Search

Marine Protected Areas (MPAs) have been adopted globally as a tool to combat biodiversity loss and restore marine ecosystems. Successful application of MPAs will be predicated on the ability to monitor biodiversity in a synoptic and noninvasive manner. Environmental DNA (eDNA) methods have important advantages over traditional biodiversity survey methods for monitoring conservation areas. To evaluate the efficacy of eDNA metabarcoding for fish biodiversity monitoring, we sampled 19 coastal eelgrass (Zostera marina) beds in Canada, as eelgrass beds are known for high biodiversity and significant conservation value. At each site, beach seines were used to survey fish and water samples were collected contemporaneously for eDNA metabarcoding. In total, beach seining caught 32 672 individuals across 59 fish taxa, and eDNA detected 129 fish taxa. eDNA captured site-level variation and detected higher species richness at both site and regional levels compared to seining. eDNA abundance had a positive association with capture abundance. Collectively these results highlight how eDNA metabarcoding offers an efficient approach for monitoring fish biodiversity in coastal eelgrass beds, thus providing a valuable and noninvasive tool for MPA planning and coastal monitoring. Les aires marines protegees (AMP) ont ete adoptees partout dans le monde comme outil pour contrer la perte de biodiversite et restaurer les ecosystemes marins. L'application efficace des AMP dependra de la capacite de surveillance synoptique et non invasive de la biodiversite. Les methodes reposant sur l'ADN environnemental (ADNe) presentent d'importants avantages par rapport aux methodes traditionnelles devaluation de la biodiversite pour la surveillance des aires de conservation. Afin d'evaluer l'efficacite du metacodage a barres de l'ADNe pour la surveillance de la biodiversite des poissons, nous avons echantillonne 19 herbiers de zostere (Zostera marina) cotiers au Canada, puisqu'il est etabli que ces derniers presentent une forte biodiversite et une importante valeur pour la conservation. Dans chaque site, des sennes de plage ont ete utilisees pour recenser les poissons et des echantillons d'eau ont ete preleves en meme temps pour les fins du metacodage a barres de l'ADNe. Au total, 32 672 specimens de 59 taxons de poissons ont ete pris a la senne de plage et l'ADNe a permis de detecter 129 taxons de poissons. Les donnees d'ADNe font ressortir des variations a l'echelle du site et une plus grande richesse specifique a l'echelle tant regionale que du site que la peche a la senne. L'abondance d'ADNe est positivement reliee a l'abondance des prises. Collectivement, ces resultats soulignent le fait que le metacodage a barres de l'ADNe constitue une approche efficace pour la surveillance de la biodiversite des poissons dans les herbiers a zostere cotiers, offrant ainsi un important outil non invasif pour la planification des APM et la surveillance cotiere. [Traduit par la Redaction], Introduction Awareness of the implications of global biodiversity loss has increased over the past two decades, as has acknowledgement that biodiversity conservation should be part of broader economic and political [...]

Hybridization between wild and escaped cultured Atlantic salmon (Salmo salar) can threaten the stability and persistence of locally adapted wild populations. Here we describe the development and validation of a genomic-based approach to quantify recent hybridization between escapee and wild salmon in the western Atlantic. Based on genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) scans of wild and cultured salmon, collectively diagnostic panels were created for Newfoundland and the Canadian Maritimes. These panels were capable of both discriminating hybrids from nonhybrids and of correctly assigning individuals to hybrid class (i.e., pure wild, pure farm, Ft, [F.sub.2], and backcrosses) with a high degree of accuracy (Newfoundland 96 SNPs > 90%, Maritimes 720 SNPs > 80%). These genomic panels permit the assessment of the impacts of past and future farmed salmon escape events on wild populations and can inform the protection and conservation of wild Atlantic salmon genetic integrity in the western Atlantic. L'hybridation de saumons atlantiques (Salmo salar) sauvages et d'elevage echappes peut menacer la stabilite et la persistance de populations sauvages adaptees a des lieux precis. Nous decrivons le developpement et la validation d'une approche reposant sur la genomique pour quantifier l'hybridation recente de saumons echappes et sauvages dans l'ouest de l'ocean Atlantique. Sur la base de lectures de polymorphismes mononucleotidiques (SNP) de saumons sauvages et d'elevage, des puces a diagnostic collectif ont ete creees pour Terre-Neuve et les provinces maritimes canadiennes. Ces puces ont pu distinguer les hybrides des non-hybrides et affecter correctement les individus a la classe d'hybrides (c.-a-d. sauvages purs, d'elevage purs, Fj, [F.sub.2] et retrocroises) avec un haut degre d'exactitude (96 SNP > 90% pour Terre-Neuve, 720 SNP > 80% pour les Maritimes). Ces puces genomiques permettent revaluation des impacts d'evenements d'echappement passes et futurs de saumons d'elevage sur les populations sauvages et peuvent eclairer les decisions touchant a la protection et la conservation de l'integrite genetique des saumons atlantiques sauvages dans l'ouest de l'ocean Atlantique. [Traduit par la Redaction], Introduction Atlantic salmon (Salmo salar) in aquaculture have diverged phenotypically and genetically from wild populations (Glover et al. 2009b; Gross 1998; Harvey et al. 2016). In addition to several generations [...]

Abstract: Predicting dispersal paths of marine larvae with extended pelagic durations, such as American lobster (Homarus americanus H. Milne Edwards, 1837), requires understanding the cues to which larvae respond, and [...]

We examined spatial variation in otolith geochemistry as a natural tag in juvenile Atlantic cod (Gadus morhua) to resolve geographic patterns during early life history. Individuals from 54 inshore sites spanned five embayments in eastern Newfoundland. Otolith composition differed at all spatial scales and related inversely to spatial scale. Classification analysis revealed increasing discrimination at coarser spatial scales: site (26%-58%), bay (49%), and coast (76%). Assignment success declined by ~10% per added site with increasing sampling sites per bay, demonstrating fine-scale ( Nous avons examine la variabilite spatiale de la geochimie des otolites comme marqueur naturel chez les morues (Gadus morhua) juveniles, pour cerner les motifs de repartition geographique au debut de leur cycle de vie. Les individus provenaient de 54 sites cotiers dans cinq echancrures de l'est de Terre-Neuve. La composition des otolites variait a toutes les echelles spatiales et etait inversement reliee a l'echelle spatiale. L'analyse de classification a revele une augmentation de la discrimination parallelement a celle de l'echelle spatiale, comme suit : site (26-58 %), baie (49 %) et cote (76 %). Le succes d'affectation diminuait de ~10 % pour chaque site ajoute a mesure qu'augmentait le nombre de sites d'echantillonnage par baie, ce qui demontre une variation a petite echelle (, Introduction The extent of dispersal and survival to successful reproduction collectively determine the geographic scale of natural populations (Cowen et al. 2006; Hastings and Botsford 2006; Pineda et al. 2010). [...]