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Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) is a seed‐transmitted vascular pathogen causing black rot disease on cultivated and wild Brassicaceae. Xcc enters the plant tissues preferentially via hydathodes, which are organs localized at leaf margins. To decipher both physiological and virulence strategies deployed by Xcc during early stages of infection, the transcriptomic profile of Xcc was analysed 3 days after entry into cauliflower hydathodes. Despite the absence of visible plant tissue alterations and despite a biotrophic lifestyle, 18% of Xcc genes were differentially expressed, including a striking repression of chemotaxis and motility functions. The Xcc full repertoire of virulence factors had not yet been activated but the expression of the HrpG regulon composed of 95 genes, including genes coding for the type III secretion machinery important for suppression of plant immunity, was induced. The expression of genes involved in metabolic adaptations such as catabolism of plant compounds, transport functions, sulphur and phosphate metabolism was upregulated while limited stress responses were observed 3 days postinfection. We confirmed experimentally that high‐affinity phosphate transport is needed for bacterial fitness inside hydathodes. This analysis provides information about the nutritional and stress status of bacteria during the early biotrophic infection stages and helps to decipher the adaptive strategy of Xcc to the hydathode environment., In planta transcriptomic analysis of Xanthomonas campestris inside cauliflower hydathodes reveals the adaptative processes at play during early infection.

L'introduction des technologies émergentes en classe - comment les interfaces tangibles et de robotique éducative impliquent des changements sur l'apprentissage, sur la structuration du cours, sur la posture des enseignants. Les enseignants expriment le besoin de ressources bien structurées pour repenser l'ingénierie didactique du cours ainsi qu'une valorisation de l'apprentissage collaboratif. Donc, face à l'évolution technologique et à ces enjeux amenés aussi par la crise du COVID-19, il semble important d'identifier les contours actuels du travail collaboratif afin de le soutenir et de contribuer à catégoriser les pratiques enseignantes les plus favorables avec les interfaces tangibles & la robotique éducative pour soutenir tous les élèves et notamment ceux en difficulté. Nous présentons un projet en cours de développement qui adresse les questions suivantes : quelles sont les modalités et les scénarios d'apprentissage techno-créative en matière de programmation et de robotique éducative à mettre en œuvre auprès des enfants ? Comment la robotique éducative peut-elle améliorer les apprentissages fondamentaux ? L'objectif principal est de développer une série de scénarii pédagogiques impliquant l'utilisation de la robotique éducative et des interfaces tangibles (TUI) dans des contextes d'apprentissage collaboratif permettant d'améliorer les apprentissages fondamentaux à destination des formateurs. Le projet souhaite faciliter la mise en place d'approches pédagogiques mobilisatrices d'apprentissages collaboratifs supportés par le numérique, et ce au sein même de la classe. Dans ce but, le projet explore les potentialités des interfaces tangibles (TUI) et de la robotique pour accompagner les pratiques enseignantes associées. Pour répondre au mieux aux besoins et aux attentes des élèves et des enseignants, tant ergonomiques, pédagogiques que technologiques, le projet couple les principes et méthodes d'interaction homme-machine et d'ingénierie pédagogique. Il se fonde sur les principes de la conception participative et du co-design en living lab et en classes de Cycles 3 et 4. Il associe ainsi praticiens, chercheurs, ingénieurs, mais aussi élèves et start-up et associations tout au long du projet. Nos travaux s'inscrivent dans le cadre de l'articulation recherche-formation-terrain. La collecte de scénarios (directement auprès des enseignants) permet d'avoir une vision réelle des usages en classe et la modélisation de ces scénarios à l'aide de la recherche scientifique permet d'identifier les variables significatives en faveur de l'apprentissage collaboratif pour les fondamentaux. Enfin, la conception soutenue pour un outil d'étalage peut aider les formateurs dans la pratique professionnelle en classe en temps réel avec une application physique et / ou numérique et avec une collecte de données en temps réel pour soutenir l'apprentissage collaboratif.

Oligonucleotides used in this study. (PDF 865 kb)

Scatter plots of the normalized expression levels of the 141 hrpG -regulated genes of strain CFBP 5828R of X. campestris pv. raphani by RNA sequencing (Table 4 , Fig. 4a ). (PDF 635 kb)

International audience; The Xanthomonas campestris species causes different diseases on a wide range of Brassicas and is composed of at least four pathovars (campestris, incanae. raphani. unnamed). This species encompasses both vascular and non-vascular pathogens. A comparative genomic analysis of X campestris diversity was performed at the intraspecific and intrapathovar levels by sequencing more than 40 strains. Structural genome annotation was performed and benefited from deep sequencing of small and large RNAs. This approach allowed the exact determination of transcriptional start sites and the identification of small noncoding RNAs. We also used RNA sequencing to characterize the type III regulon in several strains and could identify novel type 111 effectomes. Core and variable genomes and type 111 effectomes were determined. These results evidenced an unsuspected genomic diversity in this species. The latest progress in this project will be presented. (Texte intégral)

Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) est un phytopathogène vasculaire responsable de la pourriture noire des crucifères d'intérêt agronomique comme le chou-fleur, le chou, le navet et le radis ainsi que la plante modèle Arabidopsis thaliana. L'effecteur de type JII XopAC/AvrAC confère l'avirulence à Xcc chez l'ecotype Col-0 d'Arabidopsis. XopAC interagit avec plusieurs RLCK (Receptor-Like Cytoplasmic Kinase) de la famille VII importantes pour la PTI (PAMP-triggered immunity) et de I'ETI (Effector-triggered immunity) et les inhibe par uridylylation: BIKl (Bottytis-lnduced Kinase 1) et RIPK (RlN4-interacting receptor-like protein kinase). Au sein de l'équipe, nous avons pu montrer que XopAC interagit avec d'autres RLCK de la famille Vll. De manière particulièrement intéressante, les mutants RLCK ripk et pbl2 (PBS1-like 2) perdent leur resistance dépendante de xopAC. Parallèlement, xopAC exprime dans des plantes transgéniques provoque un arrêt de croissance au stade cotyledon ainsi qu'une chlorose. Des mutations sxc (suppressors of xopAC) supprimant ce phénotype confèrent également la sensibilité à Xcc exprimant xopAC. Le clonage positionnel de ces mutations par séquençage haut débit a permis l'identification de deux gènes dont un code une protéine CC-NB-LRR requise pour la reconnaissance de xopAC chez Arabidopsis thaliana. L'état d'avancement de ces différents travaux sera presenté.

International audience

With the advent of new generation sequencing, the annotation of new prokaryotic (symbiont) genomic sequences increasingly occurs in a data-rich context, including a variety of libraries of short reads of transcriptomic sequences. This creates new opportunities in annotation. In this talk, I will introduce the new prokaryotic variant of the integrative gene prediction software EuGene used for plan annotation. By leveraging RNA-Seq data, EuGene becomes capable of predicting new functional structures, including untranslated transcribed regions such as non protein coding RNA genes.

With the advent of new generation sequencing, the annotation of new prokaryotic genomic sequences will occur in a data-rich context, including a variety of libraries of short reads of transcriptomic sequences. This rich context creates new potentialities in annotation. In this paper, we describe the new prokaryotic variant of the integrative gene prediction software EuGene. By leveraging RNA-Seq data, EuGene becomes capable of predicting new functional structures,including RNA genes and untranslated transcribed regions inside operons.

Optimal control laws for new Adaptive Optics concepts (wide field tomographic AO) require the implementation of techniques intended for real time identification of the atmospheric turbulence. The Kalman Filter based control law enables estimation and prediction of the turbulent phase from the measurements and corrects efficiently the different modes of this phase on the basis used for the factorization. But using such kind of processes (within the frame of an AO system for any ELT class telescope) will be extremely difficult because of the numerical complexity of the computations involved in thematrices calculations (especially the Kalman gain which is obtained by solving the Riccati equation) as well as the recording of large covariance matrices.We will propose a new method developed for geophysics and meteorology applications which allows to dramatically reduce the computation burden while allowing to deal with dynamic (non stationary) behaviors of turbulence parameters. We briefly present a first approach: the Ensemble Kalman Filter and some drawbacks of this statistical method. Then an extension of this approach, the Ensemble Transform Kalman Filter is analyzed. A basic theoretical formulation is given and several advantages are pointed out, especially the possibility of using a non stationary model combined with distributed parallel environment implementation in the context of an ELT application. First simulations results are presented in the case of zonal Single Conjugate Adaptive Optics.

The document presents the Final Study of the OWL NIR Imaging CAmera (ONIRICA) instrument design, as it was submitted to the European Southern Observatory. See https://www.eso.org/sci/facilities/eelt/owl/Publications.html, at this web page the document is freely available for download. The scope of this document is to report a conceptual study of an imaging camera that should fully exploit the sensitivity and spatial resolution capabilities of OWL in the near-IR. This camera will take advantage of a low-order correction exploited by an MCAO system. The conceptual study also includes the very preliminary design of the MCAO wavefront sensor that drives the tertiary adaptive mirror of the telescope with the purpose of removing essentially the layers close to the ground. Provisions to extend the design of the WFS to full MCAO correction are also presented. An analysis of the relevant science cases is carried out together with a simulation of the possible results that the camera could achieve, above all in terms of sky coverage and limiting magnitudes and when compared to possible 30-60 meters class competitor telescopes.

Atmospheric turbulence disturbs the propagation of light coming from astronomical objects. One can observe a loss of resolution on the image given by a telescope. Adaptive optics allows to recover the diffraction limited resolution. Multiconjugate adaptive optics also allows to enlarge the isoplanatic field.On new adaptive optics systems (high dynamics and large field of view), the control law has to be choosen in a way that minimizes the residual error, notably the temporal error and the anisoplanatism error. We propose an optimal control , optimal with respect to the minimization of the residual phase variance, for classical and multiconjugate adaptive optics. It is based on the estimation of the turbulent phase with a Kalman filter followed by a state feedback and is developped in the state vector formalism. It takes into account the prior knowledge as the measurement noise, the turbulence profile in altitude, Kolmogorov statistics and the wind speed. We quantify the gain provided by this approach with respect to a usual approach in numerical simulations in the cases of classical and multiconjugate adaptive optics. We discuss the robustness of the performances of the optimal reconstruction.We also present the preparation of an experimental validation at Onera.; La turbulence atmosphérique perturbe la propagation de la lumière provenant d'objets astronomiques. Au foyer du télescope, on observe sur l'image obtenue une perte de résolution angulaire. L'optique adaptative permet de retrouver la résolution théorique du télescope. L'Optique Adaptative Multiconjuguée devrait de plus permettre d'élagir le champ isoplanétique en sortie du système. Dans le contexte des futurs systèmes d'Optique Adaptative (à haute dynamique ou à grand champ), la loi de commande du système doit être choisie de façon à optimiser les performances. Elle doit notamment permettre de minimiser l'erreur temporelle ou l'anisoplanétisme résiduel. Nous proposons une commande optimale au sens de la variance de phase résiduelle minimale pour l'Optique Adaptative Classique et l'Optique Adaptative Multiconjuguée. L'approche que nous présentons est basée sur une estimation de la phase turbulente par filtrage de Kalman suivie d'une commande par retour d'état, développés dans un formalisme d'état. Cette approche prend en compte les connaissances a priori disponibles sur le bruit de mesure, le profil de turbulence en altitude, la statistique de Kolmogorov ou encore la vitesse d'évolution de la turbulence. Nous quantifions le gain apporté par cette loi de commande vis-à-vis d'une approche traditionnelle par des simulations numériques en OA classique et multiconjuguée et nous discutons la robustesse des performances approche optimale. Nous présentons également une mise en place d'une validation expérimentale sur le banc BOA de l'Onera.

Atmospheric turbulence disturbs the propagation of light coming from astronomical objects. One can observe a loss of resolution on the image given by a telescope. Adaptive optics allows to recover the diffraction limited resolution. Multiconjugate adaptive optics also allows to enlarge the isoplanatic field.On new adaptive optics systems (high dynamics and large field of view), the control law has to be choosen in a way that minimizes the residual error, notably the temporal error and the anisoplanatism error. We propose an optimal control , optimal with respect to the minimization of the residual phase variance, for classical and multiconjugate adaptive optics. It is based on the estimation of the turbulent phase with a Kalman filter followed by a state feedback and is developped in the state vector formalism. It takes into account the prior knowledge as the measurement noise, the turbulence profile in altitude, Kolmogorov statistics and the wind speed. We quantify the gain provided by this approach with respect to a usual approach in numerical simulations in the cases of classical and multiconjugate adaptive optics. We discuss the robustness of the performances of the optimal reconstruction.We also present the preparation of an experimental validation at Onera.; La turbulence atmosphérique perturbe la propagation de la lumière provenant d'objets astronomiques. Au foyer du télescope, on observe sur l'image obtenue une perte de résolution angulaire. L'optique adaptative permet de retrouver la résolution théorique du télescope. L'Optique Adaptative Multiconjuguée devrait de plus permettre d'élagir le champ isoplanétique en sortie du système. Dans le contexte des futurs systèmes d'Optique Adaptative (à haute dynamique ou à grand champ), la loi de commande du système doit être choisie de façon à optimiser les performances. Elle doit notamment permettre de minimiser l'erreur temporelle ou l'anisoplanétisme résiduel. Nous proposons une commande optimale au sens de la variance de phase résiduelle minimale pour l'Optique Adaptative Classique et l'Optique Adaptative Multiconjuguée. L'approche que nous présentons est basée sur une estimation de la phase turbulente par filtrage de Kalman suivie d'une commande par retour d'état, développés dans un formalisme d'état. Cette approche prend en compte les connaissances a priori disponibles sur le bruit de mesure, le profil de turbulence en altitude, la statistique de Kolmogorov ou encore la vitesse d'évolution de la turbulence. Nous quantifions le gain apporté par cette loi de commande vis-à-vis d'une approche traditionnelle par des simulations numériques en OA classique et multiconjuguée et nous discutons la robustesse des performances approche optimale. Nous présentons également une mise en place d'une validation expérimentale sur le banc BOA de l'Onera.