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1. Combination of IM-Based Approaches to Unravel the Coexistence of Two Conformers on a Therapeutic Multispecific mAb

Author: Evolène Deslignière, Simon Ollivier, Anthony Ehkirch, Armelle Martelet, David Ropartz, Nelly Lechat, Oscar Hernandez-Alba, Jean-Michel Menet, Séverine Clavier, Hélène Rogniaux, Bruno Genet, Sarah Cianférani, Département Sciences Analytiques et Interactions Ioniques et Biomoléculaires (DSA-IPHC), Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), BIOMERIEUX, Laboratoire d'Etude du Métabolisme des Médicaments (LEMM), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), SANOFI Recherche, Infrastructure Nationale de Protéomique, FR2048 ProFI, Spectrométrie de Masse et Protéomique [IBPS] (IBPS-SPM), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique [Strasbourg] (LSMBO), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), ANR-10-INBS-08- 03 : project 'ProFI', ANRT, CMC Development, SANOFI R&D, France., ANR-18-CE29-0006,ALGAIMS,Analyses de polysaccharides comportant des unités Galf par IRMPD et MS-mobilité ionique(2018), DUPRE, Olivier, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Analyses de polysaccharides comportant des unités Galf par IRMPD et MS-mobilité ionique - - ALGAIMS2018 - ANR-18-CE29-0006 - AAPG2018 - VALID, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC)
Subjects: [SDV.MHEP.EM] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Antineoplastic Agents, Immunological, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Chromatography, Gel, Antibodies, Monoclonal, [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Mass Spectrometry, Analytical Chemistry
Abstract: International audience; Multispecific antibodies, which target multipleantigens at once, are emerging as promising therapeutic entities tooffer more effective treatment than conventional monoclonalantibodies (mAbs). However, these highly complex mAb formatspose significant analytical challenges. We report here on thecharacterization of a trispecific antibody (tsAb), which presentstwo isomeric forms clearly separated and identified with sizeexclusion chromatography coupled to native mass spectrometry(SEC-nMS). Previous studies showed that these isomers mightoriginate from a proline cis/trans isomerization in one Fab subunit ofthe tsAb. We combined several innovative ion mobility (IM)-basedapproaches to confirm the isomeric nature of the two species and togain new insights into the conformational landscape of both isomers.Preliminary SEC-nIM-MS measurements performed on a low IM resolution instrument provided the first hints of the coexistence ofdifferent conformers, while complementary collision-induced unfolding (CIU) experiments evidenced distinct gas-phase unfoldingbehaviors upon activation for the two isomers. As subtle conformational differences remained poorly resolved on our earlygeneration IM platform, we performed high-resolution cyclic IM (cIM-MS) to unambiguously conclude on the coexistence of twoconformers. The cis/trans equilibrium was further tackled by exploiting the IMn slicing capabilities of the cIM-MS instrument.Altogether, our results clearly illustrate the benefits of combining state-of-the-art nMS and IM-MS approaches to address challengingissues encountered in biopharma. As engineered antibody constructs become increasingly sophisticated, CIU and cIM-MSmethodologies undoubtedly have the potential to integrate the drug development analytical toolbox to achieve in-depthconformational characterization of these products
Published: 2022

2. Dendrogenin A Synergizes with Cytarabine to Kill Acute Myeloid Leukemia Cells In Vitro and In Vivo

Author: Nizar, Serhan, Pierre-Luc, Mouchel, Philippe de, Medina, Gregory, Segala, Aurélie, Mougel, Estelle, Saland, Arnaud, Rives, Antonin, Lamaziere, Gaëtan, Despres, Jean-Emmanuel, Sarry, Clément, Larrue, François, Vergez, Laetitia, Largeaud, Michel, Record, Christian, Récher, Sandrine, Silvente-Poirot, Marc, Poirot, Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Hématologie [IUCT Toulouse], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Affichem, Dendrogenix [Liège, Belgium], Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Poirot, Marc, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Hématologie - IUCT-Oncopole [CHU Toulouse], Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle IUCT [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and This work was supported by an internal grant from the 'Institut National de la Recherche Médicale',the university of Toulouse III, Onco San Tech (projet DEMODA RMN13001BBA).
Subjects: Acute myeloid leukemia, tumor suppressor, primary cancer cells, [SDV]Life Sciences [q-bio], synergy, lcsh:Neoplasms. Tumors. Oncology. Including cancer and carcinogens, lcsh:RC254-282, Article, [SDV] Life Sciences [q-bio], hemic and lymphatic diseases, Dendrogenin A, cholesterol metabolism, lipids (amino acids, peptides, and proteins)
Abstract: International audience; Dendrogenin A (DDA) is a mammalian cholesterol metabolite that displays potent antitumor properties on acute myeloid leukemia (AML). DDA triggers lethal autophagy in cancer cells through a biased activation of the oxysterol receptor LXRβ, and the inhibition of a sterol isomerase. We hypothesize that DDA could potentiate the activity of an anticancer drug acting through a different molecular mechanism, and conducted in vitro and in vivo combination tests on AML cell lines and patient primary tumors. We report here results from tests combining DDA with antimetabolite cytarabine (Ara-C), one of the main drugs used for AML treatment worldwide. We demonstrated that DDA potentiated and sensitized AML cells, including primary patient samples, to Ara-C in vitro and in vivo. Mechanistic studies revealed that this sensitization was LXRβ-dependent and was due to the activation of lethal autophagy. This study demonstrates a positive in vitro and in vivo interaction between DDA and Ara-C, and supports the clinical evaluation of DDA in combination with Ara-C for the treatment of AML.
Published: 2020

3. An easy-to-implement combinatorial approach involving an activity-based assay for the discovery of a peptidyl copper complex mimicking superoxide dismutase

Author: Anne-Sophie Bernard, Philippe Pelupessy, Koudedja Coulibaly, Elodie Quévrain, Christelle Hureau, Nicolas Delsuc, Katalin Selmeczi, Ágnes Dancs, Elodie Tauziet, Amandine Vincent, Jennifer Rodon Fores, Philippe Seksik, Amandine Conte-Daban, Clotilde Policar, Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Laboratoire Lorrain de Chimie Moléculaire (L2CM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de chimie de coordination (LCC), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), ANR-05-GANI-0001,GenOvul,Exploitation de la variabilité génétique intra et inter-espèces pour l'étude du déterminisme génétique du taux d'ovulation(2005), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - 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- GenOvul2005 - ANR-05-GANI-0001 - GANI - VALID, Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Lipopolysaccharides, Antioxidant, Intrinsic activity, Colon, medicine.medical_treatment, Copper metabolism, Biocompatible Materials, 010402 general chemistry, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, Redox, Catalysis, Superoxide dismutase, [CHIM] Chemical Sciences, Materials Chemistry, medicine, Humans, [CHIM]Chemical Sciences, [CHIM.COOR]Chemical Sciences/Coordination chemistry, Amino Acid Sequence, Peptide sequence, Copper complex, biology, Superoxide Dismutase, 010405 organic chemistry, Chemistry, Interleukin-8, Metals and Alloys, General Chemistry, [CHIM.COOR] Chemical Sciences/Coordination chemistry, 0104 chemical sciences, Surfaces, Coatings and Films, Electronic, Optical and Magnetic Materials, Oxidative Stress, Biochemistry, Ceramics and Composites, biology.protein, Peptides, HT29 Cells, Copper, Oxidative stress
Abstract: International audience; A combinatorial approach using a One-Bead-One-Compound method and a screening based on an SOD-activity assay was set up for the discovery of an efficient peptidyl copper complex. The complex exhibited good stability constants, suitable redox potentials and excellent intrinsic activity. This complex was further assayed in cells for its antioxidant properties and showed beneficial effect when cells were submitted to oxidative stress.
Published: 2020

4. Time-Resolved Protein Side-Chain Motions Unraveled by High-Resolution Relaxometry and Molecular Dynamics Simulations

Author: Lei Bruschweiler-Li, Yina Gu, Rafael Brüschweiler, Jean-Max Tyburn, Thorsten Marquardsen, Nicolas Bolik-Coulon, Cyril Charlier, Pavel Kadeřávek, Samuel F. Cousin, Ludovic Carlier, Fabien Ferrage, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Bruker Biospin GmbH, bruker, Bruker BioSpin [Wissembourg], Department of Chemistry and Biochemistry, and National High Magnetic Field Laboratory, Florida State University [Tallahassee] (FSU), Cousin, Samuel, Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Relaxometry, 010405 organic chemistry, Chemistry, General Chemistry, Conformational entropy, 01 natural sciences, Biochemistry, Catalysis, 0104 chemical sciences, Protein–protein interaction, 03 medical and health sciences, Molecular dynamics, 030104 developmental biology, Colloid and Surface Chemistry, Solid-state nuclear magnetic resonance, Chemical physics, [CHIM] Chemical Sciences, Side chain, [CHIM]Chemical Sciences, Molecule, Conformational isomerism, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Motions of proteins are essential for the performance of their functions. Aliphatic protein side chains and their motions play critical roles in protein interactions: for recognition and binding of partner molecules at the surface or serving as an entropy reservoir within the hydrophobic core. Here, we present a new NMR method based on high-resolution relaxometry and high-field relaxation to determine quantitatively both motional amplitudes and time scales of methyl-bearing side chains in the picosecond-to-nanosecond range. We detect a wide variety of motions in isoleucine side chains in the protein ubiquitin. We unambiguously identify slow motions in the low nanosecond range, which, in conjunction with molecular dynamics computer simulations, could be assigned to transitions between rotamers. Our approach provides unmatched detailed insight into the motions of aliphatic side chains in proteins and provides a better understanding of the nature and functional role of protein side-chain motions.
Published: 2018

5. TGR5-dependent hepatoprotection through the regulation of biliary epithelium barrier function

Author: Jose Ursic-Bedoya, Isabelle Doignon, Hayat Simerabet, Dominique Rainteau, Doris Cassio, Nicolas Kahale, Anne Davit-Spraul, Thierry Tordjmann, Grégory Merlen, Lydie Humbert, Catherine Guettier, Julien Gautherot, Valeska Bidault-Jourdainne, Christoph Ullmer, Isabelle Garcin, Noémie Péan, Klaus Ebnet, Zahra Tanfin, Intéractions cellulaires et physiopathologie hépathique (Orsay, Essonne) UMRS 1174 (ICPH ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris-Sud - Paris 11 - Faculté de médecine (UP11 UFR Médecine), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Service de Biochimie [AP-HP Hôpital Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Service d’Anatomopathologie [Le Kremlin-Bicêtre], ER_7, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Microorganismes, Molécules Bioactives et Physiopathologie Intestinale (LBM-E4), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Zentrum für Molekularbiologie der Entzündung - Center for Molecular Biology of Inflammation [Münster, Germany] (ZMBE), Westfälische Wilhelms-Universität Münster (WWU), F. Hoffmann-La Roche [Basel], Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster (WWU), and Salvy-Córdoba, Nathalie
Subjects: Biliary epithelium, MESH: Signal Transduction, Stimulation, MESH: Receptors, G-Protein-Coupled, MESH: Mice, Knockout, Epithelium, Receptors, G-Protein-Coupled, MESH: Isonipecotic Acids, 0302 clinical medicine, MESH: Biliary Tract, Oximes, Electric Impedance, Bile, MESH: Animals, Phosphorylation, Biliary Tract, Cells, Cultured, Barrier function, MESH: Receptors, Cell Surface, Mice, Knockout, Liver injury, 0303 health sciences, Bile acid, Tight junction, Chemistry, Gastroenterology, MESH: Oximes, G protein-coupled bile acid receptor, Paracellular transport, MESH: Permeability, Cholestaticliver diseases, MESH: Cell Adhesion Molecules, 030211 gastroenterology & hepatology, Signal Transduction, MESH: Cells, Cultured, medicine.drug_class, MESH: Tight Junction Proteins, Receptors, Cell Surface, Cholestasis, Intrahepatic, MESH: Bile Acids and Salts, Permeability, Bile Acids and Salts, 03 medical and health sciences, Isonipecotic Acids, In vivo, MESH: Mice, Inbred C57BL, medicine, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Animals, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, MESH: Electric Impedance, MESH: Bile, 030304 developmental biology, Tight Junction Proteins, MESH: Phosphorylation, MESH: Cholestasis, Intrahepatic, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, medicine.disease, Molecular biology, [SDV.MHEP.HEG] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Mice, Inbred C57BL, MESH: Epithelium, Cell Adhesion Molecules
Abstract: ObjectiveWe explored the hypothesis that TGR5, the bile acid (BA) G-protein-coupled receptor highly expressed in biliary epithelial cells, protects the liver against BA overload through the regulation of biliary epithelium permeability.DesignExperiments were performed under basal and TGR5 agonist treatment. In vitro transepithelial electric resistance (TER) and FITC-dextran diffusion were measured in different cell lines. In vivo FITC-dextran was injected in the gallbladder (GB) lumen and traced in plasma. Tight junction proteins and TGR5-induced signalling were investigated in vitro and in vivo (wild-type [WT] and TGR5-KO livers and GB). WT and TGR5-KO mice were submitted to bile duct ligation or alpha-naphtylisothiocyanate intoxication under vehicle or TGR5 agonist treatment, and liver injury was studied.ResultsIn vitro TGR5 stimulation increased TER and reduced paracellular permeability for dextran. In vivo dextran diffusion after GB injection was increased in TGR5-knock-out (KO) as compared with WT mice and decreased on TGR5 stimulation. In TGR5-KO bile ducts and GB, junctional adhesion molecule A (JAM-A) was hypophosphorylated and selectively downregulated among TJP analysed. TGR5 stimulation induced JAM-A phosphorylation and stabilisation both in vitro and in vivo, associated with protein kinase C-ζ activation. TGR5 agonist-induced TER increase as well as JAM-A protein stabilisation was dependent on JAM-A Ser285 phosphorylation. TGR5 agonist-treated mice were protected from cholestasis-induced liver injury, and this protection was significantly impaired in JAM-A-KO mice.ConclusionThe BA receptor TGR5 regulates biliary epithelial barrier function in vitro and in vivo through an impact on JAM-A expression and phosphorylation, thereby protecting liver parenchyma against bile leakage.
Published: 2019

6. Structure and Dynamics of an Intrinsically Disordered Protein Region That Partially Folds upon Binding by Chemical-Exchange NMR

Author: Aneel K. Aggarwal, Nicolas Bolik-Coulon, Fabien Ferrage, Ludovic Carlier, Philippe Pelupessy, Guillaume Bouvignies, Cyril Charlier, Sandrine Sagan, Rodrigue Marquant, Mikhail Kozlov, Astrid Walrant, Pablo De Ioannes, Patricia Cortes, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), and HAL-UPMC, Gestionnaire
Subjects: 0301 basic medicine, Protein Folding, Protein Conformation, [SDV.BBM.BS] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Plasma protein binding, Crystallography, X-Ray, 010402 general chemistry, Intrinsically disordered proteins, 01 natural sciences, Biochemistry, Catalysis, DNA Ligase ATP, 03 medical and health sciences, Colloid and Surface Chemistry, Protein structure, Bound state, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Chemical shift, Relaxation (NMR), General Chemistry, 0104 chemical sciences, Intrinsically Disordered Proteins, Molecular Docking Simulation, Folding (chemistry), Crystallography, 030104 developmental biology, Protein folding, Protein Binding
Abstract: International audience; Many intrinsically disordered proteins (IDPs) and protein regions (IDRs) engage in transient, yet specific, interactions with a variety of protein partners. Often, if not always, interactions with a protein partner lead to partial folding of the IDR. Characterizing the conformational space of such complexes is challenging: in solution-‐state NMR, signals of the IDR in the interacting region become broad, weak and often invisible; while X-‐ray crystallography only provides information on fully ordered regions. There is thus a need for a simple method to characterize both fully and partially ordered regions in the bound state of IDPs. Here, we introduce an approach based on monitoring chemical ex-‐ change by NMR to investigate the state of an IDR that folds upon binding through the observation of the free state of the protein. Structural constraints for the bound state are obtained from chemical shifts and site-‐specific dynamics of the bound state are characterized by relaxation rates. The conformation of the interacting part of the IDR was determined and subsequently docked onto the structure of the folded partner. We apply the method to investigate the interaction between the disordered C-‐terminal region of Artemis and the DNA binding domain of Ligase IV. We show that we can accurately reproduce the structure of the core of the complex determined by X-‐ray crystallography and identify a broader interface. The method is widely applicable to the biophysical investigation of complexes of disordered proteins and folded proteins.
Published: 2017

7. Full Correlations across Broad NMR Spectra by Two‐Field Total Correlation Spectroscopy

Author: Geoffrey Bodenhausen, Léonard Strouk, Fabien Ferrage, Samuel F. Cousin, Werner Maas, Jean-Max Tyburn, Pierre-Alain Bovier, Pavel Kadeřávek, Cyril Charlier, Thorsten Marquardsen, Frank Engelke, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bruker Biospin GmbH, bruker, Bruker BioSpin [Wissembourg], Bruker Biospin AG, Bruker BioSpin GmbH, D-76287 Rheinstetten, Germany, affiliation inconnue, Bruker BioSpin [Billerica, MA], Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: Field (physics), 010405 organic chemistry, Chemistry, Chemical shift, Analytical chemistry, Nuclear magnetic resonance spectroscopy, Fluorine-19 NMR, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Atomic and Molecular Physics, and Optics, Spectral line, 0104 chemical sciences, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, NMR spectra database, Nuclear magnetic resonance, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Molecule, [PHYS.PHYS.PHYS-CHEM-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Chemical Physics [physics.chem-ph], Physical and Theoretical Chemistry, Spectroscopy
Abstract: International audience; Total correlation spectroscopy (TOCSY) is a key experiment to assign nuclear magnetic resonance (NMR) spectra of complex molecules. Carbon-13 TOCSY experiments are essential to assign signals of protein side chains. However, the performance of carbon-13 TOCSY deteriorates at high magnetic fields since the necessarily limited radiofrequency irradiation fails to cover the broad range of carbon-13 frequencies. Here, we introduce a new concept to overcome the limitations of TOCSY by using two-field NMR spectroscopy. In two-field TOCSY experiments, chemical shifts are labelled at high field but isotropic mixing is performed at a much lower magnetic field, where the frequency range of the spectrum is drastically reduced. We obtain complete correlations between all carbon-13 nuclei belonging to amino acids across the entire spectrum: aromatic, aliphatic and carboxylic. Two-field TOCSY should be a robust and general approach for the assignment of uniformly carbon-13 labelled molecules in high-field and ultra-high field NMR spectrometers beyond 1000 MHz.
Published: 2017

8. Caspase recruitment domain 9, microbiota, and tryptophan metabolism

Author: Bruno Lamas, Harry Sokol, Mathias L. Richard, Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Departement Hospitalo- Universitaire - Inflammation, Immunopathologie, Biothérapie [Paris] (DHU - I2B), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Université Paris Saclay (COmUE), LAMAS, Bruno, Microorganismes, Molécules Bioactives et Physiopathologie Intestinale (LBM-E4), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service de Gastroentérologie et nutrition [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), ATIP-Avenir 2012, INSERM-ITMO SP 2013, and ECCO grant 2012. H.S. is an awardee of the European Research Council (ERC2016-StG-715776)., Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), and HAL UPMC, Gestionnaire
Subjects: 0301 basic medicine, caspase recruitment domain 9, microbiota, Medicine (miscellaneous), Gut flora, Interleukin 22, Mice, [SDV.MHEP.EM] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Mice, Knockout, Nutrition and Dietetics, biology, Interleukin, [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Colitis, 3. Good health, [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, digestive system, 03 medical and health sciences, Immune system, inflammatory bowel disease, microbiota, medicine, Genetic predisposition, Animals, Humans, Genetic Predisposition to Disease, tryptophan, inflammatory bowel disease, tryptophan, Interleukins, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Inflammatory Bowel Diseases, Aryl hydrocarbon receptor, medicine.disease, biology.organism_classification, [SDV.MHEP.HEG] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Gastrointestinal Microbiome, CARD Signaling Adaptor Proteins, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, 030104 developmental biology, Receptors, Aryl Hydrocarbon, [SDV.TOX.TCA] Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, Immunology, biology.protein, caspase recruitment domain 9, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Dysbiosis
Abstract: International audience; Purpose of review: Inflammatory bowel diseases (IBDs) develop as a result of a combination of genetic predisposition, dysbiosis of the gut microbiota, and environmental influences. Here, we describe an example of how caspase recruitment domain 9 (CARD9), one of the numerous IBD susceptibility genes, participate to colitis susceptibility by shaping gut microbiota to produce tryptophan metabolites.Recent findings: Recent study showed that CARD9−/− mice are more susceptible to colitis as a result of impaired interleukin 22 signaling pathway. Furthermore, aryl hydrocarbon receptor (AhR) ligands from tryptophan metabolism by the gut microbiota participate to intestinal homeostasis by inducing production of interleukin 22 by intestinal immune cells. These data suggest an interaction between CARD9 and the ability of gut microbiota to produce AhR ligands.Summary: The microbiota from CARD9−/− mice fails to metabolize tryptophan leading to defective AhR activation which contributes to the susceptibility of mice to colitis by decreased interleukin 22 production. These effects were abrogated in the presence of AhR agonist. Reduced production of AhR ligands is also observed in the microbiota from individuals with IBD, particularly in those with CARD9 risk alleles associated with IBD. Correcting impaired microbiota functions, such as ability to produce AhR ligands, is an attractive strategy in IBD.
Published: 2017

9. Increased risk of acute arterial events in young patients and severely active IBD: a nationwide French cohort study

Author: Kirchgesner, Julien, Beaugerie, Laurent, Carrat, Fabrice, Andersen, Nynne Nyboe, Jess, Tine, Schwarzinger, Michaël, BERENICE study group, Rahier, Jean-François, UCL - SSS/IREC/GAEN - Pôle d'Hépato-gastro-entérologie, UCL - (MGD) Service de gastro-entérologie, Service de Gastroentérologie et nutrition [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service de santé publique [CHU Saint-Antoine], Statens Serum Institute, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Gestionnaire, Hal Sorbonne Université, CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord
Subjects: Male, Databases, Factual, Myocardial Ischemia, Disease, 030204 cardiovascular system & hematology, Inflammatory bowel disease, Cohort Studies, 0302 clinical medicine, cardiovascular disease, Young adult, education.field_of_study, Incidence, Incidence (epidemiology), Age Factors, Gastroenterology, Middle Aged, [SDV.MHEP.CSC] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, cerebrovascular disease, peripheral arterial disease, 3. Good health, Hospitalization, Female, 030211 gastroenterology & hepatology, France, Cohort study, Adult, medicine.medical_specialty, Adolescent, Population, Peripheral Arterial Disease, Young Adult, 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Internal medicine, medicine, Humans, education, Aged, Proportional hazards model, business.industry, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Inflammatory Bowel Diseases, medicine.disease, ischemic heart disease, [SDV.MHEP.HEG] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, Surgery, Cerebrovascular Disorders, Increased risk, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, business
Abstract: ObjectiveMagnitude and independent drivers of the risk of acute arterial events in IBD are still unclear. We addressed this question in patients with IBD compared with the general population at a nationwide level.DesignUsing the French National Hospital Discharge Database from 2008 to 2013, all patients aged 15 years or older and diagnosed with IBD were identified and followed up until 31 December 2013. The rates of incident acute arterial events were calculated and the impact of time with active disease (period around hospitalisation for IBD flare or IBD-related surgery) on the risk was assessed by Cox regression adjusted for traditional cardiovascular risk factors.ResultsAmong 210 162 individuals with IBD (Crohn’s disease (CD), n=97 708; UC, n=112 454), 5554 incident acute arterial events were identified. Both patients with CD and UC had a statistically significant overall increased risk of acute arterial events (standardised incidence ratio (SIR) 1.35; 95% CI 1.30 to 1.41 and SIR 1.10; 95 CI 1.06 to 1.13, respectively). The highest risk was observed in patients under the age of 55 years, both in CD and UC. The 3-month periods before and after IBD-related hospitalisation were associated with an increased risk of acute arterial events in both CD and UC (HR 1.74; 95 CI 1.44 to 2.09 and 1.87; 95% CI 1.58 to 2.22, respectively).ConclusionPatients with IBD are at increased risk of acute arterial events, with the highest risk in young patients. Disease activity may also have an independent impact on the risk.
Published: 2017

10. Decomposition of Proteins into Dynamic Units from Atomic Cross-Correlation Functions

Author: Marco Gerolin, Paolo Calligari, Daniel Abergel, Antonino Polimeno, Dipartimento di Scienze Chimiche [Padova], Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universita degli Studi di Padova, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: 0301 basic medicine, Quantitative Biology::Biomolecules, Theoretical computer science, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 010304 chemical physics, Basis (linear algebra), Cross-correlation, Chemistry, Structure (category theory), Proteins, Domain decomposition methods, Molecular Dynamics Simulation, 01 natural sciences, Computer Science Applications, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, Quantitative Biology::Subcellular Processes, Distance correlation, 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, Protein structure, 0103 physical sciences, Decomposition (computer science), Physical and Theoretical Chemistry, Biological system, Cluster analysis
Abstract: International audience; In this article, we present a clustering method of atoms in proteins based on the analysis of the correlation times of interatomic distance correlation functions computed from MD simulations. The goal is to provide a coarse grained description of the protein in terms of fewer elements that can be treated as dynamically independent subunits. Importantly, this domain decomposition method does not take into account structural properties of the protein. Instead, the clustering of protein residues in terms of networks of dynamically correlated domains is defined on the basis of the effective correlation times of the pairwise correlation functions. For these properties, our method stands as a complementary analysis to the customary protein decomposition in terms of quasi-rigid, structure-based domains. Results obtained for a prototypal protein structure, illustrate the approach proposed.
Published: 2016

11. Adrenal adaptation in potassium-depleted men: role of progesterone?

Author: Valentina Zhygalina, Antoine Jacques, Damien Bergerot, Antonin Lamaziere, Michel Azizi, Gilles Crambert, Delphine Hourton, Sylvie Brailly Tabard, Anne Blanchard, Aurélien Lorthioir, Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CIC - HEGP (CIC 1418), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Service de Génétique Moléculaire Pharmacogénétique et Hormonologie [CHU Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Université Paris-Saclay, Signalisation Hormonale, Physiopathologie Endocrinienne et Métabolique, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Métabolisme et physiologie rénales (ERL 8228), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Crambert, Gilles, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138))
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Potassium, 030232 urology & nephrology, Stimulation, Plasma renin activity, [SDV.MHEP.UN]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Urology and Nephrology, chemistry.chemical_compound, Mice, 0302 clinical medicine, Tandem Mass Spectrometry, Adrenal Glands, Renin, Aldosterone, 2. Zero hunger, adrenal steroids, Middle Aged, Hypokalemia, Nephrology, Pregnenolone, Gitelman syndrome, Female, Steroids, medicine.symptom, potassium depletion, medicine.drug, Adult, medicine.medical_specialty, Adolescent, chemistry.chemical_element, progesterone, 03 medical and health sciences, Young Adult, Tubulopathy, Internal medicine, Renin–angiotensin system, medicine, Animals, Humans, Aged, Transplantation, business.industry, hypokalaemia, medicine.disease, [SDV.MHEP.UN] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Urology and Nephrology, 030104 developmental biology, Endocrinology, chemistry, Case-Control Studies, business, Chromatography, Liquid
Abstract: BackgroundIn rodents, the stimulation of adrenal progesterone is necessary for renal adaptation under potassium depletion. Here, we sought to determine the role of progesterone in adrenal adaptation in potassium-depleted healthy human volunteers and compared our findings with data collected in patients with Gitelman syndrome (GS), a salt-losing tubulopathy.MethodsTwelve healthy young men were given a potassium-depleted diet for 7 days at a tertiary referral medical centre (NCT02297048). We measured by liquid chromatography coupled to tandem mass spectroscopy plasma steroid concentrations at Days 0 and 7 before and 30 min after treatment with tetracosactide. We compared these data with data collected in 10 GS patients submitted to tetracosactide test.ResultsThe potassium-depleted diet decreased plasma potassium in healthy subjects by 0.3 ± 0.1 mmol/L, decreased plasma aldosterone concentration by 50% (P = 0.0332) and increased plasma 17-hydroxypregnenolone concentration by 45% (P = 0.0232) without affecting other steroids. CYP17 activity, as assessed by 17-hydroxypregnenolone/pregnenolone ratio, increased by 60% (P = 0.0389). As compared with healthy subjects, GS patients had 3-fold higher plasma concentrations of aldosterone, 11-deoxycortisol (+30%) and delta 4-androstenedione (+14%). Their post-tetracosactide progesterone concentration was 2-fold higher than that of healthy subjects and better correlated to plasma potassium than to plasma renin.ConclusionThe increase in 17-hydroxypregnenolone concentration after mild potassium depletion in otherwise healthy human subjects suggests that 17 hydroxylation of pregnenolone prevents the increase in progesterone observed in potassium-depleted mice. The unexpected over-response of non-mineralocorticoid steroids to tetracosactide in GS subjects suggests that the adrenal system not only adapts to sodium depletion but may also respond to hypokalaemia.
Published: 2019

12. Application and methodology of dissolution dynamic nuclear polarization in physical, chemical and biological contexts

Author: Patrick Giraudeau, Sami Jannin, Dennis Kurzbach, Jean-Nicolas Dumez, Centre de RMN à très hauts champs de Lyon (CRMN), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Jannin, Sami
Subjects: Nuclear and High Energy Physics, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Computer science, Chemistry, Physical, Biophysics, Nanotechnology, Equipment Design, 010402 general chemistry, Condensed Matter Physics, Polarization (waves), Image Enhancement, 01 natural sciences, Biochemistry, Article, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 0104 chemical sciences, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Physical chemical, [CHIM] Chemical Sciences, [CHIM]Chemical Sciences, Dissolution, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, Nuclear Physics
Abstract: International audience; Dissolution dynamic nuclear polarization (d-DNP) is a versatile method to enhance nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. It boosts signal intensities by four to five orders of magnitude thereby providing the potential to improve and enable a plethora of applications ranging from the real-time monitoring of chemical or biological processes to metabolomics and in-cell investigations. This perspectives article highlights possible avenues for developments and applications of d-DNP in biochemical and physicochemical studies. It outlines how chemists, biologists and physicists with various fields of interest can transform and employ d-DNP as a powerful characterization method for their research.
Published: 2019

13. [Membrane lipids in schizophrenia and early phases of psychosis: Potential biomarkers and therapeutic targets?]

Author: Frajerman, A., Kebir, Oussama, Chaumette, Boris, Tessier, Cedric, Lamaziere, Antonin, Nuss, Philippe, Krebs, Marie-Odile, Institut de psychiatrie et neurosciences de Paris (IPNP - U1266 Inserm), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), GHU Paris Psychiatrie et Neurosciences, Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), and Martinez Rico, Clara
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Acide arachidonique, Prodromal Symptoms, Risk Assessment, Membrane Lipids, Phospholipase A2, Fatty Acids, Omega-3, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Animals, Humans, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Cognitive Dysfunction, Molecular Targeted Therapy, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Lipidomic, Brain, Lipidomique, [SDV] Life Sciences [q-bio], Endophenotype, Prodromes, Phenotype, Arachidonic acid, Psychotic Disorders, Dietary Supplements, Lipidomics, Disease Progression, Schizophrenia, Patient à haut risque de transition psychotique, lipids (amino acids, peptides, and proteins), Clinical High risk, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Biomarkers, Endophénotype
Abstract: The various roles of membrane lipids in human health has urged researchers to study their impact in neuropsychiatric diseases, especially in schizophrenia spectrum disorders and more recently in early stages of psychosis. The progress in mass spectrometry technologies now allows a more comprehensive analysis of phospholipids (PL) and their fatty acid (FA) molecular species. FA are defined by a carbon chain of variable length and are said to be unsaturated when their chain has one or more carbon-carbon double bonds. The PL are composed of a hydrophilic polar head with a phosphoric acid group and an hydrophobic part with FAs; they encompass glycerophospholipids and sphingolipids. The plasma membrane is a complex and dynamic structure consisting of a lipid bilayer composed of an outer layer and an inner layer of specific lipid composition. The permanent remodeling of membrane lipids involves phospholipases especially the phospholipase A2. Seventy percent of the brain consists of lipids from different classes and molecular species. Most of the brain lipids are composed of polyunsaturated fatty acid (PUFA)-enriched diacyl classes where omega-3 and omega-6 molecular species predominate. The balance between omega-3 and omega-6 is important for the neurodevelopment. PUFA are also involved in neurogenesis and neurotransmission. Sphingomyelin (SM) is a sphingolipid that influences inflammation, cell proliferation and lipid rafts formation. It is an important component of myelin sheaths of white matter and therefore is involved in cerebral connectivity. In rat models, deficiency in omega-3 causes abnormalities in dopaminergic neurotransmission, impacts on the functioning of some receptors (including cannabinoids CB1, glutamatergic N-methyl-D-aspartate receptor, NMDA), and increases sensitivity to hallucinogens. In contrast, omega-3 supplementation improves cognitive function and prevents psychotic-like behavior in some animal models for schizophrenia. It also reduces oxidative stress and prevents demyelination. The historical membrane hypothesis of schizophrenia has led to explore the lipids abnormality in this disorder. This hypothesis was initially based on the observation of an abnormal membrane prostaglandin production in schizophrenia caused by a membrane arachidonic acid deficiency. It has evolved emphasizing the various PUFA membrane's roles in particular regarding oxidative stress, inflammation and regulation of the NMDA receptors. In patients with mental disorders, low omega-3 index is more frequent than in the general population. This lipid abnormality could lead to myelination abnormalities and cognitive deficits observed in patients. It could also participate in oxidative stress abnormalities and inflammation reported in schizophrenia. On the other hand, low omega-3 index deficit was reported to be associated with an increased cardiovascular risk, and omega-3 supplementation may also have a positive cardiovascular impact in psychiatric patients, even more than in the general population. The presence of membrane lipid abnormalities is also found in patients during the first psychotic episode (FEP). The omega-3 supplementation improved the recovery rate and prevented the loss of gray matter in FEP. In patients at ultra-high risk to develop a psychotic disorder (UHR), omega-3 supplementation has been associated with a reduction of the rate of conversion to psychosis and with metabolic changes, such as decreased activity of phospholipase A2. However, this study has not as yet been replicated. Not all patients exhibit lipid abnormalities. Several studies, including studies from our team, have found a bimodal distribution of lipids in patients with schizophrenia. But some studies have found differences (in PUFA) in the acute phase whereas our studies (on phospholipids) are in chronic phases. It will be interesting to study in more depth the links between these two parameters. Furthermore, we identified a subgroup which was identified with a deficit in sphingomyelin and PUFA whereas others have found an increase of sphingomyelin. Individuals with this abnormal lipid cluster had more cognitive impairments and more severe clinical symptoms. Because the niacin test is an indirect reflection of arachidonic acid levels, it has been proposed to identify a subset of patients with membrane lipids anomalies. Niacin test response is influenced by several factors related to lipid metabolism, including cannabis use and phospholipase A2 activity. Despite progress, the function and impact of membrane lipids are still poorly understood in schizophrenia. They could serve as biomarkers for identifying biological subgroups among patients with schizophrenia. In UHR patients, their predictive value on the conversion to psychosis should be tested. Omega-3 supplementation could be a promising treatment thanks to its good tolerance and acceptability. It could be more appropriate for patients with PUFA anomalies in a more personalized medical approach., Les lipides membranaires jouent un rôle important dans le fonctionnement cérébral et peuvent désormais être étudiés de manière précise. Cette revue vise à familiariser le lecteur avec les lipides membranaires et les conséquences de leurs anomalies dans les troubles du spectre schizophrénique. Nous nous intéresserons aux données concernant les acides gras poly-insaturés (AGPI), les phospholipides et les sphingolipides membranaires, dans la schizophrénie, notamment dans ses phases débutantes et dans les modèles animaux correspondants. Chez l’animal, une carence en oméga-3 entraîne des anomalies neuro-développementales, tandis qu’une supplémentation en oméga-3 a un effet protecteur dans certains modèles. Chez l’homme, une altération dans la concentration membranaire en oméga-3 est observée chez certains patients. Le déficit en AGPI a été décrit comme associé à des anomalies de myélinisation et des troubles cognitifs. Des anomalies similaires peuvent également être retrouvées chez certains sujets lors du premier épisode psychotique (PEP) ou à ultra-haut risque (UHR) et certaines études suggèrent un effet bénéfique d’une supplémentation en oméga-3. Ainsi, l’identification d’une anomalie de la composition des lipides membranaires pourrait servir de biomarqueur chez certains patients, qui pourraient bénéficier d’une supplémentation en oméga-3. Dans ce contexte, l’étude de la composition des anomalies lipidiques membranaires pourrait permettre de prédire la transition psychotique ou le pronostic fonctionnel et cognitif et d’optimiser leur prise en charge. De nouvelles études sur les lipides membranaires sont nécessaires pour mieux comprendre leur implication en psychiatrie et se diriger vers une médecine personnalisée.
Published: 2019

14. Recovering Invisible Signals by Two-Field NMR Spectroscopy

Author: Pierre-Alain Bovier, Werner Maas, Baptiste Haddou, Philippe Pelupessy, Thorsten Marquardsen, Cyril Charlier, Samuel F. Cousin, Jean-Max Tyburn, Frank Engelke, Fabien Ferrage, Geoffrey Bodenhausen, Pavel Kadeřávek, Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Processus d'Activation Sélective par Transfert d'Energie Uni-électronique ou Radiatif (UMR 8640) (PASTEUR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Chemical Physics [Bethesda] (LCP), National Institutes of Health, Bruker Biospin GmbH, bruker, Bruker BioSpin [Wissembourg], Bruker Biospin AG, Bruker BioSpin GmbH, D-76287 Rheinstetten, Germany, affiliation inconnue, Bruker BioSpin [Billerica, MA], École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Carbon-13 NMR satellite, Chemistry, 010405 organic chemistry, General Chemistry, Fluorine-19 NMR, Nuclear magnetic resonance spectroscopy, Nuclear magnetic resonance crystallography, General Medicine, Carbon-13 NMR, 010402 general chemistry, Molecular physics, 01 natural sciences, Catalysis, 0104 chemical sciences, Nuclear magnetic resonance, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Transverse relaxation-optimized spectroscopy, Two-dimensional nuclear magnetic resonance spectroscopy, Earth's field NMR
Abstract: Nuclear magnetic resonance (NMR) studies have benefited tremendously from the steady increase in the strength of magnetic fields. Spectacular improvements in both sensitivity and resolution have enabled the investigation of molecular systems of rising complexity. At very high fields, this progress may be jeopardized by line broadening, which is due to chemical exchange or relaxation by chemical shift anisotropy. In this work, we introduce a two-field NMR spectrometer designed for both excitation and observation of nuclear spins in two distinct magnetic fields in a single experiment. NMR spectra of several small molecules as well as a protein were obtained, with two dimensions acquired at vastly different magnetic fields. Resonances of exchanging groups that are broadened beyond recognition at high field can be sharpened to narrow peaks in the low-field dimension. Two-field NMR spectroscopy enables the measurement of chemical shifts at optimal fields and the study of molecular systems that suffer from internal dynamics, and opens new avenues for NMR spectroscopy at very high magnetic fields.
Published: 2016

15. Indolin-2-one compounds targeting thioredoxin reductase as potential anticancer drug leads

Author: Kamila K. Kaminska, Elias S.J. Arnér, Wan Chen, Geoffrey Wells, Hélène Bertrand, Eng-Hui Chew, Qing Cheng, Stafford William Chester, Hisashi Tajima, National University of Singapore (NUS), Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), University College of London [London] (UCL), Karolinska Institutet [Stockholm], Singapore International Graduate Award (SINGA), National Medical Council [NMRC/NIG/0050/2009], National University of Singapore Academic Research Fund Tier 1 [R-148-000-116-112, R-148-000-184-112], Cancer Research UK [C9344/A10268], Karolinska Institutet, Swedish Research Council, Swedish Society for Cancer Research, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Indoles, Thioredoxin-Disulfide Reductase, [SDV]Life Sciences [q-bio], selenocysteine, Thioredoxin reductase, Glutathione reductase, Antineoplastic Agents, anticancer, Antioxidants, Inhibitory Concentration 50, Mice, 03 medical and health sciences, Thioredoxins, 0302 clinical medicine, Protein Domains, Catalytic Domain, [CHIM]Chemical Sciences, Animals, Humans, ASK1, Protein kinase A, chemistry.chemical_classification, Glutathione Peroxidase, Chemistry, Kinase, Glutathione peroxidase, thioredoxin reductase, Fibroblasts, HCT116 Cells, Recombinant Proteins, Rats, indolin-2-one, Oxidative Stress, Glutathione Reductase, 030104 developmental biology, Oncology, Biochemistry, Drug Design, 030220 oncology & carcinogenesis, supercinnamaldehyde, MCF-7 Cells, Cattle, Drug Screening Assays, Antitumor, Thioredoxin, Reactive Oxygen Species, Research Paper, Naphthoquinones
Abstract: International audience; Several compounds bearing the indolinone chemical scaffold are known to possess anticancer properties. For example, the tyrosine kinase inhibitor sunitinib is an arylideneindolin-2-one compound. The chemical versatility associated with structural modifications of indolinone compounds underlies the potential to discover additional derivatives possessing anticancer properties. Previously synthesized 3-(2-oxoethylidene) indolin-2-one compounds, also known as supercinnamaldehyde (SCA) compounds in reference to the parent compound 1 [1-methyl-3(2-oxopropylidene) indolin-2-one], bear a nitrogen-linked alpha,beta-unsaturated carbonyl (Michael acceptor) moiety. Here we found that analogs bearing N-substituents, in particular compound 4 and 5 carrying an N-butyl and N-benzyl substituent, respectively, were strongly cytotoxic towards human HCT 116 colorectal and MCF-7 breast carcinoma cells. These compounds also displayed strong thioredoxin reductase (TrxR) inhibitory activity that was likely attributed to the electrophilicity of the Michael acceptor moiety. Their selectivity towards cellular TrxR inhibition over related antioxidant enzymes glutathione reductase (GR), thioredoxin (Trx) and glutathione peroxidase (GPx) was mediated through targeting of the selenocysteine (Sec) residue in the highly accessible C-terminal active site of TrxR. TrxR inhibition mediated by indolin-2-one compounds led to cellular Trx oxidation, increased oxidative stress and activation of apoptosis signal-regulating kinase 1 (ASK1). These events also led to activation of p38 and JNK mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling pathways, and cell death with apoptotic features of PARP cleavage and caspase 3 activation. In conclusion, these results suggest that indolin-2-one-based compounds specifically targeting TrxR may serve as novel drug leads for anticancer therapy.
Published: 2016

16. A backbone amide protecting group for overcoming difficult sequences and suppressing aspartimide formation

Author: John Offer, Martin Quibell, George Papageorgiou, Abu-Baker M. Abdel-Aal, Fabienne Burlina, Richard Raz, Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL), The National Institute for Medical Research, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: Special Issue Articles, Stereochemistry, Acylation, Fmoc SPPS, 010402 general chemistry, O,N acyl transfer, reductive amination, 01 natural sciences, Biochemistry, Reductive amination, Hmb, nitro reduction, chemistry.chemical_compound, Structural Biology, Amide, Drug Discovery, Solid-Phase Synthesis Techniques, Peptide bond, Amino Acid Sequence, backbone amide protection, Protecting group, Molecular Biology, Nitrobenzenes, Pharmacology, Aspartic Acid, Molecular Structure, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, 010405 organic chemistry, Chemistry, aspartimide formation, Organic Chemistry, Special Issue Article, General Medicine, Amides, difficult sequence, 0104 chemical sciences, Intramolecular force, Molecular Medicine, Amine gas treating, Peptides
Abstract: International audience; A backbone amide bond protecting group, 2-hydroxy-4-methoxy-5-nitrobenzyl (Hmnb), improved the synthesis of aggregation and aspartimide-prone peptides. Introduction of Hmnb is automated and carried out during peptide assembly by addition of 4-methoxy-5-nitrosalicylaldehyde to the peptidyl-resin and on-resin reduction to the secondary amine. Acylation of the hindered secondary amine is aided by the formation of an internal nitrophenol ester that undergoes a favourable O,N intramolecular acyl transfer. This activated ester participates in the coupling and generally gives complete reaction with standard coupling conditions. Hmnb is easily available in a single preparative step from commercially available material. Different methods for removing the amide protecting group were explored. The protecting group is labile to acidolysis, following reduction of the nitro group to the aniline. The two main uses of backbone protection of preventing aspartimide formation and of overcoming difficult sequences are demonstrated, first with the synthesis of a challenging aspartimide-prone test sequence and then with the classic difficult sequence ACP (65-74) and a 23-mer homopolymer of polyalanine.
Published: 2016

17. Cubic three-dimensional hybrid silica solids for nuclear hyperpolarization

Author: Aurélien Bornet, Laurent Veyre, David Baudouin, Christophe Copéret, Matthieu Cavaillès, David Gajan, Lyndon Emsley, Anne Lesage, Geoffrey Bodenhausen, Wei-Chih Liao, Chloé Thieuleux, Basile Vuichoud, Sami Jannin, H. A. van Kalkeren, Martin Schwarzwälder, Laboratoire de Chimie, Catalyse, Polymères et Procédés, R 5265 (C2P2), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École supérieure de Chimie Physique Electronique de Lyon (CPE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC), Institut des Sciences et Ingénierie Chimiques (ISIC), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Department of Chemistry and Applied Biosciences [ETH Zürich] (D-CHAB), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Solid-State NMR Methods for Materials - Méthodes de RMN à l'état solide pour les matériaux, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), This work was supported by the CNRS, the SATT Lyon (Pulsalys), the European Research Council (ERC) Advanced Grant No. 320860, the Swiss National Science Foundation (SNSF), the Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL), ETH Zurich, and the Swiss Commission for Technology & Innovation (CTI)., European Project: 320860,EC:FP7:ERC,ERC-2012-ADG_20120216,HI-SENS(2013), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Materials science, 010405 organic chemistry, Radical, technology, industry, and agriculture, General Chemistry, 010402 general chemistry, behavioral disciplines and activities, 01 natural sciences, humanities, Porous network, 0104 chemical sciences, Chemistry, Nuclear magnetic resonance, Chemical engineering, [CHIM]Chemical Sciences, Hyperpolarization (physics), Mesoporous material, Dissolution
Abstract: Hyperpolarization of metabolites by dissolution dynamic nuclear polarization (D-DNP) for MRI applications often requires fast and efficient removal of the radicals (polarizing agents). Ordered mesoporous SBA-15 silica materials containing homogeneously dispersed radicals, referred to as HYperPolarizing SOlids (HYPSOs), enable high polarization – P(1H) = 50% at 1.2 K – and straightforward separation of the polarizing HYPSO material from the hyperpolarized solution by filtration. However, the one-dimensional tubular pores of SBA-15 type materials are not ideal for nuclear spin diffusion, which may limit efficient polarization. Here, we develop a generation of hyperpolarizing solids based on a SBA-16 structure with a network of pores interconnected in three dimensions, which allows a significant increase of polarization, i.e. P(1H) = 63% at 1.2 K. This result illustrates how one can improve materials by combining a control of the incorporation of radicals with a better design of the porous network structures., Chemical Science, 7 (11), ISSN:2041-6520, ISSN:2041-6539
Published: 2016

18. Protein dynamics from nuclear magnetic relaxation

Author: Fabien Ferrage, Cyril Charlier, Samuel F. Cousin, Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), European Research Council (ERC) under the European Community, ERC [279519 (2F4BIODYN)], École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Nuclear magnetic relaxation, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Protein Conformation, Chemistry, Movement, Protein dynamics, Proteins, General Chemistry, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Measure (mathematics), 0104 chemical sciences, 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, Nuclear magnetic resonance, Atomic resolution, Chemical physics, Picosecond, Molecular motion, Humans, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular
Abstract: International audience; Nuclear magnetic resonance is a ubiquitous spectroscopic tool to explore molecules with atomic resolution. Nuclear magnetic relaxation is intimately connected to molecular motions. Many methods and models have been developed to measure and interpret the characteristic rates of nuclear magnetic relaxation in proteins. These approaches shed light on a rich and diverse range of motions covering timescales from picoseconds to seconds. Here, we introduce some of the basic concepts upon which these approaches are built and provide a series of illustrations.
Published: 2016

19. Étude du microbiote intestinal et des cellules productrices d'IL-17 chez les souris arthritiques et lipo-atrophiques PPARγ déficientes : un modèle de désordre immunométabolique ?

Author: Julie Hablot, Jean-Yves Jouzeau, Meriem Koufany, Béatrice Desvergne, Gérard Eberl, Harry Sokol, David MOULIN, Ingénierie Moléculaire et Physiopathologie Articulaire (IMoPA), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Center for Integrative Genomics - Institute of Bioinformatics, Génopode (CIG), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL)-Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Microenvironnement et Immunité - Microenvironment and Immunity, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL), Université de Lausanne (UNIL)-Université de Lausanne (UNIL), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]
Subjects: [SDV.MHEP.RSOA]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Rhumatology and musculoskeletal system, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2017

20. Formation and investigation of 6-cysteinyl amino methylated β-cyclodextrin self-assembled monolayers

Author: Christina Loukou, Magdaléna Hromadová, Jana Kocábová, Romana Sokolová, Jean-Maurice Mallet, Viliam Kolivoška, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Department of Molecular Electrochemistry, J. Heyrovský Institute of Physical Chemistry of ASCR, v.v.i, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Stereochemistry, Chemistry, Supramolecular chemistry, Self-assembled monolayer, 02 engineering and technology, General Chemistry, Dropping mercury electrode, 010402 general chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, Electrochemistry, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, 3. Good health, Monolayer, Polymer chemistry, Molecule, Moiety, lipids (amino acids, peptides, and proteins), Cyclic voltammetry, 0210 nano-technology
Abstract: International audience; Cysteinyl amino methylated β-cyclodextrin was adsorbed on Au(111) as well as on mercury electrode. Scanning probe microscopy and electrochemical techniques confirmed that a chemisorbed self-assembled monolayer (SAM) of the β-cyclodextrin is formed, proving that a single –SH moiety located in the cysteinyl group is sufficient to anchor the entire methylated β-cyclodextrin molecule to the electrode surface. Thus, formed SAM can potentially serve as sensor layer for various organic molecules such as pesticides, antibiotics, and optically active compounds.
Published: 2015

21. Combined analysis of DNA methylation and cell cycle in cancer cells

Author: Cyrielle Pottier, Paola B. Arimondo, Dominique Guianvarc'h, Tom Gérard-Hirne, Arnaud Carrier, Joëlle Riond, Cécile Desjobert, Mounir El Maï, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Pharmacochimie de la Régulation Epigénétique du Cancer (ETaC), PIERRE FABRE-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en pharmacologie - santé (CRPS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), regional council of Midi-Pyrenees (France), FEDER, ATIP CNRS INC Jeunes Chercheurs, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, and Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Cancer Research, 5-azadeoxycytidine, Cell Cycle, DNA, Neoplasm, DNA Methylation, Biology, Flow Cytometry, Molecular biology, 3. Good health, DNA demethylation, Cell Line, Tumor, DNA methylation, cancer, Humans, Illumina Methylation Assay, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Epigenetics, Cancer epigenetics, Methylated DNA immunoprecipitation, Molecular Biology, RNA-Directed DNA Methylation, Research Paper, Epigenomics
Abstract: International audience; DNA methylation is a chemical modification of DNA involved in the regulation of gene expression by controlling the access to the DNA sequence. It is the most stable epigenetic mark and is widely studied for its role in major biological processes. Aberrant DNA methylation is observed in various pathologies, such as cancer. Therefore, there is a great interest in analyzing subtle changes in DNA methylation induced by biological processes or upon drug treatments. Here, we developed an improved methodology based on flow cytometry to measure variations of DNA methylation level in melanoma and leukemia cells. The accuracy of DNA methylation quantification was validated with LC-ESI mass spectrometry analysis. The new protocol was used to detect small variations of cytosine methylation occurring in individual cells during their cell cycle and those induced by the demethylating agent 5-aza-2'-deoxycytidine (5AzadC). Kinetic experiments confirmed that inheritance of DNA methylation occurs efficiently in S phase and revealed a short delay between DNA replication and completion of cytosine methylation. In addition, this study suggests that the uncoupling of 5AzadC effects on DNA demethylation and cell proliferation might be related to the duration of the DNA replication phase.
Published: 2015

22. Double cross polarization for the indirect detection of nitrogen-14 nuclei in magic angle spinning NMR spectroscopy

Author: Xiao Ji, Diego Carnevale, Geoffrey Bodenhausen, Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and HAL-UPMC, Gestionnaire
Subjects: Magic angle, [PHYS.PHYS]Physics [physics]/Physics [physics], Chemistry, Analytical chemistry, General Physics and Astronomy, 02 engineering and technology, Nuclear magnetic resonance spectroscopy, 010402 general chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, 01 natural sciences, Molecular physics, Spectral line, 0104 chemical sciences, Amorphous solid, NMR spectra database, Dipole, 13. Climate action, [CHIM] Chemical Sciences, Magic angle spinning, [CHIM]Chemical Sciences, Crystallite, Physical and Theoretical Chemistry, 0210 nano-technology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; Nitrogen-14 NMR spectra at fast magic-angle spinning rates can be acquired indirectly by means of two-dimensional techniques based on double cross polarization transfer 1H → 14N →1H. Experimental evidence is given for polycrystalline samples of glycine, l-histidine, and the dipeptide Ala-Gly. Either one-bond or long-range correlations can be favored by choosing the length of the cross polarization contact pulses. Longer contact pulses allow the detection of unprotonated nitrogen sites. In contrast to earlier methods that exploited second-order quadrupolar/dipolar cross-terms, cross polarization operates in the manner of the method of Hartmann and Hahn, even for 14N quadrupolar couplings up to 4 MHz. Simulations explain why amorphous samples tend to give rise to featureless spectra because the 14N quadrupolar interactions may vary dramatically with the lattice environment. The experiments are straightforward to set up and are shown to be effective for different nitrogen environments and robust with respect to the rf-field strengths and to the 14N carrier frequency during cross polarization. The efficiency of indirect detection of 14N nuclei by double cross polarization is shown to be similar to that of isotopically enriched 13C nuclei.
Published: 2017

23. Transportable Hyperpolarized Metabolites

Author: Ji, Xiao, Bornet, Aurélien, Vuichoud, Basile, Milani, Jonas, Gajan, David, Rossini, Aaron J., Emsley, Lyndon, Bodenhausen, Geoffrey, Jannin, Sami, ISA - Hyperpolarized Magnetic Resonance, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des sciences et ingénierie chimiques (ISIC), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Solid-State NMR Methods for Materials - Méthodes de RMN à l'état solide pour les matériaux, Université Paris sciences et lettres (PSL), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), ISMAR, Bussy, Agnès, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences et Ingénierie Chimiques, and Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL)-Batochime
Subjects: Carbon Isotopes, Alanine, Magnetic Resonance Spectroscopy, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Science, Glycine, equipment and supplies, Magnetic Resonance Imaging, Article, Specimen Handling, Cyclic N-Oxides, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM]Chemical Sciences, Metabolomics, Spin Labels, human activities
Abstract: Nuclear spin hyperpolarization of 13C-labelled metabolites by dissolution dynamic nuclear polarization can enhance the NMR signals of metabolites by several orders of magnitude, which has enabled in vivo metabolic imaging by MRI. However, because of the short lifetime of the hyperpolarized magnetization (typically, MRI imaging can be significantly enhanced by injecting highly magnetized chemical agents, but the short magnetization lifetime requires processing at the point of use. Here, the authors demonstrate a method that could extend the lifetime from seconds to hours, enabling remote preparation.
Published: 2017

24. Electrochemical quenching of the fluorescence produced by NBD-labelled cell penetrating peptides: A contribution to the study of their internalization in large unilamellar vesicles

Author: Jean-Marie Swiecicki, Eric Labbé, Lylian Challier, Gérard Chassaing, Mathieu Durand, Margherita Di Pisa, Pierluca Messina, Raquel Oliveira, Solange Lavielle, Olivier Buriez, Processus d'Activation Sélective par Transfert d'Energie Uni-électronique ou Radiatif (UMR 8640) (PASTEUR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: General Chemical Engineering, media_common.quotation_subject, fluorescence quenching, cell penetrating peptides, 02 engineering and technology, 010402 general chemistry, Electrochemistry, Dithionite, 01 natural sciences, Analytical Chemistry, law.invention, chemistry.chemical_compound, Adsorption, law, [CHIM]Chemical Sciences, Internalization, media_common, Electrolysis, Quenching (fluorescence), Chromatography, Chemistry, Vesicle, eElectrochemical, technology, industry, and agriculture, 021001 nanoscience & nanotechnology, Large Unilamellar Vesicles, Fluorescence, 0104 chemical sciences, internalization, Biophysics, lipids (amino acids, peptides, and proteins), 0210 nano-technology
Abstract: International audience; This work investigates the implementation of a simple and versatile electrochemical setup aimed at achieving a fast and complete fluorescence extinction of NBD-labelled (NBD = 7-nitrobenz-2-oxa-1,3-diazole) cell penetrating peptides contained in 2-5 cm 3 samples containing phosphate buffer + Large Unilamellar Vesicles. The quenching is obtained through a reductive electrolysis in a 2-compartment cell homebuilt from disposable plastic labware, which remains inert towards the adsorption of both peptides and lipid vesicles. Considering the micromolar concentration of NBD-tagged peptides, the main electrochemical reaction observed is hydrogen evolution, NBD reduction representing a small fraction of the cathodic current/charge engaged. The electrolysis conditions are discussed with respect to the nature of the reduction products formed, the integrity of Large Unilamellar Vesicles and phosphate buffering properties. This electrochemical method is compared to the traditional chemical dithionite quenching of NBD and tested to monitor the internalization of Cell Penetrating Peptides in Large Unilamellar Vesicles.
Published: 2017

25. Re(I) carbonyl complexes: Multimodal platforms for inorganic chemical biology

Author: Clotilde Policar, Nicolas Delsuc, Sarah Hostachy, Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: chemistry.chemical_classification, Inorganic Chemical, Multimodal imaging, Alternative methods, 010405 organic chemistry, Biomolecule, Bio-imaging, Drugs, Context (language use), Nanotechnology, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, Photophysical properties, Inorganic Chemistry, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, Bio imaging, Peptide and protein labelling, chemistry, Materials Chemistry, [CHIM.COOR]Chemical Sciences/Coordination chemistry, Physical and Theoretical Chemistry, Re carbonyl complexes
Abstract: International audience; Bio-imaging, by enabling the visualization of biomolecules of interest, has proved to be highly informative in the study of biological processes. Although fluorescence microscopy is probably one of the most used techniques, alternative methods of imaging, providing complementary information, are emerging. In this context, metal complexes represent valuable platforms for multimodal imaging, since they may combine interesting spectroscopic features and biologically relevant functionalization on a single molecular core. In particular, d6 low-spin rhenium tri-carbonyl complexes display unique luminescence and vibrational properties, and can be readily functionalized. Here we review their applications and potential as probes or drugs relying on their photophysical properties, before focusing on their use as multimodal probes for the labelling and imaging of peptides and proteins.
Published: 2017

26. Predictors of responses to immune checkpoint blockade in advanced melanoma

Author: Brigitte Dréno, Caroline Flament, Nicolas Jacquelot, B. Balme, Yaron Meirow, Mitchell P. Levesque, Jeffrey S. Weber, Christophe Borg, Lawrence Fong, Amir Khammari, Guido Kroemer, Sylvie Rusakiewicz, Morten Hartvig Hansen, Ignacio Melero, Gorana Tomasic, Henrik Schmidt, Meriem Messaoudene, Andrea Cavalcanti, Maria Paula Roberti, Sarah Jegou, Yoshinobu Koguchi, Stefan Michiels, Moshe Sade-Feldman, Michal Baniyash, Ana C. Anderson, Byoung S. Kwon, Lieping Chen, Aurélien Marabelle, David Enot, Arun Burra, Inge Marie Svane, Stéphane Dalle, A.M. Di Giacomo, Dirk Schadendorf, Nils Ternès, Laurence Zitvogel, Reinhard Dummer, Andressa L. Sodre, Serena S. Kwek, O Beatrix, Vijay K. Kuchroo, Alexander M.M. Eggermont, David M. Woods, Benjamin Weide, Mark J. Smyth, Michele Maio, Maha Ayyoub, François Aubin, Connie P.M. Duong, Michal Lotem, Immunologie des tumeurs et immunothérapie (UMR 1015), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris-Saclay, Institut Gustave Roussy (IGR), Plateforme de métabolomique, Direction de la recherche [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Centre d'Investigation Clinique en Biotherapie des cancers (CIC 1428 , CBT 507 ), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de biostatistique et d'épidémiologie (SBE), Direction de la recherche clinique [Gustave Roussy], Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Laura & Isaac Perlmutter Cancer Center [New York, NY, USA], New York University Langone Medical Center (NYU Langone Medical Center), NYU System (NYU)-NYU System (NYU), Department of Hematology and Oncology [Herlev, Denmark], Copenhagen University Hospital, The Lautenberg Center for General and Tumor Immunology [Jerusalem, Israel], The Hebrew University Hadassah Medical School -BioMedical Research institute Israel Canada of the Faculty of Medicine [Jerusalem, Israel], Division of Hematology-Oncology [San Francisco, CA, USA] (Department of Medicine), University of California [San Francisco] (UCSF), University of California-University of California, Department of Immunobiology [New Haven, CT, USA] (Yale School of Medicine), Yale University [New Haven], Eutilex Co., Ltd [Seoul, Korea], Section of Clinical Immunology, Allergy, and Rheumatology [New Orleans, LA, USA] (Department of Medicine), Tulane University Health Sciences Center [New Orleans, LA, USA], Evergrande Center for Immunologic Diseases [Boston, MA, USA] (Ann Romney Center for Neurologic Diseases), Brigham & Women's Hospital, Harvard Medical School, Department of Dermatology [Tubingen, Germany], University Medical Center [Tubingen, Germany], Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service d'Oncologie Médicale [CHRU Besançon], Centre d'Investigation Clinique de Besançon (Inserm CIC 1431), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté]), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Pathologie [CHU Lyon-Sud - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Département de biologie et pathologie médicales [Gustave Roussy], Division of Medical Oncology and Immunotherapy [Siena, Italy], University Hospital of Siena, Department of Dermatology [Heidelberg, Germany], University Duisburg-Essen [Germany]-University Hospital [Heidelberg, Germany]-Germany & German Cancer Consortium - DKTZ [Heidelberg, Germany], Division of Hepatology and Gene Therapy (CIMA), Center for Applied Medical Research [Plamplona] (CIMA), Universidad de Navarra [Pamplona] (UNAV)-Universidad de Navarra [Pamplona] (UNAV), Oncology Department [Pamplona, Spain], University Clinic of Navarra - CUN [Pamplona, Spain], Centro de Investigación Biomedica en Red de Oncologia [Pamplona, Spain] (CIBERO), Clinical and Translational Research in Skin Cancer (CRCINA-ÉQUIPE 2), Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Nantes-Angers (CRCINA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA), Department of Dermatology [Zürich, Switzerland], Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH)-University hospital of Zurich [Zurich], Earle A. Chiles Research Institute [Portland, OR, USA], Providence Portland Medical Center-Robert W. Franz Cancer Research Center, Sharett Institute of Oncology [Jerusalem, Israel], Hadassah Medical Organization [Jerusalem, Israel], Department of Oncology [Aarhus, Denmark], Aarhus University Hospital, Centre de Recherche des Cordeliers (CRC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Apoptose, cancer et immunité (Equipe labellisée Ligue contre le cancer - CRC - Inserm U1138), Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre de Recherche des Cordeliers (CRC), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Pôle de biologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Département de chirurgie générale [Gustave Roussy], Service de dermatologie, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Immunology in Cancer and Infection Laboratory [Herston, QLD, Australia], QIMR Berghofer Medical Research Institute, School of Medicine [Herston, QLD, Australia], University of Southern Queensland (USQ), This work was supported by Institut National du Cancer INCa, ANR, Ligue contre le cancer (équipe labellisée de L.Z.) and Swiss Bridge Foundation, ISREC Foundation, LABEX OncoImmunology, la direction générale de l’offre de soins (DGOS), Université Paris-Sud, SIRIC SOCRATE (INCa/DGOS/INSERM 6043), PACRI network and PIA2 TORINO-LUMIERE. N.J. received a fellowship from Cancéropole Idf. M.J.S. was supported by a National Health and Medical Research Council of Australia Senior Principal Research Fellowship., Bernardo, Elizabeth, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California [San Francisco] (UC San Francisco), University of California (UC)-University of California (UC), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École pratique des hautes études (EPHE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté]), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS BFC)-Université de Franche-Comté (UFC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS BFC)-Université de Franche-Comté (UFC), Universität Duisburg-Essen = University of Duisburg-Essen [Essen]-University Hospital [Heidelberg, Germany]-Germany & German Cancer Consortium - DKTZ [Heidelberg, Germany], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Subjects: 0301 basic medicine, Oncology, medicine.medical_treatment, Medizin, General Physics and Astronomy, 0302 clinical medicine, METASTATIC MELANOMA, TUMOR-INFILTRATING LYMPHOCYTES, lcsh:Science, Cancer, screening and diagnosis, Multidisciplinary, CD137, 3. Good health, Detection, 030220 oncology & carcinogenesis, Patient Safety, BREAST-CANCER PATIENTS, Nivolumab, Adjuvant, CIRCULATING SOLUBLE FAS, medicine.drug, medicine.medical_specialty, CELL LUNG-CANCER, Science, PROGNOSTIC IMPACT, Clinical Trials and Supportive Activities, Ipilimumab, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Article, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, Immune system, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Clinical Research, Internal medicine, Journal Article, STAGE-III MELANOMA, medicine, CLINICAL-SIGNIFICANCE, business.industry, UNTREATED MELANOMA, General Chemistry, Immune checkpoint, Blockade, 4.1 Discovery and preclinical testing of markers and technologies, 030104 developmental biology, COMBINED NIVOLUMAB, Immunology, lcsh:Q, business, CD8
Abstract: Immune checkpoint blockers (ICB) have become pivotal therapies in the clinical armamentarium against metastatic melanoma (MMel). Given the frequency of immune related adverse events and increasing use of ICB, predictors of response to CTLA-4 and/or PD-1 blockade represent unmet clinical needs. Using a systems biology-based approach to an assessment of 779 paired blood and tumor markers in 37 stage III MMel patients, we analyzed association between blood immune parameters and the functional immune reactivity of tumor-infiltrating cells after ex vivo exposure to ICB. Based on this assay, we retrospectively observed, in eight cohorts enrolling 190 MMel patients treated with ipilimumab, that PD-L1 expression on peripheral T cells was prognostic on overall and progression-free survival. Moreover, detectable CD137 on circulating CD8+ T cells was associated with the disease-free status of resected stage III MMel patients after adjuvant ipilimumab + nivolumab (but not nivolumab alone). These biomarkers should be validated in prospective trials in MMel., The clinical management of metastatic melanoma requires predictors of the response to checkpoint blockade. Here, the authors use immunological assays to identify potential prognostic/predictive biomarkers in circulating blood cells and in tumor-infiltrating lymphocytes from patients with resected stage III melanoma.
Published: 2017

27. Hydrophobic Collapse of the Intrinsically Disordered Transcription Factor Myc Associated Factor X

Author: Dennis Kurzbach, Gönül Kizilsavas, Karin Ledolter, Max Planck Institute for Polymer Research, Max-Planck-Gesellschaft, Max Perutz Labs, University of Vienna [Vienna], Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Models, Molecular, 0301 basic medicine, Protein Conformation, Dimer, 010402 general chemistry, Intrinsically disordered proteins, 01 natural sciences, Biochemistry, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Protein structure, Hydrophobic collapse, Transcription factor, Dynamic equilibrium, Quantitative Biology::Biomolecules, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Protein Stability, Chemistry, Factor X, Quantitative Biology::Molecular Networks, Nuclear magnetic resonance spectroscopy, 0104 chemical sciences, Intrinsically Disordered Proteins, Crystallography, Basic-Leucine Zipper Transcription Factors, 030104 developmental biology, Hydrophobic and Hydrophilic Interactions
Abstract: International audience; The conformational space of the proto-oncogenic transcription factor Myc associated factor X (MAX) comprises a dynamic equilibrium between a stably folded coiled-coil homodimer and an intrinsically disordered ensemble of states. We show by means of nuclear magnetic resonance spectroscopy that the intrinsically disordered ensemble samples structures that are even as compact as the folded dimer. These extremely dense, hydrophobically collapsed globules might be of importance for interconversion between different conformations of intrinsically disordered proteins.
Published: 2017

28. Deep conservation of bivalve nacre proteins highlighted by shell matrix proteomics of the Unionoida Elliptio complanata and Villosa lienosa

Author: Jaison Arivalagan, Benjamin Marie, Arul Marie, Lucrèce Mathéron, Sophie Berland, Frédéric Marin, Gérard Bolbach, Molécules de Communication et Adaptation des Micro-Organismes ( MCAM ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires ( LBM-E2 ), Laboratoire des biomolécules ( LBM UMR 7203 ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques ( BOREA ), Université des Antilles ( UA ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Funding from the Marie Curie European Union Seventh Framework Programme under grant agreement no. 605051., Molécules de Communication et Adaptation des Micro-Organismes (MCAM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), and Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Unionidae, 0301 basic medicine, Unionoida, [ SDV.BA.ZI ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Villosa lienosa, Biomedical Engineering, Biophysics, Life Sciences–Earth Science interface, Bioengineering, Biology, Proteomics, Biochemistry, bivalve, Evolution, Molecular, Biomaterials, 03 medical and health sciences, Paleontology, Calcification, Physiologic, proteomics, Animal Shells, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], shell nacre, Shell matrix, Animals, calcium carbonate, 14. Life underwater, Nacre, Mantle (mollusc), chemistry.chemical_classification, Extracellular Matrix Proteins, Elliptio, biology.organism_classification, biomineralization, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, 030104 developmental biology, chemistry, [ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], organic matrix proteins, Glycoprotein, Biotechnology, Biomineralization
Abstract: The formation of the molluscan shell nacre is regulated to a large extent by a matrix of extracellular macromolecules that are secreted by the shell-forming tissue, the mantle. This so-called ‘calcifying matrix’ is a complex mixture of proteins, glycoproteins and polysaccharides that is assembled and occluded within the mineral phase during the calcification process. Better molecular-level characterization of the substances that regulate nacre formation is still required. Notable advances in expressed tag sequencing of freshwater mussels, such as Elliptio complanata and Villosa lienosa , provide a pre-requisite to further characterize bivalve nacre proteins by a proteomic approach. In this study, we have identified a total of 48 different proteins from the insoluble matrices of the nacre, 31 of which are common to both E. complanata and V. lienosa . A few of these proteins, such as PIF, MSI60, CA, shematrin-like, Kunitz-like, LamG, chitin-binding-containing proteins, together with A-, D-, G-, M- and Q-rich proteins, appear to be analogues, if not true homologues, of proteins previously described from the pearl oyster or the edible mussel nacre matrices, thus forming a remarkable list of deeply conserved nacre proteins. This work constitutes a comprehensive nacre proteomic study of non-pteriomorphid bivalves that has enabled us to describe the molecular basis of a deeply conserved biomineralization toolkit among nacreous shell-bearing bivalves, with regard to proteins associated with other shell microstructures, with those of other mollusc classes (gastropods, cephalopods) and, finally, with other lophotrochozoans (brachiopods).
Published: 2017

29. Host-Guest System Based on Collagen-Like Triple-Helix Hybridization

Author: Shohei Uchinomiya, Nicolas Delsuc, Akio Ojida, Itaru Hamachi, Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Graduate School of Pharmaceutical Sciences, The University of Tokyo (UTokyo), Department of Synthetic Chemistry and Biological Chemistry, Kyoto University [Kyoto], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Kyoto University
Subjects: 010405 organic chemistry, Chemistry, Metals and Alloys, Nanotechnology, General Chemistry, macromolecular substances, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Catalysis, 0104 chemical sciences, Surfaces, Coatings and Films, Electronic, Optical and Magnetic Materials, Materials Chemistry, Ceramics and Composites, Protein recognition, Biophysics, Selectivity, Receptor, Host (network), Triple helix
Abstract: International audience; A strategy inspired by tweezer receptors has been employed to develop a new host-guest system. The Hybridization into a collagen-like triple helix is the driving force for the recognition that occurs with high affinity and selectivity. Several systems have been screened to find the best host-guest pair and this strategy may be implemented for tag fused protein recongnition.
Published: 2017

30. Anisotropic longitudinal electronic relaxation affects DNP at cryogenic temperatures

Author: Dennis Kurzbach, Daniel Abergel, Hervé Vezin, Geoffrey Bodenhausen, Emmanuelle M. M. Weber, James G. Kempf, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Laboratoire Avancé de Spectroscopie pour les Intéractions la Réactivité et l'Environnement - UMR 8516 (LASIRE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centrale Lille Institut (CLIL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lille, Bruker BioSpin, GmbH, Université de Lille, CNRS, Laboratoire Avancé de Spectroscopie pour les Intéractions la Réactivité et l'Environnement - UMR 8516 [LASIRE], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centrale Lille Institut (CLIL)
Subjects: [PHYS]Physics [physics], Nitroxide mediated radical polymerization, Condensed matter physics, Chemistry, Radical, Relaxation (NMR), General Physics and Astronomy, 02 engineering and technology, 010402 general chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, Polarization (waves), 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, law.invention, Magnetic field, law, [CHIM]Chemical Sciences, Physical and Theoretical Chemistry, Diffusion (business), 0210 nano-technology, Electron paramagnetic resonance, Anisotropy
Abstract: International audience; We report the observation of anisotropic longitudinal electronic relaxation in nitroxide radicals under typical dynamic nuclear polarization conditions. This anisotropy affects the efficiency of dynamic nuclear polarization at cryogenic temperatures of 4 K and high magnetic fields of 6.7 T. Under our experimental conditions, the electron paramagnetic resonance spectrum of nitroxides such as TEMPOL (4-hydroxy-2,2,6,6-tetramethylpiperidin-1-oxyl) is only partly averaged by electronic spectral diffusion, so that the relaxation times T 1e (o) vary across the spectrum. We demonstrate how the anisotropy of T 1e (o) can be taken into account in simple DNP models.
Published: 2017

31. Exciting Wide NMR Spectra of Static Solid Samples with Weak Radiofrequency Fields

Author: Diego Carnevale, Geoffrey Bodenhausen, Srinivas Chinthalapalli, Neuchâtel Platform of Analytical Chemistry (NPAC), Université de Neuchâtel (UNINE), Institut des Sciences et Ingénierie Chimiques (ISIC), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Vikram Sarabhai Space Ctr, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Analytical chemistry, 02 engineering and technology, dipolar echoes, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Molecular physics, Spectral line, Homonuclear molecule, NMR spectroscopy, [CHIM]Chemical Sciences, Physical and Theoretical Chemistry, Anisotropy, hydration water, solid echoes, dipolar interactions, quadrupolar interactions, Chemistry, Chemical shift, 021001 nanoscience & nanotechnology, 0104 chemical sciences, NMR spectra database, quadrupolar echoes, solid-state NMR of static samples, Dipole, DANTE, Crystallite, 0210 nano-technology, Excitation
Abstract: Trains of short pulses in the manner of ‘delays alternating with nutations for tailored excitation’ (DANTE) have been applied to the Pake patterns of protons of water molecules trapped in a static powdered sample of barium chlorate monohydrate. The spin dynamics in the course of such experiments have been investigated by means of numerical simulations and compared with the ideal refocusing that can be achieved under magic-angle spinning (MAS). Solid echoes yield essentially undistorted lineshapes, in contrast to direct excitation without refocusing that leads to severe dispersions of the phases because of inhomogeneous interactions such as homonuclear dipolar couplings and anisotropic chemical shifts. The selectivity of DANTE sequences allows one to access ‘slices’ of the Pake pattern that can be related to particular crystallite orientations. Single-crystal spectra can therefore be extracted from powder spectra. A similar behavior is expected for both dipolar and quadrupolar echoes.
Published: 2017

32. Columnar self-assembly of N,N′,N′′-trihexylbenzene-1,3,5-tricarboxamides investigated by means of NMR spectroscopy and computational methods in solution and the solid state

Author: Mathieu Baudin, Ewa Banach, Christian Invernizzi, Reinhard Neier, Diego Carnevale, Université de Neuchâtel (UNINE), Institut des Sciences et Ingénierie Chimiques (ISIC), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Neuchâtel Platform of Analytical Chemistry (NPAC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Proton, Spins, 010405 organic chemistry, Chemistry, Isotropy, General Physics and Astronomy, Nuclear magnetic resonance spectroscopy, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, Hybrid functional, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, Chemical physics, Computational chemistry, Self-assembly, [PHYS.PHYS.PHYS-CHEM-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Chemical Physics [physics.chem-ph], Physical and Theoretical Chemistry, Anisotropy, Dispersion (chemistry)
Abstract: International audience; The columnar self-assembly resulting from units of N,N′,N′′-trihexylbenzene-1,3,5-tricarboxamide is investigated in solution and the solid state by means of NMR spectroscopy. A parallel computational study utilizing both semiempirical and DFT methods allows comparison between experimental results and calculated data for self-assembled and non-assembled structural hypotheses. The hybrid functional B3LYP is compared with the B3LYP-D and B97D functionals to assess contributions due to dispersion interactions. Interatomic distances are studied utilizing ROE experiments on proton spins in solution. Isotropic shifts as measured experimentally are shown to offer a method to assess the self-assemblies ‘on-the-fly’. The anisotropic part of the shift interaction for carbon nuclei is probed in the solid state with specific magic-angle spinning experiments. The sensitivity of the NMR parameters for various carbon environments with respect to the orientation of the substituents and packing effects is investigated computationally. We show that all the utilized experimental techniques, in both solution and the solid state, and in combination with DFT calculations, are capable of discerning between assembled and non-assembled systems and offer a robust set of independent tools to highlight atomic details in self-organized structures.
Published: 2017

33. Ultra-wide range field-dependent measurements of the relaxivity of Gd1−xEuxVO4 nanoparticle contrast agents using a mechanical sample-shuttling relaxometer

Author: Chou, Ching-Yu, Abdesselem, Mouna, Bouzigues, Cedric, Chu, Minglee, Guiga, Angelo, Huang, Tai-Huang, Ferrage, Fabien, Gacoin, Thierry, Alexandrou, Antigoni, Sakellariou, Dimitris, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Structure et Dynamique par Résonance Magnétique (LCF) (LSDRM), Nanosciences et Innovation pour les Matériaux, la Biomédecine et l'Energie (ex SIS2M) (NIMBE UMR 3685), Institut Rayonnement Matière de Saclay (IRAMIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Rayonnement Matière de Saclay (IRAMIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Optique et Biosciences (LOB), École polytechnique (X)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Academia Sinica, Laboratoire de physique de la matière condensée (LPMC), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École polytechnique (X), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut Rayonnement Matière de Saclay (IRAMIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), and HAL-UPMC, Gestionnaire
Subjects: [CHIM] Chemical Sciences, [CHIM]Chemical Sciences, Article
Abstract: The current trend for Magnetic Resonance Imaging points towards higher magnetic fields. Even though sensitivity and resolution are increased in stronger fields, T1 contrast is often reduced, and this represents a challenge for contrast agent design. Field-dependent measurements of relaxivity are thus important to characterize contrast agents. At present, the field-dependent curves of relaxivity are usually carried out in the field range of 0 T to 2 T, using fast field cycling relaxometers. Here, we employ a high-speed sample shuttling device to switch the magnetic fields experienced by the nuclei between virtually zero field, and the center of any commercial spectrometer. We apply this approach on rare-earth (mixed Gadolinium-Europium) vanadate nanoparticles, and obtain the dispersion curves from very low magnetic field up to 11.7 T. In contrast to the relaxivity profiles of Gd chelates, commonly used for clinical applications, which display a plateau and then a decrease for increasing magnetic fields, these nanoparticles provide maximum contrast enhancement for magnetic fields around 1-1.5 T. These field-dependent curves are fitted using the so-called Magnetic Particle (MP) model and the extracted parameters discussed as a function of particle size and composition. We finally comment on the new possibilities offered by this approach. ispartof: Scientific Reports vol:7 pages:1-12 ispartof: location:England status: published
Published: 2017

34. Homochiral versus Heterochiral Trifluoromethylated Pseudoproline Containing Dipeptides: A Powerful Tool to Switch the Prolyl-Amide Bond Conformation

Author: Nathalie Lensen, Grégory Chaume, Emeric Miclet, Julien Pytkowicz, Julien Simon, Thierry Brigaud, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie Biologique (LCB), Université de Cergy Pontoise (UCP), Université Paris-Seine-Université Paris-Seine, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: Oxazolidine, Proline, Stereochemistry, Supramolecular chemistry, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, 010402 general chemistry, Methylation, 01 natural sciences, chemistry.chemical_compound, Side chain, Peptide bond, Conformational isomerism, Pseudoproline, Trifluoromethyl, Molecular Structure, 010405 organic chemistry, Chemistry, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Organic Chemistry, Stereoisomerism, Dipeptides, Fluorine, Amides, 0104 chemical sciences, Thiazoles, Cis–trans isomerism
Abstract: International audience; The design of constrained peptides is of prime importance in the development of bioactive compounds and for applications in supramolecular chemistry. Due to its nature, the peptide bond undergoes a spontaneous cis–trans isomerism, and the cis isomers are much more difficult to stabilize than the trans forms. By using oxazolidine-based pseudoprolines (ΨPro) substituted by a trifluoromethyl group, we show that the cis peptide bond can be readily switched from 0% to 100% in Xaa-ΨPro dipeptides. Our results prove that changing the configuration of the Cα in Xaa or in ΨPro is sufficient to invert the cis:trans populations while changing the nature of the Xaa side chain finely tuned the conformers ratio. Moreover, a strong correlation is found between the puckering of the oxazolidine ring and the peptide bond conformation. This finding highlights the role of the trifluoromethyl group in the stabilization of the peptide bond geometry. We anticipate that such templates will be very useful to constrain the backbone geometry of longer peptides.
Published: 2017

35. Faecal microbiota study reveals specific dysbiosis in spondyloarthritis

Author: Ariane Leboime, Maxime Breban, Philippe Langella, Julien Tap, Gilles Chiocchia, Harry Sokol, Jean-Pierre Furet, Roula Said-Nahal, Université Paris Descartes, Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S 606, Hôpital Lariboisière, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, PRES Sorbonne Paris-Cité, and Université Paris Denis Diderot, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines - Institut d'études culturelles et internationales (UVSQ IECI), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), CEREST-TC [CHU Saint-Antoine], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Cellule Pasteur UPMC, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire d'excellence Inflamex, Sorbonne Paris Cité, Service de Rhumatologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], MetaGenoPolis, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: 0301 basic medicine, rheumatoid arthritis, Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], Disease, Gut flora, Inflammatory bowel disease, Pathogenesis, Arthritis, Rheumatoid, Cohort Studies, Feces, 0302 clinical medicine, Ruminococcus gnavus, RNA, Ribosomal, 16S, Ruminococcus, Immunology and Allergy, HLA-B27 Antigen, biology, spondyloarthritis, Middle Aged, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MHEP.RSOA]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Rhumatology and musculoskeletal system, Female, musculoskeletal diseases, Adult, Immunology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, Rheumatology, ankylosing spondylitis, medicine, Humans, Aged, 030203 arthritis & rheumatology, Ankylosing spondylitis, Siblings, Case-control study, medicine.disease, biology.organism_classification, Inflammatory Bowel Diseases, infection, Gastrointestinal Microbiome, 030104 developmental biology, Cross-Sectional Studies, inflammation, Case-Control Studies, Multivariate Analysis, Dysbiosis, Spondylarthropathies
Abstract: ObjectiveAltered microbiota composition or dysbiosis is suspected to be implicated in the pathogenesis of chronic inflammatory diseases, such as spondyloarthritis (SpA) and rheumatoid arthritis (RA).Methods16S ribosomal RNA gene sequencing was performed on faecal DNA isolated from stool samples in two consecutive cross-sectional cohorts, each comprising three groups of adult volunteers: SpA, RA and healthy controls (HCs). In the second study, HCs comprised a majority of aged-matched siblings of patients with known HLA-B27 status. Alpha and beta diversities were assessed using QIIME, and comparisons were performed using linear discriminant analysis effect size to examine differences between groups.ResultsIn both cohorts, dysbiosis was evidenced in SpA and RA, as compared with HCs, and was disease specific. A restriction of microbiota biodiversity was detected in both disease groups. The most striking change was a twofold to threefold increased abundance of Ruminococcus gnavus in SpA, as compared with both RA and HCs that was significant in both studies and positively correlated with disease activity in patients having a history of inflammatory bowel disease (IBD). Among HCs, significant difference in microbiota composition were also detected between HLA-B27+ and HLA-B27 negative siblings, suggesting that genetic background may influence gut microbiota composition.ConclusionOur results suggest that distinctive dysbiosis characterise both SpA and RA and evidence a reproducible increase in R. gnavus that appears specific for SpA and a marker of disease activity. This observation is consistent with the known proinflammatory role of this bacteria and its association with IBD. It may provide an explanation for the link that exists between SpA and IBD.
Published: 2016

36. High-Resolution Two-Field Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

Author: Thorsten Marquardsen, Simone Ulzega, Cyril Charlier, Frank Engelke, Pierre-Alain Bovier, Werner Maas, Pavel Kadeřávek, Dimitrios Sakellariou, Thomas Speck, Philippe Pelupessy, Geoffrey Bodenhausen, Fabien Ferrage, Dirk Wilhelm, Samuel F. Cousin, Jean-Max Tyburn, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Bruker BioSpin GmbH, D-76287 Rheinstetten, Germany, affiliation inconnue, Bruker BioSpin [Wissembourg], Bruker Biospin AG, Bruker BioSpin [Billerica, MA], Laboratoire Structure et Dynamique par Résonance Magnétique (LCF) (LSDRM), Nanosciences et Innovation pour les Matériaux, la Biomédecine et l'Energie (ex SIS2M) (NIMBE UMR 3685), Institut Rayonnement Matière de Saclay (IRAMIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Rayonnement Matière de Saclay (IRAMIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-11-BS07-0031,DYN-IDP,Protéines : cinétique et désordre.(2011), European Project: 279519,EC:FP7:ERC,ERC-2011-StG_20101014,2F4BIODYN(2012), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Condensed matter physics, Chemistry, 530: Physik, General Physics and Astronomy, Magnetic resonance force microscopy, 02 engineering and technology, Nuclear magnetic resonance spectroscopy, [CHIM.MATE]Chemical Sciences/Material chemistry, 010402 general chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, Magnetostatics, 01 natural sciences, Molecular physics, 0104 chemical sciences, Solid-state nuclear magnetic resonance, Spin echo, Transverse relaxation-optimized spectroscopy, Physical and Theoretical Chemistry, 0210 nano-technology, Two-dimensional nuclear magnetic resonance spectroscopy, Earth's field NMR
Abstract: Nuclear magnetic resonance (NMR) is a ubiquitous branch of spectroscopy that can explore matter at the scale of an atom. Significant improvements in sensitivity and resolution have been driven by a steady increase of static magnetic field strengths. However, some properties of nuclei may be more favourable at low magnetic fields. For example, transverse relaxation due to chemical shift anisotropy increases sharply at higher magnetic fields leading to line-broadening and inefficient coherence transfers. Here, we present a two-field NMR spectrometer that permits the application of rf-pulses and acquisition of NMR signals in two magnetic centres. Our prototype operates at 14.1 T and 0.33 T. The main features of this system are demonstrated by novel NMR experiments, in particular a proof-of-concept correlation between zero-quantum coherences at low magnetic field and single quantum coherences at high magnetic field, so that high resolution can be achieved in both dimensions, despite a ca. 10 ppm inhomogeneity of the low-field centre. Two-field NMR spectroscopy offers the possibility to circumvent the limits of high magnetic fields, while benefiting from their exceptional sensitivity and resolution. This approach opens new avenues for NMR above 1 GHz.
Published: 2016
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37. Membrane re-arrangements and rippled phase stabilisation by the cell penetrating peptide penetratin

Author: Antonin Lamaziere, Angélique Filleau, Jesus Ayala-Sanmartin, Philippe Espeau, Claudia Almeida, Yohann Corvis, Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires ( LBM-E2 ), Laboratoire des biomolécules ( LBM UMR 7203 ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Microorganismes, Molécules Bioactives et Physiopathologie Intestinale ( LBM-E4 ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Microorganismes, Molécules Bioactives et Physiopathologie Intestinale (LBM-E4), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and HAL-UPMC, Gestionnaire
Subjects: 0301 basic medicine, Penetratin, Endosome, Cell, Lipid Bilayers, Biophysics, Peptide, Cell-Penetrating Peptides, Biochemistry, Phase Transition, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Membrane Lipids, Lipids packing, 2-Naphthylamine, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, medicine, Membrane fluidity, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Amino Acid Sequence, Rippled phase, [ SDV.BBM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Fluorescent Dyes, chemistry.chemical_classification, 030102 biochemistry & molecular biology, Temperature, Phosphatidylglycerols, Cell Biology, Cytosol, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Membrane, chemistry, Membrane organisation, Cell-penetrating peptide, Laurdan, Carrier Proteins, Dimyristoylphosphatidylcholine, Laurates
Abstract: International audience; Cell penetrating peptides are promising vectors for molecular drug delivery in eukaryotic cells. Despite of their discovery 20 years ago, the mechanisms of peptide membrane crossing are still controversial. The different suggested penetration mechanisms reflect the high sequence and structural diversity of cell penetrating peptides. The fundamental step for peptide penetration into the cytosol is the crossing of the membrane lipid barrier at the level of the plasma membrane or the endosomes. Therefore, the study of the peptide-lipid interaction is the key for peptide penetration mechanisms understanding. In order to study the changes in lipid organisation induced by the cell penetrating peptide penetratin, several experiments by three different physicochemical approaches were performed. X-ray diffraction data shows that penetratin is able to induce membrane phase separation and lipid rearrangements observed by inter-lipid distances. These changes are accompanied by a temperature stable behaviour of some of the induced membrane domains. The membrane environment fluorescent probe laurdan showed that, in DMPC and DMPC/DMPG membranes, the peptide induces de-packing of lipids. Calorimetric analyses show that penetratin favours the gel phase to gel-like rippled phase transition. Overall, the data suggest both, that the rippled phase is a heterogeneous structure formed by gel-like and fluid-like coexisting components, and that the penetratin-induced membrane heterogeneity could be important for membrane destabilisation during cell penetration.
Published: 2016

38. Network representation of protein interactions: Theory of graph description and analysis

Author: Kurzbach, Dennis, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: nuclear magnetic resonance, relaxation, graph theory, [CHIM]Chemical Sciences, chemical shift, protein interactions, network description
Abstract: International audience; A methodological framework is presented for the graph theoretical interpretation of NMR data of protein interactions. The proposed analysis generalizes the idea of network representations of protein structures by expanding it to protein interactions. This approach is based on regulariza-tion of residue-resolved NMR relaxation times and chemical shift data and subsequent construction of an adjacency matrix that represents the underlying protein interaction as a graph or network. The network nodes represent protein residues. Two nodes are connected if two residues are functionally correlated during the protein interaction event. The analysis of the resulting network enables the quantification of the importance of each amino acid of a protein for its interactions. Furthermore, the determination of the pattern of correlations between residues yields insights into the functional architecture of an interaction. This is of special interest for intrinsically disordered proteins, since the structural (three-dimensional) architecture of these proteins and their complexes is difficult to determine. The power of the proposed methodology is demonstrated at the example of the interaction between the intrinsically disordered protein osteopontin and its natural ligand heparin.
Published: 2016

39. Network representation of protein interactions-Experimental results

Author: Kurzbach, Dennis, Flamm, Andrea, Sára, Tomáš, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), University of Vienna [Vienna], Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: nuclear magnetic resonance, relaxation, graph theory, [CHIM]Chemical Sciences, chemical shift, protein interactions, network description
Abstract: International audience; A graph theoretical analysis of nuclear magnetic resonance (NMR) data of six different protein interactions has been presented. The representation of the protein interaction data as a graph or network reveals that all of the studied interactions are based on a common functional concept. They all involve a single densely packed hub of functionally correlated residues that mediate the ligand binding events. This is found independent of the kind of protein (folded or unfolded) or ligand (protein, polymer or small molecule). Furthermore, the power of the graph analysis is demonstrated at the examples of the Calmodulin (CaM)/Calcium and the Cold Shock Protein A (CspA)/RNA interaction. The presented approach enables the precise determination of multiple binding sites for the respective ligand molecules.
Published: 2016

40. A chirality change in XPC- and Sfi1-derived peptides affects their affinity for centrin

Author: Dora Grecu, Victor Paul Raj Irudayaraj, Jean-Maurice Mallet, Juan Martinez-Sanz, Liliane Assairi, Chimie, Modélisation et Imagerie pour la Biologie [Orsay], Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Imagerie intégrative de la molécule à l'organisme, Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Circular dichroism, Physiology, Molecular Sequence Data, Gene Expression, Cell Cycle Proteins, Plasma protein binding, Biology, Biochemistry, DNA-binding protein, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, Endocrinology, Chlorophyta, Calcium-binding protein, Humans, Protein Interaction Domains and Motifs, Amino Acid Sequence, Binding site, Peptide sequence, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Binding Sites, Flavoproteins, 030102 biochemistry & molecular biology, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Algal Proteins, Calcium-Binding Proteins, Stereoisomerism, Isothermal titration calorimetry, Phosphoric Monoester Hydrolases, Recombinant Proteins, DNA-Binding Proteins, Kinetics, 030104 developmental biology, Centrin, Biophysics, Thermodynamics, Peptides, Hydrophobic and Hydrophilic Interactions, Protein Binding
Abstract: The Ca(2+)-binding protein centrin binds to a hydrophobic motif (W(1)xxL(4)xxxL(8)) included in the sequence of several cellular targets: XPC (xeroderma pigmentosum group C protein), Sfi1 (suppressor of fermentation-induced loss of stress resistance protein1), and Sac3 [the central component of the transcription and mRNA export (TREX-2) complex]. However, centrin binding occurs in a reversed orientation (L(8)xxxL(4)xxW(1)) for Sfi1 and Sac3 compared with XPC. Because D-peptides have been investigated for future therapeutic use, we analyzed their centrin-binding properties. Their affinity for centrin was measured using isothermal titration calorimetry. The chirality change in the target-derived peptides affected their ability to bind centrin in a specific manner depending on the sequence orientation of the centrin-binding motif. In contrast to L-XPC-P10, D-XPC-P10 bound C-HsCen1 in a Ca(2+)-dependent manner and to a lesser extent. D-XPC-P10 exhibited a reduced affinity for C-HsCen1 (Ka=0.064 × 10(6) M(-1)) by a factor of 2000 compared with L-XPC-P10 (Ka=132 × 10(6) M(-1)). D-peptides have a lower affinity than L-peptides for centrin, and the strength of this affinity depends on the sequence orientation of the target-derived peptides. The residual affinity observed for D-XPC suggests that the use of d-peptides represents a promising strategy for inhibiting centrin binding to its targets.
Published: 2016

41. Kinetic isotope effects for fast deuterium and proton exchange rates

Author: Daniele Mammoli, Philippe Pelupessy, Pavel Kadeřávek, Geoffrey Bodenhausen, Estel Canet, Laboratoire de Résonance Magnétique Biomoléculaire, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Université Paris sciences et lettres (PSL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: Proton, Kinetics, Analytical chemistry, General Physics and Astronomy, 010402 general chemistry, Kinetic energy, 01 natural sciences, Magnetization, Isotopes, TheoryofComputation_ANALYSISOFALGORITHMSANDPROBLEMCOMPLEXITY, Kinetic isotope effect, Physical and Theoretical Chemistry, Nuclear Experiment, Isotope, 010405 organic chemistry, Chemistry, Radiochemistry, Temperature, Tryptophan, Hydrogen-Ion Concentration, Deuterium, 0104 chemical sciences, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, Protons
Abstract: By monitoring the effect of deuterium decoupling on the decay of transverse 15N magnetization in D–15N spin pairs during multiple-refocusing echo sequences, we have determined fast D–D exchange rates kD and compared them with fast H–H exchange rates kH in tryptophan to determine the kinetic isotope effect as a function of pH and temperature.
Published: 2016

42. Designed Glycopeptidomimetics Disrupt Protein–Protein Interactions Mediating Amyloid β-Peptide Aggregation and Restore Neuroblastoma Cell Viability

Author: Katia Fabiana Fera, Olivier Lequin, David Allsop, Jean-Louis Soulier, Benoit Crousse, Nicolo Tonali, Dimitri Brinet, Mark Taylor, Lucie Khemtémourian, Isabelle Correia, Anais R. F. Hoffmann, Sandrine Ongeri, Yasmine Iacone, Julia Kaffy, Myriam Taverna, INSERM U944 Laboratoire de Pathologie et Virologie Moléculaire, Laboratoire de Pathologie et Virologie Moléculaire, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), École supérieure du professorat et de l'éducation - Académie de Grenoble (ESPE Grenoble), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Grenoble Alpes (UGA), Synthèse et structure de molécules d'interet pharmacologique (SSMIP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Université Grenoble Alpes - École supérieure du professorat et de l'éducation - Académie de Grenoble (UGA ESPE Grenoble), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Équipe 'Molécules Fluorées et Chimie Médicinale' BioCIS, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Biochimie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, BioCIS, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), PJGN\IRCGN, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Biomolécules : Conception, Isolement, Synthèse (BioCIS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université de Cergy Pontoise (UCP), Université Paris-Seine-Université Paris-Seine, Physico-chimie, pharmacotechnie, biopharmacie (PCPB), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ), École supérieure du professorat et de l'éducation - Académie de Grenoble ( ESPE Grenoble ), Université Savoie Mont Blanc ( USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry] ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Synthèse et structure de molécules d'interet pharmacologique ( SSMIP ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Bicêtre, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université de Cergy Pontoise (UCP), Université Paris-Seine-Université Paris-Seine-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Paris-Seine-Université Paris-Seine-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Amyloid, Peptidomimetic, Cell Survival, Peptide, Plasma protein binding, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, Protein aggregation, Protein Aggregation, Pathological, Protein–protein interaction, 03 medical and health sciences, Neuroblastoma, Protein Aggregates, Structure-Activity Relationship, [ CHIM.ORGA ] Chemical Sciences/Organic chemistry, Cell Line, Tumor, Drug Discovery, Structure–activity relationship, Humans, Surface plasmon resonance, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, chemistry.chemical_classification, Amyloid beta-Peptides, Dose-Response Relationship, Drug, Molecular Structure, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Glycopeptides, Surface Plasmon Resonance, Peptide Fragments, 030104 developmental biology, Biochemistry, chemistry, Drug Design, Molecular Medicine, Peptidomimetics, Protein Binding
Abstract: International audience; How anti-Alzheimer’s drug candidates that reduce amyloid 1–42 peptide fibrillization interact with the most neurotoxic species is far from being understood. We report herein the capacity of sugar-based peptidomimetics to inhibit both Aβ1–42 early oligomerization and fibrillization. A wide range of bio- and physicochemical techniques, such as a new capillary electrophoresis method, nuclear magnetic resonance, and surface plasmon resonance, were used to identify how these new molecules can delay the aggregation of Aβ1–42. We demonstrate that these molecules interact with soluble oligomers in order to maintain the presence of nontoxic monomers and to prevent fibrillization. These compounds totally suppress the toxicity of Aβ1–42 toward SH-SY5Y neuroblastoma cells, even at substoichiometric concentrations. Furthermore, demonstration that the best molecule combines hydrophobic moieties, hydrogen bond donors and acceptors, ammonium groups, and a hydrophilic β-sheet breaker element provides valuable insight for the future structure-based design of inhibitors of Aβ1–42 aggregation.
Published: 2016

43. Isomerisation and oligomerization of truncated and mutated tau forms by FKBP52 are independent processes

Author: Julien Giustiniani, Yves Jacquot, Isabelle Landrieu, Béatrice Chambraud, Guy Lippens, François-Xavier Cantrelle, Caroline Smet, Etienne-Emile Baulieu, Isabelle Huvent, Kevin Guillemeau, Amina Kamah, Cillian Byrne, Université Lille Nord de France (COMUE), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche Interdisciplinaire [Villeneuve d'Ascq] (IRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Droit et Santé-Université de Lille, Sciences et Technologies, Neuroprotection et neurogénération (UMR788), Neuroprotection et Neurodégénération (UMR788), Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), ANR (program MALZ-TAF), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Lille, Sciences et Technologies-Université de Lille, Droit et Santé-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Isomerase activity, Tau protein, Mutant, tau Proteins, Peptide, Protein Aggregation, Pathological, Tacrolimus Binding Proteins, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Isomerism, Structural Biology, mental disorders, Humans, Molecular Biology, FK506 binding, chemistry.chemical_classification, biology, Chemistry, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, aggregation, Alzheimer's disease, FKBP52, prolyl cis/trans isomerase activity, 030104 developmental biology, FKBP, Biochemistry, Biophysics, biology.protein, Protein Multimerization, Tau, 030217 neurology & neurosurgery, Heteronuclear single quantum coherence spectroscopy
Abstract: International audience; The aggregation of the neuronal Tau protein is one molecular hallmark of Alzheimer's disease and other related tauopathies, but the precise molecular mechanisms of the aggregation process remain unclear. The FK506 binding protein FKBP52 is able to induce oligomers in the pathogenic Tau P301L mutant and in a truncated form of the wild-type human Tau protein. Here, we investigate whether FKBP52's capacity to induce Tau oligomers depends on its prolyl cis/trans isomerase activity. We find that FKBP52 indeed can isomerize selected prolyl bonds in the different Tau proteins, and that this activity is carried solely by its first FK506 binding domain. Its capacity to oligomerize Tau is however not linked to this PPIase activity. In addition, we identified a novel molecular interaction implying the PHF6 peptide of Tau and the FK1/FK2 domains of FKBP52 independent of FK506 binding; these data point towards a non-catalytic molecular interaction that might govern the effect of FKBP52 on Tau.
Published: 2016

44. Candida albicans β-1,2 mannosyl transferase Bmt3: Preparation and evaluation of a β (1,2), α (1,2)-tetramannosyl fluorescent substrate

Author: Emmanuel Maes, Emeline Fabre, Daniel Poulain, Chantal Fradin, Laurent Cattiaux, Ghenima Sfihi-Loualia, Marilyne Pourcelot, Jean-Maurice Mallet, Florence Delplace, Boualem Sendid, Thomas Hurtaux, Yann Guérardel, Anaïs Mée, Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Lille Nord de France (COMUE), Physiopathologie des Candidoses, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Droit et Santé, ENSA Phytotechnie, INRA Agronomie, Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Glycosylation, Stereochemistry, Clinical Biochemistry, Molecular Conformation, Pharmaceutical Science, Biochemistry, Chemical synthesis, Mannosyltransferases, Substrate Specificity, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Drug Discovery, Candida albicans, Transferase, Molecular Biology, Fluorescent Dyes, chemistry.chemical_classification, biology, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Organic Chemistry, Glycoside, Substrate (chemistry), biology.organism_classification, Fluorescence, 3. Good health, 030104 developmental biology, chemistry, Mannosides, Thiol, Molecular Medicine
Abstract: International audience; We describe for the first time the chemical synthesis of a tetramannoside, containing both α (1 → 2) and β (1 → 2) linkages. Dodecylthio (lauryl) glycosides were prepared from odorless dodecyl thiol and used as donors for the glycosylation steps. This tetramannoside, was coupled to a mantyl group, and revealed to be a perfect substrate of β-mannosyltransferase Bmt3, confirming the proposed specificity and allowing the preparation of a pentamannoside sequence (β Man (1,2) β Man (1,2) α Man (1,2) α Man (1,2) α Man) usable as a novel substrate for further elongation studies.
Published: 2016

45. Ligand-Protein Affinity Studies using Long-Lived States of Pairs of Fluorine-19 Nuclei

Author: Buratto, Roberto, Mammoli, Daniele, Canet, Estel, Bodenhausen, Geoffrey, Institut des sciences et d'ingénierie chimiques (ISIC), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2016

46. Risk of Incident Cancer in Inflammatory Bowel Disease Patients Starting Anti-TNF Therapy While Having Recent Malignancy

Author: Poullenot, Florian, Seksik, Philippe, Beaugerie, Laurent, Amiot, Aurélien, Nachury, Maria, Abitbol, Vered, Stefanescu, Carmen, Reenaers, Catherine, Fumery, Mathurin, Pelletier, Anne-Laure, Nancey, Stéphane, Peyrin-Biroulet, Laurent, Bourreille, Arnaud, Hébuterne, Xavier, Brixi, Hedia, Savoye, Guillaume, Lourenço, Nelson, Altwegg, Romain, Buisson, Anthony, Cazelles-Boudier, Christine, Racine, Antoine, Vergniol, Julien, Laharie, David, Getaid, Groupe d'Etude Thérapeutique Des Affections, CHU Bordeaux [Bordeaux], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Microorganismes et physiopathologie intestinale (ERL INSERM U1157 - CNRS UMR 7203), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service d'hépato-gastro-entérologie [APHP Henri Mondor], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service de Gastro-entérologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Gastroentérologie [Hôpital Beaujon], Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université de Liège, Service d'Hépato Gastroenterologie [CHU Amiens-Picardie], CHU Amiens-Picardie, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Service d'Hépato-gastro-entérologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Institut des Maladies de l'Appareil Digestif, Université de Nantes (UN), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Hôpital Archet 2 [Nice] (CHU), Hôpital Robert Debré, Hôpital Robert Debré-Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Service d'Hépato-Gastroentérologie [CHU Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Nutrition, inflammation et dysfonctionnement de l'axe intestin-cerveau (ADEN), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UNIROUEN - UFR Santé (UNIROUEN UFR Santé), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), CHU Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Centre Hospitalier de la Côte Basque (CHCB), Hôpital Bicêtre, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Hôpital Haut-Lévêque [CHU Bordeaux], Université de Bordeaux (UB), Groupe d’Étude Thérapeutique des Affections Inflammatoires du Tube Digestif (GETAID), Abbvie, MSD, Biocodex, Ferring, Covidien, Takeda, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service de Gastroentérologie et nutrition [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Le CHCB, Centre Hospitalier de la Côte Basque, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Département d'hépatologie et de gastroentérologie [CHU Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Hôpital Haut-Lévêque [CHU Bordeaux], École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP], Hôpital Beaujon, Centre hospitalier universitaire d'Amiens (CHU Amiens-Picardie), Service de Hépato-gastro-entérologie et cancérologie digestive [APHP Bichat Claude Bernard], Service d'hépato-gastroentérologie, Neuropathies du système nerveux entérique et pathologies digestives, implication des cellules gliales entériques, Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infection bactérienne, inflammation, et carcinogenèse digestive, Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-IFR50-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'Hépato-gastroentérologie [HU Robert Debré, Reims], Hôpital universitaire Robert Debré [Reims], Service d'Hépato-Gastroentérologie [Rouen], Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Service d'hépato-gastro-entérologie [Hôpital Saint-Louis, APHP], Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Hépato-gastro-entérologie, Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte - Clermont Auvergne (M2iSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne), Department of Hepato-Gastroenterology, University Hospital Estaing of Clermont-Ferrand, Université d'Auvergne (Clermont Ferrand 1) (UdA), Hôpital de Bayonne [Bayonne], Service d'Hépato-gastro-entérologie [APHP Kremlin-Bicêtre], AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Service d'Hépato-Gastro-Entérologie, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Hôpital Saint-André, and GETAID
Subjects: Male, Anti-Inflammatory Agents, Inflammatory bowel disease, Gastroenterology, 0302 clinical medicine, Crohn Disease, Neoplasms, Immunology and Allergy, Young adult, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, 80 and over, education.field_of_study, Incidence (epidemiology), Incidence, Neoplasms, Second Primary, Middle Aged, 3. Good health, Survival Rate, risk of incident cancer, 030220 oncology & carcinogenesis, Cohort, 030211 gastroenterology & hepatology, Female, previous cancer, Adult, medicine.medical_specialty, Adolescent, Population, Malignancy, Disease-Free Survival, 03 medical and health sciences, Young Adult, inflammatory bowel disease, Internal medicine, medicine, Humans, education, Survival rate, Aged, business.industry, Tumor Necrosis Factor-alpha, Adalimumab, Cancer, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, anti-TNF, medicine.disease, Infliximab, Colitis, Ulcerative, Neoplasm Recurrence, Local, business, Follow-Up Studies
Abstract: International audience; Background:Patients with inflammatory bowel disease (IBD) and history of malignancy within the last 5 years are usually contraindicated for receiving anti-tumor necrosis factor (anti-TNF) agents. The aim of this study is to assess survival without incident cancer in a cohort of IBD patients exposed to anti-TNF while having previous malignancy within past 5 years.Methods:Data from IBD patients with previous malignancy diagnosed within the last 5 years before starting an anti-TNF agent were collected through a Groupe d'Etude Therapeutiques des Affections Inflammatoires du tube Digestif multicenter survey. Inclusion date corresponded to the first anti-TNF administration after cancer diagnosis.Results:Twenty centers identified 79 cases of IBD patients with previous malignancy diagnosed 17 months (median; range: 1-65) before inclusion. The most frequent cancer locations were breast (n = 17) and skin (n = 15). After a median follow-up of 21 (range: 1-119) months, 15 (19%) patients developed incident cancer (8 recurrent and 7 new cancers), including 5 basal-cell carcinomas. Survival without incident cancer was 96%, 86%, and 66% at 1, 2, and 5 years, respectively. Crude incidence rate of cancer was 84.5 (95% CI, 83.1-85.8) per 1000 patient-years.Conclusions:In a population of refractory IBD patients with recent malignancy, anti-TNF could be used taking into account a mild risk of incident cancer. Pending prospective and larger studies, a case-by-case joint decision taken with the oncologist is recommended for managing these patients in daily practice.
Published: 2016

47. The effects of molecular diffusion in spatially encoded magnetic resonance imaging

Author: Sina Marhabaie, Geoffrey Bodenhausen, Philippe Pelupessy, Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut des Sciences et Ingénierie Chimiques (ISIC), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: Physics, Nuclear and High Energy Physics, Molecular diffusion, Image quality, Biophysics, Condensed Matter Physics, Biochemistry, Signal, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Order (biology), Nuclear magnetic resonance, Dimension (vector space), Echo planar imaging, Encoding (memory), RASER, Single scan MRI, Effective diffusion coefficient, [CHIM]Chemical Sciences, Diffusion (business), Spatially encoded MRI, Biological system, Diffusion artifacts, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: In spatially encoded MRI, the signal is acquired sequentially for different coordinates. In particular for single-scan acquisitions in inhomogeneous fields, spatially encoded methods improve the image quality compared to traditional k-space encoding. Previously, much attention has been paid in order to homogenize T-2 losses across the sample. In this work, we investigate the effects of diffusion on the image quality in spatially encoded MRI. We show that losses due to diffusion are often not uniform along the spatially encoded dimension, and how to adapt spatially encoded sequences in order to obtain uniformly diffusion-weighted images. (C) 2016 Elsevier Inc. All rights reserved.
Published: 2016

48. Structure-Guided Optimization of DNA Methyltransferase Inhibitors

Author: Paola B. Arimondo, Alexandre Erdmann, Dominique Guianvarc'h, Pharmacochimie de la Régulation Epigénétique du Cancer (ETaC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-PIERRE FABRE, Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), MedinaFranco, JL, PIERRE FABRE-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Genetics, Structure (mathematical logic), 0303 health sciences, Methyltransferase, Mechanism (biology), Rational design, DNA Methyltransferase Inhibitor, Biological activity, Computational biology, Biology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, chemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, DNA, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract: We illustrate with some examples the chemical strategies used to find and optimize the inhibitors of DNA methyltransferases. The knowledge of the structure of the catalytic complexes guides these approaches. The evaluation of the biological activity of the thus designed chemical compounds either confirms the starting hypothesis or brings new elements of structure–activity relationship allowing refinement of the structural hypothesis. In addition, such structure-based strategies enable the proposal of the mechanism of inhibition of the compounds that are then tested experimentally. Perspectives on the optimization will be discussed at the end of the chapter.
Published: 2016

49. Molecular Structure, Membrane Interactions, and Toxicity of the Islet Amyloid Polypeptide in Type 2 Diabetes Mellitus

Author: Alexandra Botz, Lucie Khemtémourian, Lucie Caillon, Anais R. F. Hoffmann, Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Structure et Dynamique des Biomolécules (LBM-E3), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Amyloid, endocrine system diseases, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, medicine.medical_treatment, Peptide, Review Article, Biology, Fibril, lcsh:Diseases of the endocrine glands. Clinical endocrinology, Cell membrane, 03 medical and health sciences, Islets of Langerhans, Endocrinology, Insulin-Secreting Cells, medicine, Humans, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, chemistry.chemical_classification, geography, lcsh:RC648-665, geography.geographical_feature_category, Molecular Structure, Pancreatic islets, Insulin, Cell Membrane, Type 2 Diabetes Mellitus, Islet, Cell biology, Islet Amyloid Polypeptide, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, chemistry, Biochemistry, Diabetes Mellitus, Type 2
Abstract: Human islet amyloid polypeptide (hIAPP) is the major component of the amyloid deposits found in the pancreatic islets of patients with type 2 diabetes mellitus (T2DM). Mature hIAPP, a 37-aa peptide, is natively unfolded in its monomeric state but forms islet amyloid in T2DM. In common with other misfolded and aggregated proteins, amyloid formation involves aggregation of monomers of hIAPP into oligomers, fibrils, and ultimately mature amyloid deposits. hIAPP is coproduced and stored with insulin by the pancreatic isletβ-cells and is released in response to the stimuli that lead to insulin secretion. Accumulating evidence suggests that hIAPP amyloid deposits that accompany T2DM are not just an insignificant phenomenon derived from the disease progression but that hIAPP aggregation induces processes that impair the functionality and the viability ofβ-cells. In this review, we particularly focus on hIAPP structure, hIAPP aggregation, and hIAPP-membrane interactions. We will also discuss recent findings on the mechanism of hIAPP-membrane damage and on hIAPP-induced cell death. Finally, the development of successful antiamyloidogenic agents that prevent hIAPP fibril formation will be examined.
Published: 2016

50. RIDME spectroscopy on high-spin Mn 2+ centers

Author: H. Y. V. Ching, Leandro C. Tabares, Paul Demay-Drouhard, Hélène Bertrand, Vasyl Denysenkov, Sun Un, Clotilde Policar, Dmitry Akhmetzyanov, Thomas F. Prisner, Goethe-University Frankfurt am Main, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie ( LBM-E1 ), Laboratoire des biomolécules ( LBM UMR 7203 ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Peptides, glycoconjugués et métaux en biologie (LBM-E1), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Département de Chimie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [PHYS]Physics [physics], [ PHYS ] Physics [physics], Pulsed EPR, Chemistry, Relaxation (NMR), General Physics and Astronomy, 02 engineering and technology, Electron, 010402 general chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, 01 natural sciences, Resonance (particle physics), Molecular physics, [ CHIM ] Chemical Sciences, 0104 chemical sciences, Nuclear magnetic resonance, Harmonics, [CHIM]Chemical Sciences, Physical and Theoretical Chemistry, 0210 nano-technology, Spin (physics), Spectroscopy, Magnetic dipole–dipole interaction
Abstract: International audience; Pulsed EPR dipolar spectroscopy is a powerful tool for determining the structure and conformational dynamics of biological macromolecules, as it allows precise measurements of distances in the range of 1.5–10 nm. Utilization of high-spin Mn 2+ species as spin probes for distance measurements is of significant interest, because they are biologically compatible and endogenous in numerous biological systems. However, to date dipolar spectroscopy experiments with this kind of species have been underexplored. Here we present pulsed electron electron double resonance (PELDOR also called DEER) and relaxation-induced dipolar modulation enhancement (RIDME) experiments, which have been performed at W-band (94 GHz) and J-band frequencies (263 GHz) on a bis-MnDOTA (DOTA = 1,4,7,10-tetraazacyclododecane-1,4,7,10-tetraacetate) model system. The distances obtained from these experiments are in good agreement with predictions. RIDME experiments reveal a significantly higher modulation depth compared to PELDOR, which is an important consideration for biological samples. These experiments also feature higher harmonics of the dipolar coupling frequency due to effective multiple-quantum relaxation of high-spin Mn 2+ as well as the multiple-component background function. Harmonics of the dipolar coupling frequency were taken into account by including additional terms in the kernel function of Tikhonov regularization analysis.
Published: 2016

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