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FUNDAMENTO: A estimulação endocárdica convencional do ventrículo direito (VD) ocasiona alargamento do QRS e dessincronização do miocárdio, comprometendo a função ventricular. Com a necessidade de estimulação menos deletéria, a estimulação septal do VD tem sido mais utilizada. Eventualmente têm sido relatados limiares mais altos e ondas R menores na estimulação septal. OBJETIVO: Comparar os parâmetros das estimulações apical e septal, intrapaciente, para verificar se existem diferenças que possam interferir na escolha do ponto de estimulação. MÉTODOS: Estudo prospectivo controlado. Foram incluídos 25 pacientes, com 67,2 ± 9 anos, 10 (40%) mulheres, com indicações de marca-passo por bradiarritmias. Etiologias foram degenerativa em nove (36%), coronariopatia em oito (32%), doença de Chagas em sete (28%), e valvopatia em um (4%) pacientes. Foram utilizados eletrodos de fixação ativa e avaliados os limiares de comando, impedância e onda R uni e bipolares no implante e após seis meses. RESULTADOS: A média aguda dos limiares de comando, ondas R e impedâncias unipolares/bipolares septais x apicais foram, respectivamente, 0,73x0,74V e 0,73x0,78V; 10x9,9 mV e 12,3x12,4 mV; 579x621 Ω e 611x629 Ω. Comparações entre parâmetros septais e apicais com teste t-pareado bicaudal demonstraram um P > 0,1. Após seis meses, a média dos limiares de comando, ondas R e Impedâncias unipolares/ bipolares septais x apicais foram, respectivamente, 0,5 x 0,72 V e 0,71 x 0,87 V; 11,4x9,5 mV e 12x11,2 mV; 423x426Ω e 578x550Ω, com P > 0,05, exceto comparando-se limiar de estimulação unipolar septal com apical unipolar p de 0,02. CONCLUSÃO: Utilizando comparações intrapaciente, não existem diferenças expressivas entre parâmetros eletrofisiológicos de estimulação septal e apical sendo que não há restrições para a escolha da estimulação septal em ventrículo direito.