Search

In-vitro inhibition activity screening and in-silico 3D molecular modeling approaches are important tools for design and development of specific histone deacetylase (HDAC) inhibitors. The objective of this study was to investigate the consistency between these 2 approaches. The HDAC 8 inhibition activities of 8 randomly selected different carboxylic acid derivatives were screened and in-vitro experimental results were compared with in-silico molecular modeling calculations. This study demonstrated that there is no sole gold standard technique for inhibitor design, and it was concluded that a combination of molecular modeling and activity screening assays will ensure more comprehensive and dependable results.

Spinal müsküler atrofi (SMA) otozomal resesif olarak kalıtılan ve omurilikteki alfa motor nöronların dejenerasyonu sonucu oluşan nörodejeneratif bir hastalıktır. SMA hastalığı SMN1 geni mutasyonları sonucu ortaya çıkmakta, genin özdeş kopyası olan SMN2 geni ise hastalık ciddiyetini etkilemektedir. Bu genlerin ürünü olan SMN proteini tüm hücrelerde sentezlenmesine karşın eksikliğinden en fazla motor nöron hücreleri etkilenmektedir. SMN proteininin fonksiyonunu araştırmak üzere yapılan in vitro ve in vivo deneysel çalışmalarla SMN proteini baskılandığında hücrelerin nörit boyunda kontrole göre kısalma görülmüştür. Bu nedenle, SMA hastalığında ortaya çıkan nörit kısalığının düzeltilerek sağlıklı hücrelerdeki boyutuna erişmesinin SMA tedavisinde önemli bir adım olacağı düşünülmektedir. Bu tez çalışmasında, hasta fibroblast hücrelerinde SMN2 gen ifadesini arttırdğı bilinen resveratrol ve kurkumin adlı polifenolik bileşiklerin nörit boy uzamasını indükleyici etkilerinin ve tedavi potansiyellerinin araştırılması amaçlanmıştır. Yapılan ön çalışmalarda, 5 µM resveratrol ve 500 nM kurkuminin nörit boyu analizleri için uygun olduğu bulunmuş, 3, 5 ve 7 gün süreyle nöron benzeri PC12 hücrelerine uygulanmıştır. Kurkuminin 3 günlük inkübasyon sonunda nörit boyunu 38 µm, 7 günlük inkübasyon sonunda ise 23 µm uzattığı saptanmıştır. Resveratrolün etkisi yalnızca 3. günde gözlenmiş, nörit boyunun 18 µm arttığı saptanmıştır. Aynı bileşikler Smn ifadesi baskılanmış PC12 hücre hattına uygulandığında nörit uzama hatasını düzeltemedikleri görülmüş ve bileşiklerin etki gösterebilmeleri için hücrede Smn proteininin varlığına ihtiyaç duydukları saptanmıştır. PC12 hücrelerinde bileşik uygulaması ile indüklenen nörit uzamasının Smn protein miktar artışı ile ilişkisi olabileceği düşünülerek çekirdekte bulunan Smn proteini Gem sayısı analizi ile araştırılmıştır. İmmunfloresan boyama yöntemi ile gerçekleştirilen analizlerde bileşik uygulamalarının çekirdekteki Gem sayılarını değiştirmediği saptanmıştır. Hücrelerdeki toplam Smn protein miktarı ise Western blot yöntemi ile araştırılmış ve kurkumin uygulanan hücrelerde protein düzeyinin değişmediği belirlenmiştir. Yaptığımız çalışmalarda bileşik uygulaması sonrasında Smn protein miktarı değişmemesine rağmen nörit uzamasının indüklendiği gösterilmiş, bu nedenle kurkuminin Smn proteinine bağlanarak etki edebileceği varsayılmıştır. Bağlantı potansiyeli bilgisayar destekli 3 boyutlu modelleme yöntemi ile araştırılmış, Smn-kurkumin bağlantısının (Kd: 239.79 µM) kontrol olarak kullanılan valproata oranla daha kuvvetli olduğu görülmüştür. Bu tez çalışması sonucunda, kurkumin ve resveratrol uygulamalarının Smn protein miktarını değiştirmeden nörit boyunu uzatabildikleri ve bu uzamanın sağlanabilmesi için hücrelerde Smn proteinin bulunması gerekliliği gösterilmiştir. Spinal muscular atrophy (SMA) is an autosomal recessive neurodegenerative disorder caused by degeneration of alpha motor neurons of the spinal cord. While SMA is caused by SMN1 gene mutations, the identical copy of the gene, SMN2, can affect disease severity. Although SMN protein is found in all cells, lower motor neurons are extremely vulnerable to SMN deficiency. Knock-down of SMN protein results in neurite outgrowth defects in vitro and in vivo, therefore correction of the defect is thought to be an important step for SMA treatment. Previous studies reported that resveratrol and curcumin, which are polyphenolic compounds increased SMN2 gene expression in SMA fibroblast cells. The aim of the thesis is to determine therapeutic potential of resveratrol and curcumin by investigating their effects on neurite outgrowth. In the thesis, neuron like PC12 cells were incubated with 5 µM resveratrol and 500 nM curcumin and neurite lenght was measured after 3, 5 and 7 days. At the end of incubation periods, curcumin promoted neurite length about 38 µm and 23 µm after 3 and 7 days, respectively. Neurite outgrowth due to resveratrol has been only seen on the 3rd day and was about 18 µm. However, compounds were not able to correct neurite outgrowth defects in Smn knock-down PC12 cells. These results showed that the compounds needs the presence of Smn protein to exert their effects on neurite. To investigate whether compound-induced neurite elongation is correlated with Smn protein expression, nuclear Gem numbers were analysed by using immunflorescence staining. No significant changes were obtained in Gem numbers between treated and non-treated samples. Total Smn protein expression level was also analysed by Western blot and it was found that Smn protein level remained unchanged after curcumin treatment. According to our findings, it can be hypothezied that curcumin-induced neurite elongation could be triggered from interactions of Smn and curcumin. To test this hypothesis, Smn-curcumin binding was investigated via computer-aided 3D molecular modeling studies. It was calculated that Smn-curcumin binding affinity (Kd: 239.79 µM) was higher than Smn-valproate, which was used as a control. According to the results of this thesis, resveratrol and curcumin induces neurite elongation without changing Smn protein expression but they require Smn protein to achieve this result. 101

TURİZM VE REKREASYON AÇISINDAN KARADENİZ EREĞLİ CEHENNEMAĞZI MAĞARALARI' NIN KULLANICI İLİŞKİLERİNİN DEĞERLENDİRİLMESİ ^ ÖZET Dünyamızın hızlı değişim ve gelişimine bağlı olan nüfus artışı ve kentleşme, insan yaşamı için gerekli olan maddi ve manevi kaynaklar üzerinde olumsuz etkilere sahiptir. Bu olumsuz etkiler hava, su, toprak gibi doğal kaynakların azalması ve kalitesinin düşmesi, kültürel kaynakların tahrip olması, insanlar arasındaki ilişkilerin zayıflaması, psikolojik ve fiziksel rahatsızlıklar gibi sorunlara neden olmaktadır. Rekreasyon ve turizm bu sorunların çözümüne yardımcı olan önemli faktörlerdir. İnsanların boş zamanlarında yaptıkları eylemlerle oluşan rekreasyon ve turizm eski zamanlardan beri farklı yoğunluklarda gerçekleşmektedir. Ancak yirminci yüzyılın başlarından itibaren insan yaşamım destekleyen önemli bir rol üstlenmişlerdir. Rekreasyon ve turizmin insan yaşamında bu kadar büyük önem kazanmasımn ve dünyada bu kadar yaygınlaşmasının önemli sebepleri vardır. Bu sebepler nüfusun artması, kişisel gelir miktarının yükselmesi, teknolojik ilerlemelerle ulaşımın kolaylaşması, insanların eğitim düzeyinin yükselmesi ve çalışma sürelerinin azalması ile boş zamanların artmasıdır. Dinlenme, fiziksel ve zihinsel yenilenme amacı rekreasyon ve turizmin ortak amaçlandır. Dolayısıyla başta doğal ve tarihi olmak üzere pek çok kaynak hem rekreasyon hem de turizm eylemleri için kullanılabilmektedir. Demir ve Çelik Fabrikasının kurulması ile ekonomik bir gelişim gösteren Ereğli, bu gelişimi toplumsal alana da taşımış, ekonomik, sosyal, kültürel ve fiziksel yapısıyla Türkiye'nin sayılı kentlerinden biri haline gelmiştir. Yaşam seviyesinin yüksek olması halkın talep ettiği rekreasyon eylemlerinin çeşitlenmesine neden olmuş,bu da halkın ilgisini çekecek farklı rekreasyon alanları yaratma ihtiyacını doğurmuştur. Ereğli bir sanayi şehri olarak bilinmesine rağmen, tarihsel kökeni M.Ö. 2000'li yıllara uzanan eski bir yerleşimdir. Coğrafi konumu ve sahip olduğu doğal limanı nedeniyle tarihi boyunca pek çok tarihsel topluluğu barındırmıştır. Ancak bu toplulukların izlerinin çok az miktarı günümüze kalmıştır. Cehennemağzı Mağaraları bunlardan biridir. Bu mağaralar mitolojide ve Hıristiyanlık dininin ilk yıllarında önemli olaylara sahne olmuştur. Bu çalışmada Cehennemağzı Mağaralarının rekreasyon amaçlı kullanıma uygun, turistik çekiciliğe sahip olup olmadığı araştırılmıştır. Bu amaçla örneklem büyüklüğü 1000 olan bir anket çalışması yapılmış, yetkililerin bu konuyla ilgili görüşleri alınmış vıııMağaraların halk tarafından rekreasyonel kullanım için tercih edilip edilmediği sorgulanmış ve ankete katılanların %90.7'sinin böyle bir kullanımı tercih edeceği sonucu çıkmıştır. Mahallelerde yaşayan kişilerin, yaş, cinsiyet, eğitim ve gelir durumlarına göre mağaralar için önerdikleri rekreasyon eylemlerinde farklılıklar gözlenmiştir. Mağaraların turizm potansiyeli incelendiğinde turizm açısından çekici bir alan olduğu sonucuna varılmıştır. Anadolu'da Hıristiyanlığın ilk örgütlendiği kentler arasında yer almasıyla Ereğli, ilk tapmaklar arasında yer almasıyla da Cehennemağzı Mağaraları belirli bir öneme sahiptir. Bu nedenle özellikle Hz. İsa'nın 2000. doğum yılını kutlamak amacıyla, Hıristiyan dünyasından pek çok kişinin 2000 yılı süresince dinleri için kutsal sayılan yerlerin bulunduğu ülkeleri ziyaret edecek olması bir başlangıç olarak değerlendirilmeli, hem 2000 yılı inanç turizmi için hem de gelecek yıllarda olması istenen turistik seyahatler için gerekli hazırlıklar yapılmalıdır. ıx THE EVALUATION OF THE USERS OF KARADENİZ ERE?Lİ CEHENNEMA?ZI CAVES FROM THE TOURISTIC AND RECREATIONAL POINT OF VIEW SUMMARY The population growth and urbanization depending on the rapid development of our world have negative impacts on those physical and psychological resources required by people. These negative impacts cause troubleslike decrease in both quality and amount of natural resources such as air, water, soil, the destruction of cultural sources and ever weakening relations between people and some psychological and physical disorders. Recreation and tourism are important factors that prove helpful in the elimination of such troubles. Recreation and tourism activities carried out by people in leisure time happen at varying intensities since old eras. However, they assumed an important role supporting human life and became so widespread throughout the world. These reasons are population growth, increase of personal income level, facilitation of transportation ensured by technologic advances, elevation of education level of people, decreasing working time and increasing leisure time. Relaxation and physical mental renovation are goals that are shared by both recreation and tourism. Consequently, so many resources especially natural and historical ones can be used for both recreation and tourism activities. Having displayed an economic development upon the foundation of Iron and Steel Factory, Ereğli has extended this development to social area entered in the leading towns of Turkey in respect to its economic, social, cultural and physical structure. The high living standarts have caused diversification of recreation activities as demanded by public and this, in turn, has resulted in the requirement to create different recreation areas which would draw public interest. Though known as an industrial town, Ereğli is also an old settlement area dating far back to B.C. 2000. Many historical communities lived in Ereğli during history due to the geographical position and natural port of the town. However, so little traces of these communities have stayed in the town until today. Cehennemağzı Caves are one of such traces. These caves witnessed important events in mythology and initial years of Christianity. What investigated by this study is if Cehennemağzı Caves fit for recreation purposes and if they have a touristic attraction. For this purpose, a questionnaire study with an sampling size of 1000 has been carried out and the opinions of authorities on the subject have been taken. It is tried to be find out whether the public.prefer the caves forrecreational purposes or not and it has been found out that 91% of opponents use the caves for recreational activities. According to the results of the questionnaire study results, recreational preferences change according to education, age, sexuality and income levels. When examined in terms of tourism potential, the caves are to have attraction for touristic purposes. Having been one of those Anatolian towns in which the Christianity became organized first, Ereğli and Cehennemağzı Caves taking place amongst first temples have certain importance. Therefore, it must be taken as a beginning that many people from Christian world shall visit those countries which are seemed to be sacred for their religion during the year 2000 in order to celebrate 2000 th birth anniversary of Jesus and all the needed preparations must be made for both the religios tourism of 2000 and the touristic travels expected in following years. XI 97