Search

Background: Thyroid cancer is the most common malignancy of endocrine system. Genome Wide Association Studies (GWAS) revealed a number of common variants associated with thyroid cancer risk. In this study, we aimed to investigate the association of these known variants with thyroid cancer risk in a Turkish population living in Trakya region. Methods: The study included 97 cases of differentiated thyroid cancer and 379 healthy controls. Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) method was used for the genotyping of rs965513, rs944289, rs966423 rs2439302 polymorphisms. Results: There was no statistically significant difference between patients and controls in terms of SNP genotype and allele frequencies. The distribution of cumulative genetic risk scores between patients and controls was also not significantly different. In the multiple logistic regression analysis (MLR), it was observed that the relationship of rs2439302 polymorphism GG genotype with thyroid cancer risk has a trend to be significant ((p = 0.067, 95%CI: 2.947 (0.928-9.357)). Conclusion: We suggest that the confirmation of the association of common variants with thyroid cancer in different populations will contribute to make a consensus on global risk alleles. The marginal significance of the association of rs2439302 with thyroid carcinoma risk shown in our study supports the need for functional studies on the role of this polymorphism in thyroid carcinoma. Trakya University Scientific Research Projects UnitTrakya University [TuBAP 2016/132] This study has been financially supported by the Trakya University Scientific Research Projects Unit (TuBAP 2016/132) .

Background: Lung cancer is one of the most lethal cancers. It is mainly classified into 2 groups: non-small cell lung can-cer (NSCLC) and small cell lung cancer (SCLC). Extrapul-monary small cell carcinomas (EPSCC) are very rare. The Ras oncogene controls most of the cellular functions in the cell. Overall, 21.6% of human cancers contain a Kirsten Ras (KRAS) mutation. SCLC and EPSCC have several similar features but their clinical course is different.Aims: We investigated the KRAS mutation status in SCLC and EPSCC.Study design: Mutation research.Methods: Thirty-seven SCLC and 15 EPSCC patients were included in the study. The pathological diagnoses were confirmed by a second pathologist. KRAS analysis was performed in our medical genetic department. DNA isola-tion was performed with primary tumor tissue using the QIAamp DNA FFPE Tissue kit (Qiagen; Hilden, Germany) in all patients. The therascreen KRAS Pyro Kit 24 V1 (Qia-gen; Hilden, Germany) was used for KRAS analyses. Results: Thirty-four (91.9%) of the SCLC patients were male, while 11 (73.3%) of the EPSCC l patients were fe-male. SCLC was more common in males, and EPSCC in females (p=0.001). A KRAS mutation was found in 6 (16.2%) if SCLC patients. The most common mutation was Q61R (CAA>CGA). Among the 15 EPSCC patients, 2 had a KRAS mutation (13.3%). When KRAS mutant and wild type patients were compared in the SCLC group, no differ-ence was found for overall survival (p=0.6).Conclusion: In previous studies, the incidence of KRAS mutation in SCLC was 1-3%; however, it was 16.2% in our study. Therefore, there may be ethnic and geographical differences in the KRAS mutations of SCLC. As a result, KRAS mutation should not be excluded in SCLC

Dünya'da en sık görülen kalıtsal kan hastalıkları Hemoglobinopatiler iki ana gruba ayrılır; Talasemiler ve anormal hemoglobinler. Talasemiler hemoglobinin yapısında yer alan globin zincirin olması gerekenden az sentezlenmesi ya da hiç sentezlenememesi sonucu meydana gelen otozomal resesif hastalıklardır. Alfa globin zincirinde meydana gelen anomaliler sonucu Alfa Talasemi'ler ortaya çıkar. Türkiye'deα-globin Strip Assay yöntemi kullanılarak gerçekleştirilen birçok çalışmada en sık olarak α3,7 ve α4,2 tek gen delesyonlarına rastlandığı bildirilmiştir.Çalışmalarda Alfa Talasemi taşıyıcı sıklıları ve varyasyonların frekansları belirlenmiş, literatürde yerini almıştır. Fakat literatürde, Trakya popülasyonunda Alfa Talasemi taşıyıcı sıklığı ya da varyasyon frekansı ile ilgili veriler bulunmamaktadır.Bu çalışmada Trakya popülasyonunda yaşayan, alfa talasemi ön tanısına sahip, birbirleri ile akrabalık bağı bulunmayan, demir eksikliği anemisi ve Beta Talasemi yönünden dışlanmış, daha önce MLPA yöntemi ile çalışılan ve herhangi bir Alfa Talasemi mutasyonu saptanmayan olguların Strip Assay yöntemi ile Alfa Talasemi varyasyonlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada 59 olgunun 3'ünde MED çift gen delesyonu, 1'inde α ααanti3,7 gen triplikasyonu ve 1'inde α20,5 çift gen delesyonu tespit edilmiştir. Daha önce MLPA ile herhangi bir varyasyon saptanmayan 59 olgunun 5'inde, Strip Assay ile varyasyon saptanmıştır. Elde edilen veriler doğrultusunda, Alfa talasemi varyasyonlarının saptanmasında Strip Assayyöntemini, MLPA yöntemine %8,47 oranında katkıda bulunduğu tespit edilmiştir. Hemoglobinopathies are the most common hereditary blood diseases in the world. Hemoglobinopathies are divided into two groups; Thalassemias and abnormal hemoglobin. Thalassemias are autosomal recessive diseases that occur as a result of less expression or no synthesis of the globin chain in the hemoglobin structure. Alpha-thalassemia occurs as a result of anomalies in the alpha globin chain. In many studies carried out using α-globin strip assay method in Turkey, it has been reported most frequently encountered α3,7 and α4,2 single gene deletions. In the previous studies, frequencies of Alpha thalassemia carriers and the frequencies of variations have been determined and have taken place in the literature. However, in the literature, there is no data on the frequency of alpha thalassemia carriers or the frequency of variation in the Thrace population. The aim of this study was to determine Alpha Talasemia variations with Strip Assay method in Thracean patients, who had a diagnosis of alpha thalassemia, were not related to each other, excluded from anemia and Beta-thalassemia, also had previously been studied with MLPA method and did not have any Alpha Thalassemia mutation with this method. As a result 3 of the 59 cases had MED double gene deletion, 1 αααanti3,7 gene triplicationand 1 α20,5 double gene deletion.In 5 of 59 patients who could not detected any variation with MLPA, variation was determined by Strip Assay method.In terms of the data obtained, the Strip Assay method contributes 8,47% to the MLPA method for the detection of Alpha thalassemia variations. 98

Kronik Lenfositik Lösemi (KLL), yetişkinlerde en sık görülen lösemi tipidir. KLL'nin nedeni hala tam olarak bilinmemektedir. SF3B1 geninde p.K700E(rs559063155) varyasyonu ve MYD88 geninde ki p.L265P(rs387907272) varyasyonu KLL hastalığının kötü seyri ile ilişkilidir. SF3B1 ve MYD88 genlerinin KLL riski ile genetik ilişkisini incelemek için 58 KLL hastası ve 100 sağlıklı kontrol ile Real Time-PCR çalışması yapıldı. Çalışmamızda sadece bir hastada SF3B1 p.K700E varyasyonu gözlemlendi, MYD88 p.L265P varyasyonu gözlenmemiş olup tüm hasta ve sağlıklı kontrollerde wild type olduğu saptandı. Çalışmamızın sonucu, KLL hastalarının sayısının az olması nedeniyle istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is the most frequent leukemia in adults. The causes of CLL is still clearly unknown. p.K700E(rs559063155) mutation in SF3B1 gene and p.L265P(rs387907272) mutation in MYD88 gene have been associated with poor prognosis in CLL. To refine the genetic association SF3B1 and MYD88 genes with CLL risk, we conducted Real Time-PCR of in CLL 58 cases and 100 controls. In our study, SF3B1 p.K700E variation was observed in only one patient. No variation of MYD88 p.L265P was observed and wild type was detected in all patient and healthy controls. The results of our study were not statistically significant because of the small number of patients with CLL. 68

Kronik Lenfositik Lösemi (KLL), yetişkinlerde en sık görülen lösemi tipidir. KLL’nin nedeni hala kesin olarak bilinmemektedir. NOTCH1 geninde NM_017617.5:c.7541_7542delCT; p.P2514Argfs varyasyonu ve XPO1 geninde NM_0033400.3:c.1711G>A varyasyonu KLL olgularında hastalığın kötü seyri ile ilişkilidir. 58 KLL tanısı alan olgu ile 100 sağlıklı kontrol bireylerinin dâhil edildiği çalışmamızda NOTCH1 geni NM_017617.5:c.7541_7542delCT varyasyonu ve XPO1 geni NM_0033400.3:c.1711G>A varyasyonu Yeni Nesil Dizi Analizi(NGS) yöntemi ile incelendi. Çalışmamızda iki hastada NOTCH1 geninde NM_017617.5:c.7541_7542delCT; p.P2514Argfs varyasyonu, iki hastada ise XPO1 geninde NM_0033400.3:c.1711G>A ve NM_003400.3:c.1711G>C varyasyonları gözlemlendi. Tüm hasta ve sağlıklı kontrollerde ilgili varyasyonlar yabanıl tip (wild type) olarak saptandı. Çalışmamızda elde edilen veriler doğrultusunda, NOTCH1 geni NM_017617.5:c.7541_7542delCT;p.P2514Argfs ve XPO1 geni NM_0033400.3:c.1711G>A varyasyonlarının KLL hastalarında prognoza etkisinin daha iyi araştırılabilmesi için KLL hasta sayısının artırılmasının uygun olacağı öngörülmektedir. Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is the most common type of leukemia in adults. The cause of CLL is still unknown. NM_017617.5: c.7541_7542delCT p.P2514Argfs in NOTCH1 gene and NM_0033400.3: c.1711G>A variation in XPO1 gene are associated with poor prognosis of CLL. In our study, which included 58 patients with CLL and 100 healthy control subjects, NOTCH1 gene NM_017617.5: c.7541_7542delCT variation and the XPO1 gene NM_0033400.3: c.1711G>A variation were examined by Next Generation Sequencing (NGS) method. As a result of the study NM_017617.5: c.7541_7542delCT; p.P2514Argfs in NOTCH1 gene was found in two patients. NM_0033400.3: c.1711G>A and NM_003400.3: c.1711G>C variations in XPO1 gene was observed in two patients. All healthy control subjects were determined as wild type genotype for these three variation. According to the data obtained from this study, it is predicted that the number of CLL patients should be increased in order to investigate the effects of the NOTCH1 gene NM_017617.5: c.7541_7542delCT; p.P2514Argfs and XPO1 gene NM_0033400.3: c.1711G> A variations on the prognosis in CLL.

Kronik Lenfositik Lösemi (KLL), yetişkinlerde en sık görülen lösemi tipidir. KLL'nin nedeni hala kesin olarak bilinmemektedir. NOTCH1 geninde NM_017617.5:c.7541_7542delCT; p.P2514Argfs varyasyonu ve XPO1 geninde NM_0033400.3:c.1711G>A varyasyonu KLL olgularında hastalığın kötü seyri ile ilişkilidir. 58 KLL tanısı alan olgu ile 100 sağlıklı kontrol bireylerinin dâhil edildiği çalışmamızda NOTCH1 geni NM_017617.5:c.7541_7542delCT varyasyonu ve XPO1 geni NM_0033400.3:c.1711G>A varyasyonu Yeni Nesil Dizi Analizi(NGS) yöntemi ile incelendi. Çalışmamızda iki hastada NOTCH1 geninde NM_017617.5:c.7541_7542delCT; p.P2514Argfs varyasyonu, iki hastada ise XPO1 geninde NM_0033400.3:c.1711G>A ve NM_003400.3:c.1711G>C varyasyonları gözlemlendi. Tüm hasta ve sağlıklı kontrollerde ilgili varyasyonlar yabanıl tip (wild type) olarak saptandı. Çalışmamızda elde edilen veriler doğrultusunda, NOTCH1 geni NM_017617.5:c.7541_7542delCT;p.P2514Argfs ve XPO1 geni NM_0033400.3:c.1711G>A varyasyonlarının KLL hastalarında prognoza etkisinin daha iyi araştırılabilmesi için KLL hasta sayısının artırılmasının uygun olacağı öngörülmektedir. Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is the most common type of leukemia in adults. The cause of CLL is still unknown. NM_017617.5: c.7541_7542delCT p.P2514Argfs in NOTCH1 gene and NM_0033400.3: c.1711G>A variation in XPO1 gene are associated with poor prognosis of CLL. In our study, which included 58 patients with CLL and 100 healthy control subjects, NOTCH1 gene NM_017617.5: c.7541_7542delCT variation and the XPO1 gene NM_0033400.3: c.1711G>A variation were examined by Next Generation Sequencing (NGS) method. As a result of the study NM_017617.5: c.7541_7542delCT; p.P2514Argfs in NOTCH1 gene was found in two patients. NM_0033400.3: c.1711G>A and NM_003400.3: c.1711G>C variations in XPO1 gene was observed in two patients. All healthy control subjects were determined as wild type genotype for these three variation. According to the data obtained from this study, it is predicted that the number of CLL patients should be increased in order to investigate the effects of the NOTCH1 gene NM_017617.5: c.7541_7542delCT; p.P2514Argfs and XPO1 gene NM_0033400.3: c.1711G> A variations on the prognosis in CLL. 66

Yüksek Lisans Tezi Ankilozan Spondilit (AS), etiyolojisi tam olarak bilinmeyen, inflamatuar sırt-bel ağrısına neden olan, patogenezinde çevresel, immünolojik ve genetik faktörlerin rol oynadığı düşünülen aksiyal sistemi tutan, entezitin yanı sıra eklem dış hatlarını içeren akut anteriör üveitlerin oluşabildiği, cilt lezyonları ve bağırsak yangılarına neden olan kronik inflamatuar bir hastalıktır. Çalışmamızda HLA-B*27(+) ve B*27(-) AS tanılı hastalarda MEFV gen mutasyonlarının araştırılmıştır. İlk aşamada hastalardan ve kontrol grubundan elde edilen DNA’lardan PCR-SSP yöntemi ile HLA-B*27 alellerine bakılmıştır. İkinci aşamada, mutasyon analizinde Pyrosequencing yöntemi ile MEFV geninde ekzon 2, 3, 5 ve 10 bölgeleri analiz edilmiştir. Hastalarda ve kontrol grubunda sırasıyla ile E148Q, P369S, H478Y, F479L, S675N, G678E, M680I (G>C), M680I (G>A), M680L, T681I, I692del, M694V, M694I, M694L, K695R, K695M, R717S, I720M, V722M, V726A, A744S, ve R761H mutasyonları heterozigot veya homozigot olarak belirlenmiştir Çalışmamızda, HLA-B*27(+) AS hasta grubu ile sağlık kontrol grubu MEFV geni ekzon 2, 3, 5 ve 10 mutasyonları açısından karşılaştırılmıştır ve HLA-B*27(+) AS hasta grubunda sağlıklı kontrol grubuna göre MEFV gen mutasyon frekansı istatistiksel olarak yüksek saptanmıştır. HLA-B*27(+) AS hasta grubu ile sağlık kontrol grubu MEFV geni ekzon 2 mutasyonları açısından karşılaştırılmıştır ve HLA-B*27(+) AS hasta grubunda sağlıklı kontrol grubuna göre MEFV gen mutasyon frekansı istatistiksel olarak yüksek saptanmıştır. AS hasta grubu, kontrol grubu ile karşılaştırıldığında ekzon 2 mutasyon görülme sıklığı, ekzon 10’a göre istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Tüm hastalar, kontrol grubu ile karşılaştırıldığında ekzon 2 ve 10’da mustasyon görülme sıklığı istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur Sonuç olarak, hipotezin doğrulanması için daha yüksek sayıda hasta ve kontrol grubu oluşturulmalıdır. Çalışmaya dahil edilen kişilerin demografik özellikleri (yaş, ırk, hastalağın şiddeti gibi) incelenerek daha doğru veriler elde edilebilir. Abstract Ankylosing spondylitis, the etiology of which is unknown, is a chronic inflammatory disease which is inflammatory, the pathogenesis can be caused by environmental, immunologic, and genetic factors, causes back-low back pain; holds the axial system, causes acute anterior uveitis in counter-joint borders as well as enthesitis, also skin lesions and intestinal inflammation. In the present study, we have investigated MEFV mutations of HLA-B*27(+) and B*27(-) patients with ankylosing spondylitis diagnosis. At the first step, genomic DNA isolation was performed using blood samples of patients and control group members. HLAB* 27 positivity was decided via PCR-SSP method. At the second step of the study, MEFV mutations were analyzed via Pyrosequencing method using the DNA samples isolated at the first step. Exons 2, 3, 5 and 10 of MEFV gene were analyzed for mutations and the method was capable of detecting the mutations; E148Q, P369S, H478Y, F479L, S675N, G678E, M680I (G>C), M680I (G>A), M680L, T681I, I692del, M694V, M694I, M694L, K695R, K695M, R717S, I720M, V722M, V726A, A744S, and R761H. In the present study, HLA-B * 27(+) AS patients and healthy control group members were compared according to exon 2, 3, 5, and 10 mutations of MEFV gene and the differences of frequency of MEFV gene mutations were found statistically significant between the groups. Besides, exon 2 mutation frequency were found statistically significant between the groups and higher in HLA-B*27(+) study group than healthy controls. The frequency of exon 2 mutations was higher than exon 10 according to comparing results between study group and controls. The incidence of exon 2 and 10 mutations were statistical significant between the patients (all) and healthy controls. All in all, our hypothesis should be tested with higher numbers of patients and controls.

Yüksek Lisans Tezi BCR/ABL negatif Kronik Miyeloproliferatif hastalıklar (KMPH), fenotipik kusur ve herhangi bir uyaran olmadan mutant multipotent kök hücrelerin proliferasyonun artışıyla tanımlanır. Sitoplazmik tirozin kinaz kodlayan JAK2 geninde, V617F nokta mutasyonunun bulunmasıyla hastalıkların patogenezinde sitokinden bağımsız JAK2 aktivasyonu tespit edilmiştir. Yapılan çalışmalarda bu aktivasyon Polisitemia Vera hastalarında %95-97 oranında, Esansiyel Trombositoz hastalarında %23-27 oranında, İdiyopatik Miyelofibroz hastalarında %43-47 oranında rapor edilmiştir. Mutasyonun tespiti MPH'ın patogenezinin merkezinde bir kriter olarak ileri düzeyde anlaşılmasına önemli bir katkıda bulunmaktadır. Bu amaçla, Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Hematoloji Bilim Dalı'na başvuran PV, ET, İMF ön tanısı almış hastalarda retrospektif değerlendirme ile JAK2 geni V617F nokta mutasyonunun fenotip-genotip ilişkisi ile ayırıcı tanıdaki rolünün tespiti amaçlandı. Çalışmada Polisitemia Vera ön tanılı 64, Esansiyel Trombositoz ön tanılı 44 ve İdiyopatik Miyelofibroz ön tanılı 6 hasta olmak üzere toplam 114 olguda yaş, lökosit, hemotokrit, hemoglobin ve trombosit değerleri ile JAK2 mutasyonu sonuçları retrospektif olarak tarandı. Olgular, mutasyon taşıyanlar ve taşımayanlar olarak iki gruba ayrıldı. Mutasyon sıklığı ve tam kan sayım parametreleri açısından SPSS 19.0 programı ile değerlendirildi. Mutasyon sıklığı Polisitemia Vera ön tanılı olgularda % 35,9, Esansiyel Trombositoz ön tanılı olgularda %59,1 ve İdiyopatik Miyelofibroz ön tanılı olgularda %66,7 olarak bulundu. PV ön tanılı olgularda mutasyon taşıyan kadın olgular, mutasyon taşıyan pozitif olgulardan anlamlı olarak yüksek çıktı (p: 0,036). ET ön tanılı olgularda sayısal yetersizlik nedeniyle istatistiksel olarak anlamlı çıkmasada mutasyon taşıyan kadın olgular mutasyon taşıyan erkek olgulardan fazladır (p: 0,125). Mutasyon taşıyan olgular ile taşımayan olgular arasında lökosit (p:0,412), hemoglobin (0,237), hematokrit (0,865) değerleri arasında anlamlı fark çıkmadı. V617F mutasyonu taşıyan Polisitemia Vera ön tanılı olgularda V617F mutasyonu yüksek lökosit (p:0,008) ile ilişkili olduğu saptandı. Hematokrit değeri açısından anlamlı bir fark tespit edilememiştir. V617F mutasyonu pozitif olan Esansiyel Trombositoz ön tanılı olgularda anlamlı yüksek hemoglobin (p:0.006) bulundu. İMF ön tanılı olgular sayısal yetersizlik nedeniyle değerlendirilmeye alınmadı. Sonuç olarak, endikasyon kriterlerinin daha dikkatli kullanımı ile Polisitemia Vera için JAK2 V617F mutasyonu ayırıcı tanıda etkin rol oynamaktadır. Esansiyel Trombositoz ve İdiyopatik Miyelofibroz tanıları için JAK2 V617F mutasyonu değerlendirme kriterlerinin içerisinde yer almalıdır. Yaş, cinsiyet gibi demografik kriterler ve hastalık hikayesi gibi etkenlerinde dahil edildiği daha geniş bir çalışma yapılması zorunlu hale gelmiştir .Anahtar Kelimeler: JAK2V617F mutasyon, Kronik Miyelop Abstract BCR/ABL negative Chronic Myeloproliferative Diseases are identified by increasing of proliferation of multipotent stem cells without phenotypic defects or any stimuli. In the pathogenesis of the diseases, cytokine-independent JAK2 activation was detected by the identification of V617F mutation on cytoplasmic thyrosine kinase coding JAK2 gene. According to recent studies, this activation is reported as 95-97% in Polycythemia Vera, 23-27% in Essential Thrombocytosis, 43-47% in Idiopathic Myelofibrosis. Identification of V617F mutation, provides an advanced level for understanding the pathogenesis of Chronic Myeloproliferative Disease why because it's in the central of the pathway. The aim of the present work is researching the incidence of V617F mutation on JAK2 gene of clinically Polycythemia Vera, Essential Thrombocytosis or Idiopathic Miyelofibroz diagnosed patients which applied to Trakya University, Hematology Department. Also, the study aims defining the genotype-phenotype relation of V617F mutation of JAK2 gene. 64 patients with Polycythemia Vera pre-diagnosis, 44 patients with Essantial Thrombocytosis pre-diagnosis and 6 patients with Idiopathic Miyelofibroz pre-diagnosis were included to the present work. Age, leukocyte, hematocrit, hemoglobin and thrombocyte values of whole 114 patients were scanned retrospectively and compared with the JAK2 mutation incidence. Two distinct groups were defined; as the first patients with JAK2 mutation and the second patients without JAK2 mutation. The frequency of JAK2 mutation and complete blood count parameters were statistically studied with using SPSS 19.0 software. The frequency of JAK2 mutation is detected as; 35.9% in the Polycythemia Vera prediagnosed patients, 59.1% in the Essantial Thrombocytosis prediagnosed patients and 66.7% in the Idiopathic Miyelofibrosis prediagnosed patients. The mutation incidence in the female patients which are prediagnosed with PV is detected significantly higher than the whole mutation positive male patients (p: 0,036). Even the results are not statistically significant due to a quantitative insufficiency, in ET prediagnosed cases, number of female patients which have the mutation is higher than the male patients (p: 0.125) Leukocyte (p:0,412), hemoglobin (p:0,237), hematocrit (p:0,865) values were not significantly different in the cases with/without the mutation. In Polycythemia Vera prediagnosed patients, V617F mutation is detected as high leukocyte-related (p:0,008). Hematocrit levels are not significantly different in both cases. Our data indicates that V617F positive Essantial Thrombocytosis patients have high hemoglobin (p:0.006) levels. The analysis results of Idiopathic Miyelofibrosis patients were not included in the evaluation due to quantitative insufficiency .Miyelofibroz patients are not significant because of not having enough pre-diagnosed patient. In conclusion, JAK2 V617F mutation analysis can be used as a diagnosis indicator for Polycythemia Vera. JAK2 V617F mutation analysis should be included in the evaluation criterias for Essantial Thrombocytosis and Idiopathic Miyelofibrosis. A further study including anamnesis and demographic criterias such as gender, age, etc. should be done for more significant results .Keywords: JAK2V617F mutation, Chronic myeloproliferative disorders, Essential thrombocythemia, Idiopathic Miyelofibroz, Polycythemia vera

Bu çalışmanın amacı, Tıbbi Biyoloji ve Genetik laboratuvarlarında kullanılan moleküler genetik ve sitogenetik teknikleri tanıtmak, klinikte kullanım alanları ile sınırları hakkında bilgi vermektir.Çalışmanın ilk bölümünde öncelikle incelenecek genetik materyal olan deoksiribonükleik asit ve ribonükleik asit'in yapısı hakkında temel bilgiler verilmiş, deoksiribonükleik asit ve ribonükleik asit'in elde edilmesi için kullanılan yöntemlerin prensiplerinden bahsedilmiştir. Ardından deoksiribonükleik asit ve ribonükleik asit'in yapısal ve sayısal olarak incelenmesi için kullanılan moleküler teknikler, gereken temel bilgiler de verildikten sonra çeşitli protokollerle desteklenerek anlatılmış ve klinikte kullanım alanlarına örnekler verilmiştir. Ayrıca laboratuvar ortamında genetik bir çalışmaya başlamadan önce yapılması gereken işlemlere, kullanılan araç, gereç ve cihazların çalışma prensiplerine, çeşitli kaza ve öncül korunmayla ilgili alınması gereken önlemlere de değinilmiştir.İkinci bölümde ise, incelenecek materyal olan metafaz kromozomlarının ve interfazdaki hücre çekirdeklerinin elde edilmesi için kullanılan hücre kültür yöntemleri hakkında temel bilgi verilmiştir. Metafaz kromozomlarının incelenmesini sağlayan konvansiyonel sitogenetik ve interfazda inceleme yapmaya olanak sağlayan moleküler sitogenetik teknikler protokollerle desteklenerek anlatılmıştır. Bu teknikler ile ilgili laboratuvar şartları, malzeme bilgisi ve her tekniğin kullanım amacı ve sınırları ayrıca örneklerle anlatılmıştır.Her iki bölümde de tekniklerin uygulanması ve sonuçların değerlendirilmesi sırasında ortaya çıkabilecek olası problemler için çözüm yolları alternatifli olarak verilmiştir.Çalışmanın moleküler genetik ve sitogenetik laboratuvarlarında kullanılacak teknik bir rehber olması hedeflenmektedir. The aim of this study is, to introduce techniques of molecular genetics and cytogenetics that are used in medical biology and genetics laboratories and to give information about usage areas in clinical application and limitations.In the first part of this study, it is given basic information about the structures of genetic materials deoxyribonucleic acid and ribonucleic acid which will be investigated with principles of methods that used for extracting deoxyribonucleic acid and ribonucleic acid. After giving basic information about molecular techniques that are utilized for structural and quantitative analysis of deoxyribonucleic acid and ribonucleic acid, the given information was supported with various protocols and many examples for clinical applications were stated. Moreover, at first part of this study, topics such as `actions that needs to be taken before starting a genetics study`, `working principles of devices and equipments?,? preventive actions for possible accidents` were mentioned.The second part of this study, it is given many information about tissue culture methods that are using for obtaining of metaphase chromosomes and interphase cells? nuclei. Conventional cytogenetic techniques that are utilized for of metaphase chromosomes and molecular cytogenetic techniques that are utilized for investigation at interphase nuclei, were explained by supporting with protocols. Additionally, laboratory conditions for each technique, material information and usage purpose and limitations of each technique were explained with related examples.In order to overcome possible problems that can occur during applications of these techniques that were mentioned at both first and second part, solutions were explained with alternatives for each possible problem.It is aimed that this study will be a technical guide for molecular genetics and cytogenetics laboratories. 138

Yüksek Lisans Tezi Bu çalışmanın amacı, Tıbbi Biyoloji ve Genetik laboratuvarlarında kullanılan moleküler genetik ve sitogenetik teknikleri tanıtmak, klinikte kullanım alanları ile sınırları hakkında bilgi vermektir. Çalışmanın ilk bölümünde öncelikle incelenecek genetik materyal olan deoksiribonükleik asit ve ribonükleik asit?in yapısı hakkında temel bilgiler verilmiş, deoksiribonükleik asit ve ribonükleik asit?in elde edilmesi için kullanılan yöntemlerin prensiplerinden bahsedilmiştir. Ardından deoksiribonükleik asit ve ribonükleik asit?in yapısal ve sayısal olarak incelenmesi için kullanılan moleküler teknikler, gereken temel bilgiler de verildikten sonra çeşitli protokollerle desteklenerek anlatılmış ve klinikte kullanım alanlarına örnekler verilmiştir. Ayrıca laboratuvar ortamında genetik bir çalışmaya başlamadan önce yapılması gereken işlemlere, kullanılan araç, gereç ve cihazların çalışma prensiplerine, çeşitli kaza ve öncül korunmayla ilgili alınması gereken önlemlere de değinilmiştir. İkinci bölümde ise, incelenecek materyal olan metafaz kromozomlarının ve interfazdaki hücre çekirdeklerinin elde edilmesi için kullanılan hücre kültür yöntemleri hakkında temel bilgi verilmiştir. Metafaz kromozomlarının incelenmesini sağlayan konvansiyonel sitogenetik ve interfazda inceleme yapmaya olanak sağlayan moleküler sitogenetik teknikler protokollerle desteklenerek anlatılmıştır. Bu teknikler ile ilgili laboratuvar şartları, malzeme bilgisi ve her tekniğin kullanım amacı ve sınırları ayrıca örneklerle anlatılmıştır. Her iki bölümde de tekniklerin uygulanması ve sonuçların değerlendirilmesi sırasında ortaya çıkabilecek olası problemler için çözüm yolları alternatifli olarak verilmiştir. Çalışmanın moleküler genetik ve sitogenetik laboratuvarlarında kullanılacak teknik bir rehber olması hedeflenmektedir. Abstract The aim of this study is, to introduce techniques of molecular genetics and cytogenetics that are used in medical biology and genetics laboratories and to give information about usage areas in clinical application and limitations. In the first part of this study, it is given basic information about the structures of genetic materials deoxyribonucleic acid and ribonucleic acid which will be investigated with principles of methods that used for extracting deoxyribonucleic acid and ribonucleic acid. After giving basic information about molecular techniques that are utilized for structural and quantitative analysis of deoxyribonucleic acid and ribonucleic acid, the given information was supported with various protocols and many examples for clinical applications were stated. Moreover, at first part of this study, topics such as "actions that needs to be taken before starting a genetics study", "working principles of devices and equipments”,” preventive actions for possible accidents" were mentioned. The second part of this study, it is given many information about tissue culture methods that are using for obtaining of metaphase chromosomes and interphase cells? nuclei. Conventional cytogenetic techniques that are utilized for of metaphase chromosomes and molecular cytogenetic techniques that are utilized for investigation at interphase nuclei, were explained by supporting with protocols. Additionally, laboratory conditions for each technique, material information and usage purpose and limitations of each technique were explained with related examples. In order to overcome possible problems that can occur during applications of these techniques that were mentioned at both first and second part, solutions were explained with alternatives for each possible problem. It is aimed that this study will be a technical guide for molecular genetics and cytogenetics laboratories.