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Helicobacter pylori é o principal agente de gastrite em seres humanos e fator de risco para úlcera péptica e câncer gástrico. A evolução da infecção está relacionada a diversos fatores, inclusive bacterianos, como presença de cagA e genótipo s1-m1 do vacA, associados com o desenvolvimento de úlcera e adenocarcinoma gástrico. O objetivo deste estudo foi investigar a associação entre cagA e alelos do vacA em H. pylori isolado de crianças e relacionar os achados com a doença apresentada pelo paciente. Foram estudadas 65 crianças (24 com úlcera duodenal e 41 sem úlcera gástrica ou duodenal). A pesquisa de cagA e de alelos do vacA foi feita por PCR em amostras da bactéria isoladas do estômago dos pacientes. Infecção mista foi identificada em dez (15,4%) crianças. Entre os pacientes com monoinfecção, o alelo s1 foi detectado em amostras isoladas de 40 (72,7%), e o m1 em 34 (61,8%). CagA foi identificado em H. pylori isolado de 38 (69,1%) pacientes. Foi observada associação entre presença de cagA e de genótipo s1-m1 (p = 10-7) e entre cagA e padrão s1-m1 com úlcera duodenal (p = 0,073 e p = 0,037, respectivamente). Em conclusão, infecção mista por H. pylori é comum em crianças brasileiras, e amostras da bactéria apresentando o alelo s1 e cagA são as mais prevalentes no nosso meio. A concomitância do alelo s1 do vacA e de cagA foi freqüentemente observada, e a associação de amostras positivas de s1 e de cagA com úlcera duodenal foi confirmada neste trabalho.