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International audience; En 2022, Prairial a mené une enquête auprès des revues du site Lyon Saint-Étienne après celle de 2019 : focus sur quelques chiffres clés issus du rapport (disponible sur HAL).

International audience; INRAE PROSE has coordinated the development of DeepOmics, an information system dedicated to meta-omics datasets in the field of environmental biotechnology. DeepOmics offers the possibility to upload, query and export 16S metabarcoding data from several environmental biotechnologies, together with many relevant associated metadata, especially regarding operating conditions and process design. To date, DeepOmics has all the data and metadata necessary for submission of the datasets to international repositories such as the European Nucleotide Archive (ENA), but submission remains a manual and rather complex process. In collaboration with the French Institute of Bioinformatics (IFB), we designed and developed a R-shiny plug-in application, DeepOmics Submission, to prepare and automate raw sequencing data submission to the ENA. We will also guarantee the quality of the associated metadata by an IFB data brokering application prototype. This tool will promote the sharing and publication of environmental meta-omics datasets in agreement with open science and FAIR data principles.; INRAE PROSE a coordonné le développement de DeepOmics, un système d’information dédié aux ensembles de données méta-omiques dans le domaine de la biotechnologie environnementale. DeepOmics offre la possibilité de télécharger, d’interroger et d’exporter des données de métabarcoding 16S provenant de plusieurs biotechnologies environnementales, ainsi que de nombreuses métadonnées associées pertinentes, notamment en ce qui concerne les conditions d’exploitation et la conception des processus. À ce jour, DeepOmics dispose de toutes les données et métadonnées nécessaires pour soumettre les ensembles de données à des entrepôt internationaux tels que l’European Nucleotide Archive (ENA), mais la soumission reste un processus manuel et assez complexe. En collaboration avec l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), nous avons conçu et développé une application plug-in R-shiny, DeepOmics Submission, pour préparer et automatiser la soumission des données brutes de séquençage à l’ENA. Nous garantirons également la qualité des métadonnées associées grâce à un prototype d’application de courtage de données IFB. Cet outil favorisera le partage et la publication d’ensembles de données méta-omiques environnementales en accord avec les principes de la science ouverte et des données FAIR.

Plan : Présentation du projet de résidence Wikimédia au sein des Urfist Evolutions institutionnelles en matière de médiation scientifique Réutilisations des contenus Wikimédia grâce au respect des principes FAIR &nbsp

Objectifs de la formation: Comprendre les enjeux actuels de l’évaluation de la recherche • Connaître les principaux indices bibliométriques, leurs modes de calcul et leurs limites• Améliorer la visibilité de ses travaux grâce aux publications en accès libre • Eviter les pièges des éditeurs prédateurs• Construire son profil de chercheur en ligne.

International audience

International audience; L'analyse historique des dépôts de HAL montre depuis la forte inflexion de 2016 une tendance accrue à l'autoarchivage de ses publications corrélée à une forte baisse qualitative des métadonnées. Par effet direct des principes d'indexation si de plus en plus de notices sont déposées celles-ci sont de moins en moins lisibles. SoVisu offre aux chercheurs d'un établissement la possibilité d’évaluer la qualité descriptive de chacune de ses productions à l’aide d’un score sur les métadonnées et réalise une cartographie lexicale globale extraite des productions et des descriptions accessibles. En cartographiant la lisibilité de chacun (par quels mots les travaux peuvent être retrouvés), SoVisu dépasse la simple incitation au dépôt car il permet aux chercheurs d’entrer « du bon pied » en SO en gérant à priori leurs identifiants et leur indexation. Une seconde fonctionnalité de SoVisu est la recherche d'informations. Conçu pour répondre à un besoin d’identification de l’expertise d’un établissement, SoVisu permet d'assembler la production scientifique structurée à différents degrés de granularité par mimétisme de l'organisation hiérarchique de la recherche (individu, groupes, labos, établissement). Au plan de l’écosystème de la SO, SoVisu se positionne au plus près des « clients » pour leur faciliter l’accès aux différents outils et services en dispositif de médiatisation. Réciproquement, le résultat de qualification et de vérification des données est une donnée utile pour la représentation scientifique des entités utile à de nombreuses briques d'un système d'information recherche.

Définition des identifiants pérennes. Leurs liens avec la science ouverte. Recommandations quant à l'implémentation des identifiants pérennes par les différentes parties prenantes. Exemples de politiques nationales en matière d'identifiants. Focus sur ISNI et ORCID.

En novembre 2022, le groupe de travail juridique Couperin sollicitait les professionnels de la recherche impliqués dans l'application de la Science Ouverte sur leur connaissance du Plan S et de la stratégie de non-cession. Dans quelle mesure les communautés universitaires actives dans l'appui à la recherche et à la diffusion de l'information scientifique ont réussi à s'approprier cette initiative lancée en 2018 ? Comment se déroule l'accompagnement des projets de recherche et de leurs membres confrontés à la question de la non-cession des droits ? Où en sommes-nous de ce levier de promotion de la Science Ouverte sur le terrain ?Le rapport d'analyse de l'enquête éclaire les acteurs du terrain et les politiques au niveau local ou national sur les progrès à accomplir dans l'application du Plan S. Il montre qu'un travail pédagogique est encore nécessaire pour une bonne appropriation des enjeux complexes du Plan S. Les cas d'accompagnement réel des chercheurs par des professionnels de l'IST dans l'application de la non-cession des droits sont encore peu nombreux. L'organisation interne des établissements, et notamment les relations entre les différents services (bibliothèques, appui à la recherche, valorisation...) sont cruciaux dans l'application du Plan S.

Correction de quelques typos et de la mise en forme (césures).; Forges de l'Enseignement supérieur et de la Recherche Définition, usages, limitations rencontrées et analyse des besoins Collège Codes sources et logiciels du Comité pour lascience ouverte Forges de l'Enseignement supérieur et de la Recherche Définition, usages, limitations rencontrées et analyse des besoins Collège codes sources et logiciels du Comité pour la science ouverte Mai 2023 Conception graphique : opixido

At the end of 2019, the Lyon Saint-Étienne editorial cluster (Prairial) carried out an initial survey with the aim of establishing an inventory of the site's scientific journals and their editorial practices. At the time, it drew a number of conclusions highlighting the major difficulties encountered by the journals.Between June and October 2022, the cluster carried out a second survey in order to understand the evolution of the Lyon Saint-Étienne site's editorial ecosystem and to attempt to measure the impact of Prairial's actions in the transformations underway, particularly in terms of developing open access and the editorial quality of journals.The survey also aims to gain a better understanding of editorial practices and journal operations, in order to identify priority needs and the type of assistance and support required in the future.; Fin 2019, le pôle éditorial Lyon Saint-Étienne (Prairial) a réalisé une première enquête dans le but d’établir un état des lieux des revues scientifiques du site et de leurs pratiques éditoriales. Il en a tiré, à cette époque, un certain nombre de conclusions soulignant des points de difficultés importants rencontrés par les revues.Entre juin et octobre 2022, le pôle a réalisé une deuxième enquête afin d’appréhender l’évolution de l’écosystème éditorial du site Lyon Saint-Étienne et de tenter de mesurer l’impact des actions menées par Prairial dans les transformations en cours.L’enquête vise aussi à mieux connaître les pratiques éditoriales et le fonctionnement des revues afin d’identifier les besoins prioritaires et le type d’aide et d’accompagnement nécessaires à l’avenir.

Dans le cadre d’une recherche sur l’application des principes de la science ouverte au domaine de la bioéconomie, nous avons mené une étude scientométrique de la production scientifique de la France dans ce domaine, pour la période de 2015 à 2019. L’étude a permis d’identifier 1913 publications dans la base de données Scopus. Nous avons analysé ce corpus sous différents aspects : types et sources des documents, avec volumétrie et impact ; auteurs, organismes et établissements ; sources de financement ; degré d’internationalité et taux d’ouverture (libre accès). La discussion porte sur la terminologie et les sources d’une telle étude scientométrique, sur l’accessibilité des publications et sur la position de la France dans ce domaine. La conclusion propose quelques recommandations pour la conduite d’une étude similaire, notamment à destination des professionnels de l’information., As part of a research on the application of open science principles to the field of bioeconomy, we conducted a scientometric study of the scientific production of France in this field, for the period 2015 to 2019. The study identified 1,913 publications in the Scopus database. We analysed this corpus under different aspects: types and sources of documents, with volumetry and impact; authors, organisations and institutions; sources of funding; degree of internationality and openness (open access). The discussion focuses on the terminology and sources of such a scientometric study, on the accessibility of publications and on the position of France in this field. The conclusion proposes some recommendations for conducting a similar study, particularly for information professionals.

Développez et utilisez des pratiques de “Science Ouverte” pour votre laboratoire/équipe de recherche. Utilisez ces conseils pour améliorer les pratiques de gestion des données et des logiciels de votre équipe afin de favoriser la science ouverte. Inscrivez-les dans la charte de pratiques “Science Ouverte” de votre équipe. Ce travail a été réalisé dans le cadre du projetPARSEC (Building New Tools for Data Sharing and Re-use through a Transnational Investigation of the Socioeconomic Impacts of Protected Areas)financé par le Forum Belmont via la National Science Foundation, NSF, Grant 1929464, (USA), l'Agence Nationale de la Recherche, ANR (France), la Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP (Brésil), et la Japan Science and Technology Agency, JST (Japon).

International audience; Le projet ANR SO-DRIIHM (octobre 2020 – mars 2024) a deux grands objectifs dont le premier vise à la promotion de la science ouverte auprès de la communauté pluridisciplinaire du DRIIHM et le deuxième, le codesign d'une plateforme ergonomique "aiguilleur de la science ouverte". L'objectif de cette plateforme est de faciliter le dépôt, le partage de ressources et favoriser les coopérations en offrant de nouvelles solutions à la communauté de recherche interdisciplinaire (environnement et SHS) et à la communauté en soutien à la gestion des données.Cette plateforme se focalise sur la couche d'intermédiation des utilisateurs avec l'écosystème de la science ouverte. Nous travaillons notamment à définir et à développer les besoins et usages attendus pour la recherche et le dépôt de données en étroite collaboration avec la communauté intéressée. Au cœur du système se trouvent les métadonnées descriptives des ressources du DRIIHM alignées selon le standard DCAT du web de données et son profil DCAT-AP de l'union européenne. Nous utilisons également l'ontologie PROV-O pour le suivi du lignage des données. Nous poursuivons les développements selon notre feuille de route et appelons à contributions externes pour soutenir et enrichir cette plateforme open source.

Veillez à bien documenter, archiver à long terme et à rendre librement accessiblestous les objets numériques créés ou utilisés par l'équipe. Ce travail a été réalisé dans le cadre du projetPARSEC (Building New Tools for Data Sharing and Re-use through a Transnational Investigation of the Socioeconomic Impacts of Protected Areas)financé par le Forum Belmont via la National Science Foundation, NSF, Grant 1929464, (USA), l'Agence Nationale de la Recherche, ANR (France), la Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP (Brésil), et la Japan Science and Technology Agency, JST (Japon).

Présentation de trois heures à destination des doctorants en sciences de l'information

International audience; The present dataset comes from rechearch led on the Waziers le Bas-Terroir site since 2013 (Hérisson et al., 2022, for detailsabout the research and fieldwork). The present data paper aims to share with the scientific community the raw or supplementary datato those presented in the papers of the volume 1 and 2 dedicated to Waziers le Bas-Terroir eemian site, corresponding to volumes33-4 (2022) et 34-1 (2023) of Quaternaire. Data (except for data set #5) is stored in the Research Data Warehouse for Human andSocial Sciences called Nakala. Nakala data is stored on servers managed by Huma-Num, at the IN2P3 data centre in France. Alldata in this data paper are grouped in a collection entitled « Waziers le Bas-Terroir tome 1 & 2 Data paper revue Quaternaire » andaccessible through the DOI 10.34847/nkl.de671e05 or through the DOI indicated for each file in the data paper. Data set #5 has beendeposited on the PRIDE platform PRIDE (PRoteomics IDEntifications Database). The files are provided under a licence CreativeCommons Attribution Non Commercial No Derivates 4.0 International (CC-BY-NC-ND-4.0).; Les jeux de données présentés ci-après sont issus des recherches menées sur le gisement de Waziers le Bas-Terroir depuis 2013 (Hérisson et al., 2022, pour les détails des recherches et opérations de terrain). Le présent data paper vise donc à mettre à disposition de la communauté scientifique des données brutes ou complémentaires à celles présentées au sein des articles des tomes 1 et 2 consacrés au gisement eemien de Waziers le Bas-Terroir, à savoir les numéros 33-4 (2022) et 34-1 (2023) de la revue Quaternaire. Les données (hormis le set de données n°5) sont stockées au sein de l'entrepôt de données de recherche pour les Sciences Humaines et Sociales Nakala. Les données de Nakala sont stockées sur des serveurs gérés par Huma-Num, au centre de calcul de l'IN2P3 en France. Toutes les données du présent data paper sont regroupées au sein d'une collection intitulée « Waziers le Bas-Terroir tome 1 & 2 Data paper revue Quaternaire » et accessible via le DOI 10.34847/nkl.de671e05 ou via le DOI indiqué pour chaque fichier dans le data paper. Le set de données n°5 a été déposé sur la plateforme PRIDE (PRoteomics IDEntifications Database). Les fichiers sont mis à disposition sous une licence Creative Commons Attribution Non Commercial No Derivates 4.0 International (CC-BY-NC-ND-4.0).

International audience; L’université de Toulon a développé et mis en œuvre un outil libre, Sovisu, permettant à chaque chercheur de gérer son identité et son profil numérique par la synthèse de la production individuelle et l’accès direct aux notices HAL. SoVisu se pose en brique élémentaire d’un Système d’Information Recherche, actuellement manquant au plan national. En cartographiant la lisibilité de chacun (par quels mots les travaux peuvent être retrouvés), SoVisu dépasse la simple incitation au dépôt car il permet aux chercheurs d’entrer « du bon pied » en SO en gérant à priori leurs identifiants. Conçu pour répondre à un besoin d’identification de l’expertise d’un établissement. SoVisu permet d'assembler la production scientifique structurée à différents degrés de granularité par mimétisme de l'organisation hiérarchique de la recherche (individu, groupes, labos, établissement). Au plan de l’écosystème de la SO, SoVisu se positionne au plus près des « clients » pour leur faciliter l’accès aux différents outils et services en dispositif de médiatisation, et de gestion qualité des données pour permettant de projeter l'intégration de briques intelligentes pour accompagner la recherche à de multiples niveaux.

Les travaux du WP1 du projet ANR BRIDGE ont consisté dans un premier temps à réunir les documents cadres et spécifiques qui formalisent des politiques de données ou des composantes de la gouvernance pour les trois établissements IRD, CIRAD et INRAE;à analyser le contexte politique national, européen et international de la gouvernance des données de la recherche et enfin à établir une veille et à suivre des animations externes proposées au fil de l’eau (conférences, webinaires nationaux ou internationaux RDA, CODATA...) touchant au domaine. Un cadre de référence a ensuite été élaboré utilisant des travaux de la RDA Research Data Allianceet étudié pour évaluer sa pertinence dans le contexte de nos trois organismes de recherche.

Présentation de deux heures à destination des doctorants en sciences de la terre

Dans le cadre du dialogue stratégique de gestion du ministère, l'Université Polytechnique Hauts-de-France aobtenuun financement pour réaliser une enquête pour réaliser un état des lieux précis des usages et réalisations éventuelles existantes dans les laboratoires sur les données de la recherche. Le questionnaire a été diffusé en ligne auprès des chercheurs et membres des laboratoires de l'UPHF du 14 mars 2022 au 31 mai 2022. Les deux documents présententl'analyse desrésultats de l'enquête et les préconisations qui ont été formulées pour répondre aux besoins de la communauté scientifique.

Webinaire Médici/Repères

These recommendations have been produced by the participants in the “Open Science in the South. Management and openess of research data : panorama and perspectives in Africa” symposium, held in Cotonou (Benin) from 25 to 27 October 2022, by African, European and Canadian organizations. In line with the UNESCO Recommendation on Open Science and the Dakar Declaration (10.5281/zenodo.3577891)), these recommendations aim to support the implementation of a true culture of open science among African scientists.

Le vent du changement provoqué par la révolution numérique bouleverse et transforme profondément l’archivistique contemporaine. Les acteurs de la discipline se retrouvent face à une gestion très complexe des documents et données numériques à cause de la croissance volumétrique sans précédent et dont les formats de fichiers, les matériels, les logiciels de gestion et de communication de ces documents et données sont victimes de l’obsolescence absolument très accélérée conduite depuis 1965 par la loi de Gordon Earle Moore appelée « Loi de Moore ». Notre article propose des dispositifs à travers les panorama et perspectives de la science ouverte pour ce qui est de l’obsolescence et, de la ‘’macro-évaluation, outils génériques d’évaluation pour ce qui est de la croissance volumétrique. Une collaboration multidisciplinaire voire transdisciplinaire est sollicitée afin de braver ces verrous ou menottes numériques posés par la volumétrie et l’obsolescence., Journal of Information Sciences, Vol 21, No 2 (2022): Humanités numériques

International audience

National audience; Où trouver des données ? Pourquoi et comment les réutiliser ? Que faire de mes propres données ? Ces questions sont au fondement des démarches de recherches actuelles : pour une question de transparence, de reproductibilité de la recherche, ou encore d’accès à des archives et des données sur des terrains disparus. La conservation et la mise à disposition de jeu de données sont devenus des enjeux majeurs de la recherche en SHS. Cette séance s’attachera à présenter un catalogue de plateforme sur lesquels vous pouvez retrouver des données quantitatives et qualitatives.