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1. Independent prognostic value of ultra-sensitive quantification of tumor pre-treatment T790M subclones in EGFR mutated non-small cell lung cancer (NSCLC) treated by first/second generation TKI, depends on variant allele frequency (VAF): Results of the French cooperative thoracic intergroup (IFCT) biomarkers France project

Author: Franck Morin, Hélène Blons, Fabienne Escande, Denis Moro-Sibilot, Alexandra Langlais, Charlotte Leduc, L'Houcine Ouafik, Antoinette Lemoine, Roger Lacave, Samia Melaabi, P. Missy, Jean-Philippe Merlio, Jacques Cadranel, Fabrice Barlesi, Pierre-Paul Bringuier, Michèle Beau-Faller, Paul Hofman, Marc G. Denis, Erwan Pencreach, Florence de Fraipont, Laboratoire de Biochimie et de Biologie Moléculaire, CHU Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Interface de Recherche Fondamentale et Appliquée en Cancérologie (IRFAC - Inserm U1113), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)-Fédération de Médecine Translationelle de Strasbourg (FMTS), Service de Pneumologie, Nouvel Hôpital Civil, Université de Strasbourg, Strasbourg, Service de Biochimie (HEGP - Biochimie), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Haut-Lévêque [CHU Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux], Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INSERM U1209, Institute for Advanced Biosciences, Laboratoire de Biochimie et Biologie Moléculaire (LILLE - Biochimie et Biol Moléculaire), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), INSERM UMR S1193, Institut de neurophysiopathologie (INP), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Transfert d'Oncologie Biologique [Hôpital Nord - APHM], Hôpital Nord [CHU - APHM]-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU), Laboratoire de Biochimie et Plateforme de Génétique Moléculaire des Cancers [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement (IRCAN), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Département de Biopathologie [Institut Curie, Paris], Institut Curie [Paris], Intergroupe Francophone de Cancérologie Thoracique [Paris] (IFCT), Intergroupe Francophone de Cancérologie thoracique, Unité d'Oncologie Thoracique-Pneumologie, CHU de Grenoble, INSERM U823, Grenoble, France., Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Service de Pneumologie - Oncologie Thoracique - Maladies Pulmonaires Rares [CHU Tenon], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital Nord [CHU - APHM], Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Pneumologie = Pneumologie - Oncologie Thoracique - Maladies Pulmonaires Rares [CHU Tenon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Ouafik, L'Houcine, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Département de pathologie [Hôpital Haut Lévêque], CHU Bordeaux [Bordeaux]-CHU Bordeaux [Bordeaux], Département de biologie intégrée, CHU Grenoble-Hôpital Michallon, Microenvironnement et Physiopathologie de la Differenciation, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Transfert d’Oncologie Biologique, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital Nord [CHU - APHM], Laboratoire de Biochimie, Unit of Pharmacogenomics, Department of Genetics, Amplitude Systèmes, Clinique de pneumologie, CHU Grenoble, Oncologie multidisciplinaire et innovations thérapeutiques [Hôpital Nord - APHM], École pratique des hautes études (EPHE)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Tenon [APHP], Institut Curie, Service de pneumologie et réanimation [CHU Tenon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Tenon [APHP], Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), École pratique des hautes études (EPHE), Aix Marseille Université (AMU)- Hôpital Nord [CHU - APHM]-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), and Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)
Subjects: 0301 basic medicine, Oncology, Male, Cancer Research, Lung Neoplasms, [SDV]Life Sciences [q-bio], non-small cell lung cancer (NSCLC), T790M, [SDV.MHEP.PSR]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pulmonology and respiratory tract, 0302 clinical medicine, Carcinoma, Non-Small-Cell Lung, Digital polymerase chain reaction, Variant allele frequency (VAF), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, 80 and over, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Hazard ratio, Variant allele, Middle Aged, Prognosis, 3. Good health, ErbB Receptors, Survival Rate, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030220 oncology & carcinogenesis, Carcinoma, Squamous Cell, Female, France, Droplet digital PCR (ddPCR), Pulmonary and Respiratory Medicine, Adult, medicine.medical_specialty, Adenocarcinoma of Lung, Non-small cell lung cancer (NSCLC), [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, 03 medical and health sciences, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Internal medicine, medicine, Biomarkers, Tumor, Humans, Clinical significance, Protein Kinase Inhibitors, Aged, Retrospective Studies, business.industry, Proportional hazards model, medicine.disease, Confidence interval, respiratory tract diseases, 030104 developmental biology, Drug Resistance, Neoplasm, Mutation, Carcinoma, Large Cell, [SDV.MHEP.PSR] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pulmonology and respiratory tract, EGFR mutation, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Follow-Up Studies
Abstract: T790M mutations inEGFR-mutated non-small cell lung cancer (NSCLC) account for nearly 50% of acquired resistance mechanisms to EGFR-TKIs. Earlier studies suggested that tumor T790M could also be detected in TKI-naïve EGFR-mutated NSCLC. The aim of the study is to assess the prevalence and clinical significance of quantification of tumor pre-treatment T790M subclones.We analyzed 366 EGFR-mutated NSCLC patients of the real-life IFCT Biomarkers France study with available pre-treatment formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tumor DNA before treatment by first/second-generation EGFR-TKI. We used ultra-sensitive Droplet Digital Polymerase Chain Reaction (ddPCR) QX200 (BIO-RAD®, Hercules, CA, USA). All samples were tested in duplicate.ddPCR identified T790M in 19/240 specimens (8%). T790M-positive and T790M-negative populations were not different for clinical baseline characteristics. T790M Variant Allele Frequency (VAF) was 0.01% 0.1%, 0.1% 1%, 1% 10%, and10% in five (26.3%), six (31.6%), six (31.6%), and two (10.5%) patients, respectively. T790M VAF was0.1% in 11/13 (84%) patients with rapid (3 months) or usual progression (3-20 months) compared to 0/3 with low progression (20 months) (p = 0.02). In a Cox model, T790M mutation positivity was correlated with overall survival (OS) and progression-free survival (PFS) for 10%VAF1% (hazard ratio [HR] = 2.83, 95% confidence interval [CI] 1.13-7.07, p = 0.03; HR=3.62, 95%CI 1.43-4.92, p = 0.007, respectively) and for VAF10% (HR = 19.14, 95%CI 4.35-84.26, p 0.001; HR = 17.89, 95%CI 2.21-144.86, p = 0.007, respectively).Ultra-sensitive detection of tumor T790M mutation concerned 8% of EGFR-mutated TKI-naïve NSCLC patients and has a negative prognostic value only for T790M VAF over 1%.
Published: 2020

2. Could a Feeding Jejunostomy be Integrated into a Standardized Preoperative Management of Oeso-gastric Junction Adenocarcinoma?

Author: Benoit Romain, Jean-Baptiste Delhorme, Cécile Brigand, Simone Manfredelli, Aina Venkatasamy, Christian Gaiddon, Serge Rohr, Département de chirurgie générale et digestive [CHU Strasbourg], Centre Hospitalier Universitaire de Strasbourg (CHU de Strasbourg ), Equipe 2 'Réponse au Stress Cellulaire & Thérapies Innovantes' / 'Stress Response & Innovative Therapies' (STREINTH - Inserm U1113), Interface de Recherche Fondamentale et Appliquée en Cancérologie (IRFAC - Inserm U1113), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)-Fédération de Médecine Translationelle de Strasbourg (FMTS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)-Fédération de Médecine Translationelle de Strasbourg (FMTS), Service de radiologie [Strasbourg], CHU Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)-Fédération de Médecine Translationelle de Strasbourg (FMTS), Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), and Gaiddon, Christian
Subjects: Male, medicine.medical_specialty, Esophageal Neoplasms, [SDV]Life Sciences [q-bio], medicine.medical_treatment, Jejunostomy, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Adenocarcinoma, Gastroenterology, Enteral administration, Preoperative care, 03 medical and health sciences, Enteral Nutrition, 0302 clinical medicine, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Stomach Neoplasms, Internal medicine, Preoperative Care, medicine, Humans, Radical surgery, Stage (cooking), Neoadjuvant therapy, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, business.industry, Perioperative, Middle Aged, Prognosis, Dysphagia, Neoadjuvant Therapy, 3. Good health, Surgery, [SDV] Life Sciences [q-bio], Parenteral nutrition, Oncology, Case-Control Studies, 030220 oncology & carcinogenesis, Female, 030211 gastroenterology & hepatology, medicine.symptom, Deglutition Disorders, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Follow-Up Studies
Abstract: International audience; PURPOSE:To evaluate the impact of a feeding jejunostomy (FJ) on the preoperative management of patients with an oesogastric adenocarcinoma (OGA).METHODS:From January 2007 to December 2014, patients with potentially resectable OGA were enrolled in a perioperative chemotherapy protocol. FJ was performed before starting perioperative treatments in patients presenting with dysphagia or with a nutritional risk index (NRI)
Published: 2017

3. Dynamic Evolution of Clonal Composition and Neoantigen Landscape in Recurrent Metastatic Melanoma with a Rare Combination of Driver Mutations

Author: Dan Lipsker, Guillaume Davidson, Gabriel G. Malouf, Marie Ennen, Irwin Davidson, Alice Kieny, Sebastien Coassolo, Erwan Pencreach, Department of Functional Genomics and Cancer [Illkirch], Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), MD Anderson Cancer Center [Houston], The University of Texas Health Science Center at Houston (UTHealth), CHU Strasbourg, and Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)
Subjects: Adult, Male, Proto-Oncogene Proteins B-raf, 0301 basic medicine, Neuroblastoma RAS viral oncogene homolog, Genome instability, Skin Neoplasms, Oncogene Proteins, Fusion, Carcinogenesis, Biopsy, DNA Mutational Analysis, MAP Kinase Kinase 1, Mutation, Missense, A Kinase Anchor Proteins, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Dermatology, Biology, medicine.disease_cause, Biochemistry, Somatic evolution in cancer, Clonal Evolution, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Antigens, Neoplasm, Exome Sequencing, medicine, Humans, Missense mutation, Melanoma, Molecular Biology, Exome sequencing, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Skin, Chromosome 7 (human), Mutation, Cell Biology, medicine.disease, Cytoskeletal Proteins, HEK293 Cells, 030104 developmental biology, 030220 oncology & carcinogenesis, Cancer research, Neoplasm Recurrence, Local
Abstract: In melanoma, initiating oncogenic mutations in BRAF or NRAS are detected in premalignant lesions that accumulate additional mutations and genomic instability as the tumor evolves to the metastatic state. Here we investigate evolution of clonal composition and neoantigen landscape in an atypical melanoma displaying recurrent cutaneous lesions over a 6-year period without development of extracutaneous metastases. Whole exome sequencing of four cutaneous lesions taken during the 6-year period identified a collection of single nucleotide variants and small insertions and deletions shared among all tumors, along with progressive selection of subclones displaying fewer single nucleotide variants. Later tumors also displayed lower neoantigen burden compared to early tumors, suggesting that clonal evolution was driven, at least in part, by counter selection of subclones with high neoantigen burdens. Among the selected mutations are a missense mutation in MAP2K1 (F53Y) and an inversion on chromosome 7 generating a AKAP9-BRAF fusion. The mutant proteins cooperatively activate the MAPK signaling pathway confirming they are potential driver mutations of this tumor. We therefore describe the long-term genetic evolution of cutaneous metastatic melanoma characterized by an unexpected phenotypic stability and neoantigen-driven clonal selection.
Published: 2019

4. Cost of exome analysis in patients with intellectual disability: a micro-costing study in a French setting

Author: Soilly, Al, Robert-Viard, C, Besse, C, Bruel, Al, Gerard, B, Boland, A, Piton, A, Duffourd, Y, Muller, J, Poë, C, Jouan, T, El Doueiri, S, Faivre, L, Bacq-Daian, D, Isidor, B, Genevieve, D, Odent, S, Philip, N, Doco-Fenzy, M, Lacombe, D, Asensio, Ml, Deleuze, Jf, Binquet, C, Thauvin-Robinet, C, Lejeune, C, Arpin, S, Blanchet, P, Blesson, S, Boute-Benejean, O, Busa, T, Colin, E, Coubes, C, Devillard, F, Edery, P, El Chehadeh, S, Fradin, M, Goldenberg, A, Guerrot, A-M, Herenger, Y, Houcinat, N, Jean-Marcais, N, Jouk, P., Lambert, L, Lavillaureix, A, Legendre, M, Leheup, B, Manouvrier, S, Mercier, S, Moutton, S, Nizon, M, Pasquier, L, Petit, F, Pinson, L, Poirsier, C, Pons, L, Putoux, A, Quelin, C, Renaud, M, Rossi, M, Sorlin, A, Spodenkiewicz, M, Thevenon, J, Toutain, A, Van-Gils, J, Vanlerberghe, C, Verloes, A, Vincent, M, Vincent-Delorme, C, Willems, M, Ziegler, A, CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre d'Investigation Clinique 1432 (Dijon) - Epidemiologie Clinique/Essais Cliniques (CIC-EC), Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Génotypage (CNG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service de génétique médicale [Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Arnaud de Villeneuve, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), CHU Pontchaillou [Rennes], Département de génétique médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de génétique médicale, Université de Bordeaux (UB)-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), FHU TRANSLAD (CHU de Dijon), and This study was funded by the French Ministry of Health as part of the 2015 Medico-Economic Research Program.
Subjects: Exome sequencing, MESH: France, MESH: Exome, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, MESH: Humans, Cost analysis, Intellectual disability, Micro-costing, MESH: Intellectual Disability
Abstract: Background: With the development of next generation sequencing technologies in France, exome sequencing (ES) has recently emerged as an opportunity to improve the diagnosis rate of patients presenting an intellectual disability (ID). To help French policy makers determine an adequate tariff for ES, we aimed to assess the unit cost per ES diagnostic test for ID from the preparation of the pre-analytical step until the report writing step and to identify its main cost drivers.Methods: A micro-costing bottom-up approach was conducted for the year 2018 in a French setting as part of the DISSEQ study, a cost-effectiveness study funded by the Ministry of Health and performed in collaboration with the GAD (Génétique des Anomalies du Développement), a genetic team from the Dijon University Hospital, and a public sequencing platform, the Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH). The analysis was conducted from the point of view of these two ES stakeholders. All of the resources (labor, equipment, disposables and reagents, reusable material) required to analyze blood samples were identified, collected and valued. Several sensitivity analyses were performed.Results: The unit nominal cost per ES diagnostic test for ID was estimated to be €2,019.39. Labor represented 50.7% of the total cost. The analytical step (from the preparation of libraries to the analysis of sequences) represented 88% of the total cost. Sensitivity analyses suggested that a simultaneous price decrease of 20% for the capture kit and 50% for the sequencing support kit led to an estimation of €1,769 per ES diagnostic test for ID.Conclusion: This is the first estimation of ES cost to be done in the French setting of ID diagnosis. The estimation is especially influenced by the price of equipment kits, but more generally by the organization of the centers involved in the different steps of the analysis and the time period in which the study was conducted. This information can now be used to define an adequate tariff and assess the efficiency of ES.Trial registration: ClinicalTrials.gov identifier NCT03287206 on September 19, 2017.
Published: 2023

5. Influence of preoperative life satisfaction on recovery and outcomes after colorectal cancer surgery - a prospective pilot study

Author: Cécile Brigand, Martin Hübner, S. Schimchowitsch, Jean-Baptiste Delhorme, O. Rohmer, Serge Rohr, Dominique Guenot, Benoit Romain, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), CHU Strasbourg, Laboratoire de Psychologie des Cognitions (LPC), Université de Strasbourg (UNISTRA), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)
Subjects: Male, Colorectal cancer, medicine.medical_treatment, [SHS.PSY]Humanities and Social Sciences/Psychology, Pilot Projects, Personal Satisfaction, 0302 clinical medicine, Quality of life, Surveys and Questionnaires, Colorectal cancer surgery, Prospective Studies, 030212 general & internal medicine, media_common, Rehabilitation, General Medicine, Middle Aged, Colorectal surgery, 3. Good health, Treatment Outcome, Feeling, 030220 oncology & carcinogenesis, Preoperative Period, lcsh:R858-859.7, Female, Life satisfaction, Colorectal Neoplasms, medicine.medical_specialty, media_common.quotation_subject, Pain, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, lcsh:Computer applications to medicine. Medical informatics, Young Adult, 03 medical and health sciences, Postoperative complications, medicine, Humans, Aged, Colorectal Neoplasms/psychology, Colorectal Neoplasms/surgery, Length of Stay/statistics & numerical data, Postoperative Complications/psychology, Quality of Life, Sleep, business.industry, Research, Public Health, Environmental and Occupational Health, Cancer, Length of Stay, medicine.disease, Physical therapy, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, business
Abstract: Background Colorectal surgery has an important impact on a patient’s quality of life, and postoperative rehabilitation shows large variations. To enhance the understanding of recovery after colorectal cancer, health-related quality of life has become a standard outcome measurement for clinical care and research. Therefore, we aimed to correlate the influence of preoperative global life satisfaction on subjective feelings of well-being with clinical outcomes after colorectal surgery. Methods In this pilot study of consecutive colorectal surgery patients, various dimensions of feelings of preoperative life satisfaction were assessed using a self-rated scale, which was validated in French. Both objective (length of stay and complications) and subjective (pain, subjective well-being and quality of sleep) indicators of recovery were evaluated daily during each patient’s hospital stay. Results A total of 112 patients were included. The results showed a negative relationship between life satisfaction and postoperative complications and a significant negative correlation with the length of stay. Moreover, a significant positive correlation between life satisfaction and the combined subjective indicators of recovery was observed. Conclusion We have shown the importance of positive preoperative mental states and global life satisfaction as characteristics that are associated with an improved recovery after colorectal surgery. Therefore, patients with a good level of life satisfaction may be better able to face the consequences of colorectal surgery, which is a relevant parameter in supportive cancer care.
Published: 2018

6. Clinical validation of the CE-IVD marked Therascreen MGMT kit in a cohort of glioblastoma patients

Author: Audrey Lavenu, Dominique Figarella-Branger, Dan Cristian Chiforeanu, Catherine Carpentier, Guenaelle Levallet, Elodie Vauleon, Olivier Chinot, Lucie Karayan-Tapon, David Meyronet, Emmanuèle Lechapt Zalcman, Fabienne Escande, François Ducray, Frédéric Fina, Marc Sanson, Carole Ramirez, Véronique Quillien, Michèle Legrain, Natacha Entz-Werle, Pierre Rivet, Chemistry, Oncogenesis, Stress and Signaling (COSS), Université de Rennes (UR)-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Eugène Marquis (CRLCC), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Département de neurooncologie, Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Service d'Anatomo-Cyto-Pathologie et de NeuroPathologie [Hôpital de la Timone - APHM] (ACPNP), Aix Marseille Université (AMU)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire de neurosciences expérimentales et cliniques (LNEC), Université de Poitiers-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Département d'Oncologie Pédiatrique [CHU Hautepierre, Strasbourg], Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Département de Pathologie [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), CHU Pontchaillou [Rennes], CRLCC Eugène Marquis (CRLCC), Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie (CRO2), Aix Marseille Université (AMU)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Funding was provided by the French Ministry of Health (Support for Costly Cancer Technical Evaluation – STIC – Gov-0478)., Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de neurologie 2 [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Aix Marseille Université (AMU), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Sorbonne Universités, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], and Jonchère, Laurent
Subjects: Oncology, Male, Cancer Research, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Kaplan-Meier Estimate, In vitro diagnostic, 0302 clinical medicine, MGMT methylation, DNA Modification Methylases, Potential impact, Brain Neoplasms, General Medicine, Methylation, Middle Aged, Prognosis, Grey zone, pyrosequencing, 030220 oncology & carcinogenesis, Cohort, Female, CE-IVD kit, Adult, medicine.medical_specialty, Medical device, Adolescent, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, 03 medical and health sciences, Young Adult, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Internal medicine, Genetics, Overall survival, medicine, Biomarkers, Tumor, Humans, Genetic Testing, Aged, business.industry, Tumor Suppressor Proteins, [SDV.NEU.NB] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Reproducibility of Results, DNA Methylation, medicine.disease, DNA Repair Enzymes, CpG Islands, Reagent Kits, Diagnostic, business, Glioblastoma, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; BACKGROUND: Pyrosequencing is recognized as a strong technique to analyze the MGMT status of glioblastoma patients. The most commonly used assay, quantifies the methylation levels of CpGs 74 to 78. A more recent CE-marked In Vitro Diagnostic Medical Device (CE-IVD) assay, Therascreen, analyzes CpGs 76-79.METHODS: We performed a comparison of these two assays to evaluate the potential impact of this shift in analyzed CpGs. Therascreen analysis was centrally performed for 102 glioblastoma patients, who were part of a prospective multicenter trial.RESULTS: A strong correlation was observed for the mean values of the 4 or 5 analyzed CpGs, with lower values recorded using the Therascreen assay, especially for values greater than 20%. When considering a classification in 3 categories (> 12%: methylated; ⩽ 8%: unmethylated; 9-12%: grey zone), 93% of patients were identically classified between the two assays. Using a binary classification, 95% and 97% of patients were identically classified with cut-offs of 8% and 12%, respectively. A strong prognostic significance was observed for both assays: median overall survival were 15.9 months and 34.9 months for respectively unmethylated and methylated patients with either test. CONCLUSION: The results demonstrate that these assays may be used interchangeably.
Published: 2017

7. Poly-(ADP-ribose)-polymerase inhibitors as radiosensitizers: a systematic review of pre-clinical and clinical human studies

Author: Georges Noël, Yannick Saintigny, Jean-Louis Habrand, Waisse Waissi, Paul Lesueur, Florence Joly, Hélène Burckel, Jean-Baptiste Austry, François Chevalier, Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Laboratoire d'Accueil et de Recherche avec les Ions Accélérés (LARIA), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Service d'Oncologie médicale [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU), Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse (CRLC François Baclesse ), Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre Paul Strauss, CRLCC Paul Strauss, University of Washington [Seattle], Cancers et préventions, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Chevalier, Francois
Subjects: 0301 basic medicine, DNA repair, Poly ADP ribose polymerase, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Review, Synthetic lethality, Poly (ADP-Ribose) Polymerase Inhibitor, poly(ADP-ribose)-polymerase inhibitors, Chromatin remodeling, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Medicine, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, radiotherapy, business.industry, BRCA mutation, Cancer, medicine.disease, 3. Good health, 030104 developmental biology, Oncology, radiobiology, 030220 oncology & carcinogenesis, PARP inhibitor, Cancer research, radiosensitization, business
Abstract: International audience; Background: Poly-(ADP-Ribose)-Polymerase (PARP) inhibitors are becoming important actors of anti-neoplasic agents landscape, with recent but narrow FDA's approvals for ovarian BRCA mutated cancers and prostatic cancer. Nevertheless, PARP inhibitors are also promising drugs for combined treatments particularly with radiotherapy. More than seven PARP inhibitors have been currently developed. Central Role of PARP in DNA repair, makes consider PARP inhibitor as potential radiosensitizers, especially for tumors with DNA repair defects, such as BRCA mutation, because of synthetic lethality. Furthermore the replication-dependent activity of PARP inhibitor helps to maintain the differential effect between tumoral and healthy tissues. Inhibition of chromatin remodeling, G2/M arrest, vasodilatory effect induced by PARP inhibitor, also participate to their radio-sensitization effect. Materials and Methods: Here, after highlighting mechanisms of PARP inhibitors radiosensitization we methodically searched PubMed, Google Scholar, Cochrane Databases and meeting proceedings for human pre-clinical and clinical studies that evaluated PARP inhibitor radiosensitizing effect. Enhancement ratio, when available, was systematically reported. Results: Sixty four studies finally met our selection criteria and were included in the analysis. Only three pre-clinical studies didn't find any radiosensitizing effect. Median enhancement ratio vary from 1,3 for prostate tumors to 1,5 for lung cancers. Nine phase I or II trials assessed safety data. Conclusion: PARP inhibitors are promising radiosensitizers, but need more clinical investigation. The next ten years will be determining for judging their real potential.
Published: 2017

8. Trends in net survival from liver cancer in six European Latin countries

Author: Ferretti, Stefano, Bossard, Nadine, Binder-Fouchard, Florence, Faivre, Jean, Bordoni, Andrea, Biavati, Patrizia, Frassoldati, Antonio, University of Ferrara [Ferrara], Registro tumori dell'area vasta Emilia centrale, Service de Biostatistiques [Lyon], Hospices Civils de Lyon (HCL), Biostatistiques santé, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Registre Bourguignon des Cancers Digestifs, Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Equipe EPICAD (LNC - U1231), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Registro Tumori Canton Ticino, University Hospital of Ferrara, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Università degli Studi di Ferrara (UniFE), Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)-Institut Régional du Cancer-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-CHU Strasbourg, Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ) -Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), and Università degli Studi di Ferrara = University of Ferrara (UniFE)
Subjects: Europe, Trends in survival, Net survival, Excess mortality rate, Hepatocellular-carcinoma, Cancer registries, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Liver cancer, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer
Abstract: IF 2.415; International audience; Liver cancer represents a major clinical challenge. The aim of the SUDCAN collaborative study was to compare the net survival from liver cancer between six European Latin countries (Belgium, France, Italy, Portugal, Spain and Switzerland) and provide trends in net survival and dynamics of excess mortality rates (EMRs) up to 5 years after diagnosis. The data were extracted from the EUROCARE-5 database. First, net survival was studied over the period 2000-2004 using the Pohar-Perme estimator. For trend analyses, the study period was specific to each country. Results are reported from 1992 to 2004 in France, Italy, Spain and Switzerland and from 2000 to 2004 in Belgium and Portugal. These trend analyses were carried out using a flexible excess-rate modeling strategy. There were little differences between the six countries in the 5-year age-standardized net survival (2000-2004): it ranged from 13% (France and Portugal) to 16% (Belgium). An increase in the net age-standardized survival was observed in all countries between 1992 and 2004, both at 1 year and at 5 years (the highest in Spain, the lowest in France). Generally, patients aged 60 years showed the highest increase. There was a progressive decrease in EMR over the 5-year-period following diagnosis. The study confirmed the poor prognosis of liver cancer. Innovative treatments might improve the prognosis as well as preventive screening of cirrhotic patients with good liver function. Efforts are also needed to improve registration practices. Copyright (C) 2017 Wolters Kluwer Health, Inc. All rights reserved.
Published: 2017

9. To Drain or Not to Drain Infraperitoneal Anastomosis After Rectal Excision for Cancer

Author: Denost, Quentin, Rouanet, Philippe, Faucheron, Jean-Luc, PANIS, Yves, Meunier, Bernard, Cotte, Eddy, Meurette, Guillaume, Kirzin, Sylvain, Sabbagh, Charles, Loriau, Jèrôme, Benoist, Stéphane, Mariette, Christophe, Sielezneff, Igor, Lelong, Bernard, Mauvais, François, Romain, Benoît, Barussaud, Marie-Line, Germain, Christine, Picat, Marie-Quitterie, Rullier, Eric, Laurent, Christophe, Bioingénierie tissulaire (BIOTIS), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Surgical Oncology, Centre Val d'Aurelle, Unité de Chirurgie Colorectale, CHU Grenoble, Hôpital Beaujon, Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Laboratoire de chimie de coordination (LCC), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de chirurgie oncologique, Hospices Civils de Lyon (HCL), Clinique de Chirurgie Digestive et Endocrinienne [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department Digestion and Oncology Surgery, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Service de Chirurgie générale et digestive [CHU Le Kremlin-Bicêtre], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Service d'oncologie digestive et hépato-gastro-entérologie [Hôpital de la Timone - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Vascular research center of Marseille (VRCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Service de chirurgie thoracique cardiaque et vasculaire [Rennes] = Thoracic and Cardiovascular Surgery [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Unité de Soutien Méthodologique à la Recherche Clinique (USMR), CHU Bordeaux [Bordeaux], Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'investigation clinique et d'épidémiologie clinique 7 (CIC-EC7), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Cancéropôle du Grand Sud-Ouest, Vibrateam, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER-UNICANCER-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Cancéropôle du Grand Sud-Ouest, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Service de chirurgie thoracique cardiaque et vasculaire [Rennes], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), and Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Cancéropôle du Grand Sud-Ouest
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2017

10. Estimation de l’incidence des hémopathies malignes en France entre 1980 et 2012

Author: X. Troussard, F. Binder-Foucard, Marc Maynadié, S. Le Guyader-Peyrou, Laurent Remontet, Nadine Bossard, Alain Monnereau, Aurélien Belot, Registre des hémopathies malignes de la Gironde, Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER-UNICANCER, FRANCIM, Réseau des registres français du cancer, Service de Biostatistiques [Lyon], Hospices Civils de Lyon (HCL), Biostatistiques santé, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département des maladies chroniques et traumatismes, Institut de Veille Sanitaire (INVS), Registre des hémopathies malignes de Côte d'Or, Centre d'épidémiologie des populations (CEP), Université de Bourgogne (UB)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), Service santé publique [CHU Strasbourg], CHU Strasbourg, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Laboratoire d'Hématologie Biologique [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Registre des hémopathies malignes de Basse-Normandie [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Cancer environnement (EPICENE ), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux, Université de Bourgogne (UB)-Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d'épidémiologie des populations ( CEP ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Université de Lyon, Laboratoire d'hématologie biologique [Caen], Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -CHU Caen, Registre des hémopathies malignes de Basse-Normandie, Cancer environnement ( EPICENE ), Bordeaux population health ( BPH ), and Université de Bordeaux ( UB ) -Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Bordeaux ( UB ) -Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
Subjects: Adult, Male, Oncology, Pediatrics, medicine.medical_specialty, Registry, Adolescent, Epidemiology, Chronic lymphocytic leukemia, Follicular lymphoma, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Hematological malignancies, Young Adult, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Neoplasms, Internal medicine, medicine, Humans, Registries, Aged, Aged, 80 and over, business.industry, Myelodysplastic syndromes, Incidence (epidemiology), Incidence, Public Health, Environmental and Occupational Health, Cancer, [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Hémopathies malignes, Middle Aged, Plasma cell neoplasm, medicine.disease, 3. Good health, Lymphoma, Cancer registry, Tendances, Hematologic Neoplasms, 030220 oncology & carcinogenesis, Female, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, France, Trends, business, Registre de population, 030215 immunology
Abstract: International audience; BACKGROUND:The classification of hematological malignancies (HMs) has changed in recent decades. For the first time, the French network of cancer registries (Francim) provides estimates for incidence and trends of HM in France between 1980 and 2012 for major HM subtypes.METHODS:Incidence was directly estimated by modeling the incidence rates measured in the cancer registry area. For each HM subtype, a "usable incidence period" was defined a priori, corresponding to the years for which all the registries collected them in a homogeneous way. For both sexes and each HM subtype, age-period-cohort models were used to estimate national incidence trends.RESULTS:Overall in France, there were an estimated 35,000 new HMs in 2012 (19,400 in men and 15,600 in women). Lymphoid malignancies accounted for more than two-thirds of HM incident cases (n=25,136). The incidence sex ratio (M/F) varied from 1.1 for classical Hodgkin lymphoma to 4.0 for mantle-cell lymphoma. The median age at diagnosis ranged from 62 to 81 years according to the major HM subtypes. Overall in both sexes, the top five most frequent HMs in 2012 were plasma cell neoplasm (about 4900 estimated cases), chronic lymphocytic leukemia/small lymphocytic lymphoma (4500 cases), diffuse large B-cell lymphoma and myelodysplastic syndromes (4100 cases), and acute myeloid leukemia (2800 cases). The incidence rates increased for follicular lymphoma and plasma cell neoplasm during the study period in both sexes. Classical Hodgkin lymphoma was relatively stable in men between 1980 and 2012 and increased in both sexes during the most recent period. Chronic myeloproliferative neoplasms, other than chronic myelogenous leukemia, are the only subtype that showed a slightly downward trend in incidence between 2003 and 2012 in both sexes.CONCLUSION:The striking differences in the incidence patterns by histologic subtype strongly suggest a certain level of etiologic heterogeneity among hematological malignancies and support the pursuit of epidemiologic analysis by subtype for HMs in international studies. Age-standardized incidence rates are essential to analyze trends in risk, whereas the number of incident cases is necessary to make provisions for healthcare resources and to evaluate the overall burden of HM.; Position du problème :La classification des hémopathies malignes a considérablement évolué ces dernières années. Pour la première fois en France, les registres publient l’incidence et les tendances des principaux sous-types d’hémopathies malignes en population entre 1980 et 2012.Méthodes :L’incidence a été estimée directement à partir de la modélisation de l’incidence de la zone registre. Pour chacune des entités, une « période d’incidence utilisable » a été préalablement définie : cette période correspond aux années pour lesquelles l’ensemble des registres du réseau Francim a recueilli de façon homogène l’entité correspondante. En fonction des entités, l’estimation a donc porté sur des périodes de longueur différente.Résultats :En 2012, 35 000 hémopathies malignes ont été diagnostiquées en France (19 400 chez l’homme et 15 600 chez la femme). Les hémopathies lymphoïdes représentaient plus des deux tiers des cas incidents (n=25 136). Le sex-ratio (H/F) variait de 1,1 pour le lymphome de Hodgkin classique, à 4,0 pour le lymphome du manteau. L’âge médian au diagnostic s’échelonnait de 62 à 81ans pour les principales hémopathies. Considérant les deux sexes, les cinq plus fréquents sous-types d’hémopathie maligne en 2012 étaient : le myélome/plasmocytome (4900 cas incidents), la leucémie lymphoïde chronique (4500 cas), le lymphome diffus à grandes cellules B et les syndromes myélodysplasiques (4100 cas), et les leucémies aiguës myéloïdes (2800 cas). Les taux standardisés d’incidence (population Monde) variaient selon le type d’hémopathie maligne considéré et le sexe : l’incidence a augmenté dans les deux sexes pour le lymphome folliculaire et les myélomes, le lymphome de Hodgkin classique est resté relativement stable chez l’homme entre 1980 et 2012 alors qu’il a augmenté dans les deux sexes durant la période la plus récente. À l’inverse, l’incidence a diminué entre 2003 et 2012 uniquement pour les syndromes myéloprolifératifs (hors leucémie myéloïde chronique).Conclusion :Les fortes disparités d’incidence par sous-type histologique suggèrent un certain degré d’hétérogénéité étiologique entre les différentes hémopathies malignes et justifient la poursuite d’études étiologiques par sous-type, en particulier au sein de collaborations internationales. L’estimation de l’incidence et des tendances reste nécessaire pour la planification des soins et l’évaluation de la charge globale des hémopathies malignes.
Published: 2016

11. Link between traditional cardiovascular risk factors and inflammation in patients with early arthritis: Results from a French Multicenter Cohort

Author: Boyer, Jean, Bongard, Vanina, Cantagrel, Alain, Jamard, Bénédicte, Gottenberg, Jacques-Eric, Mariette, Xavier, Davignon, Jean, Ferrières, Jean, Ruidavets, Jean, Dallongeville, Jean, Arveiler, Dominique, Cambon-Thomsen, Anne, Constantin, Arnaud, Saraux, Alain, CHU Toulouse [Toulouse], Epidémiologie et analyses en santé publique : risques, maladies chroniques et handicaps (LEASP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Hôpital Bicêtre, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biomolécules et inflammation pulmonaire, Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Droit et Santé, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Centre d'Investigation Clinique INSERM 1412 (CIC 1412 - BREST), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Lymphocyte B et Auto-immunité (LBAI), Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO), CHRU Brest - Service de Rhumatologie (CHU - BREST - Rhumato), An unrestricted grant from Merck Sharp & Dohme (MSD)was allocated for the first 5 years. Two additional grantsfrom INSERM were obtained to support part of the biologicdatabase. The ESPOIR cohort study was also supported bythe French Society of Rheumatology, Abbott, Wyeth-Pfizer,and Roche., We thank Pascale Roux‐Lombard and Jean‐Michel Dayer, Division of Immunology and Allergy, University Hospital of Geneva, Geneva, Switzerland, for quantification of serum IL‐6, and Ms Nathalie Rincheval, Laboratoire Biostatistique et Epidémiologie, Institut Universitaire de Recherche Clinique, Montpellier, France, for data management and technical support. We also wish to thank all of the investigators who recruited and followed the patients (F. Berenbaum, Paris‐Saint Antoine, M.‐C. Boissier, Paris‐Bobigny, B. Combe, Montpellier, M. Dougados, Paris‐Cochin, P. Fardelonne, P. Boumier, Amiens, B. Fautrel, P. Bourgeois, Paris‐La Pitié, R.‐M. Flipo, Lille, Ph. Goupille, Tours, F. Liote, Paris‐Lariboisière, X. Le Loet, O. Vittecoq, Rouen, O. Meyer, Paris‐Bichat, A. Saraux, Brest, Th. Schaeverbeke, Bordeaux, J. Sibilia, Strasbourg, France)., Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Centre d'Investigation Clinique (CIC - Brest), Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Blood Glucose, Male, MESH: Inflammation, [SDV]Life Sciences [q-bio], Arthritis, Blood Pressure, 030204 cardiovascular system & hematology, Systemic inflammation, Gastroenterology, Cohort Studies, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Risk Factors, MESH: Risk Factors, MESH: Early Diagnosis, MESH: Incidence, MESH: Cohort Studies, MESH: Aged, MESH: Middle Aged, Incidence, MESH: Blood Pressure, Middle Aged, MESH: Case-Control Studies, 3. Good health, Pulse pressure, C-Reactive Protein, Cardiovascular Diseases, Cohort, Female, lipids (amino acids, peptides, and proteins), France, MESH: Cholesterol, HDL, medicine.symptom, MESH: Cholesterol, LDL, Adult, MESH: Triglycerides, medicine.medical_specialty, MESH: Arthritis, 03 medical and health sciences, Rheumatology, Internal medicine, MESH: C-Reactive Protein, medicine, Humans, Risk factor, Triglycerides, Aged, Inflammation, 030203 arthritis & rheumatology, MESH: Humans, Interleukin-6, business.industry, Cholesterol, Cholesterol, HDL, MESH: Cardiovascular Diseases, MESH: Adult, Cholesterol, LDL, medicine.disease, MESH: Interleukin-6, MESH: Male, MESH: France, Early Diagnosis, Blood pressure, Endocrinology, chemistry, Case-Control Studies, MESH: Blood Glucose, business, MESH: Female, Lipoprotein
Abstract: Objective To compare the characteristics of traditional cardiovascular risk factors for untreated patients with early arthritis (EA) and healthy subjects, and to look for a link between cardiovascular risk factors and inflammation in EA patients. Methods This multicenter case–control study enrolled 607 patients with EA (ESPOIR cohort) and 1,821 age- and sex-matched controls (World Health Organization MONICA survey). Lipid levels, blood pressure, glucose levels, and exposure to smoking were characterized in patients and controls. Systemic inflammation was quantified in EA patients. Traditional cardiovascular risk factor characteristics were compared between patients with EA and controls. The link between cardiovascular risk factors and inflammation was assessed in EA patients. Results Mean ± SEM total cholesterol (2.14 ± 0.022 versus 2.34 ± 0.017 gm/liter; P < 0.001), high-density lipoprotein (HDL) cholesterol (0.60 ± 0.011 versus 0.63 ± 0.007 gm/liter; P = 0.020), and low-density lipoprotein (LDL) cholesterol (1.28 ± 0.025 versus 1.51 ± 0.016 gm/liter; P < 0.001) were lower in EA patients than in controls. Triglycerides, triglycerides/HDL ratio, and pulse pressure were higher in patients with EA. Diastolic blood pressure and glucose levels were lower in EA patients. Former or current smokers were more frequent in patients with EA. Total and HDL cholesterol levels were negatively associated with C-reactive protein or serum interleukin-6 levels. Conclusion Total, HDL, and LDL cholesterol, triglycerides, diastolic blood pressure, pulse pressure, glucose, and triglycerides/HDL ratio differ between patients with EA and controls. Some of these risk factors appear to be linked to systemic inflammation. Such initial differences could modulate the risk of cardiovascular events later in the course of arthritis.
Published: 2012

12. Antenatal ultrasound features of isolated recurrent copy number variation in 7q11.23 (Williams syndrome and 7q11.23 duplication syndrome)

Author: Cécile Courdier, John Boudjarane, Valérie Malan, Christine Muti, Brian Sperelakis‐Beedham, Sylvie Odent, Sylvie Jaillard, Chloé Quelin, Cédric Le Caignec, Olivier Patat, Charlotte Dubucs, Sophie Julia, Caroline Schluth‐Bolard, Carole Goumy, Sylvia Redon, Jean‐Baptiste Gaillard, Minh Tuan Huynh, Céline Dupont, Anne‐Claude Tabet, Guillaume Cogan, François Vialard, Rodolphe Dard, Guillaume Jedraszak, Florence Jobic, Mathilde Lefebvre, Geneviève Quenum, Saori Inai, Mélanie Rama, Fanny Sauvestre, Frédéric Coatleven, Julie Thomas, Caroline Rooryck, Hôpital Pellegrin, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (CHV), Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de Cytogénétique et de Biologie Cellulaire, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Service Génétique Médicale [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Unité différenciation épidermique et auto-immunité rhumatoïde (UDEAR), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Cytogénétique Constitutionnelle [Hospices civils de Lyon], Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Service de Cytogénétique Médicale [CHU Clermont-Ferrand], CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (UMR 1078) (GGB), EFS-Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO), Unité de Génétique Chromosomique [Montpellier], Département de Génétique Médicale, Maladies Rares et Médecine Personnalisée [Montpellier], Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], CHI Poissy-Saint-Germain, Biologie de la Reproduction, Environnement, Epigénétique & Développement (BREED), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CHU Amiens-Picardie, HEMATIM - Hématopoïèse et immunologie - UR UPJV 4666 (HEMATIM), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de génétique médicale et oncogénétique [CHU Amiens Picardie], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Libourne, Service de Génétique Médicale [Lille], Institut de génétique médicale-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de pathologie [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux (CHU de Bordeaux), Hôpital Haut-Lévêque [CHU Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux], Laboratoire Maladies Rares: Génétique et Métabolisme (Bordeaux) (U1211 INSERM/MRGM), Université de Bordeaux (UB)-Groupe hospitalier Pellegrin-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and None
Subjects: [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Obstetrics and Gynecology, Genetics (clinical), [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Objective: We aimed to gather fetal cases carrying a 7q11.23 copy number variation (CNV) and collect precise clinical data to broaden knowledge of antenatal features in these syndromes.Methods: We retrospectively recruited unrelated cases with 7q11.23 deletion, known as Williams-Beuren syndrome (WBS), or 7q11.23 duplication who had prenatal ultrasound findings. We collected laboratory and clinical data, fetal ultrasound, cardiac ultrasound and fetal autopsy reports from 18 prenatal diagnostic centers throughout France.Results: 40 fetuses with WBS were collected and the most common features were intra-uterine growth retardation (IUGR) (70.0%, 28/40), cardiovascular defects (30.0%, 12/40), polyhydramnios (17.5%, 7/40) and protruding tongue (15.0%, 6/40). Fetal autopsy reports were available for 11 cases and were compared with ultrasound prenatal features. Four cases of fetuses with 7q11.23 microduplication were collected and prenatal ultrasound signs were variable and often isolated.Conclusion: This work strengthens the fact that 7q11.23 CNVs are associated with a broad spectrum of antenatal presentations. IUGR and cardiovascular defects were the most frequent ultrasound signs. By reporting the biggest series of antenatal WBS, we aim to better delineate distinctive signs in fetuses with 7q11.23 CNVs.
Published: 2023

13. Dairy intakes, erythrocyte membrane phospholipid fatty acids and cardiovascular risk

Author: Bongard, V., Kai, S. Huo Yung, Simon, C., Dallongeville, J., Arveiler, D., Ruidavets, J. B., Wagner, A., Amouyel, P., Sébédio, Jean-Louis, Ferrieres, J., Biostatistiques et Informatique Médicale [Toulouse], Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Epidémiologie et analyses en santé publique : risques, maladies chroniques et handicaps (LEASP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Endocrinologie-Diabétologie-Maladies de la nutrition, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Université Lille Nord de France (COMUE), Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, European Society of Cardiology. FRA., Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), and Université de Toulouse (UT)
Subjects: [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Supplément 1; International audience
Published: 2015

14. Fourier-transform infrared imaging and clustering: toward an automated histology of normal colon

Author: Nguyen, Thi Nguyet Que, Jeannesson, Pierre, Groh, Audrey, Guenot, Dominique, Gobinet, Cyril, Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 (MEDyC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe Biophotonique et Technologies pour la Santé, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Cancéropôle Grand Est, Ligue contre le Cancer, URCA technological platform of cellular and tissular imaging PICT-IBiSA, Région Champagne-Ardenne, Région Alsace, MESR, SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), and Frouin, Frédérique
Subjects: [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Image Processing, Signal Processing, Optical Imaging, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering
Abstract: Congrès sous l’égide de la Société Française de Génie Biologique et Médical (SFGBM).; National audience; Fourier-transform infrared (FTIR) imaging is currently used as a non-destructive and label free method for analyzing biological specimens. Combined with unsupervised clustering method, this biophotonic approach allows to perform a spectral histopathology of human tissues. However, this method requires the subjective choice of the number of clusters. To overcome this problem, we developed a hierarchical double application of 9 cluster validity indices (CVIs) using K-Means clustering. Applying this approach to FTIR images of normal human colon tissue samples, PBM and SI reveal to be the most efficient indices in retreving the main structures of colon histology. These results suggest that the hierarchical double CVI application is thus a promising method for an automated spectral histology.
Published: 2015

15. Optimal Spectral Histology of Human Normal Colon by Genetic Algorithm

Author: Farah, Ihsen, Nguyen, Thi Nguyet Que, Groh, Audrey, Guenot, Dominique, Jeannesson, Pierre, Gobinet, Cyril, Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 (MEDyC), SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe Biophotonique et Technologies pour la Santé, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Cancéropôle Grand-Est, Ligue contre le Cancer, URCA technological platform of cellular and tissular imaging PICT-IBiSA, Région Champagne-Ardenne, Région AlsaceMESR, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), and Frouin, Frédérique
Subjects: [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, ComputingMethodologies_PATTERNRECOGNITION, Image Processing, Signal Processing, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Optical imaging
Abstract: National audience; Fourier transform infrared (FTIR) imaging combined with unsupervised clustering method, such as k-means, achieves a real histology of human tissues. This technique has been successfully applied to diagnose different cancers. However, the clustering methods used in spectral histology are local search algorithms, i.e. these methods converge to a local optimum. Metaheuristics are effective methods to overcome this problem and to reach the optimal solution. In this work, we propose a genetic algorithm for the optimal clustering of FTIR images of normal human colon tissues. The obtained results show the efficiency of the proposed genetic algorithm to retrieve more precisely than k-means the structures of normal colon.
Published: 2015

16. Anti-CD20 therapies in multiple sclerosis: From pathology to the clinic

Author: Jérôme de Sèze, Elisabeth Maillart, Antoine Gueguen, David A. Laplaud, Laure Michel, Eric Thouvenot, Hélène Zephir, Luc Zimmer, Damien Biotti, Roland Liblau, Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, CIC Strasbourg (Centre d’Investigation Clinique Plurithématique (CIC - P) ), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rothschild [Paris], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pontchaillou [Rennes], Microenvironment and B-cells: Immunopathology,Cell Differentiation, and Cancer (MOBIDIC), Université de Rennes (UR)-Etablissement français du sang [Rennes] (EFS Bretagne)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Lille Neurosciences & Cognition - U 1172 (LilNCog), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (Infinity), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Novartis
Subjects: ublituximab, rituximab, ocrelizumab, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, Immunology and Allergy, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, multiple sclerosis, anti-CD20, ofatumumab
Abstract: International audience; The immune system plays a significant role in multiple sclerosis. While MS was historically thought to be T cell-mediated, multiple pieces of evidence now support the view that B cells are essential players in multiple sclerosis pathogenic processes. High-efficacy disease-modifying therapies that target the immune system have emerged over the past two decades. Anti-CD20 monoclonal antibodies selectively deplete CD20+ B and CD20+ T cells and efficiently suppress inflammatory disease activity. These monotherapies prevent relapses, reduce new or active magnetic resonance imaging brain lesions, and lessen disability progression in patients with relapsing multiple sclerosis. Rituximab, ocrelizumab, and ofatumumab are currently used in clinical practice, while phase III clinical trials for ublituximab have been recently completed. In this review, we compare the four anti-CD20 antibodies in terms of their mechanisms of action, routes of administration, immunological targets, and pharmacokinetic properties. A deeper understanding of the individual properties of these molecules in relation to their efficacy and safety profiles is critical for their use in clinical practice.
Published: 2023

17. Second cancer among cancer survivors : incidence and impact on survival

Author: Jégu, Jérémie, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Université de Strasbourg, Michel Velten, STAR, ABES, and Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)
Subjects: animal structures, Survival, Seconds cancers, Epidemiology, Incidence, fungi, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Epidémiologie, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Second cancers, Registre des cancers, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Survie, Cancer registries, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, France
Abstract: The objectives of this PhD thesis were: to study the trends of the risk of second primary cancer (SPC) among patients with a head and neck (HNSCC) cancer in Bas-Rhin, to provide first nationwide estimates of the risk of SPC in France and to assess the survival of patients with a HNSCC depending on their history of cancer. This work showed that : 1) The excess risk of SPC of head and neck and esophagus sites decreased by 53% over three decades among patients with a HNSCC, and that the excess risk of SPC of the lung did not change significantly. 2) The risk of SPC among cancer survivors in France was increased by 36% compared to the general population. 3) History of cancer was strongly associated with survival among HNSCC patients. Several epidemiological and clinical research perspectives can be established based on this work. These results also present an interest in a public health perspective in the framework of the third cancer plan., Les objectifs de cette thèse étaient d’étudier les tendances du risque de second cancer primitif (SPC) selon l’année de diagnostic d’un premier cancer des voies aéro-digestives supérieures (VADS) dans le Bas-Rhin, de produire les premières estimations de l’incidence des SPC à l’échelle nationale en France et d’estimer la survie des patients atteints d’un cancer des VADS selon la présence d’antécédents de cancer. Ce travail a montré que : 1) L’excès de risque de SPC des VADS et de l’œsophage a diminué de 53% entre 1975 et 2006 dans le Bas-Rhin, mais que le risque de SPC du poumon est resté stable ; 2) Le risque de SPC en France est augmenté de 36% chez les patients atteints de cancer par rapport à la population générale ; 3) La survie des hommes atteints d’un cancer des VADS était fortement associée à la présence d’antécédents de cancer. Des perspectives se dégagent de ce travail en termes de recherche épidémiologique, de recherche clinique et de politiques de santé publique.
Published: 2014

18. The effect of patient characteristics on second primary cancer risk in France

Author: Jérémie Jégu, Michel Velten, Anne-Sophie Woronoff, Olivier Ganry, Laetitia Daubisse-Marliac, Brigitte Trétarre, Véronique Bouvier, Simona Bara, Anne-Valérie Guizard, Marc Colonna, Xavier Troussard, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), FRANCIM, Réseau des registres français du cancer, Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Registre des cancers du Bas-Rhin, Registre des cancers de l’Isère [CHU de Grenoble], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut Claudius Regaud, Registre des Tumeurs de l'Hérault, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Registre général des cancers de la Somme, CHU Amiens-Picardie, Cancers et préventions, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Public du Cotentin (CHPC), Registre des hémopathies malignes de Basse-Normandie [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), This work was supported by the Institut de Recherche en Santé Publique (IReSP) as part of the French Cancer Plan 2009-2013 and was carried out within the context of a four-institute research-program partnership that involved the Institut National du Cancer (INCa), the Institut de Veille Sanitaire (InVS), the French Network of Cancer Registries (FRANCIM) and the Hospices Civils de Lyon., Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Service de Santé Publique, Francim : Réseau français des registres des cancers, CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Registre des cancers de l'Isère, CHU Grenoble, Registre des cancers du Tarn, Association humanitaire (entraide, action sociale) - Albi, CRLCC Institut Claudius Regaud, Registre des tumeurs de l'Hérault, CRISAP-LR, COLRIM, EPC du CRLC-Centres privés de radiothérapie de l'Hérault-Laboratoires d'Hématologie CPAM - MSA - Caisse militaire, Registre des cancers de la Somme, Registre des cancers de la Manche, Centre Hospitalier Public du Cotentin, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Service d'Epidémiologie et de Biostatistique, Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Registre des hémopathies malignes de Basse-Normandie, Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC ( CEF2P / CARCINO ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), BMC, Ed., CH Centre Hospitalier Public du Cotentin (CHPC), and Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) (CEF2P / CARCINO)
Subjects: Adult, Male, Cancer Research, Pediatrics, medicine.medical_specialty, Multivariate statistics, animal structures, Multivariate analysis, Alcohol Drinking, MEDLINE, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Second primary, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Cohort Studies, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Risk Factors, Surgical oncology, Neoplasms, Genetics, medicine, Humans, Registries, Aged, Risk assessment, business.industry, Incidence (epidemiology), Smoking, fungi, Cancer, Neoplasms, Second Primary, Middle Aged, medicine.disease, 3. Good health, Surgery, Oncology, Population Surveillance, Female, France, business, Follow-Up Studies, Research Article, Cohort study
Abstract: International audience; BACKGROUND: Although cancer survivors are known to be at greater risk of developing second primary cancer (SPC), SPC incidence estimates in France are thus far lacking. We used a multivariate approach to compute these estimates and analyzed the effect of patient characteristics (gender, age at diagnosis, first cancer site, year of diagnosis and follow-up) on SPC risk. METHODS: Data from ten French population-based cancer registries were used to establish a cohort of all patients diagnosed with a first cancer between 1989 and 2004 and followed up until December 31, 2007. The person-year approach was used to estimate standardized incidence ratios (SIRs) and excess absolute risks (EARs) of metachronous SPC. Multivariate Poisson regression models were then used to model SIRs and EARs separately by gender, adjusting for age, year of diagnosis, follow-up and first cancer site. RESULTS: Among the 289,967 followed-up patients with a first primary cancer, 21,226 developed a SPC. The SIR was of 1.36 (95% CI, 1.35-1.38) and the EAR was of 39.4 excess cancers per 10,000 person-years (95% CI, 37.4-41.3). Among male and female patients, multivariate analyses showed that age, year of diagnosis, follow-up and first cancer site were often independently associated with SIRs and EARs. Moreover, the EAR of SPC remained elevated during patient follow-up. CONCLUSIONS: French cancer survivors face a dramatically increased risk of SPC which is probably related to the high rate of tobacco and alcohol consumption in France. Multivariate modeling of SPC risk will facilitate the construction of a tailored prediction tool to optimize SPC prevention and early detection strategies.
Published: 2014

19. Rare EGFR exon 18 and exon 20 mutations in non-small-cell lung cancer on 10 117 patients: a multicentre observational study by the French ERMETIC-IFCT network

Author: Hélène Blons, Benjamin Besse, Jérôme Solassol, Michèle Legrain, Isabelle Rouquette, P. de Cremoux, Ivan Bièche, Anne-Claire Voegeli, Pascale Tomasini, Jacques Cadranel, Marie Wislez, F. De Fraipont, Laurence Baudrin, Fabienne Escande, Jean-Luc Prétet, Elisabeth Quoix, E. Favre-Guillevin, Nathalie Prim, Franck Morin, Roger Lacave, Ludovic Lacroix, A.-M. Ruppert, Isabelle Nanni-Metellus, Sarab Lizard, Anne Cayre, Gérard Zalcman, Michèle Beau-Faller, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), CHU Strasbourg, CHU Tenon [APHP], CHU Marseille, Département de biologie et pathologie médicales [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), CHU Toulouse [Toulouse], Institut Curie, Institut de recherche en cancérologie de Montpellier (IRCM - U896 Inserm - UM1), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1), CHU Grenoble, Hôpital René HUGUENIN (Saint-Cloud), CHU Clermont-Ferrand, CIC - HEGP (CIC 1418), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de pneumologie et réanimation [CHU Tenon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Tenon [APHP], Theranoscan, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Intergroupe Francophone de Cancérologie Thoracique [Paris] (IFCT), Intergroupe Francophone de Cancérologie thoracique, CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), CHU Tenon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Institut Curie [Paris], Université Montpellier 1 (UM1)-CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Service de Pneumologie - Oncologie Thoracique - Maladies Pulmonaires Rares [CHU Tenon], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Adult, Male, Lung Neoplasms/drug therapy/*genetics/mortality, Drug Resistance, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, medicine.disease_cause, Disease-Free Survival, Exon, Young Adult, Protein Kinase Inhibitors/pharmacology/therapeutic use, Gene Frequency, Carcinoma, Non-Small-Cell Lung/drug therapy/*genetics/mortality, 80 and over, Medicine, Humans, Epidermal growth factor receptor, Antineoplastic Agents/pharmacology/therapeutic use, Lung cancer, Allele frequency, Genetic Association Studies, Aged, Proportional Hazards Models, Mutation, biology, Neoplasm/genetics, business.industry, Cancer, Hematology, Original Articles, Exons, Middle Aged, medicine.disease, Molecular biology, Adenocarcinoma/drug therapy/*genetics/mortality, respiratory tract diseases, 3. Good health, Epidermal Growth Factor/antagonists & inhibitors/*genetics, Oncology, Cancer research, biology.protein, Adenocarcinoma, Female, business, Receptor
Abstract: International audience; BACKGROUND: There is scarce data available about epidermal growth factor receptor (EGFR) mutations other than common exon 19 deletions and exon 21 (L858R) mutations. PATIENTS AND METHODS: EGFR exon 18 and/or exon 20 mutations were collected from 10 117 non-small-cell lung cancer (NSCLC) samples analysed at 15 French National Cancer Institute (INCa)-platforms of the ERMETIC-IFCT network. RESULTS: Between 2008 and 2011, 1047 (10%) samples were EGFR-mutated, 102 (10%) with rare mutations: 41 (4%) in exon 18, 49 (5%) in exon 20, and 12 (1%) with other EGFR mutations. Exon 20 mutations were related to never-smoker status, when compared with exon 18 mutations (P \textless 0.001). Median overall survival (OS) of metastatic disease was 21 months [95% confidence interval (CI) 12-24], worse in smokers than in non-smoker patients with exon 20 mutations (12 versus 21 months; hazard ratio [HR] for death 0.27, 95% CI 0.08-0.87, P = 0.03). Under EGFR-tyrosine kinase inhibitors (TKIs), median OS was 14 months (95% CI 6-21); disease control rate was better for complex mutations (6 of 7, 86%) than for single mutations (16 of 40, 40%) (P = 0.03). CONCLUSIONS: Rare EGFR-mutated NSCLCs are heterogeneous, with resistance of distal exon 20 insertions and better sensitivity of exon 18 or complex mutations to EGFR-TKIs, probably requiring individual assessment.
Published: 2014

20. Quality of life after the initial treatments of non-small cell lung cancer: a persistent predictor for patients' survival

Author: Lemonnier, Irawati, Guillemin, Francis, Arveux, Patrick, Clément-Duchêne, Christelle, Velten, Michel, Woronoff-Lemsi, Marie-Christine, Jolly, Damien, Baumann, Cédric, CIC-Nancy, Institut Lorrain du Coeur et des Vaisseaux Louis Mathieu [Nancy]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation (APEMAC), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université de Lorraine (UL), Département d'information médicale [Centre Georges-François Leclerc] (DIM), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL), Centre d'épidémiologie des populations (CEP), Université de Bourgogne (UB)-Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL), Service de Pneumologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service d'Epidémiologie et de Biostatistique, Centre Paul Strauss, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Service de l'Innovation et Recherche Clinique, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (HOTE GREFFON), Université de Franche-Comté (UFC)-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] (EFS [Bourgogne-France-Comté])-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de soutien méthodologique à la recherche clinique, Hôpital Robert Debré-Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Santé publique, vieillissement, qualité de vie et réadaptation des sujets fragiles - EA 3797 (SPVQVRSF), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV), This study was supported by the Ministry of Health, the Urban Community of Nancy, and the Region of Lorraine. Irawati Lemonnier received a doctoral scholarship from the Fondation de France., Centre d'investigation clinique [Nancy] (CIC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER, Université de Bourgogne (UB)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté]), Institut Lorrain du Coeur et des Vaisseaux Louis Mathieu [Nancy]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation ( APEMAC ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université de Lorraine ( UL ), Département d'information médicale [Centre Georges-François Leclerc] ( DIM ), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Centre d'épidémiologie des populations ( CEP ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) ( HOTE GREFFON ), Université de Franche-Comté ( UFC ) -Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] ( EFS [Bourgogne-France-Comté] ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Hôpital Robert Debré-Centre Hospitalier Universitaire de Reims ( CHU Reims ), Santé publique, vieillissement, qualité de vie et réadaptation des sujets fragiles - EA 3797 ( SPVQVRSF ), Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ) -Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), BMC, Ed., Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)
Subjects: Male, Lung Neoplasms, Survival, Research, Public Health, Environmental and Occupational Health, [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Kaplan-Meier Estimate, Middle Aged, Prognosis, humanities, Treatment Outcome, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, SF-36, Carcinoma, Non-Small-Cell Lung, Surveys and Questionnaires, Quality of Life, Humans, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Female, Prospective Studies, Social Adjustment, Non-small-cell lung cancer, QLQ C-30, Proportional Hazards Models
Abstract: International audience; BACKGROUND: Health-related quality of life (HRQoL) before treatment may predict survival of patients with non-small-cell lung cancer (NSCLC). We investigated the predictive role of HRQoL after the initial treatments, on the survival of these patients. METHODS: A prospective multi-center study conducted in northeastern France. The SF-36 and European Organization for Research and Treatment of Cancer, Quality of Life Questionnaire Core-30 (QLQ C-30) were mailed to patients 3 months after the end of the diagnostic process. High scores for functioning dimensions on both questionnaires indicated better QoL, and low scores for symptom dimensions on the QLQ C-30 indicated few symptoms. Cox regression modeling was used to identify predictive factors of survival. RESULTS: In total, 230 (63.5%) patients responded to the SF-36 and QLQ C-30. Before completing the questionnaires, almost 60% of patients had undergone some chemotherapy, about 10% underwent radio/chemotherapy or both and more than 30% underwent surgery or surgery plus chemo/radiotherapy.On SF-36, the highest mean score was for social functioning dimension (55.5 ± 28), and the lowest was for the physical role dimension (17.9 ± 32.2).On QLQ C-30, for the functioning dimensions, the highest mean score was for cognitive functioning (74.6 ± 25.9) and the lowest was for role functioning (47.2 ± 34.1). For symptom dimensions, the lowest score was for diarrhoea (11.5 ± 24.2) and the highest was for fatigue (59.7 ± 27.7).On multivariate analysis, high bodily pain, social functioning and general health scores (SF-36) were associated with a lower risk of death (hazard ratio 0.580; 95% confidence interval [0.400-0.840], p = 0.004; HR 0.652 [0.455-0.935], p
Published: 2013

21. <scp>Skraban‐Deardorff</scp> syndrome: Six new cases of <scp> WDR 26 </scp> ‐related disease and expansion of the clinical phenotype

Author: Laurence Faivre, Varoona Bizaoui, Christèle Dubourg, Frédéric Tran Mau-Them, Wilfrid Carré, Amélie Piton, Sylvie Odent, Lionel Van Maldergem, Ange-Line Bruel, Laurent Pasquier, Marie Faoucher, Bénédicte Gérard, Mélanie Fradin, Alinoë Lavillaureix, Auriane Cospain, Florence Demurger, Jessica Assoumani, Elise Schaefer, Centre de référence Maladies Rares CLAD-Ouest [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Groupe Hospitalier Bretagne Sud (GHBS), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), FHU TRANSLAD (CHU de Dijon), Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA), and Chard-Hutchinson, Xavier
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Proband, Pediatrics, medicine.medical_specialty, Adolescent, [SDV]Life Sciences [q-bio], Developmental Disabilities, Skraban-Deardorff syndrome, Disease, 030105 genetics & heredity, Young Adult, 03 medical and health sciences, Intellectual disability, Genetics, medicine, WDR26, Humans, Abnormalities, Multiple, hypotonia, Ataxic Gait, Child, Genetics (clinical), Adaptor Proteins, Signal Transducing, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Muscle biopsy, medicine.diagnostic_test, business.industry, Infant, Syndrome, medicine.disease, Gait, Hypotonia, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Phenotype, 030104 developmental biology, speech therapy, intellectual disability, Child, Preschool, Mutation, Cohort, language development disorders, Female, medicine.symptom, business
Abstract: International audience; Skraban-Deardorff syndrome (a disease related to variations in the WDR26 gene; OMIM #617616) was first described in a cohort of 15 individuals in 2017. The syndrome comprises intellectual deficiency, severe speech impairment, ataxic gait, seizures, mild hypotonia with feeding difficulties during infancy, and dysmorphic features. Here, we report on six novel heterozygous de novo pathogenic variants in WDR26 in six probands. The patients’ phenotypes were consistent with original publication. One patient displayed marked hypotonia with an abnormal muscle biopsy; this finding warrants further investigation. Gait must be closely monitored, in order to highlight any musculoskeletal or neurological abnormalities and prompt further examinations. Speech therapy and alternative communication methods should be initiated early in the clinical follow-up, in order to improve language and oral eating and drinking.
Published: 2021

22. Modern management of non-chemotherapy drug-induced agranulocytosis: a monocentric cohort study of 90 cases and review of the literature

Author: Jean Sibilia, Jean Frédéric Blicklé, Frédéric Maloisel, Patrick Dufour, Martine Alt, Jean-Christophe Weber, Jean Marie Brogard, J.L. Schlienger, Emmanuel Andrès, Jean Emmanuel Kurtz, Georges Kaltenbach, Service de médecine interne A, hôpitaux universitaires de Strasbourg, 1, place de l’Hôpital, 67091 Strasbourg cedex, France, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), and Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)
Subjects: medicine.medical_specialty, Septic shock, business.industry, medicine.drug_class, Antibiotics, 030204 cardiovascular system & hematology, medicine.disease, Drug-induced agranulocytosis, 3. Good health, Surgery, 03 medical and health sciences, Pneumonia, 0302 clinical medicine, Chemotherapy Drugs, Patient age, Internal medicine, Internal Medicine, medicine, Absolute neutrophil count, 030212 general & internal medicine, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Cohort study
Abstract: International audience; Background: The present study reports a monocentric experience of 90 drug-induced agranulocytosis cases and discusses their management, in particular the role of hematopoietic growth factors. Methods: Data from 90 patients with drug-induced agranulocytosis who met the criteria of the IAAAS group and of Be´nichou and Solal-Celigny [Nouv Rev Fr Hematol 1993; 33: 257.] were retrospectively reviewed. All cases were extracted from a cohort study of the Hopitaux Universitaires de Strasbourg, France. Data were specifically analyzed with regard to the use of hematopoietic growth factors (in 42 patients). Results: Mean patient age was 63 (range 17–95) years and the sex ratio (M/F) was 0.39. An underlying disease was present in 37% of the patients. Antibiotics (25%), antithyroid drugs (23%), and antiaggregative platelet agents (16%) were the most frequent causative drugs. Main clinical features included isolated fever (41%), 9 septicemia or septic shock (31%), and pneumonia (10%). Mean neutrophil count was 0.13 (range 0–0.46)310 / l. Outcome was favorable 9 in 98% of patients. The mean durations of hematological recovery (neutrophil count over 1.5310 / l), antibiotic therapy, and hospitalization was 8.5 (range 2–21) days, 9.2 (range 2–21) days, and 10.5 (range 3–23) days, respectively. All patients were treated with broad-spectrum antibiotics and 42 patients with hematopoietic growth factors. In these 42 patients, the mean durations for hematological recovery, antibiotic therapy, and hospitalization were significantly reduced at: 6.3 (range 2–16) days, 7.1 (range 2–16) days, and 9.1 (range 3–23) days, respectively (all P,0.05). Conclusions: The present study shows that new causative drugs are emerging (antibiotics, antithyroid, and antiaggregative platelet agents), that drug-induced agranulocytosis remains typically a serious accident with severe sepsis, and that modern management with broad spectrum antibiotics and hematopoietic growth factors may reduce the mortality.
Published: 2002

23. Coût de la radiothérapie des métastases osseuses en France : étude rétrospective monocentrique

Author: Alicia Thiery, Georges Noël, I. Menoux, Delphine Antoni, Yvan Pin, C. Le Fèvre, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, and Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)
Subjects: 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Oncology, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030220 oncology & carcinogenesis, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, 3. Good health
Abstract: Resume Introduction Le cout de la radiotherapie est une preoccupation pour les systemes de sante. Les schemas classiques non fractionnes ou multifractionnes ont montre la meme efficacite en termes de soulagement des douleurs mais un traitement non fractionne semble moins couteux. Cependant, en pratique courante, les traitements multifractionnes restent encore majoritaires ce qui represente un surcout pour la societe. Par ailleurs, l’utilisation de la stereotaxie se democratise et offre de nouvelles perspectives curatives, mais a quel prix ? Materiel et methodes Une etude retrospective monocentrique realisee au sein d’un departement de radiotherapie francais a ete menee afin d’evaluer et de comparer le cout des irradiations des metastases osseuses non compliquees en fonction du schema de radiotherapie choisi : 30 Gy en dix fractions, 20 Gy en cinq fractions, 8 Gy en une seance ou en conditions stereotaxiques. Resultats Entre janvier 2014 et decembre 2015, 91 patients ayant recu 116 traitements ont ete inclus dans l’etude, dont 44 hommes (48 %) et 47 femmes (52 %), âges de 63 ans (25–88 ans). Trente-quatre traitements (29 %) etaient 30 Gy en dix fractions (groupe 30 Gy), 24 (21 %) de 20 Gy en cinq fractions (groupe 20 Gy), 25 (22 %) par 8 Gy en seance fraction (groupe 8 Gy) et 33 traitements (28 %) en conditions stereotaxiques (groupe stereotaxie). Le cout d’une radiotherapie par stereotaxie etait significativement plus important que celui d’un traitement 3D classique (p Conclusion La stereotaxie est une technique d’irradiation efficace et curative mais plus onereuse. Elle est a privilegier chez certains patients, ayant une esperance de vie plus longue, dans un contexte de traitement non palliatif. Le traitement non fractionne de 8 Gy parait etre le plus avantageux financierement tout en conservant une efficacite equivalente aux traitements multifractionnes et en preservant la qualite de vie des patients.
Published: 2019

24. Cunninghamella bertholletiae: an uncommon agent of opportunistic fungal infection. Case report and review

Author: Maloisel, F., Dufour, P., Waller, J., Raoul Herbrecht, Marcellin, L., Koenig, H., Liu, K. L., Weber, J. -C, Bergerat, J. -P, Oberling, F., univOAK, Archive ouverte, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Laboratoire d'Histoire des Sciences et de Philosophie - Archives Henri Poincaré (LHSP), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de médecine interne A, hôpitaux universitaires de Strasbourg, 1, place de l’Hôpital, 67091 Strasbourg cedex, France, and Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)
Subjects: Opportunistic infection, Zygomycosis, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, cunninghamella bertholettiae, Deferoxamine, Aplastic anemia, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Cunninghamella bertholletiae is a fungus of the Zygomycetes class, Mucorales order. Only very few cases of disseminated infection have been reported. We observed a new case in a 19 years old man with severe aplastic anemia, due to pulmonary primoinfection and hematologic dissemination. This aplastic anemia failed to respond first to an antithymocyte globulin and steroid treatment and then to cyclosporine A. Deferoxamine was infused weekly to prevent iron overload. During a second antithymocyte globulin and steroid treatment, the patient developed bilateral pneumonia. Culture of the broncho-alveolar washing fluid established the diagnosis by isolation of C. bertholletiae. Despite amphotericin B and 5-fluorocytosine intravenous therapy, the patient died of disseminated infection six days after diagnosis, which was confirmed by necropsy. Underlying conditions, diagnosis and treatment are discussed, together with a review of the literature.
Published: 1991

25. Situation professionnelle à long terme après un cancer : étude réalisée à partir de registres de population

Author: Michel Velten, Idlir Licaj, Florence Joly, Julien Rod, Mariette Mercier, Delphine Klein, François Gernier, Akila Saim, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Unité de recherche interdisciplinaire pour la prévention et le traitement des cancers (ANTICIPE), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de recherche clinique [Centre François Baclesse], Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU), Service de Pédiatrie Médicale [Caen], Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Interface de Recherche Fondamentale et Appliquée en Cancérologie (IRFAC - Inserm U1113), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)-Fédération de Médecine Translationelle de Strasbourg (FMTS), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté]), Service d'Oncologie médicale [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), CCSD, Accord Elsevier, Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre Paul Strauss, CRLCC Paul Strauss, Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), EA3430, Registre des cancers du Bas-Rhin, Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) (CEF2P / CARCINO), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC)
Subjects: 0301 basic medicine, Gynecology, Quality of life, Cancer Research, medicine.medical_specialty, business.industry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Registry-based study, Hematology, General Medicine, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, 0302 clinical medicine, Oncology, Employment status, 030220 oncology & carcinogenesis, medicine, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, business, Cancer
Abstract: Resume Introduction Peu d’etudes ont explore la situation professionnelle a long terme apres un cancer. Notre objectif etait d’etudier le statut d’emploi des patients en longue remission d’un cancer a cinq, dix ou quinze ans apres diagnostic et de le comparer a celui des sujets sans antecedent de cancer. Methodes A partir des donnees d’une etude transversale, realisee aupres de patients en longue remission d’un cancer du sein, du col uterin ou du cancer colorectal tires au sort a partir de trois registres des cancers en France et compares a des sujets sans antecedent de cancer tires au sort sur liste electorale, nous avons selectionne les participants actifs âges de moins de 60 ans au moment de l’enquete. Nous avons etudie le statut d’emploi des cas et des temoins et les facteurs associes a ce statut. Resultats Cinq, dix ou quinze ans apres le diagnostic, nous n’observions pas de difference significative concernant le statut d’emploi entre les cas et les temoins. Parmi les cas, 17 % avaient perdu leur emploi. Etaient associes a une perte d’emploi: un âge plus avance, des revenus plus faibles, un niveau d’education plus bas, un contrat de travail de courte duree, la presence de comorbidites, de fatigue et une qualite de vie plus degradee. Discussion Bien que le statut d’emploi des cas etait comparable a la population temoin, il faut intensifier les efforts pour faciliter le retour a l’emploi des patients en longue remission d’un cancer.
Published: 2020

26. Glycogenin-1 deficiency mimicking limb-girdle muscular dystrophy

Author: Robert-Yves Carlier, Françoise Chapon, Guillaume Nicolas, Valérie Biancalana, Pascal Laforêt, Maxime Fournier, Edoardo Malfatti, Claire Lefeuvre, Stéphane Schaeffer, Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP], Service de Neurologie [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Handicap neuromusculaire : Physiopathologie, Biothérapie et Pharmacologies appliquées (END-ICAP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire d'Anatomie Pathologique [CHU Caen], Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg (UNISTRA), and Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)
Subjects: Pathology, medicine.medical_specialty, [SDV]Life Sciences [q-bio], Case Report, Gene mutation, Biceps, Glycogen storage disease type XV, GYG-1, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Endocrinology, Deltoid muscle, Genetics, medicine, Muscular dystrophy, Molecular Biology, lcsh:QH301-705.5, lcsh:R5-920, 030219 obstetrics & reproductive medicine, Muscle biopsy, PBM-2, medicine.diagnostic_test, business.industry, Polyglucosan body myopathy-2, Muscle weakness, Neuromuscular disease, medicine.disease, 3. Good health, lcsh:Biology (General), Distal Myopathies, medicine.symptom, business, lcsh:Medicine (General), 030217 neurology & neurosurgery, Limb-girdle muscular dystrophy, Glycogenin-1, GSD XV
Abstract: Glycogen storage disease type XV (GSD XV) is a recently described muscle glycogenosis due to glycogenin-1 (GYG1) deficiency characterized by the presence of polyglucosan bodies on muscle biopsy (Polyglucosan body myopathy-2, PGBM2). Here we describe a 44 year-old man with limb-girdle muscle weakness mimicking a limb-girdle muscular dystrophy (LGMD), and early onset exertional myalgia. Neurologic examination revealed a waddling gait with hyperlordosis, bilateral asymmetric scapular winging, mild asymmetric deltoid and biceps brachii weakness, and pelvic-girdle weakness involving the gluteal muscles and, to a lesser extent, the quadriceps. Serum creatine kinase levels were slightly elevated. Electrophysiological examination showed a myopathic pattern. There was no cardiac or respiratory involvement. Whole-body muscle MRI revealed atrophy and fat replacement of the tongue, biceps brachii, pelvic girdle and erector spinae. A deltoid muscle biopsy showed the presence of PAS-positive inclusions that remained non-digested with alpha-amylase treatment. Electron microscopy studies confirmed the presence of polyglucosan bodies. A diagnostic gene panel designed by the Genetic Diagnosis Laboratory of Strasbourg University Hospital (France) for 210 muscular disorders genes disclosed two heterozygous, pathogenic GYG1 gene mutations (c.304G>C;p.(Asp102His) + c.164_165del). Considering the clinical heterogeneity found in the previously described 38 GYG-1 deficient patients, we suggest that GYG1 should be systematically included in targeted NGS gene panels for LGMDs, distal myopathies, and metabolic myopathies., Highlights • Glycogen storage disease type XV (GSD XV) is a recently described muscle glycogenosis due to glycogenin-1 (GYG1) deficiency characterized by the presence of polyglucosan bodies on muscle biopsy. • Here is the presentation of a 44 year-old man with limb-girdle muscle weakness mimicking a limb-girdle muscular dystrophy. • The large heterogeneity of phenotypic spectrum of GYG-1 deficiency suggests its inclusion in NGS gene panels targeted.
Published: 2020

27. Genotype-first in a cohort of 95 fetuses with multiple congenital abnormalities: when exome sequencing reveals unexpected fetal phenotype-genotype correlations

Author: Tania Attié-Bitach, Philippe Jonveaux, Alice Goldenberg, Antonio Vitobello, Nicole Laurent, Marjolaine Willems, Valérie Kremer, Dominique Gaillard, Chloé Quélin, Sebastien Moutton, Marion Aubert-Lenoir, Yannis Duffourd, Anne-Sophie Lebre, Anne-Claire Brehin, James Lespinasse, Yline Capri, Nolwenn Jean-Marçais, Maria Cristina Antal, Frédéric Tran Mau-Them, Nathalie Marle, Daphné Lehalle, Nicolas Bourgon, Sophie Blesson, Bernard Foliguet, Laetita Lambert, Nicole Bigi, Mélanie Fradin, Emilie Tisserant, Christel Thauvin-Robinet, Ange-Line Bruel, Elisabeth Alanio, Marie-Hélène Saint-Frison, Christine Francannet, Anne-Marie Guerrot, Paul Kuentz, Elise Schaefer, Anne-Marie Beaufrere, Sylvie Odent, Francine Arbez-Gindre, Laurence Faivre, Christophe Philippe, Julien Thevenon, Sophie Patrier-Sallebert, Nada Houcinat, Celine Poirisier, Sophie Nambot, Mathilde Lefebvre, Mirna Assoum, Françoise Girard-Lemaitre, Sophie Collardeau-Frachon, Marie-José Perez, Jean-Louis Mandel, Jean-Pierre Mazutti, Renaud Touraine, Philippe Loget, Salima El Chehadeh, Centre d’Investigation Clinique de Nantes (CIC Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Equipe GAD (LNC - U1231), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, CHU Strasbourg, Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), European Organization for Nuclear Research (CERN), Service de Génétique [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Service d'Anatomie pathologique [CHRU Besançon], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre de référence Maladies Rares CLAD-Ouest [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Hôpital Lapeyronie [Montpellier] (CHU), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut de Biomécanique Humaine Georges Charpak (IBHGC), Université Sorbonne Paris Nord-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Service de Génétique Médicale [CHU Clermont-Ferrand], CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, CHU Clermont-Ferrand, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Métropole Savoie [Chambéry], CHU Saint-Etienne, Département de génétique [Robert Debré], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Hôpital Robert Debré, Plateau technique de Biologie [CHU de Dijon], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), CarMeN, laboratoire, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), 14-013 FOETEX, Interregional French PHRC, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E)
Subjects: Candidate gene, medicine.medical_specialty, Genotype, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biology, Congenital Abnormalities, Cohort Studies, complex traits, 03 medical and health sciences, Fetus, Molecular genetics, medicine, Humans, Abnormalities, Multiple, Exome, Clinical significance, genetics, Gene, Genetic Association Studies, Genetics (clinical), Exome sequencing, 030304 developmental biology, Genetics, 0303 health sciences, 030305 genetics & heredity, Sequence Analysis, DNA, Phenotype, [SDV] Life Sciences [q-bio], molecular genetics, reproductive medicine
Abstract: PurposeMolecular diagnosis based on singleton exome sequencing (sES) is particularly challenging in fetuses with multiple congenital abnormalities (MCA). Indeed, some studies reveal a diagnostic yield of about 20%, far lower than in live birth individuals showing developmental abnormalities (30%), suggesting that standard analyses, based on the correlation between clinical hallmarks described in postnatal syndromic presentations and genotype, may underestimate the impact of the genetic variants identified in fetal analyses.MethodsWe performed sES in 95 fetuses with MCA. Blind to phenotype, we applied a genotype-first approach consisting of combined analyses based on variants annotation and bioinformatics predictions followed by reverse phenotyping. Initially applied to OMIM-morbid genes, analyses were then extended to all genes. We complemented our approach by using reverse phenotyping, variant segregation analysis, bibliographic search and data sharing in order to establish the clinical significance of the prioritised variants.ResultssES rapidly identified causal variant in 24/95 fetuses (25%), variants of unknown significance in OMIM genes in 8/95 fetuses (8%) and six novel candidate genes in 6/95 fetuses (6%).ConclusionsThis method, based on a genotype-first approach followed by reverse phenotyping, shed light on unexpected fetal phenotype-genotype correlations, emphasising the relevance of prenatal studies to reveal extreme clinical presentations associated with well-known Mendelian disorders.
Published: 2020

28. The enrichment of breakpoints in late-replicating chromatin provides novel insights into chromoanagenesis mechanisms

Author: Chatron, N., Giannuzzi, G., Rollat-Farnier, P., Diguet, F., Porcu, E., Yammine, T., Uguen, K., Bellil, Z., Zillhardt, J. Lauer, Sorlin, A., Ader, F., Afenjar, A., Andrieux, J., Bardel, Claire, Calpena, E., Chantot-Bastaraud, S., Callier, P., Chelloug, N., Chopin, E., Cordier, M., Dubourg, C., Faivre, L., Girard, F., Heide, S., Herenger, Y., Jaillard, S., Keren, B., Knight, S. J. L., Lespinasse, J., Lohmann, L., Marle, N., Maroofian, R., Masurel-Paulet, Alice, Mathieu-Dramard, M., Metay, C., Pagnamenta, A. T., Portnoi, M., Prieur, F., Rio, M., Siffroi, J., Valence, S., Taylor, J. C., Wilkie, A. O. M., Edery, P., Reymond, A., Sanlaville, D., Schluth-Bolard, C., Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon, Departement de Neurologie (HCL), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Assistance publique-Hôpitaux de Paris - Espace éthique (AP-HP Espace éthique), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Trousseau [APHP], Service de neurophysiologie clinique (CHRU Lille), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), The Weatherall Institute of Molecular Medicine, University of Oxford, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), CHU Pontchaillou [Rennes], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), CHU Strasbourg, The Wellcome Trust Centre for Human Genetics [Oxford], Centre Hospitalier Métropole Savoie [Chambéry], Laboratoire CERBA [Saint Ouen l'Aumône], University College of London [London] (UCL), CHU Amiens-Picardie, CHU Henri Mondor [Créteil], Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1), Chard-Hutchinson, Xavier, Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service d'Hépato-Gastro-Entérologie [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Henri Mondor, Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (CHU de Saint-Etienne), Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lausanne (UNIL), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), University of Oxford [Oxford], Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2020

29. Conditional switching of KIF2A mutation provides new insights into cortical malformation pathogeny

Author: Maria Osipenko, Hamid Meziane, Binnaz Yalcin, Gabrielle Rudolf, John S. Allingham, Ekaterina L. Ivanova, Maria-Victoria Hinckelmann, Loic Broix, Johan G. Gilet, Valerie Skory, Benjamin H. Kwok, Marie-Christine Birling, Jérémie Courraud, Daria Trofimova, Nathalie Drouot, Jamel Chelly, Nadia Bahi-Buisson, Paul Voulleminot, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Queen's University [Kingston, Canada], Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut Clinique de la Souris (ICS), French National Infrastructure for Mouse Phenogenomics (PHENOMIN), Service de Neurologie [CHU Strasbourg], Hôpital de Hautepierre [Strasbourg]-Centre Hospitalier Universitaire de Strasbourg (CHU de Strasbourg ), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie [UdeM-Montréal] (IRIC), Université de Montréal (UdeM), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, EU Seventh Framework Programme FP7 under the projects GENCODYS (COLLABORATION PROJECT-2009-2.1.1-1/241995 to Ja.C.), DESIRE (grant agreement no. 602531 to Ja.C.), the French state funds through the ‘Agence Nationale de la Recherche’ under the projects ANR-15-CE16–0018-01 and the programme Investissements d’Avenir labeled (ANR-10-IDEX-0002-02, ANR-10-LABX-0030-INRT to B.Y. and Ja.C.)., ANR-10-IDEX-0002,UNISTRA,Par-delà les frontières, l'Université de Strasbourg(2010), European Project: 241995,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2009-two-stage,GENCODYS(2010), European Project: 602531,HEALTH,FP7-HEALTH-2013-INNOVATION-1,DESIRE(2013), YALCIN, Binnaz, Initiative d'excellence - Par-delà les frontières, l'Université de Strasbourg - - UNISTRA2010 - ANR-10-IDEX-0002 - IDEX - VALID, Genetic and Epigenetic Networks in Cognitive Dysfunction - GENCODYS - - EC:FP7:HEALTH2010-05-01 - 2015-04-30 - 241995 - VALID, Development and Epilepsy - Strategies for Innovative Research to improve diagnosis, prevention and treatment in children with difficult to treat Epilepsy - DESIRE - - HEALTH2013-01-01 - 2018-09-30 - 602531 - VALID, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)
Subjects: Male, Microcephaly, hippocampus, mouse model, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Kinesins, Hippocampus, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, Biology, medicine.disease_cause, knock-in, Mice, 03 medical and health sciences, Epilepsy, 0302 clinical medicine, Gene knockin, Genetics, medicine, Animals, Missense mutation, Molecular Biology, Genetics (clinical), 030304 developmental biology, Mice, Knockout, Neurons, 0303 health sciences, Mutation, videomicroscopy, neuronal migration, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Behavior, Animal, Transition (genetics), [SDV.NEU.NB] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, apoptosis, General Medicine, General Article Two, malformations of cortical development, medicine.disease, in utero electroporation, microtubule dynamics, Phenotype, Mice, Inbred C57BL, Repressor Proteins, cortex, Neuroscience, 030217 neurology & neurosurgery, KIF2A
Abstract: By using the Cre-mediated genetic switch technology, we were able to successfully generate a conditional knock-in mouse, bearing the KIF2A p.His321Asp missense point variant, identified in a subject with malformations of cortical development. These mice present with neuroanatomical anomalies and microcephaly associated with behavioral deficiencies and susceptibility to epilepsy, correlating with the described human phenotype. Using the flexibility of this model, we investigated RosaCre-, NestinCre- and NexCre-driven expression of the mutation to dissect the pathophysiological mechanisms underlying neurodevelopmental cortical abnormalities. We show that the expression of the p.His321Asp pathogenic variant increases apoptosis and causes abnormal multipolar to bipolar transition in newborn neurons, providing therefore insights to better understand cortical organization and brain growth defects that characterize KIF2A-related human disorders. We further demonstrate that the observed cellular phenotypes are likely to be linked to deficiency in the microtubule depolymerizing function of KIF2A.
Published: 2020

30. Syndrome Tricho-rhino-phalangien de type I: description clinique et moléculaire chez 15 cas non apparentés

Author: Bourgois, Alexia, Bizaoui, Varoona, Ranguin, Kara, Armand, Thibaud, Arpin, Stéphanie, Bonneau, Dominique, El Chehadeh, Salima, Gruchy, Nicolas, Lambert, Laëtitia, Lichtenberger, Lydia, Mathieu, Michèle, Morin, Gilles, Richard, Nicolas, Schaefer, Elise, Godin, Manon, Gérard, Marion, Molin, Arnaud, Service de Génétique [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Biologie, génétique et thérapies ostéoarticulaires et respiratoires (BIOTARGEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Service de Génétique [CHU Lyon] (Centre de pathologie de l'Est), Hospices civils de Lyon (HCL), Laboratoire de Génétique Moléculaire [CHU Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, CHU Strasbourg, Centre Hospitalier Universitaire de Nancy (CHU Nancy), Centre Hospitalier d'Abbeville, Unité de génétique médicale et oncogénétique [CHU Amiens Picardie], CHU Amiens-Picardie, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), and RANGUIN, Kara
Subjects: [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: National audience; Résumé : Le syndrome tricho-rhino-phalangien (TRPS) de type I (MIM190350) est un syndrome malformatif autosomique dominant associant une dysmorphie faciale avec anomalies capillaires (cheveux fins et clairsemés qui poussent lentement) et nez bulbeux et un retard de croissance avec atteinte épiphysaire (extrémités, hanches notamment). Il est dû à des mutations perte de fonction du gène TRPS1 (8q23.3).Il existe deux autres sous-types de TRPS :- le type II, caractérisé par l’existence d’exostoses multiples, est causé par des microdélétions 8q23 emportant les gènes TRPS1 et EXT1- Ie type III, également causé par des mutations du gène TRPS1, dont le phénotype est plus sévère.L’objectif est de décrire le phénotype et le génotype des patients atteints de TRPS I à partir de l’étude rétrospective multicentrique d’une cohorte de 15 patients.La cohorte comprend 5 hommes et 10 femmes avec un âge médian de 27 ans. 4 cas sont sporadiques et 11 cas familiaux, avec un âge médian au diagnostic de 19 ans. Nous rapportons 5 mutations faux-sens, localisées dans les exons 6 et 7, 4 frameshift dans les exons 3 à 7, 2 non sens et 1 mutation intronique. Trois réarrangements intragéniques (2 délétions et 1 duplication) ont été détectés par analyse du profil de couverture en séquençage massif en parallèle et confirmés par MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification).Le phénotype de la cohorte comprend les éléments classiquement observés dans le TRPS I : un retard statural allant jusqu’à -3DS (n=6/15), des brachydactylies et brachymétacarpies (n=9/15), des épiphyses en cône (n=5/15) et une dysmorphie avec cheveux fins et clairsemés, un nez bulbeux et un front haut (respectivement n=8/15, 5/15 et 4/15).Un retard psychomoteur est présent chez les 3 patients ayant un réarrangement intragénique de TRPS1. La déficience intellectuelle dans le TRPS I est rapportée à une fréquence égale à celle de la population générale. Aucune corrélation phénotype-génotype claire n’a été établie jusqu’à présent. Un retard de croissance intra utérin (RCIU) est observé chez 4 patients sur les 7 pour qui des données anténatales étaient disponibles, bien que cet élément n’ait été rapporté qu’une fois dans la littérature.Une étude prospective de plus grande envergure parait nécessaire afin de préciser si le RCIU et la déficience intellectuelle font partie intégrante du TRPS I et de mieux comprendre la relation phénotype-génotype dans ce syndrome.
Published: 2020

31. De novo TBR1 variants cause a neurocognitive phenotype with ID and autistic traits: report of 25 new individuals and review of the literature

Author: Nambot, Sophie, Faivre, Laurence, Mirzaa, Ghayda, Thevenon, Julien, Bruel, Ange-Line, Mosca-Boidron, Anne-Laure, Masurel-Paulet, Alice, Goldenberg, Alice, Le Meur, Nathalie, Charollais, Aude, Mignot, Cyril, Petit, Florence, Rossi, Massimiliano, Metreau, Julia, Layet, Valérie, Amram, Daniel, Boute-Bénéjean, Odile, Bhoj, Elizabeth, Cousin, Margot, Kruisselbrink, Teresa, Lanpher, Brendan, Klee, Eric, Fiala, Elise, Grange, Dorothy, Meschino, Wendy, Hiatt, Susan, Cooper, Gregory, Olivié, Hilde, Smith, Wendy, Dumas, Meghan, Lehman, Anna, Inglese, Cara, Nizon, Mathilde, Guerrini, Renzo, Vetro, Annalisa, Kaplan, Eitan, Miramar, Dolores, van Gils, Julien, Fergelot, Patricia, Bodamer, Olaf, Herkert, Johanna, Pajusalu, Sander, Õunap, Katrin, Filiano, James, Smol, Thomas, Piton, Amélie, Gérard, Bénédicte, Chantot-Bastaraud, Sandra, Bienvenu, Thierry, Li, Dong, Juusola, Jane, Devriendt, Koen, Bilan, Frederic, Poé, Charlotte, Chevarin, Martin, Jouan, Thibaud, Tisserant, Emilie, Rivière, Jean-Baptiste, Tran Mau-Them, Frédéric, Philippe, Christophe, Duffourd, Yannis, Dobyns, William, Hevner, Robert, Thauvin-Robinet, Christel, Couvet, Sandrine, Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, FHU TRANSLAD (CHU de Dijon), Center for Integrative Brain Research [Seattle, WA, USA], University of Washington [Seattle]-Seattle Children's Research Institute, Department of Pediatrics [Seattle], University of Washington [Seattle], Unité fonctionnelle d' Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares (CHU Dijon) (UF6254), Département de génétique [CHU Rouen] (Centre Normandie de Génomique et de Médecine Personnalisée), CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Service de pédiatrie médicale et médecine de l'adolescent [Rouen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Service de génétique et embryologie médicales [CHU Trousseau], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Clinique de Génétique médicale Guy Fontaine [CHRU LIlle], Service de Génétique [CHU Lyon] (Centre de pathologie de l'Est), Hospices civils de Lyon (HCL), Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genetics of Neurodevelopment (GENDEV), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Service de Neurologie Pédiatrique [CHU Bicêtre], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Département de génétique (groupe hospitalier le Havre), Groupe Hospitalier du Havre, Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil (CHIC), Department of Pediatrics [Philadelphia, PA, USA] (Division of Genetics), Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP ), The Center for Applied Genomics [Philadelphia, PA, USA], Mayo Clinic [Rochester], Department of Pediatrics [Saint Louis, MO, USA] (Division of Genetics and Genomic Medicine), Washington University in Saint Louis (WUSTL), Department of Genetics [Saint-Louis], HudsonAlpha Institute for Biotechnology [Huntsville, AL], University Hospitals Leuven [Leuven], Maine Medical Center, University of British Columbia [Vancouver], Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes], Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Meyer Children's Hospital [Florence, Italie], Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI), CHU Bordeaux [Bordeaux], Department of Genetics [Boston], Harvard Medical School [Boston] (HMS), University Medical Center Groningen [Groningen] (UMCG), University of Tartu, Dartmouth Hitchcock Medical Center [Lebanon, NH, USA] (DHMC), Service de Génétique Médicale [Lille], Institut de génétique médicale-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Maladies génétiques d'expression pédiatrique [CHU Trousseau] (Inserm U933), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Trousseau [APHP], UF de Génétique chromosomique [CHU Trousseau], Service de Génétique et Biologie Moléculaires [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), GeneDx [Gaithersburg, MD, USA], Service Génétique Médicale [CHU Poitiers], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Agro Dijon, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: Proband, Candidate gene, INTELLECTUAL DISABILITY, MESH: Hippocampus, [SDV]Life Sciences [q-bio], MESH: Cognition, MESH: Neocortex, MESH: Child, Intellectual disability, MESH: Craniofacial Abnormalities, MESH: Animals, MESH: Syndrome, Genetics (clinical), Genetics, PROGENITORS, biology, Phenotype, NEOCORTEX, [SDV] Life Sciences [q-bio], EXPRESSION, GENES, MESH: Mutation, MESH: T-Box Domain Proteins, MESH: Autistic Disorder, [SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, MESH: Phenotype, Article, REGION, MESH: Intellectual Disability, NEUROGENESIS, Dysgenesis, FEZF2, medicine, MESH: Mice, MESH: Adolescent, MESH: Humans, MUTATIONS, business.industry, MESH: Child, Preschool, MESH: Adult, medicine.disease, MESH: Male, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, biology.protein, Autism, TBR1, business, Neurocognitive, MESH: Female
Abstract: International audience; TBR1, a T-box transcription factor expressed in the cerebral cortex, regulates the expression of several candidate genes for autism spectrum disorders (ASD). Although TBR1 has been reported as a high-confidence risk gene for ASD and intellectual disability (ID) in functional and clinical reports since 2011, TBR1 has only recently been recorded as a human disease gene in the OMIM database. Currently, the neurodevelopmental disorders and structural brain anomalies associated with TBR1 variants are not well characterized. Through international data sharing, we collected data from 25 unreported individuals and compared them with data from the literature. We evaluated structural brain anomalies in seven individuals by analysis of MRI images, and compared these with anomalies observed in TBR1 mutant mice. The phenotype included ID in all individuals, associated to autistic traits in 76% of them. No recognizable facial phenotype could be identified. MRI analysis revealed a reduction of the anterior commissure and suggested new features including dysplastic hippocampus and subtle neocortical dysgenesis. This report supports the role of TBR1 in ID associated with autistic traits and suggests new structural brain malformations in humans. We hope this work will help geneticists to interpret TBR1 variants and diagnose ASD probands.
Published: 2020

32. X-linked muscular dystrophy in a Labrador Retriever strain: phenotypic and molecular characterisation

Author: Jean-Laurent Thibaud, Christophe Béroud, Adeline Vulin, Kevin M. Flanigan, Nicolas Wein, Nathalie Deburgrave, Stéphane Blot, Jean-Claude Kaplan, Isabel Punzón, Laurent Tiret, Cécile Peccate, Robert B. Weiss, Catherine Escriou, Inès Barthélémy, Nadège Calmels, Luis Garcia, Carole Drougard, Gestionnaire, Hal Sorbonne Université, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Service de biochimie et de génétique moléculaire [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, University of Utah School of Medicine [Salt Lake City], Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Ohio State University [Columbus] (OSU), Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut de Myologie, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Génétique Moléculaire [Hôpital de la Timone - APHM], Département de génétique médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Handicap neuromusculaire : Physiopathologie, Biothérapie et Pharmacologies appliquées (END-ICAP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Sorbonne Université (SU), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), and Centre de Recherche en Myologie
Subjects: 0301 basic medicine, Male, lcsh:Diseases of the musculoskeletal system, Duchenne muscular dystrophy, [SDV]Life Sciences [q-bio], Canine, Dystrophin, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Dogs, LRMD, DMD, medicine, Dog, X-linked muscular dystrophy, Animals, Orthopedics and Sports Medicine, Animal model, Disease-causing Mutation, Muscular dystrophy, Muscle, Skeletal, Molecular Biology, Gene, Genetics, Genes, Modifier, biology, Research, Inversion, Cell Biology, medicine.disease, Phenotype, 3. Good health, Muscular Dystrophy, Duchenne, [SDV] Life Sciences [q-bio], Disease Models, Animal, 030104 developmental biology, Mutation, biology.protein, Labrador Retriever, lcsh:RC925-935, Dp71, 030217 neurology & neurosurgery, Neuromuscular disorders
Abstract: Background Canine models of Duchenne muscular dystrophy (DMD) are a valuable tool to evaluate potential therapies because they faithfully reproduce the human disease. Several cases of dystrophinopathies have been described in canines, but the Golden Retriever muscular dystrophy (GRMD) model remains the most used in preclinical studies. Here, we report a new spontaneous dystrophinopathy in a Labrador Retriever strain, named Labrador Retriever muscular dystrophy (LRMD). Methods A colony of LRMD dogs was established from spontaneous cases. Fourteen LRMD dogs were followed-up and compared to the GRMD standard using several functional tests. The disease causing mutation was studied by several molecular techniques and identified using RNA-sequencing. Results The main clinical features of the GRMD disease were found in LRMD dogs; the functional tests provided data roughly overlapping with those measured in GRMD dogs, with similar inter-individual heterogeneity. The LRMD causal mutation was shown to be a 2.2-Mb inversion disrupting the DMD gene within intron 20 and involving the TMEM47 gene. In skeletal muscle, the Dp71 isoform was ectopically expressed, probably as a consequence of the mutation. We found no evidence of polymorphism in either of the two described modifier genes LTBP4 and Jagged1. No differences were found in Pitpna mRNA expression levels that would explain the inter-individual variability. Conclusions This study provides a full comparative description of a new spontaneous canine model of dystrophinopathy, found to be phenotypically equivalent to the GRMD model. We report a novel large DNA mutation within the DMD gene and provide evidence that LRMD is a relevant model to pinpoint additional DMD modifier genes.
Published: 2020

33. Cost-effectiveness analysis of stereotactic body radiotherapy and surgery for medically operable early stage non small cell lung cancer

Author: A. Paix, Pierre-Emmanuel Falcoz, Georges Noël, Pierre Levy, Centre Paul Strauss, CRLCC Paul Strauss, Département de Radiations Oncologie [Centre Paul Strauss, Strasbourg], Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg (UNISTRA), Marqueurs pronostiques et facteurs de régulations des pathologies cardiaques et vasculaires - UFC ( EA 3920) (PCVP / CARDIO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Dpt chirurgie thoracique [CHU Strasbourg], CHU Strasbourg, Service de chirurgie thoracique [Strasbourg], Laboratoire d'Economie de Dauphine (LEDa), Université Paris Dauphine-PSL, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Laboratoire d'Economie et de Gestion des Organisations de Santé (Legos), and Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)
Subjects: Adult, Male, medicine.medical_specialty, Lung Neoplasms, Stereotactic body radiotherapy, Cost-Benefit Analysis, medicine.medical_treatment, 030204 cardiovascular system & hematology, Radiosurgery, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Carcinoma, Non-Small-Cell Lung, Humans, Medicine, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Stage (cooking), Lung cancer, Aged, Neoplasm Staging, Aged, 80 and over, [QFIN]Quantitative Finance [q-fin], business.industry, Cost-effectiveness analysis, Incidence (epidemiology), Hematology, Middle Aged, medicine.disease, Markov Chains, JEL: I - Health, Education, and Welfare/I.I1 - Health/I.I1.I12 - Health Behavior, 3. Good health, Surgery, JEL: I - Health, Education, and Welfare/I.I1 - Health/I.I1.I11 - Analysis of Health Care Markets, Oncology, 030220 oncology & carcinogenesis, Video-assisted thoracoscopic surgery, Lobectomy, Non small cell lung cancer, Female, Non small cell, business, Lung cancer screening
Abstract: Background Projections estimate an increase of 50% of the incidence of lung cancer by 2030. Early-stage non-small cell lung cancer represented 19% of NSCLC cases diagnosed in the US between 2005 and 2011. There is rising evidence in favour of lung cancer screening, which will reduce the occurrence of later-stage lung cancers while raising the incidence of early-stage NSCLC. Current guidelines state that for early-stage NSCLC, surgical resection should be performed, and stereotactic body radiotherapy (SBRT) is an option for patients who are non-medically operable. In this study, we compared the cost-effectiveness of SBRT with lobectomy in medically operable patients. Methods We developed a Markov model based on the survival results of two randomized studies comparing SBRT and video assisted thoracoscopic surgery (VATS) lobectomy in early-stage NSCLC, to describe survival and treatment related complications of patients treated for early-stage NSCLC. This analysis was conducted from the French payer perspective on a lifetime perspective. Utility values, recurrence risks, and costs were adapted from the literature. Deterministic (DSA) and probabilistic (PSA) sensitivity analyses were performed to assess the influence of the assumptions made. Results The Markov model developed was consistent with survival data reported in the pool analysis of the randomized studies. SBRT and lobectomy total costs were 9,234.15€ and 10,726.98€, respectively, and the quality-adjusted life expectancies were 16.35 and 15.80 QALYs, respectively. The DSA, run on every assumption made, revealed that the incremental cost-effectiveness ratio was mainly sensitive to the decrement of utility caused by treatment related complications and initial cost of both surgery and SBRT. The PSA showed that SBRT had the highest probability of cost-effectiveness compared to lobectomy. Conclusions This is the first medico-economic study evaluating SBRT and lobectomy in stage I NSCLC based on randomized studies, and our analyses suggest that SBRT is dominant over lobectomy in operable early-stage NSCLC treatment. Deterministic and probabilistic sensitivity analyses confirmed that this result was robust and that it was not modified by the assumptions made in the Markov model building.
Published: 2018

34. Growth charts in Kabuki syndrome 1

Author: Claire Jeandel, Caroline Michot, Odile Boute, Mario Abaji, Stanislas Lyonnet, Julie Reversat, Lucile Pinson, Sandrine Akouete, Bertrand Isidor, Marie-Ange Delrue, Valérie Cormier-Daire, Isabelle Touitou, Pierre Sarda, Bérénice Doray, Tiffany Busa, Anne Moncla, Véra Georgescu, Alice Goldenberg, Damien Sanlaville, Cyril Amouroux, Elodie Sanchez, Mélanie Fradin, Guilaine Boursier, Didier Lacombe, Mouna Barat-Houari, Annick Toutain, Brigitte Gilbert-Dussardier, David Geneviève, Fabienne Giuliano, Kim Hanh Le Quan Sang, Joelle Roume, Marianne Till, Yves Alembick, Nicole Philip, Elise Schaefer, Marjolaine Willems, Claire Duflos, Aurélia Jacquette, Eudeline Alix, Sébastien Moutton, Adeline Bonnard, Vincent Gatinois, Marie-Pierre Cordier, Clarisse Baumann, Martine Le Merrer, Marie-Line Jacquemont, Lydie Burglen, Valentin Ruault, Laurence Faivre, Carole Corsini, Sylvie Manouvrier, Svetlana Gorokhova, Anna Pelet, Delphine Héron, Sylvie Odent, Jeanne Amiel, Département de génétique médicale, maladies rares et médecine personnalisée [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Département d'Information Médicale [CHRU Montpellier], Département de génétique médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Laboratoire de Cytogénétique Constitutionnelle [Hospices civils de Lyon], Hospices Civils de Lyon (HCL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement (Inserm U781), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Hôpital Robert Debré Paris, Hôpital Robert Debré, Hôpital Jeanne de Flandres, Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de génétique et embryologie médicales [CHU Trousseau], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Hôpital Pellegrin, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Hôpital d'Enfants [CHU Dijon], Hôpital du Bocage, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Service Génétique Médicale [CHU Poitiers], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Dpt génétique médicale [CHU Nice], Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Département de génétique [CHU Rouen] (Centre Normandie de Génomique et de Médecine Personnalisée), CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Hôpital saint Pierre, GH Sud Réunion, Centre de référence des maladies endocriniennes rares de la croissance et du développement [CHU Pitié-Salpêtrière], Département Pédiatrie [CHRU Montpellier], Pôle Femme Mère Enfant [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), centre hospitalier intercommunal de Poissy/Saint-Germain-en-Laye - CHIPS [Poissy], Hôpital Bretonneau, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Département génétique méd, mal rares et médecine personnalisée [CHRU de Montpellier], Pôle Biologie-Pathologie [CHRU Montpellier], Salvy-Córdoba, Nathalie, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre hospitalier intercommunal de Poissy/Saint-Germain-en-Laye - CHIPS [Poissy]
Subjects: Male, MESH: Neoplasm Proteins, CHILDREN, Growth, MESH: Growth Charts, Body Mass Index, MALFORMATION, Parental target size, MESH: Child, KDM6A, Growth Charts, Child, Specific curves, Genetics (clinical), 2. Zero hunger, Genetics & Heredity, Histone Demethylases, 0303 health sciences, education.field_of_study, 030305 genetics & heredity, Increase size, Circumference, MESH: Hematologic Diseases, Adult height, 3. Good health, Neoplasm Proteins, DNA-Binding Proteins, Vestibular Diseases, Child, Preschool, Cohort, MLL2, Female, MESH: Vestibular Diseases, Life Sciences & Biomedicine, MESH: Face, growth hormone deficiency, MESH: Abnormalities, Multiple, MESH: Mutation, Adolescent, growth, Population, [SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Growth hormone deficiency, MESH: Body Mass Index, 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.PED] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pediatrics, EARS, MESH: Body Height, MESH: Histone Demethylases, Genetics, medicine, Humans, Abnormalities, Multiple, education, 030304 developmental biology, MESH: Adolescent, [SDV.MHEP.PED]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pediatrics, Science & Technology, Kabuki syndrome, MESH: Humans, business.industry, MUTATIONS, Body Weight, MESH: Child, Preschool, specific curves, MAKE-UP-SYNDROME, medicine.disease, Hematologic Diseases, Body Height, MESH: Male, MESH: Body Weight, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, parental target size, Face, Mutation, business, Body mass index, MESH: Female, MESH: DNA-Binding Proteins, Demography
Abstract: Kabuki syndrome (KS, KS1: OMIM 147920 and KS2: OMIM 300867) is caused by pathogenic variations in KMT2D or KDM6A. KS is characterized by multiple congenital anomalies and neurodevelopmental disorders. Growth restriction is frequently reported. Here we aimed to create specific growth charts for individuals with KS1, identify parameters used for size prognosis and investigate the impact of growth hormone therapy on adult height. Growth parameters and parental size were obtained for 95 KS1 individuals (41 females). Growth charts for height, weight, body mass index (BMI) and occipitofrontal circumference were generated in standard deviation values for the first time in KS1. Statural growth of KS1 individuals was compared to parental target size. According to the charts, height, weight, BMI, and occipitofrontal circumference were lower for KS1 individuals than the normative French population. For males and females, the mean growth of KS1 individuals was -2 and -1.8 SD of their parental target size, respectively. Growth hormone therapy did not increase size beyond the predicted size. This study, from the largest cohort available, proposes growth charts for widespread use in the management of KS1, especially for size prognosis and screening of other diseases responsible for growth impairment beyond a calculated specific target size. ispartof: AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS PART A vol:182 issue:3 pages:446-453 ispartof: location:United States status: published
Published: 2019

35. Morphological features in juvenile Huntington disease associated with cerebellar atrophy — magnetic resonance imaging morphometric analysis

Author: Guillaume Deverrière, Clémentine Dumant-Forrest, Jean-Nicolas Dacher, Alice Goldenberg, Catherine Vanhulle, Emmanuel Gerardin, Pierre-Hugues Vivier, Lucie Guyant-Maréchal, Pauline Treguier, Abderrahmane Hedjoudje, Isabelle Michelet, Didier Devys, Gaël Nicolas, Service d'imagerie médicale [CHU Rouen], Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Génétique du cancer et des maladies neuropsychiatriques (GMFC), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de génétique [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Service de pédiatrie néonatale et réanimation - neuropédiatrie [CHU Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Service de neurophysiologie [Rouen], Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, DACHER, Jean Nicolas, Hôpital Charles Nicolle [Rouen], and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Cerebellum, Pathology, medicine.medical_specialty, Caudate nucleus, Grey matter, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Cerebellar Diseases, Cortex (anatomy), mental disorders, medicine, Humans, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, MESH: Brain, Cerebellar atrophy, Children, Juvenile Huntington disease, Magnetic resonance imaging, Voxel-based morphometry, [SDV.MHEP.OS]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Sensory Organs, Child, medicine.diagnostic_test, Cerebrum, business.industry, Siblings, Putamen, Infant, Magnetic Resonance Imaging, nervous system diseases, Huntington Disease, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, nervous system, [SDV.MHEP.OS] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Sensory Organs, Child, Preschool, Pediatrics, Perinatology and Child Health, Female, Atrophy, business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; BACKGROUND:The imaging features of Huntington disease are well known in adults, unlike in juvenile-onset Huntington disease.OBJECTIVE:To conduct a morphometric magnetic resonance imaging (MRI) analysis in three juvenile Huntington disease patients (ages 2, 4 and 6 years old) to determine whether quantitative cerebral and cerebellar morphological metrics may provide diagnostically interesting patterns of cerebellar and cerebellar atrophy.MATERIALS AND METHODS:We report the cases of three siblings with extremely early presentations of juvenile Huntington disease associated with dramatic expansions of the morbid paternal allele from 43 to more than 100 CAG trinucleotide repeats. Automatic segmentation of MRI images of the cerebrum and cerebellum was performed and volumes of cerebral substructures and cerebellar lobules of juvenile Huntington disease patients were compared to those of 30 normal gender- and age-matched controls. Juvenile Huntington disease segmented volumes were compared to those of age-matched controls by using a z-score.RESULTS:Three cerebral substructures (caudate nucleus, putamen and globus pallidus) demonstrated a reduction in size of more than three standard deviations from the normal mean although it was not salient in one of them at clinical reading and was not diagnosed. The size of cerebellum lobules, cerebellum grey matter and cerebellum cortex was reduced by more than two standard deviations in the three patients. The cerebellar atrophy was predominant in the posterior lobe.CONCLUSION:Our study sheds light on atrophic cerebral and cerebellar structures in juvenile Huntington disease. Automatic segmentations of the cerebellum provide patterns that may be of diagnostic interest in this disease.
Published: 2018

36. SCA13 causes dominantly inherited non-progressive myoclonus ataxia

Author: Claire Ewenczyk, Mathilde Renaud, Claire Guissart, Solveig Montaut, Emmanuelle Apartis, Jean-Baptiste Chanson, André Pierre Legrand, Alexandra Durr, Mathieu Anheim, Jean Muller, Christine Tranchant, Michel Koenig, Vincent Laugel, CHU Strasbourg, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de physiologie [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg (UNISTRA), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire de génétique des maladies rares. Pathologie moleculaire, etudes fonctionnelles et banque de données génétiques (LGMR), Université Montpellier 1 (UM1)-IFR3, Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Laboratoire de Génétique Médicale (LGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL), CHU Saint-Antoine [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: Male, Myoclonus, 0301 basic medicine, Pediatrics, Movement disorders, Audiology, 0302 clinical medicine, Autosomal dominant cerebellar ataxia, Neurogenetics, Cerebellar ataxia, Movement disorder, Neurologic Examination, medicine.diagnostic_test, Brain, Electroencephalography, Middle Aged, 3. Good health, Ataxins, Neurology, Spinocerebellar ataxia, Female, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], medicine.symptom, Adult, congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities, medicine.medical_specialty, Ataxia, Adolescent, Neurological examination, Young Adult, 03 medical and health sciences, mental disorders, medicine, Humans, Spinocerebellar Ataxias, Family Health, Electromyography, business.industry, medicine.disease, nervous system diseases, 030104 developmental biology, Mutation, Neurology (clinical), Geriatrics and Gerontology, Age of onset, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Introduction Spinocerebellar ataxia 13 (SCA13) is a rare autosomal dominant cerebellar ataxia. To our knowledge, its association to movement disorders has never been described. We aimed at reporting 8 new SCA13 cases with a focus on movement disorders especially myoclonus. Methods We performed a detailed neurological examination and neurophysiological recording in 8 patients consecutively diagnosed with SCA13 between December 2013 and October 2015 and followed up in two French tertiary centers. Results We identified mild subcortical myoclonus in all patients, with a homogenous clinical and electrophysiological pattern. Myoclonus ataxia was very slowly progressive, like the other symptoms of the disease, whatever the age of onset. Patients with R423H mutation had an earlier age of onset than patients with R420H mutation. Conclusions Myoclonus appears to be frequent in SCA13. SCA13 should be considered facing non-progressive autosomal dominant myoclonus ataxia, and polymyographic recording should be included in the diagnosis work.
Published: 2017

37. A no-stop mutation in MAGEB4 is a possible cause of rare X-linked azoospermia and oligozoospermia in a consanguineous Turkish family

Author: Moncef Benkhalifa, Stéphane Viville, Sabine Kliesch, Nicolas Charlet-Berguerand, Munevver Serdarogullari, Angeline Gaucherot, Isabelle Aknin, Ozlem Okutman, Frank Tüttelmann, Viviana Herbepin, Mustafa Bahceci, Meral Gultomruk, Ellen Goossens, Jean Marie Garnier, Valérie Lamour, Yoni Baert, Jean Muller, Emre Bakircioglu, Valerie Skory, Marius Teletin, Albrecht Röpke, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamique des interactions Hôte pathogène, Université de Strasbourg (UNISTRA), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Laboratoire de Génétique Médicale (LGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Vrije Universiteit Brussel (VUB), Sisli Florence Nightingale Hospital [Istanbul, Turkey], University of Münster, CHU de Saint-Étienne Hôpital Nord (Saint Etienne), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg, Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster (WWU), Périnatalité et Risques Toxiques - UMR INERIS_I 1 (PERITOX), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, CHARLET BERGUERAND, NICOLAS, Biology of the Testis, Basic (bio-) Medical Sciences, Faculty of Medicine and Pharmacy, and Surgical clinical sciences
Subjects: Male, RNA, Messenger/genetics, 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Aucun, Whole Exome Sequencing, Sciences du Vivant [q-bio]/Génétique, Male infertility, Consanguinity, 0302 clinical medicine, Gene Frequency, Neoplasm Proteins/genetics, Genes, X-Linked, genetics, Exome, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Genetics (clinical), Exome sequencing, Azoospermia, Genetics, Sanger sequencing, 030219 obstetrics & reproductive medicine, Homozygote, Obstetrics and Gynecology, General Medicine, Neoplasm Proteins, Pedigree, [SDV] Life Sciences [q-bio], Antigens, Neoplasm/genetics, Sciences du Vivant [q-bio]/Biologie de la reproduction, Mutation (genetic algorithm), symbols, Azoospermia/genetics, Adult, Child, preschool, Sciences du Vivant [q-bio]/Médecine humaine et pathologie, Biology, Polymorphism, Single Nucleotide, Infertility, Male/genetics, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, Antigens, Neoplasm, Exome Sequencing, medicine, Humans, RNA, Messenger, Gene, Infertility, Male, Oligospermia/genetics, pathology, Oligospermia, medicine.disease, Genes, X-Linked/genetics, 030104 developmental biology, Reproductive Medicine, mutation, Developmental Biology
Abstract: PURPOSE: The purpose of this study was to identify mutations that cause non-syndromic male infertility using whole exome sequencing of family cases. METHODS: We recruited a consanguineous Turkish family comprising nine siblings with male triplets; two of the triplets were infertile as well as one younger infertile brother. Whole exome sequencing (WES) performed on two azoospermic brothers identified a mutation in the melanoma antigen family B4 (MAGEB4) gene which was confirmed via Sanger sequencing and then screened for on control groups and unrelated infertile subjects. The effect of the mutation on messenger RNA (mRNA) and protein levels was tested after in vitro cell transfection. Structural features of MAGEB4 were predicted throughout the conserved MAGE domain. RESULTS: The novel single-base substitution (c.1041A>T) in the X-linked MAGEB4 gene was identified as a no-stop mutation. The mutation is predicted to add 24 amino acids to the C-terminus of MAGEB4. Our functional studies were unable to detect any effect either on mRNA stability, intracellular localization of the protein, or the ability to homodimerize/heterodimerize with other MAGE proteins. We thus hypothesize that these additional amino acids may affect the proper protein interactions with MAGEB4 partners. CONCLUSION: The whole exome analysis of a consanguineous Turkish family revealed MAGEB4 as a possible new X-linked cause of inherited male infertility. This study provides the first clue to the physiological function of a MAGE protein. journal article 2017 May 2017 04 11 imported
Published: 2017

38. De novo variants in CNOT3 cause a variable neurodevelopmental disorder

Author: A. van Haeringen, Laurence Faivre, S Tomkins, Amélie Piton, Shelagh Joss, Emmelien Aten, C I de Bie, Ruth Newbury-Ecob, Emma Kivuva, R Ibitoye, Els A. J. Peeters, Miranda Splitt, Bronwyn Kerr, F Tranmauthem, Nicola Foulds, Andrew Collins, J Kennedy, David Geneviève, Marije Koopmans, Richard Martin, Sarah F. Smithson, Nolwenn Jean-Marçais, Jacques C. Giltay, Institute of Genetic Medicine [Newcastle], Newcastle University [Newcastle], Service de génétique médicale [Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Arnaud de Villeneuve, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Leiden University Medical Center (LUMC), University of Southampton, University Medical Center [Utrecht], Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), University of Glasgow, University Hospitals Bristol, Manchester Academic Health Science Centre (MAHSC), University of Manchester [Manchester], University of Exeter Medical School, University of Exeter, Unité de Biotechnologie, Biocatalyse et Biorégulation (U3B), Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), St. Michael's Hospital, Haga Teaching Hospital [Hague], University of Bristol [Bristol], Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], and Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg
Subjects: Male, Proband, Developmental Disabilities, Developmental disorder, Mutation, Missense, Novo variants in CNOT3, Hypotonia, Haploinsufficiency, Biology, Article, 03 medical and health sciences, Neurodevelopmental disorder, Intellectual Disability, Exome Sequencing, Genetics, medicine, Humans, Learning, Missense mutation, Exome, Genetic Predisposition to Disease, Amino Acid Sequence, Genetic Association Studies, Genetics (clinical), Exome sequencing, Behavior, 0303 health sciences, 030305 genetics & heredity, Genetic Variation, medicine.disease, United Kingdom, Musculoskeletal Abnormalities, Phenotype, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Neurodevelopmental Disorders, Muscle Hypotonia, Female, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], medicine.symptom, Ireland, Sequence Alignment, Transcription Factors
Abstract: International audience; As a result of exome-based sequencing work performed by the DDD study, de novo variants in CNOT3 have emerged as a newly recognised cause of a developmental disorder. This paper describes molecular and clinical details of 16 probands with developmental disorders and de novo CNOT3 variants. It is the first such description of the developmental phenotype associated with CNOT3 variants. Eight of these cases were discovered as part of the DDD study, while the other eight were found as a result of large-scale sequencing work performed by other groups. A highly specific phenotype was not recognised in these 16 cases. The most consistent phenotypic features seen in subjects with de novo variants in CNOT3 were hypotonia, relatively small stature, developmental delay, behavioural problems and intellectual disability. There is no easily recognisable facial phenotype, but some common dysmorphic features such as anteverted nares, thin upper lip and low set eyebrows were shared among some of the probands. Haploinsufficiency appears to be the most likely mechanism of action, with eight cases found to have protein-truncating variants. Of the other eight cases (all missense variants), three share an amino acid substitution at the same position which may therefore represent an important functional domain.
Published: 2019

39. Méningiomes de la base du crâne : efficacité clinique et radiologique basée sur une analyse volumétrique quantitative

Author: Georges Noël, Alicia Thiery, P. Wagner, F. Proust, Delphine Antoni, R. Srour, Y. Brahimi, A. Labani, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, and Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC)
Subjects: 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Oncology, Stereotactic radiation, business.industry, 030220 oncology & carcinogenesis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Medicine, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Intensity-modulated radiation therapy, business, Nuclear medicine, 3. Good health
Abstract: Resume Objectif de l’etude Recherche d’une correlation entre efficacite clinique et radiologique basee sur un suivi volumetrique quantitatif apres irradiation de meningiomes de la base du crâne. Materiel et methodes Les donnees de 35 patients pris en charge, soit par tomotherapie helicoidale (45,7 %), soit par radiotherapie fractionnee en conditions stereotaxiques (54,3 %), ont ete retrospectivement analysees. Il s’agissait principalement de femmes (94 %) de 59 ans (43–81) avec des lesions du sinus caverneux (60 %). Il y avait une mediane de 2 (1–4) symptomes par patient, principalement des troubles visuels (39 %), des deficits des nerfs crâniens (23,4 %) et les cephalees (17,2 %). Resultats Le volume tumoral avait significativement diminue (p Conclusion Le suivi volumetrique quantitatif permet de mettre en evidence une efficacite radiologique majeure de la radiotherapie. Cependant, aucune correlation franche entre efficacite clinique et radiologique n’a ete retrouvee.
Published: 2019

40. Particular forms of xeroderma pigmentosum and Cockayne syndrome in the Tunisian population

Author: Chikhaoui, A., Krawa, I., Calmels, N., Obringer, C., Elouej, S., Sandre-Giovannoli, A., Levy, N., Zghal, M., Ricchetti, M., Laugel, V., Turki, I., Abdelhak, S., Houda Yacoub-Youssef, Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique - Biomedical Genomics and Oncogenetics Laboratory (LR11IPT05), Université de Tunis El Manar (UTM)-Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut national de neurologie Mongi-Ben Hamida [Tunis], Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Laboratoire de Génétique Médicale (LGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Charles Nicolle [Tunis], Département de Biologie du Développement et Cellules souches - Department of Developmental and Stem Cell Biology, Institut Pasteur [Paris], Cellules Souches et Développement / Stem Cells and Development, and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics
Abstract: Annual Meeting of the British-Society-for-Investigative-Dermatology, Univ Bradford, Bradford, ENGLAND, APR 01-03, 2019; International audience; International Symposium on Xeroderma Pigmentosum and other Nucleotide Excision Repair Disorders Downing College, University of Cambridge, Cambridge, UK. 20–22 March 2019
Published: 2019

41. Familial breast cancer and DNA repair genes: Insights into known and novel susceptibility genes from the GENESIS study, and implications for multigene panel testing

Author: Girard, Elodie, Eon-Marchais, Séverine, Olaso, François, Renault, Anne, Damiola, Francesca, Dondon, Marie-Gabrielle, Barjhoux, Laure, Goidin, Didier, Meyer, François, Le Gal, Dorothée, Beauvallet, Juana, Mebirouk, Noura, Lonjou, Christine, Coignard, Julie, Marcou, Morgane, Cavaciuti, Eve, Baulard, François, Bihoreau, François, Cohen-Haguenauer, Odile, Leroux, Dominique, Penet, Jean, Fert-Ferrer, Sandra, Colas, Chrystelle, Frebourg, Thierry, Eisinger, François, Adenis, Claude, Fajac, Anne, Gladieff, Laurence, Tinat, Julie, Floquet, Anne, Chiesa, Jean, Giraud, Sophie, Mortemousque, Isabelle, Soubrier, Florent, Audebert-Bellanger, Séverine, Limacher, Jean-Marc, Lasset, Christine, Lejeune-Dumoulin, Sophie, Dreyfus, Catherine, Bignon, Yves-Jean, Longy, Michel, Pujol, Pascal, Venat-Bouvet, Laurence, Bonadona, Valérie, Berthet, Pascaline, Luporsi, Elisabeth, Maugard, Christine, Noguès, Catherine, Delnatte, Capucine, Fricker, Paul, Gesta, Paul, Faivre, Laurence, Lortholary, Alain, Buecher, Bruno, Caron, Olivier, Gauthier-Villars, Marion, Coupier, Isabelle, Servant, Nicolas, Boland, Anne, Mazoyer, Sylvie, Deleuze, Jean-François, Stoppa-Lyonnet, Dominique, Andrieu, Nadine, Lesueur, Fabienne, Université Paris sciences et lettres (PSL), Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe, Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Génotypage (CNG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mixte de Génétique Constitutionnelle des Cancers Fréquents, Centre Léon Bérard [Lyon]-Hospices Civils de Lyon (HCL), Life Sciences and Diagnostics Group [Les Ulis, France], Agilent Technologies France, Laboratoire Information, Milieux, Médias, Médiations - EA 3820 (I3M), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université de Toulon (UTLN), Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Traitement Algorithmique et Matériel de la Communication, de l'Information et de la Connaissance (TAMCIC), Ecole Nationale Supérieure des Télécommunications de Bretagne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CRLCC Jean Godinot, Centre Hospitalier de Chambéry (C.H.de Chambéry), Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Département de Génétique [Institut Curie, Paris] (Unité de Pharmacogénomique), Institut Curie [Paris], Génétique médicale et fonctionnelle du cancer et des maladies neuropsychiatriques, Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Régional de Lutte contre le Cancer Oscar Lambret [Lille] (UNICANCER/Lille), Université de Lille-UNICANCER, CHU Tenon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Claudius Regaud, Service de génétique [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Département d'oncologie médicale, Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER-UNICANCER, Laboratoire de Cytogénétique, Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Institut des Biomolécules Max Mousseron [Pôle Chimie Balard] (IBMM), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Service de génétique [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Génétique épidémiologique et moléculaire des pathologies cardiovasculaires, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR14-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Génétique Moléculaire et d'Histocompatibilité [Brest], Hôpital Morvan [Brest]-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Hôpital pasteur [Colmar], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Jeanne de Flandres, Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Institut Sainte Catherine [Avignon], Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques (IMoST), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Département de pathologie, Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Hôpital Dupuytren [CHU Limoges], Biostatistiques santé, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Consultation d'Oncogénétique, Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre Alexis Vautrin (CAV), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Laboratoire d'Oncogénétique, CRLCC René Huguenin, CRLCC René Gauducheau, Service d'Oncologie Médicale [Strasbourg] (UNICANCER Centre Paul Strauss), Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Centre Hospitalier Georges Renon [Niort] (CH Georges Renon Niort), Génétique des Anomalies du Développement (GAD), Université de Bourgogne (UB)-IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Centre Catherine-de-Sienne [Nantes] (CCS), Service de Génétique Oncologique, Onco-génétique, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Unité d'Oncogénétique, CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque, Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de génétique et biologie des cancers (U830), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Grant sponsor: comprehensive cancer center SiRIC, Grant numbers: INCa-DGOS-4654, Grant sponsor: Fondation ARC pour la recherche sur le cancer, Grant numbers: PJA 20151203365, Grant sponsor: France Génomique National infrastructure, Grant numbers: ANR-10-INBS-09, Grant sponsor: Institut National du Cancer (INCa), Grant numbers: b2008-029/LL-LC, Grant sponsor: Ligue Comité de Paris, Grant numbers: RS15/75-78, Grant sponsor: Ligue Nationale Contre le Cancer, Grant numbers: PRE05/DSL PRE07/DSL PRE11/NA., Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Cancer et génôme: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe, MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiologie des cancers : Radiocarcinogénèse et effets iatrogènes des traitements, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), E06, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Unité Mixte de Génétique Constitutionnelle des Cancers Fréquents, Centre Léon Bérard [Lyon]-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S), UMS omique (OMIQUE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CRESS, Université de Franche-Comté (UFC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Service de génétique médicale CHU Grenoble Hôpital Couple Enfant, CHU Grenoble, CHU Saint-Antoine [APHP], Génétique du cancer et des maladies neuropsychiatriques (GMFC), Centre oscar lambert, service d'hématologie chu, CHU Tenon [APHP], CRLCC Institut Claudius Regaud, Centre Beninois pour l'Environnement et le développement économique et Social (CEBEDES), Service de Génétique Clinique [CHRU Nïmes], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nîmes (CHRU Nîmes), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition (ICAN), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Service de Pédiatrie et de Génétique Médicale, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille], Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques - Clermont Auvergne (IMoST), Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Jean Perrin, CRLCC Jean Perrin, Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux, Service d'Oncologie médicale [CHU Limoges], CHU Limoges, Génétique épidémiologique et structures des populations humaines (Inserm U535), Epidémiologie, sciences sociales, santé publique (IFR 69), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse (CRLC François Baclesse ), Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Laboratoire de diagnostic génétique, Hôpital Universitaire de Strasbourg, Strasbourg, Centre René Gauducheau, Genetic and Immunology Medical Institute (GIMI), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] (EFS [Bourgogne-France-Comté])-Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL), Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD, Institut Gustave Roussy (IGR), Service d'oncogénétique, Institut Curie, Service de génétique médicale [Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Arnaud de Villeneuve, Equipe 6, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Méthodologie statistique et épidémiologie génétique des maladies multifactorielles, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Section Génétique - Groupe Prédispositions génétiques au cancer, Centre International de Recherche contre le Cancer (CIRC), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure des Télécommunications de Bretagne, Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Lille Nord de France (COMUE)-UNICANCER, Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU), Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Andrieu, Nadine, Institut Curie [Paris]-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)
Subjects: Adult, DNA Repair, case-control study, [SDV]Life Sciences [q-bio], Breast Neoplasms, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Risk Assessment, Cancer Genetics and Epigenetics, breast cancer, multigene panel testing, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Humans, Genetic Predisposition to Disease, Genetic Testing, Aged, Aged, 80 and over, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Siblings, case–control study, Middle Aged, [SDV] Life Sciences [q-bio], variant, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Case-Control Studies, Female, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, exome sequencing
Abstract: Pathogenic variants in BRCA1 and BRCA2 only explain the underlying genetic cause of about 10% of hereditary breast and ovarian cancer families. Because of cost‐effectiveness, multigene panel testing is often performed even if the clinical utility of testing most of the genes remains questionable. The purpose of our study was to assess the contribution of rare, deleterious‐predicted variants in DNA repair genes in familial breast cancer (BC) in a well‐characterized and homogeneous population. We analyzed 113 DNA repair genes selected from either an exome sequencing or a candidate gene approach in the GENESIS study, which includes familial BC cases with no BRCA1 or BRCA2 mutation and having a sister with BC (N = 1,207), and general population controls (N = 1,199). Sequencing data were filtered for rare loss‐of‐function variants (LoF) and likely deleterious missense variants (MV). We confirmed associations between LoF and MV in PALB2, ATM and CHEK2 and BC occurrence. We also identified for the first time associations between FANCI, MAST1, POLH and RTEL1 and BC susceptibility. Unlike other associated genes, carriers of an ATM LoF had a significantly higher risk of developing BC than carriers of an ATM MV (ORLoF = 17.4 vs. ORMV = 1.6; p Het = 0.002). Hence, our approach allowed us to specify BC relative risks associated with deleterious‐predicted variants in PALB2, ATM and CHEK2 and to add MAST1, POLH, RTEL1 and FANCI to the list of DNA repair genes possibly involved in BC susceptibility. We also highlight that different types of variants within the same gene can lead to different risk estimates., What's new? Pathogenic variants in BRCA1 and BRCA2 only explain the genetic cause of about 10% of hereditary breast and ovarian cancer families, and the clinical usefulness of testing other genes following the recent introduction of cost‐effective multigene panel sequencing in diagnostics laboratories remains questionable. This large case‐control study describes genetic variation in 113 DNA repair genes and specifies breast cancer relative risks associated with rare deleterious‐predicted variants in PALB2, ATM, and CHEK2. Importantly, different types of variants within the same gene can lead to different risk estimates. The results may help improve risk prediction models and define gene‐specific consensus management guidelines.
Published: 2019

42. Etude des mécanismes impliqués dans le processus métastatique dans le cancer colique humain : implication de l'axe CXCL12/CXCR4/CXCR7

Author: Benbrika, Radhia, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Institut Régional du Cancer-Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), Université de Strasbourg, and Dominique Guenot
Subjects: CXCR4, Épigénétique, Epigenetic, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, CXCL12, CRISPR-Cas9, CXCR7, Métastases, CCR, Metastasis, CRC
Abstract: Despite early cancer detection and therapeutic advances, the mortality rate in patients diagnosed with CRC at the metastatic stage remains very high. The aim of this work was to study the role of the chemokine CXCL12 and its two receptors CXCR4 and CXCR7 in the metastatic process. I compared the expression of the chemokine CXCL12 in human colon tumors with the associated healthy tissues, then I focused on the mechanisms regulating this expression and more particularly the epigenetic regulation. I have shown that the CXCL12 promoter is methylated in 35% of the CCR and that a lack of histone acetylation of the CXCL12 promoter causes the loss of its expression. Enzymes involved in the regulation of epigenetic mechanisms, potentially related to this acetylation defect, were identified by Array PCR on tumors and among these factors, the histone acetyl transferase PCAF, whose expression is decreased in tumors, was identified. Finally, to understand the respective role of CXCR4 and CXCR7 in metastatic spread, I invalidated the expression of both receptor genes in the human colonic line SW480 by Crispr-Cas9, and then compared the migratory capacity of the cells in vitro and their metastatic potential in vivo. Inducing a loss of expression of CXCR7 receptor did not have an impact on the development of pulmonary and hepatic metastases in vivo, but resulted in a decrease in in vitro migration.; Malgré les diagnostics précoces et les avancées thérapeutiques, le taux de mortalité chez les patients diagnostiqués d’un CCR au stade métastatique reste très élevé. L’objectif de ce travail a été d’étudier le rôle de la chimiokine CXCL12 et ses deux récepteurs CXCR4 et CXCR7 dans processus métastatique. J’ai comparé l’expression de la chimiokine CXCL12 dans des tumeurs coliques humaines avec les tissus sains associés puis je me suis intéressée aux mécanismes de régulation de cette expression et plus particulièrement la régulation épigénétique. J’ai montré que le promoteur de CXCL12 est méthylé dans 35% des CCR et qu’un défaut d’acétylation des histones du promoteur entraîne la perte d’expression de CXCL12. Des enzymes impliquées dans la régulation des mécanismes épigénétiques, potentiellement liées à ce défaut d’acétylation ont été identifiées par l’analyse des tumeurs par PCR Array et parmi ces facteurs, j’ai identifié l’histone acétyl-transférase PCAF dont l’expression est diminuée dans les tumeurs. Enfin, pour comprendre le rôle respectif de CXCR4 et de CXCR7 dans la dissémination métastatique, j’ai invalidé l’expression du gène des récepteurs dans la lignée colique humaine SW480 par Crispr-Cas9, puis j’ai comparé la capacité migratoire des cellules in vitro et leur potentiel métastatique in vivo. L’induction d’une perte d’expression du récepteur CXCR7 n’a pas eu d’impact sur le développement des métastases pulmonaire et hépatique in vivo, mais a entraîné une baisse de la migration in vitro.
Published: 2018

43. A new universal resample-stable bootstrap-based stopping criterion for PLS component construction

Author: Frédéric Bertrand, Myriam Maumy-Bertrand, Nicolas Meyer, Jérémy Magnanensi, Institut de Recherche Mathématique Avancée (IRMA), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de biostatistique, CHU Strasbourg, Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), and Labex IRMIA
Subjects: 0301 basic medicine, Statistics and Probability, Poisson distribution, 01 natural sciences, Theoretical Computer Science, 010104 statistics & probability, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, 62F40, 62F35, PLSR, Robustness (computer science), Resampling, Latent variable, Linear regression, Partial least squares regression, 0101 mathematics, Robustness, Statistics - Methodology, Mathematics, Bootstrap, PLSGLR, [STAT]Statistics [stat], Statistics - Other Statistics, 030104 developmental biology, Computational Theory and Mathematics, symbols, Statistics, Probability and Uncertainty, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], Algorithm
Abstract: We develop a new robust stopping criterion in Partial Least Squares Regressions (PLSR) components construction characterised by a high level of stability. This new criterion is defined as a universal one since it is suitable both for PLSR and its extension to Generalized Linear Regressions (PLSGLR). This criterion is based on a non-parametric bootstrap process and has to be computed algorithmically. It allows to test each successive components on a preset significant level alpha. In order to assess its performances and robustness with respect to different noise levels, we perform intensive datasets simulations, with a preset and known number of components to extract, both in the case n>p (n being the number of subjects and p the number of original predictors), and for datasets with n, Comment: 31 pages, 20 figures
Published: 2016

44. Genetic evaluation of patients with non-syndromic male infertility

Author: Moncef Benkhalifa, Ozlem Okutman, Maroua Ben Rhouma, Jean Muller, Stéphane Viville, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Périnatalité et Risques Toxiques - UMR INERIS_I 1 (PERITOX), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, and Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg
Subjects: 0301 basic medicine, Infertility, Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], media_common.quotation_subject, Fertility, Review, Bioinformatics, Male infertility, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Gene panel, Genetics, medicine, Humans, Spermatogenesis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Genetics (clinical), Selection (genetic algorithm), Infertility, Male, media_common, Chromosome Aberrations, 030219 obstetrics & reproductive medicine, business.industry, Obstetrics and Gynecology, General Medicine, medicine.disease, Testicular sperm extraction, 030104 developmental biology, Reproductive Medicine, Evaluation Studies as Topic, Identification (biology), business, Non syndromic, Developmental Biology
Abstract: PURPOSE: This review provides an update on the genetics of male infertility with emphasis on the current state of research, the genetic disorders that can lead to non-syndromic male infertility, and the genetic tests available for patients. METHODS: A comprehensive review of the scientific literature referenced in PubMed was conducted using keywords related to male infertility and genetics. The search included articles with English abstracts appearing online after 2000. RESULTS: Mutations in 31 distinct genes have been identified as a cause of non-syndromic human male infertility, and the number is increasing constantly. Screening gene panels by high-throughput sequencing can be offered to patients in order to identify genes involved in various forms of human non-syndromic infertility. We propose a workflow for genetic tests which takes into account semen alterations. CONCLUSIONS: The identification and characterization of the genetic basis of male infertility have broad implications not only for understanding the cause of infertility but also in determining the prognosis, selection of treatment options, and management of couples. Genetic diagnosis is essential for the success of ART techniques and for preserving future fertility as well as the prognosis for testicular sperm extraction (TESE) and adopted therapeutics.
Published: 2018

45. Disease-causing variants in TCF4 are a frequent cause of intellectual disability: lessons from large-scale sequencing approaches in diagnosis

Author: Anne Boland, Alain Verloes, Jean-François Deleuze, Amélie Piton, Robert Olaso, Jean-Louis Mandel, Laura Mary, Laurence Faivre, Christine Coubes, Bénédicte Gérard, Elise Schaefer, David Geneviève, Claire Feger, Irina Giurgea, Estelle Colin, Francesca Mattioli, Salima El Chehadeh, Dana Timbolschi, Yline Capri, Jennifer Fabre-Teste, Elsa Nourisson, Elisabeth Flori, Magalie Barth, Laurence Perrin, Claire Redin, Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de génétique médicale, CHU Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Collège de France (CdF (institution)), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), MitoVasc - Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de génétique médicale, maladies rares et médecine personnalisée [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Unité fonctionnelle de génétique clinique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Maladies génétiques d'expression pédiatrique (U933), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Génétique, Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (CRICM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA), Service de cytogénétique, Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Physiopathologie, conséquences fonctionnelles et neuroprotection des atteintes du cerveau en développement, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-IFR2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de génétique [Robert Debré], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Robert Debré-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre National de Génotypage, Institut de Génomique, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Service d'hématologie et immunologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Physiopathologie des maladies génétiques d'expression pédiatrique (UMRS_933), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Inst MitoVasc, Equipe MitoLab, Université d'Angers (UA), Département de génétique médicale, maladies rares et médecine personnalisée [CHRU de Montpellier], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Physiopathologie des maladies génétiques d'expression pédiatrique, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], Intellectual disability, Disease, 030105 genetics & heredity, Bioinformatics, medicine.disease_cause, Transcription Factor 4, MESH: Young adult, MESH: Child, Hyperventilation, 10. No inequality, Child, MESH: Transcription factor 4 / genetics, Genetics (clinical), MESH: Hyperventilation / genetics, Sanger sequencing, Mutation, High-Throughput Nucleotide Sequencing, TCF4, 3. Good health, Phenotype, MESH: Facies, Child, Preschool, Cohort, symbols, Female, MESH: Hight-throughput Nucleotide sequencing, Adult, MESH: Mutation, Adolescent, MESH: Phenotype, Article, MESH: Child, preschool, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, Young Adult, Genetics, medicine, Humans, MESH: Adolescent, MESH: Humans, MESH: Hyperventilation / diagnosis, business.industry, Facies, MESH: Adult, medicine.disease, MESH: Male, MESH: Intellectual Disability / pathology, Human genome, business, Large-Scale Sequencing, MESH: Female
Abstract: IF 3.636 (2017); International audience; High-throughput sequencing (HTS) of human genome coding regions allows the simultaneous screen of a large number of genes, significantly improving the diagnosis of non-syndromic intellectual disabilities (ID). HTS studies permit the redefinition of the phenotypical spectrum of known disease-causing genes, escaping the clinical inclusion bias of gene-by-gene Sanger sequencing. We studied a cohort of 903 patients with ID not reminiscent of a well-known syndrome, using an ID-targeted HTS of several hundred genes and found de novo heterozygous variants in TCF4 (transcription factor 4) in eight novel patients. Piecing together the patients from this study and those from previous large-scale unbiased HTS studies, we estimated the rate of individuals with ID carrying a disease-causing TCF4 mutation to 0.7%. So far, TCF4 molecular abnormalities were known to cause a syndromic form of ID, Pitt–Hopkins syndrome (PTHS), which combines severe ID, developmental delay, absence of speech, behavioral and ventilation disorders, and a distinctive facial gestalt. Therefore, we reevaluated ten patients carrying a pathogenic or likely pathogenic variant in TCF4 (eight patients included in this study and two from our previous ID-HTS study) for PTHS criteria defined by Whalen and Marangi. A posteriori, five patients had a score highly evocative of PTHS, three were possibly consistent with this diagnosis, and two had a score below the defined PTHS threshold. In conclusion, these results highlight TCF4 as a frequent cause of moderate to profound ID and broaden the clinical spectrum associated to TCF4 mutations to nonspecific ID.
Published: 2018

46. CoDE-seq, an augmented whole-exome sequencing, enables the accurate detection of CNVs and mutations in Mendelian obesity and intellectual disability

Author: Montagne, Louise, Derhourhi, Mehdi, Piton, Amélie, Toussaint, Bénédicte, Durand, Emmanuelle, Vaillant, Emmanuel, Thuillier, Dorothée, Gaget, Stefan, De Graeve, Franck, Rabearivelo, Iandry, Lansiaux, Amélie, Lenne, Bruno, Sukno, Sylvie, Desailloud, Rachel, Cnop, Miriam, Nicolescu, Ramona, Cohen, Lior, Zagury, Jean-François, Amouyal, Mélanie, Weill, Jacques, Muller, Jean, Sand, Olivier, Delobel, Bruno, Froguel, Philippe, Bonnefond, Amélie, Metabolic functional (epi)genomics and molecular mechanisms involved in type 2 diabetes and related diseases - UMR 8199 - UMR 1283 (GI3M), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français du Proche-Orient (IFPO), MIN AFF ETRANG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Recherche translationnelle sur le diabète - U 1190 (RTD), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), European Genomic Institute for Diabetes - FR 3508 (EGID), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupement des Hôpitaux de l'Institut Catholique de Lille (GHICL), Université catholique de Lille (UCL), Hôpital Saint Vincent de Paul de Lille, Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), Périnatalité et Risques Toxiques - UMR INERIS_I 1 (PERITOX), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Université libre de Bruxelles (ULB), Laboratoire génomique, bioinformatique et applications (GBA), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM), Neuroprotection du Cerveau en Développement / Promoting Research Oriented Towards Early Cns Therapies (PROTECT), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'endocrinologie pédiatrique [CHU Lille], Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Laboratoire de Génétique Médicale (LGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imperial College London, Metabolic functional (epi)genomics and molecular mechanisms involved in type 2 diabetes and related diseases - UMR 8199 - UMR 1283 (EGENODIA (GI3M)), Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères (MEAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Européen de Génomique du Diabète - European Genomic Institute for Diabetes - FR 3508 (EGID), and HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)
Subjects: Adult, Male, lcsh:Internal medicine, congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities, Adolescent, DNA Copy Number Variations, endocrine system diseases, [SDV]Life Sciences [q-bio], Intellectual disability, Exome Sequencing, mental disorders, Humans, Point Mutation, Genetic Testing, Obesity, Child, lcsh:RC31-1245, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Oligonucleotide Array Sequence Analysis, Copy number variation, Augmented whole-exome sequencing, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Sciences bio-médicales et agricoles, Child, Preschool, Next-generation sequencing, Female, Original Article, Molecular diagnosis, Algorithms
Abstract: The molecular diagnosis of extreme forms of obesity, in which accurate detection of both copy number variations (CNVs) and point mutations, is crucial for an optimal care of the patients and genetic counseling for their families. Whole-exome sequencing (WES) has benefited considerably this molecular diagnosis, but its poor ability to detect CNVs remains a major limitation. We aimed to develop a method (CoDE-seq) enabling the accurate detection of both CNVs and point mutations in one step., SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published
Published: 2018

47. Assessment of a Targeted Gene Panel for Identification of Genes Associated With Movement Disorders

Author: Montaut, Solveig, Tranchant, Christine, Drouot, Nathalie, Rudolf, Gabrielle, Guissart, Claire, Tarabeux, Julien, Stemmelen, Tristan, Velt, Amandine, Fourrage, Cécile, Nitschké, Patrick, Gerard, Bénédicte, Mandel, Jean-Louis, Koenig, Michel, Chelly, Jamel, Anheim, Mathieu, Parkinson\textquoterights, French, Consortium, Movement Disorders, CHU Strasbourg, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Neurologie [Strasbourg], CHU Strasbourg-Hopital Civil, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg (UNISTRA), Laboratoire de génétique des maladies rares. Pathologie moleculaire, etudes fonctionnelles et banque de données génétiques (LGMR), Université Montpellier 1 (UM1)-IFR3, Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), The Clinical Bioinformatics laboratory (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Plateforme Bioinformatique [SFR Necker] (BIP-D), Structure Fédérative de Recherche Necker (SFR Necker - UMS 3633 / US24), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Collège de France (CdF (institution)), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Myoclonus, Movement disorders, [SDV]Life Sciences [q-bio], Whole Exome Sequencing, 0302 clinical medicine, 80 and over, Prospective Studies, Age of Onset, Child, Exome sequencing, Original Investigation, Dystonia, Aged, 80 and over, Movement Disorders, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Middle Aged, 3. Good health, Phenotype, Dystonic Disorders, Child, Preschool, Female, medicine.symptom, Sequence Analysis, Adult, medicine.medical_specialty, Adolescent, Cerebellar Ataxia, Genotype, 03 medical and health sciences, Young Adult, Parkinsonian Disorders, Chorea, Internal medicine, Exome Sequencing, medicine, Humans, Preschool, Aged, Cerebellar ataxia, Genetic heterogeneity, business.industry, Infant, DNA, Sequence Analysis, DNA, medicine.disease, 030104 developmental biology, Neurology (clinical), Age of onset, business, 030217 neurology & neurosurgery, Dystonic disorder
Abstract: International audience; Importance: Movement disorders are characterized by a marked genotypic and phenotypic heterogeneity, complicating diagnostic work in clinical practice and molecular diagnosis. Objective: To develop and evaluate a targeted sequencing approach using a customized panel of genes involved in movement disorders. Design, Setting and Participants: We selected 127 genes associated with movement disorders to create a customized enrichment in solution capture array. Targeted high-coverage sequencing was applied to DNA samples taken from 378 eligible patients at 1 Luxembourgian, 1 Algerian, and 25 French tertiary movement disorder centers between September 2014 and July 2016. Patients were suspected of having inherited movement disorders because of early onset, family history, and/or complex phenotypes. They were divided in 5 main movement disorder groups: parkinsonism, dystonia, chorea, paroxysmal movement disorder, and myoclonus. To compare approaches, 23 additional patients suspected of having inherited cerebellar ataxia were included, on whom whole-exome sequencing (WES) was done. Data analysis occurred from November 2015 to October 2016. Main Outcomes and Measures: Percentages of individuals with positive diagnosis, variants of unknown significance, and negative cases; mutational frequencies and clinical phenotyping of genes associated with movement disorders. Results: Of the 378 patients (of whom 208 were male [55.0%]), and with a median (range) age at disease onset of 31 (0-84) years, probable pathogenic variants were identified in 83 cases (22.0%): 46 patients with parkinsonism (55% of 83 patients), 21 patients (25.3%) with dystonia, 7 patients (8.4%) with chorea, 7 patients (8.4%) with paroxysmal movement disorders, and 2 patients (2.4%) with myoclonus as the predominant phenotype. Some genes were mutated in several cases in the cohort. Patients with pathogenic variants were significantly younger (median age, 27 years; interquartile range [IQR], 5-36 years]) than the patients without diagnosis (median age, 35 years; IQR, 15-46 years; P = .04). Diagnostic yield was significantly lower in patients with dystonia (21 of 135; 15.6%; P = .03) than in the overall cohort. Unexpected genotype-phenotype correlations in patients with pathogenic variants deviating from the classic phenotype were highlighted, and 49 novel probable pathogenic variants were identified. The WES analysis of the cohort of 23 patients with cerebellar ataxia led to an overall diagnostic yield of 26%, similar to panel analysis but at a cost 6 to 7 times greater. Conclusions and Relevance: High-coverage sequencing panel for the delineation of genes associated with movement disorders was efficient and provided a cost-effective diagnostic alternative to whole-exome and whole-genome sequencing.
Published: 2018

48. MED13L-related intellectual disability: involvement of missense variants and delineation of the phenotype

Author: Bertrand Isidor, Christine Francannet, D. Li, Samuel W. Baker, Gaëlle Vieville, Martine Doco-Fenzy, David Geneviève, I. Giurgea, Anna Gréen, Emily Fassi, Caroline Nava, Roseline Caumes, C. Fournier, Alexandra Afenjar, Françoise Devillard, Yuri A. Zarate, Damien Sanlaville, Michael Field, Elisabetta Lapi, Sandra Whalen, Emma Bedoukian, Alice Goldenberg, S. Steinwall Larsen, Jamal Ghoumid, Marjolaine Willems, M. Wenzel, Isabelle Marey, Sylvie Picker-Minh, Thomas Smol, Anne-Marie Guerrot, Dominique Bonneau, Gaetan Lesca, Delphine Héron, Elizabeth J. Bhoj, Véronique Satre, Sylvie Manouvrier-Hanu, Christine Coubes, Alain Verloes, Margarita Stefanova, Gaël Nicolas, Amélie Piton, Odile Boute-Benejean, Laurence Faivre, Caroline Thuillier, Bénédicte Gérard, Nicolas Chatron, Florence Petit, Beth Keena, Elise Boudry-Labis, C. Colson, Sonia Bouquillon, Avni Santani, Boris Keren, Lisa Ewans, Tony Roscioli, N. Le Meur, Paul Kuentz, Bryan L. Krock, Catherine Roche-Lestienne, Anne Dieux-Coeslier, Alban Ziegler, Pascale Saugier-Veber, Cyril Mignot, Vera M. Kalscheuer, Addie I. Nesbitt, Charles Coutton, Service de Génétique Médicale [Lille], Institut de génétique médicale-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Maladies RAres du DEveloppement embryonnaire et du MEtabolisme : du Phénotype au Génotype et à la Fonction - ULR 7364 (RADEME), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire de Cytogénétique Constitutionnelle [Hospices civils de Lyon], Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Trousseau [APHP], Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP ), Service de génétique [Angers], Université d'Angers (UA)-Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), MitoVasc - Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de génétique médicale, maladies rares et médecine personnalisée [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Laboratoire de Génétique Chromosomique [CHU de Grenoble], CHU Grenoble, University of New South Wales [Canberra Campus] (UNSW), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Washington University School of Medicine in St. Louis, Washington University in Saint Louis (WUSTL), Service de Génétique Médicale [CHU Clermont-Ferrand], CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Maladies génétiques d'expression pédiatrique (U933), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Génétique du cancer et des maladies neuropsychiatriques (GMFC), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Linköping university hospital, Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes], Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Azienda Ospedaliero Universitaria A. Meyer [Firenze, Italy], Charité - UniversitätsMedizin = Charité - University Hospital [Berlin], Unité fonctionnelle de génétique clinique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Département de génétique [Robert Debré], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de génétique médicale [Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Arnaud de Villeneuve, University of Arkansas for Medical Sciences (UAMS), Max Planck Institute for Molecular Genetics (MPIMG), Max-Planck-Gesellschaft, Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Service de génétique et embryologie médicales [CHU Trousseau], Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Robert Debré-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Montpellier, Equipe GAD (LNC - U1231), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Institut de génétique médicale-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Maladies RAres du DEveloppement embryonnaire et du MEtabolisme : du Phénotype au Génotype et à la Fonction ( RADEME ), Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Lille ( CHRU de Lille ) -Clinique de Génétique médicale Guy Fontaine [CHRU LIlle]-Centre de référence maladies rares Anomalies du développement [CHRU Lille], Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA), Laboratoire de Probabilités et Modèles Aléatoires (LPMA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de recherche en Hydrodynamique, Énergétique et Environnement Atmosphérique (LHEEA), École Centrale de Nantes (ECN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Service de Génétique Clinique, Hôpital Femme Mère Enfant, Centre Hospitalier Universitaire de Lyon, Laboratoire Hippolyte Fizeau (FIZEAU), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de la Côte d'Azur, Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Systèmes de Référence Temps Espace (SYRTE), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de Paris, PSL Research University (PSL)-PSL Research University (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Génétique [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Biologie, génétique et thérapies ostéoarticulaires et respiratoires (BIOTARGEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Département de génétique médicale, maladies rares et médecine personnalisée [CHRU de Montpellier], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), APERAM, Inconnu, CHU Clermont-Ferrand, Service de génétique [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), FHU TRANSLAD, Département de génétique [CHU Rouen] (Centre Normandie de Génomique et de Médecine Personnalisée), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Fossil Fuel Chemistry, University of Sofia, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement (Inserm U781), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de génétique clinique, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), and International Livestock Research Institute
Subjects: 0301 basic medicine, Male, medicine.medical_specialty, Pediatrics, Ataxia, Mutation, Missense, Intellectual disability, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, MESH: Phenotype, MESH: Intellectual Disability, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, Epilepsy, MESH: Mediator Complex, MESH: Child, Genetics, medicine, Missense mutation, Humans, Mediator complex, Child, [ SDV.GEN.GH ] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Genetics (clinical), MESH: Mutation, Missense, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, MESH: Humans, business.industry, MESH: Child, Preschool, medicine.disease, Human genetics, Hypotonia, MESH: Male, 3. Good health, MED13L, Cardiopathy, 030104 developmental biology, Phenotype, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Child, Preschool, Medical genetics, Female, medicine.symptom, Haploinsufficiency, business, MESH: Female, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: IF 3.269; International audience; Molecular anomalies in MED13L, leading to haploinsufficiency, have been reported in patients with moderate to severe intellectual disability (ID) and distinct facial features, with or without congenital heart defects. Phenotype of the patients was referred to "MED13L haploinsufficiency syndrome." Missense variants in MED13L were already previously described to cause the MED13L-related syndrome, but only in a limited number of patients. Here we report 36 patients with MED13L molecular anomaly, recruited through an international collaboration between centers of expertise for developmental anomalies. All patients presented with intellectual disability and severe language impairment. Hypotonia, ataxia, and recognizable facial gestalt were frequent findings, but not congenital heart defects. We identified seven de novo missense variations, in addition to protein-truncating variants and intragenic deletions. Missense variants clustered in two mutation hot-spots, i.e., exons 15-17 and 25-31. We found that patients carrying missense mutations had more frequently epilepsy and showed a more severe phenotype. This study ascertains missense variations in MED13L as a cause for MED13L-related intellectual disability and improves the clinical delineation of the condition.
Published: 2018

49. Efficacy of anthracycline/taxane-based neo-adjuvant chemotherapy on triple-negative breast cancer in BRCA1 / BRCA2 mutation carriers

Author: Véronique Mari, Catherine Noguès, Paul Gesta, Laurence Faivre, Thierry Petit, Jean-Pierre Fricker, Christine Lasset, Michel Velten, Emmanuelle Mouret-Fourme, Lucie Bignon, Alain Lortholary, Akila Hamimi, Laurence Gladieff, Olivier Caron, Dominique Stoppa-Lyonnet, Département de médecine oncologique, CRLCC Paul Strauss, CRLCC René Huguenin, Département de Biologie des Tumeurs, Institut Curie [Paris], Unité de génétique et biologie des cancers (U830), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR), Centre Catherine-de-Sienne [Nantes] (CCS), Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER, Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre Léon Bérard [Lyon], Centre de Lutte contre le Cancer Antoine Lacassagne [Nice] (UNICANCER/CAL), UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA), Centre Hospitalier Georges Renon [Niort] (CH Georges Renon Niort), Institut Claudius Regaud, Hôpital René HUGUENIN (Saint-Cloud), Département d'Oncologie et Hématologie [Strasbourg], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Progression tumorale et microenvironnement. Approches translationnelles et épidémiologie, Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Institut Régional du Cancer-Centre Paul Strauss : Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLCC), université de Bourgogne, LNC, Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut Curie, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL), Centre Antoine Lacassagne, CRLCC Antoine Lacassagne, and CRLCC Institut Claudius Regaud
Subjects: 0301 basic medicine, Oncology, medicine.medical_treatment, neo-adjuvant chemotherapy, BRCA2 mutation, Triple Negative Breast Neoplasms, Docetaxel, 0302 clinical medicine, Antineoplastic Combined Chemotherapy Protocols, Anthracyclines, skin and connective tissue diseases, Triple-negative breast cancer, BRCA1 Protein, Middle Aged, Neoadjuvant Therapy, 3. Good health, prognostic significance, Treatment Outcome, 030220 oncology & carcinogenesis, Mutation (genetic algorithm), triple-negative breast cancer, Female, Adult, Heterozygote, medicine.medical_specialty, Paclitaxel, Anthracycline, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Disease-Free Survival, 03 medical and health sciences, pathologic complete response, Breast cancer, BRCA1 mutation, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Internal medicine, Internal Medicine, medicine, Humans, Neo adjuvant chemotherapy, Brca1 gene, BRCA2 Protein, Chemotherapy, Taxane, business.industry, medicine.disease, 030104 developmental biology, Mutation, Surgery, business
Abstract: IF 2.424; International audience; This study aims to estimate the pathologic complete response (pCR) rate after neo-adjuvant chemotherapy and to compare disease-free survival (DFS) and overall survival (OS) between pCR and non-pCR groups of patients with triple-negative breast cancer (TNBC) and deleterious BRCA1 or BRCA2 mutation. We carried out a retrospective analysis of 53 patients including 46 BRCA1, 6 BRCA2, and 1 combined BRCA1 and BRCA2 mutation. All patients had been diagnosed with triple-negative breast cancer (TNBC) between 1997 and 2014. Neo-adjuvant therapy consisted of regimens that were based on anthracycline or an anthracycline-taxane doublet. DFS included any relapse or second cancer. The Kaplan-Meier method and the log-rank test were used to compare pCR and non-pCR groups. A pCR was observed in 23 (42.6% [95% CI, 29.2%-56.8%]) of the TNBC included. The pCR rate was 38.3% [95% CI, 26%-55%] among BRCA1 mutation carriers, and 66% among the 6 BRCA2 mutation carriers. Median follow-up was 4.4 years (range 0.62-16.2 years) and did not differ between the groups (P = .25). Fifteen relapses and six second cancers were recorded during the follow-up period. Eleven deaths occurred, all of which were in the non-pCR group. DFS (P
Published: 2018

50. Defining the phenotypic spectrum of SLC6A1 mutations

Author: Elena Gardella, Diane Doummar, Orrin Devinsky, Nicola Specchio, Holly Dubbs, Lance H. Rodan, Caroline Nava, Elise Schaefer, Jessica E. Shaw, Desiree Czapansky-Beilman, Tarja Linnankivi, Rikke S. Møller, Helenius J. Schelhaas, Kathrine L. Helbig, Jakob Christensen, Jamel Chelly, Gemma L. Carvill, Sarah E. Hopkins, Sara Chadwick Reichert, Marina Trivisano, Amélie Piton, Candace T. Myers, Pasquale Striano, Katrine M Johannesen, Alexandra Afenjar, Judith S. Verhoeven, John Millichap, Yongjin Yoo, Oriano Mecarelli, Murim Choi, Jong Hee Chae, Joseph G. Gleeson, Heather C Mefford, Gaetan Lesca, Laura Pisani, Boris Keren, Sha Tang, Marie Thérèse Abi-Warde, Carolina Courage, Ingo Helbig, Deb K. Pal, Guido Rubboli, Lynne M. Bird, Manuela Pendziwiat, Cyril Mignot, Shan Tang, J. Lawrence Merritt, Yvonne G. Weber, Anna-Elina Lehesjoki, Wen-Hann Tan, Anne de Saint Martin, Mark Nespeca, University of Southern Denmark (SDU), CHU Strasbourg, Sorbonne Université - Faculté de Médecine (SU FM), Sorbonne Université (SU), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Boston Children's Hospital, Seoul National University [Seoul] (SNU), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Neuropédiatrie [CHU Trousseau], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), University of Genoa (UNIGE), and Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP )
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Pediatrics, Epilepsies, Myoclonic, Epilepsies, Neurodegenerative, Epilepsies, Myoclonic/complications, Intellectual Disability/complications, Cohort Studies, Epilepsy, 0302 clinical medicine, 2.1 Biological and endogenous factors, Neurodevelopmental Disorders/complications, Aetiology, Valproic Acid/therapeutic use, Child, Atonic seizure, Ataxia/complications, Seizure types, Anticonvulsants/therapeutic use, Electroencephalography, MAE, Language Development Disorders/complications, Phenotype, Treatment Outcome, Neurology, Child, Preschool, Neurological, Speech delay, Anticonvulsants, Epilepsy, Generalized, Female, medicine.symptom, Partial, Adult, GABA Plasma Membrane Transport Proteins, medicine.medical_specialty, SLC6A1, epilepsy, epilepsy genetics, Adolescent, Epilepsies, Partial/complications, Epilepsy, Generalized/complications, Clinical Sciences, Mutation, Missense, GABA Plasma Membrane Transport Proteins/genetics, Status epilepticus, Article, Young Adult, 03 medical and health sciences, Childhood absence epilepsy, Clinical Research, Intellectual Disability, Behavioral and Social Science, Genetics, medicine, Humans, Language Development Disorders, Generalized epilepsy, Preschool, Genetic Association Studies, Neurology & Neurosurgery, Generalized, business.industry, Valproic Acid, Neurosciences, medicine.disease, Brain Disorders, 030104 developmental biology, Myoclonic astatic epilepsy, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Neurodevelopmental Disorders, Mutation, Ataxia, Epilepsies, Partial, Neurology (clinical), Missense, Myoclonic, business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: OBJECTIVE: Pathogenic SLC6A1 variants were recently described in patients with myoclonic atonic epilepsy (MAE) and intellectual disability (ID). We set out to define the phenotypic spectrum in a larger cohort of SCL6A1-mutated patients.METHODS: We collected 24 SLC6A1 probands and 6 affected family members. Four previously published cases were included for further electroclinical description. In total, we reviewed the electroclinical data of 34 subjects.RESULTS: Cognitive development was impaired in 33/34 (97%) subjects; 28/34 had mild to moderate ID, with language impairment being the most common feature. Epilepsy was diagnosed in 31/34 cases with mean onset at 3.7 years. Cognitive assessment before epilepsy onset was available in 24/31 subjects and was normal in 25% (6/24), and consistent with mild ID in 46% (11/24) or moderate ID in 17% (4/24). Two patients had speech delay only, and 1 had severe ID. After epilepsy onset, cognition deteriorated in 46% (11/24) of cases. The most common seizure types were absence, myoclonic, and atonic seizures. Sixteen cases fulfilled the diagnostic criteria for MAE. Seven further patients had different forms of generalized epilepsy and 2 had focal epilepsy. Twenty of 31 patients became seizure-free, with valproic acid being the most effective drug. There was no clear-cut correlation between seizure control and cognitive outcome. Electroencephalography (EEG) findings were available in 27/31 patients showing irregular bursts of diffuse 2.5-3.5 Hz spikes/polyspikes-and-slow waves in 25/31. Two patients developed an EEG pattern resembling electrical status epilepticus during sleep. Ataxia was observed in 7/34 cases. We describe 7 truncating and 18 missense variants, including 4 recurrent variants (Gly232Val, Ala288Val, Val342Met, and Gly362Arg).SIGNIFICANCE: Most patients carrying pathogenic SLC6A1 variants have an MAE phenotype with language delay and mild/moderate ID before epilepsy onset. However, ID alone or associated with focal epilepsy can also be observed.
Published: 2018

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