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Litopenaeus vannamei is one of the most farmed decapod crustaceans most worldwide. Shrimp farming is an area in aquaculture that has grown rapidly since the 80s. This successfully grown industry has been affected by microbial infections causing millions of dollars in annual losses. Research groups around the world are working to generate solutions to these problems, using biotechnology bases such as development of immunostimulants with microbial origin, and secondly elucidate basic molecular mechanisms of innate immune system. This research work used an organic silicon enriched-fertilizer (FESO) for immunostimulant purpose; background indicates that FESO promotes the expression of immune system related genes and immune parameters, such as, total circulate hemocyte count and increase of superoxide anion. The aim was to identify which genes are related with immune system signaling pathways and genes related to innate immune response. Next Generation Sequencing (Pyrosequencing 454) and functional genomics approach were used, two libraries (control and FESO treated) and pooled tissues; genes were identified with a bioinformatics analysis using de Novo assembly with the algorithm de Brujin graphs. Afterwards, interest genes (innate immune system and signaling pathways of innate immune system related) were selected and evaluated by ubiquity analysis in tissues from healthy organisms; 10 genes related to antimicrobial peptides, cascade inhibitor serin-protease, pattern recognition proteins, cellular signal transduction, immune response of proteases, and antiviral response to evaluate ubiquity in ventral ganglion, heart, hemocytes, stomach, muscle, gills, hepatopancreas, and epidermis [...] Litopenaeus vannamei es el crustáceo decápodo más cultivado a nivel mundial. La camaronicultura es un área de la acuacultura que ha crecido de forma acelerada, desde los años 80’. Este exitoso crecimiento industrial se ha visto afectado por infecciones causadas por microorganismos generando millones de dólares en pérdidas anuales. Diversos grupos de investigación de todo el mundo trabajan para generar soluciones a estos problemas, utilizando para ello bases biotecnológicas, como el desarrollo de inmunoestimulantes de origen microbiano, y por otro lado dilucidar mecanismos moleculares básicos del sistema inmune innato. En este trabajo se planteó usar un fertilizante enriquecido en silicio orgánico (FESO) como suplemento inmunoestimulante, teniendo para ello el antecedente de que el FESO promueve la expresión de genes relacionados con el sistema inmune y parámetros inmunes significativos en camarón, como el conteo total de hemocitos y el aumento de anión superóxido. El objetivo fue identificar cuáles son los genes de las rutas de señalización que promueven la expresión de genes relacionados con la respuesta inmune. Se utilizó la secuenciación masiva (pirosecuenciación 454), y el enfoque de la genómica funcional para realizar un primer screening a tejidos de camarón previamente expuestos por inmersión al FESO, con un mezcla de ARN de diferentes tejidos y utilizando un control. Se realizó un profundo análisis bioinformático y el enfoque del ensamble de Novo utilizando grafos de Brujin como algoritmo. Posteriormente, se realizó selección de genes de interés (genes relacionados a la respuesta inmune y rutas de señalización) y se evaluó la ubiquidad en tejidos de organismos sanos. 10 genes relacionados a la expresión de péptidos antimicrobianos AMPs, inhibidores de la cascada serin-proteasa, proteínas de reconocimiento de patrones, transducción de señales celulares, respuesta inmune de proteasas, respuesta antiviral, fueron los candidatos para evaluar ubiquidad en ganglio, corazón, hemocitos, estomago, musculo, branquias, hepatopáncreas y epidermis [...]

[ES] El cáncer se describe como un conjunto de enfermedades caracterizadas por un desarrollo tisular incontrolado, donde las células afectadas consiguen evadir los mecanismos intrínsecos de control frente a la muerte celular o la proliferación controlada. Se trata de enfermedades multi-génicas donde una serie de mutaciones en genes clave se encargan de dirigir el proceso de desarrollo tumoral. En este contexto, la biología de sistemas aporta el marco idóneo para el estudio del cáncer ya que permite describir las alteraciones en la función biológica como cambios en el sistema, más allá de los elementos individuales afectados. De especial relevancia lo constituye el estudio de las rutas de señalización ya que se implican en funciones esenciales como el ciclo celular. Este trabajo se centra en el estudio de las rutas de señalización y de sus alteraciones en un conjunto amplio de cánceres recopilados a través de dos consorcios internacionales (TCGA e ICGC). La metodología de análisis empleada descompone el conjunto de rutas en cascadas de señalización encargadas de llevar a cabo funciones específicas. De especial relevancia dentro del trabajo supondrá determinar qué cambios se producen en la comunicación entre cascadas con funciones relacionadas a consecuencia de la enfermedad, así como de otros parámetros más específicos como el subtipo tumoral, el estadío o la probabilidad de supervivencia., [EN] Cancer is described as a set of diseases characterized by uncontrolled tissue development, where the affected cells evade the intrinsic control mechanisms against cell death or controlled proliferation. Those are multi-gene diseases where a series of mutations in key genes are responsible for the direction of the tumor development process. In this context, systems biology provides the ideal framework for the study of cancer because it allows to describe biological function alterations as changes in the system, beyond the individual elements affected. Of particular relevance is the study of signaling pathways as they are involved in essential functions such as cell cycle. This work focuses on the study of signaling pathways and their changes in a wide range of cancers collected through two international consortia (TCGA and ICGC). The used methodology of analysis decomposes the set of pathways in signaling cascades responsible for carrying out specific functions. Of particular relevance in the work will be the determination of communication changes between cascades with related functions as a result of the disease, as well as other specific parameters such as tumor subtype, stage or survival chance.

Se ha realizado la localización de una zona donde poder desarrollar dicha señalización. Se estudiaron los alrededores con buena accesibilidad y se descubrió que la zona poseía gran cantidad de fuentes histórica, paisajística, turística, ecológica y faunística debido a su ubicación dentro del municipio Gandía. Por todo esto, se ha decidido señalar la senda de acceso al Castillo de Bairén, de esta manera, se puede dar a conocer a todas las personas que lo deseen la gran belleza paisajística e histórica del lugar. Señalizar la senda, con el fin de facilitar el acceso y fomentar el conocimiento de algunas notas de vegetación e historia del lugar, para diversificar la oferta turística de la localidad. Así, la señalización de la senda del castillo de Bairén facilita el acceso y fomenta el conocimiento de algunas notas de vegetación e historia del lugar mediante la instalación de paneles informativos, a la vez que da la oportunidad de dar un agradable paseo por la naturaleza con unas buenas vistas de los alrededores, dada la estratégica localización del mismo y ampliar la vasta oferta de ocio-deporte y cultura de la localidad.

The Pego-Oliva Marsh Nature Reserve, located between the provinces of Alicante and Valencia (Spain), has a network of unmarked trails. Currently there is a bicycle path that runs through the southern boundary of the park and one that reaches the Font Salada, located in the north of the park. For this reason, it is necessary to link these two pathways together, in order to have one continuous pathway from Dénia (Alicante) to Gandia (Valencia). Thus, the signaling of an interpretative pathway called "The rice route" for people and cyclists is designed using the existing livestock trail that crosses the nature reserve from the south to the north., El Parque Natural del Marjal de Pego-Oliva, entre las provincias de Alicante y Valencia (España), tiene una red de caminos sin señalizar que lo recorren. Actualmente hay un carril bici que pasa por el límite sur del parque, y una vía señalizada para bicicletas que llega hasta la Font Salada, al norte del parque. Por ello, se necesita enlazar estas dos vías, para así obtener una vía continua desde Dénia (Alicante) a Gandia (Valencia). De este modo, se ha diseñado la señalización de un itinerario interpretativo llamado "la ruta del arroz" para los visitantes y ciclistas, aprovechando la existencia de una vía pecuaria que atraviesa el parque natural de sur a norte.

El adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC) es la quinta causa de muerte por cáncer en los países desarrollados y uno de los tumores humanos más agresivos. A pesar del papel clave de la angiogénesis -la formación de nuevos vasos a partir de otros preexistentes- en la progresión y metástasis de muchos tumores, su papel en PDAC ha sido poco caracterizado. El activador tisular del plasminógeno (tPA), una proteína multifuncional que regula numerosas funciones celulares, ejerce efectos proangiogénicos en modelos in vivo de PDAC, aunque no se han analizado los mecanismos moleculares responsables de estos efectos. Esta tesis trata de identificar el papel de tPA en la angiogénesis del PDAC, así como de descubrir los factores responsables de la sobreexpresión de tPA en cáncer de páncreas. En primer lugar, hemos demostrado que los efectos pro-angiogénicos de tPA pueden ser tanto directos como indirectos. Por un lado, aunque tPA no cambia los niveles de moléculas pro-angiogénicas como VEGF, TGF-b, IL-1 o IL-8 producidas por las células tumorales o endoteliales, sí que induce la sobreexpresión y activación de MMP-9, una metaloproteasa implicada en promover angiogénesis, sugiriendo por tanto que esta proteína puede mediar de forma indirecta los efectos proangiogénicos de tPA. Por otro lado, hemos encontrado que tPA, de forma independiente de su actividad catalítica, promueve directamente la proliferación, migración y tubulogénesis de las células endoteliales. Estos efectos son mediados por la activación en estas células de las rutas de señalización ERK1/2, AKT y JNK. Además, mediante siRNA o inhibidores químicos, hemos encontrado que Annexina A2, Galectina-1 y EGFR son necesarios para la activación de la señalización inducida por tPA en células endoteliales. Finalmente, hemos visto que citoquinas inflamatorias e hipoxia, dos eventos asociados a PDAC y además inductores de angiogénesis, dan lugar a un fuerte incremento de los niveles de tPA en células tumorales pancreáticos. Todos estos datos apoyan un mecanismo de retroalimentación positiva entre estímulos proangiogénicos presentes en las células tumorales y el estroma, y el incremento de la molécula proangiogénica tPA., Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is the fifth leading cause of cancer death in the developed countries and one of the most aggressive human tumors. Despite the key contribution of angiogenesis – the growth of new vessels from pre-existing ones- to the progression and spread of many cancers, its role in PDAC has been poorly characterized. Tissue plasminogen activator (tPA), a multifunctional protein regulating a broad range of cellular functions, has been reported to exert pro-angiogenic effects in in vivo models of PDAC, although the underlying molecular mechanism has not been analyzed. This work aims to elucidate the role of tPA in the angiogenesis of PDAC as well as to identify the factors responsible for tPA increase in pancreatic cancer. First, we demonstrated that tPA pro-angiogenic effects are both indirect and direct. On the one hand, tPA does not change the levels of the pro-angiogenic molecules VEGF, TGF-b, IL-1 or IL-8 produced by pancreatic tumoral cells or endothelial cells, but it is involved in MMP-9 –a potent stimulator of angiogenesis- upregulation and activation in pancreatic and endothelial cells, suggesting that this matrix metalloproteinase can indirectly mediate tPA angiogenic effects. On the other hand, we found that tPA, in a catalytic-independent way, directly promotes endothelial cell proliferation, migration and tubulogenesis. These direct effects of tPA are mediated by activation of ERK1/2, AKT and JNK signaling pathways in endothelial cells. In addition, using siRNA technology or chemical inhibitors, we found that AnnexinA2, Galectin-1 and EGFR are required for tPA-mediated signaling activation in endothelium. Finally, we found that inflammatory cytokines and hypoxia, two hallmarks of PDAC and also angiogenic stimuli, lead to a sharp increase in tPA levels in pancreatic tumoral cells. These data support a feed-back loop between proangiogenic stimuli present in both tumoral and stromal cells and the increase of the proangiogenic molecule tPA.

En este trabajo de tesis doctoral se ha utilizado el organismo modelo Saccharomyces cerevisiae para estudiar cómo las células eucariotas responden a nivel molecular y se adaptan eficazmente a cambios en la concentración osmótica del medio. Este hecho suscita gran interés en la industria de las fermentaciones; también en la agricultura, dado el creciente problema de salinidad de los suelos. Los resultados obtenidos a través de la utilización de técnicas bioquímicas y de biología molecular demuestran que en situaciones de estrés, las células de levadura ajustan sus niveles de ergosterol a través de la activación de una compleja cascada de regulación transcripcional. Este descubrimiento ha revelado nuevos datos que ayudan a entender mejor la homeostasis de esteroles. Este proceso es fisiológicamente similar al que ocurre en células de mamíferos, donde es fundamental mantener los lípidos a niveles óptimos, ya que alteraciones en los mismos pueden dar lugar a enfermedades como la obesidad, diabetes tipo 2 o arterioesclerosis. Por otra parte, muchas infecciones fúngicas en individuos inmunodeprimidos se tratan mediante el empleo de drogas que actúan sobre enzimas de la ruta de biosíntesis de ergosterol, lo que sostiene la relevancia del estudio de la regulación de la síntesis de este lípido de membrana. Por último, el análisis genómico mediante ensayos ChIP-Chip y ChIP-Seq de algunos de los principales reguladores implicados en la compleja respuesta a estrés osmótico, aporta nueva información para comprender cómo los organismos, a través de la evolución, han organizado diferentes -pero estrechamente vinculados- módulos de regulación para hacer frente rápidamente a situaciones de estrés., Martínez Montañés, FV. (2010). Adaptación a estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae: Caracterización genómica de factores de transcripción involucrados y represión de la biosíntesis de ergosterol [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. doi:10.4995/Thesis/10251/9311.