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Les apports de cette étude sont multiples et relèvent de plusieurs domaines de la recherche préhistorique. La synthèse des données permet de proposer une nouvelle datation du gisement, en attribuant la majeure partie de son remplissage à la fin du Pléistocène moyen. D’un point de vue anthropologique, la dent d’enfant découverte au sommet de la couche II complète nos connaissances sur le peuplement anténéandertalien du Midi méditerranéen. La grotte des Cèdres prend place désormais parmi les ra...

Située en basse Provence occidentale, dans le massif de la Sainte Baume, à une trentaine de kilomètres de Marseille, la grotte des Cèdres a fait l’objet dans les années 50 d’une première campagne de fouilles reprises en 1987 sur un témoin stratigraphique parfaitement conservé. Ces dernières ont permis de reconnaître deux niveaux d’occupation humaine de faible durée située dans un environnement frais de la fin du Pléistocène moyen. La mise en évidence d’une industrie lithique originale, la découverte du plus grand nombre de restes de Tahr (Ongulé) rissien trouvés en Europe, appartenant à une nouvelle espèce et la détermination de nouvelles sous-espèces de Rongeurs et de Lapin confèrent à ce gisement une place de première importance en Europe méditerranéenne. L’intérêt du site est encore accru par la présence d’un reste humain. Situated in South-Western Provence in the massif of Sainte-Baume, some thirty kilometres from Marseille, the Grotte des Cèdres (Var) was first excavated during the 1950s. In 1987 re-excavation took place and comprised the reexamination of conserved standing stratification. This re-examination permitted the identification of two human occupation levels, both of short periods, situated in a cool environment at the end of the Middle Pleistocene. With the identification of a new lithic industry. the discovery of the largest quantity of Tahr Rissien remains in Europe belonging to a new species, and the determination of new sub-species of Rodents and Rabbit, this site is now to be placed amongst those of major importance for the Mediterranean Europe, which is further increased by the presence of a human remain.

L’industrie lithique peu abondante et de facture médiocre provient essentiellement de la couche II. Taillée à partir de calcaires siliceux et de nodules de silex chailleux de l’Albien local, elle peut se définir comme un Moustérien de débitage non Levallois riche en racloirs et en denticulés. Le trop petit nombre de pièces retouchées n’a pas permis de comparaison véritable avec les ensembles moustériens de la période et de la région concernées. L’étude des surfaces osseuses a mis en évidence la présence de stries de boucherie sur les restes appartenant à l’Ours du Tibet, au Tahr, au Sanglier, au Chevreuil et au Chamois. The lithic Industry, limited in number and poor in quality, comes mostly from level II. Worked from siliceons limestone and nodules of siliceons concretion of the local Albien, the industry can be described as a non Levallois Mousterian debitage industry rich in scrapers and denticulates. The very small number of retouched pieces has not allowed a real comparison with the Mousterian assemblages of the period and the region concerned. The study of the bones’ surface showed butchering marks on remains of Ursus thibetanus, Hemitragus cedrensis, Sus scrota, Cervus elaphus, Capreolus capreolus.

Le site a livré une faune de grands Mammifères peu abondante mais bien conservée. L’étude met en évidence une association dominée par le Tahr (Hemitragus cedrensis). Les analyses conduisent à préciser la morphométrie de l’espèce et débouchent sur la question des isolats géographiques. La présence du Glouton (Gulo) et du Bœuf musqué (Ovibos) est définitivement infirmée. La liste révisée permet d’établir aux côtés du Tahr la présence de Canis lupus, Vulpes vulpes, Ursus arctos, Ursus thibetanus ssp., Ursus spelaeus, Lynx spelaea, Felis silvestris, Equus sp., Sus scrofa, Cervus elaphus, Capreolus capreolus, Rangifer tarandus, Bos primigenius, Bison sp., Rupicapra rupicapra. Le Renne, élément rare des faunes provençales, suggère une détérioration climatique au sommet du remplissage, alors que la base renferme une association plus tempérée. Les résultats sont confrontés aux données actuelles de l’environnement immédiat du site qui a de nos jours un caractère relique. Les restes de Lagomorphes sont abondants et représentés par une seule espèce de Lapin. Il s’agit d’une nouvelle sous‑espèce (Oryctolagus cuniculus baumensis nov. ssp.). Les Rongeurs, plus rares, sont représentés par une association à Marmota marmota mesostyla, Apodemus sylvaticus, Pliomys gr. episcopalis, Terricola duodecimcostatus, Microtus agrestis cf. jansoni, Microtus brecciensis et Arvicola sapidus. Ces deux dernières formes appartiennent à deux nouvelles sous‑espèces : Microtus brecciensis defleuri et Arvicola sapidus aupsensis. Cette microfaune permet de placer le site dans un intervalle chronologique postérieur au remplissage d’Orgnac 3 (Orgnac‑l’Aven, Ardèche) et contemporain ou légèrement plus ancien que celui du Lazaret (Nice, Alpes‑Maritimes). L’avifaune, rare, est rapportée à cf. Alectoris graeca, Columba cf. livia, cf. Turdus torquatus, Coccothraustes coccothraustes, cf. Nucifraga caryocatactes, Garrulus glandarius, Pyrrhocorax graculus cf. vetus. L’ensemble de la faune étudié par la méthode des cénogrammes permet de reconstituer un environnement ouvert et humide. L’ensemble des données paléontologiques permet de dater le remplissage de la fin du Pléistocène moyen, attribution chronologique qui n’est pas confirmée par les datations radiométriques (datations U‑Th). The site has produced a small amount of well preserved remains of large Mammals. Analyses has brought into evidence an association dominated by wild Goat (Hermitragus cedrensis). Identification has lead to precisions concerning the morphology and size of the species and to the question of geographical isolation. The presence of Gulo and Ovibos is definitively invalidated. The revised list now allows us to establish the presence with wild goat of: Canis lupus, Vulpes vulpes, Ursus arctos, Ursus thibetanus ssp., Ursus spelaeus, Lynx spelaea, Fells silvestris, Equus sp., Sus scrota, Cervus elaphus, Capreolus capreolus, Rangifer tarandus, Bos primigenius, Bison sp., Rupicapra rupicapra. Reindeer, a rare element in Provencal fauna assemblages, suggests a climatic deterioration in the higher levels, while the lower levels seal a group indicating a warmer period. These results are compared with those of the immediate environment of the site today which even now has a relic character. Remains of Lagomorphes are abundant and represented by a single species of Rabbit, a new sub‑species (Oryctolagus cuniculus baumensis nov. ssp.). Rodents, much rarer, are represented by an association of Marmota marmota mesostyla, Apodemus sylvaticus, Pliomys gr. episcopalis, Terricola duodecimcostatus, Microtus agrestis cf. jansoni, Microtus brecciensis et Arvicola sapidus. These last two species belong to a new sub‑species: Microtus brecciensis defleuri et Arvicola sapidus aupsensis. This microfauna allows us to situate the site in a chronological interval which appears to be later than the filling of Orgnac 3 (Orgnac‑l’Aven, Ardeche) and contemporary to or slightly earlier than that of Lazaret (Nice, Alpes‑Maritimes). The bird fauna, rare, is represented by cf. Alectoris graeca, Columba cf. livia, cf. Turdus torquatus, Coccothraustes coccothraustes, cf. Nucifraga caryocatactes, Garrulus glandarius, Pyrrhocorax graculus cf. vetus. The study of the fauna through the cenogramm method helps to reconstruct an open and humid environment. The paleontological evidence suggests a date at the end of the middle Pleistocene, a chronological attribution which is not confirmed by absolute dating (U‑Th dating).

La nature du matériel recueilli lors des fouilles nous permet d’attribuer la totalité des vestiges des couches V et IV à la seule activité des Carnivores alors que ceux des couches III et II peuvent être attribués à l’action combinée des Carnivores et de deux occupations humaines de très courte durée. The nature of the material recovered during excavations enables us to attribute the totality of the artefact of levels V and VI to the exclusive activity of Carnivores. That of level III and II can be attributed to the combined action of Carnivores and two human occupations of short length.

Le sommet de la couche II a livré une incisive déciduale attribuable à un enfant de deux ans environ dont la morphométrie s’accorde avec celle des Néandertaliens. On the surface of level II was found a deciduous incisor of a two years old child. Following a study of its morphology and size, it has been considered of Neanderthal type.

Le pillage du modeste témoin stratigraphique de la grotte des Cèdres (Le Plan‑d’Aups, Var), ménagé par les fouilles de M. Escalon de Fonton réalisées en 1951, a suscité une intervention de sauvetage de la part de A. Defleur en février 1987. Les fouilles ont permis la mise au jour d’un matériel archéologique original étudié par une équipe pluridisciplinaire. La grotte de dimensions modestes s’ouvre sur le flanc nord de la chaîne de la Sainte‑Baume dans un contexte biogéographique particulièrement original, véritable enclave médio‑européenne dans le domaine méditerranéen. Le témoin situé au fond de la cavité a permis l’observation, sous un niveau sépulcral chalcolithique, d’une séquence stratigraphique de quatre couches pléistocènes séparées par deux encroûtements calcaires. L’étude sédimentologique a permis de distinguer deux ensembles sédimentaires, le premier (couches II et III) de tendance plutôt froide, le second (couches IV et V) plus tempéré. The robbing of the remaining standing stratigraphic section at la grotte des Cedres (Le Plan‑d’Aups, Var) left in place after the excavations carried out in 1951 by M. Escalon de Fonton, necessitated a rescue excavation. This was directed by A. Defleurin February 1987. These excavations produced an interesting artefact assemblage which has been studied by a multidisciplinary team. The cave, of most dimensions, opens out on to the northern side of the Sainte‑Baume ridge in a bio‑geographical context of particular interest, a real middle‑European enclave within a Mediterranean context. The section excavated, situated at the back of the cavity, brought to light, beneath a level containing Chalcolithic burials, a stratigraphical sequence of four Pleistocene levels separated by two limestone formations. A study of the sediment has enabled two distinct deposits to be distinguished, the first (levels II and III) a cold period, the second (levels IV and V) a warmer period.

Citation suggérée : Anses. (2022). Avis de l’Anses portant sur des recommandations relatives à la réduction du risque de diffusion du virus Monkeypox aux animaux en France. Réponse à la première question (saisine 2022-SA-0102). Maisons-Alfort : Anses, 12 p.; Depuis le début du mois de mai 2022, de nombreux cas autochtones d’infection à virus Monkeypox (MPXV) ont été signalés dans plusieurs pays non endémiques, dont la France. Ainsi, au 8 juin 2022, 703 cas humains ont été confirmés dans l’Union européenne/Espace économique européen (UE/EEE), et 473 cas hors UE/EEE (source : ECDC). En France, au 7 juin 2022, 66 cas confirmés de Monkeypox ont été rapportés : 48 cas en Ile-de-France, 8 en Occitanie, 5 en Auvergne-Rhône-Alpes, 2 en Normandie, 1 dans les Haut-de- France, 1 en Centre-Val de Loire et 1 en PACA. À ce jour, en Europe, ces cas sont survenus sans contact avec un animal importé de zone endémique et dans un contexte de transmission interhumaine, principalement, mais pas uniquement, chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH), sans lien direct avec des personnes de retour de zone endémique (source : Santé publique France SPF). Avec l’appui des agences d’expertise, les autorités sanitaires françaises ont mis en œuvre des mesures de santé publique cohérentes avec les recommandations internationales.Le MPX est une zoonose endémique en Afrique du Centre et de l’Ouest, où le MPXV ou des traces d’infection (moléculaires ou sérologiques) ont été mises en évidence chez différentes espèces animales sauvages sans que le réservoir en ait été formellement identifié. Un épisode de cas humains est survenu aux Etats-Unis en 2003, suite à la transmission du virus à deschiens de prairie (Cynomys ludovicianus) détenus comme NAC (Nouveaux animaux de compagnie) par des cricétomes des savanes (ou rats de Gambie, Cricetomys gambianus) importés d’Afrique pour être utilisés comme NAC. Le virus a été éliminé suite aux mesures mises en œuvre au niveau des cas humains, des personnes-contacts et des animaux atteints.Les autorités sanitaires au Royaume-Uni ont émis récemment des recommandations visant à l’éviction et à la mise en observation des animaux de compagnie des cas confirmés.Il est demandé à l’Anses, « afin d’être en capacité d’adapter les mesures de santé publique :- Dans un premier temps, d’émettre des recommandations destinées respectivement aux vétérinaires et aux propriétaires, relatives à la conduite à tenir pour les animaux de compagnie (chiens, chats, rongeurs notamment) au contact d’un cas confirmé de MPX ; une réponse est attendue pour le 10 juin 2022 ;- Dans un second temps, de documenter le risque de transmission du virus par un malade à ses animaux de compagnie, à la faune péridomestique et, par l’intermédiaire des effluents domestiques notamment, à l’environnement, et d’émettre desrecommandations relatives à la réduction de ce risque.Vous préciserez également les éventuelles mesures de surveillance associées à mettre en place. Il vous est également demandé d’évaluer le risque d’importation du virus avec des animaux contaminés et d’émettre des recommandations relatives à la réduction de ce risque.Les recommandations de l’Anses sont attendues pour le 1er septembre 2022. Dans l’attente du rendu définitif de l’avis, il lui est demandé de transmettre les mesures conservatoires qui pourraient être mises en place pour limiter ces différents risques. »Le présent avis porte sur la réponse à la première question.

L’efficacité de nouvelles thérapies de la leucémie aiguë myéloïde (LAM) est testée en observant leurs effets chez des souris immunodéficientes (NOD/LTSz-scid IL2Rgamma null ou NSG) greffées avec des lignées de cellules de LAM humaines. Pour s’assurer de la prise de la greffe on a actuellement recours à des ponctions de moelle osseuse, un examen biologique très invasif. Le but était donc de substituer un ou plusieurs marqueurs sanguins, moins invasifs, qui soient aussi, voire plus, précoces que le myélogramme. Une première série de travaux a permis de démontrer que les conditions pré-analytiques permettant d’obtenir un spécimen sanguin de très bonne qualité pour des analyses hématologiques et biochimiques, en respectant la survie de la souris et son bien être étaient les suivantes : anesthésie à l’isoflurane, ponction de la veine jugulaire à l’aiguille 25G, aspiration douce de 100 à 200 μL dans un tube EDTA. Dans ces conditions, on n’observe que peu d’agrégats plaquettaires et l’addition d’agents anti-agrégants est sans effet. Le facteur déterminant de la qualité du spécimen est alors celle de la qualité de l’acte de prélèvement. L’utilisation de marqueurs sanguins nécessite d’en connaître les intervalles de référence. Cela a été fait conformément aux recommandations internationales pour les bilans hématologiques et biochimiques de routine des souris NSG dans des effectifs réduits (20 mâles et 20 femelles) pour des raisons éthiques ainsi que de coût des animaux. Par comparaison à des souris habituellement utilisées, la principale différence est la faible concentration de leucocytes, principalement de lymphocytes. Il en résulte également que l’identification des types de leucocytes par les analyseurs est souvent erronée et doit être faite sur un frottis sanguin par comptage au microscope. L’ensemble des analyses pouvant prendre beaucoup de temps, il est nécessaire de s’assurer de la stabilité des analytes étudiés dans le sang de souris. Après avoir étudié les variations des bilans hématologiques pendant 72 heures à température ambiante et en réfrigération, il apparaît que, comme dans les autres espèces, plus l’analyse est précoce meilleure est la stabilité et qu’au-delà de 24 h à 4°C des altérations notables apparaissent qui doivent être connues pour l’interprétation de l'hémogramme; un autre point essentiel est que le frottis sanguin doit être fait le plus précocement possible pour limiter au maximum les anomalies morphologiques. Chez des souris NSG ayant subi une xénogreffe de cellules de LAM humaine, peu de variations sont observées après 10 jours alors qu’elles sont nombreuses à J17, notamment avec une augmentation des concentrations de neutrophiles et de monocytes. Ces anomalies ne sont pas plus précoces que la chronologie connue de la prise de greffe mais elles sont accompagnées d’images spécifiques des nuages de points générées avec des analyseurs d'hématologie utilisant le principe de la cytométrie de flux, identifiables facilement et immédiatement donnant ainsi un marqueur très peu coûteux accessible à tous les laboratoires sans compétence spécifique en cytologie. Ayant ainsi défini les conditions pré-analytiques d’obtention de spécimens sanguins de qualité chez la souris et montré que la prise de greffe de lignées cellulaires de LAM est facilement identifiable avec une analyse hématologique de routine nécessitant un très faible volume de sang, il devient possible d’envisager leur utilisation en augmentant le nombre d’analyses chez le même sujet en réduisant le volume collecté à 50 μL ce qui pourrait permettre une détection plus précoce de la prise de greffe ; de même il faudra étudier si des variations analogues sont observées lors de greffes de LAM provenant de patients (PDX).

The obesity and overweight pandemic is a major public health issue linked to the high availability of palatable, sugar and fat-rich (Western diet, WD) food. First week food intake response to WD introduction in rodent is very robust and predictive of its propensity to become obese on a long term. It is composed of a one-day hyperphagic phase followed by a return to a normal food intake. The goal of this thesis was to determine if the gut microbiota, through acute composition and/or metabolic activity modifications, play a role in early food intake regulation following WD introduction and if so through which mechanisms. Dietary change modified the gut microbiota composition towards a pro-inflammatory context. Animal models lacking a gut microbiota (germ-free) or with a depleted gut microbiota (antibiotics) demonstrate that intestinal microbiota is involved in energy intake regulation during the first hours of WD consumption, with a decrease in food intake during the 1-day hyperphagic phase in axenic rats and satiation modifications during the first hours after dietary change (antibiotics). Gut microbiota of mice under standard diet was modified after several WD cycles and induced an increase in eating motivation at WD introduction. Initial gut microbiota composition seems predictive of food intake during the hyperphagic phase but this has to be confirmed by further analyses. Among the potential mechanisms involved in this regulation, we showed that gut microbiota could participate to the early induction of hypothalamic oxidative stress and inflammation and that it is involved in gut anorexigenic peptides transcriptional regulation in caecal enteroendocrine cells. Other interaction mechanisms between gut microbiota and food intake regulation, notably the hedonic aspect, still have to be characterized. All these results suggest a link between early gut microbiota modifications and food intake regulation, in particular towards the hedonic aspect during the first hours after dietary change. These findings pave the way to the discovery of new ways of obesity and overweight prevention around gut microbiota composition., L’épidémie de surpoids et d’obésité en lien avec la disponibilité accrue d’aliments ultra-palatables, riches en lipides et en glucides (Western diet, WD) est un problème majeur de santé publique. Chez le rongeur, le profil de prise alimentaire à très court terme sous WD est très robuste et prédictif de la propension des animaux à devenir obèses. Cette régulation comprend une phase d’hyperphagie de 24h suivie d’un retour à l’homéostasie énergétique. Le but de cette thèse a été de déterminer si le microbiote intestinal, par des variations précoces de composition ou d’activité métabolique, jouait un rôle dans ce comportement alimentaire à très court terme lors de l’introduction d’un WD et si oui, par quel(s) mécanisme(s). L’introduction d’un WD induisait des modifications précoces de composition du microbiote qui tendaient vers un contexte pro-inflammatoire. L’utilisation de modèles sans microbiote (axénique) ou dont le microbiote a été déplété par traitement antibiotique a permis de déterminer que celui-ci joue un rôle lors des premières heures de consommation de WD avec une diminution de la prise alimentaire lors de la phase d’hyperphagie (modèle axénique) et une modification du rassasiement lors des premières heures de WD (modèle antibiotiques). Le microbiote de souris sous régime standard était modifié par plusieurs cycles de WD et induisait une augmentation de la motivation à manger dès l’introduction du WD. La composition initiale du microbiote semble également prédictive de la prise alimentaire lors de la phase d’hyperphagie, ce qui doit être affiné par de futures analyses. Parmi les mécanismes potentiellement impliqués, nous avons montré que le microbiote pourrait participer à la mise en place très précoce du stress oxydant et de l‘inflammation hypothalamique et qu’il participe à la régulation transcriptionnelle des peptides anorexigènes dans les cellules entéroendocrines caecales. D’autres mécanismes d’interaction entre le microbiote et la régulation, notamment hédonique, de la prise alimentaire restent à élucider. L’ensemble de ces résultats suggère un lien entre les modifications précoces du microbiote intestinal et la régulation de la prise alimentaire, notamment hédonique lors des premières heures de consommation de WD. Ces découvertes ouvrent la voie vers de nouvelles pistes de prévention de l’obésité en lien avec la composition du microbiote intestinal.

Rodents are reservoirs of numerous zoonotic diseases caused by bacteria, protozoans, or viruses. In Gabon, the circulation and maintenance of rodent-borne zoonotic infectious agents are poorly studied and are often limited to one type of pathogen. Among the three existing studies on this topic, two are focused on a zoonotic virus, and the third is focused on rodentPlasmodium. In this study, we searched for a wide range of bacteria, protozoa and viruses in different organs of rodents from the town of Franceville in Gabon. Samples from one hundred and ninety-eight (198) small mammals captured, including two invasive rodent species, five native rodent species and 19 shrews belonging to theSoricidaefamily, were screened. The investigated pathogens were bacteria from theRickettsiaceaeandAnaplasmataceaefamilies,Mycoplasmaspp.,Bartonellaspp.,Borreliaspp.,Orientiaspp.,Occidentiaspp.,Leptospiraspp.,Streptobacillus moniliformis,Coxiella burnetii, andYersinia pestis;parasites from classKinetoplastidaspp. (Leishmaniaspp.,Trypanosomaspp.),Piroplasmidaespp., andToxoplasma gondii; and viruses fromParamyxoviridae,Hantaviridae,FlaviviridaeandMammarenavirusspp. We identified the following pathogenic bacteria:Anaplasmaspp. (8.1%; 16/198),Bartonellaspp. (6.6%; 13/198),Coxiellaspp. (5.1%; 10/198) andLeptospiraspp. (3.5%; 7/198); and protozoans:Piroplasmasp. (1%; 2/198),Toxoplasma gondii(0.5%; 1/198), andTrypanosomasp. (7%; 14/198). None of the targeted viral genes were detected. These pathogens were found in Gabonese rodents, mainlyLophuromyssp.,Lemniscomys striatusandPraomyssp. We also identified new genotypes:CandidatusBartonella gabonensis and UnculturedAnaplasmaspp. This study shows that rodents in Gabon harbor some human pathogenic bacteria and protozoans. It is necessary to determine whether the identified microorganisms are capable of undergoing zoonotic transmission from rodents to humans and if they may be responsible for human cases of febrile disease of unknown etiology in Gabon.

L'utilisation du pentobarbital de sodium (PB), injecté par voie intrapéritonéale (IP), est décrite comme une technique acceptable par les directives d'euthanasie de l'AVMA et du CCPA pour tuer les rongeurs. Cependant, de plus en plus de preuves contestent l'acceptabilité de l'IP PB. Celle-ci a été décrite comme inconsistante et il existe des données suggérant que cette technique pourrait induire de la douleur et du stress. L'objectif de cette thèse était donc de développer et d'évaluer des méthodes alternatives d'euthanasie. Au cours de l'étude pilote, nous avons développé un protocole d'injection pour les injections intrahépatiques (IH) de PB. Ensuite, nous avons testé cette injection sur des souris et des rats. Comme objectif secondaire, nous avons évalué l'utilisation de l'éthanol (ET) comme alternative au PB pour l’euthanasie des souris. Pour les souris, quatre-vingts souris CD1 adultes (mâles et femelles- 26,8 g [23-34 g], moyenne [intervalle]) ont été assignées au hasard à 6 groupes de traitement et ont été tuées par des injections IH ou des injections IP, en utilisant soit ET ou PB. Le taux de mauvaise injection (mauvais placement du contenu de l'injection) pour les essais IH était de 93% (28/30), y compris 14% intrathoracique (4/28), le reste ayant abouti dans la cavité péritonéale telle une injection IP. Ainsi, seulement 7% (2/30) des injections ont donné lieu à une administration hépatique (selon l’évaluation d'autopsie). Les injections IH ayant abouti dans le foie ont entraîné des décès quasi instantanés. Ces données montrent que les injections IH ne sont pas réalisables chez la souris étant donné la difficulté à frapper le foie et le risque d'injections intrathoraciques. D'autre part, l'IP ET a produit des temps significativement (p = 0.010; Mann-Whitney) plus courts de l'injection à l'arrêt du rythme cardiaque (CHB) (115s [88-185] médian [intervalle]) par rapport à l'IP PB (176s [123-260]), confirmant que l'ET est une alternative viable et potentiellement supérieure à la PB. Pour les rats, 66 injections IH et 14 injections IP ont été tentées sur des rats Sprague-Dawley mâles et femelles adultes (poids médian 371g, plage 170-730g), et ont entraîné un délai significativement plus rapide pour la perte du réflexe de redressement (LORR) (p < 0.0001, 95%CI 68 to 88s, Mann-Whitney) et temps de CHB (p < 0.0001, 95%CI 82 to 234s, Mann-Whitney) par rapport aux injections IP. Le temps médian de LORR et CHB après les injections IH était de 4s [1 to 96] et 142.5s [2 to 330] respectivement; alors que le temps médian de LORR et CHB après les injections IP était de 89.5s [73 to 110] et 275s [237 to 423], respectivement. Le taux de mauvaise injection, basé sur les évaluations d’autopsie, était plus élevé avec les injections IH qu'avec les injections IP (IH: 59%, IP: 29%); cependant, 97% des mauvaises injections IH ont tout de même produit une euthanasie réussie et rapide (LORR: 29s [1 to 96], CHB: 216s [12 to 330]. Les injections IH sont donc une alternative efficace aux injections IP pour l'euthanasie chez le rat, et présentent moins de risques d'échec des tentatives d'euthanasie., The use of sodium pentobarbital (PB), injected intraperitoneally (IP), for killing rodents is described as an acceptable technique by the American Veterinary Medical Association (AVMA) and Canadian Council on Animal Care (CCAC) euthanasia guidelines. However, there is a growing body of evidence challenging the acceptability of IP PB. It has been described as inconsistent and there is evidence that it may induce pain and stress. The objective of this thesis was to develop and evaluate alternative methods of euthanasia. During the pilot study, an injection protocol for intrahepatic (IH) injections of PB was developed and then tested on both mice and rats. As a secondary objective, the use of ethanol (ET) was evaluated as an alternative to PB for mice. For mice, eighty adult (male and female) CD1 mice (26.8g [23-34g], mean [range]) were randomly assigned to 6 treatment groups and were killed by IH injections or IP injections, using either ET or PB. the misinjection rate (misplacement of injectate) for IH injections was 93% (28/30), including 14% intrathoracic (4/28), and the remainder were IP delivery. Only 7% (2/30) of IH attempts resulted in successful IH delivery, per necropsy evaluation. These yielded quasi-instantaneous deaths. These data show that IH injections are not feasible in mice given the difficulty in hitting the liver and the risk of intrathoracic injections. On the other hand, IP ET produced significantly (p = 0.010; Mann-Whitney) shorter time from injection to cessation of heartbeat (CHB) (115s [88-185] median [range]) compared with IP PB (176s [123-260]), confirming that ET is a viable and potentially superior alternative to PB. For rats, 66 IH injections and 14 IP injections were attempted on adult male and female Sprague-Dawley rats (median weight 371g, range 170-730g), and resulted in significantly faster time to loss of righting reflex (LORR) (p < 0.0001, 95%CI 68 to 88s, Mann-Whitney) and time to CHB (p < 0.0001, 95%CI 82 to 234s, Mann-Whitney) compared with IP injections. Time to LORR and CHB following IH injections were: LORR of 4s [1 to 96], CHB of 142.5s [2 to 330]; compared with IP injections: LORR of 89.5s [73 to 110], CHB of 275s [237 to 423). The misinjection rate was higher with IH injections than with IP injections (IH: 59%, IP: 29%); however, 97 % of IH misinjections resulted in fast and successful euthanasia (LORR: 29s [1 to 96], CHB: 216s [12 to 330]. IH injections are thus an efficacious alternative to IP injections for rat euthanasia and pose less risk of failed euthanasia attempts.

International audience; We describe a new strain named Bartonella gabonensis sp. nov. strain 669T (CSURB1083). The entire genome of this strain is described here. It was isolated from a savannah rodent, a brush-furred rat (Lophuromys sp.), trapped the city of Franceville in Gabon, in Central Africa. B. gabonensis is an aerobic, rod-shaped and Gram-negative bacterium. On the basis of the organism's features, and following a taxonogenomic approach, we propose the creation of the species Bartonella gabonensis sp. nov.

Bartonella mastomydis sp. nov. strain 008 is the type strain of B. mastomydis sp. nov., a new species within the genus Bartonella. This strain was isolated from Mastomys erythroleucus rodents trapped in the Sine-Saloum region of Senegal. Here we describe the features of this organism, together with the complete genome sequence and its annotation. The 2 044 960 bp long genomes with 38.44% G + C content contains 1674 protein-coding and 42 RNA genes, including three rRNA genes. Keywords: Bartonella mastomydis sp. nov., complete genome, Mastomys erythroleucus, rodents, Senegal

Multiple system atrophy (MSA) is a rare, rapidly progressive neurodegenerative disease that affects numerous regions of the central nervous system, including the olivopontocerebellar and striatonigral systems as well as various autonomous nuclei of the brainstem. The pathological hallmark of MSA is the presence of oligodendroglial aggregates called glial cytoplasmic inclusions (GCI) whose main component is the protein ¦Á-synuclein. The neurodegenerative process leads to severe impairment of autonomic dysfunction, together with a varying degree of parkinsonian and cerebellar syndromes. There is currently no disease modifying therapy available. This PhD work focused, on the one hand, on preclinical approaches aiming to reduce the accumulation of ¦Á-synuclein in an animal model of MSA, and on the other hand, on a neuropathological analysis in patients with a slowly progressive subtype of the disease. Throughout the three years of work, we have assessed different therapeutic candidates in an animal model of MSA. Rapamycin, a drug known to enhance autophagy and protein clearance, showed only a partial neuroprotective effect against neural loss in our model. Nilotinib, a drug that had shown neuroprotective properties in a Parkinson¡¯s disease animal model, failed to modify the disease course in our study. Finally, we evaluated the combinations of two drugs that have already proven to reduce a-synuclein aggregation and protect neurons from degeneration, to assess whether they have synergistic properties.Keywords: Synuclein, Multiple system atrophy, glial cytoplasmic inclusions, post-mortem human brain study, rodent, translational approach, c-terminal truncation, phosphorylation, autophagy, protein aggregation, L'atrophie multisystematisée (AMS) est une maladie neurodégénérative rare et à évolution rapide qui affecte de nombreuses régions du système nerveux central, y compris les systèmes olivopontocérébelleux et striatonigral ainsi que divers noyaux autonomes du tronc cérébral. La caractéristique pathologique de l'AMS est la présence d'agrégats oligodendrogliaux appelés inclusions cytoplasmiques gliales dont le composant principal est la protéine a-synuclein. Le processus neurodégénératif conduit à une dysautonomie, ainsi qu'à un degré variable de syndromes parkinsoniens et cérébelleux. Il n'existe actuellement aucun traitement pour ralentir l'évolution de la maladie. Ce travail de thèse a porté, d'une part, sur des approches précliniques visant à réduire l'accumulation de l'a-synuclein dans un modèle de souris transgénique de l'AMS, et d'autre part, sur une analyse anatomo-pathologique chez des patients présentant une forme lentement progressive de la maladie. Tout au long de ces trois années de travail, nous avons évalué différents candidats thérapeutiques chez la souris transgénique de l'AMS. La rapamycine, un médicament connu pour stimuler l'autophagie et la clairance des protéines, n'a montré qu'un effet neuroprotecteur partiel contre la perte neurale dans notre modèle. Le nilotinib, un médicament qui avait démontré des propriétés neuroprotectrices dans un modèle rongeur de la maladie de Parkinson, n'a pas eu d'effet sur l'accumulation de l'a-synuclein et la neurodégénérescence. Enfin, nous avons évalué la combinaison de deux médicaments (anle138b et belnacasan) qui ont déjà démontré leur capacité à réduire l'agrégation de l'a-synucléine et à protéger les neurones de la dégénérescence, pour déterminer si elles ont des effets synergiques.

Multiple system atrophy (MSA) is a rare, rapidly progressive neurodegenerative disease that affects numerous regions of the central nervous system, including the olivopontocerebellar and striatonigral systems as well as various autonomous nuclei of the brainstem. The pathological hallmark of MSA is the presence of oligodendroglial aggregates called glial cytoplasmic inclusions (GCI) whose main component is the protein ¦Á-synuclein. The neurodegenerative process leads to severe impairment of autonomic dysfunction, together with a varying degree of parkinsonian and cerebellar syndromes. There is currently no disease modifying therapy available. This PhD work focused, on the one hand, on preclinical approaches aiming to reduce the accumulation of ¦Á-synuclein in an animal model of MSA, and on the other hand, on a neuropathological analysis in patients with a slowly progressive subtype of the disease. Throughout the three years of work, we have assessed different therapeutic candidates in an animal model of MSA. Rapamycin, a drug known to enhance autophagy and protein clearance, showed only a partial neuroprotective effect against neural loss in our model. Nilotinib, a drug that had shown neuroprotective properties in a Parkinson¡¯s disease animal model, failed to modify the disease course in our study. Finally, we evaluated the combinations of two drugs that have already proven to reduce a-synuclein aggregation and protect neurons from degeneration, to assess whether they have synergistic properties.Keywords: Synuclein, Multiple system atrophy, glial cytoplasmic inclusions, post-mortem human brain study, rodent, translational approach, c-terminal truncation, phosphorylation, autophagy, protein aggregation; L'atrophie multisystematisée (AMS) est une maladie neurodégénérative rare et à évolution rapide qui affecte de nombreuses régions du système nerveux central, y compris les systèmes olivopontocérébelleux et striatonigral ainsi que divers noyaux autonomes du tronc cérébral. La caractéristique pathologique de l'AMS est la présence d'agrégats oligodendrogliaux appelés inclusions cytoplasmiques gliales dont le composant principal est la protéine a-synuclein. Le processus neurodégénératif conduit à une dysautonomie, ainsi qu'à un degré variable de syndromes parkinsoniens et cérébelleux. Il n'existe actuellement aucun traitement pour ralentir l'évolution de la maladie. Ce travail de thèse a porté, d'une part, sur des approches précliniques visant à réduire l'accumulation de l'a-synuclein dans un modèle de souris transgénique de l'AMS, et d'autre part, sur une analyse anatomo-pathologique chez des patients présentant une forme lentement progressive de la maladie. Tout au long de ces trois années de travail, nous avons évalué différents candidats thérapeutiques chez la souris transgénique de l'AMS. La rapamycine, un médicament connu pour stimuler l'autophagie et la clairance des protéines, n'a montré qu'un effet neuroprotecteur partiel contre la perte neurale dans notre modèle. Le nilotinib, un médicament qui avait démontré des propriétés neuroprotectrices dans un modèle rongeur de la maladie de Parkinson, n'a pas eu d'effet sur l'accumulation de l'a-synuclein et la neurodégénérescence. Enfin, nous avons évalué la combinaison de deux médicaments (anle138b et belnacasan) qui ont déjà démontré leur capacité à réduire l'agrégation de l'a-synucléine et à protéger les neurones de la dégénérescence, pour déterminer si elles ont des effets synergiques.

The effect of flooding on the genetic structure of small mammal populations and their behavioural response remains unstudied. The Harvest mouse (Micromys minutus) is an interesting study model because several traits of its biology suggest that it should be well adapted to this type of disturbance. The purpose of this thesis is to identify the genetic structure of a population of Harvest mouse on a landscape scale, to determine the ability of animals to move and disperse, and to assess the effect of floods on their movements and on the genetic structure of populations. The study combines direct field approaches (CMR, radiotracking, camera traps) with inferences from genetic analyses on a large number of individuals, using nine new polymorphic microsatellites described for this species. The Harvest mouse forms a unique population at the landscape scale, with very little isolation by distance due to large gene flows. Its dispersal abilities are high. During the floods, the Harvest mouse stays in the reedbed without any apparent leak. Floods have an effect on gene flows that is different, depending on the refuge possibilities provided by habitats. These outcomes show that the Harvest mouse is a flood-friendly species. More generally, it should be considered as a wetland flagship species.; L’effet des inondations sur la structure génétique des populations de petits mammifères et sur leur réponse comportementale demeure encore peu étudié. Le Rat des moissons (Micromys minutus) est un modèle d’étude intéressant parce que plusieurs traits de sa biologie suggèrent qu’il doit être bien adapté à ce type de perturbation. Cette thèse a pour objectifs d’identifier la structure génétique d’une population de Rats des moissons à l’échelle d’un paysage, de déterminer les capacités de déplacements et de dispersion des animaux, et d’évaluer l’effet des inondations sur leurs déplacements et sur la structure génétique des populations. L’étude combine des approches directes sur le terrain (CMR, radiopistage, pièges-photos) avec des inférences issues d’analyses génétiques sur un grand nombre d’individus, grâce à neuf nouveaux microsatellites polymorphes décrits pour cette espèce. Le Rat des moissons forme une population unique à l’échelle du paysage considéré, avec un très faible isolement par la distance dû à des flux de gènes importants. Ses capacités de dispersions sont élevées. Pendant les inondations, les animaux restent dans la roselière sans mouvement de fuite apparent. Les inondations ont un effet sur les flux géniques qui est différent selon les possibilités de refuge fournies par les habitats. Ces résultats montrent que le Rat des moissons est une espèce adaptée aux inondations. Plus généralement, il mérite d’être considéré comme une espèce porte-drapeau des zones humides.

International audience; Although game meat consumption is widespread across the globe, involving a great diversity of species in very different ecological and sociocultural environments, the safety of wild meat products is rarely assessed routinely. We conducted a survey to evaluate the safety of two rodents products (Rattus tanezumi and Bandicota indica) purchased from roadside markets in central Thailand. Total aerobic bacteria and Escherichia coli counts measured were above Thai poultry product standards for 83.3% and 100% of the samples, respectively (n = 108), although there was no difference between rat species (analysis of variance [ANOVA], p > 0.05). Salmonella spp. were isolated from 32% of the swabs collected (67/208), including 19 different serovars. All strains were resistant or partially resistant to at least 2 of the 16 antibiotics tested, with levels of resistance varying greatly among antibiotics (e.g., 97% of strains sensitive to ciprofloxacin and 98.5% of strains resistant to cloxacillin). Detectable traces of Cd and Pb were found in 98% and 46% of the samples analyzed, respectively (n = 61). Pb and Cd concentrations measured in the kidneys of R. tanezumi were significantly higher than in the liver and muscles and significantly higher than B. indica muscles and kidneys but not liver (ANOVA, p < 0.05). These results highlight potential health hazards that may be associated with rodent-meat consumption, including contamination by coliform bacteria, multiresistant Salmonella spp. strains, and heavy metals. The significance of these results for public health cannot be determined precisely in the absence of appropriate standards, and information gaps remain regarding the frequency of rodent-meat consumption and the origin of bacterial and heavy metal contaminations (i.e., capture environment or during carcass handling and processing). We suggest that appropriate information and training on best hygienic practices for preparing, cooking, and preserving rodent meat should be provided to the producers and to the consumers.

Modelling the range of prominent vectors of pathogens is a common technique used for planning surveys, building exposure assessment estimations or addressing the impact of future climate scenarios. In most cases the recorded distribution of a target species is used together several environmental variables to capture its potential distribution, ignoring the availability of adequate hosts for the arthropod. In this study we used satellite-recorded, Fourier transformed, environmental variables of ground temperature and vegetation (NDVI) and a large dataset of records of the tick Ixodes ricinus and their hosts. The aim is to evaluate the influence of the contact rates of the ticks with the different hosts and how they impact on the raw, environmental-based distribution of the tick. These effects may alter the estimations of the distribution of the tick under future climate scenarios. This study demonstrated that the relative contribution of the hosts supporting the feeding of the tick life stages dramatically altered the expected distribution of the tick. In the study case, results support that both Passeriformes (Aves) and Rodentia-Soricomorpha contribute in different ways to the colonization of the tick along a large latitudinal gradient. However, Artiodactyla are the main supporters of the tick and enhance its presence in the fringe of its distribution area. Thus, complete data on the distribution of each host contributing to the tick's life cycle and their relative importance for the tick, should be included in the assessment of exposure by arthropods. Other results of the study suggested that more information could be obtained exploring the association of the arthropod to the variables in the environmental niche, instead of the classic approach based on a crude evaluation on the geographical space (maps).

Les pathologies vestibulaires, dont le vertige est le premier symptôme ressenti par le patient, impactent considérablement les activités les plus élémentaires de la vie quotidienne. Le traumatisme psychologique lié à la crise aiguë associé à l’incapacité physique qui accompagne les désordres vestibulaires peuvent avoir des conséquences socioprofessionnelles importantes, accompagnées de troubles cognitifs pouvant conduire à un isolement social. Aujourd'hui, peu de solutions thérapeutiques existent et reposent essentiellement sur deux médicaments : le Tanganil® et la bétahistine.Afin d’étudier les mécanismes neurobiologiques à la base de l’expression du syndrome vestibulaire et de sa compensation, et de tester de nouvelles solutions thérapeutiques via des approches pharmacologiques ou ré-éducationnelles, différents modèles animaux ont été développés depuis plusieurs décennies dont le modèle de neurectomie vestibulaire unilatérale (NVU) chez le chat, particulièrement bien adapté car cette approche est précise, contrôlable et reproductible.Pour des considérations éthiques et financières, il devient de plus en plus difficile d’utiliser le modèle animal Chat pour ces études. Il est donc incontournable de transférer le modèle NVU chez le rongeur et cela constitue le premier objectif de cette étude. De plus, le manque de sensibilité des méthodes d’évaluation du syndrome vestibulaire est une des principales difficultés rencontrées dans le développement de nouveaux médicaments anti vertigineux. A l'heure actuelle, la méthode d’évaluation subjective à l’aide d’échelles comportementales est la plus répandue et manque de sensibilité pour obtenir des effets dose-réponse. Il est donc nécessaire de concevoir de nouveaux paradigmes d’évaluation permettant une quantification objective et sensible du syndrome vestibulaire. Le second objectif de notre étude consiste donc à valider un dispositif d'analyse de distribution pondérale comme outil de diagnostic du syndrome vestibulaire.Enfin, ce dispositif a également été utilisé pour évaluer l’efficacité de médicaments antivertigineux prescrits en clinique : la bétahistine et l’acétyl-DL-Leucine.A la suite de ces études, il ressort que, malgré quelques améliorations à apporter sur l'appareillage, ce modèle expérimental est particulièrement adapté pour étudier la cinétique de restauration de la fonction vestibulaire. Il est également approprié pour évaluer l'efficacité des médicaments ayant des propriétés antivertigineuse. Le travail réalisé au cours de cette étude a permis de valider l'intérêt et la sensibilité du paramètre posturo-locomoteur chez le rat pour l'évaluation du trouble vestibulaire et sa compensation suite à une lésion périphérique définitive, et pourrait ainsi permettre l'identification de nouveaux outils de diagnostic et de suivi des pathologies vestibulaires chez le patient.

During previous surveys of helminths in rodents from Southeast Asia, an unnamed species of Aonchotheca was recovered from the stomach of several rodent species. In the present study, the description of the new species Aonchotheca yannickchavali n. sp. is provided based on both female and male specimens collected from two bandicoot rat species (Bandicota indica and Bandicota savilei) from Thailand (Buriram and Nan provinces). This nematode can be separated from other known Aonchotheca found in rodents by its microhabitat in the host and by the size of the spicules in males and the vulvar appendage in females.

In the brain, the visual system includes the Lateral Geniculate Nucleus, the Superior Colliculus and the visual cortex. These structures have been studied since the 50’s and these studies have relied on functional MRI but also on the development of functional surface microscopic imaging techniques. To examine the spatiotemporal resolution of the ultrafast ultrasound imaging technique, we measured visual responses in in the cerebral structures on anesthetized rats in one imaging plan or with a 3D reconstruction. After having validated our technology on rodents, we have applied the technique to awake non-human primate visual cortex. We reconstructed the retinotopic maps of visual cortex, at the surface and in depth. In addition, we could resolve the ocular dominance columns within V1, which represent a major functional structuration in the primary visual cortex. This functional observation suggests the presence of ocular dominance beyond layer 4 in layers 3 and 5 of V1. In conclusion, this thesis work has demonstrated that the functional ultrafast ultrasound imaging can measure activity in the visual system for both rats and non-human primates, anesthetized and awake. This new imaging technique can provide functional measures with a high spatiotemporal resolution in the deep tissue. This illustration on the visual system highlights the potential of the technique to measure functional units not accessible to optical surface analysis and below the resolution of fMRI. Future studies will have to define if this technique can still provide a better resolution than fMRI in deeper structures than 1cm.; Le système visuel cérébral inclut le corps genouillé latéral, le colliculus supérieur et le cortex visuel. Ces structures ont été étudiées depuis les années 50 et cette étude a été possible par l’apparition de l’imagerie par résonnance magnétique fonctionnelle ainsi que par différentes techniques optiques. Pour évaluer la résolution spatiotemporelle de la technique d’imagerie ultrasonore, nous avons mesuré les réponses visuelles des structures cérébrales sur le rat anesthésié en étudiant leur dynamique respective soit sur un seul plan, soit par reconstruction tridimensionnelle. Après avoir validé cette approche technologique sur le petit animal, nous avons appliqué cette technique sur le cortex visuel du primate non-humain éveillé. Ainsi, nous avons pu reconstruire les cartes rétinotopiques du cortex visuel en surface mais aussi en profondeur. Nous avons mis en évidence, les bandes de dominance oculaire dans V1. En accord avec certaines données anatomiques, cette mesure fonctionnelle suggère la présence d’une dominance oculaire au-delà de la couche 4, dans les couches 3 et 5 de V1. En conclusion, ces travaux de thèse ont permis de montrer l’intérêt spécifique de l’imagerie fonctionnelle par ultrasons sur le rongeur et le primate non-humain, anesthésiés et vigiles. Cette nouvelle technique d'imagerie permet la visualisation fonctionnelle à haute résolution spatiotemporelle en profondeur des aires visuelles. Cette illustration sur le système visuel met en lumière l’intérêt prometteur du déploiement de cette technique pour l’exploration fonctionnelle de structures inaccessibles en imagerie optique de surface et en dessous de la résolution de l’IRMf.