Search

Many cancer drugs only benefit a subset of the patients that receive them. Because these drugs are often associated with serious side effects, it is very important to be able to predict who will benefit and who will not. This thesis presents several algorithms that can build models that can predict whether a patient will benefit more from a drug of interest than an alternative treatment. We show these algorithms can be used for various types of cancer and different datatypes

Robustly predicting outcome for cancer patients from gene expression is an important challenge on the road to better personalized treatment. Network-based outcome predictors (NOPs), which considers the cellular wiring diagram in the classification, hold much promise to improve performance, stability and interpretability of identified marker genes. Problematically, reports on the efficacy of NOPs are conflicting and for instance suggest that utilizing random networks performs on par to networks that describe biologically relevant interactions. In this paper we turn the prediction problem around: instead of using a given biological network in the NOP, we aim to identify the network of genes that truly improves outcome prediction. To this end, we propose SyNet, a gene network constructed ab initio from synergistic gene pairs derived from survival-labelled gene expression data. To obtain SyNet, we evaluate synergy for all 69 million pairwise combinations of genes resulting in a network that is specific to the dataset and phenotype under study and can be used to in a NOP model. We evaluated SyNet and 11 other networks on a compendium dataset of >4000 survival-labelled breast cancer samples. For this purpose, we used cross-study validation which more closely emulates real world application of these outcome predictors. We find that SyNet is the only network that truly improves performance, stability and interpretability in several existing NOPs. We show that SyNet overlaps significantly with existing gene networks, and can be confidently predicted (~85% AUC) from graph-topological descriptions of these networks, in particular the breast tissue-specific network. Due to its data-driven nature, SyNet is not biased to well-studied genes and thus facilitates post-hoc interpretation. We find that SyNet is highly enriched for known breast cancer genes and genes related to e.g. histological grade and tamoxifen resistance, suggestive of a role in determining breast cancer out, Pattern Recognition and Bioinformatics

Many cancer treatments are associated with serious side effects, while they often only benefit a subset of the patients. Therefore, there is an urgent clinical need for tools that can aid in selecting the right treatment at diagnosis. Here we introduce simulated treatment learning (STL), which enables prediction of a patient’s treatment benefit. STL uses the idea that patients who received different treatments, but have similar genetic tumor profiles, can be used to model their response to the alternative treatment. We apply STL to two multiple myeloma gene expression datasets, containing different treatments (bortezomib and lenalidomide). We find that S

In Nederland beginnen zo rond begin september de jongdierenkeuringen. Dan willen de hobbyfokkers jonge dieren hebben die al goed zijn uitgegroeid. Daarvoor moet je eind december, begin januari al kuikens hebben, vooral bij zware rassen. De meeste hoenderrassen leggen echter in de winter geen of weinig eieren en als ze leggen, zijn de eieren vaak niet bevrucht. Daar kan de fokker met bijlichten wel wat aan doen.

Nijlganzen worden steeds vaker in het wild gezien in Nederland, alhoewel deze van oorsprong niet hier voor voorkomt. De dieren hebben de neiging om agressief te zijn en daar moet men rekening bij houden bij het houden van de dieren. Desalniettemin zijn het goede ganzen om te houden.

Aan het begin van de 20ste eeuw werd in de Verenigde Staten een nieuw ras gecreëerd met behulp van de Rhode Island Reds. De New Hampshire (in de volksmond vaak 'Hamps' genoemd) werd vernoemd naar de staat waar ze werden gecreëerd. Doel van deze creatie was een ras te fokken dat vroegrijp was, mooie bruine eieren legde een goede bout leverde, snel bevederd raakte en goed bestand was tegen de weersomstandigheden in New Hampshire. Kortom een echt universeel ras. Rond 1935 werd het in de VS als zelfstandig ras erkend.

De tentoonstelingsfokkers hebben meer aandacht voor, en stellen hogere prijs op, de fysieke eigenschappen (de lichamelijke gesteldheid) van hun konijnen, dan op de psychische eigenschappen (de geestelijke- of zielsgesteldheid).Toch zijn er onder de topfokkers ook vele echte dierenvrienden te vinden. Ook al stellen ook zij het op prijs om mooie rasdieren te fokken, toch is voor hen een mooi raskonijn nog iets meer dan een paar kilo levend vlees van een bepaald type, kleur, enz. Hoe beter men de dieren leert kennen, hoe beter de verzorging kan zijn en daar is ook de tentoonstellingsfokker mee gebaat.

In 2009 is de kleurslag zilver (zwart) dubbelgezoomd bij de Barnevelder krielen erkend. De kleurslag is een geheel nieuwe kleur, die in geen enkel ander Europees land erkend was. Toch is er sprake van een 'hercreatie', want na lang zoeken duiken er duidelijke verwijzingen op in oude teksten over een eerder bestaan van zilveren Barnevelders.

Aandacht voor allerlei aspecten (aanschaf, fokkerij, opfok en selectie, shows, na de shows) van het houden van kleindieren

In het najaar begint het tentoonstellingsseizoen weer. De eerste resultaten vallen echter nog wel eens tegen. Dit heeft veelal niet met de uiterlijke kenmerken van de dieren te maken, maar met het in goede conditie brengen van de hoenders

Zoektocht, naar de achtergrond van het van oorsprong Aziatische krielras Nanking. Een ras dat qua type en bouw dicht bij de Sebright, Java en Hollandse kriel zit

Wanneer de foktomen weer zijn samengesteld kan de fokker beginnen met het rapen van eieren. Een broedse hen of de broedmachine kan aan het werk. Toch werpt het broeden bij veel fokkers vragen op, zeker wanneer er sprake is van het broeden in een broedmachine. In dit artikel daarom wat meer informatie over het bewaren van eieren, het broeden, de broedse hen, de broedmachine en het opfokken

In dit artikel wil de auteur wat tips geven over goed verzendmateriaal, of te wel de kisten waar de dieren in vervoerd worden naar keuringen en shows. Een goede verzendkist heeft de juiste maten, heeft geen uitstekende scherpe punten en biedt voldoende ventilatie aan het dier

Bij de Slobeend is het meest opvallendste kenmerk de kolossale snavel. Hij kreeg bijnamen zoals lepelbek, breedbek, slob en slobbereend. Een geïllustreerde beschrijving

Tijdens de VN-conferentie over duurzame ontwikkeling in Johannesburg riepen de wereldleiders op tot een nieuwe vorm van hulp. Samenwerking door zogeheten partnerships is een betere manier om succesvolle projecten op te zetten, betogen de leiders. Deskundigheid moet ter plekke worden opgebouwd. De Friese Wateralliantie, met vertegenwoordigers van de lokale overheden in Fryslân, kennisinstellingen en bedrijven, vormt een goed voorbeeld van de manier waarop de wereldleiders zich die samenwerking voorstellen. Een partnerschap dat met partners in Zuid-Afrika waterproblemen en waterbehoeften in kaart brengt en gezamenlijk aan een oplossing werkt