The biological diversity of the Chilean marine ecosystem (CME) has recently become an issue of interest to Chilean scientists and authorities concerned about the impact of human activities and ongoing climate change on the structure, functioning, and sustainable use of this large marine region, recognized as one of the most productive ecosystems of the world`s is oceans. In this paper, the available information is examined in order to describe the major environmental characteristics of the CME and its associated flora and fauna, both in the benthic and pelagic systems, with the main goal of identifying environmental discontinuities and boundaries which may serve to define biogeographical units and characterize their biodiversity patterns. Physical and chemical processes are also described. In the pelagic system, three major regions may be identified: (1) the Northern Upwelling Region (18º-30º S), (2) the Central/Southern Upwelling Region (30º-42º S), and (3) the Austral Fjords Region (42º_55ºS). These could be defined as biogeographical units, though biodiversity patterns may still require further analyses. For the benthic system, two major provinces are distinguished: the Peru-Chile province (from Paita in Peru to Valparaíso in Chile) and the Magellanic province (Chiloé Island to Cape Horn). A clear transition zone at about 30ºS has also been described. The limits of these biogeographical regions, however, are not fixed and may vary seasonally and interannually. Diversity patterns, as well as dominant and key species inhabiting these biogeographic compartments, are described on the basis of the available data. The studies now required to obtain better information to describe diversity and to identify the underlying processes are stressed, as well as the needs for initiating large scale and long-term programs for monitoring species and processes in the CME that may allow future analyses of diversity patterns along the Chilean coast for conservation purposes.La diversidad biológica del ecosistema marino de Chile (CME) es un tema de alto interés para los científicos y autoridades de Chile, dada la actual preocupación por el impacto que las actividades humanas y los cambios climáticos pudieran tener sobre la estructura, funcionamiento y sustentabilidad de la productividad de esta gran región marina, reconocida como una de las más productivas del océano mundial. En el presente trabajo hemos examinado la información disponible con el objeto de describir las características ambientales más importantes del CME, así como su flora y fauna, tanto en el sistema bentónico como pelágico, con una meta esencial dirigida a la identificación de discontinuidades y barreras ambientales, las cuales pueden servir para definir unidades biogeográficas, y así caracterizar patrones de biodiversidad. Los principales procesos físicos y químicos también son descritos. En el sistema pelágico identificamos tres regiones mayores: (1) La región norte de surgencia (18º-30º S), (2) La región centro/sur de surgencia (30º-42º S), y (3) La región austral de fiordos (42º_55ºS). Estas regiones podrían ser definidas como unidades biogeográficas, aunque sus patrones de biodiversidad pueden aún necesitar análisis adicionales. Para el sistema bentónico dos provincias mayores son distinguibles: la provincia Perú-Chile (desde Paita en Perú a Valparaíso en Chile), y la provincia Magallánica (Isla de Chiloé a Cabo de Hornos). Una clara zona de transición alrededor de los 30º S también ha descrito. Los límites de estas regiones biogeográficas no son sin embargo fijos, y pueden variar estacionalmente y entre años. Los patrones de diversidad, así como las especies dominantes y claves que habitan estos compartimentos biogeográficos son descritos sobre la base de datos disponibles. Los estudios necesarios para obtener información más robusta para describir la diversidad y los procesos que la sustentan son enfatizados, así como la necesidad de iniciar programas de monitoreo y procesos en el CME de gran escala y largo término, que puedan permitir futuros análisis de patrones de biodiversidad a lo largo de la costa chilena para propósitos de conservación