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1. Genome structures resolve the early diversification of teleost fishes

Author: Elise Parey, Alexandra Louis, Jerome Montfort, Olivier Bouchez, Céline Roques, Carole Iampietro, Jerome Lluch, Adrien Castinel, Cécile Donnadieu, Thomas Desvignes, Christabel Floi Bucao, Elodie Jouanno, Ming Wen, Sahar Mejri, Ron Dirks, Hans Jansen, Christiaan Henkel, Wei-Jen Chen, Margot Zahm, Cédric Cabau, Christophe Klopp, Andrew W. Thompson, Marc Robinson-Rechavi, Ingo Braasch, Guillaume Lecointre, Julien Bobe, John H. Postlethwait, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius, Yann Guiguen, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Oregon [Eugene], Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Hunan Normal University (HNU), Florida Atlantic University [Boca Raton], Future Genomics Technologies, Universiteit Leiden, Norwegian University of Life Sciences (NMBU), National Taiwan University [Taiwan] (NTU), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Western Michigan University [Kalamazoo], Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Génomique fonctionnelle comparative - Comparative functional genomics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by the Agence Nationale de la Recherche, France (ANR) on the GenoFish project, 2016–2021 (grant No. ANR-16-CE12-003) to H.R.C., C.B., J.B., J.H.P., M.R.C., and Y.G., and by France Génomique National infrastructure, funded as part of 'Investissement d’avenir' program managed by ANR (grant No. ANR-10-INBS-09) to C.D. Part of the fellowship to E.P. was supported by funds from the European Union Horizon 2020 research and innovation program under Grant Agreement No 817923 (AQUA-FAANG). M.R.-R. was supported by the Swiss National Science Foundation grant 31003A_173048. J.H.P and I.B were supported by the National Institutes of Health under grant agreement No. R01OD011116. W.J.C. was supported by MOST grants No. 111-2611-M-002-025, 110-2611-M-002-013, and 108-2611-M-002-012-MY2., ANR-16-CE12-0035,GenoFish,Evolution des génes et des génomes après duplication compléte(2016), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), European Project: 817923,H2020,H2020-EU.3.2.1.1., H2020-EU.3.2.3.1.,AQUA-FAANG(2019), DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS (DYOGEN), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Institute of Oceanography [Taipei], Plateforme Bio-Informatique - Génotoul, Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-BioInfOmics, Génétique des génomes - Genetics of Genomes (UMR 3525), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Swiss National Science Foundation grant 31003A_173048, National Institute of Health under grant agreement No R01OD011116, and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)
Subjects: Animals, Zebrafish/genetics, Fishes/genetics, Eels/genetics, Biological Evolution, Phylogeny, Genome, Evolution, Molecular, Multidisciplinary, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity
Abstract: Accurate species phylogenies are a prerequisite for evolutionary research. Teleosts are by far the largest and the most diversified group of extant vertebrates, but relationships among the three oldest lineages of extant teleosts remain unresolved. Based on seven high-quality new genome assemblies in Elopomorpha (tarpons, eels), we revisited the topology of the deepest branches of the teleost phylogeny using independent gene sequence and chromosomal rearrangement phylogenomic approaches. These analyses converged to a single scenario that unambiguously places the Elopomorpha and Osteoglossomorpha (bony-tongues) in a monophyletic group sister to all other teleosts, i.e., the Clupeocephala lineage. This finding resolves over 50 years of controversy on the evolutionary relationships of these lineages and highlights the power of combining different levels of genome-wide information to solve complex phylogenies.One-Sentence SummaryWhole-genome analyses place Elopomorpha (tarpons, eels) and Osteoglossomorpha (bony-tongues) as sister groups at the deepest branching of crown teleosts.
Published: 2023

2. Genomicus in 2022: comparative tools for thousands of genomes and reconstructed ancestors

Author: Jean-François Dufayard, Pierre Vincens, Hugues Roest Crollius, Nga Nguyen, Alexandra Louis, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation mathématique et statistique en biologie et médecine, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS (DYOGEN), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, ANR-10-LABX-0054,MEMOLIFE,Memory in living systems: an integrated approach(2010), ANR-10-IDEX-0001,PSL,Paris Sciences et Lettres(2010), ANR-11-INBS-0013,IFB (ex Renabi-IFB),Institut français de bioinformatique(2011), Louis, Alexandra, Memory in living systems: an integrated approach - - MEMOLIFE2010 - ANR-10-LABX-0054 - LABX - VALID, Initiative d'excellence - Paris Sciences et Lettres - - PSL2010 - ANR-10-IDEX-0001 - IDEX - VALID, Infrastructures - Institut français de bioinformatique - - IFB (ex Renabi-IFB)2011 - ANR-11-INBS-0013 - INBS - VALID, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: AcademicSubjects/SCI00010, [SDV]Life Sciences [q-bio], Computational biology, Biology, Synteny, Genome, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Type (biology), Extant taxon, Ensembl Genomes, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Databases, Genetic, Genetics, Database Issue, Humans, Ensembl, Taxonomic rank, Phylogeny, 030304 developmental biology, Comparative genomics, Internet, 0303 health sciences, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Eukaryota, Genomics, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Software, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Genomicus is a database and web-server dedicated to comparative genomics in eukaryotes. Its main functionality is to graphically represent the conservation of genomic blocks between multiple genomes, locally around a specific gene of interest or genome-wide through karyotype comparisons. Since 2010 and its first release, Genomicus has synchronized with 60 Ensembl releases and seen the addition of functions that have expanded the type of analyses that users can perform. Today, five public instances of Genomicus are supporting a total number of 1029 extant genomes and 621 ancestral reconstructions from all eukaryotes kingdoms available in Ensembl and Ensembl Genomes databases complemented with four additional instances specific to taxonomic groups of interest. New visualization and query tools are described in this manuscript. Genomicus is freely available at http://www.genomicus.bio.ens.psl.eu/genomicus.
Published: 2021

3. In mice and humans, brain microvascular contractility matures postnatally

Author: Leila Slaoui, Alice Gilbert, Armelle Rancillac, Barbara Delaunay-Piednoir, Audrey Chagnot, Quentin Gerard, Gaëlle Letort, Philippe Mailly, Noémie Robil, Antoinette Gelot, Mathilde Lefebvre, Maryline Favier, Karine Dias, Laurent Jourdren, Laetitia Federici, Sylvain Auvity, Salvatore Cisternino, Denis Vivien, Martine Cohen-Salmon, Anne-Cécile Boulay, Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiopathologie et imagerie des troubles neurologiques (PhIND), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), GIP Cyceron (Cyceron), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenoSplice [Paris], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Plateforme Histologie, Immunomarquage et Microdissection laser [Institut Cochin] (HistIM), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Optimisation thérapeutique en Neuropsychopharmacologie (OPTeN (UMR_S_1144 / U1144)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - 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Paris 5 (UPD5)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], Postnatal development, Histology, General Neuroscience, [SDV]Life Sciences [q-bio], Vascular smooth muscle cell, microvessel contractility, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Anatomy, Cerebral blood flow, Brain microvessels Postnatal development Vascular smooth muscle cell microvessel contractility Cerebral blood flow, Brain microvessels
Abstract: International audience; Although great efforts to characterize the embryonic phase of brain microvascular system development have been made, its postnatal maturation has barely been described. Here, we compared the molecular and functional properties of brain vascular cells on postnatal day (P)5 vs. P15, via a transcriptomic analysis of purified mouse cortical microvessels (MVs) and the identification of vascular-cell-type-specific orpreferentially expressed transcripts. We found that endothelial cells (EC), vascular smooth muscle cells (VSMC) and fibroblasts (FB) follow specific molecular maturation programs over this time period. Focusing on VSMCs, we showed that arteriolar VSMC network expands and becomes contractile resulting in a greater cerebral blood flow (CBF), with heterogenous developmental trajectories within cortical regions. Samples of human brain cortex showed the same postnatal maturation process. Thus, the postnatal phase is a critical period during which arteriolar VSMC contractility required for vessel tone and brain perfusion is acquired and mature.
Published: 2022

4. Individual differences in cocaine-induced conditioned place preference in male rats: Behavioral and transcriptomic evidence

Author: Luisa Alessandra Atehortua Martinez, Emmanuel Curis, Nawel Mekdad, Claire Larrieu, Cindie Courtin, Laurent Jourdren, Corinne Blugeon, Jean-Louis Laplanche, Bruno Megarbane, Cynthia Marie-Claire, Nadia Benturquia, Optimisation thérapeutique en Neuropsychopharmacologie (OPTeN (UMR_S_1144 / U1144)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de biomathématiques, EA 7537 [Paris] (BioSTM), Université Paris Cité - UFR Pharmacie [Santé] (UPCité UFR Pharmacie), Université Paris Cité (UPCité)-Université Paris Cité (UPCité), Service d’Hématologie Biologique [CHU Lariboisière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Marie-Claire, Cynthia
Subjects: Pharmacology, Male, immediate early genes, variability, [SDV.MHEP.PSM] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Psychiatrics and mental health, Individuality, [SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, conditioned place preference, Nucleus Accumbens, Extinction, Psychological, Rats, Rats, Sprague-Dawley, Psychiatry and Mental health, transcriptomics, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Cocaine, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.MHEP.PSM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Psychiatrics and mental health, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Animals, RNA, Pharmacology (medical), Transcriptome
Abstract: Background: Substance use disorder emerges in a small proportion of drug users and has the characteristics of a chronic relapsing pathology. Aims: Our study aimed to demonstrate and characterize the variability in the expression of the rewarding effects of cocaine in the conditioned place preference (CPP) paradigm. Methods: A cocaine-CPP paradigm in male Sprague–Dawley rats with an extinction period of 12 days and reinstatement was conducted. A statistical model was developed to distinguish rats expressing or not a cocaine-induced place preference. Results: Two groups of rats were identified: rats that did express rewarding effects (CPP expression (CPPE), score >102 s) and rats that did not (no CPP expression (nCPPE), score between −85 and 59 s). These two groups did not show significant differences in a battery of behavioral tests. To identify differentially expressed genes in the CPPE and nCPPE groups, a whole-transcriptome ribonucleic acid-sequencing analysis was performed in the nucleus accumbens (NAc) 24 h after the CPP test. Four immediate early genes ( Fos, Egr2, Nr4a1, and Zbtb37) were differentially expressed in the NAc of CPPE rats after expression of CPP. Variability in cocaine-induced place preference persisted in the CPPE and nCPPE groups after the extinction and reinstatement phases. Transcriptomic differences observed after reinstatement were distinct from those observed immediately after expression of CPP. Conclusion: These new findings provide insights into the identification of mechanisms underlying interindividual variability in the response to cocaine’s rewarding effects.
Published: 2022

5. Single amino-acid mutation in a Drosoph ila melanogaster ribosomal protein: An insight in uL11 transcriptional activity

Author: Delphine Dardalhon-Cuménal, Karine Dias, Héloïse Grunchec, Valérie Ribeiro, Jérôme Deraze, Hélène Thomassin, Frédérique Peronnet, Anne Coléno-Costes, Sébastien Bloyer, Emmanuèle Mouchel-Vielh, Laboratoire de Biologie du Développement [IBPS] (LBD), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Peronnet, Frédérique
Subjects: Ribosomal Proteins, Transcriptional Activation, [SDV]Life Sciences [q-bio], RNA polymerase II, Ribosome, Chromodomain, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Ribosomal protein, Transcription (biology), Animals, Drosophila Proteins, Enhancer, Transcription factor, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Multidisciplinary, biology, Lysine, biology.organism_classification, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Mutation, biology.protein, Drosophila melanogaster, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: The ribosomal protein uL11 is located at the basis of the ribosome P-stalk and plays a paramount role in translational efficiency. In addition, no mutant for uL11 is available suggesting that this gene is haplo-insufficient as many other Ribosomal Protein Genes (RPGs). We have previously shown that overexpression of Drosophila melanogaster uL11 enhances the transcription of many RPGs and Ribosomal Biogenesis genes (RiBis) suggesting that uL11 might globally regulate the level of translation through its transcriptional activity. Moreover, uL11 trimethylated on lysine 3 (uL11K3me3) interacts with the chromodomain of the Enhancer of Polycomb and Trithorax Corto, and both proteins co- localize with RNA Polymerase II at many sites on polytene chromosomes. These data have led to the hypothesis that the N-terminal end of uL11, and more particularly the trimethylation of lysine 3, supports the extra-ribosomal activity of uL11 in transcription. To address this question, we mutated the lysine 3 codon using a CRISPR/Cas9 strategy and obtained several lysine 3 mutants. We describe here the first mutants of D. melanogaster uL11. Unexpectedly, the uL11K3A mutant, in which the lysine 3 codon is replaced by an alanine, displays a genuine Minute phenotype known to be characteristic of RPG deletions (longer development, low fertility, high lethality, thin and short bristles) whereas the uL11K3Y mutant, in which the lysine 3 codon is replaced by a tyrosine, is unaffected. In agreement, the rate of translation decreases in uL11K3A but not in uL11K3Y. Co-immunoprecipitation experiments show that the interaction between uL11 and the Corto chromodomain is impaired by both mutations. RNA- seq analysis from wing imaginal discs shows enrichment in the GO categories “glutathione metabolism” for up-regulated genes in both uL11K3A and uL11K3Y mutants and “regulation of transcription” for down-regulated genes in uL11K3A only. Analysis of the cis-regulatory sequences of these genes suggests that uL11 might regulate transcription of target genes in concert with the couple of transcription factors Mad/Med that mediate response to the Bone Morphogenetic Protein (BMP) signaling pathway.
Published: 2022

6. The Tumor Microenvironment Impairs Th1 IFNγ Secretion through Alternative Splicing Modifications of Irf1 Pre-mRNA

Author: Sophie Lemoine, Christophe Hibos, Joséphine Melin, Frédérique Végran, Antoine Bernard, Sandy Chevrier, Romain Mary, Romain Boidot, Etienne Viltard, Paul Peixoto, Etienne Humblin, Fanny Chalmin, François Ghiringhelli, Mélanie Bruchard, Lionel Apetoh, Corentin Richard, Eric Hervouet, Théo Accogli, Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER, Université de Bourgogne (UB), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire d'Excellence : Lipoprotéines et Santé : prévention et Traitement des maladies Inflammatoires et du Cancer (LabEx LipSTIC), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Thomas-Chollier, Morgane
Subjects: 0301 basic medicine, Gene isoform, Cancer Research, Tumor microenvironment, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Chemistry, Immunology, Alternative splicing, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Cell biology, 03 medical and health sciences, Splicing factor, 030104 developmental biology, 0302 clinical medicine, Immune system, IRF1, 030220 oncology & carcinogenesis, Precursor mRNA, Transcription factor
Abstract: It is clearly established that the immune system can affect cancer response to therapy. However, the influence of the tumor microenvironment (TME) on immune cells is not completely understood. In this respect, alternative splicing is increasingly described to affect the immune system. Here, we showed that the TME, via a TGFβ-dependent mechanism, increased alternative splicing events and induced the expression of an alternative isoform of the IRF1 transcription factor (IRF1Δ7) in Th1 cells. We found that the SFPQ splicing factor (splicing factor, proline- and glutamine-rich) was responsible for the IRF1Δ7 production. We also showed, in both mice and humans, that the IRF1 alternative isoform altered the full-length IRF1 transcriptional activity on the Il12rb1 promoter, resulting in decreased IFNγ secretion in Th1 cells. Thus, the IRF1Δ7 isoform was increased in the TME, and inhibiting IRF1Δ7 expression could potentiate Th1 antitumor responses.
Published: 2021

7. Type 2 diabetes is associated with impaired jejunal enteroendocrine GLP-1 cell lineage in human obesity

Author: Juan de Toro-Martín, Patricia Serradas, Agnès Ribeiro, Céline Osinski, Laurent Genser, Corinne Blugeon, Armelle Leturque, Laurent Jourdren, Magali Fradet, Edwige Ludiwyne Hubert, Karine Clément, Christine Poitou, Léa Le Gléau, Hédi Soula, Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5, Nutrition et obésités: approches systémiques (UMR-S 1269) (Nutriomics), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), Institut des Nutraceutiques et des Aliments Fonctionnels (INAF), Université Laval [Québec] (ULaval), Service de Chirurgie Digestive, Hépato-Bilio-pancréatique et Transplantation Hépatique [CHU Pitié-Salpétrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Institut de Recherches Internationales Servier [Suresnes] (IRIS), Service de Nutrition [CHU Pitié-Salpétrière], Institut E3M [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Nutrition et obésités: approches systémiques (nutriomics) (UMR-S 1269 INSERM - Sorbonne Université), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université de Paris (UP), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Service de nutrition [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Adult, Male, medicine.medical_specialty, Lineage (genetic), Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Cellular differentiation, Enteroendocrine Cells, Medicine (miscellaneous), 030209 endocrinology & metabolism, Enteroendocrine cell, Type 2 diabetes, Biology, Article, Transcriptome, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Internal medicine, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], medicine, Humans, Obesity, Cells, Cultured, [SDV.MHEP.EM] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Nutrition and Dietetics, Proglucagon, Cell sorting, [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Middle Aged, medicine.disease, stomatognathic diseases, 030104 developmental biology, Endocrinology, Jejunum, Diabetes Mellitus, Type 2, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Female
Abstract: Objectives Altered enteroendocrine cell (EEC) function in obesity and type 2 diabetes is not fully understood. Understanding the transcriptional program that controls EEC differentiation is important because some EEC types harbor significant therapeutic potential for type 2 diabetes. Methods EEC isolation from jejunum of obese individuals with (ObD) or without (Ob) type 2 diabetes was obtained with a new method of cell sorting. EEC transcriptional profiles were established by RNA-sequencing in a first group of 14 Ob and 13 ObD individuals. EEC lineage and densities were studied in the jejunum of a second independent group of 37 Ob, 21 ObD and 22 non obese (NOb) individuals. Results The RNA seq analysis revealed a distinctive transcriptomic signature and a decreased differentiation program in isolated EEC from ObD compared to Ob individuals. In the second independent group of ObD, Ob and NOb individuals a decreased GLP-1 cell lineage and GLP-1 maturation from proglucagon, were observed in ObD compared to Ob individuals. Furthermore, jejunal density of GLP-1-positive cells was significantly reduced in ObD compared to Ob individuals. Conclusions These results highlight that the transcriptomic signature of EEC discriminate obese subjects according to their diabetic status. Furthermore, type 2 diabetes is associated with reduced GLP-1 cell differentiation and proglucagon maturation leading to low GLP-1-cell density in human obesity. These mechanisms could account for the decrease plasma GLP-1 observed in metabolic diseases.
Published: 2020

8. In vivo large-scale analysis of Drosophila neuronal calcium traces by automated tracking of single somata

Author: Thomas Preat, Mélanie Pedrazzani, Auguste Genovesio, Lisa Scheunemann, Paul Tchénio, Felipe Delestro, Computational Bioimaging and Bioinformatics [Paris], Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Plasticité du Cerveau Brain Plasticity (UMR 8249) (PdC), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was funded by the Agence Nationale pour la Recherche (ANR MemoMap ANR-15-CE32-0008-01) (to A.G. and T.P.), the Labex MemoLife (to A.G. and T.P.), and the European Research Council (ERC Advanced Grant EnergyMemo, n° 741550) (to T.P.). L.S. was funded by a postdoctoral fellowship from the Deutsche Forschungs Gemeinschaft DFG (SCHE 1884/1-1 and SCHE 1884/1-2). F.D. was funded by a doctoral contract from Memolife (ANR-10-LABX-54 MEMOLIFE) and Paris Sciences et Lettres (ANR-11-IDEX-0001-02 PSL)., ANR-15-CE32-0008,MemoMap,Cartographie dynamique de la mémoire à long terme en formation(2015), ANR-10-LABX-0054,MEMOLIFE,Memory in living systems: an integrated approach(2010), Bodescot, Myriam, Cartographie dynamique de la mémoire à long terme en formation - - MemoMap2015 - ANR-15-CE32-0008 - AAPG2015 - VALID, Memory in living systems: an integrated approach - - MEMOLIFE2010 - ANR-10-LABX-0054 - LABX - VALID, Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS)
Subjects: 0301 basic medicine, Memory, Long-Term, Sensory processing, Computer science, medicine.medical_treatment, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Population, [SCCO.COMP]Cognitive science/Computer science, lcsh:Medicine, Sensory system, Stimulus (physiology), Article, Long-term memory, 03 medical and health sciences, Automation, 0302 clinical medicine, Image processing, In vivo, [SCCO.COMP] Cognitive science/Computer science, Sensory coding, medicine, Premovement neuronal activity, Animals, education, lcsh:Science, Neurons, education.field_of_study, Multidisciplinary, business.industry, lcsh:R, [SDV.NEU.NB] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Pattern recognition, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Drosophila melanogaster, Mushroom bodies, Calcium, lcsh:Q, Neuron, Artificial intelligence, business, 030217 neurology & neurosurgery, Software
Abstract: How does the concerted activity of neuronal populations shape behavior? Impediments to address this question are primarily due to critical experimental barriers. An integrated perspective on large scale neural information processing requires an in vivo approach that can combine the advantages of exhaustively observing all neurons dedicated to a given type of stimulus, and simultaneously achieve a resolution that is precise enough to capture individual neuron activity. Current experimental data from in vivo observations are either restricted to a small fraction of the total number of neurons, or are based on larger brain volumes but at a low spatial and temporal resolution. Consequently, fundamental questions as to how sensory information is represented on a population scale remain unanswered. In Drosophila melanogaster, the mushroom body (MB) represents an excellent model to analyze sensory coding and memory plasticity. In this work, we present an experimental setup coupled with a dedicated computational method that provides in vivo measurements of the activity of hundreds of densely packed somata uniformly spread in the MB. We exploit spinning-disk confocal 3D imaging over time of the whole MB cell body layer in vivo while it is exposed to olfactory stimulation. Importantly, to derive individual signal from densely packed somata, we have developed a fully automated image analysis procedure that takes advantage of the specificities of our data. After anisotropy correction, our approach operates a dedicated spot detection and registration over the entire time sequence to transform trajectories to identifiable clusters. This enabled us to discard spurious detections and reconstruct missing ones in a robust way. We demonstrate that this approach outperformed existing methods in this specific context and made possible high-throughput analysis of approximately 500 single somata uniformly spread over the MB in various conditions. Applying this approach, we find that learned experiences change the population code of odor representations in the MB. After long-term memory (LTM) formation, we quantified an increase in responsive somata count and a stable single neuron signal. We predict that this method, which should further enable studying the population pattern of neuronal activity, has the potential to uncover fine details of sensory processing and memory plasticity.
Published: 2020

9. Reconstruction of hundreds of reference ancestral genomes across the eukaryotic kingdom

Author: Matthieu Muffato, Alexandra Louis, Nga Thi Thuy Nguyen, Joseph Lucas, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], Génomique fonctionnelle comparative - Comparative functional genomics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS (DYOGEN), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, This work was supported by grants from the French Government and implemented by the AgenceNationale de la Recherche (ANR) (ANR-07-GANI-008-01 GENOVERT, ANR-10-BINF-01-03 ANCESTROME, ANR-10-LABX-54 MEMOLIFE and ANR-10-IDEX-0001-02 PSL* Research University) to H.R.C., ANR-07-GANI-0008,GENOVERT,Reconstruction de génomes ancestraux et identification de séquences régulatrices chez les vertébrés(2007), ANR-10-BINF-0001,ANCESTROME,Approche de phylogénie intégrative pour la reconstruction de génomes ancestraux(2010), ANR-10-LABX-0054,MEMOLIFE,Memory in living systems: an integrated approach(2010), and ANR-10-IDEX-0001,PSL,Paris Sciences et Lettres(2010)
Subjects: [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Ecology, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Ecology, Evolution, Behavior and Systematics
Abstract: Ancestral sequence reconstruction is a fundamental aspect of molecular evolution studies, and can trace small-scale sequence modifications through the evolution of genomes and species. In contrast, fine-grained reconstructions of ancestral genome organisations are still in their infancy, limiting our ability to draw comprehensive views of genome and karyotype evolution. Here we reconstruct the detailed gene contents and organisations of 624 ancestral vertebrate, plant, fungi, metazoan and protist genomes, 183 of which are near-complete chromosomal reconstructions. Reconstructed ancestral genomes are similar to their descendants in terms of gene content as expected and agree precisely with reference cytogenetic and in silico reconstructions when available. By comparing successive ancestral genomes along the phylogenetic tree, we estimate the intra- and inter-chromosomal rearrangement history of all major vertebrate clades at high resolution. This freely available resource introduces the possibility to follow evolutionary processes at genomic scales in chronological order, across multiple clades and without relying on a single extant species as reference.
Published: 2022

10. Zinc Uptake and Storage During the Formation of the Cerebral Cortex in Mice

Author: Sophie Lemoine, Alexandre Bouron, Jessy Hasna, Corinne Blugeon, Sylvain Bohic, Biologie des Métaux (BioMet), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), European Synchrotron Radiation Facility (ESRF), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), GenomiqueENS (Genomique ENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, and ANR-16-CE29-0024,ImaZinc,Homéostasie du zinc lors de la corticogénese(2016)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Neuroscience (miscellaneous), Embryonic Development, Transcriptome, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, 0302 clinical medicine, Cortex (anatomy), medicine, Animals, Cerebral Cortex, Neurons, Neocortex, Chemistry, Embryogenesis, Membrane Transport Proteins, Reproducibility of Results, Embryonic stem cell, Cell biology, Mice, Inbred C57BL, Zinc, Corticogenesis, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Neurology, Cerebral cortex, 030217 neurology & neurosurgery, Homeostasis, Transcription Factors
Abstract: International audience; The cerebral cortex (or neocortex) is a brain structure formed during embryogenesis. The present study seeks to provide a detailed characterization of the Zn homeostatic mechanisms during cerebral cortex formation and development. To reach that goal, we have combined high-throughput RNA-sequencing analysis of the whole murine genome, X-ray fluorescence nanoimaging (XRF), inductively coupled plasma-atomic emission spectrometry (ICP-AES), and live-cell imaging of dissociated cortical neurons loaded with the Zn fluorescent probe FluoZin-3. The transcriptomic analysis was conducted from mRNAs isolated from cortices collected at embryonic (E) days 11 (E11), E13, and E17 and on postnatal day 1 (PN1) pups. This permitted to characterize the temporal pattern of expression of the main genes participating in the cellular transport, storage, and release of Zn during corticogenesis. It appears that cells of the immature cortex express a wide diversity of actors involved in Zn homeostasis with Zip7, SOD1, and metallothioneins being the most abundant transcripts throughout corticogenesis. The quantification of total Zn with XRF and ICP-AES reveals a reduction of Zn levels. Moreover, this is accompanied by a diminution of the size of the internal pools of mobilizable Zn. This study illustrates the tight temporal and spatial regulation of Zn homeostasis during cerebral brain development.
Published: 2019

11. Cellular Origin, Tumor Progression, and Pathogenic Mechanisms of Cutaneous Neurofibromas Revealed by Mice with Nf1 Knockout in Boundary Cap Cells

Author: Jean-Michel Vallat, Katarzyna J .Radomska, Pierre Wolkenstein, Patrick Charnay, Amal Debbiche, Aurélie Gresset, Fanny Coulpier, Sophie Lemoine, Piotr Topilko, Alain Schmitt, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Henri Mondor, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Service de Neurologie [CHU Limoges], CHU Limoges, and Thomas-Chollier, Morgane
Subjects: 0301 basic medicine, Cell type, Schwann cell, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Biology, medicine.disease_cause, neurofibroma, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Cellular origin, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, medicine, Schwann cells, Allele, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Mutation, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Disease mechanisms, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], boundary caps, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Oncology, NF1, Tumor progression, 030220 oncology & carcinogenesis, Genetically Engineered Mouse, Cancer research, Prss56
Abstract: Patients carrying an inactive NF1 allele develop tumors of Schwann cell origin called neurofibromas (NF). Genetically engineered mouse models have significantly enriched our understanding of plexiform forms of NFs (pNF). However, this has not been the case for cutaneous neurofibromas (cNF), observed in all NF1 patients, as no previous model recapitulates their development. Here, we show that conditional Nf1 inactivation in Prss56-positive boundary cap cells leads to bona fide pNFs and cNFs. This work identifies subepidermal glia as a likely candidate for the cellular origin of cNFs and provides insights on disease mechanisms, revealing a long, multistep pathologic process in which inflammation-related signals play a pivotal role. This new mouse model is an important asset for future clinical and therapeutic investigations of NF1-associated neurofibromas. Significance: Patients affected by NF1 develop numerous cNFs. We present a mouse model that faithfully recapitulates cNFs, identify a candidate cell type at their origin, analyze the steps involved in their formation, and show that their development is dramatically accelerated by skin injury. These findings have important clinical/therapeutic implications. This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 1
Published: 2019

12. OTX2 Homeoprotein Functions in Adult Choroid Plexus

Author: Anabelle Planques, A. A. Di Nardo, Vanessa Masson, Corinne Blugeon, Florent Dingli, D. Benacom, Laurent Jourdren, V. Oliveira Moreira, Alain Prochiantz, Damarys Loew, Clémence Bernard, Di Nardo, Ariel, Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Laboratoire de Spectrométrie de Masse Protéomique, Institut Curie [Paris], École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, Cell signaling, QH301-705.5, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Article, Mice, 03 medical and health sciences, splicing, 0302 clinical medicine, Cerebrospinal fluid, Lateral Ventricles, homeostasis, Animals, Biology (General), QD1-999, transcription factor, Visual Cortex, 030304 developmental biology, Mice, Knockout, 0303 health sciences, Gene knockdown, Otx Transcription Factors, biology, [SDV.NEU.NB] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Brain, RNA, eye diseases, Chromatin, Cell biology, Mice, Inbred C57BL, Chemistry, Transthyretin, Gene Expression Regulation, homeodomain, Choroid Plexus, RNA splicing, biology.protein, Female, Choroid plexus, sense organs, Transcriptome, 030217 neurology & neurosurgery, Signal Transduction
Abstract: International audience; The choroid plexus is an important blood barrier that secretes cerebrospinal fluid, which essential for embryonic brain development and adult brain homeostasis. The OTX2 homeoprotein is a transcription factor that is critical for choroid plexus development and remains highly expressed in adult choroid plexus. Through RNA sequencing analyses of constitutive and conditional knockdown adult mouse models, we reveal putative functional roles for OTX2 in adult choroid plexus function, including cell signaling and adhesion, and show that OTX2 regulates the expression of factors that are secreted into the cerebrospinal fluid, notably transthyretin. We also show that Otx2 expression impacts choroid plexus immune and stress responses, and affects splicing, leading to changes in the mRNA isoforms of proteins that are implicated in the oxidative stress response and DNA repair. Through mass spectrometry analysis of OTX2 protein partners in the choroid plexus, and in known non-cell-autonomous target regions, such as the visual cortex and subventricular zone, we identify putative targets that are involved in cell adhesion, chromatin structure, and RNA processing. Thus, OTX2 retains important roles for regulating choroid plexus function and brain homeostasis throughout life.
Published: 2021

13. Distinctive Cellular and Metabolic Reprogramming in Porcine Lung Mononuclear Phagocytes Infected With Type 1 PRRSV Strains

Author: Crisci, Elisa, Moroldo, Marco, Vu Manh, Thien-Phong, Mohammad, Ammara, Jourdren, Laurent, Urien, Celine, Bouguyon, Edwige, Bordet, Elise, Bevilacqua, Claudia, Bourge, Mickael, Pezant, Jérémy, Pléau, Alexis, Boulesteix, Olivier, Schwartz, Isabelle, Bertho, Nicolas, Giuffra, Elisabetta, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-11-IDEX-0003,IPS,Idex Paris-Saclay(2011), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), European Project: 609398,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2013-COFUND,AGREENSKILLSPLUS(2014), European Project: 633184,H2020,H2020-SFS-2014-2,SAPHIR(2015), Giuffra, Elisabetta, ERA-NET sur la Santé et Bien être animal ANIHWA - Control of highly virulent pathogenic European porcine reproductive and respiratory syndrome viruses - - KILLeuPRRSV2014 - ANR-14-ANWA-0005 - ANIHWA - VALID, Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - - France-BioImaging2010 - ANR-10-INBS-0004 - INBS - VALID, Idex Paris-Saclay - - IPS2011 - ANR-11-IDEX-0003 - IDEX - VALID, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, AgreenSkills+ - AGREENSKILLSPLUS - - EC:FP7:PEOPLE2014-05-05 - 2019-05-04 - 609398 - VALID, Strengthening Animal Production and Health through the Immune Response - SAPHIR - - H20202015-03-01 - 2019-02-28 - 633184 - VALID, GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Cytométrie (CYTO), Département Plateforme (PF I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-14-ANWA-0005,KILLeuPRRSV,Control of highly virulent pathogenic European porcine reproductive and respiratory syndrome viruses(2014), ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Oniris, UMR BioEpAR, PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), and Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS)
Subjects: lcsh:Immunologic diseases. Allergy, pig, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Swine, PRRSV-1 pig lung mononuclear phagocytes gene expression immunogenomics machine learning, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, lung mononuclear phagocytes, immunogenomics, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Monocytes, PRRSV-1, machine learning, gene expression, Animals, Female, Porcine respiratory and reproductive syndrome virus, Transcriptome, lcsh:RC581-607, Lung, Original Research
Abstract: International audience; Porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) has an extensive impact on pig production. The causative virus (PRRSV) is divided into two species, PRRSV-1 (European origin) and PRRSV-2 (North American origin). Within PRRSV-1, PRRSV-1.3 strains, such as Lena, are more pathogenic than PRRSV-1.1 strains, such as Flanders 13 (FL13). To date, the molecular interactions of PRRSV with primary lung mononuclear phagocyte (MNP) subtypes, including conventional dendritic cells types 1 (cDC1) and 2 (cDC2), monocyte-derived DCs (moDC), and pulmonary intravascular macrophages (PIM), have not been thoroughly investigated. Here, we analyze the transcriptome profiles of in vivo FL13-infected parenchymal MNP subpopulations and of in vitro FL13-and Lena-infected parenchymal MNP. The cell-specific expression profiles of in vivo sorted cells correlated with their murine counterparts (AM, cDC1, cDC2, moDC) with the exception of PIM. Both in vivo and in vitro, FL13 infection altered the expression of a low number of host genes, and in vitro infection with Lena confirmed the higher ability of this strain to modulate host response. Machine learning (ML) and gene set enrichment analysis (GSEA) unraveled additional relevant genes and pathways modulated by FL13 infection that were not identified by conventional analyses. GSEA increased the cellular pathways enriched in the FL13 data set, but ML allowed a more complete comprehension of functional profiles during FL13 in vitro infection. Data indicates that cellular reprogramming differs upon Lena and FL13 infection and that the latter might keep antiviral and inflammatory macrophage/ DC functions silent. Although the slow replication kinetics of FL13 likely contribute to differences in cellular gene expression, the data suggest distinct mechanisms of interaction of the two viruses with the innate immune system during early infection.
Published: 2020

14. Classification of non-coding variants with high pathogenic impact

Author: Alexandra Louis, Lambert Moyon, Camille Berthelot, Nguyen Ntt, Hugues Roest Crollius, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS (DYOGEN), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Louis, Alexandra, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris
Subjects: Prioritization, Diagnostic information, Cancer Research, Computer science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Computational biology, Disease, [SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Dna variants, Ranking (information retrieval), Machine Learning, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Genetics, Humans, Molecular Biology, Genetics (clinical), Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Whole genome sequencing, 0303 health sciences, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Whole Genome Sequencing, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], 3. Good health, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Mutation (genetic algorithm), Mutation, 030217 neurology & neurosurgery, Software, Coding (social sciences)
Abstract: International audience; Whole genome sequencing is increasingly used to diagnose medical conditions of genetic origin. While both coding and non-coding DNA variants contribute to a wide range of diseases, most patients who receive a WGS-based diagnosis today harbour a protein-coding mutation. Functional interpretation and prioritization of non-coding variants represents a persistent challenge, and disease-causing non-coding variants remain largely unidentified. Depending on the disease, WGS fails to identify a candidate variant in 20-80% of patients, severely limiting the usefulness of sequencing for personalised medicine. Here we present FINSURF, a machine-learning approach to predict the functional impact of non-coding variants in regulatory regions. FINSURF outperforms state-of-the-art methods, owing in particular to optimized control variants selection during training. In addition to ranking candidate variants, FINSURF breaks down the score for each variant into contributions from individual annotations, facilitating the evaluation of their functional relevance. We applied FINSURF to a diverse set of 30 diseases with described causative non-coding mutations, and correctly identified the disease-causative non-coding variant within the ten top hits in 22 cases. FIN-SURF is implemented as an online server to as well as custom browser tracks, and provides a quick and efficient solution to prioritize candidate non-coding variants in realistic clinical settings.
Published: 2022

15. Translational study of the whole transcriptome in rats and genetic polymorphisms in humans identifies LRP1B and VPS13A as key genes involved in tolerance to cocaine-induced motor disturbances

Author: Vorspan, Florence, Icick, Romain, Mekdad, Nawel, Courtin, Cindie, Bloch, Vanessa, Bellivier, Frank, Laplanche, Jean-Louis, Prince, Nathalie, Pishalin, Dmitry, Firmo, Cyril, Blugeon, Corinne, Mégarbane, Bruno, Marie-Claire, Cynthia, Benturquia, Nadia, Variabilité de réponse aux Psychotropes (VariaPsy - U1144), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Cité (UPCité), Optimisation thérapeutique en Neuropsychopharmacologie (OPTeN (UMR_S_1144 / U1144)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Psychiatrie et de Médecine Addictologique [AP-HP, GH Saint-Louis-Lariboisière-F.Widal], AP-HP Hôpitaux universitaires Saint-Louis, Lariboisière, Fernand-Widal, GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INSERM UMRS-1144, Université Paris Cité, Réanimation Médicale et Toxicologique, Hôpital Lariboisière, Neuropsychopharmacologie des addictions. Vulnérabilité et variabilité expérimentale et clinique (NAVVEC - UM 81 (UMR 8206/ U705)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement (IFR71), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Réanimation Médicale et Toxicologique [Hôpital Lariboisière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], and Marie-Claire, Cynthia
Subjects: Polymorphism, Genetic, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.MHEP.PSM] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Psychiatrics and mental health, Vesicular Transport Proteins, Addiction, [SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Corpus Striatum, Article, lcsh:RC321-571, Rats, Cocaine-Related Disorders, Cocaine, Receptors, LDL, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.MHEP.PSM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Psychiatrics and mental health, Ventral Striatum, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Animals, Humans, Clinical genetics, Transcriptome, lcsh:Neurosciences. Biological psychiatry. Neuropsychiatry
Abstract: International audience; Motor disturbances strongly increase the burden of cocaine use disorder (CUDs). The objective of our translational study was to identify the genes and biological pathways underlying the tolerance to cocaine-induced motor effects. In a 5-day protocol measuring motor tolerance to cocaine in rats (N = 40), modeling the motor response to cocaine in patients, whole-genome RNA sequencing was conducted on the ventral and dorsal striatum to prioritize a genetic association study in 225 patients with severe CUD who underwent thorough phenotypic (cocaine-induced hyperlocomotion, CIH; and cocaine-induced stereotypies, CIS) and genotypic [571,000 polymorphisms (SNPs)] characterization. We provide a comprehensive description of the rat striatal transcriptomic response to cocaine in our paradigm. Repeated vs. acute cocaine binge administration elicited 27 differentially expressed genes in the ventral striatum and two in the dorsal striatum. One gene, Lrp1b, was differentially expressed in both regions. In patients, LRP1B was significantly associated with both CIS and CIH. CIH was also associated with VPS13A, a gene involved in a severe neurological disorder characterized by hyperkinetic movements. The LRP1B minor allele rs7568970 had a significant protective effect against CIS (558 SNPs, Bonferroni-corrected p = 0.02) that resisted adjustment for confounding factors, including the amount of cocaine use (adjusted beta = -0.965 and -2.35 for heterozygotes and homozygotes, respectively, p
Published: 2020

16. Adipocyte Reprogramming by the Transcriptional Coregulator GPS2 Impacts Beta Cell Insulin Secretion

Author: Drareni, Karima, Ballaire, Raphaëlle, Alzaid, Fawaz, Goncalves, Andreia, Chollet, Catherine, Barilla, Serena, Nguewa, Jean-Louis, Dias, Karine, Lemoine, Sophie, Riveline, Jean-Pierre, Roussel, Ronan, Dalmas, Elise, Velho, Gilberto, Treuter, Eckardt, Gautier, Jean-François, Venteclef, Nicolas, Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université de Paris (UP), Inovarion, Karolinska Institutet [Stockholm], Institut de biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and CCSD, Accord Elsevier
Subjects: Male, insulin, G protein pathway suppressor 2, GPS2, Adipose Tissue, White, [SDV]Life Sciences [q-bio], Adipocytes, White, Mice, Insulin-Secreting Cells, Report, Glucose Intolerance, Insulin Secretion, Animals, Obesity, pancreas, organ crosstalk, Inflammation, Mice, Knockout, Intracellular Signaling Peptides and Proteins, adipose tissue, Mice, Inbred C57BL, [SDV] Life Sciences [q-bio], beta cells, Glucose, Diabetes Mellitus, Type 2, Female, type 2 diabetes, Insulin Resistance, transcriptional coregulator
Abstract: Summary Glucose homeostasis is maintained through organ crosstalk that regulates secretion of insulin to keep blood glucose levels within a physiological range. In type 2 diabetes, this coordinated response is altered, leading to a deregulation of beta cell function and inadequate insulin secretion. Reprogramming of white adipose tissue has a central role in this deregulation, but the critical regulatory components remain unclear. Here, we demonstrate that expression of the transcriptional coregulator GPS2 in white adipose tissue is correlated with insulin secretion rate in humans. The causality of this relationship is confirmed using adipocyte-specific GPS2 knockout mice, in which inappropriate secretion of insulin promotes glucose intolerance. This phenotype is driven by adipose-tissue-secreted factors, which cause increased pancreatic islet inflammation and impaired beta cell function. Thus, our study suggests that, in mice and in humans, GPS2 controls the reprogramming of white adipocytes to influence pancreatic islet function and insulin secretion., Graphical Abstract, Highlights • GPS2 expression in adipose tissue is associated with insulin secretion rate in humans • Loss of GPS2 in adipocytes impacts on insulin secretion upon diet-induced obesity • Beta cell dysfunction in Gps2 KO mice is governed by islet inflammation • This beta cell maladaptation in Gps2 KO mice is mediated by adipose tissue secretome, Appropriate insulin secretion is governed through organ crosstalk. Drareni et al. show that GPS2 expression in adipose tissue is correlated with insulin secretion rate in humans. The causality of this relationship is confirmed using adipocyte-specific GPS2 knockout mice, in which inappropriate secretion of insulin promotes glucose intolerance in obese mice.
Published: 2020

17. The impact of transposable elements on tomato diversity

Author: Marisol Domínguez, Medina Benchouaia, Elise Dugas, Vincent Colot, Leandro Quadrana, Basile Leduque, José M. Jiménez-Gómez, Colot, Vincent, Contribution des éléments transposables (ET) à la domestication et à l'amélioration de la tomate - - tomaTE2017 - ANR-17-CE20-0024 - AAPG2017 - VALID, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), France Genomique national infrastructure (MOMENTUM program), ANR-17-CE20-0024,tomaTE,Contribution des éléments transposables (ET) à la domestication et à l'amélioration de la tomate(2017), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique de l'IBENS, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Agence National de la Recherche (ANR-17-tomaTE to V.C. and J.J.G.), the Centre National de la Recherche Scientifique (MOMENTUM program to L.Q.), and France Génomique national infrastructure, funded as part of the Investissements d’Avenir program managed by the Agence Nationale de la Recherche (ANR-10-INBS-09)., GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Bodescot, Myriam, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Transposable element, media_common.quotation_subject, Science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Plant genetics, General Physics and Astronomy, Single-nucleotide polymorphism, Genome-wide association study, Biology, Transcript isoforms, [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, 01 natural sciences, Genome, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, 03 medical and health sciences, [SDV.GEN.GPL] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Allele, lcsh:Science, Gene, 030304 developmental biology, media_common, Genetic association, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Multidisciplinary, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], fungi, food and beverages, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, General Chemistry, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], 030104 developmental biology, Evolutionary biology, [SDV.GEN.GPO] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], lcsh:Q, Gene pool, Diversity (politics), 010606 plant biology & botany
Abstract: Tomatoes come in a multitude of shapes and flavors despite a narrow genetic pool. Here, we leveraged whole-genome resequencing data available for 602 cultivated and wild accessions to determine the contribution of transposable elements (TEs) to tomato diversity. We identified 6,906 TE insertions polymorphisms (TIPs), which result from the mobilization of 337 distinct TE families. Most TIPs are low frequency variants and disproportionately located within or adjacent to genes involved in environmental response. In addition, we show that genic TE insertions tend to have strong transcriptional effects and can notably lead to the generation of multiple transcript isoforms. We also uncovered through genome-wide association studies (GWAS) ~180 TIPs associated with extreme variations in major agronomic traits or secondary metabolites. Importantly, these TIPs tend to affect loci that are distinct from those tagged by SNPs. Collectively, our findings suggest a unique and important role for TE mobilization in tomato diversification, with important implications for future breeding.
Published: 2020

18. Local Translation in Perisynaptic Astrocytic Processes Is Specific and Changes after Fear Conditioning

Author: Giselle Cheung, Julien Moulard, Alexis-Pierre Bemelmans, Laurent Jourdren, Philippe Mailly, Romain Tortuyaux, Stéphane Le Crom, David Mazaud, Corinne Blugeon, Anne-Cécile Boulay, Nathalie Rouach, Martine Cohen-Salmon, Noémie Mazaré, Marc Oudart, Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique de l'IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genetic Networks [LCQB] (LCQB-GN), Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, neuroglial interactions, Immunoprecipitation, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Biology, Hippocampal formation, perisynaptic astrocyte processes, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Article, 03 medical and health sciences, Mice, 0302 clinical medicine, astrocyte, local translation, medicine, Animals, Humans, Fear conditioning, Cytoskeleton, lcsh:QH301-705.5, Neuronal Plasticity, RNA, Translation (biology), Fear, Cell cycle, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, lcsh:Biology (General), Astrocytes, Neuroscience, 030217 neurology & neurosurgery, Astrocyte
Abstract: Summary Local translation is a conserved mechanism conferring cells the ability to quickly respond to local stimuli. In the brain, it has been recently reported in astrocytes, whose fine processes contact blood vessels and synapses. Yet the specificity and regulation of astrocyte local translation remain unknown. We study hippocampal perisynaptic astrocytic processes (PAPs) and show that they contain the machinery for translation. Using a refined immunoprecipitation technique, we characterize the entire pool of ribosome-bound mRNAs in PAPs and compare it with the one expressed in the whole astrocyte. We find that a specific pool of mRNAs is highly polarized at the synaptic interface. These transcripts encode an unexpected molecular repertoire, composed of proteins involved in iron homeostasis, translation, cell cycle, and cytoskeleton. Remarkably, we observe alterations in global RNA distribution and ribosome-bound status of some PAP-enriched transcripts after fear conditioning, indicating the role of astrocytic local translation in memory and learning., Graphical Abstract, Highlights • Local translation occurs in perisynaptic astrocytic processes (PAPs) • The repertoire of ribosome-bound mRNAs enriched in hippocampal PAPs is specific • RNA distribution and local translation change in PAPs after fear conditioning, Local translation is an evolutionary conserved mechanism that allows quick protein delivery in polarized cellular compartments. Here, Mazaré et al. characterize the entire repertoire of ribosome-bound mRNAs in astroglial perisynaptic processes of the dorsal hippocampus and its changes after contextual fear conditioning.
Published: 2020
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19. GC content shapes mRNA storage and decay in human cells

Author: Caroline Vindry, Michèle Ernoult-Lange, Hugues Roest Crollius, Michel Kress, Dominique Weil, Zhou Yi, Clémentine Bossevain, Antonin Morillon, Marie-Noëlle Benassy, Yves Clément, Nancy Standart, Maïté Courel, Marianne Bénard, Arnaud Hubstenberger, Patrick Brest, Christophe Antoniewski, Olivia Vidal Cruchez, Dominika Foretek, Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Clément, Yves [0000-0002-5932-9412], Antoniewski, Christophe [0000-0001-7709-2116], Morillon, Antonin [0000-0002-0575-5264], Roest Crollius, Hugues [0000-0002-8209-173X], Weil, Dominique [0000-0001-7630-1772], Apollo - University of Cambridge Repository, Bénard, Marianne, Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamique de l'information génétique : bases fondamentales et cancer (DIG CANCER), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Curie [Paris]-Sorbonne Université (SU), Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement (IRCAN), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut de Biologie Valrose (IBV), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Biochemistry, University of Cambridge, Laboratoire de Biologie du Développement (LBD), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dpt of Biochemistry [Cambridge], University of Cambridge [UK] (CAM), Bioinformatique [IBPS] (IBPS-Artbio), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infection bactérienne, inflammation, et carcinogenèse digestive, COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-IFR50-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS (DYOGEN), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie du Développement [Paris] (LBD), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Institut Curie [Paris]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), ROEST CROLLIUS, Hugues, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, and Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Low protein, RNA Stability, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gene Expression, 0302 clinical medicine, mRNA decay, Translational regulation, Biology (General), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Base Composition, 0303 health sciences, codon usage, General Neuroscience, General Medicine, Chromosomes and Gene Expression, 3. Good health, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Codon usage bias, Medicine, Research Article, Human, chromosomes, QH301-705.5, Science, Biology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, mRNA storage, P-bodies, microRNA, Humans, Gene silencing, RNA, Messenger, Post-transcriptional regulation, 030304 developmental biology, post-transcriptional regulation, Messenger RNA, GC content, General Immunology and Microbiology, MicroRNAs, RNA, Messenger, Stored, Gene Expression Regulation, Protein Biosynthesis, Transcriptome, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; mRNA translation and decay appear often intimately linked although the rules of this interplay are poorly understood. In this study, we combined our recent P-body transcriptome with transcriptomes obtained following silencing of broadly acting mRNA decay and repression factors, and with available CLIP and related data. This revealed the central role of GC content in mRNA fate, in terms of P-body localization, mRNA translation and mRNA stability: P-bodies contain mostly AU-rich mRNAs, which have a particular codon usage associated with a low protein yield; AU-rich and GC-rich transcripts tend to follow distinct decay pathways; and the targets of sequencespecific RBPs and miRNAs are also biased in terms of GC content. Altogether, these results suggest an integrated view of post-transcriptional control in human cells where most translation regulation is dedicated to inefficiently translated AU-rich mRNAs, whereas control at the level of 5' decay applies to optimally translated GC-rich mRNAs.
Published: 2019

20. Transcriptome and Methylome Analysis Reveal Complex Cross-Talks between Thyroid Hormone and Glucocorticoid Signaling at Xenopus Metamorphosis

Author: Alexis Grimaldi, Nicolas Buisine, Vincent Jonchere, Laurent M. Sachs, Corinne Blugeon, Juliette Hamroune, Muriel Rigolet, Physiologie moléculaire et adaptation (PhyMA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique de l'IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SACHS, LAURENT, and Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS)
Subjects: Thyroid Hormones, QH301-705.5, Xenopus, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030209 endocrinology & metabolism, Biology, Genome, Article, Transcriptome, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Xenopus metamorphosis, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, Gene expression, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Animals, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Biology (General), [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Gene, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, DNA methylation, glucocorticoids, Metamorphosis, Biological, cross-talks, Gene Expression Regulation, Developmental, General Medicine, biology.organism_classification, thyroid hormone, Cell biology, [SDV.BA.ZV] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, functional genomics, Functional genomics, Signal Transduction, Hormone
Abstract: Background: Most work in endocrinology focus on the action of a single hormone, and very little on the cross-talks between two hormones. Here we characterize the nature of interactions between thyroid hormone and glucocorticoid signaling during Xenopus tropicalis metamorphosis. Methods: We used functional genomics to derive genome wide profiles of methylated DNA and measured changes of gene expression after hormonal treatments of a highly responsive tissue, tailfin. Clustering classified the data into four types of biological responses, and biological networks were modeled by system biology. Results: We found that gene expression is mostly regulated by either T3 or CORT, or their additive effect when they both regulate the same genes. A small but non-negligible fraction of genes (12%) displayed non-trivial regulations indicative of complex interactions between the signaling pathways. Strikingly, DNA methylation changes display the opposite and are dominated by cross-talks. Conclusion: Cross-talks between thyroid hormones and glucocorticoids are more complex than initially envisioned and are not limited to the simple addition of their individual effects, a statement that can be summarized with the pseudo-equation: TH ∙ GC &gt, TH + GC. DNA methylation changes are highly dynamic and buffered from genome expression.
Published: 2021

21. ANISEED 2019: 4D exploration of genetic data for an extended range of tunicates

Author: Hiroki Nishida, Magali Naville, Paul Simion, Christelle Dantec, Wendy Reeves, Bradley Davidson, Rémi Dumollard, Justine Dardaillon, Takeshi A. Onuma, Kai Wang, Kazuhiro R. Nitta, Jean-Nicolas Volff, Joseph F. Ryan, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure, Lydia Besnardeau, Michael Veeman, Marie Fagotto, Alexandra Louis, Hugues Roest Crollius, Delphine Dauga, Marion Gueroult-Bellone, Melissa B. DeBiasse, Shigeki Fujiwara, Emmanuel J. P. Douzery, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en Biologie cellulaire de Montpellier (CRBM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioself Communication [Marseille], Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Image & Interaction (ICAR), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Osaka University [Osaka], University of Florida [Gainesville] (UF), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche sur mer (LBDV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Kansas State University, University of Chinese Academy of Sciences [Beijing] (UCAS), Université de Montpellier (UM), Kochi University of Technology (KUT), DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS (DYOGEN), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Swarthmore College, ANR-16-CE92-0019,EVOBOOSTER,Impact des éléments transposables sur les réseaux de régulation génique : application aux voies biologiques à évolution rapide chez les poissons(2016), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), ROEST CROLLIUS, Hugues, Centre de recherche en Biologie Cellulaire (CRBM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Florida [Gainesville], École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], RNA-Seq, Genomics, Computational biology, Biology, Genome, Synteny, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, User-Computer Interface, 0302 clinical medicine, biology.animal, Cephalochordata, Databases, Genetic, Gene Order, [SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Genetics, Computer Graphics, Database Issue, Animals, Computer Simulation, Urochordata, Gene, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, In Situ Hybridization, Phylogeny, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Internet, Deuterostome, Binding Sites, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Gene Expression Profiling, Vertebrate, food and beverages, Molecular Sequence Annotation, biology.organism_classification, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Gene expression profiling, [SDV] Life Sciences [q-bio], Vertebrates, Programming Languages, 030217 neurology & neurosurgery, Software, Echinodermata
Abstract: ANISEED (https://www.aniseed.cnrs.fr) is the main model organism database for the worldwide community of scientists working on tunicates, the vertebrate sister-group. Information provided for each species includes functionally-annotated gene and transcript models with orthology relationships within tunicates, and with echinoderms, cephalochordates and vertebrates. Beyond genes the system describes other genetic elements, including repeated elements and cis-regulatory modules. Gene expression profiles for several thousand genes are formalized in both wild-type and experimentally-manipulated conditions, using formal anatomical ontologies. These data can be explored through three complementary types of browsers, each offering a different view-point. A developmental browser summarizes the information in a gene- or territory-centric manner. Advanced genomic browsers integrate the genetic features surrounding genes or gene sets within a species. A Genomicus synteny browser explores the conservation of local gene order across deuterostome. This new release covers an extended taxonomic range of 14 species, including for the first time a non-ascidian species, the appendicularian Oikopleura dioica. Functional annotations, provided for each species, were enhanced through a combination of manual curation of gene models and the development of an improved orthology detection pipeline. Finally, gene expression profiles and anatomical territories can be explored in 4D online through the newly developed Morphonet morphogenetic browser.
Published: 2019

22. Unravelling the genes forming the wing pattern supergene in the polymorphic butterfly Heliconius numata

Author: Corinne Blugeon, Florence Piron-Prunier, Mathieu Chouteau, Suzanne V. Saenko, Violaine Llaurens, Mathieu Joron, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Laboratoire Ecologie, Evolution, Interactions des Systèmes amazoniens (LEEISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Guyane (UG)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Université des Antilles (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Sorbonne Université (SU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Laboratoire Ecologie, évolution, interactions des systèmes amazoniens (LEEISA), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), HAL-SU, Gestionnaire, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), ANR-18-CE02-0019,Supergene,Les conséquences de l'évolution d'un supergène(2018), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), and Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: 0106 biological sciences, De novo transcriptome assembly, lcsh:Evolution, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Supergene, Transcriptome, 03 medical and health sciences, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Gene expression, lcsh:QH359-425, Genetics, Heliconius, Gene, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, Research, [SDV.BDD.EO] Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Embryology and Organogenesis, RNA sequencing, biology.organism_classification, Heliconius butterflies, Phenotype, Wing pattern, Lepidoptera, Heliconius numata, [SDV.BDD.EO]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Embryology and Organogenesis, Evolutionary biology, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Developmental biology, Developmental Biology
Abstract: Background Unravelling the genetic basis of polymorphic characters is central to our understanding of the origins and diversification of living organisms. Recently, supergenes have been implicated in a wide range of complex polymorphisms, from adaptive colouration in butterflies and fish to reproductive strategies in birds and plants. The concept of a supergene is now a hot topic in biology, and identification of its functional elements is needed to shed light on the evolution of highly divergent adaptive traits. Here, we apply different gene expression analyses to study the supergene P that controls polymorphism of mimetic wing colour patterns in the neotropical butterfly Heliconius numata. Results We performed de novo transcriptome assembly and differential expression analyses using high-throughput Illumina RNA sequencing on developing wing discs of different H. numata morphs. Within the P interval, 30 and 17 of the 191 transcripts were expressed differentially in prepupae and day-1 pupae, respectively. Among these is the gene cortex, known to play a role in wing pattern formation in Heliconius and other Lepidoptera. Our in situ hybridization experiments confirmed the relationship between cortex expression and adult wing patterns. Conclusions This study found the majority of genes in the P interval to be expressed in the developing wing discs during the critical stages of colour pattern formation, and detect drastic changes in expression patterns in multiple genes associated with structural variants. The patterns of expression of cortex only partially recapitulate the variation in adult phenotype, suggesting that the remaining phenotypic variation could be controlled by other genes within the P interval. Although functional studies on cortex are now needed to determine its exact developmental role, our results are in accordance with the classical supergene hypothesis, whereby several genes inherited together due to tight linkage control a major developmental switch. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s13227-019-0129-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2019

23. Arabidopsis S2Lb links AtCOMPASS-like and SDG2 activity in H3K4me3 independently from histone H2B monoubiquitination

Author: Corinne Blugeon, Damarys Loew, Moussa Benhamed, Christophe Bailly, Fredy Barneche, Clara Bourbousse, Nicole Chaumont, Martin Rougée, Sophie Lemoine, David Latrasse, Chris Bowler, Anne-Flore Deton-Cabanillas, Gérald Zabulon, Anne-Sophie Fiorucci, Ammara Mohammad, Bérangère Lombard, Elodie Layat, Lorenzo Concia, Soon Kap Kim, David Stroebel, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie du Développement (LBD), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Laboratoire de Spectrométrie de Masse Protéomique, Institut Curie, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie du Développement [Paris] (LBD), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Curie [Paris], Agence Nationale pour la Recherche (ANR) [ANR-11-JSV2-003-01], Investissements d'Avenir program, ANR [ANR-10-LABX-54 MEMOLIFE, ANR-10-IDEX-0001-02 PSL], Universite Paris-Sud Doctoral School in Plant Sciences, Region Ile-de-France, Fondation pour la Recherche Medicale, 'Investissements d'Avenir' program [ANR-10-INBS-09], Fiorucci, Anne-Sophie, Bourbousse, Clara, Barneche, Fredy, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie du Développement [IBPS] (LBD), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: lcsh:QH426-470, [SDV]Life Sciences [q-bio], Protein subunit, Saccharomyces cerevisiae, Arabidopsis, Histones, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Histone H2B, Monoubiquitination, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, lcsh:QH301-705.5, Gene, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, biology, Research, Ubiquitination, biology.organism_classification, Arabidopsis/metabolism, Histone Methyltransferases/metabolism, Histones/metabolism, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], lcsh:Genetics, lcsh:Biology (General), Histone methyltransferase, Histone Methyltransferases, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], H3K4me3, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Background The functional determinants of H3K4me3, their potential dependency on histone H2B monoubiquitination, and their contribution to defining transcriptional regimes are poorly defined in plant systems. Unlike in Saccharomyces cerevisiae, where a single SET1 protein catalyzes H3K4me3 as part of COMPlex of proteins ASsociated with Set1 (COMPASS), in Arabidopsis thaliana, this activity involves multiple histone methyltransferases. Among these, the plant-specific SET DOMAIN GROUP 2 (SDG2) has a prominent role. Results We report that SDG2 co-regulates hundreds of genes with SWD2-like b (S2Lb), a plant ortholog of the Swd2 axillary subunit of yeast COMPASS. We show that S2Lb co-purifies with the AtCOMPASS core subunit WDR5, and both S2Lb and SDG2 directly influence H3K4me3 enrichment over highly transcribed genes. S2Lb knockout triggers pleiotropic developmental phenotypes at the vegetative and reproductive stages, including reduced fertility and seed dormancy. However, s2lb seedlings display little transcriptomic defects as compared to the large repertoire of genes targeted by S2Lb, SDG2, or H3K4me3, suggesting that H3K4me3 enrichment is important for optimal gene induction during cellular transitions rather than for determining on/off transcriptional status. Moreover, unlike in budding yeast, most of the S2Lb and H3K4me3 genomic distribution does not rely on a trans-histone crosstalk with histone H2B monoubiquitination. Conclusions Collectively, this study unveils that the evolutionarily conserved COMPASS-like complex has been co-opted by the plant-specific SDG2 histone methyltransferase and mediates H3K4me3 deposition through an H2B monoubiquitination-independent pathway in Arabidopsis. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s13059-019-1705-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2019

24. Opposite T3 Response of ACTG1–FOS Subnetwork Differentiate Tailfin Fate in Xenopus Tadpole and Post-hatching Axolotl

Author: Muriel Rigolet, Corinne Blugeon, Gwenneg Kerdivel, Cédric Fund, Nicolas Buisine, Laurent M. Sachs, BUISINE, BUISINE, Physiologie moléculaire et adaptation (PhyMA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Faculté de médecine (UPEC Médecine), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Evolution des régulations endocriniennes (ERE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Amphibian, network biology, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, media_common.quotation_subject, Xenopus, 030209 endocrinology & metabolism, Cell fate determination, lcsh:Diseases of the endocrine glands. Clinical endocrinology, Axolotl, 03 medical and health sciences, Endocrinology, 0302 clinical medicine, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], biology.animal, [SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, Metamorphosis, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Transcription factor, Original Research, media_common, Regulation of gene expression, lcsh:RC648-665, biology, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BBM.MN]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], biology.organism_classification, Cell biology, Thyroid hormone, 030104 developmental biology, [SDV.BBM.MN] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], embryonic development, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BA.ZV] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, paedomorphosis, Functional genomics
Abstract: International audience; Amphibian post-embryonic development and Thyroid Hormones (TH) signaling are deeply and intimately connected. In anuran amphibians, TH induce the spectacular and complex process known as metamorphosis. In paedomorphic salamanders, at similar development time, raising levels of TH fail to induce proper metamorphosis, as many "larval" tissues (e.g., gills, tailfin) are maintained. Why does the same evolutionary conserved signaling pathway leads to alternative phenotypes? We used a combination of developmental endocrinology, functional genomics and network biology to compare the transcriptional response of tailfin to TH, in the post-hatching paedormorphic Axolotl salamander and Xenopus tadpoles. We also provide a technological framework that efficiently reduces large lists of regulated genes down to a few genes of interest, which is well-suited to dissect endocrine regulations. We first show that Axolotl tailfin undergoes a strong and robust TH-dependent transcriptional response at post embryonic transition, despite the lack of visible anatomical changes. We next show that Fos and Actg1, which structure a single and dense subnetwork of cellular sensors and regulators, display opposite regulation between the two species. We finally show that TH treatments and natural variations of TH levels follow similar transcriptional dynamics. We suggest that, at the molecular level, tailfin fate correlates with the alternative transcriptional states of an fos-actg1 sub-network, which also includes transcription factors and regulators of cell fate. We propose that this subnetwork is one of the molecular switches governing the initiation of distinct TH responses, with transcriptional programs conducting alternative tailfin fate (maintenance vs. resorption) 2 weeks post-hatching.
Published: 2019

25. Comparative genomics of 10 new Caenorhabditis species

Author: Lise Frézal, Sarah Fausett, Carlos Caurcel, Matthew D. Newton, Walter Sudhaus, Toni Beltran, Matthew V. Rockman, David H. A. Fitch, Marie-Anne Félix, Charlie Gosse, Aurélien Richaud, Karin Kiontke, Mark Blaxter, Lewis Stevens, Luke M. Noble, Christian Braendle, Taniya Kaur, Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Valrose (IBV), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de photonique et de nanostructures (LPN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), New york University, Department of Biology, New York University [New York] (NYU), NYU System (NYU)-NYU System (NYU), Génétique évolutive expérimentale - Equipe de l'IBENS, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Institute of Evolutionary Biology, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris
Subjects: species description, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Evolution, Genomics, Biology, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Genome, Species description, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Phylogenetics, Phylogenomics, morphology, Genetics, genomics, lcsh:QH359-425, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Comparative genomics, 0303 health sciences, Phylogenetic tree, phylogenomics, biology.organism_classification, Caenorhabditis, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Evolutionary biology, C. elegans, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: The nematode Caenorhabditis elegans has been central to the understanding of metazoan biology. However, C. elegans is but one species among millions and the significance of this important model organism will only be fully revealed if it is placed in a rich evolutionary context. Global sampling efforts have led to the discovery of over 50 putative species from the genus Caenorhabditis, many of which await formal species description. Here, we present species descriptions for 10 new Caenorhabditis species. We also present draft genome sequences for nine of these new species, along with a transcriptome assembly for one. We exploit these whole-genome data to reconstruct the Caenorhabditis phylogeny and use this phylogenetic tree to dissect the evolution of morphology in the genus. We reveal extensive variation in genome size and investigate the molecular processes that underlie this variation. We show unexpected complexity in the evolutionary history of key developmental pathway genes. These new species and the associated genomic resources will be essential in our attempts to understand the evolutionary origins of the C. elegans model.
Published: 2019

26. Exon junction complex components Y14 and Mago still play a role in budding yeast

Author: Mathieu Piot, Anita Boisramé, Hugo Devillers, Juliette Pouch, Cécile Neuvéglise, François Brunel, Djamila Onésime, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-10-BLAN-1620,YeastIntrons,Analyse globale de la régulation des ARN contenant des PTC par la voie du NMD et le complexe EJC-like chez des levures riches ou pauvres en introns(2010), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Neuvéglise, Cécile, ProdInra, Migration, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, BLANC - Analyse globale de la régulation des ARN contenant des PTC par la voie du NMD et le complexe EJC-like chez des levures riches ou pauvres en introns - - YeastIntrons2010 - ANR-10-BLAN-1620 - BLANC - VALID, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), GenomiqueENS (Genomique ENS), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris
Subjects: 0301 basic medicine, Saccharomyces cerevisiae Proteins, intron, RNA Splicing, [SDV]Life Sciences [q-bio], Mutant, lcsh:Medicine, translation, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, Biology, nonsens-mediated decay, yarrowia-lipolytica, Article, ejc, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, nmd, binding-protein, cystal-structure, multiple sequence alignment, messenger-rna decay, RNA, Messenger, Saccharomycotina, lcsh:Science, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Cell Nucleus, Multidisciplinary, lcsh:R, Intron, EIF4A3, RNA-Binding Proteins, Yarrowia, Translation (biology), Exons, biology.organism_classification, Biological Evolution, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030104 developmental biology, RNA splicing, Saccharomycetales, Exon junction complex, lcsh:Q, Dimerization, 030217 neurology & neurosurgery, Protein Binding
Abstract: We thank Jean-Luc Souciet, Bernard Dujon and Patrick Wincker for giving access to K. ohmeri genome sequence before publication. We thank Alex Edelman and Associates for their help in correcting the English version of the manuscript. This work was funded by the ANR YeastIntrons (ANR-2010-BLAN-1620). The École Normale Supérieure genomic core facility was supported by the “France Génomique” national infrastructure, funded as part of the “Investissements d’Avenir” program managed by the Agence Nationale de la Recherche (contract ANR-10-INBS-09). We thank Jean-Luc Souciet, Bernard Dujon and Patrick Wincker for giving access to K. ohmeri genome sequence before publication. We thank Alex Edelman and Associates for their help in correcting the English version of the manuscript. This work was funded by the ANR YeastIntrons (ANR-2010-BLAN-1620). The École Normale Supérieure genomic core facility was supported by the “France Génomique” national infrastructure, funded as part of the “Investissements d’Avenir” program managed by the Agence Nationale de la Recherche (contract ANR-10-INBS-09).; International audience; Since their divergence from Pezizomycotina, the mRNA metabolism of budding yeasts have undergone regressive evolution. With the dramatic loss of introns, a number of quality control mechanisms have been simplified or lost during evolution, such as the exon junction complex (EJC). We report the identification of the core EJC components, Mago, Y14, and eIF4A3, in at least seven Saccharomycotina species, including Yarrowia lipolytica. Peripheral factors that join EJC, either to mediate its assembly (Ibp160 or Cwc22), or trigger downstream processes, are present in the same species, forming an evolutionary package. Co-immunoprecipitation studies in Y. lipolytica showed that Mago and Y14 have retained the capacity to form heterodimers, which successively bind to the peripheral factors Upf3, Aly/REF, and Pym. Phenotypes and RNA-Seq analysis of EJC mutants showed evidence of Y14 and Mago involvement in mRNA metabolism. Differences in unspliced mRNA levels suggest that Y14 binding either interferes with pre-mRNA splicing or retains mRNA in the nucleus before their export and translation. These findings indicate that yeast could be a relevant model for understanding EJC function.
Published: 2019

27. Gas and dust cooling along the major axis of M 33 (HerM33es)

Author: Paul van der Werf, Thomas Nikola, S. Anderl, Jonathan Braine, Markus Röllig, Frank P. Israel, Karl Schuster, Francoise Combes, Christof Buchbender, Emmanuel M. Xilouris, I. Hermelo, Martina C. Wiedner, Monica Relaño, Frank Bertoldi, Christian Henkel, Floris van der Tak, Fatemeh Tabatabaei, Carsten Kramer, Simon Verley, Médéric Boquien, Ministerio de Economía y Competitividad (España), European Commission, Junta de Andalucía, Instituto de RadioAstronomía Milimétrica (IRAM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Planétologie et d'Astrophysique de Grenoble (IPAG), Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG ), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Max-Planck-Institut für Radioastronomie (MPIFR), Laboratoire d'Astrophysique de Bordeaux [Pessac] (LAB), Université de Bordeaux (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique de l'IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut für Physik (Institut für Physik), Universität Potsdam, Leiden Observatory [Leiden], Universiteit Leiden [Leiden], Dpto. Fisica Teorica y del Cosmos, Universidad de Granada (UGR), Physikalisches Institut [Köln], Universität zu Köln, Federal Institute for Geosciences and Natural Resources (BGR), SRON Netherlands Institute for Space Research (SRON), Laboratoire d'Etude du Rayonnement et de la Matière en Astrophysique (LERMA), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Cergy Pontoise (UCP), Université Paris-Seine-Université Paris-Seine-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), National Observatory of Athens (NOA), Astronomy, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Galaxies: individual: M33, Infrared, ISM [Infrared], Continuum (design consultancy), FOS: Physical sciences, Context (language use), Astrophysics::Cosmology and Extragalactic Astrophysics, Astrophysics, 01 natural sciences, 7. Clean energy, individual: M33 [Galaxies], galaxies [Infrared], ISM [Galaxies], 0103 physical sciences, Absorption (electromagnetic radiation), 010303 astronomy & astrophysics, Astrophysics::Galaxy Astrophysics, Line (formation), Infrared: ISM, Luminous infrared galaxy, Physics, Spiral galaxy, 010308 nuclear & particles physics, Astronomy and Astrophysics, individual:M33 [Galaxies], Infrared: galaxies, Astrophysics - Astrophysics of Galaxies, galaxies: individual: M 33, Interstellar medium, Galaxies: ISM, 13. Climate action, Space and Planetary Science, Astrophysics of Galaxies (astro-ph.GA), [PHYS.ASTR]Physics [physics]/Astrophysics [astro-ph]
Abstract: Context. M 33 is a gas rich spiral galaxy of the Local Group. Its vicinity allows us to study its interstellar medium (ISM) on linear scales corresponding to the sizes of individual giant molecular clouds. Aims. We investigate the relationship between the two major gas cooling lines and the total infrared (TIR) dust continuum. Methods. We mapped the emission of gas and dust in M 33 using the far-infrared lines of [C ii] and [O i](63 µm) and the total infrared continuum. The line maps were observed with the PACS spectrometer on board the Herschel Space Observatory. These maps have 50 pc resolution and form a ∼370 pc wide stripe along its major axis covering the sites of bright H ii regions, but also more quiescent arm and inter-arm regions from the southern arm at 2 kpc galacto-centric distance to the south out to 5.7 kpc distance to the north. Full-galaxy maps of the continuum emission at 24 µm from Spitzer/MIPS, and at 70 µm, 100 µm, and 160 µm from Herschel/PACS were combined to obtain a map of the TIR. Results. TIR and [C ii] intensities are correlated over more than two orders of magnitude. The range of TIR translates to a range of far ultraviolet (FUV) emission of G0,obs ∼ 2 to 200 in units of the average Galactic radiation field. The binned [C ii]/TIR ratio drops with rising TIR, with large, but decreasing scatter. The contribution of the cold neutral medium to the [C ii] emission, as estimated from VLA H i data, is on average only 10%. Fits of modified black bodies to the continuum emission were used to estimate dust mass surface densities and total gas column densities. A correction for possible foreground absorption by cold gas was applied to the [O i] data before comparing it with models of photon dominated regions. Most of the ratios of [C ii]/[O i] and ([C ii]+[O i])/TIR are consistent with two model solutions. The median ratios are consistent with one solution at n ∼ 2 × 102 cm−3 , G0 ∼ 60, and a second low-FUV solution at n ∼ 104 cm−3 , G0 ∼ 1.5. Conclusions. The bulk of the gas along the lines-of-sight is represented by a low-density, high-FUV phase with low beam filling factors ∼1. A fraction of the gas may, however, be represented by the second solution., Spanish Ministerio de Economia y Competitividad AYA2014-53506-P AYA2017-84897-P, Junta de Andalucia FQM108, Junta de Andalucia, European Union (EU) SOMM17/6105/UGR, Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO) AYA2016-76219-P, European Union (EU)
Published: 2020

28. Comparative Transcriptomics Highlights New Features of the Iron Starvation Response in the Human Pathogen Candida glabrata

Author: Benchouaia, Médine, Ripoche, Hugues, Sissoko, Mariam, Thiebaut, Antonin, Merhej, Jawad, Delaveau, Thierry, Fasseu, Laure, Benaissa, Sabrina, Lorieux, Geneviève, Jourdren, Laure, Le Crom, Stéphane, Lelandais, Gaëlle, Corel, Eduardo, Devaux, Frédéric, Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Evolution Paris-Seine (EPS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Plateforme Génomique de l'IBENS, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université des Antilles (UA)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: ChIP-seq, Aft, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, evolution, lcsh:QR1-502, yeast, bacterial infections and mycoses, Microbiology, lcsh:Microbiology, Original Research, NO GO decay
Abstract: International audience; In this work, we used comparative transcriptomics to identify regulatory outliers (ROs) in the human pathogen Candida glabrata. ROs are genes that have very different expression patterns compared to their orthologs in other species. From comparative transcriptome analyses of the response of eight yeast species to toxic doses of selenite, a pleiotropic stress inducer, we identified 38 ROs in C. glabrata. Using transcriptome analyses of C. glabrata response to five different stresses, we pointed out five ROs which were more particularly responsive to iron starvation, a process which is very important for C. glabrata virulence. Global chromatin Immunoprecipitation and gene profiling analyses showed that four of these genes are actually new targets of the iron starvation responsive Aft2 transcription factor in C. glabrata. Two of them (HBS1 and DOM34b) are required for C. glabrata optimal growth in iron limited conditions. In S. cerevisiae, the orthologs of these two genes are involved in ribosome rescue by the NO GO decay (NGD) pathway. Hence, our results suggest a specific contribution of NGD co-factors to the C. glabrata adaptation to iron starvation.
Published: 2018

29. Cyclin G and the Polycomb Repressive complexes PRC1 and PR-DUB cooperate for developmental stability

Author: Vincent Debat, Frédérique Peronnet, Stéphane Le Crom, Hélène Thomassin, Anne Coléno-Costes, Jérôme Deraze, Valérie Ribeiro, Camille A. Dupont, Delphine Dardalhon-Cuménal, Neel B. Randsholt, Juliette Pouch, Contrôle épigénétique de l'homéostasie et de la plasticité du développement = Epigenetic control of developmental homeostasy and plasticity (LBD-E09), Laboratoire de Biologie du Développement (LBD), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse des Données à Haut Débit en Génomique (ADHDG), Evolution Paris Seine, Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Plateforme Génomique de l'IBENS, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Peronnet, Frédérique
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Life Cycles, Cancer Research, Developmental noise, Cyclin A, Gene Expression, Biochemistry, Animals, Genetically Modified, Larvae, 0302 clinical medicine, Invertebrate Genomics, Morphogenesis, Drosophila Proteins, Wings, Animal, Gene Regulatory Networks, Cell Cycle and Cell Division, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Genetics (clinical), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Cyclin, Polycomb Repressive Complex 1, Regulation of gene expression, Genetics, 0303 health sciences, biology, Drosophila Melanogaster, Eukaryota, Gene Expression Regulation, Developmental, Animal Models, Genomics, Chromatin, Up-Regulation, Cell biology, Insects, Imaginal disc, Imaginal Discs, Experimental Organism Systems, Cell Processes, Drosophila, Female, Drosophila melanogaster, PRC1, Research Article, Protein Binding, lcsh:QH426-470, Arthropoda, DNA transcription, Down-Regulation, macromolecular substances, Research and Analysis Methods, Cyclin G, 03 medical and health sciences, Model Organisms, Protein Domains, Cyclins, [SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Animals, Enhancer, Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Cell Nucleus, Organisms, Biology and Life Sciences, Proteins, Cell Biology, biology.organism_classification, Invertebrates, lcsh:Genetics, 030104 developmental biology, Animal Genomics, biology.protein, Developmental biology, 030217 neurology & neurosurgery, Cyclin A2, Developmental Biology
Abstract: In Drosophila, ubiquitous expression of a short Cyclin G isoform generates extreme developmental noise estimated by fluctuating asymmetry (FA), providing a model to tackle developmental stability. This transcriptional cyclin interacts with chromatin regulators of the Enhancer of Trithorax and Polycomb (ETP) and Polycomb families. This led us to investigate the importance of these interactions in developmental stability. Deregulation of Cyclin G highlights an organ intrinsic control of developmental noise, linked to the ETP-interacting domain, and enhanced by mutations in genes encoding members of the Polycomb Repressive complexes PRC1 and PR-DUB. Deep-sequencing of wing imaginal discs deregulating CycG reveals that high developmental noise correlates with up-regulation of genes involved in translation and down-regulation of genes involved in energy production. Most Cyclin G direct transcriptional targets are also direct targets of PRC1 and RNAPolII in the developing wing. Altogether, our results suggest that Cyclin G, PRC1 and PR-DUB cooperate for developmental stability., Author summary During development, the part of stochasticity inherent to biological processes induces noise. In animals with bilateral symmetry, developmental noise can be estimated by the variance in a population of the difference between the left and the right sides of individuals, the so-called fluctuating asymmetry (FA). The genetic bases of developmental stability, i.e. the control of developmental noise, are still unsolved. A large amount of data converges towards the importance of hubs–i.e. the most connected genes–in gene networks. Deregulating Cyclin G, a protein involved in transcription and in the cell cycle, induces high FA providing a unique system to address the genetic bases of developmental stability. Using this system, we show the existence of an organ intrinsic control of developmental noise linked to the interaction between Cyclin G and chromatin regulators. We also show that Cyclin G-induced FA correlates with the activation of genes involved in translation and the repression of genes involved in energy production. We suggest that fine-tuned control of these key functions is important for developmental stability
Published: 2018

30. When ecology meets genetics: Towards an integrated understanding of mating system transitions and diversity

Author: Henrique Teotonio, Sylvain Billiard, Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 (Evo-Eco-Paléo), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique évolutive expérimentale - Equipe de l'IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 (Evo-Eco-Paléo (EEP)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL)
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, Range (biology), Ecology, media_common.quotation_subject, Ecology (disciplines), [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Capsella, General Medicine, 15. Life on land, Biology, Mating system, biology.organism_classification, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, 030304 developmental biology, Diversity (politics), media_common
Abstract: International audience; A recommendation of:Yang X, Lascoux M, and Glémin S. Variation in competitive ability with mating system, ploidy and range expansion in four Capsella species. bioRxiv 214866, ver 5 peer-reviewed and recommended by PCI Evol Biol (2018). DOI: 10.1101/214866
Published: 2018

31. Meet-U: educating through research immersion

Author: Anne Lopes, Laurent David, Sophie Sacquin-Mora, Alexandre Albani, Marc Delarue, Vasiliki Myrodia, Eric Anthony, Mélissa Cardon, Hugo Schweke, Nicolas Sompairac, Stéphane Le Crom, Christine Froidevaux, Patrick F.J. Fuchs, Pierre Poulain, Violaine Verrecchia, Jeanne Laurentie, Nadège Guiglielmoni, Raphael Guerois, Martin Weigt, Maria Ruiz-Cuevas, Juliana S Bernardes, Samer Abboud, Rémi Montagne, Nathalie Lehmann, Vaitea Opuu, Chloé Quignot, Agnes Baud, Camille Lochard, Chloé Dequeker, Samia Djerroud, Romain Conte, Elodie Laine, Dariusz Czernecki, Olivier Lespinet, Mariam Sissoko, Agathe Delaune, Guillaume Bouvier, Arnaud Ferré, Audrey Vallerix, Robert Clerc, Hugues Richard, Alessandra Carbone, Elise Parey, Sylvain Privé, Pauline Fourgoux, Nika Abdollahi, Yann Ponty, Lélia Polit, Gaëlle Lelandais, Sorbonne Universités, Université Paris-Saclay, Dynamique structurale des Macromolécules / Structural Dynamics of Macromolecules, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assemblage moléculaire et intégrité du génome (AMIG), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau] (LIX), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Algorithms and Models for Integrative BIOlogy (AMIBIO), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire de biochimie théorique [Paris] (LBT (UPR_9080)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique structurale, Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques (DSIMB), Biologie Intégrée du Globule Rouge (BIGR (UMR_S_1134 / U1134)), Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Université des Antilles (UA)-Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Université des Antilles (UA), Institut de biologie physico-chimique (IBPC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles (UA)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Université de La Réunion (UR)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles (UA)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Université de La Réunion (UR)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genetic Networks [LCQB] (LCQB-GN), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse des Données à Haut Débit en Génomique (ADHDG), Evolution Paris Seine, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles (UA)-Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles (UA), Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Masters of Computer Science and of Molecular and Cellular Biology at Sorbonne Université / UPMC (Bioinformatics and Modeling specialty), Master of Analysis, Modeling and Engineering of Biological and Medical Information at Université Paris-Saclay, Groupement de Recherche BioInformatique Moléculaire, Société Française de BioInformatique, Ecole Doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants, Institut de Biologie Paris Seine, Institut Universitaire de France, Biochimie Structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau] ( LIX ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École polytechnique ( X ), Algorithms and Models for Integrative BIOlogy ( AMIBIO ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Laboratoire de biochimie théorique [Paris] ( LBT ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology ( LCQB ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Laboratoire de Recherche en Informatique ( LRI ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Biologie Paris Seine ( IBPS ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] ( MaIAGE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques ( DSIMB ), Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] ( INTS ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut de biologie physico-chimique ( IBPC ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), CentraleSupélec-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université de Paris (UP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laine, Elodie, and Lopes, Anne
Subjects: 0301 basic medicine, Research design, [SDV]Life Sciences [q-bio], Social Sciences, Cloud computing, Biochemistry, Computational biology, Database and Informatics Methods, Sociology, Jury, Nothing, ComputingMilieux_COMPUTERSANDEDUCATION, Macromolecular Structure Analysis, Biology (General), media_common, Schools, Ecology, 4. Education, Professions, Computational Theory and Mathematics, Research Design, Modeling and Simulation, Lectures, Engineering ethics, Computer and Information Sciences, Universities, QH301-705.5, Bioinformatics, media_common.quotation_subject, Research and Analysis Methods, Education, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Genetics, Humans, Students, Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, business.industry, Research, Biology and Life Sciences, Proteins, Teachers, Coopetition, Computing Methods, 030104 developmental biology, Protein structure prediction, People and Places, Protein structure, Population Groupings, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business
Abstract: This is a PLOS Computational Biology Education paper.; International audience; We present a new educational initiative, called Meet-U, that aims at training students to collaborativework in computational biology and at bridging the gap between education and research.Meet-U mimics the set up of collaborative research projects and takes advantage of the most populartools for collaborative work and of cloud computing. Students are grouped in teams of 4-5 peopleand have to realize a project from A to Z that answers a challenging question in Biology.Meet-U promotes "coopetition", as the students collaborate within and across the teams and are also incompetition with each other to develop the best final product.Meet-U fosters interactions between different actors of education and research through the organization of a meeting day, open to everyone, where the students present their work to a jury of researchers and jury members give researchseminars. This very unique combination of education and research is strongly motivating for thestudents and provides a formidable opportunity for a scientific community to unite and increase itsvisibility. We report on our experience with Meet-U in two French universities with master studentsin bioinformatics and modeling, with protein-protein docking as the subject of the course.Meet-U is easy to implement, virtually costs nothing and can be straightforwardly transferred to other fieldsand/or universities. All the information and data are available at http://www.meet-u.org.
Published: 2018

32. Connexin 43 Controls the Astrocyte Immunoregulatory Phenotype

Author: Boulay, Anne-Cécile, Gilbert, Alice, Oliveira Moreira, Vanessa, Blugeon, Corinne, Perrin, Sandrine, Pouch, Juliette, Le Crom, Stéphane, Ducos, Bertrand, Cohen-Salmon, Martine, Variabilité de réponse aux Psychotropes (VariaPsy - U1144), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique de l'IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse des Données à Haut Débit en Génomique (ADHDG), Evolution Paris Seine, Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Laboratoire de Physique Statistique de l'ENS (LPS), Fédération de recherche du Département de physique de l'Ecole Normale Supérieure - ENS Paris (FRDPENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: astrocyte, inflammation, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], sense organs, ribosomal-bound transcriptome, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], immunity, lcsh:Neurosciences. Biological psychiatry. Neuropsychiatry, Article, connexin 43, lcsh:RC321-571
Abstract: International audience; Astrocytes are the most abundant glial cells of the central nervous system and have recently been recognized as crucial in the regulation of brain immunity. In most neuropathological conditions, astrocytes are prone to a radical phenotypical change called reactivity, which plays a key role in astrocyte contribution to neuroinflammation. However, how astrocytes regulate brain immunity in healthy conditions is an understudied question. One of the astroglial molecule involved in these regulations might be Connexin 43 (Cx43), a gap junction protein highly enriched in astrocyte perivascular endfeet-terminated processes forming the glia limitans. Indeed, Cx43 deletion in astrocytes (Cx43KO) promotes a continuous immune recruitment and an autoimmune response against an astrocyte protein, without inducing any brain lesion. To investigate the molecular basis of this unique immune response, we characterized the polysomal transcriptome of hippocampal astrocytes deleted for Cx43. Our results demonstrate that, in the absence of Cx43, astrocytes adopt an atypical reactive status with no change in most canonical astrogliosis markers, but with an upregulation of molecules promoting immune recruitment, complement activation as well as anti-inflammatory processes. Intriguingly, while several of these upregulated transcriptional events suggested an activation of the γ-interferon pathway, no increase in this cytokine or activation of related signaling pathways were found in Cx43KO. Finally, deletion of astroglial Cx43 was associated with the upregulation of several angiogenic factors, consistent with an increase in microvascular density in Cx43KO brains. Collectively, these results strongly suggest that Cx43 controls immunoregulatory and angiogenic properties of astrocytes.
Published: 2018

33. Active intermixing of indirect and direct neurons builds the striatal mosaic

Author: Ludmilla Lokmane, Maryama Keita, Caroline Mailhes, Kenneth Campbell, Marco A. Diana, Paloma Marchan-Sala, Daniela Popa, Rudolf Grosschedl, Sonia Garel, Benjamin Mathieu, Ildiko Györy, Fabien Mendary, Fanny Coulpier, Andrea Tinterri, Sophie Lemoine, HAL-UPMC, Gestionnaire, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Neuroscience Paris Seine (NPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Cincinnati Children's Hospital Medical Center, Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, Boehringer Ingelheim, Ecole des Neurosciences de Paris Île de France (ENP), Ecole des Neurosciences de Paris, Neurosciences Paris Seine (NPS), Max Planck Institute of Immunobiology and Epigenetics (MPI-IE), Max-Planck-Gesellschaft, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Frieburg, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), and Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Functional features, Science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Mutant, Striatum, Biology, Indirect pathway of movement, medicine.disease_cause, Article, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Cell Movement, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], medicine, Animals, Compartment (development), [SDV.NEU] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], 10. No inequality, lcsh:Science, Transcription factor, 030304 developmental biology, Neurons, 0303 health sciences, Mutation, Cell Differentiation, Embryo, Mammalian, Mice, Inbred C57BL, Neostriatum, [SDV] Life Sciences [q-bio], Trans-Activators, Axon guidance, lcsh:Q, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Neuroscience, Gene Deletion, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: The striatum controls behaviors via the activity of direct and indirect pathway projection neurons (dSPN and iSPN) that are intermingled in all compartments. While such cellular mosaic ensures the balanced activity of the two pathways, its developmental origin and pattern remains largely unknown. Here, we show that both SPN populations are specified embryonically and intermix progressively through multidirectional iSPN migration. Using conditional mutant mice, we found that inactivation of the dSPN-specific transcription factor Ebf1 impairs selective dSPN properties, including axon pathfinding, while molecular and functional features of iSPN were preserved. Ebf1 mutation disrupted iSPN/dSPN intermixing, resulting in an uneven distribution. Such architectural defect was selective of the matrix compartment, highlighting that intermixing is a parallel process to compartment formation. Our study reveals while iSPN/dSPN specification is largely independent, their intermingling emerges from an active migration of iSPN, thereby providing a novel framework for the building of striatal architecture., Striatal projection neurons exist as two distinct classes and are anatomically mixed in the brain. Here, Tinterri and colleagues show the developmental mechanism of this cellular mosaicism that relies on an intrinsic transcription factor for cell type specification and intermixed cellular migration.
Published: 2018

34. Developmental and cancer-associated plasticity of DNA replication preferentially targets GC-poor, lowly expressed and late-replicating regions

Author: Benjamin Audit, Véronique Maguer-Satta, Frank-Emmanuel Nicolini, Yan Jaszczyszyn, Xia Wu, Françoise Argoul, Bastien Laperrousaz, Olivier Hyrien, Ruohong Xia, Malik Kahli, Cédric Fund, Alain Arneodo, Guénola Drillon, Hadi Kabalane, Frédéric Chibon, Nataliya Petryk, Aude Robert, Joëlle Wiels, Gaëlle Pérot, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique de l'ENS Lyon (Phys-ENS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Actions for OnCogenesis understanding and Target Identification in ONcology (ACTION), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Signalisation, noyaux et innovations en cancérologie (UMR8126), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux, Laboratoire Ondes et Matière d'Aquitaine (LOMA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER-UNICANCER-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UNICANCER, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER-UNICANCER, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Argoul, Françoise, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Genome instability, DNA Replication, Fusion Proteins, bcr-abl, Replication Origin, Genome Integrity, Repair and Replication, Biology, Genomic Instability, Cell Line, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Transcription (biology), Cell Line, Tumor, Leukemia, Myelogenous, Chronic, BCR-ABL Positive, hemic and lymphatic diseases, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genetics, Gene silencing, Humans, Gene, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Gene Expression Profiling, DNA replication, DNA Replication Fork, Cell biology, GC Rich Sequence, Gene expression profiling, 030104 developmental biology, Tumor progression, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], K562 Cells, Corrigendum, 030217 neurology & neurosurgery, HeLa Cells
Abstract: International audience; The spatiotemporal program of metazoan DNA repli-cation is regulated during development and altered in cancers. We have generated novel OK-seq, Repli-seq and RNA-seq data to compare the DNA replica-tion and gene expression programs of twelve cancer and non-cancer human cell types. Changes in replication fork directionality (RFD) determined by OK-seq are widespread but more frequent within GC-poor isochores and largely disconnected from transcription changes. Cancer cell RFD profiles cluster with non-cancer cells of similar developmental origin but not with different cancer types. Importantly, recurrent RFD changes are detected in specific tumour progression pathways. Using a model for establishment and early progression of chronic myeloid leukemia (CML), we identify 1027 replication initiation zones (IZs) that progressively change efficiency during long-term expression of the BCR-ABL1 onco-gene, being twice more often downregulated than upregulated. Prolonged expression of BCR-ABL1 results in targeting of new IZs and accentuation of previous efficiency changes. Targeted IZs are predominantly located in GC-poor, late replicating gene deserts and frequently silenced in late CML. Prolonged expression of BCR-ABL1 results in massive deletion of GC-poor, late replicating DNA sequences enriched in origin silencing events. We conclude that BCR-ABL1 expression progressively affects replica-tion and stability of GC-poor, late-replicating regions during CML progression.
Published: 2018

35. Microbiome Influences Prenatal and Adult Microglia in a Sex-Specific Manner

Author: Thion, Morgane Sonia, Low, Donovan, Silvin, Aymeric, Chen, Jinmiao, Grisel, Pauline, Schulte-Schrepping, Jonas, Blecher, Ronnie, Ulas, Thomas, Squarzoni, Paola, Hoeffel, Guillaume, Coulpier, Fanny, Siopi, Eleni, David, Friederike Sophie, Scholz, Claus, Shihui, Foo, Lum, Josephine, Amoyo, Arlaine Anne, Larbi, Anis, Poidinger, Michael, Buttgereit, Anne, Lledo, Pierre-Marie, Greter, Melanie, Chan, Jerry Kok Yen, Amit, Ido, Beyer, Marc, Schultze, Joachim Ludwig, Schlitzer, Andreas, Pettersson, Sven, Ginhoux, Florent, Garel, Sonia, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Singapore Immunology Network (SIgN), Biomedical Sciences Institute (BMSI), Immunité et cancer (U932), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Universität Bonn = University of Bonn, Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël], Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Perception et Mémoire / Perception and Memory, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), National Cancer Centre Singapore, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), KK Women's and Children's Hospital [Singapore], Karolinska Institute, This work was supported by grants from the LKC School of Medicine, SCELSE, MOE (Tier1 grant), NIMBLE grant NTU, NTU GUTME grant, Swedish Medical Council (VR to S.P.), the DFG (SFB704 to J.L.S., M.B., and T.U. and SCHL 2116/1-1 to A.S.), the Federal Ministry for Economic Affairs and Energy (BMWi Project FASTGENOMICS to J.L.S.), the European Union’s Horizon 2020 (733100-SYSCID to M.B., J.S.S., and J.L.S.), INSERM, CNRS, the ERC Consolidator (NImO 616080 to S.G.), and from the Merlion Program (to S.G and F.G.). M.B., A.S., and J.L.S. are members of the Excellence Cluster ImmunoSensation. F.G. and S.G. are EMBO YIP awardees., Lee Kong Chian School of Medicine (LKCMedicine), School of Biological Sciences, Agency for science, technology and research [Singapore] (A*STAR), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, National Cancer Centre Singapore (NCCS), German Research Center for Neurodegenerative Diseases - Deutsches Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen (DZNE), Nanyang Technological University [Singapour], Karolinska Institutet [Stockholm], European Project: 616080,EC:FP7:ERC,ERC-2013-CoG,NIMO(2014), DUMENIL, Anita, Neural and Immune Orchestrators of Forebrain Wiring - NIMO - - EC:FP7:ERC2014-09-01 - 2019-08-31 - 616080 - VALID, University of Bonn, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), THION, Morgane Sonia, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)
Subjects: Male, prenatal, [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, [SDV]Life Sciences [q-bio], microbiology [Prenatal Exposure Delayed Effects], microbiome, metabolism [Microglia], [SDV.IMM.II]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity, Article, antibiotics, neuroinflammation, Mice, Sex Factors, embryology [Brain], Antibiotics, Pregnancy, [SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, cytology [Microglia], sex, Animals, Germ-Free Life, Humans, ddc:610, [SDV.IMM.II] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Cells, Cultured, CXCR4, cytology [Brain], Macrophages, neurodevelopmental disorders, Microbiota, Brain, Cell Differentiation, Chromatin Assembly and Disassembly, Mice, Inbred C57BL, metabolism [Brain], germ-free, Prenatal Exposure Delayed Effects, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, embryogenesis, Female, Microglia, Transcriptome
Abstract: Summary Microglia are embryonically seeded macrophages that contribute to brain development, homeostasis, and pathologies. It is thus essential to decipher how microglial properties are temporally regulated by intrinsic and extrinsic factors, such as sexual identity and the microbiome. Here, we found that microglia undergo differentiation phases, discernable by transcriptomic signatures and chromatin accessibility landscapes, which can diverge in adult males and females. Remarkably, the absence of microbiome in germ-free mice had a time and sexually dimorphic impact both prenatally and postnatally: microglia were more profoundly perturbed in male embryos and female adults. Antibiotic treatment of adult mice triggered sexually biased microglial responses revealing both acute and long-term effects of microbiota depletion. Finally, human fetal microglia exhibited significant overlap with the murine transcriptomic signature. Our study shows that microglia respond to environmental challenges in a sex- and time-dependent manner from prenatal stages, with major implications for our understanding of microglial contributions to health and disease., Graphical Abstract, Highlights • Microglia undergo sequential phases of differentiation during development • The maternal microbiome influences microglial properties during prenatal stages • The absence of the microbiome has a sex- and time-specific impact on microglia • Microbiome depletions have acute and long-term effects on microglial properties, Microglia respond to environmental challenges, such as signals from the gut microbiome, in a sex- and time-dependent manner.
Published: 2018

36. The fitness cost of mis-splicing is the main determinant of alternative splicing patterns

Author: Alexandra Popa, Corinne Blugeon, Eric Meyer, Laurent Duret, Anamaria Necsulea, Baptiste Saudemont, Vincent Rocher, Joanna L. Parmley, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (BPGE), Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, and Gouy, Manolo
Subjects: Paramecium, lcsh:QH426-470, Gene Expression, Biology, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Transcriptome, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.BID.SPT] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Gene expression, [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], RNA Isoforms, Humans, splice, Random genetic drift, Gene, lcsh:QH301-705.5, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Genetics, Regulation of gene expression, 0303 health sciences, Selectionist/neutralist debate, Research, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Alternative splicing, Intron, Nonsense Mediated mRNA Decay, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, lcsh:Genetics, lcsh:Biology (General), RNA splicing, Genetic Fitness, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Background Most eukaryotic genes are subject to alternative splicing (AS), which may contribute to the production of protein variants or to the regulation of gene expression via nonsense-mediated messenger RNA (mRNA) decay (NMD). However, a fraction of splice variants might correspond to spurious transcripts and the question of the relative proportion of splicing errors to functional splice variants remains highly debated. Results We propose a test to quantify the fraction of AS events corresponding to errors. This test is based on the fact that the fitness cost of splicing errors increases with the number of introns in a gene and with expression level. We analyzed the transcriptome of the intron-rich eukaryote Paramecium tetraurelia. We show that in both normal and in NMD-deficient cells, AS rates strongly decrease with increasing expression level and with increasing number of introns. This relationship is observed for AS events that are detectable by NMD as well as for those that are not, which invalidates the hypothesis of a link with the regulation of gene expression. Our results show that in genes with a median expression level, 92–98% of observed splice variants correspond to errors. We observed the same patterns in human transcriptomes and we further show that AS rates correlate with the fitness cost of splicing errors. Conclusions These observations indicate that genes under weaker selective pressure accumulate more maladaptive substitutions and are more prone to splicing errors. Thus, to a large extent, patterns of gene expression variants simply reflect the balance between selection, mutation, and drift. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s13059-017-1344-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2017

37. Translation in astrocyte distal processes sets molecular heterogeneity at the gliovascular interface

Author: Alice Gilbert, Nicolas Adam, Noémie Mazaré, Fabrice Chrétien, Mathieu Bahin, Stéphanie Chasseigneaux, Martine Cohen-Salmon, Corinne Blugeon, Sandrine Perrin, Bruno Saubaméa, Jean-Louis Laplanche, Stéphane Le Crom, Xavier Declèves, Juliette Pouch, Anne-Cécile Boulay, Bertrand Ducos, Leïla Bastianelli, Auguste Genovesio, Decleves, Xavier, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL), Variabilité de réponse aux Psychotropes (VariaPsy - U1144), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris (UPD5 Pharmacie), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Plates-formes mutualisées du centre de recherche pharmaceutique de Paris (P-MIM - UMS 3612), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Histopathologie humaine et Modèles animaux, Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre Hospitalier Sainte Anne [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Laboratoire de Physique Statistique de l'ENS (LPS), Fédération de recherche du Département de physique de l'Ecole Normale Supérieure - ENS Paris (FRDPENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse des Données à Haut Débit en Génomique (ADHDG), Evolution Paris Seine, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), This work was supported by Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), the Labex MemoLife, and Fondation Gueules Cassées. The Ecole normale supérieure genomic platform was supported by the France Génomique national infrastructure, funded as part of the 'Investissements d'Avenir' program managed by the Agence Nationale de la Recherche (contract ANR-10-INBS-09)., ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Plateforme Génomique de l'IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Optimisation thérapeutique en Neuropsychopharmacologie (OPTeN (UMR_S_1144 / U1144)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Faculté de Pharmacie de Paris - Université Paris Descartes (UPD5 Pharmacie), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Bioinformatics, Biochemistry, Article, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, astrocyte, local translation, 0302 clinical medicine, translating ribosome immunoprecipitation, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genetics, Protein biosynthesis, medicine, Molecular Biology, mRNAs localization, Chemistry, Endoplasmic reticulum, Translation (biology), Cell Biology, Golgi apparatus, Translocon, endfeet, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Secretory protein, Membrane protein, symbols, gliovascular unit, 030217 neurology & neurosurgery, Astrocyte
Abstract: Astrocytes send out long processes that are terminated by endfeet at the vascular surface and regulate vascular functions as well as homeostasis at the vascular interface. To date, the astroglial mechanisms underlying these functions have been poorly addressed. Here we demonstrate that a subset of messenger RNAs is distributed in astrocyte endfeet. We identified, among this transcriptome, a pool of messenger RNAs bound to ribosomes, the endfeetome, that primarily encodes for secreted and membrane proteins. We detected nascent protein synthesis in astrocyte endfeet. Finally, we determined the presence of smooth and rough endoplasmic reticulum and the Golgi apparatus in astrocyte perivascular processes and endfeet, suggesting for local maturation of membrane and secreted proteins. These results demonstrate for the first time that protein synthesis occurs in astrocyte perivascular distal processes that may sustain their structural and functional polarization at the vascular interface.
Published: 2017

38. Physiological adjustments and transcriptome reprogramming are involved in the acclimation to salinity gradients in diatoms

Author: Bussard, Adrien, Corre, Erwan, Hubas, Cédric, Duvernois-Berthet, Evelyne, Le Corguillé, Gildas, JOURDREN, Laurent, Coulpier, Fanny, Claquin, Pascal, Lopez, Pascal Jean, Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Sorbonne Université (SU)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), MArine Phototrophic Prokaryotes (MAPP), Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M), Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique de l'IBENS, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (FR2424), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Biologie Marine de Concarneau, Direction générale déléguée à la Recherche, à l’Expertise, à la Valorisation et à l’Enseignement-Formation (DGD.REVE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)
Subjects: [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; Salinity regimes in estuaries and coastal areas vary with river discharge patterns, seawater evaporation, the morphology of the coastal waterways, and the dynamics of marine water mixing. Therefore, microalgae have to respond to salinity variations at time scales ranging from daily to annual cycles. Microalgae may also have to adapt to physical alterations that induce the loss of connectivity between habitats and the enclosure of bodies of water. Here, we integrated physiological assays and measurements of morphological plasticity with a functional genomics approach to examine the regulatory changes that occur during the acclimation to salinity in the estuarine diatom Thalassiosira weissflogii. We found that cells exposed to different salinity regimes for a short or long period presented adjustments in their carbon fractions, silicon pools, pigment concentrations and/or photosynthetic parameters. Salinity-induced alterations in frustule symmetry were observed only in the long-term cultures. Whole transcriptome analyses revealed a down-regulation of nuclear and plastid encoded genes during the long-term response and identified only a few regulated genes that were in common between the short- and long-term responses. We propose that in diatoms, one strategy for acclimating to salinity gradients and maintaining optimal cellular fitness could be a reduction in the cost of transcription.
Published: 2017

39. Aozan: an automated post-sequencing data-processing pipeline

Author: Sandrine Perrin, Stéphane Le Crom, Cyril Firmo, Sophie Lemoine, Laurent Jourdren, GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse des Données à Haut Débit en Génomique (ADHDG), Evolution Paris Seine, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique de l'IBENS, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université des Antilles (UA), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and sophie, lemoine
Subjects: Quality Control, 0301 basic medicine, Statistics and Probability, Source code, Java, Computer science, media_common.quotation_subject, Data management, computer.software_genre, Biochemistry, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Software, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Humans, Molecular Biology, License, computer.programming_language, media_common, business.industry, Sequence Analysis, DNA, Python (programming language), Computer Science Applications, Computational Mathematics, 030104 developmental biology, Computational Theory and Mathematics, chemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, Operating system, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], business, computer, DNA
Abstract: Motivation Data management and quality control of output from Illumina sequencers is a disk space- and time-consuming task. Thus, we developed Aozan to automatically handle data transfer, demultiplexing, conversion and quality control once a run has finished. This software greatly improves run data management and the monitoring of run statistics via automatic emails and HTML web reports. Availability and Implementation Aozan is implemented in Java and Python, supported on Linux systems, and distributed under the GPLv3 License at: http://www.outils.genomique.biologie.ens.fr/aozan/. Aozan source code is available on GitHub: https://github.com/GenomicParisCentre/aozan.
Published: 2017

40. Microglia states and nomenclature

Author: Rosa C. Paolicelli, Amanda Sierra, Beth Stevens, Marie-Eve Tremblay, Adriano Aguzzi, Bahareh Ajami, Ido Amit, Etienne Audinat, Ingo Bechmann, Mariko Bennett, Frederick Bennett, Alain Bessis, Knut Biber, Staci Bilbo, Mathew Blurton-Jones, Erik Boddeke, Dora Brites, Bert Brône, Guy C. Brown, Oleg Butovsky, Monica J. Carson, Bernardo Castellano, Marco Colonna, Sally A. Cowley, Colm Cunningham, Dimitrios Davalos, Philip L. De Jager, Bart de Strooper, Adam Denes, Bart J.L. Eggen, Ukpong Eyo, Elena Galea, Sonia Garel, Florent Ginhoux, Christopher K. Glass, Ozgun Gokce, Diego Gomez-Nicola, Berta González, Siamon Gordon, Manuel B. Graeber, Andrew D. Greenhalgh, Pierre Gressens, Melanie Greter, David H. Gutmann, Christian Haass, Michael T. Heneka, Frank L. Heppner, Soyon Hong, David A. Hume, Steffen Jung, Helmut Kettenmann, Jonathan Kipnis, Ryuta Koyama, Greg Lemke, Marina Lynch, Ania Majewska, Marzia Malcangio, Tarja Malm, Renzo Mancuso, Takahiro Masuda, Michela Matteoli, Barry W. McColl, Veronique E. Miron, Anna Victoria Molofsky, Michelle Monje, Eva Mracsko, Agnes Nadjar, Jonas J. Neher, Urte Neniskyte, Harald Neumann, Mami Noda, Bo Peng, Francesca Peri, V. Hugh Perry, Phillip G. Popovich, Clare Pridans, Josef Priller, Marco Prinz, Davide Ragozzino, Richard M. Ransohoff, Michael W. Salter, Anne Schaefer, Dorothy P. Schafer, Michal Schwartz, Mikael Simons, Cody J. Smith, Wolfgang J. Streit, Tuan Leng Tay, Li-Huei Tsai, Alexei Verkhratsky, Rommy von Bernhardi, Hiroaki Wake, Valérie Wittamer, Susanne A. Wolf, Long-Jun Wu, Tony Wyss-Coray, Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), University of the Basque Country/Euskal Herriko Unibertsitatea (UPV/EHU), Howard Hughes Medical Institute [Boston] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-Harvard Medical School [Boston] (HMS), Boston Children's Hospital, Harvard Medical School [Boston] (HMS), Centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval (CRCHUQ), CHU de Québec–Université Laval, Université Laval [Québec] (ULaval)-Université Laval [Québec] (ULaval), McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], University of Victoria [Canada] (UVIC), University of British Columbia [Vancouver], Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Oregon Health and Science University [Portland] (OHSU), Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël], Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP ), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AbbVie Deutschland GmbH & Co KG, Abbott GmbH & Co KG, Duke University [Durham], University of California [Irvine] (UC Irvine), University of California (UC), Universidade de Lisboa, This work was supported by grants from the Dementia Research Switzerland– Synapsis Foundation, Swiss National Science Foundation (SNSF 310030_197940), and European Research Council (ERC StGrant REMIND 804949) to R.C.P., the Spanish Ministry of Science and Innovation Competitiveness MCIN/AEI/ 10.13039/501100011033 and FEDER ‘‘A way to make Europe’’ (RTI2018099267-B-I00 and RYC-2013-12817), a Tatiana Foundation award (P-048FTPGB 2018), and a Basque Government Department of Education project (PIBA 2020_1_0030) to A.S., Cure Alzheimer’s Fund and Alzheimer’s Association to B.S., the Canadian Institutes of Health Research (foundation grant 341846, project grant 461831) and Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (discovery grant RGPIN-2014-05308) to M.E.T. M.E.T. is a Tier II Canada Research Chair in Neurobiology of Aging and Cognition. This work was also funded by DFG CRC/TRR167 ‘‘NeuroMac’’ to I.A., J.P., M.P., and S.J. and by DFG SFB 1052, Project 209933838 to I.B. Australian Research Council support for project DP150104472 to M.B.G. is gratefully acknowledged., European Project: DP150104472,ARC::Discovery Projects(2015), European Project: 7469381(1974), European Project: 7244968(1972), Brown, Guy [0000-0002-3610-1730], and Apollo - University of Cambridge Repository
Subjects: Neurology & Neurosurgery, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, General Neuroscience, Neurosciences, Psychology, Cognitive Sciences, ddc:610, Human medicine, Microglia
Abstract: International audience; Microglial research has advanced considerably in recent decades yet has been constrained by a rolling series of dichotomies such as "resting versus activated" and "M1 versus M2." This dualistic classification of good or bad microglia is inconsistent with the wide repertoire of microglial states and functions in development, plasticity, aging, and diseases that were elucidated in recent years. New designations continuously arising in an attempt to describe the different microglial states, notably defined using transcriptomics and proteomics, may easily lead to a misleading, although unintentional, coupling of categories and functions. To address these issues, we assembled a group of multidisciplinary experts to discuss our current understanding of microglial states as a dynamic concept and the importance of addressing microglial function. Here, we provide a conceptual framework and recommendations on the use of microglial nomenclature for researchers, reviewers, and editors, which will serve as the foundations for a future white paper.
Published: 2022

41. Open science resources from the Tara Pacific expedition across coral reef and surface ocean ecosystems

Author: Fabien Lombard, Guillaume Bourdin, Stéphane Pesant, Sylvain Agostini, Alberto Baudena, Emilie Boissin, Nicolas Cassar, Megan Clampitt, Pascal Conan, Ophélie Da Silva, Céline Dimier, Eric Douville, Amanda Elineau, Jonathan Fin, J. Michel Flores, Jean François Ghiglione, Benjamin C.C. Hume, Laetitia Jalabert, Seth G. John, Rachel L. Kelly, Ilan Koren, Yajuan Lin, Dominique Marie, Ryan McMinds, Zoé Mériguet, Nicolas Metzl, David A. Paz-García, Maria Luiza Pedrotti, Julie Poulain, Mireille Pujo-Pay, Joséphine Ras, Gilles Reverdin, Sarah Romac, Alice Rouan, Eric Röttinger, Assaf Vardi, Christian R. Voolstra, Clémentine Moulin, Guillaume Iwankow, Bernard Banaigs, Chris Bowler, Colomban de Vargas, Didier Forcioli, Paola Furla, Pierre E. Galand, Eric Gilson, Stéphanie Reynaud, Shinichi Sunagawa, Matthew B. Sullivan, Olivier Thomas, Romain Troublé, Rebecca Vega Thurber, Patrick Wincker, Didier Zoccola, Denis Allemand, Serge Planes, Emmanuel Boss, Gaby Gorsky, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans (GOSEE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Aix Marseille Université (AMU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université de Toulon (UTLN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay)-European Molecular Biology Laboratory (EMBL)-École Centrale de Nantes (Nantes Univ - ECN), Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Université australe du Chili, Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), University of Maine, European Molecular Biology Laboratory [Hinxton], Shimoda Marine Research Center, Université de Tsukuba = University of Tsukuba, Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement (CRIOBE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nicholas School of the Environment, Duke University [Durham], Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement (IRCAN), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut Fédératif de Recherche - Ressources Marines (IFR MARRES), Université Côte d'Azur (UCA), Laboratoire International Associé Réponse des Organismes et Populations face au Stress Environnemental - Université Côte d’Azur - Centre Scientifique de Monaco (LIA ROPSE), Université Côte d’Azur - Centre Scientifique de Monaco, Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), OSU Stations marines (STAMAR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] (LSCE), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Géochrononologie Traceurs Archéométrie (GEOTRAC), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cycles biogéochimiques marins : processus et perturbations (CYBIOM), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël], Universität Konstanz, Department of Earth Sciences [USC Los Angeles], University of Southern California (USC), Station biologique de Roscoff (SBR), Maison de la Modélisation, de la Simulation et des Interactions [Sophia-Antipolis] (MSI), Oregon State University (OSU), Centro de Investigaciones Biologicas del Noroeste [Mexico] (CONACYT-CIBNOR), Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología [Mexico] (CONACYT), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Processus et interactions de fine échelle océanique (PROTEO), Tara Ocean Foundation, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques (LECOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Centre Scientifique de Monaco (CSM), Ohio State University [Columbus] (OSU), Institute of Microbiology and Swiss Institute of Bioinformatics, Martin Ryan Institute, and National University of Ireland [Galway] (NUI Galway)
Subjects: [SDU]Sciences of the Universe [physics], Ecosystem ecology, Biodiversity
Abstract: The Tara Pacific expedition (2016-2018) sampled coral ecosystems around 32 islands in the Pacific Ocean and the ocean surface waters at 249 locations, resulting in the collection of nearly 58,000 samples. The expedition was designed to systematically study warm coral reefs and included the collection of corals, fish, plankton, and seawater samples for advanced biogeochemical, molecular, and imaging analysis. Here we provide a complete description of the sampling methodology, and we explain how to explore and access the different datasets generated by the expedition. Environmental context data were obtained from taxonomic registries, gazetteers, almanacs, climatologies, operational biogeochemical models, and satellite observations. The quality of the different environmental measures has been validated not only by various quality control steps but also through a global analysis allowing the comparison with known environmental large-scale structures. Such a wide released datasets opens the perspective to address a wide range of scientific questions.
Published: 2023

42. Epigenetic memory and cell fate reprogramming in plants

Author: Kenneth D. Birnbaum, François Roudier, Center for Genomics and Systems Biology, Department of Biology [New York], New York University [New York] (NYU), NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-New York University [New York] (NYU), NYU System (NYU)-NYU System (NYU), Reproduction et développement des plantes (RDP), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Développement et évolution des circuits neuronaux - Equipe de l'IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Union Seventh Framework Programme Network of Excellence EpiGeneSys HEALTH-F4-2010-257082, CNRS, Agence Nationale de la Recherche, National Institutes of Health R01 GM078279, École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Epigenetic regulation of neurogenesis, méthylation de l'adn, [SDV]Life Sciences [q-bio], regénération de plante, Review, Cell fate determination, Biology, 01 natural sciences, Chromatin remodeling, chromatin remodeling, 03 medical and health sciences, épigénétique, cellular reprogramming, Epigenetics, Genetics, DNA methylation, plants, Regeneration (biology), epigenetic memory, food and beverages, General Medicine, polycomb group complex, Chromatin, Cell biology, 030104 developmental biology, regeneration, plante, chromatin, Reprogramming, chromatine, 010606 plant biology & botany, expression des gènes
Abstract: Plants have a high intrinsic capacity to regenerate from adult tissues, with the ability to reprogram adult cell fates. In contrast, epigenetic mechanisms have the potential to stabilize cell identity and maintain tissue organization. The question is whether epigenetic memory creates a barrier to reprogramming that needs to be erased or circumvented in plant regeneration. Early evidence suggests that, while chromatin dynamics impact gene expression in the meristem, a lasting constraint on cell fate is not established until late stages of plant cell differentiation. It is not yet clear whether the plasticity of plant cells arises from the ability of cells to erase identity memory or to deploy cells that may exhibit cellular specialization but still lack an epigenetic restriction on cell fate alteration.
Published: 2016

43. Stochastic dynamics for adaptation and evolution of microorganisms

Author: Billiard, Sylvain, Collet, Pierre, Ferrière, Régis, Méléard, Sylvie, Tran, Viet Chi, Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 (Evo-Eco-Paléo), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Physique Théorique [Palaiseau] (CPHT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, Eco-évolution mathématique - IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Mathématiques Appliquées (CMAP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Paul Painlevé - UMR 8524 (LPP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Chair ``Modélisation Mathématique et Biodiversité' of Veolia Environnement-Ecole Polytechnique-Museum National d'Histoire Naturelle-Fondation X., ANR-11-LABX-0007,CEMPI,Centre Européen pour les Mathématiques, la Physique et leurs Interactions(2011), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 (Evo-Eco-Paléo (EEP)), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Ecology and Evolutionary Biology [University of Arizona], École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Laboratoire Paul Painlevé (LPP), and V. Mehrmann and M. Skutella eds.
Subjects: [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], 010102 general mathematics, Probability (math.PR), stochastic individual-based models, Populations and Evolution (q-bio.PE), interactions, 01 natural sciences, canonical equation, [MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], 010104 statistics & probability, bacterial conjugation, fixation probability, adaptive dynamics, large population approximation, trait substitution sequence, FOS: Biological sciences, FOS: Mathematics, horizontal gene transfer, Quantitative Biology::Populations and Evolution, 0101 mathematics, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Quantitative Biology - Populations and Evolution, 92D25, 92D15, 92D30, 60J80, 60K35, 60F99, Mathematics - Probability
Abstract: International audience; We present a model for the dynamics of a population of bacteria with a continuum of traits, who compete for resources and exchange horizontally (transfer) an otherwise vertically inherited trait with possible mutations. Competition influences individual demographics, affecting population size, which feeds back on the dynamics of transfer. We consider a stochastic individual-based pure jump process taking values in the space of point measures, and whose jump events describe the individual reproduction, transfer and death mechanisms. In a large population scale, the stochastic process is proved to converge to the solution of a nonlinear integro-differential equation. When there are only two different traits and no mutation, this equation reduces to a non-standard two-dimensional dynamical system. We show how crucial the forms of the transfer rates are for the long-term behavior of its solutions. We describe the dynamics of invasion and fixation when one of the two traits is initially rare, and compute the invasion probabilities. Then, we study the process under the assumption of rare mutations. We prove that the stochastic process at the mutation time scale converges to a jump process which describes the successive invasions of successful mutants. We show that the horizontal transfer can have a major impact on the distribution of the successive mutational fixations, leading to dramatically different behaviors, from expected evolution scenarios to evolutionary suicide. Simulations are given to illustrate these phenomena.
Published: 2016
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44. ChIPseq in Yeast Species: From Chromatin Immunoprecipitation to High-Throughput Sequencing and Bioinformatics Data Analyses

Author: Gaëlle, Lelandais, Corinne, Blugeon, Jawad, Merhej, Institut Jacques Monod ( IJM ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plateforme Génomique de l'IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) ( IBENS ), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology ( LCQB ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), and Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Binding Sites, High-throughput sequencing, Bioinformatics, Computational Biology, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Saccharomyces cerevisiae, Chromatin immunoprecipitation, DNA-Binding Proteins, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Yeasts, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [ SDV.BBM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, DNA binding site s of proteins, Transcription Factors
Abstract: International audience; Chromatin immunoprecipitation (ChIP) followed by high-throughput sequencing (ChIPseq) is a powerful technique for the genome-wide location of protein DNA-binding sites. The ChIP experiment consists in treating living cells with a cross-linking agent to bind proteins to their DNA substrates. After fragmentation of DNA, specific fractions associated with a particular protein of interest are purified by immunoaffinity. They are next sequenced and identified on the reference genome using dedicated bioinformatics programs. Several technical aspects are important to obtain high-quality ChIPseq results. This includes the quality of antibodies, the sequencing protocols, the use of accurate controls and the careful choice of bioinformatics tools. We present here a general protocol to perform ChIPseq analyses in yeast species. This protocol has been optimized to identify target genes of specific transcription factors but can be used for any other DNA binding proteins.
Published: 2016

45. A Network of Paralogous Stress Response Transcription Factors in the Human Pathogen Candida glabrata

Author: Mohammed El Amine Ali Chaouche, Jean-Michel Camadro, Corinne Blugeon, Antonin Thiébaut, Jawad Merhej, Stéphane Le Crom, Gaëlle Lelandais, Juliette Pouch, Frédéric Devaux, Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse des Données à Haut Débit en Génomique (ADHDG), Evolution Paris Seine, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), HAL UPMC, Gestionnaire, Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Génomique de l'IBENS, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Yap proteins, 030106 microbiology, lcsh:QR1-502, yeast, Microbiology, lcsh:Microbiology, Transcriptome, 03 medical and health sciences, regulatory networks, evolution, transciptome, Gene, Transcription factor, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Original Research, 2. Zero hunger, YAP1, Genetics, Candida glabrata, biology, biology.organism_classification, [SDV.MP.MYC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, DNA binding site, ChIP-seq, Regulon, Yap, Chromatin immunoprecipitation, transcriptome
Abstract: International audience; The yeast Candida glabrata has become the second cause of systemic candidemia in humans. However, relatively few genome-wide studies have been conducted in this organism and our knowledge of its transcriptional regulatory network is quite limited. In the present work, we combined genome-wide chromatin immunoprecipitation (ChIP-seq), transcriptome analyses, and DNA binding motif predictions to describe the regulatory interactions of the seven Yap (Yeast AP1) transcription factors of C. glabrata. We described a transcriptional network containing 255 regulatory interactions and 309 potential target genes. We predicted with high confidence the preferred DNA binding sites for 5 of the 7 CgYaps and showed a strong conservation of the Yap DNA binding properties between S. cerevisiae and C. glabrata. We provided reliable functional annotation for 3 of the 7 Yaps and identified for Yap1 and Yap5 a core regulon which is conserved in S. cerevisiae, C. glabrata, and C. albicans. We uncovered new roles for CgYap7 in the regulation of iron-sulfur cluster biogenesis, for CgYap1 in the regulation of heme biosynthesis and for CgYap5 in the repression of GRX4 in response to iron starvation. These transcription factors define an interconnected transcriptional network at the crossroads between redox homeostasis, oxygen consumption, and iron metabolism.
Published: 2016

46. How much does the amphioxus genome represent the ancestor of chordates?

Author: Hugues Roest Crollius, Alexandra Louis, Marc Robinson-Rechavi, DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS (DYOGEN), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Lausanne (UNIL), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), and Louis, Alexandra
Subjects: Most recent common ancestor, animal structures, evolutionary rates, [SDV]Life Sciences [q-bio], 2R hypothesis, Chordate, Biochemistry, Genome, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Genes, Duplicate, Genetics, Animals, Chordata, Molecular Biology, Gene, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Conserved Sequence, Phylogeny, 030304 developmental biology, Synteny, Cephalochordate, 0303 health sciences, biology, Special Issue Papers, synteny, gene duplication, General Medicine, gene loss, biology.organism_classification, deuterostomes, orthology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Oikopleura, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: One of the main motivations to study amphioxus is its potential for understanding the last common ancestor of chordates, which notably gave rise to the vertebrates. An important feature in this respect is the slow evolutionary rate that seems to have characterized the cephalochordate lineage, making amphioxus an interesting proxy for the chordate ancestor, as well as a key lineage to include in comparative studies. Whereas slow evolution was first noticed at the phenotypic level, it has also been described at the genomic level. Here, we examine whether the amphioxus genome is indeed a good proxy for the genome of the chordate ancestor, with a focus on protein-coding genes. We investigate genome features, such as synteny, gene duplication and gene loss, and contrast the amphioxus genome with those of other deuterostomes that are used in comparative studies, such as Ciona, Oikopleura and urchin.
Published: 2012

47. Diatom phytochromes integrate the entire visible light spectra for photosensing in marine environments

Author: Carole Duchêne, Jean-Pierre Bouly, Juan José Pierella Karlusich, Julien Sellés, Benjamin Bailleul, Chris Bowler, Maurizio Ribera d’Alcalà, Angela Falciatore, Marianne Jaubert, Biologie du chloroplaste et perception de la lumière chez les micro-algues, Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stazione Zoologica Anton Dohrn (SZN), GBMF4981.01KR1661/20-1MITI interdisciplinary programFondation Bettencourt-Schueller (Coups d’élan pour la recherche francaise-2018), ANR-11-LABX-0011,DYNAMO,Dynamique des membranes transductrices d'énergie : biogénèse et organisation supramoléculaire.(2011), ANR-20-CE20-0024,CLIMA-CLOCK,Photopériodisme chez des microalgues ubiquistes modèles du phytoplancton marin : mécanismes moléculaires et sensibilité à l'augmentation de la température de l'océan(2020), ANR-11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-19-CE20-0020,BrownCut,Elucidation des gènes spécifiques de la photosynthèse chez les diatomées(2019), ANR-21-CE02-0021,Dim,Croissance des micro-algues à très faibles lumières sous la banquise arctique à la sortie de la nuit polaire, et rôle dans l'inoculation du bloom printanier(2021), Jaubert, Marianne, Dynamique des membranes transductrices d'énergie : biogénèse et organisation supramoléculaire. - - DYNAMO2011 - ANR-11-LABX-0011 - LABX - VALID, Photopériodisme chez des microalgues ubiquistes modèles du phytoplancton marin : mécanismes moléculaires et sensibilité à l'augmentation de la température de l'océan - - CLIMA-CLOCK2020 - ANR-20-CE20-0024 - AAPG2020 - VALID, Biotech - Bioressources - Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques - - OCEANOMICS2011 - ANR-11-BTBR-0008 - BTBR - VALID, Elucidation des gènes spécifiques de la photosynthèse chez les diatomées - - BrownCut2019 - ANR-19-CE20-0020 - AAPG2019 - VALID, and Croissance des micro-algues à très faibles lumières sous la banquise arctique à la sortie de la nuit polaire, et rôle dans l'inoculation du bloom printanier - - Dim2021 - ANR-21-CE02-0021 - AAPG2021 - VALID
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Aquatic life is strongly structured by light gradients, with gradual decrease in light intensity and differential attenuation of sunlight wavelengths with depth. How phytoplankton perceive these variations is unknown. By providing the firstin vivoquantitative assessment of the action of marine diatom phytochrome photoreceptors (DPH), we show that they efficiently trigger photoreversible responses across the entire light spectrum, unlike current models of phytochrome photosensing. The distribution and activity of DPHs in the environment indicate that they are extremely sensitive detectors of spectral light variations related to depth and optical properties of the water column in temperate and polar oceans, revealing a completely novel view of how light is perceived in the marine environment.
Published: 2023

48. The effect of competition and horizontal trait inheritance on invasion, fixation and polymorphism

Author: Pierre Collet, Régis Ferrière, Sylvain Billiard, Viet Chi Tran, Sylvie Méléard, Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 (Evo-Eco-Paléo), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Physique Théorique [Palaiseau] (CPHT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, Eco-évolution mathématique - IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Mathématiques Appliquées (CMAP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Paul Painlevé - UMR 8524 (LPP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Chair 'Modélisation Mathématique et Biodiversité' of Veolia Environnement-Ecole Polytechnique-Museum National d'Histoire Naturelle-Fondation X, Pépinière Interdisciplinaire CNRS-PSL 'Eco-Evo-Devo', Partner University Fund, ANR-09-BLAN-0215,MANEGE,Modèles Aléatoires eN Ecologie, Génétique et Evolution(2009), ANR-11-LABX-0007,CEMPI,Centre Européen pour les Mathématiques, la Physique et leurs Interactions(2011), Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 (Evo-Eco-Paléo (EEP)), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Ecology and Evolutionary Biology [University of Arizona], Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Paul Painlevé (LPP), and Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS)
Subjects: 0301 basic medicine, Time Factors, Population Dynamics, fixation probability, 92D25, 92D10, 60J80, 60J75, 60F05, education.field_of_study, Applied Mathematics, Population size, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], mobile genetic elements, General Medicine, Adaptation, Physiological, Fixation (population genetics), Phenotype, Modeling and Simulation, Horizontal gene transfer, Trait, horizontal gene transfer, General Agricultural and Biological Sciences, Algorithms, Mathematics - Probability, Statistics and Probability, Competitive Behavior, Demographics, Gene Transfer, Horizontal, Population, [MATH.MATH-DS]Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], Biology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, plasmid, FOS: Mathematics, Animals, education, Quantitative Biology - Populations and Evolution, Evolutionary theory, Ecosystem, Probability, Population Density, Stochastic Processes, Polymorphism, Genetic, General Immunology and Microbiology, Models, Genetic, Probability (math.PR), Populations and Evolution (q-bio.PE), [MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], bacterial conjugation, 030104 developmental biology, Genetics, Population, Evolutionary biology, FOS: Biological sciences, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, stochastic individual-based models and their limits, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: Horizontal transfer (HT) of heritable information or `traits' (carried by genetic elements, endosymbionts, or culture) is widespread among living organisms. Yet current ecological and evolutionary theory addressing HT is limited. We present a modeling framework for the dynamics of two populations that compete for resources and exchange horizontally (transfer) an otherwise vertically inherited trait. Competition influences individual demographics, affecting population size, which feeds back on the dynamics of transfer. We capture this feedback with a stochastic individual-based model, from which we derive a deterministic approximation for large populations. The interaction between horizontal transfer and competition makes possible the stable (or bi-stable) polymorphic maintenance of deleterious traits (including costly plasmids). When transfer rates are of a general density-dependent form, transfer stochasticity contributes strongly to population fluctuations. For an initially rare trait, we describe the probabilistic dynamics of invasion and fixation. Acceleration of fixation by HT is faster when competition is weak in the resident population. Thus, HT can have a major impact on the distribution of mutational effects that are fixed, and our model provides a basis for a general theory of the influence of HT on eco-evolutionary dynamics and adaptation., 1 Electronic Supplementary Material
Published: 2015

49. Stochastic dynamics of adaptive trait and neutral marker driven by eco-evolutionary feedbacks

Author: Sylvain Billiard, Sylvie Méléard, Régis Ferrière, Viet Chi Tran, Génétique et évolution des populations végétales (GEPV), Université de Lille, Sciences et Technologies-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, Eco-évolution mathématique - IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Paul Painlevé - UMR 8524 (LPP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, National Science Foundation Award EF-062363, Institut Universitaire de France, Chair 'Modélisation Mathématique et Biodiversité' of Veolia Environnement-Ecole Polytechnique-Museum National d'Histoire Naturelle-Fondation X, ANR MANEGE ANR-09-BLAN-0215, Labex CEMPI ANR-11-LABX-0007-01, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Ecology and Evolutionary Biology [University of Arizona], École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Laboratoire Paul Painlevé (LPP), and Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Population Dynamics, Adaptation, Biological, 01 natural sciences, 010104 statistics & probability, selective sweeps, Econometrics, Feedback, Physiological, 0303 health sciences, education.field_of_study, Applied Mathematics, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], hitchhiking, Biodiversity, 92D25, 60J80, 92D15, 60J75, Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous), Substitution Fleming-Viot Process, limit theorems for multi-scale processes, Modeling and Simulation, Mutation (genetic algorithm), Trait, Mathematics - Probability, Genetic Markers, Population, neutral diversity, Biology, Evolution, Molecular, measure-valued individual-based model, 03 medical and health sciences, FOS: Mathematics, Computer Simulation, Selection, Genetic, 0101 mathematics, Quantitative Biology - Populations and Evolution, education, Ecosystem, Selection (genetic algorithm), 030304 developmental biology, Stochastic Processes, Models, Genetic, Probability (math.PR), Populations and Evolution (q-bio.PE), Mathematical Concepts, [MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], Genetic hitchhiking, Genetics, Population, Mutation-selection, adaptive dynamics, FOS: Biological sciences, Mutation, Adaptation, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Selective sweep, Neutral theory of molecular evolution
Abstract: How the neutral diversity is affected by selection and adaptation is investigated in an eco-evolutionary framework. In our model, we study a finite population in continuous time, where each individual is characterized by a trait under selection and a completely linked neutral marker. Population dynamics are driven by births and deaths, mutations at birth, and competition between individuals. Trait values influence ecological processes (demographic events, competition), and competition generates selection on trait variation, thus closing the eco-evolutionary feedback loop. The demographic effects of the trait are also expected to influence the generation and maintenance of neutral variation. We consider a large population limit with rare mutation, under the assumption that the neutral marker mutates faster than the trait under selection. We prove the convergence of the stochastic individual-based process to a new measure-valued diffusive process with jumps that we call Substitution Fleming-Viot Process (SFVP). When restricted to the trait space this process is the Trait Substitution Sequence first introduced by Metz et al. (1996). During the invasion of a favorable mutation, a genetical bottleneck occurs and the marker associated with this favorable mutant is hitchhiked. By rigorously analysing the hitchhiking effect and how the neutral diversity is restored afterwards, we obtain the condition for a time-scale separation; under this condition, we show that the marker distribution is approximated by a Fleming-Viot distribution between two trait substitutions. We discuss the implications of the SFVP for our understanding of the dynamics of neutral variation under eco-evolutionary feedbacks and illustrate the main phenomena with simulations. Our results highlight the joint importance of mutations, ecological parameters, and trait values in the restoration of neutral diversity after a selective sweep., 29 pages
Published: 2015

50. Lagrangian Approach to Phytoplankton Mesoscale Biogeography in the Kerguelen Region

Author: Alice Della Penna, Simon Wotherspoon, Trull, Thomas W., Silvia de Monte, Craig Johnson, Francesco d'Ovidio, Institute for Marine and Antarctic Studies [Hobart] (IMAS), University of Tasmania [Hobart, Australia] (UTAS), Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] (CSIRO), Eco-évolution mathématique - IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Processus de couplage à Petite Echelle, Ecosystèmes et Prédateurs Supérieurs (PEPS), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bourgine P., Collet P., Parrend P., Institute for Marine and Antarctic Studies [Horbat] (IMAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), and Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS)
Subjects: [PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph]
Abstract: International audience; One of the purposes of biogeography is to identify areas within which a characteristic ecosystem is expected to occur. In the case of phytoplanktonic communities this knowledge is key to separate regions characterized by different biogeochemical processes, design efficient sampling strategies and recognize ecological hotspots. Meso- and submesoscale (1–100 km, few days to months) high variability interacts with typical bloom spatial and temporal scales and makes investigating phytoplankton biogeography challenging especially in remote regions like the Southern Ocean, where in-situ observations are extremely sparse. In this study we use a Lagrangian approach to interpret the mesoscale biogeography of diatom dominance of iron-enriched Kerguelen bloom. We define a “threshold” model relating diatom dominance with Lagrangian properties of water parcels. We find out that, in spite of the simplicity of this approach, the threshold model can reproduce the plume of diatom dominance that can be observed using the ocean color re-analysis PHYSAT.
Published: 2015

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