Ferdinand Kaya, Odile Bronchain, Raphael Thuret, Karine Parain, Albert Chesneau, Robert W. Lea, Mikkel B. Christensen, Karine Massé, Michael J. Gilchrist, Timothy J. Geach, Holly V. Ironfield, Jacob Souopgui, Elodie Paillard, Sadia Kricha, Frédéric Brunet, Ursula Fenger, Ludivine Sinzelle, Isabelle Néant, Nicolas Pollet, Qods Ymlahi-Ouazzani, Muriel Perron, Wellcome Trust/Cancer Research UK Gurdon Institute, University of Cambridge [UK] (CAM), Epigenomics Project, Genopole, Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Développement et évolution (DE), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), German Cancer Research Center - Deutsches Krebsforschungszentrum [Heidelberg] (DKFZ), National Institute for Medical Research (NIMR), Medical Research Council, Institute for Molecular Biology and Medicine (IBMM), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), University of Manchester [Manchester], Composantes innées de la réponse immunitaire et différenciation (CIRID), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de biologie du développement (CBD), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut de Neurobiologie Alfred Fessard (INAF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Neurobiologie & Développement (N&D), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut de Biologie et de Médecine Moléculaires [Gosselies] (ULB/IBMM), Faculté des Sciences [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB)-Université libre de Bruxelles (ULB)-Faculté de Médecine [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre de Biologie Intégrative (CBI), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
International audience; The precise localization of gene expression within the developing embryo, and how it changes over time, is one of the most important sources of information for elucidating gene function. As a searchable resource, this information has up until now been largely inaccessible to the Xenopus community. Here, we present a new database of Xenopus gene expression patterns, queryable by specific location or region in the embryo. Pattern matching can be driven either from an existing in situ image, or from a user-defined pattern based on development stage schematic diagrams. The data are derived from the work of a group of 21 Xenopus researchers over a period of 4 days. We used a novel, rapid manual annotation tool, XenMARK, which exploits the ability of the human brain to make the necessary distortions in transferring data from the in situ images to the standard schematic geometry. Developmental Dynamics 238:1379-1388, 2009. (c) 2009 Wiley-Liss, Inc.