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1. Tomato root microbiota and Phytophthora parasitica-associated disease

Author: Benoit Industri, Corinne Rancurel, Marie Larousse, Catherine Etienne, Xavier Nesme, Eric Galiana, Camille Syska, Ferran Palero, Marc Bardin, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Estudis Avançats de Blanes (CEAB-CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas, UMR 1355 ISA Institut Sophia Agrobiotech, Université de Nice Sophia-Antipolis (UNSA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Galiana, Eric, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Université de Nice - Sophia Antipolis ( UNSA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), and Station de Pathologie Végétale ( AVI-PATHO )
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, champignon phytopathogène, tomato, Plant Roots, biofilm, tomate, Oomycete, Solanum lycopersicum, host plant, Gene Expression Regulation, Plant, diversité microbienne, RNA, Ribosomal, 16S, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, pathologie végétale, Phylogeny, [ SDV.MP.MYC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, 2. Zero hunger, Rhizosphere, biology, Microbiota, Pseudomonas, High-Throughput Nucleotide Sequencing, food and beverages, phytopathogenic fungus, 3. Good health, Agricultural sciences, Mycologie, lcsh:QR100-130, Pseudomonadaceae, Proteobacteria, Metagenomics 16S, rhizosphère, Flavobacteriaceae, phytophthora parasitica, Microbiology (medical), DNA, Bacterial, Phytophthora, 030106 microbiology, Virulence, Mycology, interaction microbienne, Microbiology, DNA, Ribosomal, lcsh:Microbial ecology, metagenomics 16S, 03 medical and health sciences, Microbial ecology, microbiote, Symbiosis, Host plant, Plant Diseases, Bacteria, Host (biology), Research, fungi, Bacteroidetes, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, pseudomonas, 030104 developmental biology, Biofilms, champignon du sol, Sciences agricoles
Abstract: Este artículo contiene 11 páginas, 6 figuras., Background: Interactions between pathogenic oomycetes and microbiota residing on the surface of the host plant root are unknown, despite being critical to inoculum constitution. The nature of these interactions was explored for the polyphagous and telluric species Phytophthora parasitica. Results: Composition of the rhizospheric microbiota of Solanum lycopersicum was characterized using deep re-sequencing of 16S rRNA gene to analyze tomato roots either free of or partly covered with P. parasitica biofilm. Colonization of the host root surface by the oomycete was associated with a shift in microbial community involving a Bacteroidetes/Proteobacteria transition and Flavobacteriaceae as the most abundant family. Identification of members of the P. parasitica-associated microbiota interfering with biology and oomycete infection was carried out by screening for bacteria able to (i) grow on a P. parasitica extract-based medium (ii), exhibit in vitro probiotic or antibiotic activity towards the oomycete (iii), have an impact on the oomycete infection cycle in a tripartite interaction S. lycopersicum-P. parasitica-bacteria. One Pseudomonas phylotype was found to exacerbate disease symptoms in tomato plants. The lack of significant gene expression response of P. parasitica effectors to Pseudomonas suggested that the increase in plant susceptibility was not associated with an increase in virulence. Our results reveal that Pseudomonas spp. establishes commensal interactions with the oomycete. Bacteria preferentially colonize the surface of the biofilm rather than the roots, so that they can infect plant cells without any apparent infection of P. parasitica. Conclusions: The presence of the pathogenic oomycete P. parasitica in the tomato rhizosphere leads to a shift in the rhizospheric microbiota composition. It contributes to the habitat extension of Pseudomonas species mediated through a physical association between the oomycete and the bacteria., This work was supported by a 3-year grant to Marie Larousse funded by INRA and the PACA region (France), and by a 1-year ATER position funded by the University of Nice Sophia Antipolis. Ferran Palero acknowledges a post-doctoral contract funded by the Beatriu de Pinos Programme of the Generalitat de Catalunya.
Published: 2017
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2. Biodiversity and Microbial Ecosystems Functioning

Author: Philippe Normand, Cindy E. Morris, Jean-Christophe Poggiale, Robert Duran, Xavier Le Roux, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut Pluridisciplinaire de Recherche sur l'Environnement et les Matériaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Jean-Claude Bertrand, Pierre Caumette, Philippe Lebaron, Robert Matheron, Philippe Normand, Télesphore Sime-Ngando, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Institut Pluridisciplinaire de Recherche sur l'Environnement et les Matériaux ( IPREM ), Université de Pau et des Pays de l'Adour ( UPPA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Station de Pathologie Végétale ( AVI-PATHO ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut pluridisciplinaire de recherche sur l'environnement et les matériaux (IPREM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 0303 health sciences, 030306 microbiology, business.industry, Ecology, Ecology (disciplines), Environmental resource management, Beta diversity, Biodiversity, 15. Life on land, Biology, 03 medical and health sciences, Aquatic biodiversity research, Measurement of biodiversity, Ecosystem, Alpha diversity, Ecosystem diversity, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business, 030304 developmental biology
Abstract: All ecosystems are composed of multiple species performing numerous functions. This plurality identified as biodiversity has become a research topic of general importance for understanding how ecosystems function. The word “biodiversity” has subsequently received different interpretations we aim to describe. Microbial systems can be used to illustrate these definitions and to clarify paradigms that have emerged in general ecology. Microbial biodiversity can be characterized by the kind of biodiversity (taxa or functional groups present), the representativeness of samples, and the culturability of samples or taxa, in terms of genetic, functional, or physiological characteristics. Biodiversity is a major driver of ecosystem functioning, and this relation is described in the case of several biotopes. Several mathematical approaches have been used to quantify microbial diversity, and the various indices are described and discussed.
Published: 2014
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3. Hétérogénéité du paysage et diffusion des pullulations de campagnols terrestres

Author: Berthier, Karine, Foltête, Jean-Christophe, Giraudoux, Patrick, Station de Pathologie Végétale ( AVI-PATHO ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Théoriser et modéliser pour aménager ( ThéMA ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Institut Universitaire de France ( IUF ), Ministère de l'Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche ( M.E.N.E.S.R. ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Théoriser et modéliser pour aménager (UMR 6049) (ThéMA), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Unité de Pathologie Végétale (PV), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, spatial distribution, spatial heterogeneity, water vole, landscape, Auvergne, [ SDV.EE ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, modelling, Doubs, inter-annual variations, integrated control, Jura, medium highland, forage system, Franche-Comte, grassland, Arvicola terrestris, permanent pasture, damage, depredator
Abstract: National audience; In cyclic populations, fluctuations in abundance may be spatially asynchronous. This asynchrony can lead to the emergence of complex patterns, such as travelling waves. At present, landscape heterogeneity (driven by factors such as habitat quality and physical dispersal limitations) is often considered to be instrumental in generating travelling waves. In this study, 15 years of town-level abundance data obtained from cyclic water vole populations in the Jura mountain range in France (Doubs Department) were analysed. The results of this analysis suggest the presence of a wave that is moving at a speed of 7.4 km/year and at a perpendicular angle to one of the major physical obstacles to vole dispersal. At the local scale, the wave's propagation is slowed by the presence of habitat that is unfavourable to water voles, such hedgerow networks and forested areas.; Certaines populations de campagnol terrestre connaissent des variations cycliques de leurs effectifs. La désynchronisation dans l'espace de ces fluctuations peut conduire à l'émergence de "vagues voyageuses" d'abondance. L'hétérogénéité paysagère (qualité d'habitat et obstacles à la dispersion) est l'hypothèse la plus probable pour expliquer ce phénomène. Dans le massif du Jura, l'analyse de données d'abondance du campagnol terrestre, collectées depuis 1989 dans les communes du Doubs, a révélé l'existence d'une vague d'abondance se propageant à la vitesse de 7 km/an le long d'un axe orienté nord-ouest / sud-est, perpendiculairement à l'un des obstacles majeurs à la dispersion. A une échelle plus locale, la vague est freinée par la présence de haies et de massifs boisés, milieux défavorables aux campagnols.
Published: 2014

4. Dispersal, landscape and travelling waves in cyclic vole populations

Author: Régis Defaut, Sylvain Piry, Patrick Giraudoux, Jean-Christophe Foltête, Denis Truchetet, Karine Berthier, Xavier Lambin, Jean-François Cosson, Centre de biologie et de gestion des populations, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Théoriser et modéliser pour aménager (UMR 6049) (ThéMA), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), FREDON-DRAF-SRPV, Ministère Agriculture, Ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la Forêt, Ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, School of Biological Sciences (APERU), University of Aberdeen, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Pathologie Végétale (PV), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB), Region of Franche-Comte / DIREN Franche-Comte / French Ministry of Environment / Leverhulme trust, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Station de Pathologie Végétale ( AVI-PATHO ), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations ( CBGP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Institut Universitaire de France ( IUF ), Ministère de l'Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche ( M.E.N.E.S.R. ), Théoriser et modéliser pour aménager ( ThéMA ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), and School of Biological Sciences ( APERU )
Subjects: 0106 biological sciences, Gene Flow, Ecology (disciplines), Population Dynamics, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, [ SDV.EE ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, 03 medical and health sciences, Traveling wave, Animals, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Ecosystem, 030304 developmental biology, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, 0303 health sciences, biology, Ecology, Arvicolinae, Front (oceanography), Genetic data, biology.organism_classification, Geography, 13. Climate action, Genetic structure, Biological dispersal, Vole, Spatial extent, Animal Distribution
Abstract: International audience; Travelling waves (TW) are among the most striking ecological phenomena emerging in oscillating populations. Despite much theory, understanding how real-world TW arise remains a challenge for ecology. Herein, we analyse 16-year time series of cyclic vole populations collected at 314 localities covering 2500 km² in France. We found evidence for a linear front TW spreading at a speed of 7.4 km year(-1) along a north-west/south-east direction and radiating away from a major landscape discontinuity as predicted by recent theory. The spatial signature of vole dispersal was assessed using genetic data collected at 14 localities. Both data sets were handled using similar autocorrelation approaches. Our results revealed a remarkable congruence of the spatial extent and direction of anisotropy of both demographic and genetic structures. Our results constitute the first empirical evidence that effective dispersal is limited in the direction of TW while most of the individual exchanges occur along the wave front.
Published: 2013
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5. Ecophyto R&D. Vers des systèmes de culture économes en pesticides. Volet 1. Tome I : méthodologie générale

Author: Alain Carpentier, Charles-Antoine Dedryver, Raymond Reau, Therese Volay, Jean-Pierre Butault, Henri Darmency, Jean Marc Barbier, Philippe Debaeke, Marc Barbier, Christian Gary, Philippe Girardin, Laurence Guichard, Jean Marc Meynard, Nicot, Philippe C., Michel Pitrat, Bernard Rolland, Benoit Sauphanor, Philippe Viaux, Christian Walter, UMR 1302 Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Agronomie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire d'Economie Forestière (LEF), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie et Gestion des Adventices (BGA), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD), Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Agro-alimentaire (UMR Innovation), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Agrosystèmes Cultivés et Herbagers (ARCHE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Direction Régionale de l'Agriculture et de la Forêt de Midi-Pyrénées (DRAF Midi-Pyrénées), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar (LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Département Sciences pour l'Action et le Développement (DEPT SAD), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Pathologie Végétale (PV), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Amélioration des Plantes et Biotechnologies Végétales (APBV), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), ARVALIS - Institut du végétal [Paris], Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Ministère de l'Ecologie, de l'Energie, du Développement Durable et de la Mer, Absent, Commanditaire : Ministère de l'Ecologie, de l'Energie, du Développement Durable et de la Mer (France), Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes ( BIO3P ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Laboratoire d'Economie Forestière ( LEF ), Biologie et Gestion des Adventices ( BGA ), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon ( ENESAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ), Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Agro-alimentaire ( Innovation ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Centre national d'études agronomiques des régions chaudes ( CNEARC ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -IAMM-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Agrosystèmes Cultivés et Herbagers ( ARCHE ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Direction Régionale de l'Agriculture et de la Forêt de Midi-Pyrénées ( DRAF Midi-Pyrénées ), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens ( SYSTEM ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar ( LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement ( LAE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Département Sciences pour l'Action et le Développement ( DEPT SAD ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Station de Pathologie Végétale ( AVI-PATHO ), Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes ( GALF ), Amélioration des Plantes et Biotechnologies Végétales ( APBV ), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles ( PSH ), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Agro-alimentaire (Innovation), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre national d'études agronomiques des régions chaudes (CNEARC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), INRA, Ecophyto, and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], REDUCTION DE L'UTILISATION EN PESTICIDES, SCENARIOS, METHODOLOGIE, NIVEAUX DE RUPTURE
Abstract: Étude menée par l’Inra à la demande du ministère de l’Écologie, de l’Énergie, du Développement durable et de la Mer et du ministère de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Pêche. Ecophyto R&D vers des systèmes de culture économes en produits phytosanitaires, volet 1; The first report of the program ECOPHYTO R & D brings together the general principles of methods that are employed by expert groups, first of all, in various stages of the comparative study : techno-economic status of pesticide reduction (part 1) and secondly, the noted stage of setting up a network of data acquisition references (part 2); Ce tome du programme ECOPHYTO R&D rassemble les principes généraux des méthodes qui sont employées par les groupes d’experts d’une part, dans les différentes étapes de l’étude comparative technico-économique de la réduction des pesticides (volet 1) et d’autre part, le relevé des étapes de la configuration d’un réseau d’acquisition de données de références (volet 2)
Published: 2009

6. Bioaerosol field measurements: Challenges and perspectives in outdoor studies

Author: Santl-Temkiv, Tina, Sikoparija, Branko, Maki, Teruya, Carotenuto, Federico, Amato, Pierre, Yao, Maosheng, Morris, Cindy E., Schnell, Russ, Jaenicke, Ruprecht, Pohlker, Christopher, DeMott, Paul J., Hil, Thomas C. J., Huffman, Alex J., Department of Bioscience [Aarhus], Stellar Astrophysics Centre [Aarhus] (SAC), Aarhus University [Aarhus], iCLIMATE Aarhus University Interdisciplinary Centre for Climate Change, BioSense Institute - Research Institute for Information Technologies in Biosystems, University of Novi Sad, Kanazawa University (KU), Institute of Bioeconomy (IBE), Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), State Key Joint Laboratory of Environmental Simulation and Pollution Control, College of Environmental Sciences and Engineering, Peking University, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), National Oceanic and Atmospheric Organization, Institute for Physics of the Atmosphere, Johannes Gutenberg - Universität Mainz (JGU), Max Planck Institute for Chemistry, Multiphase Chemistry Department, Department of Atmospheric Science, Colorado State University [Fort Collins] (CSU), Department of Chemistry and Biochemistry, Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), The Danish National Research Foundation (Grant agreement no.: DNRF106, Stellar Astrophysics Centre, Aarhus University), AUFF Nova program (AUFF-E-2015-FLS-9-10), Villum Fonden (research grant 23175), Ministry of Education, Science and Technological Development of the Republic of Serbia (project no. III 44006), Max Planck Society (MPG), NSFC Distinguished Young Scholars Fund (21725701), Aarhus University, Department of Environmental Science, Institute of Science and Engineering, Istanbul Commerce University (T.C.), SIGMA Clermont, Institut de Chimie de Clermont-Ferrand - Clermont Auvergne (ICCF), Sigma CLERMONT (Sigma CLERMONT)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Johannes Gutenberg - University of Mainz (JGU), Colorado State University (CSU), Institute for BioEconomy [Sesto Fiorentino] (IBE | CNR), National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Peking University [Beijing], Johannes Gutenberg - Universität Mainz = Johannes Gutenberg University (JGU), Šantl-Temkiv, Tina, and Huffman, J. Alex
Subjects: Atmospheric physics, aerobiology, 010504 meteorology & atmospheric sciences, HIGH-LEVEL EXPRESSION, Biodiversité et Ecologie, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, biodiversité, CLOUD CONDENSATION NUCLEI, bioaérosol, General Materials Science, Water cycle, MARINE BOUNDARY-LAYER, pathologie végétale, Scientific disciplines, Grand Challenges, origine biogéographique, ICE-NUCLEATION ACTIVITY, Environmental resource management, UNMANNED AERIAL SYSTEM, Pollution, allergène, AMAZON RAIN-FOREST, animal pathology, SEA-SURFACE MICROLAYER, Bioaerosol, cycle de l'eau, Indoor bioaerosol, bioaerosol, Biodiversity and Ecology, LONG-DISTANCE TRANSPORT, Urbanization, Environmental Chemistry, pathologie animale, aérobiologie, 0105 earth and related environmental sciences, climat, [PHYS.PHYS]Physics [physics]/Physics [physics], business.industry, AIRBORNE BACTERIAL COMMUNITIES, Physique générale, Tiina Teponen, 15. Life on land, allergene, Field (geography), BIOLOGICAL AEROSOL-PARTICLES, physique des nuages, 13. Climate action, Environmental science, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business
Abstract: Outdoor field measurements of bioaerosols are performed within a wide range of basic and applied scientific disciplines, each with its own goals, assumptions, and terminology. This article contains brief reviews of outdoor field bioaerosol research from these diverse interests, with emphasis on perspectives from the atmospheric sciences. The focus is on a high-level discussion of pressing scientific questions, grand challenges, and needs for cross-disciplinary collaboration. The research topics, in which bioaerosol field measurement is important, include (i) atmospheric physics, clouds, climate, and hydrological cycle; (ii) atmospheric chemistry; (iii) airborne allergen-containing particles; (iv) airborne human pathogens and national security; (v) airborne livestock and crop pathogens; and (vi) biogeography and biodiversity. We concisely review bioaerosol impacts and discuss properties that distinguish bioaerosols from abiological aerosols. We give extra focus to regions of specific interest, i.e., forests, polar regions, marine and coastal environments, deserts, urban and rural areas, and summarize key considerations related to bioaerosol measurements, such as of fluxes, of long-range transport, and of sampling from both stationary and vessel-driven platforms. Keeping in mind a series of key scientific questions posed within the diverse communities, we suggest that pressing scientific questions include the following: (i) emission sources and flux estimates; (ii) spatial distribution; (iii) changes in distribution; (iv) atmospheric aging; (v) metabolic activity; (vi) urbanization of allergies; (vii) transport of human pathogens; and (viii) climate-relevant properties.
Published: 2020
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7. Genome-wide association mapping of QTLs implied in potato virus Y population sizes in pepper: evidence for widespread resistance QTL pyramiding

Author: Marion Szadkowski, Alain Palloix, Renaud Duboscq, Lucie Tamisier, Gautier Sarah, Ghislaine Nemouchi, Sylvain Santoni, Véronique Lefebvre, Emmanuel Szadkowski, Benoît Moury, Christopher Sauvage, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie et Amélioration des Plantes department and Sustainable Management of Crop Health (SMaCH) metaprogramme of INRA, Région Provence-Alpes-Côte d’Azur, NR PRC project ArchiV (2019-2022), Moury, Benoit, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Unité de Pathologie Végétale (PV), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Capsicum annuum, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, sweet pepper, Potyvirus, Genome-wide association study, Plant Science, 01 natural sciences, Genome, Effective population size, potato virus y, genome‐wide association, Potato virus Y, effective population size, genome-wide association, genotyping-by-sequencing, quantitative resistance, viral accumulation, pathologie végétale, Disease Resistance, 2. Zero hunger, Genetics, résistance variétale, education.field_of_study, Chromosome Mapping, food and beverages, culture legumiere, virus y de la pomme de terre, Agricultural sciences, genotyping‐by‐sequencing, Original Article, Capsicum, Genotype, Phytopathology and phytopharmacy, Quantitative Trait Loci, Population, Soil Science, poivron, Single-nucleotide polymorphism, Plant disease resistance, Quantitative trait locus, Biology, Polymorphism, Single Nucleotide, Chromosomes, Plant, 03 medical and health sciences, phytopathogenic virus, education, Molecular Biology, Plant Diseases, Genetic association, virus phytopathogène, analyse de qtl, Original Articles, Phytopathologie et phytopharmacie, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Eukaryotic Initiation Factor-4E, 030104 developmental biology, Agronomy and Crop Science, Sciences agricoles, Genome-Wide Association Study, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; In this study, we looked for genetic factors in the pepper (Capsicum annuum) germplasm that control the number of potato virus Y (PVY) particles entering the plant (i.e. effective population size at inoculation) and the PVY accumulation at the systemic level (i.e. census population size). Using genotyping-by-sequencing (GBS) in a core collection of 256 pepper accessions, we obtained 10 307 single nucleotide polymorphisms (SNPs) covering the whole genome. Genome-wide association studies (GWAS) detected seven SNPs significantly associated with the virus population size at inoculation and/or systemic level on chromosomes 4, 6, 9 and 12. Two SNPs on chromosome 4 associated with both PVY population sizes map closely to the major resistance gene pvr2 encoding the eukaryotic initiation factor 4E. No obvious candidates for resistance were identified in the confidence intervals for the other chromosomes. SNPs detected on chromosomes 6 and 12 colocalized with resistance quantitative trait loci (QTLs) previously identified with a biparental population. These results show the efficiency of GBS and GWAS in C. annuum, indicate highly consistent results between GWAS and classical QTL mapping, and suggest that resistance QTLs identified with a biparental population are representative of a much larger collection of pepper accessions. Moreover, the resistance alleles at these different loci were more frequently combined than expected by chance in the core collection, indicating widespread pyramiding of resistance QTLs and widespread combination of resistance QTLs and major effect genes. Such pyramiding may increase resistance efficiency and/or durability.
Published: 2020
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8. Évaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine

Author: Eric Verdin, Pascal Gentit, Stéphan Steyer, Thierry Wetzel, Thomas Le Bourgeois, Marie-Helene Balesdent, Françoise Binet, Antonio Biondi, Philippe Castagnone, Péninna Deberdt, Nicolas Desneux, Marie Laure Desprez Loustau, Abraham ESCOBAR GUTIERREZ, Laurent Gentzbittel, Herve Jactel, David Makowski, Arnaud Monty, Maria Navajas, Xavier Nesme, Marie-Hélène Robin, François Verheggen, Christine Tayeh, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Dienstleistungszentren Ländlicher Raum Rheinland-Pfalz, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Catane, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre International de Recherche sur l'Environnement et le Développement (CIRED), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, Contrat : 2019-SA-0080, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2019-04-25, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (Cirad-Persyst-UPR 103 HORTSYS), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biodiversité, Gènes et Communautés, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-AgroParisTech, Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: risque phytosanitaire, virus phytopathogène, analyse de risques, description de symptomes, dissémination, tomato brown rugose fruit virus, état de l'art, semences, maladie émergente, culture legumiere, expertise scientifique, évaluation du risque, tobamovirus, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, piment, filière économique, tomate, phytopathogenic virus, outbreaks, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, emerging disease, résistance, pathologie végétale, épidémie
Abstract: Évaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine. Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective
Published: 2020

9. Stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Author: Verdin, Eric, Sicard, Anne, Gentzbittel, Laurent, Legendre, Bruno, Suffert, Frédéric, Thébaud, Gaël, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Helene, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone, Philippe, Deberdt, Péninna, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Jactel, Herve, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Nesme, Xavier, Robin, Marie-Hélène, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Tassus, Xavier, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, ANSES - Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (ANSES), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli studi di Catania [Catania], Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Unité de recherche d'Agronomie (UA), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Université de Liège - Gembloux, Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, Contrat : 2018-SA-0248, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2020-04-29
Subjects: Xylella fastidiosa, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, olivier, Antibes, gestion, Menton, France, olive tree, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, management, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: AVIS de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail relatif à « la stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa ». L’Anses a été saisie le 26 novembre 2019 par la Direction générale de l’alimentation pour la réalisation de l’expertise suivante : demande d’avis relatif à la stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa.
Published: 2020

10. Emerging strains of watermelon mosaic virus in Southeastern France: model-based estimation of the dates and places of introduction

Author: Lionel Roques, Samuel Soubeyrand, Emily M. Walker, Julien Papaïx, Karine Berthier, Etienne K. Klein, Jimmy Garnier, Benoît Moury, Cécile Desbiez, Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Pathologie Végétale (PV), Laboratoire de Mathématiques (LAMA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), INRAE grant 'MEDIA', Biostatistique et Processus Spatiaux (BIOSP), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Laboratoire Analyse et Mathématiques Appliquées (LAMA), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Gustave Eiffel (UNIV GUSTAVE EIFFEL), and Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, food.ingredient, Population dynamics, Mathematics and computing, media_common.quotation_subject, Science, Population, Potyvirus, Sud-est France, Virus phytopathogène, Biology, 01 natural sciences, Models, Biological, Invasive species, Competition (biology), Article, 03 medical and health sciences, food, Genus, [MATH.MATH-AP]Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], Watermelon mosaic virus, education, souche émergente, 030304 developmental biology, media_common, Ecological modelling, Plant Diseases, Probability, Abiotic component, Ecological epidemiology, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, 0303 health sciences, education.field_of_study, theoritical ecology, Potyviridae, génétique des populations, biology.organism_classification, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Evolutionary biology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Medicine, France, Theoretical ecology, 010606 plant biology & botany
Abstract: Where and when alien organisms are successfully introduced are central questions to elucidate biotic and abiotic conditions favorable to the introduction, establishment and spread of invasive species. We propose a modelling framework to analyze multiple introductions by several invasive genotypes or genetic variants, in competition with a resident population, when observations provide knowledge on the relative proportions of each variant at some dates and places. This framework is based on a mechanistic-statistical model coupling a reaction-diffusion model with a probabilistic observation model. We apply it to a spatio-temporal dataset reporting the relative proportions of five genetic variants of watermelon mosaic virus (WMV, genus Potyvirus, family Potyviridae) in infections of commercial cucurbit fields. Despite the parsimonious nature of the model, it succeeds in fitting the data well and provides an estimation of the dates and places of successful introduction of each emerging variant as well as a reconstruction of the dynamics of each variant since its introduction.
Published: 2020
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11. Knock-out mutation of eukaryotic initiation factor 4E2 (eIF4E2) confers resistance to pepper veinal mottle virus in tomato

Author: Daouda Koné, Benoît Moury, Bolou Antoine Bolou Bi, Mekki Ben Khalifa, Caroline Lebaron, Gregory Girardot, Léon W. Nitiema, Hatem Fakhfakh, Jean-Luc Gallois, Marion Szadkowski, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Faculté des Sciences de Tunis, Laboratoire de Génétique Moléculaire, Immunologie et Biotechnologie, Faculté des Sciences Mathématiques, Physiques et Naturelles de Tunis (FST), Université de Tunis El Manar (UTM)-Université de Tunis El Manar (UTM), Faculté des Sciences de Bizerte [Université de Carthage], Université de Carthage - University of Carthage, Laboratoire de Physiologie Végétale, UFR Biosciences, Université Félix Houphouët-Boigny (UFHB), Institut de l’Environnement et de Recherches Agricoles, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Faculté des Sciences de Tunis, and Faculté des Sciences de Bizerte [Zarzouna]
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, mutation génétique, Mutant, partial resistance, tomato, medicine.disease_cause, Virus, 03 medical and health sciences, tomate, Eukaryotic translation, Solanum lycopersicum, Loss of Function Mutation, potyvirus, resistance gene, phytopathogenic virus, Virology, Eukaryotic initiation factor, medicine, Gene, pathologie végétale, 030304 developmental biology, Disease Resistance, Plant Diseases, résistance variétale, 0303 health sciences, Mutation, virus phytopathogène, biology, 030302 biochemistry & molecular biology, EIF4E, Potyvirus, culture legumiere, Viral Load, biology.organism_classification, gène de résistance, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Eukaryotic Initiation Factor-4E, recessive resistance, Multigene Family, eIF4E, Host-Pathogen Interactions, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, resistance spectrum, Capsicum
Abstract: Translation initiation factors 4E (eIF4E) are the main source of resistance to potyvirus. We systematically assessed tomato single and double knock-out (KO) mutants of members of the eIF4E-coding gene family for resistance to Pepper veinal mottle virus (PVMV), a major constraint to tomato production. We show that the KO mutant of eIF4E2 has partial resistance to PVMV isolate IC, with plants harboring weak symptoms and low virus loads at the systemic level. The causal effect of eIF4E2 loss-of-function on resistance was confirmed on a progeny segregating for the KO mutation. The eIF4E2 KO mutant was resistant to six of the eight PVMV isolates tested and no resistance to other potyviruses was observed. This is the first evidence that mutation of eIF4E2 is in itself conferring resistance to a potyvirus and 3D protein modelling suggests that the eIF4E2 gene could be converted into a functional resistance allele.
Published: 2020
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12. Ice nucleation active bacteria in precipitation are genetically diverse and nucleate ice by employing different mechanisms

Author: Caroline L. Monteil, Kevin Failor, D G Schmale rd, Boris A. Vinatzer, Department of Plant Pathology, Physiology, and Weed Science [Blacksburg] (PPPWS), Virginia Tech [Blacksburg], Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Microbiologie Environnementale et Moléculaire (MEM), Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), National Science Foundation under grant DEB-1241068, Virginia Agricultural Experiment Station, Hatch Program of the National Institute of Food and Agriculture, US Department of Agriculture, Unité de Pathologie Végétale (PV), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, concentration, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Air Microbiology, Nucleation, 01 natural sciences, Microbiology, 03 medical and health sciences, Freezing, ice nucleating bacteria, Phylogeny, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 0105 earth and related environmental sciences, Lysinibacillus, Bacteria, précipitation, biology, Precipitation (chemistry), Ice, Xanthomonadaceae, Genetic Variation, Water, biology.organism_classification, rôle vecteur, Enterobacteriaceae, genêtic variation, 030104 developmental biology, 13. Climate action, diversité génétique, Environmental chemistry, Ice nucleus, Original Article, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, bactérie glacogène, human activities, Pseudomonadaceae
Abstract: A growing body of circumstantial evidence suggests that ice nucleation active (Ice(+)) bacteria contribute to the initiation of precipitation by heterologous freezing of super-cooled water in clouds. However, little is known about the concentration of Ice(+) bacteria in precipitation, their genetic and phenotypic diversity, and their relationship to air mass trajectories and precipitation chemistry. In this study, 23 precipitation events were collected over 15 months in Virginia, USA. Air mass trajectories and water chemistry were determined and 33 134 isolates were screened for ice nucleation activity (INA) at -8 °C. Of 1144 isolates that tested positive during initial screening, 593 had confirmed INA at -8 °C in repeated tests. Concentrations of Ice(+) strains in precipitation were found to range from 0 to 13 219 colony forming units per liter, with a mean of 384±147. Most Ice(+) bacteria were identified as members of known and unknown Ice(+) species in the Pseudomonadaceae, Enterobacteriaceae and Xanthomonadaceae families, which nucleate ice employing the well-characterized membrane-bound INA protein. Two Ice(+) strains, however, were identified as Lysinibacillus, a Gram-positive genus not previously known to include Ice(+) bacteria. INA of the Lysinibacillus strains is due to a nanometer-sized molecule that is heat resistant, lysozyme and proteinase resistant, and secreted. Ice(+) bacteria and the INA mechanisms they employ are thus more diverse than expected. We discuss to what extent the concentration of culturable Ice(+) bacteria in precipitation and the identification of a new heat-resistant biological INA mechanism support a role for Ice(+) bacteria in the initiation of precipitation.
Published: 2017
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13. Quantitative trait loci in pepper control the effective population size of two RNA viruses at inoculation

Author: Elsa Rousseau, Alain Palloix, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Sebastien Barraillé, Marion Szadkowski, Benoît Moury, Lucie Tamisier, Frédéric Fabre, Ghislaine Nemouchi, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biological control of artificial ecosystems (BIOCORE), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), BAP (Biologie et Amélioration des Plantes) department, SMaCH (Sustainable Management of Crop Health) metaprogramme of INRA, Région Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de pathologie végétale (UR 407) INRA Avignon, Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), and Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Capsicum annuum, 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Potyvirus, Population, Quantitative trait locus, Cucumovirus, 01 natural sciences, Virus, Cucumber mosaic virus, 03 medical and health sciences, Virology, virus infection, bottlenecks, Potato virus Y, education, Gene, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Plant Diseases, Genetics, education.field_of_study, biology, fungi, food and beverages, biology.organism_classification, Plant Leaves, 030104 developmental biology, quantitative trait loci, Capsicum, effective population size, 010606 plant biology & botany
Abstract: We thank the staff of the INRAE Experimental facilities of the Plant Pathology research unit (IEPV, https://doi.org/10.15454/8DGF-QF70) for their involvement in field experiments; International audience; Infection of plants by viruses is a complex process involving several steps: inoculation into plant cells, replication in inoculated cells and plant colonization. The success of the different steps depends, in part, on the viral effective population size (Ne), defined as the number of individuals passing their genes to the next generation. During infection, the virus population will undergo bottlenecks, leading to drastic reductions in Ne and, potentially, to the loss of the fittest variants. Therefore, it is crucial to better understand how plants affect Ne. We aimed to (i) identify the plant genetic factors controlling Ne during inoculation, (ii) understand the mechanisms used by the plant to control Ne and (iii) compare these genetic factors with the genes controlling plant resistance to viruses. Ne was measured in a doubled-haploid population of Capsicum annuum. Plants were inoculated with either a Potato virus Y (PVY) construct expressing the green fluorescent protein or a necrotic variant of Cucumber mosaic virus (CMV). Newas assessed by counting the number of primary infection foci on cotyledons for PVY or the number of necrotic local lesions on leaves for CMV. The number of foci and lesions was correlated (r=0.57) and showed a high heritability (h2=0.93 for PVY and h2=0.98 for CMV). The Ne of the two viruses was controlled by both common quantitative trait loci (QTLs) and virus-specific QTLs, indicating the contribution of general and specific mechanisms. The PVY-specific QTL colocalizes with a QTL that reduces PVY accumulation and the capacity to break down a major-effect resistance gene.
Published: 2017
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14. Phylogenetic status and host range of plant pathogen Pseudomonas syringae isolated from sugar beet fields in Serbia

Author: Nikolic, Ivan, Morris, Cindy E., Beric, Tanja, Lozo, Jelena, Flra, Dorde, Stanković, Slaviša, Faculty of Biology, University of Belgrade, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of Belgrade [Belgrade], Unité de Pathologie Végétale (PV), Federation of European Microbiological Societies (FEMS). NLD., and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: bactérie phytopathogène, fungi, food and beverages, sugarbeet, phytopathogenic bacteria, [SDV.MP.MYC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, betterave sucrière, test de virulence, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, diversité des populations, diversité phylogénétique, test d'agressivite, pathologie végétale, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, serbie, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology
Abstract: Background: Pseudomonas syringae is a very heterogeneous bacterial species, inhabiting various ecological niches, affecting numerous host plants and representing great phylogenetic diversity. In 2013, a leaf spot disease of sugar beet caused by P. syringae was detected for a first time in Serbia.Objectives: We aimed to determine the phylogenetic diversity of isolates from sugar beet and the potential host range in order to define status of isolates within P. syringae species complex and estimate the pathogenic diversity.Methods: Twenty representatives among 104 collected P. syringae isolates from commercial fields of sugar beet were tested. Sequencing of cts gene, sequence analysis by the Neighbor-joining method and comparison with 59 P. syringae strains from 13 phylogenetic groups was performed for all tested isolates. The host range was determined by leaf inoculation of 16 different plant species in controlled greenhouse conditions. The virulence and aggressiveness of tested isolates were measured.Results: Phylogenetic analysis showed that all tested P. syringae isolates from sugar beet belong to the 02b phylogroup within the P. syringae species complex, representing one of the most abundant P. syringae phylogroups in the environment. Host range tests revealed extremely aggressive isolates causing symptoms on every tested plant (70% of tested isolates) as well as weakly aggressive isolates (30% of tested isolates). These findings provide the first insight to status of collected isolates from Serbian sugar beet fields within P. syringae metapopulation and provide information about potential risk to other crops.
Published: 2019

15. Fusarium on french garlic, etiology and characterization of an emerging disease

Author: Chretien, Paul L., DUFFAUD, Magali, Morris, Cindy E., Leyronas, Christel, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Federation of European Microbiological Societies (FEMS). NLD., and Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO)
Subjects: microscopie, root rot, etiology, food and beverages, champignon phytopathogène, phytopathogenic fungus, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, garlic, Fusarium, microscopy, processus d'infection, France, maladie nouvelle, test d'agressivite, pathologie végétale, ail, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, fusarium spp
Abstract: Background: Yearly, France produces more than 20000 tons of garlic representing 3500 producersand 3000 ha. Since the mid-2000s and in spite of high demanding production specifications, aphytopathogenic fungus belonging to genus Fusarium, causes damage during storage leading to rootand bulb rots. The annual losses have a major impact on the viability of the French industry.Objectives: Two major objectives were to :• Elucidate the etiology of the disease on garlic• Develop a test to evaluate the aggressiveness of strainsMethods: Strains were isolated from the two major French production areas (South West and SouthEast) during the 2017 and 2018 production campaigns. Eleven garlic varieties on more than 90 plotswere used. All tested cloves were surface-sterilized with NaOCl and fungi were allowed to develop onPDA.To evaluate aggressiveness of each strain, twelve surface-sterilized cloves soaked in 1.0*106spores/mL were used. All cloves were placed separately at 23°C at saturated humidity for 18 days.Symptoms were noted with rating scale from 0 (absence of symptoms) to 5 (clove entirely brown).Every 2 days, Area Under the Disease Progress Curve was calculated for each clove.Results: In total, 1580 strains were successfully isolated, 262 identified (98% F. proliferatum and 2%F. oxysporum) and 48 tested for their aggressiveness. All varieties seemed to be infected equally,some plots more than the others. All tested strains shows aggressiveness on garlic, from 60 to 140%as compared to a reference strain.
Published: 2019

16. Virus epidemics, plant-controlled population bottlenecks and the durability of plant resistance

Author: Frédéric Fabre, Frédéric Grognard, Elsa Rousseau, Benoît Moury, Mélanie Bonneault, Ludovic Mailleret, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biological control of artificial ecosystems (BIOCORE), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé et agroécologie du vignoble (SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Université Côte d'Azur (UCA), ANR-13-BSV7-0011,FunFit,Une approche basée sur les traits d'histoire de vie des champignons phytopathogènes pour faire le lien entre fitness individuelle et stratégies écologiques.(2013), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), French Agence Nationale de la Recherche (ANR) under grant ANR-13-BSV7-0011 (project FunFit), SMaCH (Sustainable Management of Crop Health) metaprogramme of INRA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, quantitative resistance, [MATH.MATH-DS]Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], Biology, 01 natural sciences, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Virus, Bottleneck, 03 medical and health sciences, [INFO.INFO-AU]Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, Cultivar, Plant traits, population bottleneck, Epidemics, yield increase, Disease Resistance, Plant Diseases, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Models, Statistical, business.industry, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], fungi, Outbreak, food and beverages, Articles, Plants, 15. Life on land, stochastic epidemic model, qualitative resistance, Biotechnology, Plant Breeding, Population bottleneck, Infectious disease (medical specialty), Viruses, General Agricultural and Biological Sciences, Epidemic model, business, resistance durability, Virus Physiological Phenomena, 010606 plant biology & botany
Abstract: Plant qualitative resistances to viruses are natural exhaustible resources that can be impaired by the emergence of resistance-breaking (RB) virus variants. Mathematical modelling can help determine optimal strategies for resistance durability by a rational deployment of resistance in agroecosystems. Here, we propose an innovative approach, built up from our previous empirical studies, based on plant cultivars combining qualitative resistance with quantitative resistance narrowing population bottlenecks exerted on viruses during host-to-host transmission and/or within-host infection. Narrow bottlenecks are expected to slow down virus adaptation to plant qualitative resistance. To study the effect of bottleneck size on yield, we developed a stochastic epidemic model with mixtures of susceptible and resistant plants, relying on continuous-time Markov chain processes. Overall, narrow bottlenecks are beneficial when the fitness cost of RB virus variants in susceptible plants is intermediate. In such cases, they could provide up to 95 additional percentage points of yield compared with deploying a qualitative resistance alone. As we have shown in previous works that virus population bottlenecks are at least partly heritable plant traits, our results suggest that breeding and deploying plant varieties exposing virus populations to narrowed bottlenecks will increase yield and delay the emergence of RB variants. This article is part of the theme issue ‘Modelling infectious disease outbreaks in humans, animals and plants: approaches and important themes’. This issue is linked with the subsequent theme issue ‘Modelling infectious disease outbreaks in humans, animals and plants: epidemic forecasting and control’.
Published: 2019
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17. Improving management strategies of plant diseases using sequential sensitivity analyses

Author: Sophie Thoyer, Claude Bruchou, Sylvie Dallot, Loup Rimbaud, Emmanuel Jacquot, Samuel Soubeyrand, Gaël Thébaud, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biostatistique et Processus Spatiaux (BIOSP), Centre d'Economie de l'Environnement - Montpellier - FRE2010 (CEE-M), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), DGA-MRIS scholarship, FranceAgriMer (Sharkaproject)., European Project: 204429,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2007-1,SHARCO(2008), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), FranceAgriMer (Sharka project), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Computer science, Cost effectiveness, [SDV]Life Sciences [q-bio], Disease, Plant Science, Culling, culture fruitière, computer.software_genre, 01 natural sciences, Trees, Roguing, sensitivity analysis, épidémiologie végétale, maladie vectorielle, 0303 health sciences, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], Vegetal Biology, Heuristic, Sobol sequence, Prunus domestica, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, Tree (data structure), Risk analysis (engineering), Plum Pox Virus, Prunus, cost-effectiveness, culling, PPV, roguing, SEIR, Sobol, Process (engineering), Phytopathology and phytopharmacy, analyse spatiotemporelle, carte heuristique, virus plum pox, Biology, Machine learning, 03 medical and health sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Sensitivity analyses, sharka, 030304 developmental biology, modélisation, Plant Diseases, virus phytopathogène, Present value, business.industry, Phytopathologie et phytopharmacie, maladie des plantes, 030104 developmental biology, méthode de lutte, Artificial intelligence, business, Agronomy and Crop Science, computer, Biologie végétale, 010606 plant biology & botany
Abstract: Published in Rimbaud, L., Dallot, S., Bruchou, C., Thoyer, S., Jacquot, E., Soubeyrand, S., Thébaud, G. (2019). Improving management strategies of plant diseases using sequential sensitivity analyses. Phytopathology, 109, 1184-1197. DOI:10.1094/PHYTO-06-18-0196-R; Improvement of management strategies of epidemics is often hampered by constraints on experiments at large spatiotemporal scales. A promising approach consists of modelling the biological epidemic process and human interventions, which both impact disease spread. However, few methods enable the simultaneous optimisation of the numerous parameters of sophisticated control strategies. To do so, we propose a heuristic approach (i.e., a practical improvement method approximating an optimal solution) based on sequential sensitivity analyses. In addition, we use an economic improvement criterion, based on the net present value, accounting for both the cost of the different control measures and the benefit generated by disease suppression. This work is motivated by sharka (caused by Plum pox virus ), a vector-borne disease of prunus trees (especially apricot, peach and plum) whose management in orchards is mainly based on surveillance and tree removal. We identified the key parameters of a spatiotemporal model simulating sharka spread and control, and approximated optimal values for these parameters. The results indicate that the current French management of sharka efficiently controls the disease, but can be economically improved using alternative strategies that are identified and discussed. The general approach should help policymakers to design sustainable and cost-effective strategies for disease management.
Published: 2019
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18. A first inventory of the labile biochemicals found in Avignon groundwater: can we identify potential bacterial substrates?

Author: Odile Berge, Catherine Duport, Marie Lagree, Marina Gillon, Mounir Traïkia, Thierry Clavel, Ludivine Rousset, Christos Panagiotopoulos, Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Avignon Université (AU), Institut de Chimie de Clermont-Ferrand - Clermont Auvergne (ICCF), Sigma CLERMONT (Sigma CLERMONT)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CE, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Rousset, Ludivine, Gillon, Marina, and Berge, Odile
Subjects: 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Biodiversité et Ecologie, Microbial metabolism, Heterotroph, chemistry.chemical_element, Aquifer, 01 natural sciences, GEOF, irrigation, Biodiversity and Ecology, NMR CHARACTERIZATION, avignon, Dissolved organic carbon, Autre (Chimie), paramètre biogéochimique, lcsh:Environmental sciences, 0105 earth and related environmental sciences, Eau de nappe, lcsh:GE1-350, geography, contamination microbienne, geography.geographical_feature_category, 010604 marine biology & hydrobiology, Contamination, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, 6. Clean water, Agricultural sciences, chemistry, qualité des eaux souterraines, matière organique, Environmental chemistry, Soil water, Other, Carbon, Sciences agricoles, Groundwater
Abstract: This article has an erratum: https://doi.org/10.1051/e3sconf/20198802003Présentation d'une communication à la conférence internationale i-DUST 2018 – Inter-Disciplinary Underground Science & Technology (2018/06/04-05), Avignon (FRA); International audience; Groundwater is a major source of water for irrigation of vegetables, especially in the Mediterranean basin. Contamination of aquifer by pathogens has been responsible for numerous disease outbreaks worldwide. Several studies reported that groundwater dissolved organic matter (DOM) can serve as a source of carbon and energy for heterotrophic metabolism of pathogens. In this study, we aimed to investigate the DOM composition of groundwater collected at Avignon. Six liters of groundwater were filtered (0.2 µm) and freeze-dried following appropriate cleaning procedure. The bulk analyses of powder sample were performed using 1D and 2D nuclear magnetic resonance spectroscopy and liquid chromatography coupled with mass spectroscopy. Several components were found at concentrations around 1 µM and comprise : (i) humic and fulvic acids originated from land-derived material or soils and, (ii) various acids, esters and alcohols of different sizes including acetate, lactate and formate, these may result from microbial metabolism. In conclusion, the Avignon groundwater DOM contains a heterogeneous mixture of dissolved organic components with a rather low potential bioreactivity based on the low level of labile biogeochemicals such as carbohydrates.
Published: 2019
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19. ViroBase: An ad hoc relational database for the management and traceability of biological data

Author: Wipf-Scheibel, Catherine, MILLOT, Pauline, Berthier, Karine, Piry, Sylvain, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: web-interface, storage, PostgreSQL, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, traceability, data base, analysis, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, biological sample, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: International audience; Databases are crucial tools for the traceability and accessibility of scientific data, from field sampling to data sharing. We developed the "ViroBase" database to manage and facilitate access to all information on samples collected and analyzed in our lab, such as: sample geographical origin, host plant species, observed symptoms, data and type of samplings, host and pathogen taxonomy, samples processing. "ViroBase" has been developped in 2015-2016 under the open source object-relational database system PostgreSQL. A user-friendly interface implemented using the framework web2py facilitates access to records through simple queries. Today, Virobase allows to manage various information including: 10456 samples records, originating from 4727 plants and corresponding to different storage process, 16402 ELISA test results, 7962 DNA sequences of virus (Sanger, NGS) characteristics for 2745 PCR primers... Virobase and its dedicated interface facilitate the collaborative work, not only within the lab but also with external partners. Its conceptual framework will be soon extended to other biological models studied in our lab, such as bacteria and fungi. REFERENCES Callahan BJ, McMurdie PJ, Han AW, Johnson AJ, Holmes SP (2016). DADA2: High resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nature Methods, 13(7), 581-3 Galan M, Pons J-B, Tournayre O, Pierre E, Leuchtmann M, Pontier D, Charbonnel N (2018). Metabarcoding for the parallel identification of several hundred predators and their prey: Application to bat species diet analysis.
Published: 2019

20. Evidence for long‐term prevalence of cucumber vein yellowing virus in Sudan and genetic variation of the virus in Sudan and the Mediterranean Basin

Author: D. Marian, Catherine Wipf-Scheibel, L. Ruiz, Cécile Desbiez, Pauline Millot, P. Caciagli, Hervé Lecoq, G. Dafalla, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Centro La Mojonera, Instituto Andaluz de Investigación y Formación Agraria y Pesquera (IFAPA), Institute for Sustainable Plant Protection, Consiglio Nazionale delle Ricerche [Roma] (CNR), University of Gezira, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Andalusian Agricultural Research Institute (IFAPA), Plant Pathology Center, and Desbiez, Cecile
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Phytopathology and phytopharmacy, Virologie, soudan, cucurbitacees, Zoology, Plant Science, Horticulture, analyse phylogénétique, 01 natural sciences, Mediterranean Basin, Virus, bassin méditerranéen, diversity, 03 medical and health sciences, Ipomovirus, phytopathogenic virus, Virology, Genetic variation, evolution, Genetics, pathologie végétale, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, potyviridae, virus phytopathogène, biology, Potyviridae, CVYV, biology.organism_classification, Phytopathologie et phytopharmacie, Term (time), Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, ipomovirus, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, évolution génétique des populations, Vein (geology), Agronomy and Crop Science, Sciences agricoles, 010606 plant biology & botany
Abstract: Cucumber vein yellowing virus (CVYV) is emerging throughout the Mediterranean Basin, where it causes important damages on cucumber and melon crops. It has been suggested that CVYV originated from the Middle East and has spread only recently to other areas. In this work, an isolate from Sudan was characterized and surveys performed in that country between 1992 and 2012 revealed a long‐term presence of CVYV with a high molecular variability, showing that the virus has long been endemic in Sub‐Saharan Africa. Comparison of the full‐length sequences of 11 CVYV isolates from different geographic origins revealed recombination events in CVYV populations from the Mediterranean Basin and the Middle East, and evidence for different selection pressures along the genome. These results shed a new light on the evolution of CVYV.
Published: 2019
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21. Behavioural response of green peach aphid Myzus persicae (Sulzer) to volatiles from different rosemary (Rosmarinus officinalis L.) clones

Author: Guy Costagliola, Hélène Gautier, Alexandra Schoeny, Tarek Dardouri, Laurent Gomez, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Pathologie Végétale (PV), Tunisian Ministry of Higher Education and Scientific Research, and Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO)
Subjects: 0106 biological sciences, agroecology, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, volatile organic compound, Future studies, repulsion, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Rosmarinus, companion plants, puceron du pêcher, rosmarinus officinalis, Camphor, chemistry.chemical_compound, composé répulsif, volatile organic compounds, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Volatile organic compound, pathologie végétale, chemistry.chemical_classification, Aphid, myzus persicae, biology, composé organique volatil, fungi, Forestry, weed control methods, biology.organism_classification, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, 010602 entomology, Horticulture, aphid, Olfactometer, chemistry, méthode de lutte, Insect Science, Officinalis, rosemary, Myzus persicae, Agronomy and Crop Science
Abstract: Previous studies have shown that rosemary (Rosmarinus officinalis L.) can serve as a companion plant to control Myzus persicae (Sulzer) because of the repellent effect of certain volatile organic compounds (VOCs) that it emits. In the present study, we investigated which of five clones of rosemary may reveal a repellent effect on M. persicae and aimed to determine the possible VOCs involved. Analyses of the mixtures of VOCs released by the different clones revealed the presence of 15 main components. However, each clone was characterized by a specific volatile profile showing the existence of marked chemical variability. By testing the identified VOCs individually, using a dual‐choice olfactometer, we observed that five volatiles had a significant repulsive effect on M. persicae: bornyl acetate, camphor, α‐terpineol, terpinene‐4‐ol and geranyl acetone. In addition, only one clone of rosemary elicited a significant repulsive action. Nevertheless, all of the tested clones released compounds that are repellent to the aphid when tested individually. Therefore, the emission of individual volatiles by a rosemary plant is not sufficient to elicit a repellent effect. The concentration, proportion and even the association/synergy of VOCs in the released olfactory bouquets can probably explain these contrasting results and are worthy of additional exploration in future studies.
Published: 2019
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22. Presence of cucurbit viruses in Ankara and Antalya province and molecular characterization of coat protein gene of zucchini yellow mosaic virus turkish isolates

Author: Topkaya, Serife, Desbiez, Cecile, Ertunc, Filiz, Faculty of Agriculture, Department of Plant Protection, Ankara University, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ankara University Scientific Research Projects Division (BAP) coded 12B4347002, and Unité de Pathologie Végétale (PV)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, virus phytopathogène, molecular variability, cucurbitacees, analyse phylogénétique, culture légumière de plein champ, turquie, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Zucchini yellow mosaic virus, coat protein, phytopathogenic virus, cucurbit viruses, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, pathologie végétale
Abstract: Cucurbits are widely grown vegetables in different provinces of Turkey. However their production is restricted by pests and pathogens including different plant viruses, among which Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) is particularly damaging. Infections by this virus during the early stages of plant development causes deformation of fruits and significant yield losses. During 2009-2014, 221 cucurbits samples were collected from fields and greenhouses from different provinces of Turkey. Serological testing was performed by double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) for presence of Watermelon mosaic virus (WMV), ZYMV, Cucumber mosaic virus (CMV), Papaya ring spot virus (PRSV), cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV) and Squash mosaic virus (SqMV). For molecular analaysis of ZYMV, full-length CP nucleotide sequences were obtained for 45 ZYMV isolates and compared with sequences from worldwide isolates available in databases. The CP coding regions of Turkish ZYMV were 837 nt long and encoded 279 amino acids (aa). Forty two isolates from different regions were classified in the molecular subgroup Al, the most frequent in the Mediterranean Basin, Europe and Africa. Three isolates collected from Antalya region were classified in subgroup A4 and showed 99 % sequence identity with isolates from the same subgroup that have emerged recently in France.
Published: 2019

23. Chancre de l’abricotier : diversité bactérienne en verger

Author: Parisi, Luciana, Brun, Laurent, Berge, Odile, Borschinger, Benoit, Lacroix, Christelle, Chandeysson, Charlotte, Bourgeay, Jean-François, Guilbaud, Caroline, Gros, Christophe, Combe, Freddy, Morgaint, Benedicte, Haim, Benjamin, Chauvin-Buthaud, Benoît, Morris, Cindy E., Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherches Intégrées - Gotheron (GOTH RI UERI), Chambre d'Agriculture de la Drôme (CA 26), ProdInra, Archive Ouverte, Unité de Pathologie Végétale (PV), and Unité Expérimentale Recherches Intégrées - Gotheron (UERI)
Subjects: bactérie phytopathogène, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, pseudomonas syringae, prophylaxie, pomology, réservoirs bactériens, phytopathogenic bacteria, culture fruitière, chancre batérien, irrigation, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, diversité des populations, complexe d'es^pèces Pseudomonas syringae, vergers d'abricotiers, réservoir de pathogènes, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, greffage, épidémiologie végétale, dépérissement bactérien de l'abricotier, pathologie végétale, source d'inoculum, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, apricot decline
Abstract: Chancre de l’abricotier : diversité bactérienne en verger
Published: 2019

24. Soil fertility, leaf nutrients and their relationship in kiwifruit orchards of China’s central Shaanxi province

Author: Cindy E. Morris, Christelle Lacroix, Fengwang Ma, Zhande Liu, Nannan Wang, Haohao He, College of Horticulture, Northwest Agriculture and Forestry University, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), National Natural Science Foundation of China (31601710), Scientific Startup Foundation for Doctors of Northwest A&F University (Z109021611), Fundamental Research Funds for the Central Universities (Z109021603)., and Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, nutrient diagnosis, Pomology, Soil test, fertilité des sols, Soil Science, pomology, Plant Science, culture fruitière, 01 natural sciences, analyse de sol, Nutrient, calcareous soil, Soil pH, kiwifruit, kiwi plant, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, soil analysis, 2. Zero hunger, Actinidia deliciosa, chine, biology, Soil organic matter, soil fertility, Soil chemistry, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, biology.organism_classification, actinidia deliciosa, Agronomy, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, leaf nutrient, Soil fertility, 010606 plant biology & botany
Abstract: Understanding soil fertility and leaf nutrients provides the basis for optimizing fertilization for fruit crop production. However, for central Shaanxi province of China, the largest kiwifruit-producing region in the world, limited information is available on soil fertility and leaf nutrients of these orchards. Here, we assessed 17 soil fertility parameters and 12 leaf elements for 116 kiwifruit orchards in central Shaanxi. The investigated region included five locations: Zhouzhi, Mei, Yangling, Wugong and Qishan. The soils in this region had an average pH of 7.54 and exchangeable Ca of 5.68 g/kg, indicating that the soils were calcareous. Over a quarter of the orchards were deficient in soil organic matter. Although over 50% of the soils were excessive in NO3–-N and over 25% both deficient and excessive in P and K, more than 65.0% of the orchards were deficient in leaf N, P and K, implying the low NPK use efficiency in central Shaanxi. Moreover, Cl and Zn deficiencies as well as Cu and Ca excesses were found in both soil and leaf diagnosis. Analysis of variance showed that, among the study locations, Zhouzhi was characterized by low soil pH, low soil/leaf Ca and high soil/leaf N, whereas Wugong was featured by high soil/leaf Na. Correlation analysis indicated that soil pH positively correlated with soil Ca, and both parameters negatively correlated with soil N, P, Fe, Mn, Cu and Cl (P < 0.01). Additionally, soil N, Ca, Mn and Cl positively correlated with the corresponding leaf elements (P < 0.001). These results could be used to guide the sustainable nutrient management of kiwifruit production in central Shaanxi.
Published: 2019
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25. Revisiting the concept of host range of plant pathogens

Author: Benoît Moury, Cindy E. Morris, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Earth history, hosts range, Plant Science, champignon phytopathogène, Biology, host jump, phytopathogenic bacteria, 01 natural sciences, Host Specificity, 03 medical and health sciences, phytopathogenic virus, generalism, évolution des populations, network analysis, pathologie végétale, Plant Diseases, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, bactérie phytopathogène, 0303 health sciences, pouvoir pathogène, virus phytopathogène, gamme d'hôtes, business.industry, Host (biology), association plante microorganisme, Environmental resource management, Fungi, Plants, 15. Life on land, phytopathogenic fungus, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Oomycetes, Anticipation (artificial intelligence), Host-Pathogen Interactions, host specialization, cophylogen, business, evolutionary history, Landscape planning, 010606 plant biology & botany
Abstract: Strategies to manage plant disease—from use of resistant varieties to crop rotation, elimination of reservoirs, landscape planning, surveillance, quarantine, risk modeling, and anticipation of disease emergences—all rely on knowledge of pathogen host range. However, awareness of the multitude of factors that influence the outcome of plant–microorganism interactions, the spatial and temporal dynamics of these factors, and the diversity of any given pathogen makes it increasingly challenging to define simple, all-purpose rules to circumscribe the host range of a pathogen. For bacteria, fungi, oomycetes, and viruses, we illustrate that host range is often an overlapping continuum—more so than the separation of discrete pathotypes—and that host jumps are common. By setting the mechanisms of plant–pathogen interactions into the scales of contemporary land use and Earth history, we propose a framework to assess the frontiers of host range for practical applications and research on pathogen evolution.
Published: 2019
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26. Optimiser l’utilisation des agents de biocontrôle en caractérisant leurs facteurs d’efficacité : le cas d’Ampelomyces quisqualis contre Oidium neolycopersici sur la tomate

Author: Nguyen, Huu-Trong, Nicot, Philippe C., Bardin, Marc, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Association Française de Protection des Plantes (AFPP). FRA., and Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Biocontrôle, Phytopathology and phytopharmacy, efficacité, facteurs microclimatiques, tomate, oidium, facteur d'efficacité, weed control methods, Mycology, champignon phytopathogène, lutte biologique, Phytopathologie et phytopharmacie, phytopathogenic fungus, Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Mycologie, méthode de lutte, biological control agents biological control organisms, pathologie végétale, agent de lutte biologique, Sciences agricoles, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology
Abstract: L’utilisation des agents de biocontrôle est plus complexe que l'application de produits chimiques, en raison de leurs caractéristiques (effets partiels et nombreux organismes vivants). Cela entraîne la variabilité de leur efficacité et entrave leur adoption. Pour faciliter les conseils aux agriculteurs, il est nécessaire de développer des outils d’aide à la décision intégrant les caractéristiques (dont les propriétés biologiques) des agents de biocontrôle, celles des agents phytopathogènes et des systèmes de culture. Sur la combinaison Ampelomyces quisqualis / Oidium neolycopersici / tomate, les objectifs de cette étude sont d'identifier, sur la base d'une étude de la littérature scientifique, les principaux facteurs gouvernant l'efficacité de l'agent de biocontrôle et de tester l'effet de facteurs microclimatiques (température, humidité) sur son efficacité., The deployment of biocontrol agents is more complex than applying chemicals due to their characteristics (partial effects and many living organisms). This leads to a variability of their efficacy and hinder their adoption. Thus, to facilitate advice to farmers, it is necessary to develop decision support systems, integrating the characteristics (including biological properties) of biocontrol agents, plant pathogens and cropping systems. On the combination Ampelomyces quisqualis / Oidium neolycopersici /tomato, the objectives of this study are to identify the factors governing the efficacy of the biocontrol agent based on a scientific litterature survey and to test the effect of microclimatic factors (temperature, humidity) on its efficacy
Published: 2018

27. Impact of genetic drift, selection and accumulation level on virus adaptation to its host plants

Author: Rousseau, Elsa, Tamisier, Lucie, Fabre, Frédéric, Simon, Vincent, Szadkowski, Marion, Bouchez, Olivier, Zanchetta, Catherine, Girardot, Gregory, Mailleret, Ludovic, Grognard, Frédéric, Palloix, Alain, Moury, Benoit, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biological control of artificial ecosystems (BIOCORE), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), SMaCH metaprogramme, 'Investissement d’avenir' program managed by Agence Nationale pour la Recherche (contract ANR-10-INBS-09), BAP (Biologie et Amélioration des Plantes) department, Région Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Santé et agroécologie du vignoble (SAVE), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, GeT PlaGe, Genotoul, Université Côte d'Azur (UCA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Models, Genetic, resistance breakdown, Potyvirus, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, food and beverages, selection, Original Articles, Haploidy, Adaptation, Physiological, Biological Evolution, viral load, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, eIF4E, Host-Pathogen Interactions, Linear Models, plant breeding, genetic drift, Selection, Genetic, Capsicum, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, effective population size, Disease Resistance, Plant Diseases, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: We thank the staff of the INRAE Experimental facilities of the Plant Pathology research unit (IEPV, https://doi.org/10.15454/8DGF-QF70) for their involvement in field experiments; International audience; The efficiency of plant major resistance genes is limited by the emergence and spread of resistance‐breaking mutants. Modulating the evolutionary forces acting on pathogen populations constitutes a promising way to increase the durability of these genes. We studied the effect of four plant traits affecting these evolutionary forces on the rate of resistance breakdown (RB) by a virus. Two of those traits correspond to virus effective population sizes (Ne), either at plant inoculation or during infection. The third trait corresponds to differential selection exerted by the plant on the virus population. Finally, the fourth trait corresponds to within‐plant virus accumulation (VA). These traits were measured experimentally on Potato virus Y (PVY) and a set of 84 pepper doubled‐haploid lines, all carrying the same pvr23 resistance gene but having contrasted genetic backgrounds. The lines showed extensive variation for the rate of pvr23 RB by PVY and for the four other traits of interest. A generalized linear model showed that three of these four traits, with the exception of Ne at inoculation, and several of pairwise interactions between them had significant effects on RB. RB increased when Ne during plant infection or VA increased. The effect of differential selection was more complex because of a strong interaction with VA. When VA was high, RB increased as the differential selection increased. An opposite relationship between RB and differential selection was observed when VA was low. This study provides a framework to select plants with appropriate virus‐evolution‐related traits to avoid or delay resistance breakdown.
Published: 2018
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28. Les rayonnements UV-C : un moyen de lutte pour stimuler les défenses du fraisier et de la tomate en cours de culture et améliorer la qualité / conservation des fruits après récolte

Author: Forges, Marine, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université d'Avignon, Marc Bardin, Jawad Aarrouf, Unité de Pathologie Végétale (PV), Démarche intégrée pour l'obtention d'aliments de qualité (UMR Qualisud), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Avignon Université (AU)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1), and Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse (UAPV), Avignon, FRA.
Subjects: Botrytis cinerea, Fruit quality, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Biocontrôle, Tomate, Qualité des fruits, Biocontrol, UV-C, Podosphaera aphanis, Strawberry, Fraisier, Tomato, Rhizopus
Abstract: Some fungi are very damaging during plant cultivation and also in post-harvest storage of products. Regulatory restrictions on fungicide use require alternative solutions. Improving plant resistance using physical methods, such as aplication of UV radiation, can be a promising alternative in association with other methods as part of an integrated pest management strategy. The objective of the present thesis was to study the effect of UV-C aplication on the sensitivity of plants to fungal pathogens. UV-C radiation was applied during plant cultivation, alone or in combination with biocontrol agents, or in post-harvest. Experiments were conducted on two plant species: strawberry and tomato.On strawberry plants, UV-C treatments at 1.70 kJ/m² result in a systematic 20 % decrease in leaves sensitivity to Botrytis cinerea and in a reduction by up to 50 % of the number of leaves infected by Podosphaera aphanis, the causal agent of powdery mildew. In tomato, leaves protection against B. cinerea reaches 43 % with a cumulative dose of 4.0 kJ/m². UV-C treatments applied on fruits reduce the strawberry sensitivity to Rhizopus by 75 % but no effect is observed against B. cinerea. On the contrary, sensitivity against B. cinerea is reduced by 63 % on tomato fruit. Biochemical and taste tests suggest that fruit quality is not significantly improved or altered by UV-C treatment. Despite a marked germicidal effect of UV-C radiation on strawberry leaves, it has no significant effect on the protective efficacy of biocontrol agents.Our observations are encouraging to consider the use of this tool in an integrated crop protection scheme. However, a clear understanding of how UV-C radiations are perceived by plants and their translation into defense mechanisms is necessary before their use is recommended in the field.; Certains champignons sont très dommageables pour les plantes mais aussi pour la conservation après récolte des produits végétaux. Les restrictions réglementaires concernant l’utilisation des fongicides nécessitent de trouver des solutions alternatives. L'amélioration de la résistance des plantes en utilisant des méthodes physiques, comme les rayonnements UV, peut présenter une alternative prometteuse en association avec d’autres méthodes dans le cadre d’une protection intégrée des cultures. L'objectif de cette thèse a été d’étudier l’effet des rayonnements UV-C sur la sensibilité des plantes aux agents pathogènes. Les rayonnements UV-C ont été appliqués durant la culture, seuls ou en combinaison à des agents de biocontrôle, ou en post-récolte. Les expérimentations ont été menées sur deux espèces végétales : le fraisier et la tomate.Sur fraisier, des traitements UV-C à une dose de 1,70 kJ/m² entraînent une diminution systématique d'environ 20 % de la sensibilité des feuilles à Botrytis cinerea et diminuent jusqu’à 50 % le nombre de feuilles attaquées par Podosphaera aphanis, l’agent causal de l’oïdium. Chez la tomate, la protection des feuilles contre B. cinerea atteint 43 % avec une dose d’UV-C cumulée de 4,0 kJ/m². Ces mêmes traitements UV-C appliqués sur fruits réduisent la sensibilité des fraises vis-à-vis de Rhizopus de 75 % mais aucun effet n’est observé vis-à-vis de B. cinerea. Au contraire, sur fruits de tomate, la sensibilité est diminuée d'environ 63 % contre cet agent pathogène. Parallèlement, des tests biochimiques et gustatifs suggèrent que la qualité des fruits n’est pas significativement améliorée ni altérée par les expositions UV-C. Malgré un effet germicide marqué des rayonnements UV-C sur feuilles de fraisiers, aucun effet bénéfique de l’application de ces rayonnements sur le niveau d’efficacité d’agents de lutte biologique n’a été mis en évidence.Nos observations sont encourageantes pour envisager une utilisation de cette méthode dans un schéma de protection intégrée des cultures. Cependant, une compréhension claire de la façon dont les rayonnements UV-C sont perçus par les plantes et traduits en mécanismes de défense est nécessaire avant que leur utilisation ne soit recommandée sur le terrain.
Published: 2018

29. The UV-C radiation : a means of struggle to boost the defenses of strawberry and tomato plants during cultivation and improve quality/conservation of fruit after harvest

Author: Forges, Marine, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Démarche intégrée pour l'obtention d'aliments de qualité (UMR Qualisud), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Avignon Université (AU)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1), Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse, Marc Bardin, and Jawad Aarrouf
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, protection post-récolte, fraisier, tomate, UV-C, Botrytis cinerea, Podosphaera aphanis, Rhizopus, biocontrôle, qualité des fruit, Phytopathology and phytopharmacy, stimulateur de défense des plantes, champignon phytopathogène, culture fruitière, Phytopathologie et phytopharmacie, Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, méthode de lutte, culture maraîchère, pathologie végétale, Sciences agricoles
Abstract: Certains champignons sont très dommageables pour les plantes mais aussi pour la conservation après récolte des produits végétaux. Les restrictions réglementaires concernant l’utilisation des fongicides nécessitent de trouver des solutions alternatives. L'amélioration de la résistance des plantes en utilisant des méthodes physiques, comme les rayonnements UV, peut présenter une alternative prometteuse en association avec d’autres méthodes dans le cadre d’une protection intégrée des cultures. L'objectif de cette thèse a été d’étudier l’effet des rayonnements UV-C sur la sensibilité des plantes aux agents pathogènes. Les rayonnements UV-C ont été appliqués durant la culture, seuls ou en combinaison à des agents de biocontrôle, ou en post-récolte. Les expérimentations ont été menées sur deux espèces végétales : le fraisier et la tomate.Sur fraisier, des traitements UV-C à une dose de 1,70 kJ/m² entraînent une diminution systématique d'environ 20 % de la sensibilité des feuilles à Botrytis cinerea et diminuent jusqu’à 50 % le nombre de feuilles attaquées par Podosphaera aphanis, l’agent causal de l’oïdium. Chez la tomate, la protection des feuilles contre B. cinerea atteint 43 % avec une dose d’UV-C cumulée de 4,0 kJ/m². Ces mêmes traitements UV-C appliqués sur fruits réduisent la sensibilité des fraises vis-à-vis de Rhizopus de 75 % mais aucun effet n’est observé vis-à-vis de B. cinerea. Au contraire, sur fruits de tomate, la sensibilité est diminuée d'environ 63 % contre cet agent pathogène. Parallèlement, des tests biochimiques et gustatifs suggèrent que la qualité des fruits n’est pas significativement améliorée ni altérée par les expositions UV-C. Malgré un effet germicide marqué des rayonnements UV-C sur feuilles de fraisiers, aucun effet bénéfique de l’application de ces rayonnements sur le niveau d’efficacité d’agents de lutte biologique n’a été mis en évidence.Nos observations sont encourageantes pour envisager une utilisation de cette méthode dans un schéma de protection intégrée des cultures. Cependant, une compréhension claire de la façon dont les rayonnements UV-C sont perçus par les plantes et traduits en mécanismes de défense est nécessaire avant que leur utilisation ne soit recommandée sur le terrain., Some fungi are very damaging during plant cultivation and also in post-harvest storage of products. Regulatory restrictions on fungicide use require alternative solutions. Improving plant resistance using physical methods, such as aplication of UV radiation, can be a promising alternative in association with other methods as part of an integrated pest management strategy. The objective of the present thesis was to study the effect of UV-C aplication on the sensitivity of plants to fungal pathogens. UV-C radiation was applied during plant cultivation, alone or in combination with biocontrol agents, or in post-harvest. Experiments were conducted on two plant species: strawberry and tomato.On strawberry plants, UV-C treatments at 1.70 kJ/m² result in a systematic 20 % decrease in leaves sensitivity to Botrytis cinerea and in a reduction by up to 50 % of the number of leaves infected by Podosphaera aphanis, the causal agent of powdery mildew. In tomato, leaves protection against B. cinerea reaches 43 % with a cumulative dose of 4.0 kJ/m². UV-C treatments applied on fruits reduce the strawberry sensitivity to Rhizopus by 75 % but no effect is observed against B. cinerea. On the contrary, sensitivity against B. cinerea is reduced by 63 % on tomato fruit. Biochemical and taste tests suggest that fruit quality is not significantly improved or altered by UV-C treatment. Despite a marked germicidal effect of UV-C radiation on strawberry leaves, it has no significant effect on the protective efficacy of biocontrol agents.Our observations are encouraging to consider the use of this tool in an integrated crop protection scheme. However, a clear understanding of how UV-C radiations are perceived by plants and their translation into defense mechanisms is necessary before their use is recommended in the field.
Published: 2018

30. Caracterization of genetic and molecular determinants of resistance to bacterial canker in apricot and analysis of the associated risks

Author: Omrani, Mariem, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université d'Avignon, Cindy Morris, Jean-Marc Audergon, STAR, ABES, and Unité de Pathologie Végétale (PV)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Genome-wide association study, Analyse d’association, Apricot, Linkage mapping, Quantitative Resistance Loci, Abricotier, Analyse de liaison, Durabilité des résistances, Pseudomonas syringae, Resistance durability
Abstract: Within the genus Prunus, that contains highly valuable species, apricot (Prunusarmeniaca L.) is an emblematic Mediterranean crop. But apricot cultivation is constrainedby many biotic stresses, among which bacterial canker caused by Pseudomonas syringae(Psy) is particularly severe and can lead to the death of the trees in regions with humidand cold winters. Differences of susceptibilities have been observed between cultivars inorchards and create opportunities for disease management through genetic improvement.This thesis aimed to (i) identify genetic determinants linked to partial resistance to thebacterium and to (ii) study a factorial interaction design between both diversities of theplant and the pathogen (GxG interaction) in order to assess resistance genericity anddurability. With regard to the first objective, two complementary approaches were used :QRL (Quantitative Resistance Loci) mapping over four biparental progenies, amongwhich three were obtained with a cross involving a common genitor, and a genome-wideassociation study on a core-collection. The phenotypic data mobilized in this work rely onsymptoms issued from controlled inoculations and on mortality notations followingnatural infections in the orchard. These approaches led to the detection of 22 QRLs amongwhich only 2 QRLs, located on chromosomes 6 and 7, co-localized between the twomethods. Two main regions detected in the association study, over the chromosomes 5and 6, appeared to be in linkage disequilibrium and controlled 26 and 43% of the variationof the symptoms. A complementarity between two mechanisms, one that involves blockingthe infection of Psy and the other that limits bacterial mobility in the tissues has beenrevealed through the detection of QRLs over chromosomes 3, 6, 8 for one mechanism and1,4, 6 for the other, respectively. The second objective was fulfilled with a study of afactorial interaction design between 20 apricot accessions and 9 Psy strains, which weresampled according to the previous knowledge of the disease epidemiology in the orchard.Statistical analyses of phenotypic data obtained both from the orchard and a laboratorytest showed a clear predominance of the strain effect on symptom variability and a weakimportance of the GxG interaction factor. This last result highlighted a potentialgenericity of the resistance factors and favorable perspectives of durability in the orchard.The results issued from this thesis contribute to a better understanding of the mechanismsunderlying partial resistance of apricot to bacterial canker. Moreover, it provide markersand haplotypes of interest which could be mobilized in breeding programs., Parmi les Prunus, genre botanique d’intérêt économique important, l’abricotier (Prunusarmeniaca L.) est une culture emblématique du Bassin Méditerranéen. Il y est soumis à des contraintes biotiques importantes, parmi lesquelles le dépérissement bactérien, causé par Pseudomonas syringae (Psy), peut mener à des phénomènes de mortalité en verger au niveau des régions à hivers froids et humides. La mise en évidence de différences variétales en verger offre potentiellement des perspectives de contrôle de la maladie à travers le levier génétique. Aussi, ce travail de thèse avait pour principaux objectifs (i) d’identifier chez la plante des régions génomiques liées à la résistance partielle à la bactérie et (ii) d’étudier un plan factoriel d’interaction entre les diversités de la plante et de la bactérie (GxG) afin d’apprécier la généricité de la résistance et sa durabilité. Afin de répondre au premier objectif, deux approches complémentaires ont été mobilisées : une cartographie de QRLs (Quantitative Resistance Loci) sur quatre populations biparentales dont trois sont issues du croisement avec un géniteur commun ainsi qu’une analyse d’association sur une core-collection. Les données phénotypiques mobilisées correspondent à des symptômes issus d’inoculations contrôlées ainsi que des notes de mortalité obtenues suite à infection naturelle en verger. Ces deux approches (analyse de liaison et d’association) ont permis de mettre en évidence 22 QRLs de résistance, parmi lesquels seuls 2 QRLs sur les chromosomes 6 et 7 colocalisent entre les deux approches. Deux régions majeures détectées en étude d’association sur les chromosomes 5 et 6 se sont révélées être en déséquilibre de liaison et contrôlent près de 26 et 43% de la variation des symptômes. Deux mécanismes complémentaires reposant sur le blocage de l’infection de Psy et sur la limitation de la progression locale de la bactérie dans les tissus ont été mis en évidence à travers la détection de QRLs sur les chromosomes 3, 6, 8 d’une part et 1,4et 6 d’autre part. Le second objectif a été abordé grâce à une étude d’un plan factoriel d’interaction entre 20 accessions d’abricotier et 9 souches de Psy, échantillonnées d’après la connaissance de l’épidémiologie de la maladie en verger. L’analyse statistique de ce dispositif mis en œuvre à la fois en verger et en laboratoire a démontré la prédominance de l’effet du facteur souche dans la variabilité des symptômes étudiés et la très faible importance du facteur d’interaction GxG, indiquant une potentielle généricité des facteurs de résistance et des perspectives favorables à leur durabilité en verger.Les résultats issus de cette thèse contribuent à offrir une meilleure compréhension des mécanismes de résistance partielle au dépérissement bactérien de l’abricotier et fournissent des marqueurs et haplotypes, potentiellement mobilisables dans le cadre de programmes d’innovation variétale.
Published: 2018

31. Protection des cultures contre les maladies à l’aide de microorganismes : état de l’art et perspectives

Author: Bardin, Marc, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Unité de Pathologie Végétale (PV)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Phytopathology and phytopharmacy, état de l'art, facteur d'efficacité, commercialisation, mode d'action, Mycology, lutte biologique, Phytopathologie et phytopharmacie, Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Mycologie, marketing, homologation, biological control agents biological control organisms, pathologie végétale, agent de lutte biologique, Sciences agricoles, analyse des marchés, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology
Abstract: Protection des cultures contre les maladies à l’aide de microorganismes : état de l’art et perspectives. Med'agri
Published: 2018

32. Les SDP à l'épreuve du terrain: cultures maraîchères

Author: Bardin, Marc, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), RMT Elicitra, Université de Perpignan Via Domitia (UPVD). FRA., and Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Vegetal Biology, Phytopathology and phytopharmacy, état de l'art, commercialisation, stimulateur de défense des plantes, lutte biologique, Phytopathologie et phytopharmacie, Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Cultivo de hortalizas, marketing, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, culture maraîchère, pathologie végétale, Sciences agricoles, Biologie végétale
Abstract: Les SDP à l'épreuve du terrain: cultures maraîchères. Natural Products & Biocontrol 2018
Published: 2018

33. Des microorganismes contre les agents pathogènes des plantes

Author: Bardin, Marc, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Pathologie Végétale (PV), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, biological control agents biological control organisms, lutte biologique, pathologie végétale, agent de lutte biologique, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: Des microorganismes contre les agents pathogènes des plantes. Rencontre EMBA (Ecological Management of Bioagressors in Agroecosystems) 2018
Published: 2018

34. Un peu de sucre sur les tomates ?

Author: Bardin, Marc, Bourgeay, Jean-François, Pascal, Michel, Arnault, Ingrid, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UFR Sciences et techniques, CETU Innophyt, Université de Tours, Casdar SWEET, Unité de Pathologie Végétale (PV), Societe Francaise de Phytopathologie (SFP). FRA., and Université de Tours (UT)
Subjects: oidium neolycopersici, pulvérisation foliaire, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, réponse au sucre, weed control methods, champignon phytopathogène, culture legumiere, tomato, phytopathogenic fungus, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, tomate, méthode de lutte, root treatment, traitement des racines, botrytis cinerea, sucres, pathologie végétale, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology
Abstract: Les sucres simples (mono ou disaccharides) sont reconnus comme des molécules de signalisation dans les plantes, capables d'activer les réponses de défense et ainsi d’augmenter leur niveau de résistance face aux bioagresseurs (Bolouri-Moghaddam et Van-den-Ende, 2012. J. Exp. Bot. 63:3989-3998 ; Trouvelot et al. 2014. Front. Plant Sci. 4:1-14 ; Arnault et al. 2016. Pest Manag. Sci. 72, 1901-1909). Appliqués à de faibles doses sur les cultures au champ, leur effet protecteur n'est souvent que partiel et pose souvent des problèmes de répétabilité dans le temps et d'une parcelle à une autre (Arnault et al. 2015. Innov. Agro. 46:1-10). Il convient donc d’identifier les facteurs régissant leur efficacité pour déterminer les conditions optimales de leur utilisation dans le cadre d’une stratégie de protection intégrée des cultures. L’objectif de ce travail, réalisé dans le cadre du projet CASDAR SWEET, est d’étudier certains facteurs de l’efficacité protectrice de sucres contre deux bioagresseurs majeurs de la tomate, Oidium neolycopersici et Botrytis cinerea. Deux pistes d’amélioration de l’efficacité d’un mélange sucrose-fructose ont été explorées au cours de ce projet : le mode de traitement (pulvérisation foliaire vs. traitement racinaire) et le génotype de tomate. Quelles que soient les conditions testées, aucun effet protecteur des sucres n’a été mis en évidence contre B. cinerea. Contre l’oïdium, l’effet protecteur est partiel et il est modulé par chacun des deux facteurs étudiés. Des travaux sont en cours pour explorer l'influence du greffage et de la fertilisation azotée de la tomate sur l’efficacité protectrice des sucres. Des essais dans des conditions proches de la production commerciale de la tomate sous abri seront menés pour valider les résultats obtenus et pour évaluer les effets possibles des sucres sur d'autres bioagresseurs, et sur le rendement de la culture.
Published: 2018

35. Effet de traitements UV-C sur la protection du fraisier et des fruits après récolte contre différents agents pathogènes

Author: Forges, Marine, Charles, Florence, Aarrouf, Jawad, Bardin, Marc, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Démarche intégrée pour l'obtention d'aliments de qualité (UMR Qualisud), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Avignon Université (AU)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1), Unité de Pathologie Végétale (PV), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Avignon Université (AU)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1), and Societe Francaise de Phytopathologie (SFP). FRA.
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, protection post-récolte, pomology, weed control methods, champignon phytopathogène, culture sous abri, culture fruitière, phytopathogenic fungus, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, botrytis, rayonnement ultraviolet, protected crop, méthode de lutte, fragaria ananassa, post - harvest protection, uv light, rhizopus, powdery mildew, sensibilité aux maladies, pathologie végétale, oïdium, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology
Abstract: Les agents pathogènes fongiques ont un impact majeur sur le fraisier (Fragaria x ananassa) et des traitements fongicides fréquents sont nécessaires pour limiter les pertes économiques. Il est donc important de trouver des solutions alternatives aux produits phytosanitaires. Les rayonnements UV-C (254 nm) ont montré un potentiel intéressant de protection contre des agents pathogènes, suite à des traitements durant la croissance des plantes (Vasquez et al. 2017. Sci. Hort. 222, 32-39), ou en post récoltes (Jin et al. 2017. Sci. Hort. 225:106-111). Au cours de ce travail, nous avons testé l’hypothèse qu’il est possible de diminuer la sensibilité du fraisier et des fraises produites, vis-à-vis de différents agents pathogènes par l’application d’UV-C en cours de culture. Pour cela, trois modalités de traitement des fraisiers ont été réalisées : avant floraison, après floraison, et pendant toute la durée de la culture. Le développement de trois agents pathogènes a été suivi en cours de culture (Botrytis cinerea et Podosphera aphanis) et en post-récolte sur fruits (B. cinerea et Rhizopus sp.). Les traitements UV-C ont un effet significatif sur l’incidence de l’oïdium en cours de culture en diminuant d’environ 50% le nombre de feuilles attaquées par rapport au contrôle non traité. Ils ont également un effet protecteur des fruits en post-récolte contre les attaques de Rhizopus, en réduisant d’environ 75% le nombre de fruits naturellement contaminés. L’effet vis-à-vis de B. cinerea est plus contrasté : une efficacité de protection de 20% est observée sur feuilles détachées après inoculation artificielle, et aucun effet bénéfique n’est observé sur les fruits. Les implications possibles de ces résultats seront discutées.
Published: 2018

36. Genome-wide association study of partial resistance to bacterial canker of apricot

Author: Omrani , Mariem, Roch , Guillaume, Blanc , Alain, Morris E. , Cindy, Audergon , Jean Marc, Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes ( GALF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Station de Pathologie Végétale ( AVI-PATHO ), AgroParisTech, and CEP Innovation
Subjects: [ SDV.BV ] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, quantitative resistance, pseudomonas syringae, abricot, [ SDV.BV.PEP ] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, bacterial canker, sélection assisté par marqueurs, arbre fruitier à noyau, Single Nucleotide Polymorphism, GWAS, Prunus, résistance génétique, apricot, pathologie végétale, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, chancre bactérien
Abstract: Apricot, a highly valuable crop is threatened by the growing importance of bacterial canker caused by Pseudomonas syringae. Among the key factors able to control the disease, genetic improvement is a promising measure. The variability of susceptibility on branches and the characterization of genetic determinants through a genome wide association study were thus investigated on a core-collection.73 accessions were annually inoculated in the orchard with an aggressive strain of the bacterium for 4 years. Phenotypic data about the length of both external canker (lgc) and superficial browning (bs) of tissues were collected. The analysis displayed a highly environmental-dependent genetic variation with broad-sense heritabilities of lgc and bs reaching respectively 59% and 78% for the most severe year. Considering the two variance-maximizing years, genetic (G) and genetic x year (GxY) BLUP were predicted for each variable using a linear mixed model. Association analysis were performed with a 63,236 SNP set through both a multi-variate (GEMMA) and a multi-locus genome-wide analysis.By exploiting the between-years (multi-locus model on G and GxY terms) and between-phenotypes (multivariate model on lgc-bs G terms) correlations, 11 significant associations have been detected. Among them, two SNP impacting both lgc and bs expressions over the two studied years and explaining 41% and 31% of the total phenotypic variance were identified on chromosomes 5 and 6. A long-range linkage disequilibrium had been noticed between these two markers suggesting a co-selection effect. The associated SNP reported from this work will open up new opportunities for a Marker-assisted selection strategy.
Published: 2018

37. Genome-wide association study of partial resistance to bacterial canker of apricot

Author: Omrani, Mariem, Roch, Guillaume, Blanc, Alain, Morris E., Cindy, Audergon, Jean Marc, Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), AgroParisTech, and CEP Innovation
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, quantitative resistance, pseudomonas syringae, abricot, bacterial canker, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, sélection assisté par marqueurs, arbre fruitier à noyau, Single Nucleotide Polymorphism, GWAS, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Prunus, résistance génétique, apricot, pathologie végétale, chancre bactérien
Abstract: Apricot, a highly valuable crop is threatened by the growing importance of bacterial canker caused by Pseudomonas syringae. Among the key factors able to control the disease, genetic improvement is a promising measure. The variability of susceptibility on branches and the characterization of genetic determinants through a genome wide association study were thus investigated on a core-collection.73 accessions were annually inoculated in the orchard with an aggressive strain of the bacterium for 4 years. Phenotypic data about the length of both external canker (lgc) and superficial browning (bs) of tissues were collected. The analysis displayed a highly environmental-dependent genetic variation with broad-sense heritabilities of lgc and bs reaching respectively 59% and 78% for the most severe year. Considering the two variance-maximizing years, genetic (G) and genetic x year (GxY) BLUP were predicted for each variable using a linear mixed model. Association analysis were performed with a 63,236 SNP set through both a multi-variate (GEMMA) and a multi-locus genome-wide analysis.By exploiting the between-years (multi-locus model on G and GxY terms) and between-phenotypes (multivariate model on lgc-bs G terms) correlations, 11 significant associations have been detected. Among them, two SNP impacting both lgc and bs expressions over the two studied years and explaining 41% and 31% of the total phenotypic variance were identified on chromosomes 5 and 6. A long-range linkage disequilibrium had been noticed between these two markers suggesting a co-selection effect. The associated SNP reported from this work will open up new opportunities for a Marker-assisted selection strategy.
Published: 2018

38. Genome-wide association study of partial resistance to bacterial canker of apricot

Author: Omrani, Mariem, Roch, Guillaume, Blanc, Alain, Morris E., Cindy, Audergon, Jean Marc, Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), AgroParisTech, and CEP Innovation
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, quantitative resistance, pseudomonas syringae, abricot, bacterial canker, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, sélection assisté par marqueurs, arbre fruitier à noyau, Single Nucleotide Polymorphism, GWAS, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Prunus, résistance génétique, apricot, pathologie végétale, chancre bactérien
Abstract: Apricot, a highly valuable crop is threatened by the growing importance of bacterial canker caused by Pseudomonas syringae. Among the key factors able to control the disease, genetic improvement is a promising measure. The variability of susceptibility on branches and the characterization of genetic determinants through a genome wide association study were thus investigated on a core-collection.73 accessions were annually inoculated in the orchard with an aggressive strain of the bacterium for 4 years. Phenotypic data about the length of both external canker (lgc) and superficial browning (bs) of tissues were collected. The analysis displayed a highly environmental-dependent genetic variation with broad-sense heritabilities of lgc and bs reaching respectively 59% and 78% for the most severe year. Considering the two variance-maximizing years, genetic (G) and genetic x year (GxY) BLUP were predicted for each variable using a linear mixed model. Association analysis were performed with a 63,236 SNP set through both a multi-variate (GEMMA) and a multi-locus genome-wide analysis.By exploiting the between-years (multi-locus model on G and GxY terms) and between-phenotypes (multivariate model on lgc-bs G terms) correlations, 11 significant associations have been detected. Among them, two SNP impacting both lgc and bs expressions over the two studied years and explaining 41% and 31% of the total phenotypic variance were identified on chromosomes 5 and 6. A long-range linkage disequilibrium had been noticed between these two markers suggesting a co-selection effect. The associated SNP reported from this work will open up new opportunities for a Marker-assisted selection strategy.
Published: 2018

39. Genome-wide association study of partial resistance to bacterial canker of apricot

Author: Omrani, Mariem, Roch, Guillaume, Blanc, Alain, Morris E., Cindy, Audergon, Jean Marc, Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), AgroParisTech, and CEP Innovation
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, quantitative resistance, pseudomonas syringae, abricot, bacterial canker, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, sélection assisté par marqueurs, arbre fruitier à noyau, Single Nucleotide Polymorphism, GWAS, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Prunus, résistance génétique, apricot, pathologie végétale, chancre bactérien
Abstract: Apricot, a highly valuable crop is threatened by the growing importance of bacterial canker caused by Pseudomonas syringae. Among the key factors able to control the disease, genetic improvement is a promising measure. The variability of susceptibility on branches and the characterization of genetic determinants through a genome wide association study were thus investigated on a core-collection.73 accessions were annually inoculated in the orchard with an aggressive strain of the bacterium for 4 years. Phenotypic data about the length of both external canker (lgc) and superficial browning (bs) of tissues were collected. The analysis displayed a highly environmental-dependent genetic variation with broad-sense heritabilities of lgc and bs reaching respectively 59% and 78% for the most severe year. Considering the two variance-maximizing years, genetic (G) and genetic x year (GxY) BLUP were predicted for each variable using a linear mixed model. Association analysis were performed with a 63,236 SNP set through both a multi-variate (GEMMA) and a multi-locus genome-wide analysis.By exploiting the between-years (multi-locus model on G and GxY terms) and between-phenotypes (multivariate model on lgc-bs G terms) correlations, 11 significant associations have been detected. Among them, two SNP impacting both lgc and bs expressions over the two studied years and explaining 41% and 31% of the total phenotypic variance were identified on chromosomes 5 and 6. A long-range linkage disequilibrium had been noticed between these two markers suggesting a co-selection effect. The associated SNP reported from this work will open up new opportunities for a Marker-assisted selection strategy.
Published: 2018

40. Amélioration des moyens de lutte contre Pseudomonas syringae pv. actinidiae, agent de la bactériose du Kiwi : Biologie du ravageur, étude épidémiologique, outils de diagnostic et moyens de lutte.: Amélioration des moyens de lutte contre Pseudomonas syringae pv. actinidiae, agent de la bactériose du Kiwi : Biologie du ravageur, étude épidémiologique, outils de diagnostic et moyens de lutte

Author: Brachet, Marie-Lisa, Moronvalle, A., Désiré, Sylvie, Mechenin, V., Sclaunich, Eric, Labeyrie, Baptiste, Bornes, S., Chevallier, Louise, Poliakoff, Françoise, Morris, Cindy, Borschinger, Benoit, Laboratoire Départemental Vétérinaire et d'Hygiène Alimentaire des Hautes Alpes, Fédération Départementale des Groupements de Défense contre les Organismes Nuisibles (64) (FDGDON ), Fédération Régionale de Défense contre les Organismes Nuisibles d'Aquitaine (FREDON Aquitaine), Fruits et Légumes d'Aquitaine (INVENIO), Station d’Expérimentation Fruits Rhône-Alpes (SEFRA), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), PACA, Ctifl - Centre de Lanxade (Ctifl - Centre de Lanxade ), Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes (CTIFL), and Unité de Pathologie Végétale (PV)
Subjects: knowledge, [SDV]Life Sciences [q-bio], Actinidia, moyens de protection, detection, connaissance, bacterial canker, control strategies, chancre bactérien
Abstract: Ce numéro comprend les articles correspondant aux présentations du Colloque Casdar 2018.; Bacterial canker of kiwifruit, Pseudomonas syringae pv. actinidiae, has caused severe damages inFrance since 2010 and has spread throughout nearly all the kiwifruit production areas. A 3-yearresearch project began in 2012, fruit of cooperation between one institute (Ctifl), two researchlaboratories (ANSES, INRA), and three regional partners (Sefra, Invenio and Fredon Aquitaine).Partners were able to acquire knowledge on the development and the behavior of this bacterium as wellas to develop a series of tests (an official detection method, pathogenicity tests, a varietal susceptibilitytest) and to assess different control strategies.; La bactériose du kiwi, Pseudomonas syringae pv. actinidiae, sévit depuis 2010 en France et concernemaintenant la quasi-totalité des aires de production. Un programme de recherche a vu le jour en 2012pour 3 années, fruit d’un partenariat entre un institut (Ctifl), deux laboratoires (Anses, Inra) et troiscollaborateurs régionaux (Sefra, Invenio, Fredon Aquitaine). Il a permis aux partenaires i) d’acquérir desconnaissances quant au développement et au comportement de cette bactérie ; ii) de mettre au pointun certain nombre de test (méthode officielle de détection, tests de pathogénicité, test de sensibilitévariétale) ; et iii) d’évaluer différentes stratégies de protection. Beaucoup de données et d’informationsont ainsi été générées, et sont maintenant disponibles pour les producteurs.
Published: 2018
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41. Risque phytosanitaire (ARP) portant sur Fusarium oxysporum f. sp. cubense (agent pathogène responsable de la maladie de Panama) pour les départements d'Outre-mer

Author: Marie-Helene Balesdent, Yolande Chilin Charles, David Makowski, Christian Steinberg, Pierre Silvie, Philippe Castagnone, Bruno Chauvel, Nicolas Desneux, Marie Laure Desprez Loustau, Abraham ESCOBAR GUTIERREZ, Laurent Gentzbittel, Herve Jactel, Thomas Le Bourgeois, Xavier Nesme, Stéphan Steyer, Frederic Suffert, Eric Verdin, François Verheggen, Thierry Wetzel, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Agronomie, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (Cirad-Persyst-UPR 115 AIDA), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, and Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail
Subjects: Analyse de risque phytosanitaire, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, outre mer français, état de l'art, risque économique, race tropicale 4, regulation, weed control methods, champignon phytopathogène, expertise scientifique, banane, phytopathogenic fungus, détection, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Foc TR4, méthode de lutte, maladie de Panama, Fusarium oxysporum f. sp. cubense, réglementation, pathologie végétale, économie des filières
Abstract: Risque phytosanitaire (ARP) portant sur [i]Fusarium oxysporum[/i] f. sp.[u] cubense[/u] (agent pathogène responsable de la maladie de Panama) pour les départements d'Outre-mer
Published: 2018

42. Connaissances nécessaires à la gestion du risque 'écorces sensibles au nématode du pin'

Author: Philippe Castagnone, Herve Jactel, Philippe Reignault, Marie-Helene Balesdent, Bruno Chauvel, Nicolas Desneux, Marie Laure Desprez Loustau, Abraham ESCOBAR GUTIERREZ, Laurent Gentzbittel, Thomas Le Bourgeois, Xavier Nesme, Pierre Silvie, Stéphan Steyer, Eric Verdin, François Verheggen, Thierry Wetzel, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (Cirad-Persyst-UPR 115 AIDA), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Université du Littoral Côte d’Opale (ULCO), and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, lutte contre les nématodes, état de l'art, transmission, forestry tractors, copeau, expertise scientifique, insect vectors, méthode de transmission, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Bursaphelenchus xylophilus, nematode control, vecteur de maladies, disease vector, nématode du pin, Monochamus galloprovincialis, insecte vecteur, matériel forestier, pathologie végétale, écorce
Abstract: Connaissances nécessaires à la gestion du risque "écorces sensibles au nématode du pin"
Published: 2018

43. First experimental assessment of protein intrinsic disorder involvement in an RNA virus natural adaptive process

Author: Eugénie Hébrard, Amandine Barra, Benoît Moury, Justine Charon, Jocelyne Walter, Pauline Millot, Thierry Michon, Charon, Justine, Moury, Benoit, Michon, Thierry, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génomique, développement et pouvoir pathogène (GD2P), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement (UMR IPME), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Ministère Français de l’enseignement supérieur et de la Recherche (JC Fellowship), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, and Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO)
Subjects: viral protein genome-linked, 0301 basic medicine, eukaryotic translation initiation factor 4E, Proteome, Acclimatization, [SDV]Life Sciences [q-bio], Virologie, Pilot Projects, Viral Nonstructural Proteins, medicine.disease_cause, Pathosystem, potyvirus, pathologie végétale, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Genetics, Mutation, Vegetal Biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Protein Stability, resistance breakdown, Potyvirus, protein intrinsic disorder, RNA virus adaptation, Adaptation, Physiological, Biological Evolution, virus y de la pomme de terre, Agricultural sciences, fitness, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], protéine virale, Ribonucleoproteins, Potato virus Y, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Capsicum, Phytopathology and phytopharmacy, Genome, Viral, Biology, Virus, capsicum annuum, Evolution, Molecular, resistance, 03 medical and health sciences, désordre intrinsèque des protéines, Virology, capacité d'adaptation, medicine, Molecular Biology, Gene, Discoveries, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, virus phytopathogène, breakdown, 030102 biochemistry & molecular biology, eukaryotic translation, RNA, RNA virus, biology.organism_classification, Phytopathologie et phytopharmacie, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, 030104 developmental biology, initiation factor 4E, évolution génétique des populations, mutation, Biologie végétale, Sciences agricoles
Abstract: Intrinsic disorder (ID) in proteins is defined as a lack of stable structure in physiological conditions. Intrinsically disordered regions (IDRs) are highly abundant in some RNA virus proteomes. Low topological constraints exerted on IDRs are expected to buffer the effect of numerous deleterious mutations and could be related to the remarkable adaptive potential of RNA viruses to overcome resistance of their host. To experimentally test this hypothesis in a natural pathosystem, a set of four variants of Potato virus Y (PVY; Potyvirus genus) containing various ID degrees in the Viral genome-linked (VPg) protein, a key determinant of potyvirus adaptation, was designed. To estimate the ID contribution to the VPg-based PVY adaptation, the adaptive ability of the four PVY variants was monitored in the pepper host (Capsicum annuum) carrying a recessive resistance gene. Intriguingly, the two mutants with the highest ID content displayed a significantly higher ability to restore infection in the resistant host, whereas the less intrinsically disordered mutant was unable to restore infection. The role of ID on virus adaptation may be due either to a larger exploration of evolutionary pathways or the minimization of fitness penalty caused by resistance-breaking mutations. This pioneering study strongly suggests the positive impact of ID in an RNA virus adaptive capacity.
Published: 2018
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44. Analyse de risque phytosanitaire portant sur la berce du Caucase

Author: Arnaud Albert, Guillaume Fried, Thomas Le Bourgeois, Marie-Helene Balesdent, Françoise Binet, Antonio Biondi, Philippe Castagnone, Christophe Clement, Péninna Deberdt, Nicolas Desneux, Marie Laure Desprez Loustau, Abraham ESCOBAR GUTIERREZ, Laurent Gentzbittel, Herve Jactel, David Makowski, Arnaud Monty, Maria Navajas Navarro, Xavier Nesme, Stéphan Steyer, Eric Verdin, François Verheggen, Thierry Wetzel, Ecologie des espèces envahisantes, Agence Française de la Biodiversité, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université de Catane, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agronomie, Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, and Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail
Subjects: éradication de la maladie, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, état de l'art, weed control methods, santé humaine, expertise scientifique, human health, berce du Caucase, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, méthode de lutte, union européenne, espèce exotique invasive, analyse de risque phytosanitaire, réseau de surveillance, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Heracleum mantegazzianum
Abstract: Analyse de risque phytosanitaire portant sur la berce du Caucase
Published: 2018

45. Risques et bénéfices relatifs des alternatives aux produits phytopharmaceutiques comportant des néonicotinoïdes: Tome 1 – Rapport du groupe de travail Identification des alternatives aux usages autorisés des néonicotinoïdes

Author: Herve Jactel, Romain Bonafos, Robert Delorme, Eric Thybaud, Denis Thiery, Philippe Reignault, Marie-Helene Balesdent, Philippe Castagnone, Bruno Chauvel, Nicolas Desneux, Marie Laure Desprez Loustau, Abraham ESCOBAR GUTIERREZ, Laurent Gentzbittel, Thomas Le Bourgeois, Xavier Nesme, Pierre Silvie, Stéphan Steyer, Frederic Suffert, Valérie Verdier, Eric Verdin, François Verheggen, Thierry Wetzel, Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Chercheur indépendant, Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (Cirad-Persyst-UPR 115 AIDA), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), UMR Résistance des plantes aux bioagresseurs, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Bolivie]), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Université du Littoral Côte d’Opale (ULCO), and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, insecte pollinisateur, indicateurs de risque, néonicotinoïdes, état de l'art, public health, insecticide, expertise scientifique, environmental impact, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, santé publique, méthodes de lutte alternatives, organismes nuisibles, impact environnemental, organisme nuisible, lutte alternative, pests, évaluation économique
Abstract: Risques et bénéfices relatifs des alternatives aux produits phytopharmaceutiques comportant des néonicotinoïdes. Tome 1 – Rapport du groupe de travail Identification des alternatives aux usages autorisés des néonicotinoïdes
Published: 2018

46. Striking similarities between Botrytis cinerea from non-agricultural and from agricultural habitats

Author: Christel Leyronas, Cindy E. Morris, Claire Troulet, Marc Bardin, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), INRA department of Plant Health and Environment, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), and Bardin, Marc
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, microbial ecology, epidemiology, diversity, aggressiveness, fitness, gray mold, polyphagous, selection, Biodiversité et Ecologie, Plant Science, champignon phytopathogène, 01 natural sciences, réservoir de pathogènes, zone non agricole, pathologie végétale, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Original Research, Botrytis cinerea, 2. Zero hunger, biology, food and beverages, Plant litter, phytopathogenic fungus, Agricultural sciences, Mycologie, botrytis, france, food.ingredient, Phytopathology and phytopharmacy, Context (language use), Mycology, Fungus, lcsh:Plant culture, Biodiversity and Ecology, Crop, 03 medical and health sciences, food, Microbial ecology, Botany, lcsh:SB1-1110, Botrytis, Genetic diversity, structure génétique des populations, écologie microbienne, fungi, 15. Life on land, biology.organism_classification, agressivité, Phytopathologie et phytopharmacie, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, 030104 developmental biology, zone agricole, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Sciences agricoles, 010606 plant biology & botany
Abstract: Investigations into life history of microorganisms that cause plant diseases have been limited mostly to contexts where they are in interaction with plants, and with cropped or otherwise managed vegetation. Therefore, knowledge about the diversity of plant pathogens, about potential reservoirs of inoculum and about the processes that contribute to their survival and adaptation is limited to these contexts. The agro-centric perspective of plant pathogen life histories is incoherent with respect to the capacity of many of them to persist as saprophytes on various substrates. In this context we have investigated the ubiquity of the broad host range necrotrophic fungus Botrytis cinerea, outside of agricultural settings and have determined if the populations in these natural habitats can be distinguished phenotypically and phylogenetically from populations isolated from diseased crops. Over a period of 5 years, we isolated B. cinerea from 235 samples of various substrates collected in France including rainfall, snowpack, river, and lake water, epilithic biofilms in mountain streams, leaf litter and plant debris, rock surfaces, bird feathers and healthy wild plants from outside of agricultural fields. All substrates except rock surfaces harbored B. cinerea leading us to establish a collection of purified strains that were compared to B. cinerea from diseased tomato, grapes and various other crops in France. Phylogenetic comparisons of 321 strains from crop plants and 100 strains from environmental substrates based on sequences of 9 microsatellite markers revealed that strains from crops and the environment could not be distinguished. Furthermore, the genetic diversity of strains outside of agriculture was just as broad as within agriculture. In tests to determine the aggressiveness of strains on tomato stems, the mean disease severity caused by strains from environmental substrates was statistically identical to the severity of disease caused by strains from tomato, but was significantly greater than the severity caused by strains from grape or other crops. Our results suggest that highly diverse populations of this plant pathogen persist outside of agriculture in association with substrates other than plants and that this part of their life history is compatible with its capacity to maintain its potential as plant pathogen.
Published: 2018
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47. AGATH : Utilisation de plantes de service et de kaolin pour gérer les populations de pucerons et de thrips en cultures légumières

Author: Picault, Sébastien, Quennesson, S., Roy, G., Davy, Maxime, Torres, Marie, Ginez, Anthony, Schoeny, Alexandra, Lambion, Jérôme, Lavigne, Daniel, Bouvard, David, Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes (CTIFL), Fédération Régionale de Défense contre les Organismes Nuisibles du Nord Pas de Calais (FREDON Nord Pas de Calais), Laboratoire de Chimie Agro-industrielle (LCA), SILEBAN, Association Provençale de Recherche et d'Expérimentation Légumière (APREL), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Groupe de Recherche en Agriculture Biologique (GRAB), Centre Expérimental des Fruits et Légumes (CEFEL), Association Charentes-Poitou D’Expérimentation Légumière (ACPEL), Chimie Agro-Industrielle (CAI), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole nationale supérieure des ingénieurs en arts chimiques et technologiques-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Unité de Pathologie Végétale (PV)
Subjects: predator, Aphis gossypii, [SDV]Life Sciences [q-bio], biological control, banker-plant, lutte biologique, Thrips tabaci, prédateur, plante-banque
Abstract: Dans un contexte règlementaire en pleine évolution (diminution du nombre de spécialités phytosanitaires disponibles), la maitrise du puceron Aphis gossypii dans les cultures de melon et de Thrips tabaci dans les cultures de poireau à l’aide de solutions phytosanitaires est de plus en plus difficile, et la recherche de méthodes de lutte alternatives et/ou complémentaires est nécessaire. Dans cette optique, des stratégies de protection basée sur l’utilisation de plantes de service (plantesressources, plantes-banque, plantes répulsives, plantes-écran et plantes-piège) ou bien sur l’utilisation de produits alternatifs (kaolin) ont été mises au point et évaluées dans le cadre du projet Casdar AGATH, porté par le CTIFL de 2013 à 2015 et labellisé par le GIS PICleg. Les résultats obtenus montrent que la mise en place de plantes-ressources et de plantes-banque autour des parcelles pourrait être efficace pour gérer A. gossypii en cultures de melon mais pas pour gérer T. tabaci en cultures de poireau, tandis que le phénomène inverse est observé pour ce qui concerne l’utilisation de plantes-répulsives et de kaolin. Enfin, certaines stratégies telles que l’utilisation de plantes-écran et/ou de plantes-piège n’ont pas montré d’intérêt dans le contexte expérimental des travaux menés., In a constant changing context (reduction in the number of pesticides available) the control of Aphis gossypii populations in melon crops and of Thrips tabaci populations in leek crops using pesticides is increasingly difficult. Then, the search for alternative and/or complementary solutions is required. With this in mind, new strategies of protection based on the use of service plants (resource-plants, bankerplants, repellent-plants, screen and/or trap plants) or on the use of natural products such as kaolin have been developed and evaluated in the framework of the AGATH project, managed by the French Institute for Fruits and Vegetables (CTIFL) from 2013 to 2015, supported by the French Ministry of Agriculture and Food, and labelled by the PICleg consortium. The results showed that the setting up of resourceplants and/or banker-plants all around the fields could be effective in controlling A. gossypii in melon crops but not in controlling T. tabaci in leek crops, while it is the opposite as far as the use of repellentplants or kaolin are concerned. Finally, some strategies such as the use of screen and/or trap plants did not show any interest in the experimental context of the work carried out.
Published: 2018
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48. Genetic Determinism and Evolutionary Reconstruction of a Host Jump in a Plant Virus

Author: Nikon Vassilakos, Elisabeth Johansen, Aliki Tzima, Benoît Moury, Vincent Simon, Laboratory of virology, INMI L. Spallanzani, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Department of Plant and Environmental Sciences [Copenhagen], Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Unité de Pathologie Végétale (PV), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). FRA., Department of Plant and Environmental Sciences, department of Plant, and FP7-REGPOT- 2008-1 project 'BPI-PlantHeal 230010.'
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 0301 basic medicine, Nonsynonymous substitution, Potyvirus, Plant Viruses, piment, Cistron, potato virus y, Gene Order, pathologie végétale, Phylogeny, Solanaceae, 2. Zero hunger, Genetics, Experimental evolution, biology, food and beverages, culture legumiere, Biological Evolution, virus y de la pomme de terre, Potato virus Y, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Capsicum, Genotype, AMOVA, Genome, Viral, host jump, Evolution, Molecular, Genetic Determinism, Viral Proteins, 03 medical and health sciences, phytopathogenic virus, Plant virus, Codon, Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Plant Diseases, virus phytopathogène, Host (biology), Potyviridae, biology.organism_classification, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Viral Tropism, 030104 developmental biology, Genetic Loci, Mutation, chilli pepper, évolution génétique des populations, mutation virale
Abstract: International audience; In spite of their widespread occurrence, only few host jumps by plant viruses have been evidenced and the molecular bases of even fewer have been determined. A combination of three independent approaches, (i) experimental evolution followed by reverse genetics analysis, (ii) positive selection analysis and (iii) locus-by-locus analysis of molecular variance (AMOVA) allowed reconstructing the Potato virus Y (PVY; genus Potyvirus, family Potyviridae) jump to pepper (Capsicum annuum), probably from other solanaceous plants. Synthetic chimeras between infectious cDNA clones of two PVY isolates with contrasted levels of adaptation to C. annuum showed that the P3 and, to a lower extent, the CI cistron played important roles in infectivity towards C. annuum. The three analytical approaches pinpointed a single nonsynonymous substitution in the P3 and P3N-PIPO cistrons that evolved several times independently and conferred adaptation to C. annuum. In addition to increasing our knowledge of host jumps in plant viruses, this study illustrates also the efficiency of locus-by-locus AMOVA and combined approaches to reconstruct adaptive mutations in the genome of RNA viruses.
Published: 2015
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49. Epidemiological and evolutionary management of plant resistance: optimizing the deployment of cultivar mixtures in time and space in agricultural landscapes

Author: Ludovic Mailleret, Benoît Moury, Frédéric Fabre, Elsa Rousseau, Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biological control of artificial ecosystems (BIOCORE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agence Nationale de la Recherche ('VirAphid' (ANR-10-STRA-0001)), INRA (project 'TakeControl' of the metaprogramme Smach), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Fabre, Frédéric
Subjects: agroecosystem, [SDV]Life Sciences [q-bio], prévention des maladies, evolutionary epidemiology, [SPI]Engineering Sciences [physics], durabilité des résistances, landscape epidemiology, [INFO.INFO-AU]Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, Cultivar, épidémiologie végétale, [MATH]Mathematics [math], pathologie végétale, 2. Zero hunger, résistance variétale, education.field_of_study, mélange de variétés, Ecology, mosaic strategy, disease prevention, rotation des cultures, gène de résistance, agroécosystème, qualitative resistance, Agricultural sciences, heterogeneity of selection, General Agricultural and Biological Sciences, resistance durability, Agricultural landscapes, modèle spatialisé, Landscape epidemiology, Population, Context (language use), Biology, resistance gene, Genetics, education, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Resistance (ecology), functional connectivity, Original Articles, 15. Life on land, maladie des plantes, Software deployment, rotation strategy, gestion du paysage, évolution génétique des populations, Sciences agricoles, Landscape connectivity, rotation of crops
Abstract: International audience; The management of genes conferring resistance to plant–pathogens should make it possible to control epidemics (epidemiological perspective) and preserve resistance durability (evolutionary perspective). Resistant and susceptible cultivars must be strategically associated according to the principles of cultivar mixture (within a season) and rotation (between seasons). We explored these questions by modeling the evolutionary and epidemiological processes shaping the dynamics of a pathogen population in a landscape composed of a seasonal cultivated compartment and a reservoir compartment hosting pathogen year-round. Optimal deployment strategies depended mostly on the molecular basis of plant–pathogen interactions and on the agro-ecological context before resistance deployment, particularly epidemic intensity and landscape connectivity. Mixtures were much more efficient in landscapes in which between-field infections and infections originating from the reservoir were more prevalent than within-field infections. Resistance genes requiring two mutations of the pathogen avirulence gene to be broken down, rather than one, were particularly useful when infections from the reservoir predominated. Combining mixture and rotation principles were better than the use of the same mixture each season as (i) they controlled epidemics more effectively in situations in which within-field infections or infections from the reservoir were frequent and (ii) they fulfilled the epidemiological and evolutionary perspectives.
Published: 2015
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50. Estimating virus effective population size and selection without neutral markers

Author: Rousseau, Elsa, Moury, Benoît, Mailleret, Ludovic, Senoussi, Rachid, Palloix, Alain, Simon, Vincent, Valière, Sophie, Grognard, Frédéric, Fabre, Frédéric, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biological control of artificial ecosystems (BIOCORE), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Animalerie Rongeurs (UAR), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), SMaCH (Sustainable Management of Crop Health) metaprogramme of INRA, grant over-seen by the French National Research Agency (ANR) as part of the 'Blanc2013' program (ANR-13-BSV7- 0011, FunFit project), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biostatistique et Processus Spatiaux (BIOSP), Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), GeT PlaGe, Genotoul, Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: lcsh:Immunologic diseases. Allergy, Evolutionary Genetics, Genetic Markers, Leaves, Evolutionary Processes, Heredity, Genotype, Population Size, [SDV]Life Sciences [q-bio], Potyvirus, Variant Genotypes, Plant Science, Microbiology, Viral Evolution, Evolution, Molecular, [SPI]Engineering Sciences [physics], Population Metrics, Effective Population Size, Virology, [INFO.INFO-AU]Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, Genetics, Selection, Genetic, [MATH]Mathematics [math], lcsh:QH301-705.5, Plant Diseases, Evolutionary Biology, Population Biology, Models, Genetic, Plant Anatomy, Genetic Drift, Biology and Life Sciences, High-Throughput Nucleotide Sequencing, food and beverages, Organismal Evolution, Genetic Mapping, lcsh:Biology (General), Microbial Evolution, lcsh:RC581-607, Capsicum, Population Genetics, Research Article
Abstract: By combining high-throughput sequencing (HTS) with experimental evolution, we can observe the within-host dynamics of pathogen variants of biomedical or ecological interest. We studied the evolutionary dynamics of five variants of Potato virus Y (PVY) in 15 doubled-haploid lines of pepper. All plants were inoculated with the same mixture of virus variants and variant frequencies were determined by HTS in eight plants of each pepper line at each of six sampling dates. We developed a method for estimating the intensities of selection and genetic drift in a multi-allelic Wright-Fisher model, applicable whether these forces are strong or weak, and in the absence of neutral markers. This method requires variant frequency determination at several time points, in independent hosts. The parameters are the selection coefficients for each PVY variant and four effective population sizes Ne at different time-points of the experiment. Numerical simulations of asexual haploid Wright-Fisher populations subjected to contrasting genetic drift (Ne ∈ [10, 2000]) and selection (|s| ∈ [0, 0.15]) regimes were used to validate the method proposed. The experiment in closely related pepper host genotypes revealed that viruses experienced a considerable diversity of selection and genetic drift regimes. The resulting variant dynamics were accurately described by Wright-Fisher models. The fitness ranks of the variants were almost identical between host genotypes. By contrast, the dynamics of Ne were highly variable, although a bottleneck was often identified during the systemic movement of the virus. We demonstrated that, for a fixed initial PVY population, virus effective population size is a heritable trait in plants. These findings pave the way for the breeding of plant varieties exposing viruses to stronger genetic drift, thereby slowing virus adaptation., Author summary A growing number of experimental evolution studies are using an “evolve-and-resequence” approach to observe the within-host dynamics of pathogen variants of biomedical or ecological interest. The resulting data are particularly appropriate for studying the effects of evolutionary forces, such as selection and genetic drift, on the emergence of new pathogen variants. However, it remains challenging to unravel the effects of selection and genetic drift in the absence of neutral markers, a situation frequently encountered for microbes, such as viruses, due to their small constrained genomes. Using such an approach on a plant virus, we observed that the same set of virus variants displayed highly diverse dynamics in closely related plant genotypes. We developed and validated a method that does not require neutral markers, for estimating selection coefficients and effective population sizes from these experimental evolution data. We found that the viruses experienced considerable diversity in genetic drift regimes, depending on host genotype. Importantly, genetic drift experienced by virus populations was shown to be a heritable plant trait. These findings pave the way for the breeding of plant varieties exposing viruses to strong genetic drift, thereby slowing virus adaptation.
Published: 2017
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