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B., Debroucker, T., Levy-Bruhl, D., Raffi, F., Preau, M., Anguel, N., Argaud, L., Arista, S., Armand-Lefevre, L., Balavoine, S., Baraduc, R., Barnaud, G., Bernard, L., Bernars, G., Bertei, D., Bessede, E., Billard Pomares, T., Biron, C., Bland, S., Boileau, J., Boubeau, P., Bourdon, S., Bousquet, A., Boyer, S., Bozorg-Grayeli, A., Bret, L., Bretonniere, C., Bricaire, F., Brocas, E., Brun, M., Buret, J., Burucoa, C., Cabalion, J., Cabon, M., Camuset, G., Canevet, C., Carricajo, A., Castan, B., Caumes, E., Cazanave, C., Chabrol, A., Challan-Belval, T., Chanteperdrix-Marillier, V., Chaplain, C., Charlier-Woerther, C., Chaussade, H., Clair, B., Colot, J., Conil, J.-M., Cordel, H., Cormier, P., Cousson, J., Cronier, P., Cua, E., Dao-Dubremetz, A., Dargere, S., Degand, N., Dekeyser, S., Delaune, D., Denes, E., Dequin, P.-F., Descamps, D., Descloux, E., Desmaretz, J.-L., Diehl, J.-L., Dimet, J., Escaut, L., Fabe, C., Faibis, F., Flateau, C., Fonsale, N., Forestier, E., Fortineau, N., Gagneux-Brunon, A., Garandeau, C., Garcia, M., Garot, D., Gaudry, S., Goehringer, F., Gregoire-Faucher, V., Grosset, M., Gubavu, C., Gueit, I., Guelon, D., Guimard, T., Guinard, J., Hadou, T., Helene, J.-P., Henard, S., Henry, B., Hochart, A.-C., Illes, G., Jaffuel, S., Jarrin, I., Jaureguy, F., Joseph, C., Juvin, M.-E., Kayal, S., Kerneis, S., Lacassin, F., Lamaury, I., Lanotte, P., Laurens, E., Laurichesse, H., Le Brun, C., Le Turnier, P., Lecuyer, H., Ledru, S., Legrix, C., Lemaignen, A., Lemble, C., Lemee, L., Lesens, O., Levast, M., Lhommet, C., Males, S., Malpote, E., Martin-Blondel, G., Marx, M., Masson, R., Matray, O., Mbadi, A., Mellon, G., Merens, A., Meyohas, M.-C., Michon, A., Mootien Yoganaden, J., Morquin, D., Mrozek, N., Nguyen, S., Nguyen, Y., Ogielska, M., Page, B., Patrat-Delon, S., Patry, I., Pechinot, A., Picot, S., Pierrejean, D., Piroth, L., Plassart, C., Plessis, P., Portel, L., Poubeau, P., Poupard, M., Prazuck, T., Quaesaet, L., Ramanantsoa, A., Rapp, C., Raskine, L., Raymond, J., Riche, A., Robaday-Voisin, S., Robin, F., Romaszko, J.-P., Rousseau, F., Roux, A.-L., Royer, C., Salmon, D., Saroufim, C., Schmit, J.-L., Sebire, M., Segonds, C., Sivadon-Tardy, V., Soismier, N., Son, O., Sunder, S., Suy, F., Tande, D., Tankovic, J., Valin, N., van Grunderbeeck, N., Verdon, R., Vergnaud, M., Vernet-Garnier, V., Vidal, M., Vitrat, V., Vittecoq, D., Vuotto, F., Laouenan, C., Marcault, E., Mentre, F., Pasquet, B., Roy, C., Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique (CIC 1425), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre d'investigation clinique [Nancy] (CIC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), CHU Pontchaillou [Rennes], ARN régulateurs bactériens et médecine (BRM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre d'investigation clinique - Epidémiologie clinique [Nancy] (CIC-EC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), CHU Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil (CHIC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Physiologie & médecine expérimentale du Cœur et des Muscles [U 1046] (PhyMedExp), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and The AEPEI IE cohort was funded by a research grant from the French Ministry of Health (PHRC 2007), grants from the Société Française de Cardiologie, the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, and Novartis France. The sponsor was Délégation à la Recherche Clinique et au Développement, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon. The COMBAT cohort was funded by Assistance Publique—Hôpitaux de Paris, Inserm, The French Society of Infectious Diseases (SPILF), and Pfizer Laboratory. It was also supported by the Observatoire de la Resistance du Pneumocoque (ORP) and Santé Publique France. The sponsor of the study and the funding sources had no role in study design, data collection, data analysis, data interpretation or writing of the report. The corresponding author had full access to all the data in the study and had final responsibility for the decision to submit it for publication. The Rapid Service Fee was funded by the University Hospital of Poitiers, to which the corresponding author is affiliated.

Sevestre, J, Deghmane, A, Tournier, I, Caron, F., Taha, M-K, Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Institut Pasteur [Paris], Hôpital Charles Nicolle [Rouen], Systèmes d'élevage, nutrition animale et humaine (SENAH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Hong, E., Olivier BARRAUD, Bidet, P., Bingen, E., Blondiaux, N., Bonacorsi, S., Burucoa, C., Carrer, A., Fortineau, N., Couetdic, G., Courcol, R., Garnier, F., Héry-Arnaud, G., Lanotte, P., Bars, H. L. E., Legrand-Quillien, M. -C, Lemée, L., Mereghetti, L., Millardet, C., Minet, J., Plouzeau-Jayle, C., Pons, J. -L, Schneider, J., Taha, M. -K, Centre National de Référence des Méningocoques et Haemophilus influenzae - National Reference Center Meningococci and Haemophilus influenzae (CNR), Institut Pasteur [Paris], Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges], CHU Limoges, Biologie moléculaire et cellulaire des microorganismes (EA3175), Université de Limoges (UNILIM)-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris 7, Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de microbiologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Service de bactériologie-virologie [Tours], Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Service d'Hématologie, Immunologie et de Thérapie Cellulaire (HITC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Microbiologie : Risques Infectieux, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Faculté de Chirurgie Dentaire de Rennes-Faculté d'Odontologie-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Raherison, Sophie, Institut Pasteur [Paris] (IP), Infections Bactériennes Invasives, Hôpital Robert Debré, Centre de Biologie Pathologie [CHRU Lille] (Pôle de Pathologie), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Hôpital JeanMinjoz, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], CHU Rouen, Normandie Université (NU), Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Université de Rennes - UFR d'Odontologie (UR Odontologie), Université de Rennes (UR)-Université de Rennes (UR), Université de Limoges (UNILIM), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Biologie et de pathologie Est, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU de Tours)