1. Global DNA hypermethylation pattern and unique gene expression signature in liver cancer from patients with Indigenous American ancestry
- Author
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Cerapio, Juan Pablo, Marchio, Agnès, Cano, Luis, López, Ignacio, Fournié, Jean-Jacques, Régnault, Béatrice, Casavilca-Zambrano, Sandro, Ruiz, Eloy, Dejean, Anne, Bertani, Stéphane, Pineau, Pascal, Organisation Nucléaire et Oncogenèse / Nuclear Organization and Oncogenesis, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sorbonne Université (SU), Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génotypage des Eucaryotes (Plate-Forme), Institut Pasteur [Paris] (IP), Instituto Nacional de Enfermedades Neoplasicas [Lima, Pérou] (INEN), Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Alliance pour les sciences de la vie et de la santé (Aviesan)., European Project: 823935,H2020-MSCA-RISE-2018,COCLICAN(2018), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'Innovation et Recherche Technologique / Center for Innovation and Technological Research, Institut Pasteur [Paris], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Bertani, Stéphane, Collaborative Consortium for the early detection of Liver Cancer - COCLICAN - - H2020-MSCA-RISE-20182018-11-01 - 2022-10-31 - 823935 - VALID, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)
- Subjects
DNA methylation ,MESH: Cancer ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,[SHS.ANTHRO-BIO]Humanities and Social Sciences/Biological anthropology ,indigenous people ,[SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer ,[SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology ,[SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology ,[SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology ,[SDV.MHEP.HEG] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology ,digestive system diseases ,[SHS.ANTHRO-BIO] Humanities and Social Sciences/Biological anthropology ,MESH: Comparative Genomics ,liver cancer ,integrative genomics ,[SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer ,[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] ,[SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] ,hepatitis B virus ,Research Paper - Abstract
International audience; Hepatocellular carcinoma (HCC) usually afflicts individuals in their maturity after a protracted liver disease. Contrasting with this pattern, the age structure of HCC in Andean people displays a bimodal distribution with half of the patients developing HCC in adolescence and early adulthood. To deepen our understanding of the molecular determinants of the disease in this population, we conducted an integrative analysis of gene expression and DNA methylation in HCC developed by 74 Peruvian patients, including 39 adolescents and young adults. While genome-wide hypomethylation is considered as a paradigm in human HCCs, our analysis revealed that Peruvian tumors are associated with a global DNA hypermethylation. Moreover, pathway enrichment analysis of transcriptome data characterized an original combination of signatures. Peruvian HCC forgoes canonical activations of IGF2, Notch, Ras/MAPK, and TGF-β signals to depend instead on Hippo/YAP1, MYC, and Wnt/β-catenin pathways. These signatures delineate a homogeneous subtype of liver tumors at the interface of the proliferative and non-proliferative classes of HCCs. Remarkably, the development of this HCC subtype occurs in patients with one of the four Native American mitochondrial haplogroups A-D. Finally, integrative characterization revealed that Peruvian HCC is apparently controlled by the PRC2 complex that mediates cell reprogramming with massive DNA methylation modulating gene expression and pinpointed retinoid signaling as a potential target for epigenetic therapy.
- Published
- 2021