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2. Application of interspecific Somatic Cell Nuclear Transfer (iSCNT) in sturgeons and an unexpectedly produced gynogenetic sterlet with homozygous quadruple haploid

Author

Martin Pšenička, Catherine Labbé, Effrosyni Fatira, Alexandra Depince, Viktoriia Iegorova, Miloš Havelka, Taiju Saito, Faculty of Fisheries and Protection of Waters, South Bohemian Research Center of Aquaculture and Biodiversity of Hydrocenoses, University of South Bohemia, Faculty and Graduate School of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Nishiura Station, South Ehime Fisheries Research Center, Ehime University [Matsuyama], The study was financially supported by the Ministry of Education, Youth, and Sports of the Czech Republic, projects 'CENAKVA' (South Bohemian Research Center of Aquaculture and Biodiversity of Hydrocenoses, CZ.1.05/2.1.00/01.0024) and 'CENAKVA II' (LO1205 under the NPU I program), and the Czech Science Foundation (P502/13/26952 S). The study was also supported by the Grant Agency of the University of South Bohemia in České Budějovice (GAJU Fatira 068/2017/Z) and was partially funded by the French CRB Animal project ≪Investissements d’Avenir≫, ANR-11-INBS-0003. The support of the EU COST Actions FA1205: AQUAGAMETE, Faculty of Fisheries and Protection of Waters [University of South Bohemia], Hokkaido University [Sapporo, Japan], Ehime University [Matsuyama, Japon], ANR-11-INBS-0003,CRB-Anim,Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques(2011), and European Project: COST Action FA 1205, AQUAGAMETE

Subjects
Male, 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, acipenseridae, Nuclear Transfer Techniques, Somatic cell, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, technique de laboratoire, Haploidy, 01 natural sciences, Russia, esturgeon commun, oeuf de poisson, Sturgeon, poisson, lcsh:Science, foetal development, Multidisciplinary, biology, Homozygote, Russian sturgeon, Fishes, génotype moléculaire, cytometry, transfert nucléaire, Somatic cell nuclear transfer, Female, Ploidy, nuclear transfer, Genotype, Cloning, Organism, Zoology, Article, cytométrie, 03 medical and health sciences, Species Specificity, Animals, Acipenser, analyse génomique, 14. Life underwater, Acipenser ruthenus, Author Correction, Cloning, fish, 010604 marine biology & hydrobiology, Endangered Species, lcsh:R, biology.organism_classification, Tetraploidy, 030104 developmental biology, cellule somatique, développement embryonnaire, lcsh:Q, somatic cell, Microsatellite Repeats
Abstract

Somatic cell nuclear transfer (SCNT) is a very promising cloning technique for reconstruction of endangered animals. The aim of the present research is to implement the interspecific SCNT (iSCNT) technique to sturgeon; one fish family bearing some of the most critically endangered species. We transplanted single cells enzymatically isolated from a dissociated fin-fragment of the Russian sturgeon (Acipenser gueldenstaedtii) into non-enucleated eggs of the sterlet (Acipenser ruthenus), two species bearing different ploidy (4n and 2n, respectively). Up to 12% of the transplanted eggs underwent early development, and one feeding larva (0.5%) was successfully produced. Interestingly, although this transplant displayed tetraploidism (4n) as the donor species, the microsatellite and species-specific analysis showed recipient-exclusive homozygosis without any donor markers. Namely, with regards to this viable larva, host genome duplication occurred twice to form tetraploidism during its early development, probably due to iSCNT manipulation. The importance of this first attempt is to apply iSCNT in sturgeon species, establishing the crucial first steps by adjusting the cloning-methodology in sturgeon’s biology. Future improvements in sturgeon’s cloning are necessary for providing with great hope in sturgeon’s reproduction.

Published
2018
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3. Concerns about the feasibility of using 'precision guided sterile males' to control insects

Author

Marc J. B. Vreysen, Jérémy Bouyer, Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Insect Pest Control Laboratory (IPC laboratory), Food and Agriculture Organization of the United Nations [Rome, Italie] (FAO)-International Atomic Energy Agency [Vienna] (IAEA), and Bouyer, Jérémy

Subjects
Male, CRISPR-Cas9 genome editing, Infertilité mâle, Insecta, Molecular biology, Genome, Insect, General Physics and Astronomy, technique de laboratoire, L73 - Maladies des animaux, Méthode de lutte, Sexual Behavior, Animal, 0302 clinical medicine, Aedes aegypti, lcsh:Science, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Animal biology, Gene Editing, 0303 health sciences, Multidisciplinary, biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Biological techniques, Lâcher d'insectes stériles, Aedes albopictus, Drosophila, Female, Population Control, L72 - Organismes nuisibles des animaux, Biotechnology, RNA, Guide, Kinetoplastida, Science, 030231 tropical medicine, Models, Biological, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, Matters Arising, Animal transgénique, Biologie animale, Genetics, Animals, Humans, Pest Control, Biological, 030304 developmental biology, business.industry, Diptera, General Chemistry, biology.organism_classification, Insect Vectors, Genetic engineering, Feasibility Studies, lcsh:Q, CRISPR-Cas Systems, U30 - Méthodes de recherche, business
Abstract

The sterile insect technique (SIT) is an environmentally safe and proven technology to suppress wild populations. To further advance its utility, a novel CRISPR-based technology termed precision guided SIT (pgSIT) is described. PgSIT mechanistically relies on a dominant genetic technology that enables simultaneous sexing and sterilization, facilitating the release of eggs into the environment ensuring only sterile adult males emerge. Importantly, for field applications, the release of eggs will eliminate burdens of manually sexing and sterilizing males, thereby reducing overall effort and increasing scalability. Here, to demonstrate efficacy, we systematically engineer multiple pgSIT systems in Drosophila which consistently give rise to 100% sterile males. Importantly, we demonstrate that pgSIT-generated sterile males are fit and competitive. Using mathematical models, we predict pgSIT will induce substantially greater population suppression than can be achieved by currently-available self-limiting suppression technologies. Taken together, pgSIT offers to potentially transform our ability to control insect agricultural pests and disease vectors.

Published
2019
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5. Non-structural carbohydrates in woody plants compared among laboratories

Author

Anna Sala, Birgit Wild, David S. Ellsworth, Gaëlle Rolland, Kristen Falk, Owen K. Atkin, Audrey G. Quentin, Frank J. Sterck, William R. L. Anderegg, Annick Moing, L. Scott Baggett, José M. Grünzweig, Erin Wiley, André Lacointe, David T. Tissue, Takayoshi Koike, Mickaël Maucourt, Noel W. Davies, Simon M. Landhäusser, Henrik Hartmann, L. Turin Dickman, Sergio G. Nebauer, Joseph R. Stinziano, Sara Palacio, Mari Tobias, Rita Dumbur, Elizabeth A. Pinkard, Bertrand Muller, Makoto Watanabe, Brigitte Saint Joanis, Teresa Rosas, Henry D. Adams, Andreas Richter, Iris Kuhlmann, Renee Smith, Faride Unda, Günter Hoch, Danielle A. Way, Jordi Martínez-Vilalta, Pak S. Chow, Jacqueline Marchand, Nate G. McDowell, Francisco Lloret, Lucía Galiano, Ülo Niinemets, Michael G. Ryan, Yves Gibon, Eran Raveh, David R. Woodruff, Shawn D. Mansfield, Joanna E. Jones, Sharon M. Hood, Marc Bonhomme, Frida I. Piper, Shinichi Asao, Anne Clément-Vidal, Caroline Claye, Lasantha K. Weerasinghe, Melchor Maestro, Pascale Maillard, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] (CSIRO), Western Sydney University, Colorado State University [Fort Collins] (CSU), United States Department of Agriculture (USDA), Los Alamos National Laboratory (LANL), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), University of Alberta, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Plateforme Bordeaux Metabolome, Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Bordeaux, MetaboHUB-MetaboHUB, Princeton University, Australian National University (ANU), University of Tasmania [Hobart, Australia] (UTAS), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), The Hebrew University of Jerusalem (HUJ), Oregon State University (OSU), Swiss Federal Institute for Forest, Snow and Landscape Research WSL, University of Freiburg [Freiburg], Max-Planck-Institut für Biogeochemie (MPI-BGC), University of Basel (Unibas), Montana State University (MSU), Hokkaido University [Sapporo, Japan], University of Barcelona, Instituto Pirenaico de Ecologìa = Pyrenean Institute of Ecology [Zaragoza] (IPE - CSIC), University of British Columbia (UBC), Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux (LEPSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Universitat Politècnica de València (UPV), Centro de Investigación en Ecosistemas de la Patagonia - Universidad Austral de Chile (CIEP), University of Vienna [Vienna], Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), University of Western Ontario (UWO), Estonian University of Life Sciences (EMU), Tokyo University of Agriculture and Technology (TUAT), Duke University [Durham], University of Peradeniya, University of Gothenburg (GU), USDA Agricultural Research Service [Maricopa, AZ] (USDA), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Plateforme Metabolome Bordeaux, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Instituto Pirenaico de Ecologia (IPE), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Western Sydney University (UWS), United States Department of Agriculture - USDA (USA), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, University of Tasmania (UTAS), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Swiss Federal Institute for Forest, Snow and Avalanche Research WSL, Hokkaido University, Instituto Pirenaico de Ecologia, Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Spain] (CSIC), Universidad Politécnica de Valencia, Estonian University of Life Sciences, Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), and Tokyo University of Agriculture and Technology

Subjects
Plante ligneuse, Physiology, Starch, [SDV]Life Sciences [q-bio], technique de laboratoire, Extraction, Plant Science, Plant Roots, Trees, Reference method, chemistry.chemical_compound, Food science, Plant Stems, Composition chimique, Particle size, Analyse de tissu foliaire, Standard methods, PE&RC, Plant tissue, Eucalyptus globulus, Carbohydrate Metabolism, FISIOLOGIA VEGETAL, Woody plant, Quantification methods, F60 - Physiologie et biochimie végétale, Carbohydrates, Soluble sugars, Biology, Chemistry Techniques, Analytical, Species Specificity, Non-structural carbohydrate chemical analysis, Botany, Bosecologie en Bosbeheer, Sugar, Technique analytique, Prunus persica, Plant roots, Extraction and quantification consistency, biology.organism_classification, Pinus edulis, Forest Ecology and Forest Management, Standardization, Plant Leaves, chemistry, nervous system, U30 - Méthodes de recherche, Laboratories
Abstract

[EN] Non-structural carbohydrates (NSC) in plant tissue are frequently quantified to make inferences about plant responses to environmental conditions. Laboratories publishing estimates of NSC of woody plants use many different methods to evaluate NSC. We asked whether NSC estimates in the recent literature could be quantitatively compared among studies. We also asked whether any differences among laboratories were related to the extraction and quantification methods used to determine starch and sugar concentrations. These questions were addressed by sending sub-samples collected from five woody plant tissues, which varied in NSC content and chemical composition, to 29 laboratories. Each laboratory analyzed the samples with their laboratory-specific protocols, based on recent publications, to determine concentrations of soluble sugars, starch and their sum, total NSC. Laboratory estimates differed substantially for all samples. For example, estimates for Eucalyptus globulus leaves (EGL) varied from 23 to 116 (mean = 56) mg g(-1) for soluble sugars, 6-533 (mean = 94) mg g-1 for starch and 53-649 (mean = 153) mg g-1 for total NSC. Mixed model analysis of variance showed that much of the variability among laboratories was unrelated to the categories we used for extraction and quantification methods (method category R-2 = 0.05-0.12 for soluble sugars, 0.10-0.33 for starch and 0.01-0.09 for total NSC). For EGL, the difference between the highest and lowest least squares means for categories in the mixed model analysis was 33 mg g-1 for total NSC, compared with the range of laboratory estimates of 596 mg g-1. Laboratories were reasonably consistent in their ranks of estimates among tissues for starch (r = 0.41-0.91), but less so for total NSC (r = 0.45-0.84) and soluble sugars (r = 0.11-0.83). Our results show that NSC estimates for woody plant tissues cannot be compared among laboratories. The relative changes in NSC between treatments measured within a laboratory may be comparable within and between laboratories, especially for starch. To obtain comparable NSC estimates, we suggest that users can either adopt the reference method given in this publication, or report estimates for a portion of samples using the reference method, and report estimates for a standard reference material. Researchers interested in NSC estimates should work to identify and adopt standard methods., M.G.R. was funded by McMaster fellowship (1158.C). S.P. was funded by Juan de la Cierva contract (MCI project) and project ARBALMONT/786-2012 (OPAN, MAAMA, Spain). F.P. was funded by Fondecyt 11121175. U.N. and M.T. were funded by the Estonian Ministry of Education and Science, grant IUT-8-3. N.G.M. and L.T.D. were funded by DOE-BER. H.D.A. was funded by LANL-LDRD. J.M.-V. was funded by the Spanish Government (CGL 2010-16376). S.H. was funded by the Montana Institute on Ecosystems' Graduate Enhancement Award from NSF EPSCoR Track-1 NSF-IIA-1443108. Valuable comments from Dr Mauricio Mencuccini (University of Edinburgh), Dan Binkley (Colorado State University) and two anonymous reviewers were also greatly appreciated.

Published
2015
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6. Le TMA comme outil de mise au point des conditions de marquages immunohistologiques. Application à l’étude de la croissance musculaire de la truite arc-en-ciel

Author

Bugeon, Jérôme, Evouna Mengue, Parfait, Sevellec, Claude, Cauty, Chantal, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
Animal biology, salmonidae, oncorhynchus mykiss, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], muscle, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Biologie du développement, tissu microarray, technique de laboratoire, Development Biology, croissance, histologie, poisson, marquage immunohistologique, marquage immunohistochimique, Biologie animale, croissance musculaire, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Autre (Sciences du Vivant), truite arc en ciel
Abstract

National audience

Published
2013

7. DÉTERMINATION DE LA RUGOSITÉ DE SURFACE PAR DES MÉTHODES ACCESSIBLES

Author

Yves Moisan, Nathalie Beaulieu, and Gregoire Leclerc

Subjects
Hydrology, Materials science, Télédétection, Coefficient of variation, Statistical parameter, technique de laboratoire, Geometry, Surface finish, Standard deviation, Metrology, Région arctique, Mesure, Surface roughness, General Earth and Planetary Sciences, Calipers, Profilometer, U30 - Méthodes de recherche
Abstract

Cette remarque technique décrit deux méthodes de mesure de la rugosité de surface, la première utilisant un profilomètre économique et la seconde, une chaîne et une règle-vernier. Les étapes de calcul de plusieurs paramètres de rugosité sont décrites en détails. Une analyse des paramètres calculés pour 30 profils mesurés dans l'Arctique canadien suggère que pour une appréciation approximative de la rugosité, la méthode de la chaîne pourrait remplacer la mesure d'un profil. Nous avons observé une corrélation très élevée entre la variation maximale de hauteur mesurée pour un profil et la hauteur RMS correspondante. La longueur de corrélation a montré un coefficient de variation excessivement élevé pour chacun des matériaux échantillonnés, et n'a montré aucune tendance à produire des valeurs moyennes différentes pour les différents matériaux.

Published
1995
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8. Technical guidelines for the safe movement and duplication of Coconut and duplication of Coconut (Cocos nucifera L.) germplasm using embryo culture transfer protocols

Author

Cueto, Cristeta A., Johnson, Vincent, Bourdeix, Roland, Engelmann, Florent, Kembu, A., Konan, Jean-Louis, Kouassi Kan, M., Oropeza Salin, C.M., Rivera, R.L., Vidhanaarachchi, V.R.M., and Weise, Stephan

Subjects
variété (taxonomie), technique de laboratoire, F62 - Physiologie végétale - Croissance et développement, Banque de gènes, F30 - Génétique et amélioration des plantes, Germplasm, Conservation du matériel génétique, Culture d'embryon, Cocos nucifera
Abstract

This publication provides information and guidance on safe movement and duplication of coconut (Cocos nucifera L.) germplasm using embryo culture transfer protocols. It represents the main output of a project aiming at validating and applying the adapted protocol to provide users with an up-to-date, reliable method for effectively transferring coconut germplasm. Most importantly, embryo transfer offers an important facility for duplicating unique accessions housed in certain coconut genebanks in other genebanks to minimise the risk of losing them.

Published
2012

9. Protocols for field and laboratory rodent studies

Author

Vincent Herbreteau, Sathaporn Jittapalapong, Worawut Rerkamnuaychoke, Yannick Chaval, Jean-François Cosson, Serge Morand, UMR 228 Espace-Dev, Espace pour le développement, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Université de Guyane (UG)-Université des Antilles (UA), Animal et gestion intégrée des risques (UPR AGIRs), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Territoires, Environnement, Télédétection et Information Spatiale (UMR TETIS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-AgroParisTech-Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF), Kasetsart University, Department of Parasitology, Faculty of Veterinary Medicine (KU), Kasetsart University (KU), Faculty of Veterinary Technology, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Herbreteau Vincent (ed.), Jittapalapong Sathaporn (ed.), Rerkamnuaychoke Worawut (ed.), Chaval Yannick (ed.), Cosson Jean-François (ed.), Morand Serge, Université de Guyane (UG)-Université des Antilles (UA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM), Kasetsart University, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Université des Antilles (UA)-Université de Guyane (UG)-Université de Montpellier (UM)-Université de La Réunion (UR)-Avignon Université (AU)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Animal et gestion intégrée des risques (Cirad-Bios-UPR 22 AGIRs), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Kasetsart University, Department of Veterinary Technology, Faculty of Veterinary Technology, and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
RECOMMANDATIONS, Trypanosoma, ESPECE, ANALYSE DE LABORATOIRE, COLLECTION ZOOLOGIQUE, protocols, TECHNIQUE DE LABORATOIRE, trapping, RONGEUR, EUTHANASIE, morphology, collection, CARACTERE MORPHOLOGIQUE, MESURE, PARASITE, DISSECTION, PRELEVEMENT, helminths, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, METHODE D'ANALYSE, PIEGEAGE, IDENTIFICATION, morphometrics, barcode, SANG, pathogens, ANIMAL, GENETIQUE, karyotype, dissection, rodents, ORGANE, RAT, identification, CARYOTYPE, METHODOLOGIE
Abstract

http://www.ceropath.org/references/rodent_protocols_book; Technical book; "Protocols for field and laboratory rodent studies" present the best practices for the studies of rodents and rodent-borne pathogens and parasites from the field to the laboratory. It aims at covering the different steps of rodent studies: 1) Trapping, 2) Dissection and preparation of tissue samples for pathogens screening, 3) Identification of species, 4) Isolation of helminths, 5) Preparing rodent specimens for collections. This book gathers accurate recommendations and techniques, based on those generally accepted in the literature and adapted from the experience of the different authors during rodent surveys and laboratory work. Its presentation is designed to work in the fields with a clear and colorful organization of each chapter, with: inserts providing definitions and recommendations, protocols detailed step by step, and an emphasis on illustrations with several photographs. This book is a publication generated by the CERoPath project (Community Ecology of Rodents and their Pathogens in a changing environment, www.ceropath.org) funded by the French Ministry of Research from 2008 to 2011.

Published
2011

10. In vitro rearing of Pratylenchidae nematodes on carrot discs

Author

Jean-Louis Sarah and Marc Boisseau

Subjects
Population, technique de laboratoire, Extraction, Horticulture, Botany, Radopholus similis, education, Nématode des plantes, Pratylenchidae, education.field_of_study, Expérimentation, biology, Inoculation, Musa, Méthode d'élevage, biology.organism_classification, H10 - Ravageurs des plantes, Musaceae, Nematode, PEST analysis, Pratylenchus, Agronomy and Crop Science, Food Science
Abstract

Introduction. This rearing technique is applicable to migratory nematodes (e.g., Pratylenchus spp. and Radopholus similis) for mass production of nematodes for experimen- tal purposes, conservation of nematodes, and direct studies of nematodes' multiplication or reproduction mechanisms. The principle of the method applied, key advantages, starting plant material and time required are presented. Materials and methods. Necessary labora- tory materials, and details of the nine steps required for the preparation of carrot discs, prepa- ration of nematodes, inoculation of nematodes and collection of nematodes out of petri dishes are described. Possible troubleshooting is explained. Results. Several thousands of nematodes can be extracted out of one carrot disc after 6-8 weeks of culture, depending on nematode species and geographical population. France (Guadeloupe) / Musa sp. / plant nematodes / methods / extraction / laboratory equipment / rearing systems

Published
2008

11. Ecologie et évolution des systèmes parasites : cours

Author

Thomas, F., Guégan, Jean-François, and Renaud, François

Subjects
SELECTION, EPIDEMIOLOGIE, BIOLOGIE DES POPULATIONS, HISTOIRE DE VIE, ECOSYSTEME, BIODIVERSITE, MORPHOLOGIE, COMPORTEMENT, PROGRAMME DE RECHERCHE, PATHOLOGIE, TECHNIQUE DE LABORATOIRE, RELATION HOTE PARASITE, PARASITISME, ANALYSE SYSTEMIQUE, LUTTE BIOLOGIQUE, PARASITE, BIOLOGIE DU PARASITE, AGENT PATHOGENE, METHODOLOGIE, ECOLOGIE, IMMUNITE
Published
2007

12. In vitro rearing of Pratylenchidae nematodes on carrot discs

Author

Boisseau, Marc, Sarah, Jean-Louis, Boisseau, Marc, and Sarah, Jean-Louis

Abstract

Cette technique d'élevage s'applique aux nématodes migrateurs (par exemple, aux espèces de Pratylenchus et à Radopholus similis) pour une production de masse des nématodes à des fins expérimentales, pour leur conservation, et pour des études de leur multiplication ou de leurs mécanismes de reproduction. Le principe de la méthode appliquée, les principaux avantages, le matériel végétal nécessaire et le temps requis sont présentés. Matériel et méthodes. Le matériel de laboratoire nécessaire, ainsi que le détail des neuf étapes nécessaires à la préparation des disques de carotte, la préparation des nématodes, l'inoculation des nématodes et la récupération des nématodes hors des boîtes de Pétri sont décrits. Les problèmes potentiels sont répertoriés. Résultats. Plusieurs milliers de nématodes peuvent être extraits à partir d'un disque de carotte après 6-8 semaines de culture, selon l'espèce et la population considérées.

Published
2008

14. Tecnicas de laboratorio para la seleccion de sustancias antimalaricas

Author

Deharo, Eric, Gautret, P., Munoz, V., and Sauvain, Michel

Subjects
TRAITEMENT MEDICAL, MANUEL DE LABORATOIRE, CULTURE IN VITRO, ACTIVITE BIOLOGIQUE, SUBSTANCE NATURELLE, EVALUATION, SUBSTANCE PHARMACO-DYNAMIQUE, PALUDISME, CULTURE DE MICROORGANISME, TECHNIQUE DE LABORATOIRE, CHLOROQUINE
Published
2000

16. Detection of geminiviruses from tropical countries by a double monoclonal antibody ELISA using antibodies to African cassava mosaic virus

Author

B. Kounounguissa, Denis Fargette, Jean-Claude Thouvenel, Mhv Van Regenmortel, L. Givord, Bernard Walter, and Revues Inra, Import

Subjects
geminivirus, medicine.drug_class, viruses, diagnostic, virus, Biology, Monoclonal antibody, mosaïque, TECHNIQUE DE LABORATOIRE, Virus, manioc, GEMINIVIRUS, DIAGNOSTIC, African cassava mosaic virus, test, medicine, african cassava mosaic virus, Tomato yellow leaf curl virus, Euphorbia mosaic virus, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, technique elisa, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, PHYTOVIRUS, Indian cassava mosaic virus, manihot esculenta, food and beverages, Elisa assay, acmv, biology.organism_classification, TEST BIOLOGIQUE, Virology, détection, Agricultural sciences, VIROLOGIE, [SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, IMMUNOESSAI, anticorps monoclonal, biology.protein, VIRUS ACMV, PATHOLOGIE VEGETALE, Antibody, virose, Agronomy and Crop Science, Sciences agricoles, ANTICORPS
Abstract

Using double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) tests, monoclonal antibodies (mAbs), which were prepared against particles of a Nigerian isolate of African cassava mosaic virus (ACMV), differentiated African geminiviruses (tomato yellow leaf curl virus, TYLCV; ACMV from West and East Africa; and okra leaf curl virus) from those originating in other countries of the world (euphorbia mosaic virus; Indian cassava mosaic virus; and TYLCV (Indian isolate)). All these viruses belong to the whitefly-transmitted geminivirus subgroup III. One mAb reacted with all 7 tested viruses and isolates. For detecting TYLCV from Senegal, it proved necessary to use a reducing agent in extraction buffer. A diagnostic DAS-ELISA was developed. This relies only on the use of mAbs and is useful for large-scale field screening., Des anticorps monoclonaux (AcMc) dirigés contre le virus de la mosaïque africaine du manioc («ACMV») (isolat du Nigéria) et utilisés dans un test DAS-ELISA («double antibody sandwich-ELISA») permettent de distinguer (à l’intérieur du sous-groupe III des geminivirus), les geminivirus originaires dAfrique (ACMV souche Ouest et Est ; virus de l’enroulement jaunissant de la tomate : «TYLCV» ; virus de l’enroulement du gombo) de ceux provenant des autres continents du monde (virus de la mosaïque de l’euphorbe ; virus indien de la mosaïque du manioc ; TYLCV de l’Inde). L’un de ces AcMc réagit avec les 7 geminivirus testés. Néanmoins, la détection du TYLCV (isolat du Sénégal) nécessite un tampon d’extraction spécifique, contenant un agent réducteur. Un test de diagnostic ou de détection utilisant seulement des AcMc, et par conséquent applicable à grande échelle, a été mis au point.

Published
1994

17. Use of random amplified DNA markers to analyse genetic variability and relationships of Coffea species

Author

Philippe Lashermes, Joëlle Cros, Philippe Marmey, and André Charrier

Subjects
VARIATION INTRASPECIFIQUE, Plant Science, TECHNIQUE DE LABORATOIRE, RESSOURCES GENETIQUES, Intraspecific competition, COLLECTION BOTANIQUE, chemistry.chemical_compound, Genetics, Genetic variability, VARIABILITE GENETIQUE, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, ANALYSE DE DONNEES, PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE, biology, Oligonucleotide, BIODIVERSITE, Coffea, RELATION INTERSPECIFIQUE, POLYMORPHISME, Interspecific competition, biology.organism_classification, genomic DNA, chemistry, Genetic marker, Agronomy and Crop Science, DNA
Abstract

L'intérêt des "RAPDs" (Ramdom Amplification of Polymorhic DNA sequence) comme marqueur génétique chez les caféiers a été évalué. Des oligonucléotides ont été utilisés comme amorces pour l'amplification de séquence d'ADN génomique par la réaction de polymérisation en chaîne (PCR). Différentes accessions comprenant les principales espèces de caféiers ont été analysées. Une variation intra-spécifique a été facilement détectée chez #Coffea canephora$ et #Coffea liberica$. Par contre, les amorces testées n'ont pas permis de mettre en évidence du polymorphisme entre les différentes accessions de #C. arabica$. Un important polymorphisme inter-spécifique a été observé. Des relations génétiques entre espèces de caféiers ont pu être déduite à partir des degrés de similarité des profils de produits d'amplification. Les marqueurs "RAPD" présentent une grande valeur pour la caractérisation, l'analyse et l'utilisation des ressources génétiques chez les caféiers. (Résumé d'auteur)

Published
1993

18. Tissus durs et âge individuel des vertébrés

Author

Carpentier, A., Dufour, J.L., Vérin, Y., Baglinière, J.L. (ed.), Castanet, J. (ed.), Conand, François (ed.), and Meunier, F.J. (ed.)

Subjects
POISSON MARIN, TECHNIQUE DE LECTURE, SOLE, CHINCHARD, OTOLITHE, TECHNIQUE DE LABORATOIRE
Abstract

La participation du laboratoire de Boulogne/Mer aux groupes de travail du Conseil International pour l'Exploitation de la Mer, demande de lire un nombre important d'otolithes (15 à 18000 par an). La nécessité d'acquérir des résultats fiables et rapides a conduit le laboratoire à adapter et améliorer la technique de Bedford : les otolithes sont inclus dans la résine polyester et tronçonnés en lames minces. Cette technique a été testée et étendue à d'autres pièces anatomiques. Ses développements sur la sole et récemment sur le chinchard, sont présentés ici. (Résumé d'auteur)

Published
1992

22. Rapid determination of the sex of puberal salmonid fish by a technique of immunoagglutination

Author

B. Breton, P. Y. Le Bail, Unité de recherche Génétique des Poissons (UGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Laboratoire de physiologie des poissons

Subjects
endocrine system, animal structures, [SDV]Life Sciences [q-bio], Fishing, sex determination, technique de laboratoire, Aquatic Science, Salmonid fish, salmo trutta, digestive system, reproduction, 03 medical and health sciences, Brown trout, Vitellogenin, fish, brown trout, vitellogenine, immunoagglutination, sexing technique, poisson, salmonids, 14. Life underwater, saumon de l'atlantique, 030304 developmental biology, salmonidae, 0303 health sciences, sea trout, détermination du sexe, biology, salmon, 04 agricultural and veterinary sciences, Fishery, salmo salar, 040102 fisheries, biology.protein, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Vitellogenesis, atlantic, vitellogenin
Abstract

The present study describes a rapid, simple and specific method to determine the sex of salmonid fish. This method is based on the detection by immunoagglutination of the serum vitellogenin of females in which oocytes are undergoing vitellogenesis. The application of this technique demonstrated the possibility of detecting vitellogenin in female brown trout as early as April and in all female Atlantic salmon captured in Brittany during the fishing season, between March and June.

Published
1981
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