A. Maisa, G. Spaccaferri, L. Fournier, J. Schaeffer, J. Deniau, P. Rolland, B. Coignard, A. Andrieu, O. Broustal, S. Chene, S. Chent, E. Fougère, G. Gbaguidi, M. Hamidouche, A. Lamy, Q. Mano, B. Mastrovito, A. Mercier, G. Modenesi, G. Picard, J. Prudhomme, F. Rapilly, A. Riondel, M. Rivière, B. Villegas Ramirez, A. Zhu-Soubise, M. Zurbaran, A. Amzert, L. Andreoletti, A. Bal, R. Beaurepere, S. Behillil, L. Belec, C. Bernard, L. Bocket, L. Bouri, T. Bourlet, C. Bressollette-Bodin, S. Brichler, C. Brugerolles, S. Cado, V. Calvez, N. Capron, S. Castelain, J. Castro-Alvarez, M.-L. Chaix, C. Charpentier, D. Che, C. Chillou, P. Colson, P. Coudene, A. Crinquette, A. De Rougemont, H. Delagrèverie, C. Delamare, T. Denecker-Berardino, D. Descamps, M. Desroches, G. Destras, G. Dos Santos, A. Ducancelle, S. Ducreux, T. Duret, V. Enouf, S. Fafi-Kremer, C. Felici, S. Fourati, P.-E. Fournier, C. Gaudy, H. Germain, V. Giordanengo, O. Gorge, S. Haim-Boukobza, C. Henquell, A. Holstein, L. Houhamdi, J. Izopet, V. Jacomo, A. Jacques, M.-C. Jaffar-Bandjee, M. Jimenez, L. Josset, S. Kemeny, M.-E. Lafon, A. Le Bars, G. Le Corguille, Q. Lepiller, A. Levasseur, N. Leveque, B. Lina, C. Madelaine, C. Malabat, S. Marque-Juillet, T. Martin-Dunavit, P. Mavingui, A. Merens, I. Messak, L. Morand-Joubert, X. Naudot, P. Neybecker, J.-M. Pawlotsky, L. Pilorge, J.-C. Plantier, C. Poggi, M. Pretet, C. Ragot, H. Raoul, S. Rogez, A.-M. Roque-Afonso, B. Roquebert, D. Rousset, F. Rozenberg, C. Sagot, S. Sahnoune, D. Salgado, O. Sand, C. Saudemont, E. Schvoerer, E. Simon-Loriere, R. Stephan, J. Sudour, V. Thibault, E. Tuaillon, A. Vabret, E. Vallee, S. Van Der Werf, J. Van Helden, L. Verdurme, A. Vignola, D. Wilkinson, Y. Yazdanpanah, Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], EMERGEN consortium, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), NASA Ames Research Center (ARC), Service d'Hépato-Gastro-Entérologie et Nutrition [CHU Limoges], CHU Limoges, Département lmage et Traitement Information (IMT Atlantique - ITI), IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Equipe DECIDE (Lab-STICC_DECIDE), Laboratoire des sciences et techniques de l'information, de la communication et de la connaissance (Lab-STICC), École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Institut des Géosciences de l’Environnement (IGE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé publique France, the French national public health agency.Caisse nationale d’assurance maladie (Cnam), the national health insurance funds.'Enhancing Whole Genome Sequencing (WGS) and/or Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) national infrastructures and capacities to respond to the COVID-19 pandemic in the European Union and European Economic Area' Grant Agreement ECDC/HERA/2021/007 ECD. 12221., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), and COMBE, Isabelle