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Introduzione: I papillomavirus umani (HPV) sono piccoli virus a DNA, suddivisi vari genotipi, con rischio di trasformazione oncogena per integrazione del DNA virale nel DNA cellulare; nello studio abbiamo cercato di discriminare i singoli genotipi di HPV in una popolazione salentina a rischio, afferente al Laboratorio di Biologia Molecolare e Oncologia Sperimentale (LBMOS) del Presidio Ospedaliero “Vito Fazzi” di Lecce. Materiali e metodi: Durante il biennio 2006-2007, sono stati analizzati 816 campioni di muco cervico-vaginale di donne con sospetto di HPV, o recente/pregresso episodio di infezione, con amplificazione di ORF L1. Con sequenziamento e ibridazione con sonde, siamo andati a ricercare ogni specifico genotipo di HPV presente nella popolazione a rischio. Risultati: Analizzando 816 campioni, l’HPV è risultati essere presente in 183 casi (22.4%), con un trend di crescita dal 19%del 2006 al 27%del 2007; la ricerca dei genotipi ha prodotto 37 genotipi differenti di HPV e, fra questi, i casi con maggiore frequenza sono stati quelli di HPV-16 con 37 casi (13,81%), seguiti dall’HPV-6 con 27 casi (10.07%), dall’HPV-53 con 25 casi (9.33%) e, infine, HPV-31 con 21 casi (7.84%). Successivamente apparivano, con percentuali inferiori, il genotipo 53 (MR-HPV), il genotipo 31 e il genotipo 18 (HR-HPV), poi il genotipo 66 (MRHPV), il genotipo 58 (HR-HPV) e il ceppo 61 (MR-HPV). Conclusioni: Il sequenziamento molecolare risulta il “Gold Standard” nella ricerca dell’HPV; tale metodica ha individuato, nel territorio salentino, una maggiore presenza di HPV-16 seguito, in misura ridotta, dall’HPV-6 e da altri ceppi. Tali percentuali dimostrano una specifica realtà epidemiologica e, probabilmente, tali dati, se implementati, potrebbero rivelare una realtà differente rispetto a quella della letteratura scientifica, utile per programmare la profilassi vaccinica e la realizzazione di nuovi vaccini mirati.