Search

Balıkesir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim Dalı, Bu çalışmada zeytin (Olea europaea L.) periyodisitesinin moleküler düzeyde aydınlatılmasına yardımcı olacak aday genlerin tespit edilmesine altyapı oluşturucak cDNA kütüphaneleri oluşturulmuştur. Bu amaçla Temmuz "var yılı", Temmuz "yok yılı", Kasım "var yılı", ve Kasım "yok yılı" yaprakları ve Ekim meyve örnekleri kullanıldı. Herbir kütüphaneden rastgele 100 koloni seçilerek insert nükleotit dizileri ve homoloji analizleri yapıldı. Genomik DNA kütüphanesi verileri ile zeytin genomu hakkında bazı ipuçları elde edildi. cDNA kütüphaneleri verileri ile her gelişme dönemine özgü ve meyveye özgü cDNA molekülleri tespit edildi ve iki farklı döneme ait birçok aday gen bulundu. Kütüphanelerden elde edilen önemli genlerden dehidrin seçilerek moleküler, biyokimyasal ve biyoinformatik karakterizasyonu yapıldı. Dehidrin geninin 118 nükleotitlik intron bölgesi ve 699 nükleotitlik aday promotör bölgesi tespit edildi. 28 kDa'luk proteininin laktat dehidrogenaz (LDH) ile donmayı geciktirme aktivitesi, ve mRNA'sının Temmuz ve Kasım ayı "var - yok'' yılları yapraklarında ve sürgün, tomurcuk, pedisel gibi zeytinin diğer organlarında ekspresyon profili belirlendi. Anlık gösterimli (real-time) PCR ile dehidrin geninin tek kopyalı olma ihtimalinin yüksek olduğu tespit edildi. 27 zeytin çeşidinde polimorfizm analizi yapıldı ancak çeşit ayrımında kullanılacak kadar polimorfik olmadığı belirlendi. Biyoinformatik analizler sonucunda zeytin dehidrin geninin Y2SK2 segmetine sahip olduğu belirlendi., In this study, one genomic DNA (gDNA) library and 5 cDNA libraries from Ayvalik (leaves and fruits) were constructed for isolating canditate genes that can help enlightening the molecular mechanism of alternate bearing in olive (Olea europaea L.). For this purpose, cDNA libraries from olive leaves in July ("on" and "off year") and in November ("on" and "off year") and one fruit library (in October "on year") were constructed and randomly selected 100 positive clones from each library were analysed with respect to homology and insert size / sequence information. Additionally, a genomic DNA library was also constructed and analysed the same way, to obtain some insights about the general structure and gene density of the olive genome. The analysis of the results revealed a 118 nucleotides long intron, and 699 nucleotides long of the putative promoter region of olive dehydrin. Cryprotective activity of 28 kDa dehydrin through lactate dehydrogenase (LDH) activity, and expression profile of its mRNA were determined. Real-time PCR analysis predicted dehydrin is probably represented with one copy in the genome. Polymorphism analysis including 27 olive cultivars revealed multiple SNPs although the SNPs were not abundant enough to utilize dehydrin as a genetic marker for cultivar identification. Bioinformatic analysis showed that dehydrin has Y2SK2 segment., Bu tez çalışması TÜBİTAK tarafından 106O616 ve 110O108 numaralı projeler ile ve Balıkesir Üniversitesi tarafından 2012 / 41 numaralı proje ile desteklenmiştir

Balıkesir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim Dalı, Bu çalışmada, zeytin yağının ana bileşenlerinin yaklaşık % 85'ini oluşturan oleik asitin biyosentezini katalizleyen (enzimi kodlayan) ∆9-Stearoyl ACP desaturazın çeşitler arası ve meyve gelişim aşamalarındaki mRNA seviyeleri tespit edilerek, bu aşamalardaki yağ verimleriyle karşılaştırılmıştır. Ayrıca bu genin çeşitler arası restriksiyon polimorfizmi tespit edilmiş ve bu polimorfizmin yağ verimiyle ilişkisi incelenmiştir. Meyve örnekleri Edremit Zeytincilik Fidan Üretme İstasyonu'nun bahçesinde bulunan, Ayvalık, Memeli, Kiraz, Uslu ve Memecik zeytin çeşitlerinden Temmuz ve Kasım aylarında toplanmıştır. Zeytin meyvelerinden izole edilen RNA örneklerinden RT-PCR ile her çeşit için ayrı ayrı ∆9-Stearoyl ACP desaturaz genine ait cDNA çoğaltılmıştır. Agaroz jelelektroforezi ile ekspresyon seviye farklılığı tespit edilmiştir. Sonuçların analizi, yağlık çeşitlerde ekspresyon seviyesinin (sofralık olanlara kıyasla daha fazla) gelişime paralel olarak arttığını, meyvedeki yağ oranının genin mRNA ekspresyon seviyelerine paralel sonuçlar verdiğini ortaya çıkarmıştır. Her çeşitten RT-PCR yoluyla elde edilen cDNA'ların 4 farklı restriksiyon enzimi ile kesimi sonucu, zeytin genomunda bulunduğu bilinen bu genin (∆9-Stearoyl ACP desaturaz) iki kopyasının, bütün çeşitlerde Msp I kesim bölgesi açısından fark gösterdiği tespit edilmiştir. Hinf I kesim bölgesi içinse çeşitler arası polimorfizm olduğu görülmüştür. Genomik DNA' dan elde edilen PCR ürünlerinin aynı enzimlerle kesilmesi bu polimorfizmleri doğrulamıştır., In this study, Stearoyl ACP desaturase which is responsible for oleate (thatcomprises about 85 % of the major compounds of olive oil) biosynthesis wasinvestigated in olive (Olea europaea L.) cultivars with respect to expression levelsbetween cultivars in two developmental stages, and correlation of oil yield.Polymorphism of this gene among cultivars, and relationship between polymorphism ofthis gene and oil yield was also investigated. Olive fruit samples was obtained fromEdremit Olive Seedling Propagation Station from Ayvalık, Memeli, Kiraz, Uslu, andMemecik cultivars in July and November.Using total RNA extracted from each olive fruit sample, RT-PCR was performedand difference of ∆9-Stearoyl ACP desaturase mRNA levels was determined. Cultivarsmajorly used for oil were found to contain more mRNA expression than that of cultivarsmajorly consumed as table olive. Developmental expression was in parallel with oilyield especially for oil olives. Restriction analysis of ∆9-Stearoyl ACP desaturasecDNA with four different enzymes revealed a polymorphism (MspI) between two copiesof this gene in olive genome, and a polymorphism between oil cultivars and tablecultivars (HinfI). Restriction analysis of PCR amplifications from genomic DNA alsoconfirmed these polymorphysms.