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International audience; IntroductionPerioperative chemotherapy is the standard strategy for localized gastric cancers. Nevertheless, this strategy seems to be inefficient, if not deleterious, for patients with tumors harboring microsatellite instability (MSI) and/or mismatch repair deficiency (dMMR), a tumor phenotype predictive for the efficacy of immune checkpoint inhibitors (ICKi).AimThe GERCOR NEONIPIGA single-arm phase II study (NCT04006262; EUDRACT 2018-004712-22) aims at evaluating the efficacy of a peri-operative strategy with nivolumab and ipilimumab in neoadjuvant setting, then nivolumab alone after surgery for patients with resectable MSI/dMMR gastric cancer.Material and methodsMain inclusion criteria are: gastric and oesogastric junction adenocarcinoma (GOA), T2-T4, all N stage and M0, MSI/dMMR. Patients will be treated with nivolumab 240 mg Q2 W, 6 infusions, and ipilimumab 1 mg/kg Q6 W, 2 infusions in neoadjuvant setting. Following surgery, patients with TRG 1-2-3 (Mandard tumor regression grade), acceptable tolerance of neoadjuvant treatment and postoperative ECOG performance status 0–1, will be treated with adjuvant nivolumab 480 mg Q4 W, 9 infusions.ResultsThe primary endpoint is pathological complete response rate (pCR-R). Based on a Fleming design, with α = 5% and β = 20%, 27 patients have to be evaluated (H0 = 5%; H1 = 20%). Secondary endpoints include disease-free survival, overall survival and safety.ConclusionThis study is planned to include 32 patients to evaluate the pCR-R with the combination of nivolumab and ipilimumab in neoadjuvant setting for MSI/dMMR localized GOA. The MSI/MMR status should be systematically assessed on diagnostic biopsies of all GOA. If it meets its primary endpoint, the GERCOR NEONIPIGA study might mark a turning point in the management of localized MSI/dMMR GOA patients.; IntroductionLa chimiothérapie périopératoire est la stratégie de référence pour les cancers gastriques (CG) localisés, mais semble inefficace voire délétère pour les patients avec un cancer MSI/dMMR (microsatellites instables/MMR-déficient), biomarqueur prédictif de l’efficacité de l’immunothérapie.ObjectifL’essai de phase 2 mono-bras GERCOR NEONIPIGA (NCT04006262; EUDRACT 2018-004712-22) évalue l’efficacité du nivolumab plus ipilimumab en néo-adjuvant puis nivolumab seul en adjuvant pour les CG ou de la jonction œsogastrique (JOG) MSI/dMMR résécables.Matériel et méthodesLes principaux critères d’inclusion sont : CG/JOG, T2-4 tout N M0, MSI/dMMR. Les patients sont traités en néo-adjuvant par nivolumab 240 mg Q2 W, 6 perfusions, et ipilimumab 1 mg/kg Q6 W, deux injections. Les patients avec un degré de régression tumorale 1-3 selon Mandard, une tolérance acceptable du traitement néo-adjuvant et un indice de performance postopératoire ECOG 0-1 recevront neuf perfusions mensuelles de nivolumab 480 mg en adjuvant.RésultatsL’objectif principal est le taux de réponse complète pathologique (pCR). Selon un design de Fleming avec α = 5 % et β = 20 %, 27 patients évaluables sont à analyser (H0 = 5 % ; H1 = 20 %). Les critères secondaires de jugement sont la survie sans maladie, la survie globale et le profil de tolérance.ConclusionIl est prévu d’inclure 32 patients pour évaluer le taux de pCR pour les CG/JOG MSI/dMMR traités par nivolumab et ipilimumab néo-adjuvant. Le statut MSI/MMR doit être systématiquement analysé sur les biopsies diagnostiques de tout CG/JOG. L’étude NEONIPIGA pourrait marquer un tournant dans la prise en charge des CG/JOG MSI/dMMR si elle atteint son objectif principal.

Probabilistic graphical models are omniscient in the study of complex systems involving latent variables. The sum-product algorithm exploits the graph structure for reducing the algorithmic complexity of an inference. In this thesis, we are interested in exact inference in Bayesian networks (BNs) and hidden Markov models (HMMs) and applications in survival analysis, genetics and segmentation. Two main themes are explored: - Extensions of the sum-product algorithm on the polynomial ring: inspired by versions of the algorithm over polynomial potentials to compute probability and moment generating functions, we develop a method for computing the exact derivatives of the likelihood up to a chosen order in BNs. Furthermore, we propose a method based on probability generating functions in constrained HMMs to relax the constraint on the prior for the segmentation space, in particular the number of homogeneous segments, in sequence segmentation. - Development of a BN for computing probabilities of genetic predisposition and cancer risks in the framework of the Lynch syndrome (LS). The LS is defined as a germline monoallelic pathogenic mutation in a gene of the mismatch repair system. BNs are particularly suited for studying familial genetics as they allow for modeling the structure dependency between genotypes (usually latent) and phenotypes (usually observed) of family members. As the Lynch spectrum is wide and multiple diagnoses for LS carriers not rare, personal histories of cancer are modeled in a multi-state survival model., Les modèles graphiques probabilistes sont omniprésents dans l’étude des systèmes complexes avec variables latentes. L’algorithme somme-produit exploite la structure des graphes pour réduire la complexité algorithmique d’une inférence. Cette thèse porte sur l'inférence exacte dans les réseaux Bayésiens (RBs), les chaînes de Markov cachées (CMCs) et applications en analyse de survie, génétique et segmentation. Elle comporte deux axes : - Extensions de l'algorithme somme-produit sur l'anneau polynomial : inspirés par des versions de l’algorithme à potentiels polynomiaux pour le calcul de fonctions génératrices des probabilités et des moments, nous développons une méthode pour calculer les dérivées de la vraisemblance jusqu’à un ordre choisi dans les RBs. D’autre part, nous proposons une méthode fondée sur les fonctions génératrices des probabilités dans des CMCs contraintes pour relaxer le prior sur l’espace des segmentations, notamment le nombre de segments homogènes, en segmentation de séquences. - Développement d’un RB pour le calcul de probabilité de prédisposition génétique et de cancer dans le cadre du Syndrome de Lynch (SL). Le SL est défini par une mutation pathogène monoallélique constitutionnelle dans un gène du système de réparation des mésappariements de l’ADN. Les RBs sont particulièrement adaptés à la génétique familiale car ils permettent de modéliser la structure de dépendance entres les génotypes (la plupart latents) et les phénotypes (le plupart observés) des membres d’une famille. Le spectre du SL étant large et les cancers multiples non rares chez les porteurs de ce syndrome, les phénotypes individuels sont modélisés par un modèle de survie multi-états.

Today, the major challenge in medical genetics is the clinical interpretation of nucleotide variants detected in a patient’s genome. In the context of a monogenic disease, the identification of the pathogenic variant allows the optimization of the medical care of patients and their relatives. Nonsense variations as well as those located at the canonical splice sites (IVS±1/2) are generally considered pathogenic. However, it is possible that a fraction of them induce in-frame splicing anomalies that can potentially result in the production of a functional protein. To test this hypothesis, we used as model systems two major cancer-predisposition genes: BRCA2, implicated in hereditary breast and ovarian cancer syndrome and MSH2, involved in Lynch syndrome. We took advantage of complementary experimental approaches to characterize the impact of this type of variants not only in RNA splicing but also at the protein level. Our study on BRCA2 demonstrated that a subset of IVS±1/2 and nonsense variants (i) induce in-frame skipping of exon 12 via the modification of splice sites or of splicing regulatory elements and (ii) are able to maintain BRCA2 activity though being hypomorphic. These data provide the first evidence, in a cancer-predisposition gene, that certain presumed null variants can bypass total loss of function due to their impact on splicing. Thus our findings call into question the pathogenic nature of these variants. In our study on MSH2 IVS±1/2 variants, we characterized three biotypes of in-frame splicing defects responsible for deletions or insertions at the protein level in different MSH2 functional domains: (i) exon skipping, (ii) deletions of exonic portions and (iii) intron retentions. All the MSH2 protein isoforms resulting from these spliceogenic variants were found to be inactive, thus confirming their pathogenic classification. Altogether, our findings highlight the need to exercise caution in the interpretation of putative pathogenic variants susceptible to induce in-frame splicing modifications. In this context, the combination of complementary experimental approaches assessing the biological impact at the RNA and protein level is essential for a reliable interpretation of this type of variants. Furthermore, our results stress the problem of the clinical interpretation of hypomorphic variants in cancer-predisposition genes.; Aujourd’hui, le défi majeur en génétique médicale est l’interprétation clinique des variations détectées dans le génome des patients. Dans un contexte de maladie monogénique, l’identification de la variation pathogène permet d’optimiser la prise en charge des patients et de leurs apparentés. Les variations non-sens ainsi que celles localisées au niveau des sites canoniques d’épissage (IVS±1/2) sont généralement considérées causales. Toutefois, il est possible que certaines d’entre elles induisent des anomalies d’épissage en phase permettant potentiellement la production d’une protéine fonctionnelle. Afin de tester cette hypothèse, nous avons choisi comme modèles d’étude deux gènes majeurs de prédisposition aux cancers : BRCA2, pour le syndrome sein-ovaire et MSH2, pour le syndrome de Lynch. Des approches expérimentales complémentaires ont été mises à profit afin de caractériser l’impact de ce type de variations non seulement au niveau de l’épissage mais également au niveau de la protéine. Notre étude portant sur des variations de BRCA2 a démontré que certaines variations IVS±1/2 et non-sens (i) induisent un saut en phase de l’exon 12 du fait de l’altération de sites d’épissage ou d’éléments de régulation et (ii) sont de ce fait responsables du maintien de l’activité BRCA2, tout en étant hypomorphes. Ces travaux montrent, pour la première fois dans un gène de prédisposition au cancer, que certaines variations présumées nulles peuvent contourner la perte totale de fonction du fait de leur impact sur l’épissage. Nos données remettent ainsi en question le caractère pathogène de ces variations. Dans le cadre de notre étude portant sur des variations IVS±1/2 de MSH2, nous avons caractérisé trois biotypes d’anomalies d’épissage en phase : (i) des sauts d’exon, (ii) des délétions de portions exoniques et (iii) des rétentions introniques, avec pour conséquence au niveau protéique des délétions ou insertions de plus ou moins grande taille dans différents domaines fonctionnels. Toutes les isoformes protéiques MSH2 résultant de ces variations splicéogéniques se sont avérées inactives, confirmant ainsi leur caractère pathogène. L’ensemble de ces travaux souligne l’importance d’exercer une certaine prudence dans l’interprétation des variations considérées a priori pathogènes mais susceptibles de générer des anomalies d’épissage en phase. Dans ce contexte, la combinaison d’approches expérimentales complémentaires pour appréhender l’impact biologique au niveau de l’ARN et de la protéine est essentielle pour une interprétation fiable de ce type de variations. Ces données mettent également en exergue la problématique de l’interprétation clinique des variations hypomorphes dans les gènes de prédisposition aux cancers.

International audience; IntroductionPerioperative chemotherapy is the standard strategy for localized gastric cancers. Nevertheless, this strategy seems to be inefficient, if not deleterious, for patients with tumors harboring microsatellite instability (MSI) and/or mismatch repair deficiency (dMMR), a tumor phenotype predictive for the efficacy of immune checkpoint inhibitors (ICKi).AimThe GERCOR NEONIPIGA single-arm phase II study (NCT04006262; EUDRACT 2018-004712-22) aims at evaluating the efficacy of a peri-operative strategy with nivolumab and ipilimumab in neoadjuvant setting, then nivolumab alone after surgery for patients with resectable MSI/dMMR gastric cancer.Material and methodsMain inclusion criteria are: gastric and oesogastric junction adenocarcinoma (GOA), T2-T4, all N stage and M0, MSI/dMMR. Patients will be treated with nivolumab 240 mg Q2 W, 6 infusions, and ipilimumab 1 mg/kg Q6 W, 2 infusions in neoadjuvant setting. Following surgery, patients with TRG 1-2-3 (Mandard tumor regression grade), acceptable tolerance of neoadjuvant treatment and postoperative ECOG performance status 0–1, will be treated with adjuvant nivolumab 480 mg Q4 W, 9 infusions.ResultsThe primary endpoint is pathological complete response rate (pCR-R). Based on a Fleming design, with α = 5% and β = 20%, 27 patients have to be evaluated (H0 = 5%; H1 = 20%). Secondary endpoints include disease-free survival, overall survival and safety.ConclusionThis study is planned to include 32 patients to evaluate the pCR-R with the combination of nivolumab and ipilimumab in neoadjuvant setting for MSI/dMMR localized GOA. The MSI/MMR status should be systematically assessed on diagnostic biopsies of all GOA. If it meets its primary endpoint, the GERCOR NEONIPIGA study might mark a turning point in the management of localized MSI/dMMR GOA patients.; IntroductionLa chimiothérapie périopératoire est la stratégie de référence pour les cancers gastriques (CG) localisés, mais semble inefficace voire délétère pour les patients avec un cancer MSI/dMMR (microsatellites instables/MMR-déficient), biomarqueur prédictif de l’efficacité de l’immunothérapie.ObjectifL’essai de phase 2 mono-bras GERCOR NEONIPIGA (NCT04006262; EUDRACT 2018-004712-22) évalue l’efficacité du nivolumab plus ipilimumab en néo-adjuvant puis nivolumab seul en adjuvant pour les CG ou de la jonction œsogastrique (JOG) MSI/dMMR résécables.Matériel et méthodesLes principaux critères d’inclusion sont : CG/JOG, T2-4 tout N M0, MSI/dMMR. Les patients sont traités en néo-adjuvant par nivolumab 240 mg Q2 W, 6 perfusions, et ipilimumab 1 mg/kg Q6 W, deux injections. Les patients avec un degré de régression tumorale 1-3 selon Mandard, une tolérance acceptable du traitement néo-adjuvant et un indice de performance postopératoire ECOG 0-1 recevront neuf perfusions mensuelles de nivolumab 480 mg en adjuvant.RésultatsL’objectif principal est le taux de réponse complète pathologique (pCR). Selon un design de Fleming avec α = 5 % et β = 20 %, 27 patients évaluables sont à analyser (H0 = 5 % ; H1 = 20 %). Les critères secondaires de jugement sont la survie sans maladie, la survie globale et le profil de tolérance.ConclusionIl est prévu d’inclure 32 patients pour évaluer le taux de pCR pour les CG/JOG MSI/dMMR traités par nivolumab et ipilimumab néo-adjuvant. Le statut MSI/MMR doit être systématiquement analysé sur les biopsies diagnostiques de tout CG/JOG. L’étude NEONIPIGA pourrait marquer un tournant dans la prise en charge des CG/JOG MSI/dMMR si elle atteint son objectif principal.

Inactivation of MMR (MisMatch Repair) system drives microsatellite instable (MSI) carcinogenesis. MSI colorectal cancers (CRC) may occur either in a hereditary (Lynch syndrome, LS) or sporadic context. Recently, MMR-deficient crypt foci (MMR-DCF) were described in non-neoplastic intestinal mucosa of LS patients. These are morphologically normal crypts, which exhibit loss of a MMR protein, and may constitute a pre-neoplastic event in LS. In some cases of early onset MSI CRC, diagnosis of LS is uncertain because no germline mutation is identified; theses cases are considered as “Lynch-like”. We detected MMR-DCF only in LS-CRC, and the ratio of MMR-DCF was 3 times higher in adjacent mucosa than in distant mucosa. We identified MMR-DCF in one “Lynch-like” patients; this is an argument that favors LS in this patient and that suggests that screening for MMR-DCF should be systematically performed in adjacent mucosa in this context. Furthermore, this pathway of MSI carcinogenesis could be favored by an O6-methylguanine-DNA-methyltransferase (MGMT) field defect in the non-neoplastic colorectal mucosa, through a mechanism called “methylation tolerance”. We compared MGMT and MMR proteins expression in the same crypts in non-neoplastic mucosa of LS-CRC patients and we noted that MMR-DCF were more frequently identified in case of loss of MGMT expression (p=0.004), and especially in case of MGMT field defect. We pointed that the inactivation of MGMT may constitute an initiating step for the emergence of MMR-DCF in patients with LS.; L’inactivation du système de réparation des mésappariements de l’ADN (MisMatch Repair, MMR) favorise un processus oncogénique d’instabilité des microsatellites du génome (MicroSatellite Instability, MSI). Les cancers colorectaux (CCR) MSI peuvent s’observer dans un contexte familial (syndrome de Lynch, SL) ou sporadique. Les cryptes MMR déficientes (MMR-Deficient Crypt Foci, MMR-DCF), lésions de la muqueuse non tumorale perdant l’expression d’une protéine MMR, pourraient constituer un événement prénéoplasique de la carcinogénèse colorectale MSI chez les patients SL. Dans certains CCR MSI, les cas «Lynch-like», le diagnostic de SL ne peut être posé avec certitude car aucune mutation germinale pathogénique MMR n’est identifiée, malgré une forte suspicion clinico-phénotypique. Nous avons confirmé que les MMR-DCF ne s’observaient que chez les patients SL. Par ailleurs, nous avons montré qu’elles étaient 3 fois plus fréquentes dans la muqueuse adjacente à la tumeur que dans la muqueuse distante. Nous avons identifié des MMR-DCF chez un patient «Lynch-like», ce qui est un argument diagnostique en faveur d’un authentique SL. Les MMR-DCF devraient donc être systématiquement recherchées dans la muqueuse adjacente dans ce contexte. Par ailleurs, un défaut de champ en MGMT (O6-methylguanine-DNA-methyltransferase, une enzyme impliquée dans la réparation de l’ADN) dans la muqueuse non néoplasique pourrait favoriser la cancérogénèse MSI, par un mécanisme de tolérance à la méthylation. En évaluant l’expression de la MGMT comparativement à celle des protéines MMR, nous avons constaté que les MMR-DCF étaient plus fréquemment identifiées en cas de perte d’expression de la MGMT (p=0.004), et préférentiellement en cas de défaut de champ en MGMT. L’inactivation de la MGMT constituerait donc un événement précurseur favorisant l’apparition de MMR-DCF chez les patients atteints de SL.

International audience; Microsatellite instability (MSI), which is caused by deficiency of the DNA mismatch repair (MMR) system, is the molecular abnormality observed in tumors associated with Lynch syndrome. Lynch syndrome represents one of the most frequent conditions of cancer predisposition in human, thus requiring specific care and genetic counseling. Moreover, research has recently focused increasingly on MMR deficiency due to its positive predictive value for the efficacy of immune checkpoints inhibitors (ICKi) in metastatic tumors, regardless of their primary origin. MSI has also been demonstrated to constitute an independent prognostic factor in several tumor types, being also associated with alternative response to chemotherapy. These observations have led many professional medical organizations to recommend universal screening of all newly diagnosed colorectal cancers for dMMR/MSI status and increasing evidence support the evaluation of MSI in all human tumors regardless of the cancer tissue of origin. Currently, two standard reference methods, namely immunohistochemistry and polymerase chain reaction, are recommended for the detection of dMMR/MSI status. These methods are equally valid as the initial screening test for dMMR/MSI in colorectal cancer. To date, there is no recommendation for the detection of dMMR/MSI in other primary tumors. In this review, we will present a comprehensive overview of the methods used for evaluation of tumor dMMR/MSI status in colorectal cancer, as well as in other tumor sites. We will see that the evaluation of this status remains challenging in some clinical settings, with the need to improve the above methods in these specific contexts.

International audience; Lynch syndrome is a genetic condition defined by a germline mutation of an MMR (MisMatch Repair) gene leading to a defective DNA MMR system. Therefore, it is characterized by the predisposition to a spectrum of cancers, primarily colorectal cancer (CRC) and endometrial cancer (EC). Lynch syndrome-related CRC accounts for 3% of all CRC. Lynch syndrome also accounts for 2% of all EC. In case of Lynch syndrome, there is usually a familial history of cancer defined by the Amsterdam and Bethesda criteria. Diagnosis is made by tumor testing with (i) MMR immunohistochemistry and (ii) PCR for MSI (microsatellite instability), a genetic phenotype that characterizes these tumors. MSI can also be detected in sporadic tumors, through epigenetic events inactivating the MMR system. Progress in diagnosis and molecular biology has allowed for better identification of Lynch patients but also other rare genetic syndromes. MSI tumors can now benefit from new treatments such as immunotherapy which underlines the importance of their diagnosis. Finally, patients with Lynch syndrome as well as their relatives, undergo specific surveillance in order to prevent development of other cancers. This review will summarize the different aspects of Lynch syndrome and also focus on recent progress on the topic.

Microsatellite instability (MSI) is a tumor phenotype linked to somatic or germline inactivating alterations of DNA mismatch repair (MMR) genes. MSI is observed in approximately 5% of metastatic colorectal cancers (mCRC) and has recently emerged as a major positive predictive biomarker for the efficacy of immune checkpoint inhibitors (ICKi) amongst mCRC patients. The objectives of my work was to clinically and molecularly characterize MSI mCRC, to evaluate the accuracy of MSI screening methods and the response to immunotherapy in the context of ICKi clinical trials. Fist, I show that sporadic and inherited MSI mCRC display distinct natural history (Cohen et al., Eur J Cancer 2017). In a second work, I show that MSI testing in routine practice is associated with almost 10% of false positives due to misinterpration of IHC and PCR assays. Moreover, these false-positives are the main cause of mCRC primary resistance to ICKi observed in clinical trials (Cohen*, Hain* et al., JAMA Oncol. 2018). After summarizing the literature concerning MSI, its consequences on CRC and immunotherapy, I present the results of the nosologic and diagnostic works developed during this doctoral thesis. Then I will go on perspectives in the context of MSI cancer.; L’instabilité des microsatellites (MSI) est un phénotype tumoral dû à une déficience héréditaire ou acquise du système de réparation des mésappariements de l’ADN (MMR : mismatch repair). Le phénotype MSI est retrouvé dans 5% des cancers colorectaux métastatiques (CCRm) et est un facteur prédictif positif majeur de l’efficacité des inhibiteurs de checkpoints immunitaires (ICKi). L’objectif de mon travail a été de caractériser sur le plan clinique et moléculaire les CCRm MSI, d’en évaluer les modalités diagnostiques et d’évaluer la réponse aux ICKi. Dans un 1er travail, je montre que l’histoire naturelle clinique des CCRm MSI diffère selon le mécanisme sporadique ou héréditaire de la déficience MMR (Cohen et al., Eur J Cancer 2017). Dans un 2e travail, je montre que près de 10% des CCRm détectés comme MSI/MMR-déficients en vie réelle correspondent à des faux positifs des analyses immunohistochimiques et/ou de PCR, et que ces faux positifs sont responsables de la majorité des cas de résistance primaire aux ICKi observés dans les essais cliniques (Cohen*, Hain* et al., JAMA Oncol. 2018). Après une revue de la littérature concernant le phénotype MSI, son impact dans le cadre du CCR et des ICKi, je présente les résultats des travaux développés durant ce doctorat, avant de proposer différentes perspectives à l’ère de l’immunothérapie des cancers MSI.

Objectif : peu de données existent concernant les lésions pré-cancéreuses, notamment les adénomes chez les patients atteints du Syndrome de Lynch. L’objectif de cette étude est de déterminer l’incidence des adénomes coliques en fonction du type de mutation, pour les patients âgés de moins de 50 ans suivis pour un Syndrome de Lynch au sein de notre centre membre du réseau PRED-IdF. Méthodes : tous les patients âgés de moins de 50 ans avec un Syndrome de Lynch génétiquement confirmé suivis à l’Hôpital Européen Georges Pompidou (HEGP) ont été rétrospectivement inclus. Les caractéristiques cliniques des patients ainsi que les données endoscopiques ont été recueillies. Nous avons calculé l’incidence cumulée à 50 ans des adénomes en fonction du type de mutation, ainsi que des différentes lésions néoplasiques (polypes festonnés, polypes hyperplasiques et cancer colorectal). L’existence de co-facteurs ont été également recherchés. Résultats : de Janvier 2010 et Mars 2018, 304 patients Lynch étaient inscrits dans le réseau PRED-IdF sur le site HEGP, 200 ont été inclus. (H/F = 72/118, âge médian = 39 ans [29 ;49], durée médiane de suivi = 63 mois [7 ;119] et mutations : MLH1 = 35%, MSH2 = 46%, MSH6 = 16%, PMS2 = 2%, EPCAM = 1%]. L’incidence cumulée à 50 ans des adénomes était de 70,5% [59,6 ;78,4 IC95%] et celle des cancers colorectaux était de 20,7% [10,8 ;29,4 IC95%]. L’incidence cumulée à 50 ans des adénomes en fonction du type de mutation étaient de : MLH1 = 70,5% [50,7 ;82,4 IC95%] ; MSH2 = 73,6% [55,2 ;88,4 IC95%] ; MSH6 = 63,3% [34,8 ;79,4 IC95%], (p = 0.338). Conclusion : l’incidence des adénomes coliques chez des patients Lynch âgés de moins de 50 ans ne diffère pas en fonction du type de mutation. Cependant nos résultats soulignent une tendance chez les patients MLH1 et MSH2 à développer des adénomes coliques à un âge plus jeune comparativement aux patients MSH6.

Microsatellite instability (MSI) is a tumor phenotype linked to somatic or germline inactivating alterations of DNA mismatch repair (MMR) genes. MSI is observed in approximately 5% of metastatic colorectal cancers (mCRC) and has recently emerged as a major positive predictive biomarker for the efficacy of immune checkpoint inhibitors (ICKi) amongst mCRC patients. The objectives of my work was to clinically and molecularly characterize MSI mCRC, to evaluate the accuracy of MSI screening methods and the response to immunotherapy in the context of ICKi clinical trials. Fist, I show that sporadic and inherited MSI mCRC display distinct natural history (Cohen et al., Eur J Cancer 2017). In a second work, I show that MSI testing in routine practice is associated with almost 10% of false positives due to misinterpration of IHC and PCR assays. Moreover, these false-positives are the main cause of mCRC primary resistance to ICKi observed in clinical trials (Cohen*, Hain* et al., JAMA Oncol. 2018). After summarizing the literature concerning MSI, its consequences on CRC and immunotherapy, I present the results of the nosologic and diagnostic works developed during this doctoral thesis. Then I will go on perspectives in the context of MSI cancer., L’instabilité des microsatellites (MSI) est un phénotype tumoral dû à une déficience héréditaire ou acquise du système de réparation des mésappariements de l’ADN (MMR : mismatch repair). Le phénotype MSI est retrouvé dans 5% des cancers colorectaux métastatiques (CCRm) et est un facteur prédictif positif majeur de l’efficacité des inhibiteurs de checkpoints immunitaires (ICKi). L’objectif de mon travail a été de caractériser sur le plan clinique et moléculaire les CCRm MSI, d’en évaluer les modalités diagnostiques et d’évaluer la réponse aux ICKi. Dans un 1er travail, je montre que l’histoire naturelle clinique des CCRm MSI diffère selon le mécanisme sporadique ou héréditaire de la déficience MMR (Cohen et al., Eur J Cancer 2017). Dans un 2e travail, je montre que près de 10% des CCRm détectés comme MSI/MMR-déficients en vie réelle correspondent à des faux positifs des analyses immunohistochimiques et/ou de PCR, et que ces faux positifs sont responsables de la majorité des cas de résistance primaire aux ICKi observés dans les essais cliniques (Cohen*, Hain* et al., JAMA Oncol. 2018). Après une revue de la littérature concernant le phénotype MSI, son impact dans le cadre du CCR et des ICKi, je présente les résultats des travaux développés durant ce doctorat, avant de proposer différentes perspectives à l’ère de l’immunothérapie des cancers MSI.

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is a major health problem in France and around the world. PDAC is developed mainly from two precursor lesions: pancreatic intraepithelial neoplasia and intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN). There are several molecular mechanisms underlying pancreatic oncogenesis. Particularly, we were interested in the MSI (MicroSatellite Instability) which is due to a defective DNA Mismatch Repair (MMR) system, which normally functions to recognize and repair erroneous insertions, deletions, and mis-incorporation of bases that can arise during DNA replication and recombination. The MSI phenotype was first described in the familial cancer condition known as Lynch syndrome (LS), where the MMR genes MLH1, MSH2, MSH6 or PMS2 harbor germline mutations. Interest in MSI tumors has recently increased after studies have highlighted the concomitant expression of multiple active immune checkpoint (ICK) markers including PD-1 and PD-L1 and the role of the MSI status to predict clinical benefit from immune checkpoint blockade. A Our results indicate that the MSI phenotype occurs in PDAC with a frequency of 1-2%. Our data showed that IHC using antibodies against the four MMR proteins was more sensitive for the assessment of MSI status than PCR-based methods. In addition, we demonstrate for the first time a statistically significant positive association between MSI and IPMNs in PDAC. MSI PDAC, including IPMN, are unlikely to be sporadic since they display molecular features that are usually observed in LS-related neoplasms. Also, our results highlight that an MSI-driven immunogenic pathway to cancer is active in MSI PDACs but suggest that MSI-driven somatic events may be tissue-specific. We observed a stronger lymphocytic tumor infiltration by activated TCD8 cells in MSI PDAC compared to MSS PDAC and found a positive association between PD-L1 expression and MSI status, suggesting that MSI PDAC could be responsive to ICK blockade therapy., L’adénocarcinome canalaire du pancréas (ACP) est un problème majeur de santé publique. L’ACP se développe principalement à partir de deux lésions précurseurs : les néoplasies intra-épithéliales pancréatiques et les tumeurs intracanalaires papillaires et mucineuses du pancréas (TIPMP). Les mécanismes moléculaires sous-tendant l’oncogenèse pancréatique sont nombreux. Nous avons étudié le mécanisme de cancérogenèse MSI (MicroSatellite Instability) où il existe une déficience dans le système de réparation des erreurs de réplication de l’ADN ou système MMR (Mismatch Repair). Ce mécanisme de cancérogenèse original est caractérisé par une instabilité génétique de l’ADN affectant les séquences répétées microsatellites du génome. Le phénotype MSI a été décrit dans le syndrome de Lynch (SL), dans lequel il existe une mutation germinale d’un des gènes du système MMR (MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2). L’intérêt de l’étude des cancers MSI s’est accru de façon considérable avec le développement des immunothérapies dirigées contre les checkpoints immunitaires (ICK), en particulier PD-1/PD-L1. Nous avons confirmé que la fréquence du phénotype MSI se situe entre 1-2%. Nous avons montré que l’immunohistochimie est la méthode de screening plus adaptée pour l’identification de l’ACP MSI en comparaison avec les techniques de biologie moléculaire. Le phénotype MSI a été plus fréquemment observé dans un contexte de TIPMP. Les cas MSI identifiés présentaient des caractéristiques biologiques évocatrices du SL. Egalement, nos résultats confirment la présence d’un processus de carcinogenèse MSI immunogénique, mais suggèrent des évènements somatiques spécifiques à l’organe d’origine du cancer. Par ailleurs, les ACP MSI étaient caractérisés par un infiltrat inflammatoire riche en lymphocytes cytotoxiques T CD8+ et surexprimaient l’ICK PD-L1 permettant de supposer une probable réponse clinique de l’ACP MSI à l’immunothérapie anti-PD1/PD-L1.

L’instabilité microsatellitaire (MSI) est le reflet d'une altération du système de réparation des mésappariements de l'ADN ou MisMatch Repair System (MMR), constitué principalement de 4 protéines : MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2. Une altération de ce système peut être constitutionnelle dans le syndrome de Lynch ou somatique par hyperméthylation du promoteur de MLH1. La recherche d'une déficience de ce système se fait par des techniques complémentaires de biologie moléculaire et d’immunohistochimie (IH). Dans le syndrome de Lynch, l'IH permet d'orienter les analyses génétiques constitutionnelles. OBJECTIF : Étudier les discordances entre les analyses somatiques et génétiques constitutionnelles dans le cadre du syndrome de Lynch. PATIENTS ET METHODES : Nous avons étudié rétrospectivement 20 patients porteurs d'une altération constitutionnelle délétère d’un des gènes du système MMR pour lesquels les analyses somatiques n’avaient pas été contributives ou discordantes. Nous avons renouvelé l'analyse en biologie moléculaire, l’IH des protéines MMR ou les deux en fonction des données initiales discordantes. Ces analyses ont été interprétées en double aveugle. RESULTATS : La meilleure sensibilité des nouveaux anticorps ainsi que l’expérience du pathologiste a permis de reclasser 8 cas, en finalement non discordants. La mauvaise fixation tissulaire est la principale cause des cas non contributifs de notre cohorte (5/6). Elle se caractérise en immunohistochimie par une hétérogénéité du marquage nucléaire au sein de la tumeur et l’absence de témoin interne, et en biologie moléculaire par l’impossibilité d’amplifier les fragments de moins de 150pb. La majorité des cas confirmés comme discordants par le renouvellement des analyses somatiques avait un profil immunohistochimique incohérent avec la nature du gène MMR atteint (5/6). Seul un cas (1/6) porteur d’une mutation constitutionnelle d’un des gènes MMR avait un profil stable et une analyse immunohistochimique cohérente avec le gène MMR défiscient au sein de l’adénome en dysplasie de bas grade (cas 18). Il existait une conservation de l’expression des protéines MMR associée à une instabilité microsatellitaire, pour deux cas porteurs d’une mutation faux sens, une portant sur le gène MSH2 (c.2245G>A, p.Glu749Lys, ex14) et une sur le gène MLH1 (c.1178 T>C, p.Leu393Pro, ex12). En présence d’une lésion tumorale infiltrante et d’une lésion adénomateuse, l’interprétation de l’immunomarquage n’est pas toujours évidente (cas 20). CONCLUSION : Les discordances entre les analyses constitutionnelles et somatiques observées dans le syndrome de Lynch semblent souvent liées à un défaut de fixation des prélèvements. La qualité des anticorps utilisés en IH semble s'être améliorée au cours des dernières années et a permis une meilleure interprétation de certains cas. L'expertise du pathologiste dans l'interprétation des immunomarquages semble également jouer un rôle Les analyses de biologie moléculaire et d’immunohistochimie sont complémentaires et doivent être réalisées de façon concomitante. Certaines mutations faux sens délétères ne s'accompagnent pas de perte d'expression protéique du fait de la conservation de l'immunogénicité de celle-ci malgré une fonction déficiente. Enfin, il existe quelques particularités liées à la nature de la lésion, notamment certains adénomes en dysplasie de bas grade et certains carcinomes endométrioides de phénotype stable avec une analyse immunohistochimique plus ou moins cohérente.

Background: patients (pts) with metastatic colorectal cancers (mCRC) harbouring microsatellite instability (MSI) due to sporadic (SP) or inherited (Lynch syndrom: LS) MMR deficiency (dMMR) are poorly characterized. Material and method: pts with dMMR or MSI mCRC were retrospectively identified. dMMR and MSI statuses were centrally confirmed. Exclusion criteria were: no available tumor specimen, pMMR (proficient MMR) and MSS (MS stable) tumor. RAS and BRAF mutational status and hMLH1 promotor methylation were evaluated. Results: one hundred and eighteen pts, of which 72 LS and 32 SP, were included. Discrepancies between MMR and microsatellite statuses were observed for 9 tumors. BRAFV600E mutation were harboured by 24 tumors, of which 3 LS (20%). Compared with LS, SP were associated with female, older age, proximal colon. Metastatic disease were less frequently resectable (16% versus 53%, P

International audience; Microsatellite instability (MSI) is a tumor phenotype linked to somatic or germline (Lynch syndrome) inactivating alterations of DNA mismatch repair genes. A broad spectrum of neoplasms exhibits MSI phenotype, mainly colorectal cancer, endometrial cancer, and gastric cancer. MSI tumors are characterized by dense immune infiltration and high load of tumor neo-antigens. Growing evidence is accumulating on the efficacy of immune checkpoint inhibition for patients treated for MSI solid tumors. We present a comprehensive overview of MSI phenotype, its biological landscape and current diagnostic methods. Then we focus on MSI as a predictive biomarker of response to immune checkpoint inhibition in the context of colorectal cancer and non-colorectal tumors.; L’instabilité des microsatellites (MSI) est un phénotype tumoral lié à l’inactivation somatique ou constitutionnelle (syndrome de Lynch) des gènes de réparation des mésappairements de l’ADN. Un large spectre de localisations tumorales présente un phénotype MSI, principalement le cancer colorectal, le cancer de l’endomètre et le cancer de l’estomac. Les tumeurs MSI sont caractérisées par un infiltrat inflammatoire important et une charge importante en néo-antigènes tumoraux. Les stratégies thérapeutiques ciblant les points de contrôle immunitaires semblent efficaces chez ces patients. Cette revue de la littérature présente les conséquences physiopathologiques et les méthodes diagnostiques du phénotype tumoral MSI, pour s’intéresser ensuite à l’épidémiologie des tumeurs MSI et aux données actualisées concernant l’immunothérapie chez les patients présentant des tumeurs MSI, cancer colorectal et autres tumeurs solides associées au phénotype MSI.

Le syndrome de Lynch, ou cancer colorectal héréditaire sans polypose ou HNPCC (hereditary non-polyposis colorectal cancer), est la forme la plus fréquente de cancer colorectal héréditaire. Il conduit à une augmentation de la susceptibilité à développer des cancers, au premier rang le cancer colorectal, le cancer de l’endomètre chez les femmes, et dans une moindre mesure, d’autres cancers (ovaire, intestin grêle, estomac, voies excrétrices urinaires et hépatobiliaires). Ainsi, le risque cumulé de développer un cancer colorectal ou de l’endomètre à l’âge de 80 ans s’élève respectivement à 20 et 40 %. Ces cancers sont caractérisés par leur contexte d’atteinte familiale, leur survenue à un âge précoce, ainsi que par le développement de cancers métachrones chez un même individu. Ce syndrome se transmet de manière autosomique dominante. Les gènes dont l'altération est associée à l'existence d'un syndrome HNPCC appartiennent à la famille des gènes de réparation des mésappariements de l'ADN (DNA mismatch repair ou MMR): MSH2, MLH1 et MSH6 sont impliqués, par ordre décroissant de fréquence, dans respectivement 35%, 25% et 2% des cas. Une surveillance coloscopique et gynécologique est proposée aux personnes porteuses d'une mutation constitutionnelle du gène MSH2, MLH1 ou MSH6. Nous rapportons une des premières observations marocaines d’un syndrome de Lynch dont la mutation constitutionnelle du gène MLH1 a été identifiée chez un des membres de la famille atteint d’un cancer du côlon. Suite à la demande d’autres sujets sains de la même famille, un diagnostic presymptomatique a été effectué conduisant à une stratégie de surveillance adaptée. A travers notre observation nous illustrons le rôle de l’oncogénétique dans la prise en charge des patients cancéreux et de leurs familles.The Pan African Medical Journal 2016;24

Le syndrome de Lynch, ou cancer colorectal héréditaire sans polypose ou HNPCC (hereditary non-polyposis colorectal cancer), est la forme la plus fréquente de cancer colorectal héréditaire. Il conduit à une augmentation de la susceptibilité à développer des cancers, au premier rang le cancer colorectal, le cancer de l'endomètre chez les femmes, et dans une moindre mesure, d'autres cancers (ovaire, intestin grêle, estomac, voies excrétrices urinaires et hépatobiliaires). Ainsi, le risque cumulé de développer un cancer colorectal ou de l'endomètre à l’âge de 80 ans s’élève respectivement à 20 et 40%. Ces cancers sont caractérisés par leur contexte d'atteinte familiale, leur survenue à un âge précoce, ainsi que par le développement de cancers métachrones chez un même individu. Ce syndrome se transmet de manière autosomique dominante. Les gènes dont l'altération est associée à l'existence d'un syndrome HNPCC appartiennent à la famille des gènes de réparation des mésappariements de l'ADN (DNA mismatch repair ou MMR): MSH2, MLH1 et MSH6 sont impliqués, par ordre décroissant de fréquence, dans respectivement 35%, 25% et 2% des cas. Une surveillance coloscopique et gynécologique est proposée aux personnes porteuses d'une mutation constitutionnelle du gène MSH2, MLH1 ou MSH6. Nous rapportons une des premières observations marocaines d'un syndrome de Lynch dont la mutation constitutionnelle du gène MLH1 a été identifiée chez un des membres de la famille atteint d'un cancer du côlon. Suite à la demande d'autres sujets sains de la même famille, un diagnostic presymptomatique a été effectué conduisant à une stratégie de surveillance adaptée. A travers notre observation nous illustrons le rôle de l'oncogénétique dans la prise en charge des patients cancéreux et de leurs familles.

Bioinformatic analyses of transcriptomic data aims to identify genes with variations in their expression level in different tissue samples, for example tissues from healthy versus seek patients, and to characterize these genes on the basis of their functional annotation. In this thesis, I present four contributions for taking into account domain knowledge in these methods. Firstly, I define a new semantic and functional similarity measure which optimally exploits functional annotations from Gene Ontology (GO). Then, I show, thanks to a rigorous evaluation method, that this measure is efficient for the functional classification of genes. In the third contribution, I propose a differential approach with fuzzy assignment for building differential expression profiles (DEPs). I define an algorithm for analyzing overlaps between functional clusters and reference sets such as DEPs here, in order to point out genes that have both similar functional annotation and similar variations in expression. This method is applied to experimental data produced from samples of healthy tissue, colorectal tumor and cancerous cultured cell line. Finally the similarity measure IntelliGO is generalized to another structured vocabulary organized as GO as a rooted directed acyclic graph, with an application concerning the semantic reduction of attributes before mining., L'analyse bioinformatique des données de transcriptomique a pour but d'identifier les gènes qui présentent des variations d'expression entre différentes situations, par exemple entre des échantillons de tissu sain et de tissu malade et de caractériser ces gènes à partir de leurs annotations fonctionnelles. Dans ce travail de thèse, je propose quatre contributions pour la prise en compte des connaissances du domaine dans ces méthodes. Tout d'abord je définis une nouvelle mesure de similarité sémantique et fonctionnelle (IntelliGO) entre les gènes, qui exploite au mieux les annotations fonctionnelles issues de l'ontologie GO ('Gene Ontology'). Je montre ensuite, grâce à une méthodologie d'évaluation rigoureuse, que la mesure IntelliGO est performante pour la classification fonctionnelle des gènes. En troisième contribution je propose une approche différentielle avec affectation floue pour la construction de profils d'expression différentielle (PED). Je définis alors un algorithme d'analyse de recouvrement entre classes fonctionnelles et ensemble des références, ici les PEDs, pour mettre en évidence des gènes ayant à la fois les mêmes variations d'expression et des annotations fonctionnelles similaires. Cette méthode est appliquée à des données expérimentales produites à partir d'échantillons de tissus sains, de tumeur colo-rectale et de lignée cellulaire cancéreuse. Finalement, la mesure de similarité IntelliGO est généralisée à d'autres vocabulaires structurés en graphe acyclique dirigé et enraciné (rDAG) comme l'est l'ontologie GO, avec un exemple d'application concernant la réduction sémantique d'attributs avant la fouille.

L'étude des récepteurs HER (Human Epidermal growth factor Receptor) a récemment conduit à une meilleure compréhension des mécanismes inhérents à la carcinogénèse ainsi qu'au développement des thérapeutiques ciblées (anticorps monoclonaux et inhibiteurs de tyrosine kinase).L'émergence de ces thérapies ciblées représente un progrès majeur en cancérologie. Leur efficacité, leur toxicité amoindrie, en font des médicamentsde choix dans la plupart des prises en charge de ces pathologies.Indépendamment de l'expression de la cible moléculaire, l'activité des thérapies ciblées est tributaire de la présence dans le tissu tumoral d'anomalies génétiques capables de perturber la signalisation cellulaire tumorale en aval des récepteurs dont la recherche fait maintenant partie des critères de prescription. Ainsi, l'efficacité des thérapies ciblées est limitée à des populations restreintes pour lesquelles les critères prédictifs de réponse à ces traitements restent à préciser ou à définir selon les cas.La fonctionnalité de la signalisation en aval des récepteurs HER est impliquée dans les phénomènes de résistance aux thérapies ciblées anti-HER. Ce travail a pour but de mettre en relation entre la fonctionnalité de deux voies de signalisation majeures, la voie des PI3K /AKT et la voie des RAS/RAF/MAPK, et la réponse clinique aux anticorps anti-EGFR, le cétuximab et le panitumumab. Cette étude rétrospective, réalisée chez 45 patients atteints de cancer colorectal métastatique, propose une approche multiparamétrique basée sur la détection des phosphoprotéines clé de ces voies de signalisation.Nos résultats suggèrent que l'utilisation des données issues de l'évaluation de la fonctionnalité des voies de signalisation en aval des récepteurs HER pourraient à terme trouver des applications en qualité de marqueurs prédictifs de réponse clinique aux thérapies ciblées anti-HER.

Cet article traite de la fragmentation socio-économique, ethnique, et politique de la capitale jamaïcaine, Kingston. Les acteurs et les enjeux de cette division géopolitique du territoire sont présentés. Il ressort de l’analyse des victimes de cette ségrégation (populations « noires » et pauvres concentrées dans une ville basse miséreuse) et des bénéficiaires (élites politiques et économiques, etc.). Si le mécanisme qui a conduit à la fragmentation ethnique, économique et politique de l’espace est explicite, et les responsables partiellement identifiés, il est indéniable qu’une certaine inertie du phénomène conduit plus subtilement à la reproduction de cette division dans l’espace culturel. Cette inertie est localement connue comme « syndrome de Lynch ». This paper deals with spatial division as a key feature for understanding Jamaican capital’s Kingston. Segmentation appears in the socioeconomical and political spaces as well as in ethnicities. Here are actors and interest at stakes exposed. The geopolitical analysis shows victims (poor/black people from downtown Kingston) and beneficiaries (local politicians and wealthy businessmen). Although patterns driving economical, political and ethnic segregation are quite obvious – and responsibilities well known –, the cultural sphere highlights a subtle form of reproduction. This is locally known as « Willy Lynch syndrome ».

Today, the major challenge in medical genetics is the clinical interpretation of nucleotide variants detected in a patient’s genome. In the context of a monogenic disease, the identification of the pathogenic variant allows the optimization of the medical care of patients and their relatives. Nonsense variations as well as those located at the canonical splice sites (IVS±1/2) are generally considered pathogenic. However, it is possible that a fraction of them induce in-frame splicing anomalies that can potentially result in the production of a functional protein. To test this hypothesis, we used as model systems two major cancer-predisposition genes: BRCA2, implicated in hereditary breast and ovarian cancer syndrome and MSH2, involved in Lynch syndrome. We took advantage of complementary experimental approaches to characterize the impact of this type of variants not only in RNA splicing but also at the protein level. Our study on BRCA2 demonstrated that a subset of IVS±1/2 and nonsense variants (i) induce in-frame skipping of exon 12 via the modification of splice sites or of splicing regulatory elements and (ii) are able to maintain BRCA2 activity though being hypomorphic. These data provide the first evidence, in a cancer-predisposition gene, that certain presumed null variants can bypass total loss of function due to their impact on splicing. Thus our findings call into question the pathogenic nature of these variants. In our study on MSH2 IVS±1/2 variants, we characterized three biotypes of in-frame splicing defects responsible for deletions or insertions at the protein level in different MSH2 functional domains: (i) exon skipping, (ii) deletions of exonic portions and (iii) intron retentions. All the MSH2 protein isoforms resulting from these spliceogenic variants were found to be inactive, thus confirming their pathogenic classification. Altogether, our findings highlight the need to exercise caution in the interpretation of putative pathogenic variants susceptible to induce in-frame splicing modifications. In this context, the combination of complementary experimental approaches assessing the biological impact at the RNA and protein level is essential for a reliable interpretation of this type of variants. Furthermore, our results stress the problem of the clinical interpretation of hypomorphic variants in cancer-predisposition genes., Aujourd’hui, le défi majeur en génétique médicale est l’interprétation clinique des variations détectées dans le génome des patients. Dans un contexte de maladie monogénique, l’identification de la variation pathogène permet d’optimiser la prise en charge des patients et de leurs apparentés. Les variations non-sens ainsi que celles localisées au niveau des sites canoniques d’épissage (IVS±1/2) sont généralement considérées causales. Toutefois, il est possible que certaines d’entre elles induisent des anomalies d’épissage en phase permettant potentiellement la production d’une protéine fonctionnelle. Afin de tester cette hypothèse, nous avons choisi comme modèles d’étude deux gènes majeurs de prédisposition aux cancers : BRCA2, pour le syndrome sein-ovaire et MSH2, pour le syndrome de Lynch. Des approches expérimentales complémentaires ont été mises à profit afin de caractériser l’impact de ce type de variations non seulement au niveau de l’épissage mais également au niveau de la protéine. Notre étude portant sur des variations de BRCA2 a démontré que certaines variations IVS±1/2 et non-sens (i) induisent un saut en phase de l’exon 12 du fait de l’altération de sites d’épissage ou d’éléments de régulation et (ii) sont de ce fait responsables du maintien de l’activité BRCA2, tout en étant hypomorphes. Ces travaux montrent, pour la première fois dans un gène de prédisposition au cancer, que certaines variations présumées nulles peuvent contourner la perte totale de fonction du fait de leur impact sur l’épissage. Nos données remettent ainsi en question le caractère pathogène de ces variations. Dans le cadre de notre étude portant sur des variations IVS±1/2 de MSH2, nous avons caractérisé trois biotypes d’anomalies d’épissage en phase : (i) des sauts d’exon, (ii) des délétions de portions exoniques et (iii) des rétentions introniques, avec pour conséquence au niveau protéique des délétions ou insertions de plus ou moins grande taille dans différents domaines fonctionnels. Toutes les isoformes protéiques MSH2 résultant de ces variations splicéogéniques se sont avérées inactives, confirmant ainsi leur caractère pathogène. L’ensemble de ces travaux souligne l’importance d’exercer une certaine prudence dans l’interprétation des variations considérées a priori pathogènes mais susceptibles de générer des anomalies d’épissage en phase. Dans ce contexte, la combinaison d’approches expérimentales complémentaires pour appréhender l’impact biologique au niveau de l’ARN et de la protéine est essentielle pour une interprétation fiable de ce type de variations. Ces données mettent également en exergue la problématique de l’interprétation clinique des variations hypomorphes dans les gènes de prédisposition aux cancers.