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Áreas experimentais contaminadas com as misturas, gasolina - etanol (10% v/v) (E10) e diesel – biodiesel (20% v/v) (B20), foram avaliadas com o auxílio da biologia molecular. Foi realizado o monitoramento tradicional das concentrações dos BTEX para acompanhar o transporte destes contaminantes. PCR em tempo real foi utilizado para quantificar a presença de bactérias totais, nitrato-, ferro- e sulfato-redutoras no aqüífero. As bactérias nitrato-redutoras não foram detectadas corroborando com a ausência de nitrito. As análises das bactérias ferro-, sulfatoredutoras comprovaram a degradação anaeróbia característica de ambientes subterrâneos, além da presença dos metabólitos ferro (II) e sulfeto. As maiores concentrações de bactérias totais foram observadas nos pontos com as maiores concentrações do substrato BTEX, indicando intensa atividade de biodegradação. Tanto no transporte vertical dos contaminantes quanto no horizontal, notou-se um aumento de duas ordens de grandeza no número de células de bactérias totais nos poços com as maiores concentrações de BTEX em relação ao controle (poço sem contaminação). Portanto, este estudo mostra a importância da biologia molecular não só para indicar a ocorrência de processos de biodegradação quanto para identificar regiões onde estão localizadas as fontes de contaminação.