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A espécie Sapajus nigritus, compreende primatas não-humanos bem distribuídos na América do Sul. Eles são onívoros e vivem em grupos de até 40 indivíduos. As superfícies mucosas são um portal perfeito de entrada para vírus e bactérias do ambiente para acessar novos hospedeiros. A cavidade oral é um portal de entrada para vários microrganismos, incluindo vírus, e compreende a gengiva, língua, paladar, a superfície dos dentes e saliva. A descoberta periódica de novos vírus sugere que subestimamos o número total e a diversidade destes na natureza. Por outro lado, a crescente melhoria da detecção de vírus contribui para a descoberta de um mundo microscópico ainda inexplorado. Bacteriófagos (ou fagos) são o grupo mais abundante de vírus. Eles desempenham um papel dinâmico no ecossistema à medida que se replicam em hospedeiros bacterianos que habitam todos os tipos de ambientes, incluindo superfícies corporais de diferentes espécies de animais. Este estudo tem como objetivo apresentar a composição dos vírus em suabes orais, sangue e urina de macacos-capuchinhos selvagens (Sapajus nigritus) coletados de 12 animais em dois pontos de coleta distintos. As amostras foram coletadas seguindo as orientações do Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama), armazenadas no gelo e transportadas para o laboratório. Posteriormente, foram processadas em três pools distintas (cotonete, sangue e urina), e a extração de ácidos nucleicos foi realizada utilizando-se Trizol®, de acordo com as instruções do fabricante. Após a extração, os ácidos nucleicos foram aleatoriamente amplificados e submetidos à plataforma Illumina para sequenciamento da próxima geração. Os resultados revelaram a presença de bacteriófagos pertencentes às famílias Siphoviridae, Myoviridae e Podovirida e 11 famílias virais eucarióticas: Herpesviridae, Parvoviridae, Papillomaviridae, Polyomaviridae, Caulimoviridae, Iridoviridae, Astroviridae, Poxviridae e Baculoviridae, além de dois genomas virais completos de Anelloviridae e Genomoviridae. Este estudo contribui para o acesso às sequências virais de macacos capuchinhos, melhorando nosso conhecimento restrito sobre comunidades microbianas em primatas não humanos. Sapajus nigritus, is a specie of non-human primates which are widespread in South America. They are omnivores and live in troops of up to 40 individuals. Mucosal surfaces are a perfect portal of entry for viruses and bacteria from the environment to access new hosts. The oral cavity is a portal of entry for several microorganisms including viruses, and it contains the gingiva, tongue, palate, the surface of teeth and saliva. The periodic discovery of new viruses suggests that we underestimate the total number and diversity of viruses existing in nature. On the other hand, the growing improvement of virus detection contribute to the discovery of a microbiology world yet unexplored. Bacteriophages (or phages) are the most abundant group of viruses. They play a dynamic role in the ecosystem as they replicate in bacterial hosts which inhabit all types of environments, including body surfaces of different species of animals. This study aims unveiling the viruses composition in oral swabs, blood and urine of wild capuchin monkeys (Sapajus nigritus) collected from 12 animals in two distinct collection points. Samples were collected following the Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA) guidelines, stored on ice and transported to the lab. Samples were processed in three distinct pools (swab, blood and urine), and the extraction of nucleic acids was performed using Trizol®, according to the manufacturer´s instructions. Following extraction, nucleic acids were randomly amplified and submitted to Illumina plataform for next generation sequencing. The results revealed the presence of bacteriophages belonging to the families Siphoviridae, Myoviridae, and Podovirida and 11 eukaryotic viral families: Herpesviridae, Parvoviridae, Papillomaviridae, Polyomaviridae, Caulimoviridae, Iridoviridae, Astroviridae, Poxviridae and Baculoviridae, in addition to two complete viral genomes of Anelloviridae and Genomoviridae. This study contributes to access the viral sequences from capuchin monkeys, lead to improve our restrict knowledge regarding microbial communities in non-human primates.

Marseilleviridae é uma família de vírus gigantes cujos membros infectam amebas de vida livre. Esses vírus têm sido encontrados em amostras ambientais de água, larvas de inseto, torres de resfriamento e mais recentemente em amostras humanas. Eles possuem capsídeo icosaédrico medindo entre 190-250 nm e genoma de DNA dupla fita circular ou linear. Sua replicação ocorre no citoplasma amebiano onde observam-se fábricas virais. Este trabalho tem como objetivo investigar a presença de vírus gigantes em mexilhões-dourados (Limnoperna fortunei) que habitam o Lago Guaíba, Porto Alegre, Brasil. Quarenta indivíduos foram coletados e agrupados em pools de 5 amostras (água interna e corpo, totalizando dezesseis pools). Os pools foram homogeneizados em tampão fosfato, centrifugados e o sobrenadante filtrado em membrana de 0,45μM. Foram cultivadas amebas da espécie Acanthamoeba polyphaga em meio PYG em microplacas de 24 poços, inoculadas com os sobrenadantes, incubadas a 30ºC e examinadas diariamente em busca de efeito citopático (ECP) até 72 horas após a inoculação. Quando CPE era evidente, os sobrenadantes foram coletados e ultracentrifugados através de um gradiente de sacarose de 25%. Um dos dezesseis pools induzindo CPE claro foi submetido à extração de DNA e sequenciamento do genoma viral completo um sequenciador de nova geração (Illumina MiSeq). O genoma do vírus chamado Golden mussel marseillevirus consiste de uma única molécula de DNA de 360610 pb, com um teor de G+C de 43,1%. A análise da sequência de nucleotídeos traduzida revelou a presença de proteínas virais que apresentam homologia com proteínas de outros membros da família Marseilleviridae, como Lausanevirus e vírus Insectomime, porém grande parte do seu genoma não apresenta identidade com proteínas depositadas no banco de dados. A análise filogenética do gene D6/D11 Helicase sugere que este vírus faça parte de uma nova linhagem de marseillevirus. Este é o primeiro estudo que demonstra o isolamento de um vírus gigante a partir de tecidos de mexilhão-dourado e infere que estes vírus estão distribuídos amplamente no meio ambiente. Marseilleviridae is a family of giant viruses whose members infect free living amoebae. These viruses have been found in environmental samples of water, insect larvae, cooling towers and, more recently, in human samples. They have icosahedral capsids measuring between 190-250 nm and their genome is double-stranded circular or linear DNA. Replication occurs in the host cell cytoplasm, inside the viral factories. This study aims to investigate the presence of giant viruses in tissues of golden mussels (Limnoperna fortunei) that inhabit the Guaiba Lake, Porto Alegre, Brazil. Forty specimens were pooled in groups of 5 specimens (internal water and body, totalizing sixteen pools). The pools were homogenized with phosphate buffer, centrifuged and the supernatant was filtered in 0,45μM. Monolayers of Acanthamoeba polyphaga were cultivated with PYG medium in 24-well microplates, inoculated with the pooled samples, incubated at 30 ºC and examined daily in search for cytopathic effect (CPE) up to 72 hours after inoculation. When CPE was evident, the supernatants were collected, clarified and ultra centrifuged through a 25% sucrose cushion. One out of the sixteen CPE positive pools was submitted to DNA extraction and complete sequencing of the viral genome in a NGS apparatus (Illumina MiSeq). The genome of the virus named Golden mussel marseillevirus consists of a single DNA molecule of 360,610 bp, with a G+C content of 43.1%. The analysis of the translated nucleotide sequence reveals the presence of proteins which are homologs to proteins predicted in other members of the family Marseilleviridae like, e.g. Lausannevirus and Isectomime virus. However, part of the viral genome has no identity with the nucleotide sequences available at the database. The phylogenetic analysis of the D6/D11 Helicase gene suggests that this virus is part of a new lineage of marseillevirus. This is the first study where the isolation of a giant virus from golden mussel tissues is achieved, suggesting that these viruses are widely distributed in the environment.