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1. Dexipm-Grapevine : a multicriteria assessment tool of the sustainability for grapevine farming systems

Author: Raphaël Metral, Morgane Dubuc, Laurent DELIERE, David Lafond, Morgane Petitgenet, Christian Gary, Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), ProdInra, Archive Ouverte, Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens ( SYSTEM ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Santé Végétale ( SV ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB )
Subjects: [ SDV.BV ] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, grapevine farming system, sustainability multicriteria assessment, durabilité, évaluation multicritère, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, DEXiPM, systèmes viticoles
Abstract: The development of innovative farming systems to reach new goals of agricultural sustainability needs new methods for efficiency assessment. DEXiPM-Grapevine© is a multicriteria assessment tool for overall sustainability of grapevine farming systems adapted from DEXiPM arable crops (Pelzer et al, 2012). DEXiPM-Grapevine© was implemented during the European PURE Project 2012-2015 (Integrated Pest Management (IPM) solutions in agriculture) in order to assess and compare various innovative grapevine systems. This model includes 65 basic attributes describing the cropping system, which are then combined into 97 aggregated attributes, designed to assess the economic, social and environmental performances. This model is based on expert knowledge and agricultural surveys, to define thresholds of classes for each attribute and the weighting of the aggregations. A guide helps users to adjust these parameter specific features due to local context. We tested DEXiPM-Grapevine© on innovativegrapevine systems, designed with low pesticides use, and experimented at field scale in the French EcoViti Network. We made bothex ante and ex post analyses of experimented systems in order to sort them and to adjust their strategies. Three main strategies ofpesticide reduction are explored: (i) IPM, (ii) alternative products, organic and biocontrol approach, (iii) pesticide-free croppingsystems based on new grapevine mildew resistant varieties. Seven prototypes are tested on INRA experimental farms in Angers(Loire Valley, center of France), Bordeaux (Atlantic region), and Montpellier (Mediterranean region). The first DEXiPMGrapevine© assessments show a high environmental performance of innovative biocontrol strategies, and new resistant varieties.However, IPM strategies have the best overall sustainability with better economic and social assessments. DEXiPM-Grapevine©supports the analysis of performances and helps to identify the strengths/weaknesses of the tested prototypes. This tool can be usedfor ex ante assessment to guide the designing of cropping systems. It can also enable to re-adjust the prototypes after fieldexperimentations. A third use for farmers' advisors is to help producers to modify their farming systems to enhance the sustainabilityof their farms., Mettre en oeuvre de nouvelles méthodes d’évaluation de la durabilité de systèmes viticoles est une étape indispensable pourconcevoir et développer des systèmes innovants qui répondent aux récents enjeux de l’agriculture durable. DEXiPM-Vigne© en estun exemple. Ce modèle d’évaluation multicritère de la durabilité de systèmes viticoles a été adapté de DEXiPM-Grandes culture(Pelzer et al., 2012).Conçu durant le projet européen PURE 2012-2015 (Solutions de Protection Intégrée des cultures - IPM),il permet d’évaluer et comparer des systèmes viticoles innovants en réelle rupture avec les systèmes actuels. Ce modèle est composéde 65 variables d’entrée, combinées en 97 attributs agrégés pour l’évaluation des performances économiques, sociales etenvironnementales. Les pondérations des attributs ainsi que les seuils de leurs classes qualitatives ont été à partir d’une base deconnaissances d'experts et d’enquêtes.Un guide d’utilisation aidera les utilisateurs pour un usage adapté à leur contexte d’étude. Nousavons testé DEXiPM-Vigne© pour analyser les performances de systèmes viticoles innovants, à bas niveau d’intrantsphytosanitaires, conçus et expérimentés au sein du réseau français EcoViti qui porte cette démarche d’agronomie systémique.Des analyses ex ante et ex post ont été conduites pour trier et adapter les stratégies expérimentées. Trois voies principales deréduction des pesticides ont été testées : (i) IPM basé principalement sur l’efficience des méthodes de protection actuelles , (ii)utilisation de produits alternatifs, de l’AB et du biocontrôle, (iii) stratégie sans pesticides utilisant les nouvelles variétés résistantes aumildiou/oïdium. Sept prototypes sont testés actuellement par l’INRA à Angers (Val de Loire), Bordeaux (région atlantique) etMontpellier (region méditerranéenne). Les premières évaluations DEXiPM-Vigne© montrent des performances environnementalesélevées pour les stratégies basées sur le biocontrôle et les variétés résistantes. Les stratégies IPM ressortent cependant avec lameilleure durabilité globale, et une durabilité socio-économique plus élevée. DEXiPM-Vigne© accompagne l’analyse desperformances des systèmes viticoles et aide à l’identification des forces et des faiblesses des prototypes testés au champ. Cet outilpeut être utilisé dans une approche ex ante pour aider à la conception de systèmes viticoles, mais également pour les réajuster aprèsles premières expérimentations au champ. Il est également envisagé d’employer DEXIPM-Vigne comme outil d'accompagnementdes viticulteurs dans leur démarche de changements de pratiques en cohérence avec leurs objectifs de production
Published: 2015

2. DEFISTIM-Projet Collaboratif FUI : Accélérer, optimiser et développer la mise en marche des stimulateurs des défenses des plantes (SDP), avec l'appui des outils d'aide à la décision (OAD)

Author: Bonneau, C., Aveline, N., Ayral, J.-L., Baillieul, F., Brisset, Marie-Noelle, Chauvin, Jean-Eric, Corio-Costet, Marie-France, Daire, Xavier, Gaucher, D., Lehingrat, Y., Mery Bernardon, A., Moncomble, D., Pellé, Roland, Saubeau, Guillaume, Tailliez-Lefebvre, D., Thomas, G., Turner, M., Val, Florence, Verjux, N., Pôle de compétitivité (VEGEPOLYS), Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, ARVALIS - Institut du végétal [Paris], Fédération Nationale des Producteurs de Plants de Pomme de Terre (FN3PT), Goëmar Parc technopolitain Atalante, Comité Interprofessionnel du Vin de Champagne (CIVC), In Vivo Agrosolutions, Syngeta Seeds, Vegenov-BBV, Association Française de Protection des Plantes (AFPP). FRA., IFV, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Fédération Nationale des Producteurs de Plants de Pommes de Terre (FNPPPT), Vegenov (BBV), ProdInra, Archive Ouverte, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Pôle de compétitivité ( VEGEPOLYS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ), Institut de Recherche en Horticulture et Semences ( IRHS ), Université d'Angers ( UA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes ( IGEPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST, Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Fédération Nationale des Producteurs de Plants de Pommes de Terre ( FNPPPT ), Comité Interprofessionnel du Vin de Champagne ( CIVC ), and Vegenov ( BBV )
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: absent
Published: 2015

3. Food-mediated modulation of immunity in a phytophagous insect: An effect of nutrition rather than parasitic contamination

Author: Yannick Moret, Denis Thiéry, Jérôme Moreau, Fanny Vogelweith, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Study supported by the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) and the Conseil Regional of Bourgogne., ANR-07-JCJC-0134,IMM-PRIMING,Evolutionary ecology and mechanisms of trans-generational immune priming in insects(2007), ANR-08-JCJC-0006,Trans-immunity(2008), Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), ANR-07-JCJC-0134,IMM-PRIMING,Evolutionary ecology and mechanisms of trans-generational immune priming in insects ( 2007 ), and ANR-08-JCJC-0006,Trans-immunity ( 2008 )
Subjects: Immune tradeoff, Physiology, medicine.drug_class, media_common.quotation_subject, Antibiotics, Zoology, Insect, Moths, Immune system, Immunity, Hemolymph, Botany, medicine, [ SDV.IMM ] Life Sciences [q-bio]/Immunology, Animals, Vitis, media_common, Larva, Enzyme Precursors, Eupoecilia ambiguella, Grape varieties, biology, Effector, Monophenol Monooxygenase, Plant Extracts, Microbiota, fungi, food and beverages, Tetracycline, Antimicrobial, biology.organism_classification, Anti-Bacterial Agents, Insect Science, Fruit, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Animal Nutritional Physiological Phenomena, Catechol Oxidase
Abstract: 7 pages; International audience; Inherent to the cost of immunity, the immune system itself can exhibit tradeoffs between its arms. Phytophagous insects face a wide range of microbial and eukaryotic parasites, each activating different immune pathways that could compromise the activity of the others. Feeding larvae are primarily exposed to microbes, which growth is controlled by antibiotic secondary metabolites produced by the host plant. The resulting variation in abundance of microbes on plants is expected to differentially stimulate the insect antimicrobial immune defenses. Under the above tradeoff hypothesis, stimulation of the insect antimicrobial defenses is expected to compromise immune activity against eukaryote parasites. In the European grape berry moth, Eupoecilia ambiguella, immune effectors directed towards microbes are negatively correlated to those directed towards eukaryotic parasites among host plants. Here, we hypothesize this relationship is caused by a variable control of the microbial community among host plants by their antibiotic metabolites. To test this hypothesis, we first quantified antimicrobial activity in berries of several grape varieties. We then measured immune defenses of E. ambiguella larvae raised on artificial diets in which we mimicked levels of antimicrobial activity of grape berries using tetracycline to control the abundance of growing microbes. Another group of larvae was raised on artificial diets made of berry extracts only to control for the effect of nutrition. We found that controlling microbe abundance with tetracycline in diets did not explain variation in the immune function whereas the presence of berry extracts did. This suggests that variation in immune defenses of E. ambiguella among grape varieties is caused by nutritional difference among host plants rather than microbe abundance. Further study of the effects of berry compounds on larval immune parameters will be needed to explain the observed tradeoff among immune system components.
Published: 2015

4. Analyse de risque phytosanitaire [i]Plasmopara halstedii[/i] agent responsable de la maladie du mildiou du tournesol

Author: Frederic Suffert, François Delmotte, Marc Delos, Valérie Grimault, Denis Tourvieille de Labrouhe, Patrick Vincourt, Veronique Wilson, Philippe Reignault, Sylvie Augustin, Nathalie Breda, Philippe Castagnone, Bruno Chauvel, Nicolas Desneux, Abraham ESCOBAR GUTIERREZ, Laurent Gentzbittel, Herve Jactel, Jean-Claude Laberche, Thomas Le Bourgeois, Guy Lemperiere, Didier Mugniery, Pierre Silvie, Stéphan Steyer, François Verheggen, Thierry Wetzel, BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), Direction Générale de l'Alimentation, Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt ( DGAL-SDQPV ), 0971 Gip Geves SNES Angers, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Accueil GEVES ( Accueil GEVES ) -Groupe d'étude et de controle des variétés et des semences ( GEVES ) -Gip Geves SNES Angers ( Gip Geves SNES Angers ), UE 1375 Phénotypage Au Champ des Céréales, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Santé des plantes et environnement ( S.P.E. ) -Biologie et Amélioration des Plantes ( BAP ) -Phénotypage Au Champ des Céréales ( PHACC ), Interactions plantes-microorganismes et santé végétale, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant, Université du Littoral Côte d'Opale ( ULCO ), Unité de recherche Zoologie Forestière ( UZF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] ( EEF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères ( P3F ), Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement ( EcoLab (ENSAT-Bat A) ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-PRES Université de Toulouse-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biodiversité, Gènes & Communautés ( BioGeCo ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bordeaux ( UB ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations ( UMR AMAP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Centre de Recherche et de Veille sur les maladies émergentes dans l'Océan Indien, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Indépendant, UR Systèmes de cultures annuels, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ), Département Sciences du Vivant, Unité Biologie des nuisibles et biovigilance, Centre Wallon de Recherches Agronomiques ( CRA-W ), Faculté de Gembloux Agro-Bio Tech, Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, Laboratoire de Virologie Végétale, RLP-Agroscience GmbH/Alplanta-Institute for Plant Research, ARP Mildiou du tournesol, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Absent, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (DGAL-SDQPV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Accueil GEVES (Accueil GEVES)-Groupe d'étude et de controle des variétés et des semences (GEVES)-Gip Geves SNES Angers (Gip Geves SNES Angers), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Biologie et Amélioration des Plantes (BAP)-Phénotypage Au Champ des Céréales (PHACC), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Mycologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (ECOLAB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Chercheur indépendant, Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Contrat : 2012-SA-0159, Superviseur : Xavier Tassus, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2014-01-08, ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy), Unité de recherche Zoologie Forestière (UZF), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), and Systèmes de Cultures Annuelles (UPR 102 SCA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], plasmopara halstedii, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], helianthus annuus, analyse de risque phytosanitaire, directive 2000/29/CE, mildiou du tournesol, tournesol
Abstract: absent
Published: 2014

5. Une première à Avignon, les JÉR, journées d'échanges sur les résistances

Author: Debieu, Danièle, Grosman, Jacques, Siegwart, Myriam, Micoud, Annie, Corio-Costet, Marie-France, Walker, Anne Sophie, Fillinger, Sabine, Helma, Delye, Christophe, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité mixte INRA / DGAL Groupement de recherches et d'analyse des pesticides dans les produits alimentaires, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles ( PSH ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences
Abstract: Pour le professionnel du conseil à l'utilisation de produits de protection des plantes, il n'est pas toujours évident d'accéder aux connaissances scientifiques sur les résistances à ces produits (cas de résistance, mécanismes d'évolution, stratégies de gestion de résistances...). Pour le scientifique, il n'est pas toujours facile d'avoir une vue actualisée de la situation au champ (problèmes émergents, questions que se posent les professionnels...). La solution ? Les JÉR, dont le but est de permettre un dialogue direct entre recherche et " terrain " !
Published: 2014

6. Heterogeneity of selection and the evolution of resistance

Author: Bourguet, Denis, Delmotte, François, Franck, Pierre, Guillemaud, Thomas, Reboud, Xavier, Vacher, Corinne, Walker, Anne Sophie, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes et Communautés, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations ( CBGP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles ( PSH ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de Recherche Agronomique, BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech
Subjects: 0106 biological sciences, résistance aux maladies, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Process (engineering), Drug Resistance, Theoretical models, ravageur, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Animals, Selection, Genetic, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Selection (genetic algorithm), pesticide, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Resistance (ecology), analyse comparative, gène de résistance, Biological Evolution, Risk analysis (engineering), méthode de lutte, Sustainability, Pest Control, Adaptation, agent pathogène
Abstract: The evolution of resistance to pesticides and drugs by pests and pathogens is a textbook example of adaptation to environmental changes and a major issue in both public health and agronomy. Surprisingly, there is little consensus on how to combine selection pressures (i.e., molecules used in the treatment of pests or pathogens) over space and time to delay or prevent this evolutionary process. By reviewing theoretical models and experimental studies, we show that higher levels of heterogeneity of selection are associated with longer-term sustainability of pest or pathogen control. The combination of molecules usually outcompetes other resistance management strategies, such as Responsive alternation, Periodic application, or Mosaic, because it ensures 'multiple intragenerational killing'. A strategic deployment over space and/or time of several combinations can ensure 'multiple intergenerational killing', further delaying the evolution of resistance.
Published: 2013

7. TranscriptomeS of Botrytis cinerea

Author: Adeline Simon, Jani-Petri Kelloniemi, Agnes Cimerman, Berengere Dalmais-Lenaers, Guillaume Morgant, Julia Schumacher, Jean-Marc Pradier, Pascal Le Pecheur, Jean Roudet, Marc FERMAUD, Bettina Tudzynski, Paul Tudzynski, Benoît Poinssot, Muriel Viaud, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, University of Münster, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Santé Végétale ( SV ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB )
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Botrytis cinerea, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences
Abstract: absent
Published: 2012

8. Functional analysis of fungal virulence factors in the grape/Botrytis interaction

Author: Agnes Cimerman, Adeline Simon, Guillaume Morgant, Jani-Petri Kelloniemi, Marc FERMAUD, Benoît Poinssot, Muriel Viaud, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Plante - microbe - environnement : biochimie, biologie cellulaire et écologie (PMEBBCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Plante - microbe - environnement : biochimie, biologie cellulaire et écologie ( PMEBBCE ), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon ( ENESAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Santé Végétale ( SV ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB )
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, functional analysis, transcryptomics, oxylipins, transcryptomique, Botrytis cinerea, dioxygenose, lipoxygenose, pathogenicity, analyse fonctionelle, dioxygène, lypoxygénose, pathogénicité, stomatognathic diseases, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences
Abstract: Communication orale 03.2; absent
Published: 2011

9. Species diversity of larval parasitoids of the European grapevine moth (Lobesia botrana, Lepidoptera: Tortricidae): the influence of region and cultivar

Author: Claire Villemant, Denis Thiéry, Jérôme Moreau, Betty Benrey, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Origine, structure et évolution de la biodiversité (OSEB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Zoologie, Université de Neuchâtel (UNINE), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Project funded by the National Centre of Competence in Research (NCCR) Plant Survival, a research program of the Swiss National Science Foundation., Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Origine, structure et évolution de la biodiversité ( OSEB ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Neuchâtel, Santé Végétale ( SV ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB )
Subjects: 0106 biological sciences, Tortricidae, [ SDV.MP.PAR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Tachinidae, Lobesia botrana, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Parasitoid, Bethylidae, Botany, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Host size, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, biology, Species diversity, 15. Life on land, biology.organism_classification, 010602 entomology, Ichneumonidae, Insect Science, Biological control, Grape cultivars, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Agronomy and Crop Science, Braconidae, Geographical variation, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: 7 pages; International audience; The European grapevine moth, Lobesia botrana (Denis & Schiffermüller, 1775) (Lepidoptera: Tortricidae) is a major pest of grapevines responsible for great economic losses and frequent insecticide applications. Nevertheless, the use of parasitoids as potential biological control agents has received very little attention. In this study, we present results from a survey on parasitoid species collected from French and Swiss vineyards over a period of 2 years. Over 2000 larvae of L. botrana were collected from six grape cultivars out of which a total of 118 parasitoids emerged. Ten species were identified. Exochus notatus (Holmgren, 1858) (Hymenoptera: Ichneumonidae) was the most abundant species and has a wide geographical distribution. Another parasitoid species, Agrypon anxium (Wesmael, 1849) (Hymenoptera: Ichneumonidae), had never been described on L. botrana before and two others remain unidentified Goniozus sp. (Förster, 1851) (Hymenoptera: Bethylidae) and Apanteles sp. (Hymenoptera: Braconidae). Other species include Phytomyptera nigrina (Meigen, 1824) (Diptera: Tachinidae) as well as Campoplex capitator (Aubert, 1960), Diadegma fenestralis (Holmgren, 1860), Dicaelotus inflexus (Thomson, 1891) Itoplectis maculator (Fabricius, 1775) and Triclistus meridiator Aubert, 1984 (all Hymenoptera: Ichneumonidae). We observed substantial regional variation in species richness and also found that abundance and diversity of several parasitoid species varied as a function of geographical location and grape cultivar. The parasitism rate by E. notatus was for example affected by grape cultivar suggesting that biological control may be affected by the cultivar of the host plant. These results are discussed in the context of tritrophic interactions and focus especially on the role of grape cultivar on parasitoid richness. We also suggest potential development of native parasitoid species in the implementation of biological control programs against L. botrana.
Published: 2010

10. The skill and style to model the evolution of resistance to pesticides and drugs

Author: BOURGUET, Denis, DELMOTTE, François, FRANCK, Pierre, GUILLEMAUD, Thomas, REBOUD, Xavier, VACHER, Corinne, WALKER, Anne Sophie, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions Biotiques et Santé Végétale, Biologie et Gestion des Adventices (BGA), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations ( CBGP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles ( PSH ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Biologie et Gestion des Adventices ( BGA ), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon ( ENESAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ), Biodiversité, Gènes & Communautés ( BioGeCo ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bordeaux ( UB ), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], PESTICIDES, EVOLUTION OF RESISTANCE, [SDV]Life Sciences [q-bio], RESISTANCE TO XENOBIOTICS, DRUGS, MATHEMATICAL MODELLING
Abstract: Resistance to pesticides and drugs led to the development of theoretical models aimed at identifying the main factors of resistance evolution and predicting the efficiency of resistance management strategies. We investigated the various ways in which the evolution of resistance has been modelled over the last three decades, by reviewing 187 articles published on models of the evolution of resistance to all major classes of pesticides and drugs. We found that (i) the technical properties of the model were most strongly influenced by the class of pesticide or drug and the target organism, (ii) the resistance management strategies studied were quite similar for the different classes of pesticides or drugs, except that the refuge strategy was mostly used in models of the evolution of resistance to insecticidal proteins, (iii) economic criteria were rarely used to evaluate the evolution of resistance and (iv) the influence of mutation, migration and drift on the speed of resistance development has been poorly investigated. We propose guidelines for the future development of theoretical models of the evolution of resistance. For instance, we stress the potential need to give more emphasis to the three evolutionary forces migration, mutation and genetic drift rather than simply selection.
Published: 2010

11. Host plant cultivar of the grapevine moth Lobesia botrana affects the life history traits of an egg parasitoid

Author: A. Richard, Denis Thiéry, Betty Benrey, Jérôme Moreau, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Zoologie, Université de Neuchâtel (UNINE), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Project funded by the National Centre of Competence in Research (NCCR) Plant Survival, a research programme of the Swiss National Science Foundation., Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Neuchâtel, Santé Végétale ( SV ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB )
Subjects: [ SDV.MP.PAR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Trichogramma evanescens, Parasitism, Lobesia botrana, Parasitoid, Botany, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Cultivar, Host size, Egg parasitoid, Larva, biology, Host (biology), fungi, food and beverages, biology.organism_classification, Tritrophic interaction, Horticulture, Host plant quality, Insect Science, embryonic structures, Agronomy and Crop Science, Trichogramma, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: 6 pages; International audience; The quality and susceptibility of insect eggs for egg parasitoids may be affected by the diet experienced by the females that produce the host eggs. We tested the hypothesis that the host plant fed upon by an herbivore during the larval stages will determine the quality of the eggs laid by the adult for an egg parasitoid. We used the tritrophic system comprising five grape cultivars, the European grapevine moth, Lobesia botrana and the parasitoid Trichogramma evanescens. Parasitoid performance in host eggs of different sizes and originating from five grape cultivars was determined. Overall, egg parasitism was higher on cultivars on which L. botrana laid larger eggs, which resulted in higher larval survival and faster development time of the wasps. One exception was found for the cultivar Pinot. Trichogramma wasps parasitized fewer eggs originating from females that fed on the Pinot cultivar as larvae despite good progeny performance (high survival and fast development time). The poor motivation of the parasitoid to oviposit in ‘‘Pinot” eggs could be a result of deterrence due to plant compounds ingested by the moth as a larva and transferred to the eggs, or lack of plant-derived compounds that stimulate oviposition in the parasitoid. Interestingly, within a cultivar, Trichogramma larval survivorship was higher in younger, smaller eggs than in older, larger ones. This effect however is confounded by the effect of the plant cultivar, since the host egg size varies among grape varieties. Overall, the results of this study support the hypothesis that an herbivore's host plant can influence the performance of its egg parasitoids.
Published: 2009

12. Larval host plant origin modifies the adult oviposition preference of the female European grapevine moth Lobesia botrana

Author: Betty Benrey, Denis Thiéry, J. Rahme, Jérôme Moreau, Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Zoologie, Université de Neuchâtel, Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), Project funded by the National Centre of Competence in Research (NCCR) Plant Survival, a research programme of the Swiss National Science Foundation., Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Neuchâtel (UNINE), Santé Végétale (SV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)
Subjects: Male, [ SDV.MP.PAR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Grapes, Oviposition, media_common.quotation_subject, Insect, Moths, Lobesia botrana, Life history theory, Sexual Behavior, Animal, Botany, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Animals, Vitis, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Cultivar, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Plant Diseases, media_common, Larva, biology, Host (biology), General Medicine, Oviposition choice, biology.organism_classification, Pupa, Horticulture, Female, PEST analysis, Natal habitat preference induction, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: 8 pages; International audience; According to the 'natal habitat preference induction' (NHPI) hypothesis, phytophagous insect females should prefer to lay their eggs on the host species on which they developed as larvae. We tested whether this hypothesis applies to the breeding behaviour of polyphagous European grapevine moth, Lobesia botrana, an important pest in European vineyards. We previously found that different grape cultivars affect several life history traits of the moth. Because the different cultivars of grapes are suspected to provide different plant quality, we tested the NHPI hypothesis by examining oviposition choice of L. botrana among three Vitis vinifera cultivars (Pinot, Chasselas and Chardonnay). In a choice situation, females of L. botrana that had never experienced grapes were able to discriminate between different grape cultivars and preferentially selected Pinot as an oviposition substrate. This 'naive' preference of oviposition could be modified by larval environment: Females raised on grapes as larvae preferred to lay eggs on the cultivar that they had experienced. Furthermore, experience of the host plant during adult emergence could be excluded because when pupae originating from our synthetic diet were exposed to grapes, the emerging adults did not show preference for the cultivar from which they emerged. The NHPI hypothesis that includes the two sub-hypothesis "Hopkins host selection principle" and "chemical legacy" may thus be relevant in this system.
Published: 2008

13. Grape variety affects female but also male reproductive success in wild European grapevine moths

Author: Jean-Philippe Troussard, Jérôme Moreau, Denis Thiéry, Betty Benrey, Laboratoire d'Entomologie Evolutive, Université de Neuchâtel (UNINE), Université de Bourgogne (UB), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Project funded by the National Centre of Competence in Research (NCCR) ‘Plant Survival', a research programme of the Swiss National Science Foundation, Laboratoire d'Entomologie Evolutive - Institut de Zoologie, Université de Neuchâtel, Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), and Laffont, Rémi
Subjects: 0106 biological sciences, Tortricidae, Female reproductive output, [ SDV.MP.PAR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], Zoology, Lobesia botrana, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Lepidoptera genitalia, host plant, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Mating, male reproductive output, media_common, Herbivore, Ecology, biology, Reproductive success, fungi, food and beverages, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Fecundity, biology.organism_classification, grapevine, 010602 entomology, Insect Science, Reproduction, [SDV.MP.PAR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: 7 pages; International audience; 1. For insect herbivores the quality of the larval host plant is a key determinant of their fitness. Only little attention, however, has been given to the effects of plants on mating success of males and its consequence for the reproductive output of their mates. In addition, almost all the studies that have investigated the influence of host plants on herbivore fitness components have been done in the laboratory, and less is known of these effects in natural conditions. 2. Using the phytophagous European grapevine moth ( Lobesia botrana Den. & Schiff., Lepidoptera: Tortricidae), we tested the influence of grape cultivars as larval food on the probability of acquiring a mate for both sexes, and on the reproductive output of females and males. 3. Results from this study stress the importance of larval host plants on the reproductive success of both sexes. Larval diet differentially affected mating success and reproductive output of male and female moths. Fecundity, egg size, and egg hatchability were significantly different when larvae were fed on particular grape cultivars. 4. A given cultivar that is of poor quality for females is generally also of poor quality for males. A cultivar, however, could be suitable for females but not for males and viceversa. Apparently, the nutrients required for adult reproduction are not necessarily the same for males and females. 5. The important conclusion from this study is that evaluating the differential effect of host-plant species on traits associated with reproductive success of herbivores requires that the effects on both sexes be taken into account.
Published: 2007

14. Grape cultivar affects larval and female fitness of the European grapevine moth, Lobesia botrana (Lepidoptera: Tortricidae)

Author: Denis Thiéry, Jérôme Moreau, ProdInra, Migration, Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Biogéosciences [UMR 5561] [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), G.C. Lozzia, Laffont, Rémi, Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), and Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], INSECTE, larval food, [SDV]Life Sciences [q-bio], Fitness, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, population dynamics, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, LOBESIA BOTRANA, LEPIDOPTERA, grape cultivar, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: 8 pages; International audience
Published: 2006

15. Assessing larval food quality for phytophagous insects: are the facts as simple as they appear?

Author: Betty Benrey, Denis Thiéry, Jérôme Moreau, Laboratoire d'Entomologie Evolutive - Institut de Zoologie, Université de Neuchâtel (UNINE), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Project partially funded by the National Centre of Competences in Research (NCCR) Plant Survival from the Swiss National Science Foundation, Université de Neuchâtel, Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Santé Végétale ( SV ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB )
Subjects: 0106 biological sciences, Female reproductive output, media_common.quotation_subject, Fertility, Lobesia botrana, Trade-off, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Mating, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, media_common, grapes, trade-off, Larva, Herbivore, biology, Ecology, fungi, Longevity, food and beverages, biology.organism_classification, Fecundity, 010602 entomology, larval performance, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: 9 pages; International audience; We argue here that host plant quality affects many life-history traits of herbivorous insects and these traits often interact. Studies that look only at a limited number of traits often fail to determine the overall effect of plant quality on larval performance and adult fitness. Parameters such as mating success and adult longevity are frequently neglected even though they are affected by larval feeding and are crucial to overall fitness. To illustrate this, we examined a whole suite of life-history traits of the moth Lobesia botrana after rearing larvae of this grape pest on three different grape cultivars. Development time, mating success, fecundity, egg size and fertility were differentially affected by the cultivar on which the larvae were reared. Our results highlight that decreased fecundity can be balanced by an increase in egg size and fertility. Throughout this study, we emphasize that drawing conclusions about larval food quality can be spurious when based on too few life-history traits. Therefore, it is essential to study all fitness related life-history traits to fully understand the effects of larval food quality on herbivore fitness.
Published: 2006

16. Differences in nutritional quality of parts of Vitis vinifera berries affect fitness of the European grapevine moth

Author: Denis Thiéry, Jérôme Moreau, Betty Benrey, Xavier Arruego, Institut de Zoologie, Université de Neuchâtel (UNINE), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Partially supported by a Swiss national Fundation grant NCCR and by the Comité Interprofessionnel des Vins de Bordeaux, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laffont, Rémi, Université de Neuchâtel, Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Santé Végétale ( SV ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB )
Subjects: 0106 biological sciences, Tortricidae, [ SDV.MP.PAR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, animal structures, Berry, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, Vitaceae, Lobesia botrana, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Lepidoptera genitalia, Botany, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], adult performance, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, grapes, Larva, biology, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], fungi, food and beverages, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, diet quality, biology.organism_classification, Fecundity, Lepidoptera, 010602 entomology, Horticulture, [ SDV.BID.EVO ] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Insect Science, PEST analysis, [SDV.MP.PAR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, larval performance, insect-plant relationships, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; The European grapevine moth, Lobesia botrana (Denis & Schiffermuller) (Lepidoptera: Tortricidae), is a major grapevine pest in Europe. The larva is polyphagous and able to develop on more than 25 plant species, several of them being more suitable than Vitaceae for the fitness of L. botrana. Larvae normally eat the pulp of the berry, but may also consume the seeds according to the development stage of the berry and the larval density per bunch. Understanding the effect on individual fitness of such feeding behaviour is important to assess how suitable the different berry tissues are for this insect. We offered to the larvae either entire berries, seeds, or pulp with skin of the variety Vitis vinifera cv. 'Cabernet Sauvignon' as larval food in order to assess several life history traits from egg hatching to adult death. Two control groups were raised on semisynthetic diets, offering a low (no plant material) or a higher (with corn flour) nutritive value medium. The larvae performed differently when fed on diets containing different parts of berries. The larvae fed on a diet containing grape berry seeds had a prolonged development time and showed higher mortality. The females emerging from these larvae had a lower fecundity and mating success than the females emerging from larvae fed on diets containing other parts of the berries. However, their longevity was greater in comparison to the other groups. We conclude that seeds of Cabernet Sauvignon are not toxic to larvae but affect the reproductive life history traits in L. botrana.
Published: 2006

17. Comparison of two modeling approaches to simulate rice production in the Camargue region using Sentinel 2 data

Author: Fabrice Flamain, Emile Ndikumana, Valérie Demarez, D. Ho Tong Minh, Dominique Courault, Françoise Ruget, Laure Hossard, Nicolas Baghdadi, Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'études spatiales de la biosphère (CESBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Alimentation (UMR Innovation), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Territoires, Environnement, Télédétection et Information Spatiale (UMR TETIS), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), and IEEE Geoscience and Remote Sensing Society (GRSS). USA.
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, 0211 other engineering and technologies, 02 engineering and technology, Agricultural engineering, 01 natural sciences, lai, stics, High spatial resolution, Production (economics), Lack of knowledge, Leaf area index, 021101 geological & geomatics engineering, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, region, business.industry, 15. Life on land, yield, simulation, Remote sensing (archaeology), Agriculture, Environmental science, Scale (map), business, Cropping, farm
Abstract: International audience; The assessment of yield variability at the territory scale is often difficult due to the lack of knowledge on various factors involved, e.g., the agricultural practices of farmers and phenological calendars. Remote sensing can help to provide precise and timely information on crops particularly with the unprecedented amount of free Sentinel data within the Copernicus programme. This study focuses on the evaluation of the contribution of the new Sentinel 2 data to provide phenological information on rice cropping systems in the Camargue region in the South-Eastern France. Dense time series of data acquired at high spatial resolution (10m) were analyzed for 2016 and 2017 and were used to map rice, compute Leaf Area Index. Various methods combining remote sensing information were compared with two different crop models (STICS and SAFY) to assess the yields. The performances are discussed according to surveys made with farmers.
Published: 2019

18. Age of metamorphism and deformation in the Montagne Noire dome (French Massif Central): Tapping into the memory of fine-grained gneisses using monazite U-Th-Pb geochronology

Author: Jean-Louis Paquette, Donna L. Whitney, Patrice Rey, Jean Patrick Respaut, Françoise Roger, Christian Teyssier, Géosciences Montpellier, Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université des Antilles (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Geology and Geophysics (DGG), University of Minnesota [Twin Cities] (UMN), University of Minnesota System-University of Minnesota System, Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), The University of Sydney, Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Minnesota [Twin Cities], Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé Végétale (SV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)
Subjects: Exhumation of partially molten crust, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Geochemistry, Metamorphism, 010502 geochemistry & geophysics, Fine grained gneisses, 01 natural sciences, Dome (geology), Monazite U-Th-Pb dating, [SDU.STU.GC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geochemistry, Eclogitization, 0105 earth and related environmental sciences, Earth-Surface Processes, [SDU.STU.TE]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Tectonics, geography, geography.geographical_feature_category, Migmatite dome, Massif, Montagne Noire, Geophysics, Monazite, Geochronology, High-T deformation, France, Shear zone, Geology, Gneiss
Abstract: International audience; Recent work has revealed that the Montagne Noire dome, located in the foreland of the Variscan belt (French Massif Central), contains a record of nearly coeval, late Variscan eclogitization and migmatization. Given these new results, it is important to understand the chronology of events that produced high-grade metamorphism and exhumation. Using U-Th-Pb dating of monazite, this study confirms ages of ~315–300 Ma for high-T metamorphism in the augen gneiss that makes up a large fraction of the Montagne Noire dome, and documents for the first time ~295 Ma monazite ages in compositionally varied fine-grained gneisses that form folded continuous layers within the core of the dome. The fine-grained gneiss layers are intensely sheared and are interpreted to have localized late, high-T deformation in the core of the dome. These sheared fine-grained gneisses form a network of shear zones that were kinematically linked to the extensional and strike-slip deformation zones that exhumed the Montagne Noire dome in a pull-apart (s.l.) domain. Continued deformation-recrystallization and fluid flow within these shear zones likely drove rejuvenation of monazite for ~5 million years after much of the melt had crystallized in the Montagne Noire dome.
Published: 2020

19. Small Bottleneck Size in a Highly Multipartite Virus during a Complete Infection Cycle

Author: Frédéric Fabre, Yannis Michalakis, Gaël Thébaud, Mircea T. Sofonea, Romain Gallet, Anne Sicard, Stéphane Blanc, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), French national research funding agency (ANR-Nano) : ANR-14-CE02-0014-01, SPE department of INRA, IRD research institute, CNRS research institute, and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)
Subjects: 0301 basic medicine, bottleneck, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, Biology, Microbiology, Genome, Bottleneck, law.invention, 03 medical and health sciences, Genetic drift, Effective population size, law, Virology, aphid transmission, Animals, Plant Diseases, Aphid, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], Host (biology), Nanovirus, food and beverages, FBNSV, biology.organism_classification, Insect Vectors, Vicia faba, Multipartite, 030104 developmental biology, Transmission (mechanics), Genetic Diversity and Evolution, Evolutionary biology, Aphids, Insect Science, DNA, Viral, multipartite virus, effective population size
Abstract: Multipartite viruses package their genomic segments independently and thus incur the risk of being unable to transmit their entire genome during host-to-host transmission if they undergo severe bottlenecks. In this paper, we estimated the bottleneck size during one infection cycle of Faba bean necrotic stunt virus (FBNSV), an octopartite nanovirus whose segments have been previously shown to converge to particular and unequal relative frequencies within host plants and aphid vectors. Two methods were used to derive this estimate, one based on the probability of transmission of the virus and the other based on the temporal evolution of the relative frequency of markers for two genomic segments, one frequent and one rare (segment N and S, respectively), both in plants and vectors. Our results show that FBNSV undergoes severe bottlenecks during aphid transmission. Further, even though the bottlenecks are always narrow under our experimental conditions, they slightly widen with the number of transmitting aphids. In particular, when several aphids are used for transmission, the bottleneck size of the segments is also affected by within-plant processes and, importantly, significantly differs across segments. These results indicate that genetic drift not only must be an important process affecting the evolution of these viruses but also that these effects vary across genomic segments and, thus, across viral genes, a rather unique and intriguing situation. We further discuss the potential consequences of our findings for the transmission of multipartite viruses. IMPORTANCE Multipartite viruses package their genomic segments in independent capsids. The most obvious cost of such genomic structure is the risk of losing at least one segment during host-to-host transmission. A theoretical study has shown that for nanoviruses, composed of 6 to 8 segments, hundreds of copies of each segment need to be transmitted to ensure that at least one copy of each segment was present in the host. These estimations seem to be very high compared to the size of the bottlenecks measured with other viruses. Here, we estimated the bottleneck size during one infection cycle of FBNSV, an octopartite nanovirus. We show that these bottlenecks are always narrow (few viral particles) and slightly widen with the number of transmitting aphids. These results contrast with theoretical predictions and illustrate the fact that a new conceptual framework is probably needed to understand the transmission of highly multipartite viruses.
Published: 2018

20. Promises and challenges in insect-plant interactions

Author: David Giron, Marion O. Harris, Todd M. Palmer, Sylvain Pincebourde, Franck Dedeine, Géraldine Dubreuil, Noah K. Whiteman, Jean-Christophe Simon, Atsushi Kawakita, Isgouhi Kaloshian, John S. Terblanche, Aurélien Sallé, Marcel Dicke, Theodora Petanidou, Michael Poulsen, Carlos Lopez-Vaamonde, Lee A. Dyer, Elisabeth Huguet, H. Arthur Woods, Alison E. Bennett, Denis Thiéry, Matthias Erb, Institut de recherche sur la biologie de l'insecte UMR7261 (IRBI), Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Evolution, Ecology, and Organismal Biology, Ohio State University [Columbus] (OSU), Laboratory of Entomology, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), University of Nevada, Partenaires INRAE, Institute of Plant Sciences, University of Bern, North Dakota State University (NDSU), Department of Nematology, University of California, Center for Ecological Research, Kyoto University [Kyoto], Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Biology [Gainesville] (UF|Biology), University of Florida [Gainesville] (UF), Research Centre, University of the Aegean, Centre for Social Evolution (CSE), Department of Biology [Copenhagen], Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-Department of Plant and Environmental Sciences [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures (LBLGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Orléans (UO), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Stellenbosch University, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Department of Integrative Biology, Division of Biological Sciences [San Diego], University of California [San Diego] (UC San Diego), University of California-University of California, Centre National de la Recherche Scientifique, Université François-Rabelais, Institut National de la Recherche Agronomique, European Cooperation in Science and Technology, WILEY, British Ecological Society, 2014-00094521, Région Centre Val-de-Loire, MIDI network and the Féri Network, Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), School of agriculture, Université de Berne, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Department of Geography, Department for Food Chemistry, National Food Institute, Danish Technical University, Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), University of Montana, University of South Carolina, University of South Carolina [Columbia], COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Entomology, Wageningen University, Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), University of Nevada [Las Vegas] (WGU Nevada), UCR - University of California (Riverside), Zoologie Forestière, University of Copenhagenn, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), INRA Villenave d'Ornon, University of California [Berkeley], Berkeley University of California (UC BERKELEY), This research was partly supported by LE STUDIUM - Institute for Advanced Studies, Loire Valley, Orléans, France, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Tours, French National Institute for Agricultural Research (INRA), Region Centre-Val de Loire 2014-00094521, European Cooperation in Science & Technology (COST) program, Wiley, MIDI network, Feri Network, University of California (UC), Kyoto University, Department of Plant and Environmental Sciences [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-Department of Biology [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, School of Biological Sciences [Univ California San Diego] (UC San Diego), and University of California (UC)-University of California (UC)
Subjects: 0301 basic medicine, Environmental change, Research areas, [SDV]Life Sciences [q-bio], multitrophic interactions, Biology, 03 medical and health sciences, Multitrophic interactions, Basic research, forests and agroecosystems, Thermal ecology, Community ecology, ecological networks, Technical skills, Laboratory of Entomology, thermal ecology, Global change, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, global change, symbionts, plant response, Mutualism (biology), Evolutionary genomics, evolutionary genomics, Technological evolution, Environmental ethics, Adaptive response, Symbionts, PE&RC, Laboratorium voor Entomologie, insect effectors, Forests and agroecosystems, Ecological network, Phylogenetics, phylogenetics, Insect effectors, 030104 developmental biology, 13. Climate action, Insect Science, Ecological networks, Plant response, EPS, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, community ecology
Abstract: International audience; There is tremendous diversity of interactions between plants and other species. These relationships range from antagonism to mutualism. Interactions of plants with members of their ecological community can lead to a profound metabolic reconfiguration of the plants’ physiology. This reconfiguration can favour beneficial organisms and deter antagonists like pathogens or herbivores. Determining the cellular and molecular dialogue between plants, microbes, and insects, and its ecological and evolutionary implications is important for understanding the options for each partner to adopt an adaptive response to its biotic environment. Moving forward, understanding how such ecological interactions are shaped by environmental change and how we potentially mitigate deleterious effects will be increasingly important. The development of integrative multidisciplinary approaches may provide new solutions to the major ecological and societal issues ahead of us. The rapid evolution of technology provides valuable tools and opens up novel ways to test hypotheses that were previously unanswerable, but requires that scientists master these tools, understand potential ethical problems flowing from their implementation, and train new generations of biologists with diverse technical skills. Here, we provide brief perspectives and discuss future promise and challenges for research on insect–plant interactions building on the 16th International Symposium on Insect–Plant interactions (SIP) meeting that was held in Tours, France (2–6 July 2017). Talks, posters, and discussions are distilled into key research areas in insect–plant interactions, highlighting the current state of the field and major challenges, and future directions for both applied and basic research.
Published: 2018

21. Extreme wildfire events are linked to global-change-type droughts in the northern Mediterranean

Author: Ruffault, Julien, Curt, Thomas, Martin St-Paul, Nicolas, Moron, Vincent, Trigo, Ricardo M., Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), INRA - Avignon (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Instituto Dom Luiz, Universidade de Lisboa (ULISBOA), ANR-11-IDEX-0001-02/11-LABX-0061,OTMed,Objectif Terre : Bassin Méditerranéen(2011), ANR-11-IDEX-0001-02/11-IDEX-0001,AMIDEX,AMIDEX(2011), Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-11-IDEX-0001,Amidex,INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE(2011), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM), IRI, Columbia University [New York], Universidade Técnica de Lisboa, ANR-11-IDEX-0001-02, ANR-11-LABEX-0061, FAPESP/FCT Project Brazilian Fire-Land-Atmosphere System (BrFLAS), FAPESP/1389/2014 FCT 2015/01389-4, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Universidade de Lisboa = University of Lisbon (ULISBOA)
Subjects: incendie de forêt, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Environmental and Society, changement global, Environnement et Société, réchauffement climatique, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, climatologie régionale, bassin méditerranéen, sécheresse, forest fire, résistance à la sécheresse
Abstract: [Departement_IRSTEA]Territoires [TR1_IRSTEA]SEDYVIN [ADD1_IRSTEA]Adaptation des territoires au changement global; International audience; Increasing drought conditions under global warming are expected to alter the frequency and distribution of large and high-intensity wildfires. However, our understanding of the impact of increasing drought on extreme wildfires events remains incomplete. Here, we analyzed the weather conditions associated with the extreme wildfires events that occurred in Mediterranean France during the exceptionally dry summers of 2003 and 2016. We identified that these fires were related to two distinct shifts in the fire weather space towards fire weather conditions that had not been explored before and resulting from specific interactions between different types of drought and different fire weather types. In 2016, a long-lasting "press drought" intensified wind-driven fires. In 2003, a "hot drought" combining a heat wave with a press drought intensified heat-induced fires. Our findings highlight that increasing drought conditions projected by climate change scenarios might affect the dryness of fuel compartments and lead to a higher frequency of extremes wildfires events.
Published: 2018

22. Reducing activity, glucose metabolism and acid tolerance response of Bacillus cereus grown at various pH and oxydo-reduction potential levels

Author: Michel Jobin, Philippe Schmitt, Sylvie Sérino, Julien Le Lay, Halim Bahloul, Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and French National Research Agency (ANR) grant under the ALID program, Food-Redox project ANR-11-ALID-0001
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], glucose metabolism, Metabolite, Bacillus cereus, Oxidative phosphorylation, Escherichia-coli, Carbohydrate metabolism, survival, Microbiology, Redox, redox potential, stress, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Listeria-monocytogenes, cytoplasmic pH, Formate, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, vegetative cell, acid stress, 2,3-butanediol, Metabolism, Hydrogen-Ion Concentration, biology.organism_classification, thermal stress, Culture Media, Glucose, chemistry, Cereus, Biochemistry, Lactococcus-lactis, redox, Acids, Oxidation-Reduction, enterotoxin, Food Science
Abstract: International audience; Bacillus cereus is a major foodborne bacterial pathogen able to survive a large number of physical-chemical stresses. B. cereus encounters different pH and redox potential (E-h7) levels during its passage through the gastrointestinal tract. Analysis of the combined influence of pH and redox stresses on B. cereus F4430/73 physiology found that B. cereus F4430/73 growth at pH 7.0 at 37 degrees C had strong reducing capacities, with a total change of 315 mV from an initial redox value of +214 +17 mV. The combination of low E-h7 and low pH led to a drastic reduction of growth parameters compared to oxidative E-h7 and neutral pH. Metabolic analysis showed that low pH significantly modifies glucose fermentative metabolism, with changes including decreased production of acid metabolite (acetate, lactate, formate) and increased production of 2,3-butanediol. Low E-h7 slightly enhanced the acid-tolerance response of B. cereus whereas low pH pre-adaptation led to thermal stress cross-protection. These results highlight new mechanisms that bring fresh insight into B. cereus pH and redox stress adaptations.
Published: 2015

23. Le rôle des plantes sauvages en bordure des parcelles dans la régulation des ravageurs

Author: Armin Bischoff, Antoine Gardarin, Pollier, A., Odorizzi Dos Santos, L., Albert, L., Lefèvre, M., Sarah Labruyere, Yann Tricault, Pierre Franck, Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agronomie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, AGROCAMPUS OUEST, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Insitut Français des Productions Cidricoles (IFPC), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, ProdInra, Migration, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, ennemi naturel, control biologique par conservation, habitat semi-naturel, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, composition floristique, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, diversité végétale
Abstract: Prod 2017-344g SPE équipe EA GESTAD INRA; National audience; Les habitats semi-naturels en bordure des parcelles agricoles sont censés jouer un rôle clé dans la régulation des ravageurs des cultures via notamment une augmentation de la diversité végétale locale. La communauté végétale influence la survie et la performance des ennemis naturels des ravageurs en leur fournissant des ressources alimentaires (nectar, pollen, proies alternatives) et des abris. Un effet positif de la végétation en bordure a été aussi démontré pour la régulation des adventices par les carabes granivores (Labruyère et al. 2016). Cependant l’effet positif sur les ennemis naturels ne se traduit pas toujours par une réduction de l’abondance des ravageurs ou adventives. L’identification des mécanismes écologiques impliqués dans les interactions complexes entre les plantes de bordure, les ennemis naturels et les ravageurs/adventices est indispensable afin d’améliorer ce service écosystémique dans une démarche de l’ingénierie agro-écologique. Nous présentons plusieurs études qui ont été menées dans le cadre du projet PEERLESS et des projets associés. Ces études avaient pour objectif de (1) tester l’influence de la communauté végétale sur la régulation des ravageurs des cultures et (2) identifier les groupes fonctionnels de la végétation qui influencent la régulation, (3) analyser les déplacements des ennemis naturels entre la végétation des bordures et l’intérieur des parcelles agricoles et (4) évaluer les effets de différents aménagements de bordures (bandes fleuries et enherbées, haies) sur les populations d’auxiliaires et de bioagresseurs. Les travaux ont été réalisés dans les parcelles agricoles des régions Pays-de-la-Loire, Bretagne, Îlede- France, Bourgogne et Provence-Alpes-Côte d’Azur. Pour la plupart des études, la composition floristique de la végétation a été caractérisée en même temps que l’abondance des ravageurs principaux et de leurs ennemis naturels. Différentes méthodes de marquage (protéique, isotopique) ont été utilisées pour tracer les déplacements des insectes. Les études ont permis d’identifier les groupes fonctionnels et les espèces végétales au sein de ces groupes qui sont positivement/négativement corrélés à la régulation de plusieurs groupes des ravageurs. En particulier, les espèces entomophiles qui fleurissement lors de l’infestation maximale des ravageurs principaux ont un effet positif sur l’abondance des ennemis naturels ce qui se traduit par une augmentation de prédation et de parasitisme (Bischoff et al. 2016, Pollier et al in revision). Les méthodes de marquage ont réussi de tracer les déplacements des insectes ciblés. Les parasitoïdes ayant consommé le nectar C13 fournit par les plantes marquées en bordure d’une parcelle de colza ont été retrouvés à une distance de 20m à l’intérieur (Pollier et al. 2016). Le marquage des bordures avec la protéine de l’oeuf (ovalbumine) a démontré les déplacements des carabes et des araignées sur toute la surface d’un verger. Cependant des grandes différences de mobilité entre habitat semi-naturel et cultures adjacentes ont été mises en évidence entre groupes et espèces d’ennemis naturels (Lefèbvre et al. 2017). Les tests d’aménagement des bordures ont confirmé l’effet positif des habitats riches en ressources florales (mélanges fleuris) sur la régulation des ravageurs. Les haies et les mélanges de graminées (« bandes enherbées ») sont moins favorables à la prédation et le parasitisme des ravageurs (Albert et al. 2017). Néanmoins, les habitats pauvres en ressources florales peuvent abriter les ennemis naturels qui ne dépendent pas directement du nectar ou du pollen.
Published: 2017

24. No evidence of an immune adjustment in response to a parasitoid threat in Lobesia botrana larvae

Author: Lionel Delbac, Fanny Vogelweith, Denis Thiéry, Jérôme Moreau, Yannick Moret, Behavioral Ecology and Social Evolution Group, Johannes Gutenberg - University of Mainz (JGU)-Institute of Organismic and Molecular Evolution, Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Study supported by the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the Conseil Regional of Bourgogne, and the Alexander von Humboldt Foundation., ANR-07-JCJC-0134,IMM-PRIMING,Evolutionary ecology and mechanisms of trans-generational immune priming in insects(2007), ANR-08-JCJC-0006,Trans-immunity(2008), Institute of Organismic and Molecular Evolution-Johannes Gutenberg - Universität Mainz (JGU), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Johannes Gutenberg - University of Mainz ( JGU ) -Institute of Organismic and Molecular Evolution, Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) ( UMR SAVE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ) -Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), ANR-07-JCJC-0134,IMM-PRIMING,Evolutionary ecology and mechanisms of trans-generational immune priming in insects ( 2007 ), and ANR-08-JCJC-0006,Trans-immunity ( 2008 )
Subjects: 0106 biological sciences, [ SDV.MP.PAR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Hemocytes, Plasticity, Physiology, media_common.quotation_subject, Wasps, Insect, Moths, Lobesia botrana, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, [SDV.IMM.II]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity, Parasitoid, Immune system, Common species, Immunity, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Animals, [ SDV.IMM ] Life Sciences [q-bio]/Immunology, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, media_common, Larva, Enzyme Precursors, biology, Grapevine moth, Ecology, Prophylaxis, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], fungi, Campoplex capitator, biology.organism_classification, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, 010602 entomology, Phytomiptera nigrina, Insect Science, Insect immunity, Insect Proteins, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, PEST analysis, Catechol Oxidase, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: 5 pages; International audience; Immune function is a key determinant of an organism's fitness, and natural insect populations are highly variable for this trait, mainly due to environmental heterogeneity and pathogen diversity. We previously reported a positive correlation between infection prevalence by parasitoids and host immunity in natural populations of the vineyard pest Lobesia botrana. Here, we tested whether this correlation reflects a plastic adjustment of host immunity in response to the local presence of parasites. To this end, we measured immunity of non-parasitized L. botrana larvae exposed, respectively, to one of the two most common species of parasitoids in vineyards, over 6days. Larvae were able to sense the parasitoid through visual, chemical, or mechanical cues, but contact larvae-parasitoid were excluded. Contrary to our hypothesis, we found that L. botrana larvae did not increase their immune defenses in the presence of parasitoids, despite their ability to sense a potential threat. Our results therefore suggest that the positive correlation between infection prevalence by parasitoids and L. botrana immunity among natural populations may result from micro-evolutionary changes resulting from long-term local selection pressures imposed by parasitoids in wild populations rather than plastic adjustments of immunity.
Published: 2017

25. Improved genome sequence of Diplodia seriata, a tool for comparative genomics of Diplodia species

Author: Guillaume Robert, Vallet, J., Eliane ABOU MANSOUR, Xu, J., Patrice Rey, Bertsch, C., Cecília Rego, Larignon, P., Fontaine, F., Marc-Henri Lebrun, ProdInra, Archive Ouverte, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Université de Fribourg, BGI-Shenzhen, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA)), Institut supérieur d'Agronomie, Tapada da Ajuda, Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, University of Fribourg, BGIShenzhen, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Institut Français de la Vigne et du Vin Pôle Rhône-Méditerranée, Unité de Recherche Vigne et Vins de Champagne Stress et Environnement - EA 4707 (URVVC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR Condorcet, and Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], Botryosphaeriaceae, [SDV]Life Sciences [q-bio], Ascomycotina, grapevine, diseases
Abstract: The Ascomycotina Diplodia seriata is one of the causal agent of grapevine trunk diseases. Here, we present an improved genome sequence of D. seriata isolate F98.1, isolated in 1998 at Perpignan (France) from the trunk of a diseased grapevine. D. seriata is one of the most common Botryosphaeriaceae species associated with grapevine trunk diseases. This species is also frequently isolated from woody tissues of trees such as Acer sp., Prunus sp. or Quercus sp.. Sequencing was performed using Illumina HiSeq 2500 at a coverage of 270 X. Assembly with SOAPdenovo 1.05 led to 512 contigs and 112 scaffolds (37.27 Mb, GC%: 56.8). This high quality genome (Scaffold N50, 2.9 Mb; Min scaffold length, 1.007 bp; gaps, 250 kb) has 13 scaffolds with a size higher than 1 Mb (90% of total sequence), likely corresponding to chromosomes. Using GLEAN, 8.087 CDS were identified, 93 % being supported by RNAseq (mycelium on PDB or MM for 4 days). Recently, the genome sequence of D. seriata isolate DS831 from an infected grapevine (USA, 2011) was released. The genome size of DS831 (37.13 Mb) is almost similar to F98.1. However, its assembly is 5 times more fragmented (1391 contigs, 695 scaffolds) and it carries 9398 CDS. Bidirectional best blast hit (BDBH) analysis revealed that 82% of F98.1 and DS831 CDS are similar, 1507 genes are specific to F98.1 strain, and 2763 are specific to DS831 strain. Using Blast, we showed that 2686 (97.2%) of DS831 apparently specific genes were present in F98.1 genome sequence, and reversely 1440 (95.6%) of F98.1 apparently specific genes are present in DS831 genome sequence. Therefore, the difference in CDS numbers between DS831 and F98.1 is likely a consequence of using different annotation software (Glean vs Augustus). Fusion of two annotation leads to a total of 10,500 genes. The genomes of the two species Diplodia sapinea and Diplodia scrobiculata closely related to D. seriata have been sequenced. These two genome have a size of, respectively, 36,97 and 35,85 Mb, and 13020 and 13624 genes respectively. These differences could reflect recent massive gene losses in D. seriata.
Published: 2017

26. VITAMIN D SUPPLEMENTATION ASSOCIATED WITH LIFESTYLE INTERVENTION ENHANCED THE LOSS OF ABDOMINAL FAT MASS IN OBESE ADOLESCENTS: A DOUBLE-BLIND RANDOMIZED CONTROLLED TRIAL (NCT02400151)

Author: Amiot-Carlin, Marie Josephe, Morrissey, Christopher, Vinet, Agnes, Marchés, Organisations, Institutions et Stratégies d'Acteurs (UMR MOISA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), EA 4278, laboratoire de Pharm-Ecologie Cardiovasculaire (LaPEC ), Avignon Université (AU), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), EA4278 Laboratoire de Pharm-Ecologie Cardiovasculaire (LaPEC), Marchés, Organisations, Institutions et Stratégies d'Acteurs, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), International Union of Nutritional Sciences (IUNS). INT., Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Beaussier, Catherine
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, obesity, adiposity, inflammation, adolescent, [SDE]Environmental Sciences, [SDU.STU] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, [SDU.STU]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, [SDU.ENVI] Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Cholecalciferol, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: International audience; no abstract
Published: 2017

27. Spatial and temporal pattern analyses of Esca grapevine disease in vineyards in France

Author: Shuxian Li, Lucia Guerin-Dubrana, Joël Chadoeuf, Anne Gégout-Petit, Florent Bonneu, Delphine Picart, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Avignon Université (AU), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions Sol Plante Atmosphère (UMR ISPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Institut Élie Cartan de Lorraine (IECL), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), EA2151 Laboratoire de Mathématiques d'Avignon (LMA), INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées (Unité MIAJ), Biology, genetics and statistics (BIGS), Inria Nancy - Grand Est, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut Élie Cartan de Lorraine (IECL), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Vine, Farms, Plant Science, Large range, Biology, 01 natural sciences, Vineyard, 03 medical and health sciences, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Statistical analyses, Vitis, Spatial dependence, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Plant Diseases, 2. Zero hunger, Spatial structure, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, 030104 developmental biology, Distribution pattern, Spatial ecology, France, fungal disease, Agronomy and Crop Science, Cartography, join count statistics, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; To assess the capacity of esca to spread within vineyards of the Bordeaux region, over 8 years of annual records, containing between 1,200 and 2,300 contiguous Cabernet Sauvignon vines from 15 mature vineyards, were used for spatial statistical analyses. A group of non-parametric tests, based on join count statistics and on permutation methods, was developed to characterize the spatial structure of esca-symptomatic vines in terms of spread in any direction or within-row only. Among vineyards, a large range of spatial patterns, from random to strongly structured, associated with various prevalence rates that increased over time, were observed. In four vineyards, the complex esca distribution pattern indicated different levels of clustering. By contrast, in other vineyards, only small clusters of two adjacent symptomatic vines were observed, and they were localized along rows, without enlargement over time, except in one vineyard. An analysis of spatial dependence between previously- and newly-symptomatic vines within k-order neighborhoods (k = 1 to 5), showed, for 5 of the 15 vineyards, that the newly-symptomatic vines were located close to previously-infected vines, without a favored orientation or neighbor order. All the results together suggested a limited potential for secondary local spread from neighboring symptomatic vine.
Published: 2017

28. Is the rapid post-mating inhibition of pheromone response triggered by ecdysteroids or other factors from the sex accessory glands in the male moth Agrotis ipsilon?

Author: David Siaussat, Marie-Cécile Dufour, Cyril Gaertner, Annick Maria, Catherine Blais, Line Duportets, Christophe Gadenne, Simon Vitecek, Stéphane Debernard, Physiologie de l'Insecte : Signalisation et Communication (PISC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-AgroParisTech, Physiologie de l'Insecte, Signalisation et Communication [Versailles] (PISC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Laboratoire Récepteurs et Canaux Ioniques Membranaires (RCIM), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Récepteurs et Canaux Ioniques Membranaires (RCIM)
Subjects: Male, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 0106 biological sciences, male moths, medicine.medical_specialty, 20-Hydroxyecdysone, Agrotis ipsilon, Olfaction, Moths, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Sexual Behavior, Animal, 03 medical and health sciences, Behavioral Neuroscience, chemistry.chemical_compound, Endocrinology, Internal medicine, Copulation, Testis, Hemolymph, medicine, Animals, Sex Attractants, Mating, 030304 developmental biology, Neurons, 0303 health sciences, Ecdysteroid, biology, Endocrine and Autonomic Systems, Brain, Ecdysteroids, biology.organism_classification, mating, Ecdysterone, chemistry, plasticity, Sex pheromone, Female, 20-hydroxyecdysone, Hormone
Abstract: In many animals, male copulation is dependent on the detection and processing of female-produced sex pheromones, which is generally followed by a sexual refractory post-ejaculatory interval (PEI). In the male moth, Agrotis ipsilon, this PEI is characterized by a transient post-mating inhibition of behavioral and central nervous responses to sex pheromone, which prevents males from re-mating until they have refilled their reproductive tracts for a potential new ejaculate. However, the timing and possible factors inducing this rapid olfactory switch-off are still unknown. Here, we determined the initial time delay and duration of the PEI. Moreover, we tested the hypothesis that the brain, the testis and/or the sex accessory glands (SAGs) could produce a factor inducing the PEI. Lastly, we investigated the possible involvement of ecdysteroids, hormones essential for development and reproduction in insects, in this olfactory plasticity. Using brain and SAG cross-injections in virgin and newly-mated males, surgical treatments, wind tunnel behavioral experiments and EIA quantifications of ecdysteroids, we show that the PEI starts very shortly after the onset of copulation, and that SAGs contain a factor, which is produced/accumulated after copulation to induce the PEI. Moreover, SAGs were found to be the main source of ecdysteroids, whose concentration decreased after mating, whereas it increased in the haemolymph. 20-Hydroxyecdysone (20E) was identified as the major ecdysteroid in SAGs of A. ipsilon males. Finally, 20E injections did not reduce the behavioral pheromone response of virgin males. Altogether our data indicate that 20E is probably not involved in the PEI.
Published: 2013

29. Defining and designing plant architectural ideotypes to control epidemics?

Author: Robert Faivre, Sébastien Guyader, Didier Andrivon, Luciana Parisi, Ivan Sache, Agnes Calonnec, Philippe Cartolaro, Carole Giorgetti, Pierre-Eric Lauri, Bernard Tivoli, Alain Baranger, Françoise Lescourret, Bertrand Ney, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (UBIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agrosystèmes tropicaux (ASTRO), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Unité de Recherches Intégrées - Gotheron (GOTH RI UERI), Environnement et Grandes Cultures (EGC), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Projet financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) ARCHIDEMIO ANR-08-STRA-04, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Architecture et Fonctionnement des Espèces Fruitières [AGAP] (AFEF), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité Expérimentale Recherches Intégrées - Gotheron (UERI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, ANR-08-STRA-0004,ARCHIDEMIO,Modéliser les interactions entre développement et architecture de la plante et épidémies de maladies fongiques aériennes, pour une gestion durable des cultures.(2008), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) (UBIA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0106 biological sciences, plant architecture, Architectural engineering, annuals, [SDV]Life Sciences [q-bio], Ecology (disciplines), Control (management), Context (language use), Plant Science, Horticulture, Biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, expert knowledge, 030304 developmental biology, canopy, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, model, Ecology, business.industry, Simulation modeling, Ideotype, ideotype, tree, Agriculture, epidemiology, conception, business, optimization, Agronomy and Crop Science, Cropping, 010606 plant biology & botany
Abstract: UMR AGAP - équipe AFEF - Architecture et fonctionnement des espèces fruitières; International audience; Ideotypes are a popular concept for plant breeders, who designate as such the ideal combinations of traits in a particular genotype to reach a pre-set production objective within a given socio-economic context. The historical, ‘genetic’ view of ideotypes has been more recently extended to cover the design of plant genotypes for specific cropping systems (the ‘agronomic’ view), or even the ideal combination of parameters, identified from formal or simulation modeling, to a specific agronomic problem (the ‘modelling’ view). These different forms of ideotypes in turn lead to different strategies for breeding plants. This paper will briefly describe, analyse and discuss some applications of these ideotype views, using the specific case of architectural traits of plant and crop canopies to limit the epidemic development of pests and diseases in crops. It is not intended to be an exhaustive and objective review of the existing literature on plant ideotypes, but rather to express as an ‘opinion’ paper the views discussed and elaborated among participants to the EpiArch network.
Published: 2012

30. New multipest damage indicator to assess protection strategies in grapevine cropping systems

Author: Fermaud, Marc, Smits, Nathalie, Merot, Anne, Roudet, Jean, Thiery, Denis, Wéry, Jacques, Delbac, Lionel, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), and Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: indicator, système de production, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, food and beverages, assessment indicator, production system, grapevine, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, maladie, agriculture biologique, vitis vinifera, pest management, organic farming, integrated disease management, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, pathology, indicateur, vigne, gestion intégrée des ravageurs, pesticide, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; Background and Aims: Social, environmental and regulatory evolution encourages grapegrowers to reduce chemical use. Organic production is one possible answer, but controlling pests and diseases by products allowed in organic production is less easy than with chemicals. We integrated disease severity levels ( Botrytis bunch rot, powdery and downy mildews) and pest incidence ( grape berry moths) to develop an indicator of pests and disease damage in grape bunches, named assessment indicator of damage in grape bunches ( AIDB), which can be used to assess pest incidence in networks of grower vineyards.Methods and Results: In 2011 and 2012, we tested AIDB by monitoring damage at key phenological stages in 20 vineyards in the Bordeaux and Languedoc regions in the south of France, under three modes of production: conventional production, organic production and in conversion to organic production. The indicator proved accurate in describing the total damage on grape bunches under all conditions tested.Conclusions: Irrespective of the mode of production, the AIDB value was negatively correlated with yield parameters and the technical expertise of the grower. This indicator proved to be an innovative tool to estimate the multipest damage on grapevines over a range of conditions.Significance of the Study: The AIDB enables grapegrowers and advisors to assess the integrated impact of their treatment strategies on grape production, which is necessary when reducing pesticide use.
Published: 2016

31. Multi-model approach to evaluate the impact of a future well field on forest production (South-West of France)

Author: Saltel, Marc, Picart, Delphine, Lousteau, Denis, Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) (BRGM), Santé Végétale (SV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)
Subjects: MESH: groundwater model, forest growth model, multilayer aquifer system, [SDV.SA.SF]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, [SDU.STU.HY]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Hydrology, [SDU.OTHER]Sciences of the Universe [physics]/Other
Abstract: International audience; In Gironde (SW of France), 98% of drinking water comes from the North Aquitaine multilayered aquifer system. It constitutes an important strategic water resource considering the great quality of this water and its natural protection against anthropic pollutions. Nevertheless, some of these aquifers are overexploited. In order to manage these resources, a regional planning of groundwater was approved in 2003. It plans the realization of new facilities to improve the spatial distribution of pumping areas in order to minimize groundwater mining impacts on specific sites.Thus, a new well field is planned in the Medoc region at 35 km west of Bordeaux. It will be composed of 14 wells and will produce 10 million cubic meters by year extract from Oligocene aquifer (150 m below ground surface). In this region, most of the surface is occupied by the Landes forest, which corresponds to a monoculture of maritime pines (Pinus pinaster). Soils are mainly composed of sand in which a phreatic aquifer (Plio-Quaternary) is in development.In order to evaluate the impact of the future well field on the Oligocene aquifer and the multilayered aquifer system, a hydrodynamic model (PHONEME) was specially built for this with MARHTE (Thiéry, 2014). It incorporates 8 aquifers and 7 aquitards, covering a total surface of 4,430 km².Simulations done with the groundwater model show a maximum impact of 30 m on the Oligocene and an impact between 0 and 35 cm on the phreatic aquifer.Results from the hydrodynamic model were used to evaluate impact on forest production using the INRA forest growth model GO+ (Lousteau et al., 2012). This multi-model approach was done in order to gives some answers on the impacts on the growth of trees with the implementation of a well field and to bring solutions to limit use conflicts.
Published: 2016

32. Nickel drives the bacterial community diversity in the rhizosphere of the hyperaccumulator Alyssum murale

Author: LOPEZ, SEVERINE, Piutti, Séverine, Vallance, Jessica, Morel, Jean-Louis, Echevarria, Guillaume, Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Santé Végétale (SV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)
Subjects: pyrosequencing, Nickel, [SDV]Life Sciences [q-bio], Hyperaccumulator, bacterial diversity, rhizosphere
Abstract: Serpentine (ultramafic) soils display high concentrations of nickel (Ni). Nickel hyperaccumulators have evolved on such environments, developed physiological adaptations to metals (concentrations of Ni sometimes above 1% in plant aerial biomass) and can be used for phytomining. Rhizosphere bacterial communities associated with Ni-hyperaccumulator plants differ from those of non-accumulating plants growing at the same site, and are also characterised by a higher number of Ni-tolerant bacteria. Alyssum murale, a Ni-hyperaccumulator, is commonly found on ultramafic soils around the Mediterranean. For a more efficient phytomining, we should characterize rhizosphere microorganisms of these plants, to find good indicators for the success of Ni extraction and to select interesting PGPR.However, most studies have focused on analyzing soils with techniques that provide little detail about the phylogenetic structure of the bacterial communities. Alyssum murale can grow on non-ultramafic soils as well, with an altitudinal extension ranging from sea level to 2000 m.a.s.l. Among edaphic factors that could influence the phylogenetic structure of the bacterial communities, altitude and Ni bioavailability could be significant. Our objectives were to understand the specific changes in the structure of A. murale rhizosphere bacterial community that occur across two gradients: 1) elevation and 2) bioavailable Ni. We used pyrosequencing technique (454-pyrosequencing of 16S rRNA gene) to characterize bacterial communities in soils from A. murale rhizosphere.On one hand we found a high proportion of Chloroflexi (greater than 50%). Moreover, the higher the soil Ni contents, the more the relative abundance of Proteobacteria and Actinobacteria. On the contrary, the abundance of TM7 decreased with increasing levels of bioavailable Ni. On the other hand, we screened Ni-resistant bacteria having 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase (ACCd) activity for developing primers targeting the acdS gene. Quantification of ACCd activity- which is known to stimulate the growth of A murale- directly from soil DNA extracted could be an appropriate tool to predict phytomining efficiency.
Published: 2016

33. Nickel drives the bacterial community diversity in the rhizosphere of the hyperaccumulator Alyssum murale

Author: LOPEZ, SEVERINE, Piutti, Séverine, Vallance, Jessica, Morel, Jean-Louis, Echevarria, Guillaume, Benizri, Émile, Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Santé Végétale (SV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)
Subjects: pyrosequencing, Nickel, [SDV]Life Sciences [q-bio], Hyperaccumulator, bacterial diversity, rhizosphere
Abstract: Serpentine (ultramafic) soils display high concentrations of nickel (Ni). Nickel hyperaccumulators have evolved on such environments, developed physiological adaptations to metals (concentrations of Ni sometimes above 1% in plant aerial biomass) and can be used for phytomining. Rhizosphere bacterial communities associated with Ni-hyperaccumulator plants differ from those of non-accumulating plants growing at the same site, and are also characterised by a higher number of Ni-tolerant bacteria. Alyssum murale, a Ni-hyperaccumulator, is commonly found on ultramafic soils around the Mediterranean. For a more efficient phytomining, we should characterize rhizosphere microorganisms of these plants, to find good indicators for the success of Ni extraction and to select interesting PGPR. However, most studies have focused on analyzing soils with techniques that provide little detail about the phylogenetic structure of the bacterial communities. Alyssum murale can grow on non-ultramafic soils as well, with an altitudinal extension ranging from sea level to 2000 m.a.s.l. Among edaphic factors that could influence the phylogenetic structure of the bacterial communities, altitude and Ni bioavailability could be significant. Our objectives were to understand the specific changes in the structure of A. murale rhizosphere bacterial community that occur across two gradients: 1) elevation and 2) bioavailable Ni. We used pyrosequencing technique (454-pyrosequencing of 16S rRNA gene) to characterize bacterial communities in soils from A. murale rhizosphere. On one hand we found a high proportion of Chloroflexi (greater than 50%). Moreover, the higher the soil Ni contents, the more the relative abundance of Proteobacteria and Actinobacteria. On the contrary, the abundance of TM7 decreased with increasing levels of bioavailable Ni. On the other hand, we screened Ni-resistant bacteria having 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase (ACCd) activity for developing primers targeting the acdS gene. Quantification of ACCd activity- which is known to stimulate the growth of A murale- directly from soil DNA extracted could be an appropriate tool to predict phytomining efficiency.
Published: 2016

34. Stochastic epidemiological model for the analysis of plant resistance break- down to pathogens subjected to genetic drift

Author: Rousseau, Elsa, Bonneault, Mélanie, Fabre, Frédéric, Moury, Benoît, Mailleret, Ludovic, Grognard, Frédéric, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biological control of artificial ecosystems (BIOCORE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Pathologie Végétale (PV), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], [STAT.AP] Statistics [stat]/Applications [stat.AP], [INFO.INFO-AU]Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering, fungi, food and beverages, [INFO.INFO-AU] Computer Science [cs]/Automatic Control Engineering
Abstract: Conférence donnée dans le cadre du mini symposium de ETAMM2016 : Mathematical Modelling, Analysis and Simulations in BiologyConférence donnée dans le cadre du mini symposium de ETAMM2016 : Mathematical Modelling, Analysis and Simulations in Biology; International audience; The deployment of pathogen-resistant crops often leads to the emergence of resistance-breaking pathogens that suppress the yield bene t provided by the resistance. In this work, we analyze if and how a modulation of the genetic drift experienced by the pathogens can slow this emergence down. For that purpose, we consider a crop patch in which a given proportion of the plants carry the qualitative resistance and suppose that genetic drift, which is genetically based, can either be added to the initial infection phases of the resistant or of the susceptible plants in the crop. We develop a stochastic SI model of the crop patch, in which only the number of susceptible and resistant infected plants need to be represented. In that model, the infection events follow a Poisson process and undergo bottleneck induced drift, limiting the probability of infection of a plant by a pathogen.Through intensive simulations of this model with the Gillespie algorithm, we show which model parameters most influence the effciency of the genetic drift for improving crop yield. Also, we analyze which combination of genetic drift level and proportion of resistant plants in the crop most improves crop yield.
Published: 2016

35. Identification des principaux facteurs biochimiques impliqués dans la réponse différentielle des variétés d’abricot au traitement thermique

Author: Ribas-Agusti, Albert, Gouble, Barbara, Bureau, Sylvie, Maingonnat, Jean Francois, Audergon, Jean Marc, El Maataoui, Mohamed, Renard, Catherine, Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), ANR-11-ALID-0006, and ProdInra, Migration
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2016

36. Challenges of achieving biodiversity offsetting through agri-environmental schemes : evidence from an empirical study

Author: LE COENT, Philippe, Calvet, Coralie, ProdInra, Migration, Laboratoire Montpelliérain d'Économie Théorique et Appliquée (LAMETA), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université de Montpellier (UM), Unité de recherche d'Écodéveloppement (ECODEVELOPPEMENT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA., Société Française d'Economie Rurale (SFER). FRA., Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). FRA., and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: conservation des ressources naturelles, contrat agrienvironnemental, [SDV]Life Sciences [q-bio], conservation, biodiversity offsets, behavioral economics, [SHS]Humanities and Social Sciences, biodiversité, comportement des agriculteurs, [SDV] Life Sciences [q-bio], determinants adoption, agri-environmental schemes, "No Net Loss" policies, agri-environmental contracts, [SHS] Humanities and Social Sciences, adoption
Abstract: Biodiversity offsetting (BO) is increasingly used in environmental policies as a way to halt biodiversity losses caused by the development of infrastructure and urbanization. Ecological gains for offsets have so far mainly been obtained through restoration activities conducted on agricultural land specifically acquired for this purpose by developers. This approach however meetsgrowing technical difficulties due to land availability and social conflicts with farmers. The purpose of this paper is to analysethe opportunity of implementing a new approach to conduct biodiversity offsets through the use of agri-environmental schemes that we call agri-environmental biodiversity offset schemes (ABOS). This paper reviews the interests, limits and challenges oftheuseof ABOS in offsetting policies byexaminingtwo major issues: (1) the acceptability of offsetting contracts by farmers, and (2) the effectiveness of ABOS design and implementation. Based on the case-study of a major BO programme following the construction of a big railway bypass in the South of France, the article empiricallyassesses these issues through asurvey carried out with 145 farmers. The results revealthat the main determinants of acceptability are: i) the usual economic factors -farmers with lowest compliance levels and opportunity costs, as well as farms facing economic difficulty,are more likely to adopt-, and ii) social factors –the importance given to other farmers’ decisionand the feeling that this decision is accepted by farmers’ representatives. In terms of effectiveness, ABOS is shown to be effective in meeting legal requirementsof the developer,but concernsare raised about realecological benefits due to issues of additionality, permanence of land use change, and non-compliance with contract requirements. We particularly highlight problems with contract enforcement –especially due to weak sanctions and monitoring –and farmers’ selection that do not allow minimizing moral hazard and adverse selection, which are inherently attached to agri-environmental schemes. These resultsraise questions about the relevance ofdeveloping ABOS in offsetting policies, and lead us to suggest policy improvements.
Published: 2016

37. Using landscape indicators to predict high pest infestations and successful natural pest control at the regional scale

Author: Adrien Rusch, Jean Roger-Estrade, Jean-Pierre Sarthou, Muriel Valantin-Morison, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Agronomie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 0106 biological sciences, specificity, biological pest control, Woodland, Management, Monitoring, Policy and Law, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, landscape planning, Ecosystem services, aménagement paysager, coléoptère, Nature and Landscape Conservation, Ecology, business.industry, Environmental resource management, Pest control, meligethes aeneus, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, sensitivity, ecosystem service, Urban Studies, Geography, Habitat, 040103 agronomy & agriculture, roc, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, PEST analysis, Indicator value, business, Scale (map), Landscape planning
Abstract: Designing multifunctional landscapes requires accurate indicators to assess the effect of landscape structure on the provision on ecosystem services. Biological pest control relying on natural enemies is an important ecosystem service considered as a sustainable alternative to chemical control. The aim of this study was to measure and compare the accuracy of landscape indicators computed at various spatial scales to predict pollen beetle infestations and successful biological control in northwestern France. The sensitivity, specificity, and probability of correctly ranking fields were estimated for each indicator based on a survey of 42 fields using the receiver operating characteristic procedure. For pest infestation, the proportion of woodland and the proportion of semi-natural habitats were found to be informative indicators with good discriminatory abilities. For biological control, the proportion of woodland, the proportion of semi-natural habitats and the proportion of the previous year's oilseed rape fields with reduced soil tillage were found to be informative indicators with good discriminatory abilities. By using indicator values and optimal thresholds we were able to compute maps of areas at risk for pest infestation and those displaying successful biological control at the regional scale. This study provides tools that could help extension services, landscape planners, and policy makers in optimizing landscape structure according to the provision of a key ecosystem service. The results of this study also provide new grounds for understanding trophic interactions at the regional scale as well as the ambivalent effect of landscape complexity on pest and natural enemy populations.
Published: 2012

38. Fractional Fick's law: the direct way

Author: Marie-Christine Néel, Ali Abdennadher, Maminirina Joelson, Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées et de Technologie (INSAT), Santé Végétale (SV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)
Subjects: DYNAMICS, Statistics and Probability, [SDV]Life Sciences [q-bio], FICK, General Physics and Astronomy, Flux, Probability density function, 01 natural sciences, 010305 fluids & plasmas, MATHEMATICS, PHYSICS, DIFFUSION EQUATION, 0103 physical sciences, 010306 general physics, Mathematical Physics, Brownian motion, Mathematics, Mathematical analysis, Statistical and Nonlinear Physics, 16. Peace & justice, Random walk, Fick's laws of diffusion, Fractional calculus, PHYSIQUE, Lévy flight, Skewness, Modeling and Simulation, Law, [SDE]Environmental Sciences, HETEROGENEOUS MEDIA
Abstract: International audience; Lévy flights, which are Markovian continuous time random walks possibly accounting for extreme events, serve frequently as small-scale models for the spreading of matter in heterogeneous media. Among them, Brownian motion is a particular case where Fick's law holds: for a cloud of walkers, the flux is proportional to the gradient of the probability density of finding a particle at some place. Lévy flights resemble Brownian motion, except that jump lengths are distributed according to an α-stable Lévy law, possibly showing heavy tails and skewness. For α between 1 and 2, a fractional form of Fick's law is known to hold in infinite media: that the flux is proportional to a combination of fractional derivatives or the order of α - 1 of the density of walkers was obtained as a consequence of a fractional dispersion equation. We present a direct and natural proof of this result, based upon a novel definition of usual fractional derivatives, involving a convolution and a limiting process. Taking account of the thus obtained fractional Fick's law yields fractional dispersion equation for smooth densities. The method adapts to domains, limited by boundaries possibly implying non-trivial modifications to this equation.
Published: 2007

39. Temporal niche differentiation of closely related parasite species sharing the same plant host. Oak powdery mildew as a case study

Author: Hamelin, Frédéric, Bisson, Anne, Desprez Loustau, Marie Laure, Fabre, Frédéric, Mailleret, Ludovic, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: absent
Published: 2015

40. Towards a cultural approach to reduce the prevalence of esca of grapevine

Author: Lecomte, Pascal, Diarra, Barka, Chevrier, Cécile, CARBONNEAU, Alain, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Chambre Régionale d'Agriculture du Languedoc-Roussillon, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), International COST Action FA1303, This project is financed via grants from CasDAR (Account of Specific Affectation for Agricultural and Rural Development) and CNIV (National Committee of the Interprofessions of Wines with Label of origin and with Geographical Indication)., Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: food and beverages, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract: UMR AGAP - équipe DAAV - Diversité, adaptation et amélioration de la vigne; frEsca is currently the most concerning grapevine disease in Europe. This trunk disease affects the longevity of vineyards and is characterized by the development of large inner necroses in the grapevine wood before partial or complete dieback of affected vines. In France, the overall average impact of trunk diseases is now estimated at about 13% of vines impaired in their production potential. This impact was only about 5% in 2003. Esca disease largely contributed to this overall impact. Different biotic and abiotic factors may explain this progression. Examination of plot by plot data has shown very high variability of damage between plots of the same cultivars, with the same age in similar environments. In some cases, the range of variability of damage strongly suggested the influence of cultural factors. For example, Cabernet Sauvignon in the Bordeaux area in 2007, with a vineyard planted in 1982 showing overall impact of 3% of esca-affected vines while another vineyard planted in 1990 exhibited an impact of 80%). Among them, two factors were identified as putative key influences: the training system and the quality of pruning. A survey was undertaken from 2007 by UMR SAVE Bordeaux to attempt to identify comparable plot situations forming pairs with the same variety, the same age and similar soil and climatic environments but varying according training decisions. The study was based on observations in Aquitaine in late summer. Ratings were applied for all esca symptoms, on leaves and on the trunks. Several selected examples showed that training systems leading to long arms were generally less affected than the forms with very short arms or without arms. The quality of the pruning system may also play a major role. Higher vine densities/ha, decided by grower choice or by the rules imposed by the appellations (and not accompanied by a minimum distance between vines), led growers to modify their training system over time, towards simplification of the vine trunk structure that was too great. The study also indicated that the foliar symptoms of esca are relevant clues to reveal the presence of the disease but are not always reliable indicators of impact. Real prospects in terms of reduced damage seem possible only by effective training decisions.This research is presently integrated in a national project entitled “Assessment of the impact of cultural practices or environmental factors for the control of grapevine trunk diseases”. This project is financed via grants from CasDAR (Account of Specific Affectation for Agricultural and Rural Development) and CNIV (National Committee of the Interprofessions of Wines with Label of origin and with Geographical Indication).
Published: 2015

41. Evaluation de systèmes viticoles innovants sous fort cadre de contraintes

Author: Thiollet-Scholtus, Marie, Ley, Lionel, Grignion, Julie, Bockstaller, Christian, Deliere, Laurent, Forget, Dominique, METRAL, RAPHAEL, Lafond, David, Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar (LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Service d'expérimentation agronomique et viticole (COLM AGRO VITI UE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Domaine expérimental viticole de Bordeaux (BORDEAUX DOMAINE EXP VITICOLE), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UE Unité Expérimentale de Pech Rouge (0999).
Subjects: évaluation, contraintes, qualité du raisin, système de production, assessment, performance agronomique, durabilité, environmental control, viticulture, production system, sustainability, cropping system, protection de l'environnement, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, constraints, système de culture
Abstract: Combining drastic reduction of inputs and high sensitivity of vine to pathogens implies re-designing viticulture production systems. The newly designed systems then need to be assessed to be sure that they are sustainable and can be implemented by wine growers.A experimental network with 26 vine sites located in Atlantic coast, Mediterranean and in North-East of France, has been set up since 2012. Tested viticulture systems of vine grape production are « Integrated Production », « Organic farming », « Zero fungicide » and « Zero pesticide ». Planting new vine varieties that are resistant to pathogens is under process in Alsace, Bordeaux and Loire vineyards. The methodology framework used to design and to assess the new systems is based on published work. Systems assessment deals with the three dimensions of sustainability: environmental, social and economic and also quality of vine and wine. A set of high set of constraints of the designed viticulture systems is: economical sustainability combining to hard reduction of inputs and high quality of grapes and vines, according to Protected Designation of Origin.Quality and quantity vine plots assessment (i.e. yield, berries quality), diseases assessment (i.e. mildiew, oïdium, grey rot), economic assessment (i.e. gross margin) and environmental assessment (i.e. IFT and INDIGO® indicators) on different combinations of soil and climate, allow assessing and ranking the designed viticulture systems. For instance, one organic system is efficient and reliable for quality and quantity of vine, economic and environmental indicators. The only margin for improvement deals with reducing even more cupper used for fungi management.To conclude, the tested designed systems are well assessed under a set of high set of constraints of French vineyards. Drastically monitoring reduction of inputs (i.e. pesticides and energy) is possible for several new designed viticulture systems. In the next years, the extension of the network to more soil and climate combinations, will allow us to propose innovative robust viticulture systems to winegrowers.; Des systèmes de production viticole ont été évalués quant à leur durabilité. A cet effet, un réseau expérimental avec 26 stes de vignobles situés dans la côte Atlantique, la Méditerranée et dans le Nord-Est de la France, a été installé depuis 2012. Les systèmes de production viticole sont « la Production Intégrée », « l’Agriculture biologique », « le Fongicide Zéro » et « le Pesticide Zéro ». La plantation des nouvelles variété de vigne qui sont résistantes aux pathogènes est en développement en Alsace, Bordelais et Val de Loire.Ont été notés ; La quantité et la qualité des raisins, l’évaluation des maladies (Mildiou, Oïdium, Pourriture grise), l’évaluation économique (la marge brute) et l’évaluation environnementale (IFT – Indice de Fréquence des Traitements et les indicateurs INDIGO ®).Pour conclure, les systèmes testés sont bien évalués sous un ensemble de haute contrainte. La réduction d’apports (pesticides et énergie) est possible pour plusieurs nouveaux systèmes de viticulture. Dans les prochaines années, l’extension du réseau à davantage de conditions de sol et de climat, nous permettra de proposer des systèmes de viticulture robustes novateurs aux vignerons.
Published: 2015

42. Recherches pour définir des leviers de gestion de la biodiversité améliorants le contrôle biologique des ravageurs en vergers de pommiers

Author: Franck, Pierre, BOTELHO COSTA, Marlice, Lefebvre, Manon, Olivares, Jérôme, Thomas, Cécile, Toubon, Jean-Francois, Bouvier, Jean-Charles, MEMMAH, Mohamed, Odorizzi dos santos, Luan alberto, Bischoff, Armin, Lavigne, Claire, ProdInra, Migration, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé Végétale (SV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: National audience; Cette présentation témoignera de quelques études conduites actuellement dans l’unité « Plantes et Système de culture Horticoles » dans le but d’évaluer l’effet des habitats semi-naturel sur la régulation des insectes ravageurs (carpocapse et puceron cendré) en vergers de pommiers. La présentation s’appuiera sur une description des approches méthodologiques utilisées à différentes échelles spatio-temporelles pour estimer les niveaux de prédation et de parasitisme des pucerons et des tordeuses dans les vergers (eg exposition de proies sentinelles), pour identifier l’impact relatifs des arthropodes auxiliaires dans la régulation de ces ravageurs (eg analyse ADN des contenus stomacaux des arthropodes prédateurs) et évaluer les déplacements des auxiliaires (analyses immunologiques) entre les habitats semi-naturels (eg haies, bandes fleuries) et les vergers. La présentation rendra finalement compte de la difficulté d’identifier les bénéfices apportés par les infrastructures agro-écologiques sur le contrôle biologique des insectes ravageurs par l’expérimentation en vergers et de la nécessité d’utiliser des modèles mathématiques pour explorer une grande diversité de conditions et proposer des scénario optimaux d’agencements paysagés susceptible d’améliorer la régulation naturelle des bioagresseurs.
Published: 2015

43. Periodicity and synchrony of pine processionary moth outbreaks in France

Author: Shuxian Li, Christelle Robinet, Dominique Piou, Hervé Jactel, Jean-Jacques Daudin, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA-Paris), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Département de la Santé des Forêts, Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (DGAL-SDQPV), Unité de recherche Zoologie Forestière (UZF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF)
Subjects: 0106 biological sciences, Return period, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, Management, Monitoring, Policy and Law, Biology, Diapause, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, cyclicity, Lepidoptera genitalia, forest, population dynamics, education, climate, 0105 earth and related environmental sciences, Nature and Landscape Conservation, education.field_of_study, defoliation, Host (biology), Ecology, synchrony, Outbreak, Forestry, 15. Life on land, 13. Climate action, Temperate rainforest, Woody plant
Abstract: Although many forest Lepidoptera are known to exhibit cyclic outbreaks in temperate forests, this has never been formally demonstrated for the pine processionary moth (Thaumetopoea pityocampa), the main insect defoliator of southern Europe. Yet, the demonstration of periodicity in the population dynamics of forest defoliators is of great interest for developing predictive risk models. We took advantage of 32 years time series recorded on permanent plots throughout France to test for the cyclicity of T. pityocampa outbreaks, estimate the length of cyclic periods and investigate synchrony between regions. Spectral analysis revealed that a large majority of regions and clusters of monitoring plots show significantly periodic outbreaks with a return period of seven to nine years. Outbreaks were not synchronous across the whole country but in neighbouring regions. Several factors such as low host tree quality following defoliation, impact of natural enemies and prolonged diapause might drive the cyclicity of T. pityocampa outbreaks while the Moran effect, here the role of low temperatures, is likely to explain synchrony.
Published: 2015

44. Texture deterioration in cooked apricot: characterization of the loss of firmness and visualization of the unmethylated pectin in two varieties with very different patterns

Author: Ribas, Albert, Gouble, Barbara, Maingonnat, Jean Francois, Audergon, Jean Marc, El Maataoui, Mohamed, Renard, Catherine, Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé Végétale (SV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)
Subjects: cuisson, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, abricot, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, détection immunoenzymatique, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, texture, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, traitement thermique
Abstract: National audience
Published: 2015

45. A Haploid System of Sex Determination in the Brown Alga Ectocarpus sp

Author: Akira F. Peters, John H. F. Bothwell, J. Mark Cock, Denis Roze, Marine Robuchon, Myriam Valero, Susana M. Coelho, Alexandre Cormier, Eugénie Pessia, Yves Van de Peer, Simon M. Dittami, Sophia Ahmed, Lieven Sterck, Remy Luthringer, Gabriel A. B. Marais, Erwan Corre, Jean-Marc Aury, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Végétaux marins et biomolécules, Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-GOEMAR-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sexe et évolution, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Evolutionary Biology and Ecology of Algae (EBEA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Pontificia Universidad Católica de Chile (UC)-Universidad Austral de Chile-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Center for Plant Systems Biology (PSB Center), Vlaams Instituut voor Biotechnologie [Ghent, Belgique] (VIB), Bezhin Rosko, Marine Biological Association Laboratory (MBA Laboratory), Marine Biological Association of the UK, Phophorylation de protéines et Pathologies Humaines (P3H), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Génomique métabolique (UMR 8030), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU), Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Department of Plant Systems Biology, Flanders Institute for Biotechnology, Department of Genetics, Genomics Research Institute, University of Pretoria [South Africa], Belfast e-Science Centre [Belfast] (BESC), Queen's University [Belfast] (QUB), Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins (LBI2M), Biologie Intégrative des Populations, École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), State University of Ghent, Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Sorbonne Universités, Ghent University [Belgium] (UGENT), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Universidad Austral de Chile-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Pontificia Universidad Católica de Chile (UC), Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)
Subjects: 0106 biological sciences, Biology, Haploidy, Phaeophyta, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Genome, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, Negative selection, Gene, 030304 developmental biology, Genetics, 0303 health sciences, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Agricultural and Biological Sciences(all), Biochemistry, Genetics and Molecular Biology(all), [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Haplotype, Chromosome, Ectocarpus, Sex Determination Processes, biology.organism_classification, Sexual dimorphism, Ploidy, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract: Summary Background A common feature of most genetic sex-determination systems studied so far is that sex is determined by nonrecombining genomic regions, which can be of various sizes depending on the species. These regions have evolved independently and repeatedly across diverse groups. A number of such sex-determining regions (SDRs) have been studied in animals, plants, and fungi, but very little is known about the evolution of sexes in other eukaryotic lineages. Results We report here the sequencing and genomic analysis of the SDR of Ectocarpus , a brown alga that has been evolving independently from plants, animals, and fungi for over one giga-annum. In Ectocarpus , sex is expressed during the haploid phase of the life cycle, and both the female (U) and the male (V) sex chromosomes contain nonrecombining regions. The U and V of this species have been diverging for more than 70 mega-annum, yet gene degeneration has been modest, and the SDR is relatively small, with no evidence for evolutionary strata. These features may be explained by the occurrence of strong purifying selection during the haploid phase of the life cycle and the low level of sexual dimorphism. V is dominant over U, suggesting that femaleness may be the default state, adopted when the male haplotype is absent. Conclusions The Ectocarpus UV system has clearly had a distinct evolutionary trajectory not only to the well-studied XY and ZW systems but also to the UV systems described so far. Nonetheless, some striking similarities exist, indicating remarkable universality of the underlying processes shaping sex chromosome evolution across distant lineages.
Published: 2014

46. Promote adaptation to drought and fruit quality by alternating increased intensity of deficit irrigation and recovery period

Author: Ripoll, Julie, Urban, Laurent, Brunel, Beatrice, Goujon, Alain, L'hôtel, Jean-Claude, Causse, Mathilde, Bertin, Nadia, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), and Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL)
Subjects: qualité de fruit, déterminisme génétique, solanum lycopersicum, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, temps de récupération, génération multi-parentale, irrigation, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, sécheresse
Abstract: National audience
Published: 2014

47. Du diagnostic au champ à la surveillance du territoire européen : présentation de plusieurs outils innovants pour l’identification des bioagresseurs des plantes cultivées

Author: Rasplus, Jean Yves, Blancard, Dominique, Candresse, Thierry, Chabert, Ariane, Cruaud, Astrid, Manceau, Charles, Streito, Jean-Claude, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Agrosystèmes Cultivés et Herbagers (ARCHE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT]
Abstract: absent
Published: 2014

48. Effect of hyperaccumulating plant cover composition and rhizosphere-associated bacteria on the efficiency of nickel extraction from soil

Author: Thibault Sterckeman, Jessica Vallance, Pierre Lucisine, Guillaume Echevarria, Emile Benizri, Patrice Rey, Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), French National Research Agency [ANR-10-LABX-21 - RESSOURCES21], ANR-10-LABX-0021/10-LABX-0021,RESSOURCES21,Strategic metal resources of the 21st century(2010), and ANR-10-LABX-0021,RESSOURCES21,Strategic metal resources of the 21st century(2010)
Subjects: condition contrôlée, [SDV]Life Sciences [q-bio], Soil Science, Biomass, metals, Biology, bacterial community, phytoextraction, nickel, noccaea tymphaea, Botany, élément métallique, Hyperaccumulator, 2. Zero hunger, Rhizosphere, communauté microbienne, Ecology, fungi, metal hyperaccumulators, food and beverages, phytomining, 15. Life on land, biology.organism_classification, Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous), SSCP, Phytoremediation, Agronomy, leptoplax emarginata, Shoot, Plant cover, mésocosme, Alyssum, Monoculture, microbial community, alyssum murale, rhizosphere, phytoremédiation
Abstract: Most plant species selected as appropriate candidates for phytoextraction have been studied as monocultures. However, alternative cropping patterns which include rhizosphere microbial communities can significantly influence the extraction of metals, as well as soil protection and quality. Therefore, the objective of this work was to study the effect of species-rich vegetation cover, which consisted of three hyperaccumulator plant species, on the efficiency of nickel extraction from a naturally mineralized ultramafic soil. An experiment was set up with three hyperaccumulator species (Leptoplax emarginata, Noccaea tymphaea and Alyssum murale). Plants were cultivated separately (monospecific cover), or in combination (multispecies cover) in mesocosms under controlled conditions, on a nickel-rich ultramafic soil. Plants were grown for 92 days in controlled conditions. Each plant produced more biomass when grown in multispecies cover than alone. Noccaea and Alyssum showed the highest shoot Ni concentrations but Alyssum had by far the lowest shoot biomass. So, in this soil, Noccaea and Leptoplax have greater potential for hyperaccumulation than Alyssum. The amount of nickel accumulated in total biomass of Noccaea alone and of the multispecies cover was higher than that accumulated in either the monospecies Leptoplaxor Alyssum. Furthermore, the highest values of microbial biomass were obtained with the multispecies cover and a consistent production of auxin compounds by bacterial communities was measured, which emphasized the role of rhizosphere bacteria. The bacterial genetic structure also depended on the plant covers. A combination of the three species (multispecies cover), could be a good strategy for phytoremediation.
Published: 2014

49. Direct green extraction of volatile aroma compounds using vegetable oils as solvents: Theoretical and experimental solubility study

Author: Anne Sylvie Fabiano-Tixier, Farid Chemat, Christian Ginies, Ying Li, Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Li, Ying, and Chemat, Farid
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], gc ms, acide gras volatil, chimie verte, Extraction, Multivariate statistical analysis, Volatile aroma compounds, Vegetable oil, Hansen solubility parameters, 01 natural sciences, composé aromatique, chemistry.chemical_compound, ocimum basilicum, 0404 agricultural biotechnology, microextraction en phase solide, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Organic chemistry, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, Solubility, Dissolution, huile végétale, Aroma, Dichloromethane, Chromatography, analyse statistique, biology, Chemistry, 010401 analytical chemistry, Extraction (chemistry), 04 agricultural and veterinary sciences, biology.organism_classification, 040401 food science, 0104 chemical sciences, Hildebrand solubility parameter, solubilité, Multivariate statistical, Food Science
Abstract: International audience; The current study aimed at evaluation of the dissolving power of various vegetable oils in both theoretical and experimental way for the extraction of volatile aroma compounds (VACs) from basil. The solubility of six main VACs from basil in ten vegetable oils was firstly investigated through a theoretical modeling of their Hansen solubility parameters (HSP), followed by real experimental extractions using vegetable oils as solvents instead of petroleum-based solvents such as dichloromethane. Furthermore, multivariate statistical analyses were performed to partition vegetable oils into clusters referring to their dissolving power of VACs, which could be quantified by gas chromatographyemass spectroscopy (GCeMS) coupling to the headspace solid phase micro-extraction (HS-SPME). The results indicated that the solubility of VACs in enriched vegetable oils was significantly different (p < 0.05). Vegetable oils has theoretically and experimentally proved their potential to be alternative solvents for further application in green extraction of natural products, in which sunflower oil gave the best performance.
Published: 2014

50. Bioaccessibilité et propriétés antioxydantes des polyphénols et caroténoïdes des fruits et légumes dans le tractus digestif

Author: Dufour, Claire, Page, David, Gobert, Mylène, Remond, Didier, Loonis, Michele, Buffière, Caroline, Sante-Lhoutellier, Veronique, Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Avignon Université (AU), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Qualité des Produits Animaux (QuaPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, and Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Ce numéro d'Innovations Agronomiques comprend les articles correspondant aux présentations du colloque « Comprendre et utiliser la structure des aliments pour améliorer leurs qualités nutritionnelles et sensorielles » qui s'est tenu à Rennes le 13 mai 2014; International audience; Fruit and vegetables and their microconstituants (polyphenols, carotenoids) are inversely associated with the development of cardiovascular diseases and cancers. However, the influence of the plant matrix on the nutritional properties of fruit and vegetables remains to be elucidated. Studies led at the joint research unit SQPOV intend to give an insight into the bioaccessibility of carotenoids and polyphenols in the course of digestion as well as their protective capacity towards dietary polyunsaturated lipids which are largely oxidizable. Part of the work presented in this manuscript has been conducted in collaboration with INRA research units UNH and Quapa owing to their expertise in animal experiments and meat digestion. Polyphenols : in an intervention study, six minipigs received a standard Western diet containing primarily sunflower oil and ground beef meat. Lipid oxidation was evidenced in the gastric compartment when dietary polyunsaturated lipids were in the presence of various iron forms. Additionally, meal addition with diced fruit and vegetables or the corresponding phenolic extract markedly slowed down the accumulation of primary and secondary lipid oxidation products. On the other hand, the polyphenol bioaccessibility, which is defined as the soluble fraction in the aqueous phase, proved to be higher for polyphenols provided as the extract rather than diced F&V, in agreement with a limited diffusion from the plant matrix. Carotenoids : our studies aimed at identifying factors affecting the transfer of carotenoids from the tomato matrix to the lipid phase of the gastric bolus. This step appears to be the first one limiting the bioaccessibility of these micronutrients. If our results confirmed the dominant role of their sequestration within the native structures of the plant tissues, we also showed that processing methods strongly affect their diffusivity; Les fruits et légumes, tout comme leurs microconstituants (polyphénols, caroténoïdes) sont impliqués dans la protection contre le développement des maladies cardiovasculaires et de certains cancers. Néanmoins, l’influence de la matrice végétale sur les propriétés nutritionnelles des fruits et légumes est encore mal connue. Les projets conduits au sein de l’UMR SQPOV visent à élucider la bioaccessibilité des caroténoïdes et des polyphénols au cours de la digestion pour des fruits et légumes couramment consommés ainsi que leur capacité protectrice vis-à -vis des lipides polyinsaturés sensibles à l’oxydation. Une partie des travaux présentés dans ce manuscrit a été menée en collaboration avec les Unités UNH et QUAPA pour leurs expertises en expérimentation animale et digestion de la viande. Polyphénols : dans une étude d’intervention, six mini-porcs ont reçu un repas de type occidental à base de viande de bœuf et d’huile de tournesol. Il a été montré que les lipides polyinsaturés de l’alimentation s’oxydaient dans le compartiment gastrique en présence des diverses formes de fer apportées par la viande. Par ailleurs, l’ajout à ce repas de fruits et légumes détaillés en dés ou de l’extrait phénolique correspondant limitait fortement l’apparition des produits d’oxydation lipidique primaires et secondaires. D’autre part, la bioaccessibilité des composés phénoliques, définie comme la fraction solubilisés dans la phase aqueuse, était généralement supérieure lorsque les composés phénoliques étaient fournis sous forme d’extrait plutôt que de fruits et légumes, en accord avec une diffusion limitée des polyphénols depuis la matrice végétale. Caroténoïdes : les études portent sur les facteurs qui affectent le transfert des caroténoïdes depuis la matrice tomate vers la phase lipidique du bol alimentaire. Cette étape est la première limitant la bioaccessibilité de ces microconstituants lipophiles. Si nos études confirment un rôle important de leur séquestration au sein des structures natives de la matrice végétale, nous montrons également que des facteurs liés aux procédés de transformation affectent leurs propriétés de diffusion
Published: 2014

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