônicos. Foram avaliados os fatores bióticos e abióticos sobre a invasão biológica de uma espécie de rotífero (Kellicottia bostoniensis) na planície de inundação do alto Rio Paraná, em uma ampla escala temporal. Dois aspectos foram avaliados: o papel da resistência biótica (riqueza de espécies e abundância dos organismos zooplanctônicos) e dos fatores abióticos sobre a ocorrência de K. bostoniensis e o padrão temporal de sua ocorrência em relação as espécies de rotíferos filogeneticamente relacionadas e mais abundantes. A resistência biótica não limitou a ocorrência de K. bostoniensis nos ambientes da planície e ainda essa espécie apresentou o mesmo comportamento quanto a ocorrência ao longo do tempo em relação a uma espécie de rotífero e padrão diferenciado em relação a outra espécie, sugerindo processos de coexistência e competição, respectivamente. Encontrou-se que a disponibilidade de alimento verificada através das variáveis ambientais e as menores variações das condições ambientais favoreceram a ocorrência e abundância da espécie invasora durante a série temporal. A invasão de K. bostoniensis foi determinada principalmente pelos efeitos da amplitude do pulso de inundação nesta planície, de forma similar à resposta da comunidade zooplanctônica e que apesar da baixa ocorrência de K. bostoniensis durante a série temporal, as altas abundâncias observadas indicam o potencial de invasão dessa espécie nos ambientes da planície de inundação do alto rio Paraná. 58 f

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-08T16:07:31Z No. of bitstreams: 1 Bruno de Oliveira.pdf: 2373684 bytes, checksum: 5f89aaf529fed3c21f21b9c51546d9b8 (MD5) Made available in DSpace on 2017-02-08T16:07:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bruno de Oliveira.pdf: 2373684 bytes, checksum: 5f89aaf529fed3c21f21b9c51546d9b8 (MD5) Previous issue date: 2010-08-31 Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq Analysis between the environmental variability in the pelagic ocean environment, distribution and abundance of the main oceanic fishing resources, have been evaluated in several studies, mainly with the intensification of global climate changes in the recent decades. The main objective of this study was to evaluate the relations between the catches (CPUE) of albacore(Thunnus alalunga) and some environmental parameters, together with spatio temporal data of fishing activities during the period between 1980 and 2007. The fishing data used, including the spatio temporal distribution of effort and catches are referred of long line fleet operations of Brazil (BNDA) and China Taipei (ICCAT). The environmental parameters (SST– Sea Surface Temperature and DML – Depth Mixed Layer) were obtained in international oceanographic data banks. Generalized Additive Models (GAM’s) were used for analyses between CPUE (dependent variable) and the environmental variability. Furthermore, spatio temporal aspect(latitude, longitude, month and year) of fish activity were included, in order to evidence the seasonality in catches. The results obtained show that the environmental variability on oceanographic conditions have a strong influence in the distribution and abundance of albacore, and, consequently, in its catch rate (CPUE). The SST (positive correlation with latitude, for the area of this study) was the most important environmental parameter in catch rates (CPUE). Besides that, we inferred that catches received a positive influence in areas where the thermocline is more superficial and there is a seasonal pattern in the distribution and abundance characteristic. These aspects seem to be in relation with the migratory movements of this specie in the South Atlantic Ocean, including the concentration along the Brazilian coast for spawn in austral summer. Relações entre a variabilidade ambiental do ambiente pelágico oceânico e a distribuição e abundância relativa dos principais recursos pesqueiros oceânicos, vêm sendo avaliadas em diversos estudos, principalmente com a intensificação dos processos de mudanças climáticas, ocorridos em décadas recentes. O objetivo principal deste estudo foi avaliar a relação entre a captura (CPUE) da albacora branca (Thunnus alalunga) e algumas variáveis ambientais, juntamente com dados espaço-temporais da atividade pesqueira, referentes ao período compreendido entre 1980 e 2007. Os dados de pesca utilizados, incluindo a distribuição espaço-temporal do esforço de pesca e das capturas, são referentes à operação da frota espinheleira do Brasil (Banco Nacional da Pesca de Atuns e Afins) e de China Taipei (International Comission for Conservation of Atlantic Tunas, em inglês). Os dados ambientais (TSM – Temperatura da Superfície do Mar e PCM – Profundidade da Camada Mistura) foram obtidos de bancos internacionais de dados oceanográficos. Modelos Aditivos Generalizados (GAM’s) foram utilizados para averiguar as relações entre o rendimento pesqueiro, expresso através da CPUE (variável dependente), e à variabilidade ambiental. Além disto, aspectos espaço-temporais (latitude, longitude, mês e ano) foram incorporados, de modo a evidenciar a sazonalidade das capturas na área do estudo. Os resultados obtidos mostram que à variabilidade ambiental do ambiente oceanográfico influencia fortemente à distribuição e abundância da espécie e, consequentemente, das capturas. A TSM (correlação positiva com a latitude, para a área de estudo) foi o fator ambiental que mais influenciou a CPUE. Além disto, podemos inferir que as capturas sofrem influência positiva em áreas com a termoclina mais próxima da superfície aquática e que existe um padrão sazonal de distribuição e abundância bem marcado. Estes aspectos parecem estar relacionados com o padrão migratório da espécie no Atlântico sul, incluindo a concentração da mesma ao largo da costa brasileira para fins reprodutivos, durante o verão austral.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-08T11:57:22Z No. of bitstreams: 1 Aprigio Marques de Sousa Neto.pdf: 1174109 bytes, checksum: b0262e812fcb006c6f76782c56519e12 (MD5) Made available in DSpace on 2017-02-08T11:57:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aprigio Marques de Sousa Neto.pdf: 1174109 bytes, checksum: b0262e812fcb006c6f76782c56519e12 (MD5) Previous issue date: 2009-08-21 In recent years, with the advent of global climate change, several studies have been developed in order to better understand the changes in the pelagic ocean environment and its effects on the main fishing resources explored in the three oceans. This present study was to evaluate the influences of environmental variability on the CPUE of bigeye tuna (Thunnus obesus) caught by Brazilian longline fleet in the period from 1978 to 2008. For this, we analyzed the data on settings, seasonality, fishing areas, effort, catch, time of immersion, number of hooks / Basket and fishing time, and some environmental data such as sea surface temperature (SST), the depth of the layer of mixture (PCM) and the rate of illumination of the moon (IIL). We performed a cluster analysis with the aim of categorizing the fishing effort associated with the catches of different species, then an analysis with generalized additive models (GAMS) in order to assess the relationship between these factors and the CPUE from big eye tuna. The results showed that as regards the variable latitude, the higher values of CPUE occurred around the equator. The case of the month on the CPUE index, we observed the highest values between October and April. Already the level of lunar illumination on the CPUE showed an increasing trend of the new moon to crescent. The SST showed a positive trend with higher values occurring between 26 and 30° C on CPUE. The effect of PCM, highest CPUEs occurred in areas where the thermocline is closer to the surface, between 40 and 70 m. In relation to the variable year, positive effects were only observed from 2000. These results are probably related to the reproductive activity of the specie, which is focused off the Brazilian coast for spawning. Nos últimos anos, com o advento das mudanças climáticas globais, diversos estudos vêm sendo desenvolvidos no intuito de melhor compreender às variações do ambiente pelágico oceânico e seus efeitos sobre os principais recursos pesqueiros explorados nos três oceanos.O presente estudo teve como objetivo avaliar as influências da variabilidade ambiental sobre a CPUE da albacora bandolim (Thunnus obesus) capturada pela frota espinheleira brasileira no período de 1978 à 2008. Para isto, foram analisados os dados referentes aos lançamentos, sazonalidade, área de pesca, esforço, captura, tempo de imersão, número de anzóis/samburá e turno de pesca, e alguns dados ambientais, como a Temperatura da Superfície do Mar (TSM), a Profundidade da Camada de Mistura (PCM) e o Índice de Iluminação da Lua (IIL). Foi realizada uma análise de cluster com o objetivo de categorizar o esforço de pesca associandoo as capturas de diferentes espécies e, em seguida, uma análise com Modelos Aditivos Generalizados (GAMs) com o intuito de avaliar a relação entre estes fatores e a CPUE da albacora bandolim. Os resultados obtidos mostraram que no que se refere a variável latitude, os maiores valores de CPUE ocorreram no entorno do equador. Se tratando do índice mês sobre a CPUE, observou-se os maiores valores entre outubro e abril. Já o índice de iluminação lunar sobre a CPUE apresentou uma tendência crescente de lua nova para quarto-crescente. A TSM mostrou uma tendência positiva com maiores valores ocorrendo entre 26° e 30°C sobre a CPUE. No efeito da PCM, as CPUEs mais elevadas ocorreram em áreas onde a termoclina encontra-se mais próxima da superfície, entre 40 e 70 m. Em relação à variável ano, efeitos positivos só foram observados a partir de 2000. Estes resultados estão provavelmente associados à atividade reprodutiva da espécie, que se concentra ao largo da costa brasileira para desova.