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Human demands on resources such as food and energy are increasing through time while global challenges such as climate change and biodiversity loss are becoming more complex to overcome, as well as more widely acknowledged by societies and governments. Reports from initiatives like the Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services (IPBES) have demanded quick and reliable access to high-quality spatial and temporal data of species occurrences, their interspecific relations and the effects of the environment on biotic interactions. Mapping species interactions is crucial to understanding and conserving ecosystem functioning and all the services it can provide (Tylianakis et al. 2010, Slade et al. 2017). Detailed data has the potential to improve our knowledge about ecological and evolutionary processes guided by interspecific interactions, as well as to assist in planning and decision making for biodiversity conservation and restoration (Menz et al. 2011).

Preliminary files generated by taxon-graph-builder (GloBI)

O FIT Count é um protocolo de ciência cidadã que tem como objetivo monitorar as visitas de polinizadores às flores (CARVELL et al., 2022). Ao realizar o monitoramento através do protocolo FIT Count, a(o) cientista cidadã(o) poderá compreender quais as espécies de plantas e grupos de visitantes florais que existem em suas redondezas, compreender quais os horários do dia ou períodos do ano em que há recursos florais e visitantes florais presentes em uma determinada localidade e contribuir para o banco de dados de monitoramento de longo prazo do projeto. Uma importante característica dos dados produzidos através do protocolo FIT Count é a informação sobre a quantidade de polinizadores em determinado local, ou seja, sua abundância. Com essas informações, é possível detectar se há manutenção ou declínio nas populações dos polinizadores e planejar ações de conservação quando necessário. Contamos com você para entender melhor a situação dos polinizadores no Brasil. Vamos começar?, Este livro foi produzido no âmbito do projeto SURPASS2, financiado pelo Newton Fund Latin America Biodiversity Programme: Biodiversity - Ecosystem services for Sustainable Development, concedido pelo UKRI Natural Environment Research Council (NERC - NE/S011870/2) em parceria com o Brasil /Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP - 2018/14994-1, 2019/26760-8)., {"references":["CARVELL, C. et al. Monitoramento da visitação de flores com Contagem Cronometrada de Visitantes Florais (FIT Count). In: GHILARDI-LOPES, Natalia Pirani; ZATTARA, Eduardo. Ciência cidadã e polinizadores da América do Sul. São Carlos: Editora Cubo, 2022. DOI: 10.4322/978-65-86819-20-5.s03c14.pt.","FLORA do Brasil 2020. Rio de Janeiro: Jardim Botânico do Rio de Janeiro, 2020. Disponível em: http://floradobrasil.jbrj.gov.br/. Acesso em: 6 abr. 2022.","UK POLLINATOR MONITORING SCHEME. Flower-Insect Timed Count guidance: version 5. Wallingford: UKCEH, 2021. Disponível em: https://ukpoms.org.uk/sites/default/files/pdf/FIT%20Count%20survey%20guidance%20v5_1.pdf. Acesso em: 4 abr. 2022."]}

Orientadores: Fernando José Von Zuben, Goran Neshich Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação Resumo: As enzimas têm sua função determinada essencialmente por alguns resíduos específicos, denominados resíduos de aminoácidos catalíticos. A função de uma determinada proteína é mantida por milhares de anos de pressão seletiva que ocasionam a preservação de uma estrutura composta por padrões físicos, químicos e estruturais necessários para mantê-la. É frequente observar que enzimas quaisquer presentes em organismos distantemente relacionados exerçam exatamente a mesma função biológica e possuam o mesmo conjunto de resíduos de aminoácidos catalíticos, apesar de possuírem sequências proteicas muito dissimilares. Estes padrões que se conservaram por anos de evolução para manter a função das enzimas têm sido bastante estudados na literatura. Assim, o presente trabalho buscou identificar, dentre os descritores estruturais de proteínas (disponíveis na base de dados da plataforma Blue Star STING) aqueles de maior relevância para discriminar os resíduos de aminoácidos catalíticos dos não catalíticos, por meio do nanoambiente no qual estes se inserem. Buscou-se por modelos classificadores capazes de favorecerem uma interpretação de suas escolhas através de regras na forma SE-ENTÃO, compostas por descritores e seus respectivos valores. Regras foram extraídas para conjuntos de enzimas responsáveis pela catálise da mesma reação enzimática (mesma sub-subclasse EC), de forma a caracterizar o nanoambiente comum aos seus resíduos de aminoácidos catalíticos. Primeiramente, foram considerados apenas descritores estruturais de proteínas, ou seja, excluem-se descritores de conservação de estrutura primária. Esta opção foi feita com base no fato de a conservação de um determinado resíduo em uma determinada posição ser uma consequência (e não causa) de sua crucial função para a atividade de uma enzima. Buscou-se, portanto, compreender a fundo o "por que" de um resíduo ser conservado, utilizando uma "linguagem" puramente estrutural. As doze mais representativas sub-subclasses EC foram escolhidas e regras foram extraídas de forma a caracterizar os resíduos de aminoácido catalíticos de seus membros. Os resultados obtidos variam de acordo com o número de amostras catalíticas disponíveis, sendo as classes com maior número de amostras as que resultaram em regras com maior capacidade de generalização. Ainda que a caracterização dos resíduos de aminoácidos catalíticos possa ser feita apenas com os dados disponíveis, a predição de novas amostras introduz diversos desafios discutidos neste trabalho. Diferentes técnicas de amostragem e seleção de atributos foram estudadas e o impacto de tais técnicas no treinamento é também discutido. Novos descritores estruturais de proteína foram adicionados ao Blue Star STING, assim como foi feito o desenvolvimento de uma biblioteca de programação para facilitar e agilizar a extensão do conjunto de descritores do Blue Star STING Abstract: The function of enzymes are determined by specific residues, called catalytic amino acids residues. The protein function is maintained for thousands of years of selective pressure which preserves in its structure many physical-chemical and structural patterns. Frequently, enzymes from distinct organisms exert exactly the same biological function due to similar catalytic amino acid residues, even with low sequence similarities. The majority of catalytic amino acid residues prediction methods use sequence conservation features to provide classification. Seeking to understand these conserved patterns in enzyme structures, that even after years of evolution perform the same biological function, the present work searches to identify which protein structural descriptors (available in Blue Star STING platform) are capable of discriminating the amino acid catalytic residues from non-catalytic residues by means of their nanoenvironments properties. Therefore, we studied the use of classification methods available in the literature and STING structural protein descriptors to predict amino acid catalytic residues with no dependency of homologous enzymes. Considering methods capable of extracting IF-THEN rules composed of descriptors and their respective values, sets of rules were built to characterize the amino acid catalytic residues of enzymes catalyzing the same chemical reaction (same EC sub-subclass). Furthermore, it was considered only structural protein descriptors, i.e. no sequence conservation descriptor were considered. The conservation of certain amino acid in a given position is a consequence (not cause) of its crucial function for the enzyme activity. Therefore, the main purpose was to understand in depth the reason why a residue is preserved, employing a purely structural language. Twelve most representative EC sub-subclasses were considered and rules were extracted to characterize the amino acid catalytic residues of their members. The results vary as the number of available structures for each sub-subclass increases. Once it is possible to characterize the amino acid residues of a set of enzymes catalyzing the same chemical reaction, the prediction of amino acid residues in new enzymes faces several challenges discussed in this work, been the major problem the lack of data for amino acid catalytic residues in available databases. Many different techniques as sampling and feature selection methods are employed to alleviate the imbalance of data, and their impact on training are discussed. As a result, we also incorporate new structural protein descriptors to Blue Star STING and developed a new programming library to allow faster and easier extension of the Blue Star STING descriptors set Mestrado Engenharia de Computação Mestre em Engenharia Elétrica FAPESP CAPES

The importance of stemflow to hydrology and biogeochemistry in forest ecosystems is highlighted by the growing interest of the scientific community since the 1970s. This paper summarizes the main contributions of stemflow (SF) studies from recent years through a systematic review of the literature, including 375 scientific articles published between 2006 and 2019. Shrub SF has shown superior efficiency (11.1%) compared to tree species (3.6%). Branches, bark texture and composition, branch and leaf saturation capacity, and wind intensity were identified as factors that significantly influence SF.However, despite the increasing number of publications on the subject, most of them focus on semi-arid regions of Asia, particularly of China, and temperate regions. Thus, there is still a lack of knowledge about therole of the different species in the biogeochemical cycle concerning the SF in tropical and semi-equatorial regions. A importância do escoamento pelo tronco para a hidrologia ebiogeoquímica dos ecossistemas florestais é destacada pelo crescenteinteresse da comunidade científica desde os anos 1970. Para resumiras principais contribuições dos estudos de escoamento pelo tronco (Sf)dos últimos anos, este trabalho apresenta uma revisão sistemática daliteratura, incluindo 375 publicações científicas de 2006 e 2019. O Sf emarbustos demonstrou uma eficiência superior (11,1%) ao escoamentopelo tronco em espécies arbóreas (3,6%). Galhos, textura e composiçãodas cascas, capacidade de saturação das folhas e intensidade dosventos foram identificados como os fatores que mais influenciam o Sf.No entanto, apesar do crescente número de publicações sobre o tema,a maioria concentra-se em regiões semiáridas da Ásia, principalmentena China e em regiões temperadas. Assim, para as regiões tropical esemiequatorial, ainda há um desconhecimento sobre o papel dasdiferentes espécies no ciclo biogeoquímico em relação ao Sf.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-06T21:13:02Z No. of bitstreams: 1 DisertacaoMarcioFormatoUERJ 8.pdf: 1185419 bytes, checksum: 50c2985d0129f54d73b85f99209d9f59 (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-06T21:13:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DisertacaoMarcioFormatoUERJ 8.pdf: 1185419 bytes, checksum: 50c2985d0129f54d73b85f99209d9f59 (MD5) Previous issue date: 2012-05-31 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro One way to generalize Einstein's theory of gravitation is by the addition of terms that depend on scalar formed with Ricci and Riemann tensors, such as (Ricci)2 or (Riemann)2 in the lagrangians.These theories have been intensively studied in recent years, since they can be used to describe the accelerated expansion of the universe in the standard cosmological model. One of the challenges to modify Einstein's theory is to limit the ambiguity in the choice of the dependence of the Lagrangian with the aforementioned scalars. The purpose of this dissertation is to put limits on the possible Lagrangians imposing that the waves(ie, linear perturbations) propagate in a vacuum without the appearance of shocks. Uma forma de generalizar a teoria de Einstein da gravitação é incorporar na lagrangiana termos que dependem de escalares formados com os tensores de Ricci e Riemann, tais como (Ricci)2, ou (Riemann)2. Estas teorias tem sido estudadas intensamente nos últimos anos, já que elas podem ser usadas para descrever a expansão acelerada do universo no modelo cosmológico standard. Entre os desfios de modificar a teoria de Einstein, se encontra o de limitar a ambiguidade na escolha da dependência da lagrangiana com os escalares antes mencionados. A proposta desta dissertação é a de colocar limites sobre as possíveis lagrangianas impondo que as ondas (isto é, perturbações lineares) se propaguem no vácuo sem que apareça, shocks.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-06T21:02:36Z No. of bitstreams: 1 TESE-EDUARDO.pdf: 5285352 bytes, checksum: 5722697db1ee41ed0ae3c51348f286b6 (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-06T21:02:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE-EDUARDO.pdf: 5285352 bytes, checksum: 5722697db1ee41ed0ae3c51348f286b6 (MD5) Previous issue date: 2008-10-23 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior This work consists of applying spectral methods to obtain the evolution of isolated systems that can emit gravitational waves in the full nonlinear regime of General Relativity. The perspective of detection of gravitational waves in the next years means that the construction of angular and temporal patterns of gravitational waves emitted by systems that are strong candidates for intense sources of gravitational waves has become pressing.The evolution of spheroids of matter emitting gravitational waves and a null radiation field is studied in the realm of radiative Robinson-Trautman spacetimes. The null radiation field is expected in realistic gravitational collapse and can be either an incoherent superposition of waves of electromagnetic, neutrino or massless scalar fields. We studied the evolution of the angular pattern of gravitational wave emission and the mass extraction of the bounded configuration through the emission of both types of radiations. We present the first numerical code based on the Galerkin method to integrate the field equations of the Bondi problem. Several numerical tests were performed to verify the issues of convergence, stability and accuracy with promising results. This code opens up several possibilities of applications in more general scenarios for studying the evolution of spacetimes with gravitational waves. Este trabalho consiste na aplicação de métodos espectrais para obter a evolução de sistemas isolados que possam emitir ondas gravitacionais no regime não-linear pleno da Relatividade Geral. A perspectiva da detecção de ondas gravitacionais nos próximos anos torna premente a construção de padrões temporais e angulares de ondas gravitacionais emitidas por sistemas que são fortes candidatos a fontes intensas de ondas gravitacionais. Estudamos a evolução de esferóides de matéria emitindo ondas gravitacionais e um campo de radiação nula onde o espaço-tempo exterior é descrito pelas equações de Robinson- Trautman. O campo de radiação nula é esperado em um colapso gravitacional realístico e pode representar uma superposição incoerente de ondas eletromagnéticas, neutrinos ou campos escalares sem massa. Analisamos a evolução do espectro de emissão de ondas gravitacionais e a extração de massa do sistema devido à emissão de ambos os tipos de radiação. Apresentamos também o primeiro código numérico utilizando o método de Galerkin para integrar as equações de campo do problema de Bondi. Realizamos vários testes numéricos para verificar a convergência, estabilidade e precisão, obtendo resultados promissores. Esse código abre várias possibilidades de aplicações em cenários mais gerais de espaços-tempos com ondas gravitacionais.

Este trabalho se propõe como uma análise histórica da questão da subjetividade tal como ela foi pensada desde sua emergência com Descartes, até Freud. Não se trata propriamente da história de um conceito, mas de uma abordagem histórica a um espaço mais amplo de questões que tem como referencial o sujeito e a subjetividade. O texto está dividido em três partes. Na Parte I, é analisada a emergência da subjetividade como objeto do saber e o esforço do racionalismo para identificá-la com a razão. A Parte 11, é dedicada à abordagem empirista e seus desdobramentos psicológicos. A Parte III é toda ela ocupada pela questão da clivagem da subjetividade operada pela teoria psicanalítica. O objetivo mais imediato do trabalho, é o de confrontar as virias concepções da subjetividade considerada como una e identificada com a consciência, ã concepção que nos é oferecida por Freud e que implica numa subjetividade clivada e num descentramento da razão. Face a este objetivo, a divisão do trabalho em suas duas partes iniciais, não se oferece como rigorosa mas visa apenas uma maior comodidade expositiva. O objetivo mais amplo do trabalho é, no entanto a delimitação da questão do platonismo que serve de tessitura ao conjunto dos discursos que compõem o texto, inclusive ao discurso psicanalítico. This work proposes to be a historical analysis of the question of subjectivity such as it has been understood since its inception from Descartes until Freud. It is not the history of a concept actually, but rather the historical approach of a broader area of matters with the individual and subjectivity as references. The text is divided into three parts. In Part I it is analysed the emergence of subjectivity as object of knowledge, and the effort of ·rationalism to identify it with the reason. Part II is concerning the empiricism approach and its psychological unfoldings. Part III is all concerned with the question of cleavage of subjectivity operated by psychoanalytical theory. The most immediate purpose of the work is to confront the various conceptions of subjectivity considered as one and identified with consciouness, with the conception as offered by Freud which implies a cleaved subjectivity and decentralization of reason. In the light of this purpose, the two initial parts of the work do not stand for a strict division, but are rather 50 divided for greater explanatory convenience. The broader purpose of the work, however, is the setting of the boundaries of the question of platonism that serves as tissue to the set of discourses which make up the text, including the psychoanalytical discourse.