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El bovino Criollo Mixteco es un recurso genético poco explorado, pero de gran valor por su potencial para ser empleado en sistemas de producción respetables con el entorno y adaptables a las condiciones del mismo. La identificación y caracterización de este recurso local es un punto primordial para su conservación y mejora, es por esto que en el presente estudio se llevó a cabo el análisis de la diversidad y relaciones genéticas de la población de bovinos Criollos Mixtecos de Oaxaca, mediante el empleo de 19 marcadores de ADN microsatélites y 32 poblaciones bovinas de referencia, pertenecientes al consorcio BIOBOVIS de la Red CONBIAND. El número medio de alelos detectados fue de 8.8 ± 2.1 y el número efectivo de alelos estimado fue de 4.5 ± 1.2. La diversidad genética representada por los valores de heterocigosidad esperada (0.7700 ± 0.0682) y observada (0.7170 ± 0.0998), se encontró dentro del rango de estimadores obtenidos en estudios previos con poblaciones bovinas locales empleando marcadores microsatélites. El análisis de la estructura poblacional reveló una influencia predominante de germoplasma ibérico (Bos taurus). Se observa además una estrecha relación entre el Criollo Mixteco y el resto de poblaciones bovinas criollas mexicanas a excepción del Criollo Lechero Tropical.