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Zingiber officinale Roscoe, popularmente conhecido como gengibre, é cultivado no Brasil por agricultores familiares e por mantenedores de quintais, além de ser utilizado na culinária e como medicamento tradicional. Considerando a importância da espécie, este estudo teve por objetivo caracterizar, utilizando marcadores fenotípicos (quantitativos e qualitativos) e moleculares, genótipos de Zingiber officinale cultivados em quatro municípios do estado de Mato Grosso e, assim, identificar a diversidade genética existente entre os mesmos. Foram caracterizados 30 genótipos a partir de 21 descritores fenotípicos (sete quantitativos e 14 qualitativos) e oito primers SSR. Dentre os descritores quantitativos, a produtividade do rizoma contribuiu em 97% para a diversidade entre os genótipos, apresentando uma correlação fraca (r = 0,4) com a altura da planta e moderada (r = 0,54) com o número de perfilhos por planta. Dos 14 descritores qualitativos, apenas oito apresentaram polimorfismo, sendo as cores da folha e da polpa do rizoma as características de maior variabilidade. Os primers SSR utilizados foram altamente informativos e apontaram heterozigosidade observada (Ho) menor que a esperada (He). As análises dos dados fenotípicos e moleculares apresentaram diferenças na formação dos grupos genéticos, sendo observada correlação, embora muito fraca (r ≅ 0,05), entre os dados quantitativos e moleculares. A análise conjunta apresentou uma correlação moderada (0,70 > r > 0,50) com as análises fenotípicas (quantitativa e qualitativa) e molecular. A partir da caracterização fenotípica e molecular, isolada e conjunta, foi possível identificar que existe diversidade genética entre os 30 genótipos de Zingiber officinale avaliados, indicando um processo de diferenciação entre as populações e apontando, portanto, a importância da conservação desse material para programas de conservação e melhoramento genético da espécie.