28 results on '"Thierry Améglio"'
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2. Potential processes leading to winter reddening of young Douglas-fir Pseudotsuga menziesii Mirb. Franco. in Europe
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Mahaut Van Rooij, Thierry Améglio, Olivier Baubet, Nathalie Bréda, and Guillaume Charrier
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Cold deacclimation ,Freezing ,Hydraulic failure ,Photo-oxidative stress ,Pseudotsuga menziesii ,Forestry ,SD1-669.5 - Abstract
Abstract Key message Winter reddening of young Douglas-fir (Pseudotsuga menziesii Mirb. Franco), triggered by large thermal fluctuations in late winter, is a critical problem for European forestry. A literature review identified certain climatic conditions that are characteristic of ‘reddening’ years, including warm daily temperatures, high daily temperature amplitude, low relative humidity, moderate wind speeds, as well as the occurrence of freeze-thaw cycles with cold night temperatures. By describing the triggering environmental and stand factors, we propose three hypotheses for the physiological processes leading to winter reddening, namely (i) hydraulic failure due to winter drought stress, (ii) photo-oxidative stress in shade-acclimated trees, and (iii) early cold deacclimation during warm periods. i) Low soil temperature, by reducing root water uptake, combined with anticyclonic conditions, by increasing water losses, can induce hydraulic failure in the xylem. Hydraulic failure may be further accelerated by night frosts. ii) Winter reddening can occur when low temperature and high irradiance coincide, disrupting photostasis. Overwhelming of winter photo-protection may lead to photodamage and subsequent reddening. iii) Warm periods, by inducing cold deacclimation, make trees susceptible to frost damage. Finally, the three processes may interact under atypical anticyclonic conditions in late winter (e.g. cold or dry soils, warm days, high irradiance and/or freezing nights). Indeed, trees under water stress would develop a higher sensitivity to freezing night and photooxidative stress. We therefore proposed mitigation actions to avoid exposing trees to stressful conditions based on e.g. stand characteristics, understorey vegetation and planting.
- Published
- 2024
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3. Correction: Potential processes leading to winter reddening of young Douglas-fir Pseudotsuga menziesii Mirb. Franco. in Europe
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Mahaut Van Rooij, Thierry Améglio, Olivier Baubet, Nathalie Bréda, and Guillaume Charrier
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Forestry ,SD1-669.5 - Published
- 2024
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4. ConnecSenS, a Versatile IoT Platform for Environment Monitoring: Bring Water to Cloud
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Laure Moiroux-Arvis, Laurent Royer, David Sarramia, Gil De Sousa, Alexandre Claude, Delphine Latour, Erwan Roussel, Olivier Voldoire, Patrick Chardon, Richard Vandaële, Thierry Améglio, and Jean-Pierre Chanet
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IoT ,water ,environmental monitoring ,wireless sensor network ,data integration ,cloud ,Chemical technology ,TP1-1185 - Abstract
Climate change is having an increasingly rapid impact on ecosystems and particularly on the issue of water resources. The Internet of Things and communication technologies have now reached a level of maturity that allows sensors to be deployed more easily on sites to monitor them. The communicating node based on LoRaWAN technology presented in this article is open and allows the interfacing of numerous sensors for designing long-term environmental monitoring systems of isolated sites. The data integration in the cloud is ensured by a workflow driving the storage and indexing of data, allowing a simple and efficient use of the data for different users (scientists, administration, citizens) through specific dashboards and extractions. This article presents this infrastructure through environmental monitoring use cases related to water resources.
- Published
- 2023
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5. Dynamic Modeling of Carbon Metabolism During the Dormant Period Accurately Predicts the Changes in Frost Hardiness in Walnut Trees Juglans regia L.
- Author
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Guillaume Charrier, André Lacointe, and Thierry Améglio
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carbohydrates ,dormancy ,enzymatic activity ,starch ,tree physiology ,winter biology ,Plant culture ,SB1-1110 - Abstract
The leafless period is often considered as inactive, although trees have to actively modulate their metabolism through the cold acclimation/deacclimation processes, to cope with frost exposure during winter and to restore growth ability in spring. Carbon metabolism is a key component of these processes through the osmotic control of extracellular ice formation and the trophic control of bud growth. The influence of temperature on the inter-conversion between starch and soluble carbohydrate has been evidenced for years, but we are currently missing an operational tool to predict starch vs. soluble carbohydrate contents during this period, which should allow to better predict frost hardiness. For this purpose, we exposed 1-year-old branches of Juglans regia to constant temperature for one to 3 weeks and measured the changes in carbohydrate composition at three periods (autumn, winter, and spring). As expected, the temperature significantly affected the changes in carbohydrate composition, but the water content and the sampling period were also relevant. Higher starch hydrolysis was observed at low temperature ( 30 mg.g DM−1, Efficiency (Eff)
- Published
- 2018
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6. Detection of acoustic events in lavender for measuring xylem vulnerability to embolism and cellular damage
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Lia Lamacque, Florian Sabin, Thierry Améglio, Stéphane Herbette, Guillaume Charrier, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Department AgroEcoSystem INRAECASDAR Program Recital, Institut Technique Interprofessionnel des Plantes à Parfum Médicinales et Aromatiques (ITEIPMAI), CIFRE grant no 2016/1280, and CASDAR grant n/ 5638
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PLRC ,principal component analysis ,Physiology ,Embolism ,Plant Science ,Quantitative Biology - Quantitative Methods ,cavitation ,dimension ,Xylem ,LV ,otorhinolaryngologic diseases ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,latent variable ,lavender ,Dim ,Tissues and Organs (q-bio.TO) ,index of damage ,Quantitative Methods (q-bio.QM) ,cellular damages ,PCA ,percentage loss of hydraulic conductance ,Dehydration ,AE ,Water ,Quantitative Biology - Tissues and Organs ,Acoustics ,dendrometer ,plant mortality ,hydraulic failure ,I Dam ,percentage loss of rehydration capacity Acoustics ,Lavandula ,percentage loss of diameter ,FOS: Biological sciences ,PLC ,sense organs ,PLD ,acoustic emission - Abstract
Acoustic emission analysis is a promising technique to investigate the physiological events leading to drought-induced injuries and mortality. However, the nature and the source of the acoustic emissions are not fully understood and make the use of this technique difficult as a direct measure of the loss of xylem hydraulic conductance. In this study, acoustic emissions were recorded during severe dehydration in lavender plants and compared to the dynamics of embolism development and cell lysis. The timing and characteristics of acoustic signals from two independent recording systems were compared by principal component analysis. In parallel, changes in water potential, branch diameter, loss of hydraulic conductance and electrolyte leakage were measured to quantify drought-induced damages. Two distinct phases of acoustic emissions were observed during dehydration: the first one associated with a rapid loss of diameter and a significant increase in loss of xylem conductance (90%) and the second one with a significant increase in electrolyte leakage and slower diameter changes. This second phase corresponds to a complete loss of recovery capacity. The acoustic signals of both phases were discriminated by the third and fourth principal components. The loss of hydraulic conductance during the first acoustic phase suggests the hydraulic origin of these signals (i.e. cavitation events). For the second phase, the signals showed much higher variability between plants and acoustic systems suggesting that the sources of these signals may be plural, although likely including cellular damage. A simple algorithm was developed to discriminate hydraulic-related acoustic signals from other sources, allowing the reconstruction of dynamic hydraulic vulnerability curves. However, hydraulic failure precedes cellular damage and lack of whole plant recovery is associated to these latter., 6 figures, 1 table, + 2 supplementary figures and 1 supplementary table
- Published
- 2022
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7. Molinia caerulea alters forest Quercus petraea seedling growth through reduced mycorrhization
- Author
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Marine Fernandez, Philippe Malagoli, Lucie Vincenot, Antoine Vernay, Thierry Améglio, Philippe Balandier, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Etude et Compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Équipe 2 - Écologie Végétale et Zones Humides (EVZH), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
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pot experiment ,[SDE]Environmental Sciences ,interaction ,Plant Science ,fungal symbionts ,lateral root ,Ectomycorrhization rate - Abstract
Oak regeneration is jeopardized by purple moor grass, a well-known competitive perennial grass in the temperate forests of Western Europe. Below-ground interactions regarding resource acquisition and interference have been demonstrated and have led to new questions about the negative impact of purple moor grass on ectomycorrhizal colonization. The objective was to examine the effects of moor grass on root system size and ectomycorrhization rate of oak seedlings as well as consequences on nitrogen (N) content in oak and soil. Oak seedlings and moor grass tufts were planted together or separately in pots under semi-controlled conditions (irrigated and natural light) and harvested 1 year after planting. Biomass, N content in shoot and root in oak and moor grass as well as number of lateral roots and ectomycorrhizal rate in oak were measured. Biomass in both oak shoot and root was reduced when planting with moor grass. Concurrently, oak lateral roots number and ectomycorrhization rate decreased, along with a reduction in N content in mixed-grown oak. An interference mechanism of moor grass is affecting oak seedlings performance through reduction in oak lateral roots number and its ectomycorrhization, observed in conjunction with a lower growth and N content in oak. By altering both oak roots and mycorrhizas, moor grass appears to be a species with a high allelopathic potential. More broadly, these results show the complexity of interspecific interactions that involve various ecological processes involving the soil microbial community and need to be explored in situ.
- Published
- 2022
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8. Implications of Urban Land Management on the Cooling Properties of Urban Trees: Citizen Science and Laboratory Analysis
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Jérôme Ngao, Macarena L. Cárdenas, Thierry Améglio, Jérôme Colin, Marc Saudreau, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Earthwatch Europe, Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and EARTHWATCH INSTITUTE - 8434000209
- Subjects
leaf area ,Environmental effects of industries and plants ,urban trees ,modelling ,urban heat island ,nature-based solutions ,cooling effect ,citizen science ,urban sustainability ,Renewable Energy, Sustainability and the Environment ,Geography, Planning and Development ,TJ807-830 ,Management, Monitoring, Policy and Law ,TD194-195 ,Renewable energy sources ,Environmental sciences ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,GE1-350 ,URBAN TREES - Abstract
International audience; Trees participate in mitigating the urban heat island phenomenon thanks to their transpiration and shading. This cooling potential is highly dependent on leaf area. Nevertheless, leaf traits potentially vary across different land management practices in urban settings, thereby challenging the models used to estimate thermal budgets. The present study aims to investigate the variability of leaf area traits of linden (Tilia spp.) urban trees, and their effect on simulated tree transpiration. Reconstruction of the leaf area was undertaken at the tree scale at three different urban land management sites from three cities: London and Birmingham (UK) and Chantilly (France). The reconstruction combined allometric measurements at shoot and leaf scales, and a tree-scale 3D digitization with laboratory analysis using field data collected by citizen scientists. The management practices had a significant impact on leaf area, and on tree allometric relationships, which were propagated through the reconstruction process. Relative differences between the management practices ranged between 12% and 48% according to the city where the variable was considered (e.g., leaf area index, total leaf area, or tree transpiration). Trees in managed sites (i.e., individualized leaf crowns, frequent leaf litter removal, and standard thinning/pruning operations) develop a higher leaf area, thus promoting cooling potential. This study shows that the variability of leaf traits, and their responses to different land management, can be studied by comprehensive data collection through citizen science and lab-based modelling. It also highlights the importance of appropriate, well-designed urban planning, where landscaping using urban trees can play an even better role in climate proofing cities.
- Published
- 2021
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9. Assessing frost damages using dynamic models in walnut trees: exposure rather than vulnerability controls frost risks
- Author
-
Guillaume, Charrier, primary, Isabelle, Chuine, additional, Marc, Bonhomme, additional, and Thierry, Améglio, additional
- Published
- 2017
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10. Changes in ultrasound velocity and attenuation indicate freezing of xylem sap
- Author
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Guillaume, Charrier, Katline, Charra-Vaskou, Benoit, Legros, Thierry, Améglio, and Stefan, Mayr
- Published
- 2014
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11. Assessing frost damages using dynamic models in walnut trees: exposure rather than vulnerability controls frost risks.
- Author
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Guillaume, Charrier, Isabelle, Chuine, Marc, Bonhomme, and Thierry, Améglio
- Subjects
FROST damage to plants ,WALNUT ,FROST resistance of plants ,ENGLISH walnut ,PLANT physiology ,HARDINESS of plants - Abstract
Abstract: Frost damages develop when exposure overtakes frost vulnerability. Frost risk assessment therefore needs dynamic simulation of frost hardiness using temperature and photoperiod in interaction with developmental stage. Two models, including or not the effect of photoperiod, were calibrated using five years of frost hardiness monitoring (2007–2012), in two locations (low and high elevation) for three walnut genotypes with contrasted phenology and maximum hardiness (Juglans regia cv Franquette, J. regia ×
nigra ‘Early’ and ‘Late’). The photothermal model predicted more accurate values for all genotypes (efficiency = 0.879; Root Mean Standard Error Predicted (RMSEP) = 2.55 °C) than the thermal model (efficiency = 0.801; RMSEP = 3.24 °C). Predicted frost damages were strongly correlated to minimum temperature of the freezing events (ρ = −0.983) rather than actual frost hardiness (ρ = −0.515), or ratio of phenological stage completion (ρ = 0.336). Higher frost risks are consequently predicted during winter, at high elevation, whereas spring is only risky at low elevation in early genotypes exhibiting faster dehardening rate. However, early frost damages, although of lower value, may negatively affect fruit production the subsequent year (R 2 = 0.381,P = 0.057). These results highlight the interacting pattern between frost exposure and vulnerability at different scales and the necessity of intra‐organ studies to understand the time course of frost vulnerability in flower buds along the winter. [ABSTRACT FROM AUTHOR]- Published
- 2018
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12. Could rapid diameter changes be facilitated by a variable hydraulic conductance?
- Author
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Kathy, Steppe, Hervé, Cochard, André, Lacointe, and Thierry, Améglio
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Plant Stems ,Cell Membrane ,Temperature ,Water ,Biological Transport ,Juglans ,Plant Transpiration ,Aquaporins ,Models, Biological ,Plant Roots ,Trees ,Plant Leaves ,Xylem ,Plant Bark ,Cycloheximide - Abstract
Adequate radial water transport between elastic bark tissue and xylem is crucial in trees, because it smoothens abrupt changes in xylem water potential, greatly reducing the likelihood of suffering dangerous levels of embolism. The radial hydraulic conductance involved is generally thought to be constant. Evidence collected about variable root and leaf hydraulic conductance led us to speculate that radial hydraulic conductance in stem/branches might also be variable and possibly modulated by putative aquaporins. We therefore correlated diameter changes in walnut (Juglans regia L.) with changes in water potential, altered by perfusion of twig samples with D-mannitol solutions having different osmotic potentials. Temperature and cycloheximide (CHX; a protein synthesis inhibitor) treatments were performed. The temperature response and diameter change inhibition found in CHX-treated twigs underpinned our hypothesis that radial hydraulic conductance is variable and likely mediated by a putative aquaporin abundance and/or activity. Our data demonstrate that radial water transport in stem/branches can take two routes in parallel: an apoplastic and a cell-to-cell route. The contribution of either route depends on the hydraulic demand and is closely linked to a boost of putative aquaporins, causing radial conductance to be variable. This variability should be considered when interpreting and modelling diameter changes.
- Published
- 2011
13. Photosynthetic capacity and temperature responses of photosynthesis of rubber trees ( Hevea brasiliensis Müll. Arg.) acclimate to changes in ambient temperatures.
- Author
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Poonpipope Kasemsap, Philippe Thaler, and Thierry Améglio
- Abstract
Abstract The aim of this study was to assess the temperature response of photosynthesis in rubber trees (Hevea brasiliensis Müll. Arg.) to provide data for process-based growth modeling, and to test whether photosynthetic capacity and temperature response of photosynthesis acclimates to changes in ambient temperature. Net CO2 assimilation rate (A) was measured in rubber saplings grown in a nursery or in growth chambers at 18 and 28°C. The temperature response of A was measured from 9 to 45°C and the data were fitted to an empirical model. Photosynthetic capacity (maximal carboxylation rate, V cmax, and maximal light driven electron flux, J max) of plants acclimated to 18 and 28°C were estimated by fitting a biochemical photosynthesis model to the CO2 response curves (A–C i curves) at six temperatures: 15, 22, 28, 32, 36 and 40°C. The optimal temperature for A (T opt) was much lower in plants grown at 18°C compared to 28°C and nursery. Net CO2 assimilation rate at optimal temperature (A opt), V cmax and J max at a reference temperature of 25°C (V cmax25 and J max25) as well as activation energy of V cmax and J max (E aV and E aJ) decreased in individuals acclimated to 18°C. The optimal temperature for V cmax and J max could not be clearly defined from our response curves, as they always were above 36°C and not far from 40°C. The ratio J max25/V cmax25 was larger in plants acclimated to 18°C. Less nitrogen was present and photosynthetic nitrogen use efficiency (V cmax25/N a) was smaller in leaves acclimated to 18°C. These results indicate that rubber saplings acclimated their photosynthetic characteristics in response to growth temperature, and that higher temperatures resulted in an enhanced photosynthetic capacity in the leaves, as well as larger activation energy for photosynthesis. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2009
14. Temperature effects on xylem sap osmolarity in walnut trees: evidence for a vitalistic model of winter embolism repair.
- Author
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Thierry Améglio
- Subjects
WALNUT ,TEMPERATURE ,XYLEM ,CARBOHYDRATES ,WINTER - Abstract
We studied the effect of temperature on the carbohydrate status of parenchyma cells during winter in relation to the efflux and influx of sugars between parenchyma cells and xylem vessels in 1-year-old twigs of walnut (Juglans regia L.). The mechanism of sugar transfer between contact cells and vessels was also investigated. We obtained new insights into the possible osmotic role of sugars, particularly sucrose, in stem pressure formation and winter embolism repair. Accumulation of sucrose in the xylem sap during winter was mainly influenced by: (1) abundant conversion of starch to sucrose in the symplast at low temperatures; (2) sucrose efflux into the apoplast at low temperatures (1 °C); and (3) inefficient sugar uptake at low temperatures, although efficient sugar uptake occurred at 15 °C. We hypothesize that a diethyl pyrocarbonate (DEPC)-sensitive protein mediates facilitated diffusion of sucrose from parenchyma cells to xylem vessels (efflux) in walnut. We discuss the possible occurrence of active H
+ -sucrose symports and the coexistence of both influx and efflux processes in walnut in winter and the modulation of the relative importance of these flows by temperature. [ABSTRACT FROM AUTHOR]- Published
- 2004
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15. Soil organic matter rather than ectomycorrhizal diversity is related to urban tree health.
- Author
-
Maarten Van Geel, Kang Yu, Gerrit Peeters, Kasper van Acker, Miguel Ramos, Cindy Serafim, Pierre Kastendeuch, Georges Najjar, Thierry Ameglio, Jérôme Ngao, Marc Saudreau, Paula Castro, Ben Somers, and Olivier Honnay
- Subjects
Medicine ,Science - Abstract
Urban trees provide many ecosystem services, including carbon sequestration, air quality improvement, storm water attenuation and energy conservation, to people living in cities. Provisioning of ecosystem services by urban trees, however, may be jeopardized by the typically poor quality of the soils in urban areas. Given their well-known multifunctional role in forest ecosystems, ectomycorrhizal fungi (EcM) may also contribute to urban tree health and thus ecosystem service provisioning. Yet, no studies so far have directly related in situ EcM community composition to urban tree health indicators. Here, two previously collected datasets were combined: i) tree health data of 175 Tilia tomentosa trees from three European cities (Leuven, Strasbourg and Porto) estimated using a range of reflectance, chlorophyll fluorescence and physical leaf indicators, and ii) ectomycorrhizal diversity of these trees as characterized by next-generation sequencing. Tree health indicators were related to soil characteristics and EcM diversity using canonical redundancy analysis. Soil organic matter significantly explained variation in tree health indicators whereas no significant relation between mycorrhizal diversity variables and the tree health indicators was found. We conclude that mainly soil organic matter, through promoting soil aggregate formation and porosity, and thus indirectly tree water availability, positively affects the health of trees in urban areas. Our results suggest that urban planners should not overlook the importance of soil quality and its water holding capacity for the health of urban trees and potentially also for the ecosystem services they deliver. Further research should also study other soil microbiota which may independently, or in interaction with ectomycorrhiza, mediate tree performance in urban settings.
- Published
- 2019
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16. Evaluation de la vulnérabilité des chênaies aux contraintes hydriques dans un contexte de changement climatique. Conséquences sur la gestion des peuplements
- Author
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Ameglio, Thierry, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Région - Europe, DRAAF et Région, Thierry Améglio, Financement : Région - Europe, Superviseur : Thierry Améglio, Commanditaire : Direction Régionale de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt Auvergne (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Collectivités territoriales et leurs regroupements, Date de signature : 2010-11-01, and Partenaires : Institut National de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture (IRSTEA), Centre Régional de la Propriété Forestière d'Auvergne (CRPF Auvergne), Institut d'Enseignement Supérieur et de Recherche en Alimentation, Santé Animale, Sciences Agronomiques et de l'Environnement (VetAgro Sup)
- Subjects
changement climatique ,vulnerabilité ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,chênaies - Abstract
absent
- Published
- 2013
17. Ecophysiological mechanisms involved in the antagonistic interactions between young sessile oak (Quercus petraea (Matt.) Liebl.) and blue molinia (Molinia caerulea (Moench) L.) : roles of nitrogen transfers, mycorrhizae and allelochemical rhizodeposits
- Author
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Fernandez, Marine, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Clermont Auvergne [2017-2020], Philippe Malagoli, Philippe Balandier, Thierry Améglio, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne (PIAF), Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Clermont Auvergne
- Subjects
Rhizodéposition ,Mycorrhizas ,Nitrogen ,Azote ,Quercus petraea ,Chêne sessile ,Rhizodeposition ,Mycorhizes ,Molinia caerulea ,Antagonistic interaction (competition and facilitation) ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,Molinie bleue ,Allélopathie ,[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,Interactions antagonistes (compétition et facilitation) ,Allelopathy - Abstract
A better understanding of plant interactions would improve the management of natural and artificial forest regeneration. It is well established that Molinia (Molinia caerulea), a monopolist species of understory, has a particularly depressive effect on young sessile oak (Quercus petraea) establishment and growth. Large capacity of Molinia in water and soil nutrients uptake leads to strong competition by resources exploitation. However, it seems that other interactions are involved in the relationship between young oak and Molinia. Thus, the allelopathic properties of Molinia have been suggested, but no study has shown such an effect on oak. Inversely, young oak seems to facilitate Molinia growth. Oak-Molinia interaction thus has the singularity of being antagonistic: the Molinia inhibits oak growth while this one favors grass growth, but the mechanisms involved are not entirely known. The aim of this thesis was to analyze the functional and ecophysiological mechanisms involved in the interactions between young sessile oak and Molinia. The experiments carried out in the thesis show that (i) oak quickly transfers nitrogen to Molinia by the underground pathways (rhizodeposition of nitrogen compounds in the soil) favoring grass growth, (ii) Molinia presence in the same pot leads to a decrease in the lateral root rate and ectomycorhization rate of oak and (iii) Molinia rhizodeposes secondary metabolites different from those of oak and have an allelopathic potential. In line with current work, the thesis puts into perspective that the chemical compounds emitted by plants in the soil act as real direct or indirect signals (via the biological communities of the soil) and induce neighbors modifications in their metabolism and / or their growth.; Une meilleure connaissance des interactions entre plantes permettrait d’améliorer la gestion de la régénération forestière naturelle et artificielle. Il est bien établi que la molinie (Molinia caerulea), poacée monopoliste du sous-bois, a un effet particulièrement dépressif sur l’installation et la croissance du jeune chêne sessile (Quercus petraea). Son importante capacité à absorber l’eau et les nutriments du sol entraine une forte compétition par exploitation des ressources. Cependant, il semblerait que d’autres interactions soient impliquées dans les relations entre le jeune chêne et la molinie. Ainsi, les propriétés allélopathiques de la molinie ont été suggérées, mais aucune étude n’a mis en évidence un tel effet sur le chêne. À l’inverse, le jeune chêne semble faciliter la croissance de la molinie. L’interaction chêne-molinie présente donc la singularité d’être antagoniste : la molinie inhibe la croissance du chêne tandis que celui-ci favorise la croissance de la poacée, mais les mécanismes impliqués ne sont pas entièrement connus. L’objectif de cette thèse a été d’analyser les mécanismes fonctionnels et écophysiologiques impliqués dans les interactions entre le jeune chêne sessile et la molinie bleue. Les expérimentations réalisées dans la thèse démontrent que (i) le chêne rhizodépose et transfère rapidement de l’azote à la molinie par les voies souterraines (rhizodéposition de composés azotés dans le sol) favorisant la croissance de cette dernière, (ii) la présence de molinie dans le même pot entraine une diminution du taux de racines latérales et du taux d’ectomycorhization du chêne et que (iii) la molinie rhizodépose des métabolites secondaires différents de ceux du chêne et ayant un potentiel allélopathique. Dans la lignée de travaux actuels, la thèse met en perspective que les composés chimiques que les plantes émettent dans le sol agissent comme de véritables signaux directs ou indirects (via les communautés biologiques du sol) et induisent chez les voisins des modifications dans leur métabolisme et/ou leur croissance.
- Published
- 2019
18. De la complexité fonctionnelle et écophysiologique des ressources lumières, azote et eau dans le réseau précoce d'interactions entre le jeune chêne (Quercus petraea) et deux Poacées (D. cespitosa et M. caerulea) : conséquences pour la régénération des chênaies tempérées
- Author
-
Antoine Vernay, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Clermont Auvergne [2017-2020], Thierry Améglio, Philippe Balandier, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Université Clermont Auvergne
- Subjects
[SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment ,Competition ,Light ,Réserves azotées ,Inorganic nitrogen ,Quercus petraea ,Lumière ,Interactions biotiques et abiotiques ,Azote inorganique ,Molinia caerulea ,[SDV.SA.SF]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry ,Compétition ,Facilitation ,Biotic and abiotic interactions ,Photosynthesis ,Photosynthèse ,[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,Deschampsia cespitosa ,Nitrogen storage - Abstract
Encadrant : Philippe Malagoli; Temperate forest ecosystems are prone to regeneration failures because of strong competition between understorey species and tree seedlings. This thesis aimed to improve our understanding of sessile oak seedlings (Quercus petraea) and poacea responses, both in competition among different levels of resource availabilities. Two poacea species were studied, Molinia caerulea and Deschampisa cespitosa. We focused on the role of the different resource combinations (light, water and inorganic nitrogen) on interaction variation (intensity and importance) between those species and underlying ecophysiological mechanisms. Our greenhouse and field experiments allowed us to infer a very early competition, from the first months of interaction between oak seedlings and poacea neighbours. High light level leads to stronger competition from poacea on oak seedlings, increased by nitrogen supply. Secondly nature and extent of these interactions depend on applied abiotic stress level and on considered organs. Thirdly Oak seedlings mainly respond by accumulating resources in coarse roots. These resources are remobilized next year and may have a positive carry-over effect on oak functioning if there is no water stress. Eventually we observed facilitation as well, from oak on D. cespitosa in fertilized environment. Nitrogen supply would foster oak seedling growth, increasing exudate production and root turn-over, to the benefit of D . cespitosa. The poacea would take up this extra nitrogen source for its own development. This study support the idea of including interaction effects of different abiotic factors in competition models. Silvicultural practices would also be enhanced by optimizing species coexistence in temperate forests as soon as tree seedlings and understorey species start to grow together.; La régénération forestière, naturelle ou non, est sujette à de nombreux échecs du fait d’une compétition importante entre les espèces de sous-bois et les jeunes plants d’arbre. L’objectif de ce travail de thèse a été de comprendre les réponses du chêne sessile (Quercus petraea) et d’une poacée, tous deux en compétition dans un contexte de modification de la disponibilité des ressources. Deux espèces de poacées ont été étudiées, la molinie bleue (Molinia caerulea) et la canche cespiteuse (Deschampsia cespitosa). L’accent a été mis sur le rôle des interactions entre différentes ressources (lumière, eau et azote inorganique) sur l’évolution de la compétition (intensité/importance) entre ces espèces et les mécanismes écophysiologiques sous-jacents. Grâce à des expérimentations en conditions semi-contrôlées et à une installation in situ, nous avons pu mettre en évidence une compétition très précoce, dès les premiers mois d’interaction entre le chêne et les poacées voisines. L’abondance de lumière conduit à une compétition plus forte des poacées sur le chêne, amplifiée par l’apport d’azote. Par ailleurs, la nature et l’ampleur de ces interactions varient selon le niveau de stress abiotique appliqué et selon les organes considérés. Nos résultats montrent aussi que le chêne réagit principalement en accumulant les ressources dans son système racinaire, ressources qui sont mobilisées l’année suivante et qui peuvent avoir un arrière effet positif sur le fonctionnement du chêne en absence de stress hydrique. Enfin de la facilitation a également été observée du chêne envers la canche cespiteuse suite à un apport d’azote. Ce dernier améliore la croissance du chêne en compétition, qui pourrait augmenter sa production d’exsudats et son turn-over racinaire au bénéfice de la canche qui valoriserait cette nouvelle source d’azote. Ce travail renforce l’idée d’intégrer l’effet des interactions des différents facteurs abiotiques dans les modèles de compétitions et dans les pratiques de régénération afin d’optimiser la coexistence des espèces forestières, et ce dès la mise en concurrence des jeunes arbres avec les poacées du sous-bois.
- Published
- 2017
19. De la complexité fonctionnelle et écophysiologique des ressources lumière, azote et eau dans le réseau précoce d’interactions entre le jeune chêne (Quercus petraea) et deux Poacées (D. cespitosa et M. caerulea) : conséquences pour la régénération des chênaies tempérées
- Author
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Vernay, Antoine, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Clermont Auvergne, Thierry Améglio, Philippe Balandier, and ProdInra, Migration
- Subjects
lumière ,Quercus petraea ,Molina caerulea ,compétition ,réserves azotées ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,[SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,Photosynthèse ,azote inorganique ,Deschampsia cespitosa ,interactions biotiques abiotiques ,facilitation - Abstract
La régénération forestière, naturelle ou non, est sujette à de nombreux échecs du fait d’une compétition importante entre les espèces de sous-bois et les jeunes plants d’arbre. L’objectif de ce travail de thèse a été de comprendre les réponses du chêne sessile (Quercus petraea) et d’une poacée, tous deux en compétition dans un contexte de modification de la disponibilité des ressources. Deux espèces de poacées ont été étudiées, la molinie bleue (Molinia caerulea) et la canche cespiteuse (Deschampsia cespitosa). L’accent a été mis sur le rôle des interactions entre différentes ressources (lumière, eau et azote inorganique) sur l’évolution de la compétition (intensité/importance) entre ces espèces et les mécanismes écophysiologiques sous-jacents. Grâce à des expérimentations en conditions semi-contrôlées et à une installation in situ, nous avons pu mettre en évidence une compétition très précoce, dès les premiers mois d’interaction entre le chêne et les poacées voisines. L’abondance de lumière conduit à une compétition plus forte des poacées sur le chêne, amplifiée par l’apport d’azote. Par ailleurs, la nature et l’ampleur de ces interactions varient selon le niveau de stress abiotique appliqué et selon les organes considérés. Nos résultats montrent aussi que le chêne réagit principalement en accumulant les ressources dans son système racinaire, ressources qui sont mobilisées l’année suivante et qui peuvent avoir un arrière effet positif sur le fonctionnement du chêne en absence de stress hydrique. Enfin de la facilitation a également été observée du chêne envers la canche cespiteuse suite à un apport d’azote. Ce dernier améliore la croissance du chêne en compétition, qui pourrait augmenter sa production d’exsudats et son turn-over racinaire au bénéfice de la canche qui valoriserait cette nouvelle source d’azote. Ce travail renforce l’idée d’intégrer l’effet des interactions des différents facteurs abiotiques dans les modèles de compétitions et dans les pratiques de régénération afin d’optimiser la coexistence des espèces forestières, et ce dès la mise en concurrence des jeunes arbres avec les poacées du sous-bois.
- Published
- 2017
20. Plasticité phénotypique et architecture génétique de la croissance et de la densité du bois du pin maritime (Pinus pinaster Ait.)
- Author
-
Lagraulet, Hélène, Christophe Plomion, Jean-Marc Gion, Didier Alard [Président], Thierry Améglio [Rapporteur], Patrice This [Rapporteur], Cyrille Rathgeber, Olivier Roupsard, Vincent Ségura, STAR, ABES, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Université de Bordeaux, Université des Sciences et Technologies (Bordeaux 1), Jean-marc Gion, Plomion, Christophe, Gion, Jean-Marc, Rathgeber, Cyrille, Roupsard, Olivier, Ségura, Vincent, Alard, Didier, Améglio, Thierry, This, Patrice, Le président du jury était Didier Alard. Le jury était composé de Cyrille Rathgeber, Vincent Ségura. Les rapporteurs étaient Thierry Améglio, and Patrice This.
- Subjects
[SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment ,[SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment ,Génétique moléculaire ,QTL ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,Ecophysiology ,Écophysiologie ,Genetic mapping ,Molecular genetics ,génétique moléculaire ,écophysiologie ,cartographie génétique ,molecular genetics ,ecophysiology ,genetic mapping ,Cartographie génétique - Abstract
Evaluer l'effet du climat sur la croissance des arbres forestiers, et notamment leur capacité de production de biomasse en situation de contrainte hydrique, passe par la quantification du niveau de plasticité phénotypique des individus et de la diversité génétique des populations au sein de l'espèce étudiée. Le pin maritime, plante pérenne d'intérêt économique majeur en Aquitaine, largement étudiée au niveau génétique et écophysiologique, est un excellent modèle biologique pour mener à bien ce type d'étude. Dans le cadre de cette thèse, nous avons étudié la variabilité phénotypique de nombreux caractères liés à la croissance du pin maritime au jeune âge, en fonction de contraintes abiotiques essentiellement liées à la disponibilité en eau. Nous avons par ailleurs documenté l'architecture génétique de ces traits en termes de nombre, position sur une carte génétique et effet des gènes majeurs (QTL) qui contrôlent une partie de cette variabilité phénotypique.Dans le cadre de travaux de cette thèse, nous avons utilisé deux dispositifs expérimentaux: l'un composé de trois familles F1 issues de croisements contrôlés de parents d'origines géographiques contrastées (Corse, Landes et Maroc), l'autre d'une famille F2 issue de l'autofécondation d'un hybride Corse x Landes. Le premier essai comprenait 1500 individus semés en 2007 sur lesquels la hauteur et le diamètre ont été mesurés annuellement de 2010 à 2014. Nous avons également noté l'évolution de la phénologie du débourrement apical pendant deux années consécutives (2012 et 2013). Enfin, la dynamique de la croissance radiale de 239 génotypes (répartis sur deux des trois familles) a été suivie en continu pendant trois années (2011-2013) grâce à un dispositif unique de capteurs de déplacement continu (microdendromètres). Le second essai comprenait 500 arbres semés en 1998 et dont le carottage au niveau du tronc début 2011 a permis d’établir le profil microdensitométrique sur 7 années consécutives (2004-2010). En parallèle, le génotypage des descendants des 4 croisements a été réalisé grâce à l'aide de biopuces à ADN, ce qui a permis de construire des cartes génétiques. L'analyse conjointe de l'information phénotypique et génotypique a permis d'identifier des QTL pour l'ensemble des caractères et d'étudier leur stabilité en fonction des conditions environnementales et du fond génétique.Cette étude a montré que le débourrement est variable en années en fonction des contraintes de températures et du fond génétique. Tout comme la croissance primaire et secondaire, le débourrement est contrôlé par de nombreux QTL à effets modérés qui varient en fonction de l’environnement climatique et du fond génétique. Le suivi de la dynamique saisonnière de la formation du bois a également montré une interaction QTL x environnement révélant que la densité du bois est régulée par différents gènes ou le même jeu de gènes régulé de façon différentielle en fonction du climat. Enfin, La dernière partie de cette étude a permis de mettre en évidence, pour la première fois, la variabilité intra-spécifique des fluctuations journalières du tronc et son interaction avec des variables environnementales. . L’étude a mis en évidence que ces traits de réponse aux variations de l’environnement varient entre individus et en fonction du fond génétique. La recherche de QTL liés aux traits de micro-variation journalière (amplitude maximale de contraction journalière d'une part et différence entre deux maxima successifs d'autre part) a été réalisée dans le cadre d'une analyse post-hoc permettant de construire a posteriori un gradient environnemental et ainsi de quantifier la variabilité phénotypique et l'architecture génétique de ces deux traits de réponse à la contrainte hydrique. L’analyse comparée des phénotypes, couplée à une caractérisation fine de l’environnement permet d’apporter un nouveau regard sur le déterminisme génétique et environnemental de la croissance du pin maritime au jeune âge et des interactions entre ces deux facteurs., Evaluating the impact of climate change on current plantations supposes the evaluation of their phenotypic plasticity and their genotypic diversity within the species, under abiotic pressure. Maritime pine is a perennial species of major economical interest in the french Aquitaine region. Wildly studied genetically and ecophysiologically, maritime pine is a very good biological model to see that type of study to the end. In this thesis, we intend to study various traits related to maritime pine growth under a biotic constraints, according to the following approaches: (1) evalutation of the phenotypic variability and (2)dissection of the genetic architecture of the traits (number, location and effects of QTLs). The comparisonbetween envrionmental and phenotypic data will allow us to appreciate the phenotypic pasticity of individuals. Afterwards, studying the genetic architecture of these traits and its variability according to the genetic background of individuals and environmental conditions will allow us to assess the stability ofdetected QTLs.We used 4 progenies of maritime pines: 3 controlled crosses of parents originated from contrasted ecotypes (Corsica, Landes and Morocco) and 1 controlled cross from a second generation of self-pollination (F2). Micro-cores were extracted from the individuals of the F2 population andmicrodensity profiles were established trough 7 consecutive years. Total height and diameter of eachindividual were measured once a year on the 3 others crosses, from 2010 to 2014. Dynamics of apical budburst was also followed on the same individuals in 2012 and 2013. Finally, dynamics of radial growth were monitored on a sub-sample of 239 individuals (spread in 2 of the 3 controlled crosses) during 3 yearsthanks to a unique device of microdendrometers.At the same time, all individuals (form the 4 crosses) were genotyped with several DNA bioarraysof molecular markers, allowing the building of genetic maps. The confrontation of phenotypic and genotypic data enabled to identify genome are as involved in the genetic architecture behind the traitsand to study their stability according to environmental conditions and the genetic background of individuals.This study showed that bud burst varies from year to year, depending on the conditions oftemperature and of the genetic background of individuals. Same way as growth, bud burst is controlled bymany QTLs of moderate effect, varying according to climatic conditions and the genetic background of individuals. The monitoring of seasonal dynamics of wood formation also showed a QTL x environment interaction revealing that wood density is regulated by different genes or the same set of genes,differentially regulated in response to the climate. The last part of the study puts forwards, for the firsttime, the variability of radius daily fluctuations within a full-sib family and its interaction with environmental variables. This study shows for the first time that these response traits vary between individuals depending on their genetic background. The investigation for QTLs related to daily radius fluctuations under classes of environmental constraints allowed to quantify, for the first time, genotype x environment interactions on for these response traits. A comparative analysis of the different phenotypes coupled with a fine characterization of the environment brings a new light on the genetic determinism of maritime pine growth at young age and especially its interaction with the environment.
21. Déterminisme génétique de la dynamique de croissance et de la composition isotopique du carbone chez l'Eucalyptus en réponse aux variations environnementales
- Author
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BARTHOLOMÉ, Jérôme, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Institut National d'Etudes Supérieures Agronomiques de Montpellier, Jean-Marc Bouvet, Jean-Marc Gion, Le jury était composé de Jean-Marc Bouvet, Patrice This, Thierry Améglio, Matthieu Falque. Les rapporteurs étaient Catherine Bastien, and René Vaillancourt.
- Subjects
Eucalyptus grandis ,micro-dendromètre ,Locus des caractères quantitatifs ,Carbone ,Intéraction génotype environnement ,QTL ,cartographie génétique ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,Plantations ,F62 - Physiologie végétale - Croissance et développement ,genotype by environment interaction ,Facteur climatique ,growth dynamics ,F30 - Génétique et amélioration des plantes ,Sécheresse ,eau ,Croissance ,isotope ,micro-dendrometer ,dynamique de croissance ,δ13C ,interaction génotype × environnement ,eucalyptus ,genetic mapping ,Facteur du milieu ,Eucalyptus urophylla ,Hybridation interspécifique ,Carte génétique ,Dendrométrie ,Génotype - Abstract
Les différents scénarios sur l'évolution du climat prévoient une augmentation de la fréquence et de l'intensité des sécheresses. La croissance des arbres forestiers étant fortement conditionnée par la disponibilité en eau, ces changements devraient impacter de manière significative la productivité des forêts plantées. La compréhension de l'impact des facteurs génétiques et environnementaux sur la dynamique de croissance est donc un enjeu majeur pour assurer les niveaux de production des plantations de demain. L'Eucalyptus, grâce à sa croissance rapide et à la disponibilité de ressources génétiques et génomiques, est un modèle biologique idéal pour mener ces recherches.L'objectif de cette thèse est de caractériser l'architecture génétique de la dynamique de croissance à différentes échelles de temps chez l'eucalyptus en relation avec : (i) les variations environnementales, et notamment l'évolution de la disponibilité en eau, et (ii) la composition isotopique du carbone de l'arbre (delta 13C), un caractère lié à l'efficience d'utilisation de l'eau. Pour répondre à cet objectif, un croisement interspécifique Eucalyptus urophylla x E. grandis a été étudié dans quatre dispositifs expérimentaux en République du Congo. Notre approche se base sur la cartographie des loci à effet quantitatif (QTL) et combine : (i) un génotypage haut débit, (ii) une caractérisation inter et intra-annuelle de la croissance et du delta 13C, ainsi qu'un suivi en continu des micro-variations du rayon et (iii) une caractérisation en continu des facteurs environnementaux.Ces travaux ont tout d'abord conduit à la construction des premières cartes génétiques à haute résolution chez l'Eucalyptus. L'analyse de l'architecture génétique du delta 13C a ensuite permis de mettre en évidence des gènes candidats positionnels, potentiellement impliqués dans la variation de ce caractère. Enfin, la caractérisation inter et intra-annuelle de la dynamique de croissance a permis de montrer que l'architecture génétique de la croissance, au stade adulte, est structurée par les réponses à l'environnement au stade juvénile. Ces réponses ont ensuite été analysées grâce aux profils de micro-variations du rayon, permettant ainsi de préciser leurs déterminants génétiques Nos résultats soulignent l'importance de considérer la croissance comme un caractère dynamique, non seulement pour la compréhension de ses bases génétiques, mais également à des fins de sélection de variétés adaptées à un environnement changeant., Scenarios of climate changes forecast an increase in frequency and intensity of droughts, related to an increase of global temperatures and changes in rainfall distribution. Growth of forest trees highly depends on water availability and will be significantly impacted by these changes. The understanding of the impact of genetic and environmental factors on the growth dynamics is a major challenge to ensure production levels of future planted forests. Eucalyptus, thanks to its rapid growth and the availability of genetic and genomic resources, is a perfect model to conduct this research.The objective of this thesis is to characterize the genetic architecture of growth dynamics in Eucalyptus at different time scales, in relation with: (i) environmental changes, including changes in water availability, and (ii) isotopic composition of carbon (delta 13C), a character associated with water-use efficiency. To this end, an interspecific cross between E. urophylla x E. grandis was studied in four experimental trials in the Republic of Congo. Our approach, based on mapping of quantitative trait loci (QTL), combines (i) a high-throughput genotyping, (ii) a characterization of inter and intra-annual growth dynamics and delta 13C, as well as a continual measurement of stem radial micro-variations and (iii) a continual characterization of environmental factors.First of all, this work led to the construction of the first high-resolution genetic maps in Eucalyptus, improving the sequence of the reference genome. Then, the analysis of genetic architecture of delta 13C enabled the identification of positional candidate genes which might be involved in the variation of this trait. Finally, inter and intra-annual characterization of growth dynamics highlight that genetic architecture of adult growth is structured by responses to the environment at the juvenile stage. These responses were then analyzed using daily profiles of stem radial micro-variations, which enabled the characterization of the genetic determinants of response to the environmental factors at the juvenile stage.Our results highlight the importance of considering growth as a dynamic trait, not only to understand its genetic basis, but also to select in a changing environment.
- Published
- 2014
22. Mécanismes et modélisation de l'acclimatation au gel des arbres : application au noyer Juglans regia L
- Author
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Charrier, Guillaume, STAR, ABES, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre en Environnement Fluctuant, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, Thierry Améglio, Université Blaise Pascal (Clermont Ferrand 2), and ProdInra, Migration
- Subjects
[SDE] Environmental Sciences ,[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences ,arbre ,Water content ,[SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences ,juglans regia l ,acclimatation au gel ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,Humidité pondérale ,Acclimatation au froid ,[SDV] Life Sciences [q-bio] ,Soluble Carbohydrate ,Juglans regia L ,[SDE]Environmental Sciences ,Sucres solubles ,Frost Acclimation ,LT50 - Abstract
Frost is one of the major limiting constraints for plants causing embolism, living cell lysis and damages on buds during spring. Several processes are observed in trees in order to limit embolism or refill vessels, to increase frost resistance and to avoid freezing period for buds while bursting. Those different processes were monitored in eleven common species according to their potential alitudinal limt. And one was selected (Juglans regia L.) and physiology of acclimation was caracterised through interaction between water content, soluble carbohydrate (which are the best explaining factors for frost resistance), climate and dormancy release. According to those data, a predicting model for frost hardiness was built related to physiology of acclimation. This kind of model would be usefull related to a summer simulating model in order to estimate interaction between different stresses for frost hardiness potential., Le gel est un des facteurs majeurs limitant l’aire de répartition des végétaux. Il a pour conséquence de limiter l’efficience de la circulation de sève brute par formation d’embolie dans les vaisseaux du xylème. Lorsqu’il y a formation de glace dans les tissus, les cellules vivantes peuvent également être lysées dans les organes lignifiés, et dans les bourgeons. Pour pallier cela, différents mécanismes de résistance sont développés pour limiter la formation d’embolie ou la résorber, pour augmenter transitoirement la tolérance à la formation de glace dans les tissus et pour éviter d’exposer les bourgeons et jeunes feuilles aux gels printaniers tardifs. Ces différents traits ont été caractérisés pour onze espèces communes ayant des limites altitudinales potentielles contrastées. Puis la physiologie de l’acclimatation au gel chez Juglans regia L. a été caractérisée, essentiellement à travers les relations entre humidité pondérale, contenu en sucres solubles, climat et levée de dormance. L’ensemble de ces données a permis d’élaborer un modèle prédictif de la résistance au gel en relation avec la physiologie de l’arbre qui pourrait, couplé avec d’autres modèles simulant la période estivale, permettre d’estimer la conjonction de différents stress sur le potentiel de résistance.
- Published
- 2011
23. Etude écophysiologique de l'endurcissement au gel des arbres : impacts des conditions estivales de croissance sur la résistance au gel des arbres
- Author
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Poirier, Magalie, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Université Blaise Pascal (Clermont Ferrand 2), Thierry Améglio, ProdInra, Archive Ouverte, and ProdInra, Migration
- Subjects
[SDE] Environmental Sciences ,[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences ,[SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences ,JUGLANS NIGRA X JUGLANS REGIA ,CONTRAINTES CULTURALES ,RESERVES CARBONEES ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,GEL ,JUGLANS REGIA L ,ECOPHYSIOLOGIE ,RESISTANCE AU GEL ,[SDV] Life Sciences [q-bio] ,TEST DE FUITE DES ELECTROLYTES ,GELISTA TM ,DEVELOPPEMENT ESTIVAL ,[SDE]Environmental Sciences - Abstract
Diplôme : Dr. d'Universite
- Published
- 2009
24. Etude écophysiologique de l'endurcissement au gel des arbres
- Author
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Poirier, Magali, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I, Thierry Améglio, and Meyer, Camille
- Subjects
contraintes culturales ,electrolyte leakage test ,cold hardiness ,développement estival ,summer development ,réserves carbonées ,modeling ,GélistaTM ,résistance au gel ,carbon reserves ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,[SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,cultural stress ,Juglans régia L ,Juglans regia L ,Juglans nigra × Juglans regia ,test de fuite des électrolytes ,modélisation - Abstract
The impact of the contrasted summer conditions of growth (defoliation, drought, nitrogen deficiency, ...) on the freezing tolerance of different tissues and organs, in relation to their carbohydrate status, is studied in walnut trees (Juglans regia). Comparison of several methods for estimate the freezing tolerance (electrolyte leakage test, GélistaTM method, optical microscopy, whole plant freeze test) showed that GélistaTM method, a new tool for testing frost hardiness by stem diameter variations, simply indicated a range of freezing sensibility and electrolyte leakage test showed the best sensibility for estimate the freezing tolerance. Correlation analysis between LT50 and different variables (carbohydrates, water content and mean minimal daily temperatures of 15 days before sampling) was used to establish a simple model to forecast freezing tolerance in annual twigs of two walnut tree cultivars (Franquette and NG38). Walnut tree is a plant that can adjust its aerial development in response to environmental constraints: this potential of adaptation to cultural constraints (morphological plasticity) is lower at the end of summer growth period. The different treatments have an impact on carbon reserves, cellular structure, total and structural biomass. In general, treatments induced a decrease in carbon reserves in the different organs of tree. This decrease is more or less strong according to the conditioning. Moreover, analysis of the impact of summer growing conditions on walnut freezing tolerance has revealed a strong and negative correlation between LT50 and carbohydrates content in the aboveground organs. For the belowground organs, this correlation exists too, but it is weaker. Finally, for annual twigs, the results obtained on young potted trees paralleled those obtained on adult trees., L'impact des conditions estivales de croissance (défoliation, stress hydrique, carence azotée) sur la résistance au gel des différents organes de l'arbre, en liaison ave c leur statut carboné, a été étudié chez le noyer (Juglans regia). La comparaison de plusieurs méthodes estimant la résistance au gel montre que GélistaTM, une nouvelle technique pour estimer l'endurcissement au gel à partir des variations de diamètre des rameaux, indique seulement une gamme de sensibilité au gel. Le test de fuite des électrolytes montre une plus grande sensibilité dans la détermination de la température de résistance au gel. Ensuite, l'étude des corrélations entre le LT50 et les différentes variables (sucres solubles, humidité pondérale et moyenne des températures minimales journalières sur les 15 jours qui précèdent le prélèvement) a permis de construire un modèle simple pouvant prédire le niveau de résistance au gel des rameaux d'un an pour deux variétés de noyers adultes (Franquette et NG38). L'étude du développement aérien végétatif montre que le potentiel d'adaptation (plasticité morphologique) des arbres aux contraintes culturales est plus faible en fin de saison estivale de croissance. Les traitements ont eu un impact sur la structure, la biomasse totale et structurale, ainsi que sur les réserves glucidiques. En général, les traitements ont provoqué une diminution plus ou moins forte de la mise en réserve glucidique dans les différents organes. Par ailleurs, l'analyse des impacts des conditions estivales de croissance sur la résistance au gel a mis en évidence une correlation forte et négative entre le LT50 et la teneur en GFS dans les organes aériens. Pour les organes souterrains, elle existe également mais elle est plus faible. Enfin, pour les rameaux de l'année, l'ensemble des résultats obtenu sur de jeunes noyers en conteneur a été vérifié sur des noyers adultes.
- Published
- 2008
25. Seasonal changes and temperature acclimation of photosynthesis of rubber (Hevea brasiliensis Müll. Arg.)
- Author
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Kositsup, Boonthida, ProdInra, Migration, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Kasetsart University (KU), Kasetsart University [Siracha Campus], and Thierry Améglio
- Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio] ,[SDE] Environmental Sciences ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,[SDE]Environmental Sciences ,these - Abstract
Diplôme : Dr. d'Université
- Published
- 2008
26. Contribution à l'étude de l'influence des changements climatiques dans la modulation des résistances aux stress biotique et abiotique de fruitiers tempérés
- Author
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Saudreau, Marc, Cochard, Hervé, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), AIP (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique, Thierry Améglio, Contrat : P00277, Financement : AIP, Superviseur : Marc Saudreau et Hervé Cochard, Commanditaire : Institut National de la Recherche Agronomique (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2007, and Partenaires : Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
- Subjects
stress biotique ,stress abiotique ,changements climatiques ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,fruitiers tempérés - Abstract
absent
- Published
- 2008
27. Carbon partitioning in Hevea brasiliensis muell. arg. : dynamics among functional sinks (latex reeneration, respiration, growth, and reserves) at trunk scale
- Author
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Silpi, Unakorn, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Kasetsart University (KU), Kasetsart University [Siracha Campus], André Lacointe, and Thierry Améglio
- Subjects
Vegetal Biology ,HEVEA BRASILENSIS ,LATEX REGENERATION ,hevea brasiliensis ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,croissance ,Biologie végétale ,respiration - Abstract
Number : 43840065; This study was devoted to the evaluation of diurnal and seasonal carbon flux distribution between different functional sinks. The results showed that tapping activity has a huge physiological effect at the whole trunk scale in any aspect involved with carbon utilization. In comparison with untapped tree, tapping is confirmed to modify the whole physiological behavior of the trunk. A huge depletion of the latex sucrose concentration at whole trunk scale was obviously demonstrated, but the spatial extension of the regeneration area was shown to depend on quantitative rubber production. The latex diagnosis approach allowed a rather precise description of the shape and size of the metabolically active bark area. The multi-clonal linear relation between rubber production and the estimated latex regeneration area indicates that the regeneration of 1 g of dry rubber requires an average of 100 cm2 latex regeneration area. Tapping strongly affected radial growth. However, this effect seems to depend on the distance from the cut. Tapped tree exhibited a higher reserves deposition than untapped, suggesting that latex regeneration induces an extra demand for more reserves to be used for the future. This strong evidence indicates that reserves sink is not a mere passive buffer and the plant tends to keep reserves at a sufficient level, depending on the demand. Starch and sucrose are the main forms of reserved presented in wood tissue, with maximum deposition of reserves at defoliation and massive utilization occurred during annual leaf shedding – refoliation. The difference in pattern and amount of respiration activity due to tapping and ethephon stimulation was well addressed. Highly linear correlation between respiration activity and radius increment in untapped tree will allow establishing the growth coefficient and respiratory cost for wood production. No linear relationship between growth and respiration in tapped tree especially in tapped panel indicates that respiration is mainly devoted to latex production. This will allow estimating the total cost for rubber biosynthesis
- Published
- 2005
28. Caractérisation des contraintes biotiques et abiotiques sur la phénologie printanière du chêne. Expliquer les patrons de diversité et prédire les changements futurs
- Author
-
Dantec, Cécile, Marie-Laure Desprez-Loustau, Sylvain Delzon, Desprez-Loustau, Marie-Laure, Delzon, Sylvain, Lebourgeois, François, Marçais, Benoît, Van Leeuwen, Cornelis, Sache, Ivan, Améglio, Thierry, Cornelis Van Leeuwen [Président], Ivan Sache [Rapporteur], Thierry Améglio [Rapporteur], François Lebourgeois, and Benoît Marçais
- Subjects
contrainte biotique ,gradient altitudinal ,maladie ,arbre forestier ,débourrement ,températures de chilling / forcing ,gel tardif ,oïdium ,polycyclisme ,budburst ,chilling / forcing temperatures ,spring frost ,disease ,powdery mildew ,polycyclism ,Températures de chilling / forcing ,milieu tempéré ,Gel tardif ,quercus ,Oïdium ,Polycyclisme ,phénologie - Abstract
La phénologie du débourrement est un caractère majeur d’adaptation des arbres à leur environnement en milieu tempéré. Notre objectif a été de caractériser les contraintes biotiques (oïdium) et abiotiques (températures hivernales et printanières / gels tardifs) s’exerçant sur le débourrement afin d’expliquer les patrons de variation phénologique intra et inter populationnelle observés chez le chêne (Quercus petraea) le long d’un gradient altitudinal. Nous avons utilisé une approche combinant observations in situ, expérimentation, et modélisation. Nous avons mis en évidence que l’évitement des gels tardifs printaniers est un caractère adaptatif majeur le long du gradient altitudinal. La tardiveté du débourrement pourrait être due à des besoins plus importants en température de forcing. Par ailleurs, le champignon n’est pas adapté localement à la phénologie de son hôte et les individus et les populations sont alors inégalement exposés à la maladie. En montant en altitude, les chênes sont de plus en plus exposés au champignon, mais les facteurs environnementaux sont défavorables à une plus forte infection. A basse altitude, l’oïdium et les gels tardifs favorisent des phénotypes phénologiques opposés (respectivement précoces vs. tardifs) ; la combinaison des deux contraintes pourrait donc contribuer au maintien de la forte diversité phénologique observée. D’autre part, nous avons observé que l’infection par l’oïdium engendre une augmentation du polycyclisme chez les semis de chêne au cours de la saison de croissance, ce qui les rend moins résistants aux gels hivernaux. Nous montrons qu’il est important que les modèles phénologiques à visée prédictive intègrent la phase de chilling aboutissant à la levée de dormance. Le manque de chilling ne semble pas encore un facteur limitant, mais la tendance actuelle à un débourrement de plus en plus précoce sera probablement freinée voire inversée au milieu du siècle en basse altitude, dans la marge sud de distribution de Q. petraea., Budburst phenology is a major adaptive trait of trees to the environment in temperate climate. Our aim was to characterize the biotic (powdery mildew) and abiotic (winter and spring temperatures / spring frost) constraints acting on budburst in view to explain the patterns of intra and inter populations’ phenological variation observed in sessile oak (Quercus petraea) along an elevation gradient. We based our approach on in situ monitoring, experimentation and modeling. Our results highlight that the avoidance of late spring frosts is a major adaptive trait along the elevation gradient. The lateness in budburst might be due to higher requirements in forcing temperatures. Otherwise, the fungus is not locally adapted to its host phenology so oak individuals and populations are unequally exposed to the disease. With increasing elevation, oaks are more and more exposed to the fungus, but the environmental factors are unfavorable to higher infection. At low elevation, powdery mildew and late spring frosts favor opposite phonological phenotypes (early-flushing vs. late-flushing trees, respectively); the combination of the two pressures may thus contribute to the maintenance of the observed high phenological diversity. We also showed that powdery mildew infection induced an increased polycyclism during the growing season in oak seedlings, which made them less resistant to winter frosts. Predictive phenological models will have to include the chilling phase which conditions dormancy breaking. Although the lack of chilling is not yet a limiting factor, the current trend in increasingly advanced budburst will certainly be slowed or even reversed in the middle of the century at low elevation, in the southern margin of the distribution area of Q. petraea.
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